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O FAT16 é uma espécie de "pau pra toda obra", já que é compatível com

praticamente todos os sistemas operacionais e também dispositivos como câmeras,
palmtops, celulares e MP3players. Ele é o sistema de arquivos usado por padrão nos
cartões SD e também nos pendrives de até 2 GB.
O sistema de arquivos FAT-16 é utilizado pelos sistemas operacionais MS-DOS
e Windows 95. Este sistema utiliza 16 bits para o endereçamento de dados, podendo
trabalhar no máximo com 65.526 (216) posições diferentes. Se observarmos que os
setores possuem o tamanho de 512 bytes, fica fácil perceber que em FAT 16 só seria
possível acessar 65.536 x 512 bytes= 33.554.432 bytes, isto é 32 MB. Mas trabalhar
com discos de 32 MB, mesmo com o Windows 95 fica difícil... Para resolver este
problema a Microsoft passou a apontar conjuntos de setores, os clusters, em vez dos
setores somente.

Cluster em Fat16 Capacidade de acesso ao disco
2 KB 128 MB
4 KB 256 MB
8 KB 512 MB
16 KB 1 GB
32 KB 2 GB

Dessa forma, apontando clusters dentro do limite de 32 KB cada, tornou-se
possível o acesso a discos de até 2GB. A grande desvantagem do sistema FAT 16 é o
desperdício. Para entender melhor, imagine que você está utilizando um HD de 2 GB,
cujos clusters são de 32 KB. Neste caso todos os arquivos ocuparão espaço de no
mínimo 32 KB, mesmo que sejam menores. O espaço que sobra em um cluster que não
foi totalmente ocupado fica desperdiçado. Esse desperdício, que pode chegar a 25% da
capacidade total do HD, é conhecido como Slack space, e é o grande problema desse
sistema de arquivos, além da limitação quanto ao tamanho do disco rígido (2 GB).
Dessa forma, apontando clusters dentro do limite de 32 KB cada, tornou-se
possível o acesso a discos de até 2GB. A grande desvantagem do sistema FAT 16 é o
desperdício. Para entender melhor, imagine que você está utilizando um HD de 2 GB,
cujos clusters são de 32 KB. Neste caso todos os arquivos ocuparão espaço de no
mínimo 32 KB, mesmo que sejam menores. O espaço que sobra em um cluster que não
foi totalmente ocupado fica desperdiçado. Esse desperdício, que pode chegar a 25% da
capacidade total do HD, é conhecido como Slack space, e é o grande problema desse
sistema de arquivos, além da limitação quanto ao tamanho do disco rígido (2 GB).

Bibliografia

http://pt.wikipedia.org/wiki/FAT-16