Biosintesis Protein

Oleh Usman, S.Si., M.Si.

Dosen FKIP Program Studi Kimia Universitas Mulawarman

Protein
Senyawa organik dengan berat molekul tinggi Heteropolimer yang tersusun dari kurang lebih 20 jenis asam amino yang terdapat dalam sel. Untuk mengikatkan satu asam amino dengan asam amino lainnya dibutuhkan ATP Energi untuk sintesa protein cukup besar. cotoh E. Coli, energi yang dibutuhkan untuk sintesa protein mencapai 90 % dari semua energi yang dikumpulkan. Untuk menghasilkan 1 jenis protein dalam jumlah yang besar, diperlukan suatu pola.

Pola tsb menjamin hasil jenis protein identik, ditinjau dari urutan dan frekuensi asam amino yang ada dalam rantai. Kelainan pada pola akan menyebabkan protein yang dihasilkan tidak sama Perbedaan dalam urutan dan frekuensi akan menyebabkan perbedaan stuktur dan fungsi biologiknya Pola itu adalah m-RNA (dibentuk melalui proses transkipsi)

Dimanakah sintesis asam amino di dalam sel dilakukan ? Penemuan pertama Paul Zameenik (1950) : - Mengijeksi as. amino radioaktif ke dlm tikus - Pada berbagai selang waktu setelah injeksi hati hewan diangkat. - Selanjutnya dihomogenasi, difraksionasi dgn sentrifuge lalu diamati utk mengetahui letak protein radioaktif - Dari hasil penelitian diidentifikasi sebagai tempat sintesis protein dinamakan ribosom

Penemuan Kedua Mahlon Hoagland & Zameenik (1950) Pada proses enzimatik, asam amino yang diaktifkan dikaitkan dgn bentuk khusus yang dinamakan m-RNA Penemuan Ketiga Francis Crick (1950), menemukan t-RNA sebagai suatu adaptor (satu bagian molekul t-RNA dapat mengikat asam amino tertentu dan bagian lain dari t-RNA dapat mengenali urutan nukleotida pendek pada m-RNA)
Molekul asam amino Sisi pengikatan asam amino

adaptor
Sisi pengikatan triplet nukleotida

Triplet nukleotida penyandi asam amino tertentu

Dalam biosintesis protein ada dua aspek yang perlu dikemukakan yaitu : Pada pembentukan ikatan peptida merupakan suatu reaksi yang membutuhkan energi. Setiap proetin selalu mempunyai deretan asam amino yang spesifik (ditentukan secara genetis oleh suatu deretan nukleotida DNA dlm kromosom dari nukleus) Kemudian dari aspek tersebut di atas, maka timbul permasalahan sebagai berikut; - Bagaimana asam amino yang membentuk ikatan harus diaktifkan - Bagaimana deretan nukleotida tersebut dipindahkan dari nukleus ketempat sintesa protein (ribosom) - Bagaimana deretan nukleotida tersebut diterjemah kan kedalam deretan asam amino yang spesifik.

Tahapan Penting Dalam Sintesis Protein Komponen yang diperlukan pada setiap tahap dalam sintesis protein Tahap Komponen yang diperlukan

1. Aktivasi asam amino

20 asam amino 20 aminoasil t-RNA sintetase 20 atau lebih RNA pemindah ATP dan kofaktor Mg2+
RNA pembawa pesan N-formilmetionil t-RNA Kodon Inisiasi pada m-RNA (AUG) Sub unit 30S ribosom Sub unit 50S ribosom GTP,Mg2+,Faktor inisiasi (IF1,IF2,IF3)

2. Insiasi rantai polipeptida

Tahapan Penting Dalam Sintesis Protein

Tahap 3. Pemanjangan

4. Terminasi

Komponen yang diperlukan Ribosom 70S fungsionil (Kompleks Inisiasi) t-RNA aminoasil dikhusus oleh kodon Faktor pemanjangn (Tu, Ts dan G) GTP dan kofaktor Mg2+ Peptidil transferase Kodon terminasi pada m-RNA Faktor pembebas polipeptida
Enzim dan kofaktor khusus, untuk melepaskan residu penginisiasi dan pemuka yang memberi isyarat untuk melakukan modifikasi residu ujung, pengikat gugus prostetik enzim dan modifikasi kovalen gugus R asam amino

5. Pelipatan dan pengolahan

Tahap 1 Tahap ini terjadi di dalam sitosol 20 asam amino ini diikat secara kovalen dengan RNA pemindah spesifik (menggunakan energi ATP) Reaksi ini dikatalisis oleh enzim aminoasil t-RNA sintetase dan kofaktor ion Mg2+. Masing-masing spesifik bagi satu asam amino dan tRNA-nya Tahap 2 m-RNA yang membawa sandi polipeptida yang akan dibuat diikat oleh subunit ribosom yang berukuran lebih kecil Diikuti oleh inisiasi asam amino yang diikat oleh tRNA-nya membentuk kompleks inisiasi t-RNA asam amino. t-RNA asam amino penginisiasi berpasangan dengan kodon pada m-RNA (triplet nukleotida spesifik)

Tahap 3 Rantai polipeptida diperpanjang oleh pengikatan asam amino oleh t-RNA dari masing-masing pasangan kodonnya pada molekul RNA pembawa pesan. Pemanjangan diaktifkan oleh protein sitosol yang dinamakan faktor pemanjangan. Energi yang diperlukan untuk setiap residu yang ditambahkan ke polipeptia yang sedang tumbuh diperoleh dari hidrolisis 2 molekul GTP Masing-masing spesifik bagi satu asam amino dan tRNA-nya Tahap 4 Penyempurnaan rantai poliptida diakhiri oleh kodon terminasi pada m-RNA yang diikuti pembebasan dari ribosom (faktor pembebasan)

Tahap 5 Utnuk memperoleh bentuk aktifnya secara biologis, polipeptida harus mengalami pelipatan menjadi konformasi tiga dimensi. Sebelum dan setelah pelipatan, polipeptida baru akan melepas kan asam amino penginisiasi dan dan pengikat gugus fosfat, metil, karboksil, atau gugus lain pada residu asam amino tertentu atau untuk mengikat gugus oligosakarida atau gugus prostetik. 1. Aktivasi asam amino
H O O O adenin

R
H R O enzim

C C O P O NH2

H2N C C O + ATP

Mg2+
Adenilat aminoasil aminoasil-AMP

CH2
H H

OH OH

O
H

Aktivasi asam amino

H O R O O CH2
H

C C O P O NH2 adenin O
H

+ tRNA

Amoniasil tRNA sintetase

Adenilat aminoasil aminoasil-AMP

H OH OH

O tRNA O

P O
O CH2
H

adenin

O
H

H O R C C

OH

NH2
Aminoasil-tRNA

Reaksi aktifasi terjadi dalam dua tahap yang terpisah pd tempat katalitik enzim. AA + ATP + E E [aminoasil adenilat + PPi Senyawa antara, yang terikat oleh enzim aminoasil adenilat Pada reaksi ini, gugus karboksil pada asam amino ter ikat oleh ikatan anhidrida dengan gugus 5-fosfat AMP dan melepaskan pirofosfat. Tahap kedua Pada tahap ini, gugus aminoasil dipindahkan ke gugus 2 atau 3 hidroksil pada residu terminal A molekul tRNA E[aminoasil adenilat] + tRNA aminoasil-tRNA + adenilat + E

Struktur umum aminoasil-tRNA

adenin
Residu terminal A pada ujung 3 H
2 H 3

1H

OH

H2C
O HO P O O C 5 G C

H 4

O C C R O NH2

ribosa

Tangan DHU

Tangan T C

Tangan antikodon

Tahap yang terakhir, gugus aminoasil dipindahkan ke gugus 2 atau 3hidroksil pada residu terminal A molekul tRNA (ikatan ini dapat bolak-bali diantara ggs 2 atau 3) AA + tRNA + ATP aminoasil-tRNA AMP PPi Go = - 7,0 kkal/mol Aminoasil-tRNA sangat spesifik bagi tRNA dan asam amino yang bersangkutan.

Beberapa aminoasil-tRNA sintetase merupakan enzim yang cerdas karena enzim ini mampu memeriksa dan melakukan koreksi terhadap kesalahannya

Inisiasi Polipeptida Melalui Beberapa Tahap Tahap I : Subunit ribosom 30S mengikat faktor inisiasi 3 (IF-3). Selanjutnya mRNA mengikat lokasi khusus pada ribosom 30S (mRNA yaitu 5 kodon AUG 3)
Tahap Pertama

50S
P A

Subunit
ribosom

30S

Subunit
ribosom

50 S

Faktor inisiasi 3 (IF-3)

IF3

IF3

Tahap ke dua

mRNA

5
mRNA

AUG Kodon inisiasi

IF3
AUG

5
Kodon inisiasi

3
f Met GTP IF-2

Tahap II : Kompleks subunit 30S, IF3 dan mRNA membentuk kompleks yang lebih besar dengan mengikat protein pengawal IF-2, GTP dan N-formil-metionil-tRNAfmet pengawal.

f Met
GTP IF-2

3 UAC 5 Antikodon

UAC AUG

Tahap 3
GTP f IF-2Met

UAC AUG

3 50S

IF-2 + IF-3 GDP + Pi

f Met

50 S A 30 S

sisi P

UAC

5 Kodon inisiasi

AUG

3 Kodon selanjutnya

Tahap pemanjangan rantai

sisi P
f Met

50 S A 30 S

UAC

5 Kodon inisiasi

AUG

3 Kodon selanjutnya
f Met

f Met Tu

GTP

Tu

GTP

aminoasil tRNA 2 sintetase f Met aminoasil-2 sisi A 50 S P 30 S

Tu

GTP
GTP

GDP

UAC

@@@

Aminoasil tRNA 2

AUG

@@@

Kodon inisiasi

Kodon selanjutnya

H C O NH R1 C H C O O P

Tahap pemanjangan rantai

NH3 R2 C H C O O A H
AminoasiltRNA 2 Peptidil transferase

f met-tRNA

C O NH R1 C H C O

NH
R2 C H OH Tempat P Tempat A C O O

f met-tRNA

dipeptidiltRNA 2

Tahap pemanjangan rantai

H
C O NH R1 C H C O NH R2 C H
f met tRNA kosong

H C O NH R1 C H

C O NH R2 C H
C O O P A OH
f met tRNA kosong UAC

C O
OH

O A 50 S 30 S

UAC

@@@

@@@ UAC

AUG

@@@

@@@ AUG

Kodon inisiasi

Kodon selanjutnya
Dipeptidil-tRNA2

Dipeptidil-tRNA2

Tiga tahap penting dalam proses penambahan setiap residu asam amino pada rantai polipeptida. 1. Amino asil tRNA pertama-tama diikat oleh kompleks faktor perpanjangan (GTP). Kemudian kompleks Aminoasil-tRNA-Tu-GTP berikatan dengan inisiasi70S pada sisi A ribosom. 2. Pembentukan ikatan peptida antara gugus N-formil metionil dengan gugus amino pada aminoasil-tRN 2 untuk membentuk dipeptidil-tRNA pada sisi`A. (reaksi ini dikatalisis oleh enzim peptidil transferase). 3. Ribosom bergerak menuju ujung 3-mRNA (energi dari hasil hidrolisis GTP pada faktor G). dipeptidiltRNA sekarang pada sisi P dan sisi A siap untuk menerima aminoasil-tRNA selanjtnya

Terminasi sintesis polipeptida Terminasi ditandai oleh salah satu diantara tiga dari triplet kodon mRNA (ketiga triplet kodon mRNA yaitu : UAA; UAG dan UGA) Triplet terminasi ini tidak menyandi asam amino manapun, sehingga kodon ini disebut Triplet Nonsens (triplet tidak bermakna) Ada tiga faktor dalam proses terminasi yaitu : @. Hidrolisis polipeptida dari ujumg tRNA dan melepaskannnya dalam bentuk bebas @. Pelepasan tRNA kosong pada sisi P @. Dissosiasi ribosom 70S menjadi subunit 30S dan 50S, dan siap untuk memulai rantai polipeptida yang baru.

Tahap terminasi
Phe Cys Ala
Ser Terminal Karboksil t-RNA Peptidil

UAC

mRNA

3
Kodon Terminasi R2 R2 R2

Phe

Cys

Ala Ser
t-RNA Peptidil pindah ke sisi P

UAC

5
R2

mRNA

3
Kodon Terminasi

Tahap terminasi
Phe Cys Ala Ser t-RNA Peptidil pindah ke sisi P

UAC

5
R2

mRNA

3
Kodon Terminasi

H 2O Hidrolisis
P
Phe Cys Ala Ser COOH

+
UAC

Polipeptida bebas

5
R2

mRNA

Tahap terminasi
P A

UAC

5
R2

mRNA

tRNA + mRNA
R2

50S

UAC

30S

Kode Genetika - Ribosom (rRNA) dapat membaca kode (sandi) yang

ada pada mRNA dan selanjutnya menter jemahkan nya. - mRNA adalah asam ribonukleat yang terdiri dari monomer-monomer : AMP, GMP, CMP dan UMP. - Urutan basa nitrogen (Adenin, Guanin Citosin dan Urasil) ditentukan atau diarahkan oleh DNA pada proses transkripsi.

M. Nirenberg tahun 1961 Tiga dri molekul RNA sintetik berfungsi sebagai catakan untuk protein dalam ribosom. Jika asam poliuridilat (poli UUU) digunakan sebagai cetakan maka RNA akan memberi kode Fenil alanin AAA akan memberi kode Lisin CCC akan memberi kode Prolin Dari kombinasi ke empat nukleotida pada mRNA maka kemungkinan ada 64 kode yang tergenerasi Namun hanya 61 triplet basa mRNA yang digunakan untuk mengkode 20 jenis asam amino Triplet basa m-RNA disebut kodon Triplet basa t-RNA disebut anti kodon Triplet basa yang tidak menyandi disebut nonsense kodon

Kode Genetika pada Setiap Asam Amino Dalam Biosintesa Protein

U
UUU UUC Phe Phe Leu Leu Leu Leu Leu Leu

C
UCU UCC UCA UCG CCU CCC CCA CCG Ser Ser Ser Ser Pro Pro Pro Pro UAU UAC UAA UAG CAU CAC CAA CAG

A
Tyr Tyr Stop Stop His His Gln Gln UGU UGC UGA UGG CGU CGC CGA CGG

G
Cys Cys Stop Trp Arg Arg Arg Arg

U
UUA UUG CUU CUC

C
CUA CUG

Kode Genetika pada Setiap Asam Amino Dalam Biosintesa Protein

U
AUU AUC Ile Ile Ile Met Val Val Val Val

C
ACU ACC ACA ACG GCU GCC GCA GCG Thr Thr Thr Thr Ala Ala Ala Ala AAU AAC AAA AAG GAU GAC

A
Asn Asn Lys Lys Asp Asp Glu Glu AGU AGC AGA AGG GGU GGC

G
Ser Ser Arg Arg Gly Gly Gly Gly

A
AUA AUG GUU GUC

G
GUA GUG GAA GAG GGA GGG

Kodon inisiasi selalu dalam susuna basa nitrogen AUG Ada kodon yang tidak dapat menyandi salah satu jenis asam amino manapun yaitu : UAA; UAG & UGA. Diantara tiga basa N yang menyandi, hanya basa I & II yang berperan dalam menyandi sedang basa III kurang mempunyai arti. contoh : Glisin, disandi oleh GG Basa N yang ketiga Alanin, disandi oleh GC boleh basa N apa saja.

Contoh :
5-PPP---ACGAGCCGUGAGAGAGUGCUAACC---3-OH

Tahap 5

Tahap 5

Tahap 5

Tahap 5

Tahap 5

Tahap 5

5 G

Tangan DHU

Tangan T C

Tangan antikodon