VI KHUẨN NỘI SINH THỰC VẬT ENDOPHYTIC BACTERIA-

ỨNG DỤNG VÀ ĐỊNH HƯỚNG PHÁT TRIỂN TRONG THỜI

ĐẠI NGÀY NAY

Tóm lược

Vi khuẩn nội ký sinh thực vật (Endophytic bacteria) được tìm thấy trong hầu hết ở các
loài thực vật, chúng cư trú ở trong nội mô của thực vật ký chủ và giữa chúng hình
thành một loạt các mối quan hệ khác nhau như cộng sinh tương hỗ, công sinh dinh
dưỡng, hội sinh …Hầu hết các dạng nội ký sinh này bắt đầu xuất hiện từ vùng rễ hay
bề mặt lá, tuy nhiên, một số loại có thể ký sinh trên hạt. Endophytic bacteria thúc đẩy
thực vật tăng trưởng, tăng năng suất và đóng vai trò là một tác nhân điều hòa sinh học.
Endophytic bacteria sản xuất hàng loạt các sản phẩm tự nhiên có lợi cho thực vật ký
chủ mà ta có thể khai thác những tác nhân đó để ứng dụng trong y học, nông nghiệp
hay công nghiệp. Ngoài ra nó còn có tiểm năng loại bỏ các chất gây ô nhiễm trong đất
bằng cách tăng cường khả năng khử độc trên thực vật và làm cho đất trở nên màu mỡ
thông qua chu trình photphat và cố định đạm. Ngày càng có nhiều quan tâm trong việc
phát triển các ứng dụng tiềm năng công nghệ sinh học của Endophytic bacteria để phát
triển các giống cây trồng có khả năng khử độc đồng thời có khả năng sản xuất sinh
khối và nhiên liệu sinh học.

Giới thiệu

Những tương tác có lợi giữa thực vật - vi khuẩn thúc đẩy sức khỏe, sự phát triển của
cây trồng, vấn đề này đang được các nhà nghiên cứu quan tâm. Gần đây, họ đang
nghiên cứu tiềm năng cho giải pháp nâng cao khả năng phân hủy sinh học của các chất
gây ô nhiễm trong đất. Hầu hết các nghiên cứu này tập trung vào các vi khuẩn ở rễ
(Lindow&Brandl,2003;Kuiper et al.,2004;berg et al,2005). Endophytic bacteria có thể
được định nghĩa là những vi khuẩn cư trú trong nội mô của thực vật, chúng không có
biểu hiện ra bên ngoài và gây tác động xấu đến thực vật mà chúng ký sinh
(Holiday,1989; Schulz & Boyle, 2004), có khoảng 300.000 loài thực vật tồn tại trên
trái đất, mỗi loài là một ký chủ cho một đến nhiều các dạng nội ký sinh cư trú. Chỉ có
một số loài thực vật được nghiên cứu hoàn chỉnh về các mối quan hệ nội ký sinh của
chúng. Do đó cơ hội nghiên cứu và tìm ra các dạng nội ký sinh mới và có lợi trong sự
đa dạng sinh học của các hệ sinh thái khác nhau là đáng kể.

Endophytic bacteria cư trú trong hệ sinh thái thích hợp tương tự như các chồi mầm ở
thực vật, điều này làm cho chúng trở thành các tác nhân kiểm soát sinh học (Berg et
al., 2005). Thật vậy, nhiều nghiên cứu đã chỉ ra rằng Endophytic bacteria có khả năng
kiểm soát được mầm bệnh trên thực vật (Sturz & Matheson, 1996; Duijff et al., 1997;
Krishnamurthy & Gnanamanickam, 1997), ở côn trùng (Azevedo et al, 2000.) và cả ở
tuyến trùng ( Hallmann et al., 1997, 1998). Trong một số trường hợp chúng có thể đẩy
mạnh tốc độ nẩy mầm của hạt, thúc đẩy sự hình thành cây con trong điều kiện bất lợi
(Chanway,1997) và nâng cao khả năng tăng trưởng của thực vật ( Bent &
Chanway,1998). Endophytic bacteria còn có thể ngăn chặn mầm bệnh phát triển bằng
cách tổng hợp các chất nội sinh trung gian, qua đó để tiếp tục tổng hợp các chất chuyển
hóa và các hợp chất hữu cơ mới. Nghiên cứu cơ chế sản sinh chất chuyển hóa mới
trong sự đa dạng sinh học của Endophytic bacteria có thể phát hiện các loại thuốc mới
để điều trị có hiệu quả các bệnh ở người, thực vật và động vật (Strobel et al., 2004).

Cùng với việc sản xuất các chất mới, nhiều Endophytic bacteria đã cho thấy khả năng
làm giảm các chất ngoại sinh (xenobiotic) hay có thể hoạt động như các vectơ mở đầu
cho quá trình đó. Chúng còn có khả năng tổng hợp những chất kháng kim loại nặng,
chất kháng sinh và làm giảm các gốc hữu cơ thông qua tiếp xúc với các hợp chất trong
thực vật và đất nơi chúng cư trú. Khả năng làm giảm những chất xenobiotics đang
được nghiên cứu cẩn thận để cải tiến kỹ thuật khử độc bằng thực vật (Siciliano et al.,
2001; Barac et al., 2004; Germaine et al., 2004, 2006; Porteous-Moore et al., 2006;
Ryan et al., 2007a). Bài nghiên cứu này nhằm trình bày tổng quan về các ứng dụng
tiềm năng của Endophytic bacteria, đặc biệt là trong lĩnh vực khử độc bằng thực vật và
nông nghiệp bền vững.

Sự phân lập và đa dạng sinh học của Endophytic bacteria

Để tự bảo vệ mình trước những tác động của môi trường, Endophytic bacteria tạo
thành những ổ vi khuẩn ,xâm chiếm và ký sinh trên đốt cây . Những vi khuẩn này
thường xâm chiếm vào vùng không gian ở giữa các tế bào, và chúng có thể được phân
lập từ tất cả các bộ phận của cây, bao gồm cả hạt giống (Posada & Vega, 2005).
Endophytic bacteria được phân lập từ cây một lá mầm tới cây hai lá mầm, từ những
loài cây thân gỗ, như gỗ sồi và lê, cây thân thảo tới cây lương thực như củ cải đường và
ngô. Những nghiên cứu cổ điển về sự đa dạng của Endophytic bacteria tập trung vào
phương pháp phân lập chúng từ các mô nội sinh sau khi khử trùng bề mặt thực vật với
hypochlorite natri hoặc các hóa chất tương tự (Miche & Balandreau, 2001). Một nghiên
cứu của et al Lodewyckx. (2002) nêu lên phương pháp phân lập và mô tả đặc điểm vi
khuẩn endophytes từ các loài thực vật khác nhau. Dựa trên nền tảng nghiên cứu của
Hallmann et al. (1997) và Lodewyckx et al. (2002),Rosenblueth & Martinez-Romero
(2006) và Berg & Hallmann (2006) đã công bố một danh sách toàn diện của
Endophytic bacteria được phân lập từ một loạt các bộ phận của cây.

Một nghiên cứu gần đây của al Porteous-Moore và cộng sự. (2006) mô tả sự đa dạng
của Endophytic bacteria tìm thấy trong cây Dương, tăng trưởng tại môi trường
phytoremediation nhiễm toluene, với mục đích xác định các chủng tiềm năng để tăng
cường phytoremediation toluene, Ethylbenzene, và hợp chất xylen (BTEX). Theo mô
tả của nghiên cứu trên, Endophytic bacteria được phân lập từ hai giống Dương. Sau khi
phân lập, tiến hành phân tích, so sánh trình tự của đoạn mồi 16S RNA, BOX-PCR của
DNA,các trình tự mang đặc tính sinh lý, liên quan đến chất sử dụng, thuốc kháng sinh
và kim loại nặng nhạy cảm. Nghiên cứu này và một nghiên cứu của Germaine et al.
(2004, 2006) đã chứng minh rằng trong các cộng đồng đa dạng vi khuẩn tìm thấy trong
cây Dương, một số chủng Endophytic có mặt và có tiềm năng để tăng cường các chất
hữu cơ dễ bay hơi phytoremediation và thuốc diệt cỏ.Công trình nghiên cứu gần đây
của Frank et al. (2006) là dùng kỹ thuật sinh học phân tử trong việc phân lập, tìm hiểu
các đặc tính của Endophytic bacteria và ứng dụng trong cộng đồng.Các chủng
Endophytic sinh sống trên thân cây, rễ, củ…đã được phân tích và nhận diện bằng cách
chạy RFLP với đoạn mồi là 16S rRNA. Năm nhóm phân loại triển vọng nhất và khả
năng tồn tại được xác định là Cellulomonas, Clavibacter, Curtobacterium,
Pseudomonas và Microbacterium được tìm ra thông qua trình tự gen 16S rRNA, acid
béo và sử dụng nguồn phân tích carbon (Elvira-Recuenco & van Vuurde, 2000; Zinniel
et al, 2002)...

Việc nuôi cấy dựa trên môi trường nuôi cấy cơ bản và môi trường nuôi cấy độc lập thật
sự rất hữu ích. Reiter & Sessitsch (2006) đã điều tra sự hiện diện và phân loại
Endophytic bacteria ở các bộ phận khí sinh hoàn toàn trên cây nghệ (cây nghệ
albiflorus). Kết quả của họ cho thấy rằng tương tự như ở các loài thực vật khác, cây
nghệ là một ký chủ cho cộng đồng Endophytic bacteria sinh trưởng và phát triển, tuy
nhiên cũng có loài chưa được biết đến. Các bước tiến hành thí nghiệm bao gồm ly
trích, phân lập, nuôi cấy và nhận diện Endophytic bacteria bằng kỹ thuật in dấu DNA
với đoạn mồi 16S rRNA. Kết quả chỉ ra rằng một số nhóm mới xuất hiện góp phần vào
tính đa dạng của Endophytic bacteria, chủ yếu là Gammaproteobacteria và Firmicutes ,
chúng sống nội sinh trên cây nghệ.Thành phần, phân loại các nhóm Endophytic
bacteria đa dạng và có sự khác nhau là do sự đa dạng của trình tự gen 16S rRNA trong
thư viện gen. Chỉ có ba nhóm vi khuẩn được tìm thấy trong môi trường nuôi cấy, trong
đó có 17 loại đại diện. Trong khi sáu nhóm được xác định trong phân tích thư viện gen
bao gồm 38 loại. Nhóm nổi bật tìm thấy trong môi trường nuôi cấy là nhóm Gram
dương, có tỷ lệ G+C thấp.Trong khi ở các thư viện clone, các Gammaproteobacteria
chiếm ưu thế. Nghiên cứu này khẳng định rằng các nhóm Endophytic bacteria trong
môi trường nuôi cấy là một tập hợp con của đa dạng sinh học tổng endophyte.