PCR juga mempunyai andil dalam aalisis RNA melalui pengembangan
pengembangan pengetahuan teknik revese traskriptase PCR (RT-PCR). RNA yang telah diisolasi dan utas tunggalnya disitesis cDNA dengan menggunakan revese transcriptase. cDNA kemudian digunakan PCR biasa. Pada keadaan tertentu jumlah dari termostabil DNA polymerase mempunyai aktivitas revese transcriptase sejak dibutuhkan untuk dipisahkan menjadi reaksi dan diikuti RT-PCR untuk dilakukan dalam satu tube. Salah satu kemampuan dalam metode ini adalah kemampuan mengidentifikasi pada jumlah kecil dari transkrim mRNA dengan sesitifitas tinggi. Metode RT-PCR biasaya digunakan mengidentifikasi ekpresi gen viral dan kedepanya diikuti pada pengertiannya dari perbedaa diantara latent dan virus evektif. Pada tingkat produksi RNA mungkin juga untuk penentuan melalui modifikasi PCR. Didalam berbagai bentuk pada analisis jaringan spesifik ekspresi gen dibutuhkan dan PCR kembali diadopsi untuk menyediakan pemecahan masalahnya. Teknik ini memasukkan tampilan yang berbeda, juga dalam dasar pengaturan RT-PCR dibutuhkan isolasi mRNA untuk pertama diubah menjadi cDNA. Mengikuti bagian ini, dibutuhkan satu primer PCR yang dirancang menempel pada element mRNA umumnya seperti ekor poli A didalam eukariot sel, digunakan dalam konjuggasi dengan kombunasi secara acak 6-7bp primer ketika menempel pada ujung 5’ pada transkripnya. Jika analisis ini dibandingkan melalui gel elektroforeiss secara umum PCR produk dari perbedaa tipe sel bagaimanapun juga diikuti identifikasi dan isolasi pada transkripsnya baha mempunyai ekpresi yang berbeda. Seperti dengan banyak dasar teknik PCR, pada waktu identifikasi seperti gen adalah secara dramatic diturunkan dari setiap minggu, padahal mereka dibutuhkan untuk dikonstrak dan dipilih cDNA pustaka untuk beberapa hari. Walker, LM dan R. Rapley. 2002. Molecular Biology and Biotechnology Fourth Edition. RSC. New York