‫בעיות מחקר ממוחשבות בביוטכנולוגיה‬

‫נייר מורכב ממערך של סיבי צלולוז וקסילן‪ .‬חומר הגלם לייצור נייר הוא העץ‪.‬‬
‫האיור שלפניך מתאר בצורה סכמתית את ההרכב של העץ‪.‬‬

‫מבנה סיבי העץ‬

‫ההרכב הכימי של העץ‪:‬‬
‫צלולוז ‪ -‬מקנה לנייר חוזק‬
‫ליגנין ‪ -‬מקנה לנייר צבע חום‬
‫קסילן‬

‫עיסת העץ משמשת חומר גלם להכנת הנייר‪ .‬היא מורכבת מסיבי צלולוז‪ ,‬קסילן וליגנין‪ .‬ככל שסיבי‬
‫הצלולוז המתקבלים בתהליך הייצור של עיסת העץ ארוכים יותר‪ ,‬כך הנייר חזק יותר‪.‬‬
‫כדי לייצר נייר לבן‪ ,‬יש לסלק מעיסת העץ את שאריות הליגנין‪ .‬תהליך זה מכונה "הלבנה"‪ .‬תהליך‬
‫ההלבנה המקובל כיום בתעשיית הנייר מבוצע על‪-‬ידי כלור ותרכובות כלור‪ .‬תוצרי הלוואי הנוצרים‬
‫בתהליך ההלבנה הזה מכילים חומרים רעילים‪ ,‬העלולים לגרום למוטציות ב ‪ - DNA‬ואף למחלת‬
‫הסרטן‪ .‬נוסף על כך‪ ,‬הם גורמים לזיהום ניכר של הסביבה‪.‬‬
‫בשל המודעות הגוברת לאיכות הסביבה‪ ,‬מתקיים כיום מחקר נרחב כדי למצוא שיטת הלבנה‬
‫חלופית‪ .‬אחת השיטות הנחקרות היא שיטת "ההלבנה הביולוגית"‪ ,‬המבוססת על שימוש באנזימים‬
‫להלבנה של עיסת העץ‪.‬‬
‫האנזים שבו משתמשים בשיטה זו הוא קסילנאז‪ .‬אנזים זה מפרק את הקסילן המצוי בעץ‪ .‬פירוק‬
‫הקסילן מאפשר את סילוק הליגנין הקשור אליו‪ ,‬וכך אפשר לקבל נייר לבן בלי לייצר תוצרי לוואי‬
‫רעילים‪.‬‬

‫האנימציה שלפניך מדמה את פעילות האנזים קסילנאז‪ ,‬ומבהירה כיצד הוא פועל בתהליך של‬
‫ההלבנה הביולוגית‪.‬‬

‫‪doc.8728664‬‬ ‫קיץ תשס"ב‪2002 ,‬‬ ‫‪– 842266‬‬

‫לחץ לחיצה כפולה באזור האנימציה כדי להפעיל אותה‪ .‬כדי לצאת מן האנימציה ולהמשיך‬
‫בעבודה‪ ,‬לחץ לחיצה בודדת מחוץ לאנימציה‪.‬‬

‫מקרא‪:‬‬
‫קסילנאז‬
‫צלולוז‬
‫קסילן‬
‫ליגנין‬

‫פרק ראשון (‪ 30‬נקודות)‬

‫ענה על השאלות ‪ 1‬ו ‪.-2‬‬

‫במעבדת מחקר הוחלט לנסות להפיק את האנזים קסילנאז מחיידקים‪ .‬החוקרים בודדו שמונה‬
‫גזעים של חיידקים (‪ ,)T8–T1‬ובדקו בכל אחד מהם את הפעילות של שלושה אנזימים‪:‬‬
‫צלולאז – האנזים המפרק את סיבי הצלולוז‪.‬‬

‫קסילנאז – האנזים המפרק את סיבי הקסילן‪.‬‬

‫פרוטאז – האנזים המפרק חלבונים‪.‬‬

‫שאלה ‪ 10( 1‬נקודות)‬

‫בטבלה ‪ 1‬שלפניך מתוארת הפעילות של כל אחד מן האנזימים‪ ,‬בכל אחד מגזעי החיידקים‬
‫שבודדו‪ ,‬ביחידות פעילות‪/‬מ"ל (‪.)U/ml‬‬

‫‪doc.8728664‬‬ ‫קיץ תשס"ב‪2002 ,‬‬ ‫‪– 842266‬‬

 ‫פרוטאז (‪)U/ml‬‬ ‫קסילנאז (‪)U/ml‬‬ ‫צלולאז (‪)U/ml‬‬ ‫הגזע‬
‫‪15.7‬‬ ‫‪0.89‬‬ ‫‪2.3‬‬ ‫‪T1‬‬

‫‪0.002‬‬ ‫‪2.33‬‬ ‫‪2.27‬‬ ‫‪T2‬‬

‫‪0.003‬‬ ‫‪1.5‬‬ ‫‪0.92‬‬ ‫‪T3‬‬

‫‪0.01‬‬ ‫‪0.63‬‬ ‫‪0.6‬‬ ‫‪T4‬‬

‫‪0.01‬‬ ‫‪2.35‬‬ ‫‪0.58‬‬ ‫‪T5‬‬

‫‪15.1‬‬ ‫‪2.42‬‬ ‫‪0.53‬‬ ‫‪T6‬‬

‫‪0.02‬‬ ‫‪0.51‬‬ ‫‪0.51‬‬ ‫‪T7‬‬

‫‪7.3‬‬ ‫‪0.9‬‬ ‫‪0.27‬‬ ‫‪T8‬‬

‫‪1‬‬ ‫טבלה‬

‫באיזה מן הגזעים המופיעים בטבלה ‪ 1‬תמליץ לחוקרים להשתמש בתהליך‬ ‫א‪.‬‬ ‫(‪ 4‬נק')‬
‫ההלבנה הביולוגית?‬
‫תשובה‪:‬‬

‫הסבר את תשובתך לסעיף א'‪( .‬הסתמך על הנתונים במבוא‪ ,‬העוסקים‬ ‫ב‪.‬‬ ‫(‪ 6‬נק')‬
‫בתפקודו של כל אחד משלושת האנזימים‪).‬‬
‫תשובה‪:‬‬

‫שאלה ‪ 20( 2‬נקודות)‬

‫התהליך התעשייתי לייצור נייר מתבצע בטמפרטורה גבוהה וב ‪ -pH‬בסיסי‪.‬‬
‫על‪-‬סמך נתון זה הגדירו החוקרים את התנאים הרצויים לפעילות האנזים קסילנאז‪ ,‬שישמש‬
‫בתהליך ההלבנה הביולוגית‪.‬‬
‫– טמפרטורה אופטימלית גבוהה מ ‪-60° C‬‬ ‫להלן התנאים שהוגדרו‪:‬‬
‫– ‪ pH‬אופטימלי בין ‪ 9‬ל ‪-11‬‬
‫החוקרים בודדו כמה מוטנטים של הגזע הנבחר‪ .‬לגבי כל מוטנט‪ ,‬אופיינה פעילות הקסילנאז‬
‫על‪-‬ידי בדיקת הפרמטרים האלה‪ :‬הטמפרטורה האופטימלית‪ ,‬ה ‪ -pH‬האופטימלי‪ ,‬הפעילות‬
‫בתנאים אופטימליים וזמן מחצית החיים בתנאים אופטימליים (זמן מחצית חיים הוא מדד‬
‫למשך הזמן שבו האנזים פעיל)‪.‬‬

‫‪doc.8728664‬‬ ‫קיץ תשס"ב‪2002 ,‬‬ ‫‪– 842266‬‬

 ‫הנתונים מוצגים בטבלה ‪ 2‬בגיליון האלקטרוני‪.‬‬
‫לחץ כאן כדי לפתוח את טבלה ‪ 2‬בגיליון האלקטרוני‬
‫כדי לחזור לקובץ השאלות‪ ,‬לחץ בו זמנית על הכפתורים ‪. Alt + Tab‬‬

‫בגיליון האלקטרוני בטבלה ‪ 2‬בצע סינון אוטומטי לנתונים‪ ,‬כדי לבחור את המוטנטים המייצרים‬
‫קסילנאז‪ ,‬שפעילותו מתאימה לתנאים שהוגדרו‪.‬‬
‫מהם המוטנטים שהתקבלו לאחר הסינון?‬ ‫א‪.‬‬ ‫(‪ 10‬נק')‬
‫תשובה‪:‬‬

‫החוקרים התלבטו מהו המוטנט המתאים ביותר להפקת הקסילנאז מבין‬ ‫ב‪.‬‬ ‫(‪ 10‬נק')‬
‫המוטנטים שהתקבלו לאחר הסינון‪ .‬הסבר מדוע‪.‬‬
‫תשובה‪:‬‬

‫פרק שני (‪ 10‬נקודות)‬

‫ענה על שאלה אחת מבין השאלות ‪( 4 – 3‬לכל שאלה ‪ 10‬נקודות)‪.‬‬

‫שאלה ‪ 10( 3‬נקודות)‬

‫חברה מסחרית מעוניינת להפיק את האנזים קסילנאז כדי להשתמש בו בתהליך של הלבנה‬
‫ביולוגית‪ .‬מכיוון שחוקרים כבר רשמו פטנט על הקסילנאז שתואר בבחינה זו‪ ,‬אנשי החברה‬
‫נאלצים להפיק את הקסילנאז מחיידק אחר‪.‬‬
‫מהיכן יוכלו אנשי החברה לבודד חיידקים המייצרים קסילנאז‪ ,‬שיוכל לפעול בתהליך של הלבנה‬
‫ביולוגית?‬
‫בחר אחת מארבע התשובות שלפניך‪ ,‬ורשום את האות המציינת את התשובה הנכונה‪.‬‬
‫מקרחונים בקוטב הצפוני‬ ‫א‪.‬‬
‫ממי מעיינות חמים באזור מיוער‬ ‫ב‪.‬‬
‫ממי נהר בסיביר באזור מיוער‬ ‫ג‪.‬‬
‫מאזור מדברי צחיח‬ ‫ד‪.‬‬
‫תשובה‪:‬‬

‫הסבר את תשובתך תוך כדי התייחסות לתכונות הנדרשות מן הקסילנאז‪.‬‬

‫תשובה‪:‬‬

‫‪doc.8728664‬‬ ‫קיץ תשס"ב‪2002 ,‬‬ ‫‪– 842266‬‬

 ‫שאלה ‪ 10( 4‬נקודות)‬
‫חוקרים מעוניינים לבודד חיידק המייצר קסילנאז כדי להשתמש בו בתהליך של הלבנה ביולוגית‪.‬‬
‫החיידק מצוי בתערובת של חיידקים שונים‪.‬‬
‫לפניך ארבע אפשרויות של תנאי גידול‪ .‬באיזו מהן תבחר כדי לקבל תרבית מועשרת בחיידק‬
‫המייצר קסילנאז? רשום את האות המציינת את התשובה הנכונה‪.‬‬
‫טמפרטורה ‪ 20° C‬עם צלולוז כמקור פחמן בלעדי‪.‬‬ ‫א‪.‬‬
‫טמפרטורה ‪ 60° C‬עם צלולוז כמקור פחמן בלעדי‪.‬‬ ‫ב‪.‬‬
‫טמפרטורה ‪ 60° C‬עם קסילן כמקור פחמן בלעדי‪.‬‬ ‫ג‪.‬‬
‫טמפרטורה ‪ 20° C‬עם קסילן כמקור פחמן בלעדי‪.‬‬ ‫ד‪.‬‬
‫תשובה‪:‬‬
‫נמק את תשובתך‪.‬‬
‫תשובה‪:‬‬

‫פרק שלישי (‪ 60‬נקודות)‬

‫ענה על השאלות ‪ 5‬ו ‪( -6‬לכל שאלה – ‪ 30‬נקודות)‪.‬‬

‫לאחר שהחוקרים בחרו את המוטנט המתאים‪ ,‬הם ניגשו לנקות את האנזים קסילנאז‪.‬‬
‫האנזים קסילנאז נמצא בתערובת עם חלבונים נוספים‪ .‬הם השתמשו בשתי שיטות הפרדה‪.‬‬
‫בשלב הראשון במסננת מולקולרית (הפרדה על‪-‬פי גודל)‪ ,‬ובשלב השני בקולונה של מחליף‬
‫אניונים (הפרדה על‪-‬פי מטען)‪ .‬כל חלבון בתערובת החלבונים מאופיין על‪-‬ידי סימן אחר‬
‫כמפורט במחסן הצורות שלפניך‪.‬‬

‫מחסן הצורות‪:‬‬

‫בטבלה ‪ 3‬שלפניך מופיעים הנתונים של החלבונים בתערובת‪.‬‬

‫המטען ב‬ ‫המטען ב‬ ‫המטען ב‬ ‫המשקל‬ ‫סימן‬

‫‪-pH=6‬‬ ‫‪-pH=7‬‬ ‫‪-pH=8‬‬ ‫המולקולרי (‪)kDa‬‬ ‫החלבון‬
‫‪+‬‬ ‫‪+‬‬ ‫‪+‬‬ ‫‪90‬‬

‫‪0‬‬ ‫–‬ ‫–‬ ‫‪110‬‬

‫‪+‬‬ ‫‪0‬‬ ‫–‬ ‫‪70‬‬

‫–‬ ‫–‬ ‫–‬ ‫‪25‬‬

‫‪3‬‬ ‫טבלה‬

‫‪doc.8728664‬‬ ‫קיץ תשס"ב‪2002 ,‬‬ ‫‪– 842266‬‬

 ‫שאלה ‪ 30( 5‬נקודות)‬
‫לפניך אנימציה המתארת את החלק הראשון של ניקוי תערובת החלבונים‪ :‬הפרדה במסננת‬
‫מולקולרית (הפרדה על‪-‬פי גודל)‪.‬‬
‫שים לב‪ :‬אפשר להזיז את חלון האנימציה לצדו השמאלי של הצג‪ .‬כך תוכל בו‪-‬זמנית‬
‫לעיין באנימציה ולהקליד את תשובותיך בקובץ ה ‪.-Word‬‬
‫כשתפתח את האנימציה‪ ,‬ייתכן שתופיע על הצג תיבת דו‪-‬שיח העוסקת בווירוסים‪.‬‬
‫התעלם ממנה ולחץ על ‪. O.K‬‬
‫לחץ כאן כדי לפתוח את האנימציה‬
‫כדי לצאת מן האנימציה‪ ,‬לחץ על ‪. Esc‬‬

‫כדי לענות על השאלות‪ ,‬היעזר גם בטבלת הנתונים (טבלה ‪.)3‬‬

‫מהו משקלו המולקולרי של החלבון המתאים לשיא ‪ ? B‬נמק את תשובתך‪.‬‬ ‫א‪.‬‬ ‫(‪ 9‬נק')‬
‫תשובה‪:‬‬
‫סמן את החלבון הזה גם בטבלת הנתונים של החלבונים על‪-‬ידי גרירת‬
‫סימנו מתוך מחסן הצורות לתוך הטבלה‪.‬‬

‫פעילות האנזים קסילנאז התגלתה בשיא ‪ . A‬החוקרים לקחו את הפרקציה הזאת והטעינו‬
‫אותה על קולונה של מחליף אניונים (מחליף אניונים קושר חלבונים הטעונים שלילית)‪.‬‬
‫תחילה הוטענו החלבונים לקולונה ב ‪ . -pH=8‬לאחר שנאספו כל החלבונים שיצאו מן הקולונה‪,‬‬
‫בוצעה השטיפה הראשונה ב ‪ . -pH=7‬החוקרים אספו את החלבונים שיצאו ב ‪ -pH‬הזה‪ ,‬ביצעו‬
‫שטיפה נוספת ב ‪ , -pH=6‬ואספו את החלבונים שיצאו‪.‬‬

‫לפניך אנימציה המתארת את החלק השני של ניקוי תערובת החלבונים – הפרדה על קולונה‬
‫של מחליף אניונים (הפרדה על‪-‬פי מטען)‪.‬‬

‫שים לב‪ :‬אפשר להזיז את חלון האנימציה לצדו השמאלי של הצג‪ .‬כך תוכל בו‪-‬זמנית‬
‫לעיין באנימציה ולהקליד את תשובותיך בקובץ ה ‪.-Word‬‬
‫כשתפתח את האנימציה‪ ,‬ייתכן שתופיע על הצג תיבת דו‪-‬שיח העוסקת בווירוסים‪.‬‬
‫התעלם ממנה ולחץ על ‪. O.K‬‬
‫לחץ כאן כדי לפתוח את האנימציה‪.‬‬
‫כדי לצאת מן האנימציה‪ ,‬לחץ על ‪. Esc‬‬
‫כדי לענות על השאלות‪ ,‬היעזר גם בטבלת הנתונים (טבלה ‪.)3‬‬

‫‪doc.8728664‬‬ ‫קיץ תשס"ב‪2002 ,‬‬ ‫‪– 842266‬‬

 ‫מהו משקלו המולקולרי של החלבון המסומן ב‪( -‬ריבוע צהוב)? נמק את‬ ‫ב‪.‬‬ ‫(‪ 9‬נק')‬
‫תשובתך‪.‬‬
‫תשובה‪:‬‬
‫סמן את החלבון הזה גם בטבלת החלבונים‪ ,‬במקום המתאים לו‪ ,‬על‪-‬‬
‫ידי גרירת סימנו מתוך מחסן הצורות לתוך הטבלה‪.‬‬

‫מהו משקלו המולקולרי של החלבון המסומן ב‪( -‬ריבוע ירוק)? נמק את‬ ‫ג‪.‬‬ ‫(‪ 9‬נק')‬
‫תשובתך‪.‬‬
‫תשובה‪:‬‬
‫סמן את החלבון הזה גם בטבלת החלבונים‪ ,‬במקום המתאים לו‪ ,‬על‪-‬‬
‫ידי גרירת סימנו מתוך מחסן הצורות לתוך הטבלה‪.‬‬

‫סמן את האנזים קסילנאז בטבלת החלבונים במקום המתאים לו‪ ,‬על‪-‬ידי‬ ‫ד‪.‬‬ ‫(‪ 3‬נק')‬
‫גרירת סימנו מתוך מחסן הצורות לתוך הטבלה‪.‬‬
‫מהו משקלו המולקולרי של האנזים קסילנאז?‬
‫תשובה‪:‬‬

‫שאלה ‪ 30( 6‬נקודות)‬

‫החוקרים בדקו את יכולת ההלבנה של קסילנאז נקי לעומת יכולת ההלבנה של קסילנאז לא‬
‫נקי‪ .‬כמות החלבון בשני הניסויים הייתה זהה‪.‬‬

‫בטבלה ‪ 4‬בגיליון האלקטרוני נתונה תכולת הליגנין (גרם ליגנין ל ‪ -100‬גרם עיסת עץ) בתהליך‬
‫הלבנה‪ ,‬המבוצע לאורך זמן‪ ,‬עם קסילנאז נקי ועם קסילנאז לא נקי‪.‬‬

‫לחץ כאן כדי לפתוח את טבלה ‪ 4‬בגיליון האלקטרוני‬

‫כדי לחזור לקובץ השאלות‪ ,‬לחץ בו‪-‬זמנית על ‪. Alt + Tab‬‬

‫הוסף שתי עמודות לטבלה ‪ , 4‬וחשב בהן את אחוז הליגנין בעיסת העץ‪ ,‬בכל‬ ‫א‪.‬‬ ‫(‪ 8‬נק')‬
‫אחת מנקודות המדידה‪ ,‬עם קסילנאז נקי ועם קסילנאז לא נקי‪ .‬התייחס‬
‫לכמות הליגנין ההתחלתית כ ‪. -100%‬‬

‫‪doc.8728664‬‬ ‫קיץ תשס"ב‪2002 ,‬‬ ‫‪– 842266‬‬

‫סרטט גרף שיבטא את אחוז הליגנין שיישאר בעיסת העץ‪ ,‬כתלות בזמן‪ ,‬עם‬ ‫ב‪.‬‬ ‫(‪ 8‬נק')‬
‫קסילנאז נקי ועם קסילנאז לא נקי‪.‬‬

‫מצא את משוואות קווי המגמה‪ ,‬וחשב אחרי כמה שעות יישאר בעיסת העץ‬ ‫ג‪.‬‬ ‫(‪ 10‬נק')‬
‫‪ 0.5%‬ליגנין‪ ,‬עם קסילנאז נקי ועם קסילנאז לא נקי‪.‬‬
‫תשובה‪:‬‬

‫לאחר עיבוד הנתונים‪ ,‬החליטו החוקרים להשתמש להלבנה בקסילנאז הלא‬ ‫ד‪.‬‬ ‫(‪ 4‬נק')‬
‫נקי‪ .‬ציין יתרון אחד וחיסרון אחד של ההחלטה הזאת‪ .‬הסתמך על‬
‫תשובתך בסעיף ג'‪.‬‬
‫תשובה‪:‬‬

‫שמור את הקובץ ‪ paper.xls‬באמצעות הפקודה ‪ ,Save‬וסגור אותו‪.‬‬

‫סגור את קובץ השער (‪.)paper_shaar.doc‬‬
‫שמור את הקובץ ‪ paper.doc‬באמצעות הפקודה ‪ , Save‬וסגור אותו‪.‬‬
‫עבור לחלון של ניהול הבחינה‪ ,‬ופעל על‪-‬פי ההנחיות שעל המסך‪.‬‬

‫בהצלחה!!!‬

‫‪doc.8728664‬‬ ‫קיץ תשס"ב‪2002 ,‬‬ ‫‪– 842266‬‬