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1) Carga de imágenes
Mediante “File-> Add Volume”. Aparece un cuadro de dialogo que permite seleccionar el archivo a
abrir. Si es una secuencia de DICOM se selecciona la primera imagen. Los volúmenes se
seleccionan centrados. Se comenzará con el estudio 2.
Notesé que en la parte derecha aparecen los elementos de la cabecera DICOM.
Pregunta: Es posible conocer la ventana y umbral sugerido para el estudio desde la información en
el DICOM?
En que dirección se ha realizado el estudio?
Es evidente el uso de reformateo multiplano por parte de la plataforma?
Encuentra algo anormal en el volúmen?
Fig 2. Imagen cargada con valores de ventana y nivel diferentes a los de la Fig 1.
En Slicer las operaciones se encuentran agrupadas en modulos que realizan tareas específicas. Estos
modulos se pueden ver como sistemas que reciben entradas y producen salidas. En la parte superior
izquierda se encuentra el control para navegar entre los diferentes modulos del programa.
También es posible manipular la ventana y el nivel arrastrando el click izquierdo sobre la imagen.
2) Procesamiento
a) Filtrado lineal
Se solicita el tamaño de vecindad, ya que es un filtro que opera por convolución con mascara, el
volumen de entrada y el de salida. A mayor tamaño de vecindad mayor grado de suavizado pero
mayor costo computacional.
Comparar en una tabla los resultados y los tiempos de ejecución para un par de filtros de 3,3,1 y
3,3,3
Por que las mascaras tienen dimensiones impares?
b) Filtrado no lineal
En el modulo “Filtering”-> “Denoising” → “Gradient Anisotropic Diffusion”
Recordemos que este modelo de filtrado corresponde a la solución de una ecuación diferencial,
ecuación de difusión, así que se define la constante de difusión, el tiempo durante el cual se iterará
y el tamaño de paso del sistema que resuelve la PDE
3) Segmentación
Para colocar las dos semillas es necesario presionar dos veces la opción de ubicación de semillas de
la interfaz. Estas semillas deben de estar relacionadas en la interfaz del modulo de segmentación.
Al presionar “Run Segmentation inicia el proceso de segmentación”, luego del cual el modulo
consulta sobre si el volumen segmentado si es el buscado
Como se puede observar el volumen segmentado (7.958) resulto ser mucho menor al volumen dado
como inicial (40)
Que caracteristica debe de tener una región para ser segmentada por una técnica de contornos
activos?
4) Almacenamiento de resultados
Para almacenar los resultados usamos el menú “File” -> “Save”. El archivo Scene es el que
almacena toda la inforamción sobre la disposición de los elementos en un momento dado en el
programa, esto es, que archivos están abiertos, en que posición se encuentran los fiducials, etc. Note
que los volumen aparecen para ser almacenados en formato nrrd, un formato libre. Trate de guardar
los mismos en alguno de los formatos vistos en el
curso