ICBMI: Aminoácidos

17 de Agosto del 2006

ICMBI, clase 1
Aminoácidos
Dr. José Martínez

Proteínas:

*Las proteínas son polímeros lineales constituidos por unidades monoméricas llamadas
aminoácidos.

*Las proteínas son compuestos orgánicos complejos, cuya estructura básica es una cadena de
aminoácidos.

*Las proteínas son biomoléculas formadas básicamente por carbono, hidrógeno, oxígeno y
nitrógeno. Pueden además contener azufre y en algunos tipos de proteínas fósforo, hierro
magnesio y cobre entre otros elementos.

*Hemoglobina Humana: C2818 H4380 N764 O790 S12 Mw: 61987Da

Esta molécula, sólo para que tengan un punto de referencia les recuerdo que la molécula de agua
es H2O, y la glucosa es C6H12O6

Esto se los digo por que si ustedes se fijan bien, la masa de esta molécula es 61987 veces la masa
de un hidrógeno, por lo tanto entonces estamos frente a moléculas un poquito más grandes, más
complejas. Y de hecho, si ustedes siguen buscando en estas cosas van a encontrar, que las
proteínas poseen además de todo lo que dije arriba, grupos funcionales. Las funciones están
directamente relacionadas a la vez con la función que cumple la proteína.

1 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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Aminoácido:

Es una molécula que tiene un grupo amino y un ácido carboxílico. Ahora, ¿Cuántos aminoácidos
creen ustedes que podríamos nosotros escribir? Millones de aminoácidos. Efectivamente, si
nosotros tenemos cualquiera molécula que tenga un grupo amino y un grupo ácido. El grupo
amino es que el que esta constituido por un nitrógeno y dos hidrógenos, y el ácido, desde el punto
de vista orgánico es COOH.

En los sistemas biológicos existen alrededor de 300 aminoácidos, y de hecho ustedes ven esto que
está acá, que se llama ornitina (aminoácido importante en metabolismo) y la citrulina,
efectivamente poseen un ácido y un grupo amina; por lo que son aminoácidos.

Muchos de estos aminoácidos, cumplen funciones tremendamente importantes dentro de una

célula o un organismo. Encontramos algunos que son intermediarios metabólicos como la ornitina
y citrulina, neurotransmisores o precursores de neurotransmisores, algunas son hormonas,
almacenamiento de energía y otros son precursores de bases nitrogenadas. Los aminoácidos los
estamos encontrando en todas las funciones de la especie y fíjense que no están mencionadas la
formación de proteínas por que eso lo vamos a ver en más extenso.

Pero nosotros vamos a estudiar algunos aminoácidos que tienen un grupo amino y un grupo
ácido, pero que tienen la particularidad de que el grupo amino y el grupo ácido están unidos a un
mismo carbono. Si nosotros aplicamos la nomenclatura de la química orgánica antigua, este
carbono (COO-) es la función más oxidado, es decir NAD. Este carbono (C), que esta ligado a este
carbono (COO-) es el carbono α, y el siguiente el β, el siguiente γ, δ, θ, etc.

NH3+

CH2 CH2 C COO-

Por lo tanto nosotros vamos a estudiar los aminoácidos que son α amino, es decir que tienen el
grupo amino en el carbono α, y son los que va a formar los α aminoácidos.

En los aminoácidos, además del grupo ácido y el amino, vamos a encontrar un grupo de diferente
naturaleza, y a ese le vamos a llamar radical o grupo R.

¿Qué pueden decir ustedes de este carbono (C)?

-Momento dipolar distinto de cero.
-Es quiral.
-Ópticamente activo, presenta actividad óptica rotatoria: que puede rotar el plano de rotación de
una luz polarizada.
Luz polarizada: la luz esta compuesta por un sin numero de vectores que oscilan en una
dirección. La luz blanca es un vector que va girando en varias direcciones. La luz polarizada
va a escoger aquella luz que va en una dirección. Si yo tomo esta luz y la hago pasar por

2 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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una solución, esta luz va a tener un efecto o no, y eso va a depender de si las moléculas
son ópticamente activas. Si esto es así, el plano de oscilación gira. Pueden girar a la
derecha o hacia la izquierda. Esto sucede con algunos azúcares y estos aminoácidos que se
llaman α aminoácidos. El ojo humano no es capaz de percibir estos cambios, pero para
ello se utiliza un prisma y buscar el ángulo en el cual se obtura totalmente a la luz, y el
cambio antes y después de entrar al prisma te da el ángulo.

Que esta molécula sea ópticamente activa, nos va a generar además dos isómeros que se llaman
enantiómeros. Uno que corresponde al D y otro al L. Esta nomenclatura no tiene nada que ver
con las propiedades ópticas rotatorias Esta nomenclatura D y L se basa en una comparación con
molécula gliceraldehído. Si la molécula es un isómero del D gliceraldehído tenemos a un D α
aminoácido; y si es un isómero del L gliceraldehído estamos frente a un L α aminoácido. En la
siguiente tabla tenemos sólo L aminoácidos, y la actividad rotatoria varía entre dextro (derecha) y
levo (izquierda).

Entonces como estamos hablando de configuración, la que implica la manera en la cual están
unidos los átomos al carbono central, a simple vista parece ser bastante difícil hacerlo. Pero hay
una manera bastante simple que inventaron los gringos para identificar los L aminoácidos: si yo
miro desde el hidrógeno hasta el carbono α, y sigo en el sentido de los punteros del reloj, y voy
desde el carboxilo, grupo R y amino, formo la palabra CORN, que en inglés significa maíz, y eso
significa que esto es un L aminoácido.

CO

N R’

Decíamos que los aminoácidos que vamos a estudiar son los α aminoácidos, y en más específico
los L α aminoácidos. Cada vez que hablemos de aminoácidos de ahora en adelante nos
referiremos a L α aminoácido. Esto no quiere decir que los R α aminoácido no sean importantes,
por ejemplo tenemos que en la pared celular de las bacteria encontramos los D alanina y D
glutámico (¿?), pero atención que estos no están formando parte de proteínas. También tenemos
la valinomicina, es un péptido cíclico que actúa como canal iónico. También hay algunos péptidos
con actividad opiácea que se presentan en algunos reptiles. Pero en las proteínas, nosotros no
encontramos D aminoácidos; los aminoácidos genéticamente creados (los que dan lugar a
proteínas), son todos L α aminoácido. Ahora bien, estos aminoácidos, además de tener un grupo
amino y un grupo ácido, en la cadena lateral pueden tener por ejemplo grupos aromáticos, y por
eso se dice que estos aminoácidos son aromáticos, se relaciona las características de los
aminoácidos según su grupo funcional. Son 45 aminoácidos aromáticos.

3 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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Aminoácidos naturales aromáticos:

Fenilalanina FEN F
Tirosina TIR Y
Triptofano TRG W

Algunas cadenas laterales tienen características polares, estas características polares les permiten
establecer interacciones con el agua.

Aminoácidos naturales polares:

Asparragina ASN N
Cisteína CIS C
Serina SER S
Glutamina GLN Q
Metionina MET M
Treonina THR T

También tenemos aminoácidos ácidos, que son los que tienen un grupo carboxilo más.

Aminoácidos naturales ácidos:

Aspártico ASP D
Glutámico GLU E

También tenemos aminoácidos básicos que poseen un grupo amino extra.

Aminoácidos naturales básicos:

HistidinaA HIS H
ArgininaB ARG R
LisinaC LIS K

A
Posee un anillo que se llama Imidasol, que le otorga carácter básico. Este se encuentra
en la cadena lateral.
B
Tiene un grupo llamado Guanidimo.
C
Es polar y apolar a la vez

El nitrógeno cuando esta escrito así: NH3+ es por que esta protonado. El nitrógeno es feliz con dos
hidrógenos, pero cuando él comparte sus electrones libres con un protón, es cuando queda con
carga positiva por que actúa como base, captó protones.

4 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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También existen aminoácidos alifáticos o apolares.

Aminoácidos naturales alifáticos:

Alanina ALA A
Valina VAL V
Leucina LEU L
Isoleucina ILE I

Links:
Principios de estructura de proteínas:
http://www.cfrd.cl/~proteinas
USER: proteinas
PASS: rasmolpro

Apuntes de proteínas:
http://www.udec.cl/~jmartine/curso.html

Los aminoácidos que forman parte de las proteínas son 20, y los dos que faltan son los
aminoácidos conformacionalmente importantes y son especiales. Uno de ellos es la Glicina, que es
aquiral, es decir esta en la forma meso. Este aminoácido no tiene actividad óptica rotatoria, por lo
que no tiene nomenclatura L/D. Al tener como grupo R’ un hidrógeno le da una libertad especial.
El otro aminoácido es la Prolina, en este la cadena lateral esta unida al amino, y esto hace que sea
bastante más rígido. La Prolina no es un amino ácido, por que no tiene un grupo amino (NH2), si no
que un grupo imino (NH), por lo que es un iminoácido. Por esta razón estos dos aminoácidos son
especiales, por que la Glicina no es L, y la Prolina no es aminoácido.

En la cisteína, el grupo SH es importante por que tiende a oxidar, entonces tenemos dos
posibilidades: la primera es que la célula se esfuerce por mantener el grupo SH, y la otra
posibilidad es que de alguna manera lo oxide de forma controlada poniéndole otro grupo SH, lo
que va formar un enlace covalente entre dos cisteínas por el grupo SH, que es lo que se conoce
como puente disulfuro. De esta manera la cistina corresponde a dos cisteínas.

Aparte de esta clasificación, tenemos otras más y se sobreponen unas sobre otras. Los
aminoácidos también se clasifican si son grandes, chicos, cargados (positivo o negativo),
hidrofóbicos, etc.

Ejemplos de aplicación: Si cambio la alanina por un residuo aromático ustedes recuerdan que los
aromáticos son grandes, deben saber que estoy cambiando pequeño por algo grande. Si cambio la
asparragina por la leucina deben saber que estoy cambiando un aminoácidos polar por uno apolar.

5 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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Estos veinte aminoácidos no solo forman parte de las proteínas, si no que también están
presentes en otras funciones del metabolismo. Por ejemplo si uno decarboxila la histimina vamos
a tener la histamina la que guarda relación con los fenómenos de alergia. Algunos aminoácidos
pueden ser transformados al modificar su cadena lateral; esta modificación química le da
características especiales a estos aminoácidos; lo que no significa que sean nuevos, si no que los
mismos pero modificados.

Pero los aminoácidos son más de lo que habíamos visto, por que resulta que el grupo amino no lo
vamos a encontrar como tal, ni tampoco el grupo carboxilo. Para este caso consideramos que el
grupo amino va a ser básico, y el grupo carboxílico ácido. Y además veíamos que las cadenas
laterales de los aminoácidos, en algunos de ellos había un grupo carboxilo, y como buen grupo
carboxilo va a sufrir disociación. Todos los grupos que estamos viendo ahora son ácidos y bases
débiles, es decir que se protonan o deprotonan parcialmente dependiendo de las concentraciones
y el pH. Y entonces nosotros podemos encontrarnos que la cadena lateral de la histimina puede
estar en varias formas. Lo mismo podemos encontrar en la tirosina. Y cada una de estas
disociaciones ocurren con cierta regularidad y hay una relación entre las concentraciones de la
forma protonada y desprotonada; y estas concentraciones están dadas por el equilibrio que
sucede en esta deprotonación, y una medida de este equilibrio es lo que se llama la constante de
disociación como ácido, todo escrito como ácido. Para poder ordenar esto uno utiliza el pKa, y
este pKa es la fuerza con la cual el ácido retiene el protón, mientras más alto sea el valor significa
que lo retiene con más fuerza. Por ejemplo, si el pKa es 12, quiere decir que se necesita un pH de
12 para que se libere el protón. Los aminoácidos además de tenere el grupo carboxilo, tiene el
grupo ámino, y además de eso hay aminoácidos que en sus cadenas laterales tienen grupos
disociables.

Titulación:

Nosotros podemos encontrar a los aminoácidos en tres estados: en una forma catiónica, neutra y
anionica; y eso va a depender de la presencia o no de los protones. Para determinar esto
utilizamos la ecuación de tampones (Henderson Haselbach):

En esta ecuación si nosotros suponemos que tenemos el 100% de base (molécula deprotonada)
eso va a ser cuando el pH sea igual al pKa + 2; y si nosotros tenemos el 100% de ácido (molécula
protonada) es cuando el pH sea igual al pKa – 2. Nosotros podemos pasar de la molécula
totalmente protonada a la totalmente deprotonada por 4 pH de diferencia.

6 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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El ácido acético tiene un pKa de 4,74, por

lo tanto si nosotros comenzamos a
agregarle hidrógeno le estamos
neutralizando el protón. Cuando no le
agregamos hidrógeno, vamos a suponer
que estamos a este valor de pH (2,74),
significa que tenemos el 100% de nuestro
acido acético protonado, y empiezo a
agregarle hidrógeno, va a ir entregando su
protón hasta un punto en que ha entregado
la mitad de sus protones, es el punto de
equivalencia (PI), en este punto tenemos
un 50% protonado y un 50% deprotonado.
Y si sigo agregando protones voy a llegar a
6,74, en el cual todo el ácido acético esta
deprotonado.

En el caso de la glicina yo puedo titular

el grupo carboxílico y el grupo amino.
Y el primero que debo titular es al
grupo carboxilo, por que tiene un pKa
más bajo (es más fácil quitarle los
protones), y después al amino. Si hay
más grupos que se pueden deprotonar,
se titulan en orden creciente de pKa.
También existe la posibilidad de titular
con la molécula totalmente
deprotonada, y comenzar a descender
agregando OH.

7 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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La histidina tiene tres grupos disociables, el carboxilo, el amino y el imidasol, y además se que el
imidasol tiene un valor de 6,0. Y vamos deprotonando desde el que tiene pKa más bajo hasta el
que tiene pKa más alto.

El ácido aspártico tiene dos grupos COOH, uno α y uno β. El primero tiene un pKa de 2,0 y el
segundo de 3,6. El COOHα esta totalmente protonado a un pH de 0,0 y desprotonado a un pH de
4,0; el COOHβ esta totalmente protonado a un pH de 1,3 y esta totalmente desprotonado a un pH
5,6. ¿Por qué el pH de deprotonación de COOHα difiere del pH de protonación de COOHβ; siendo
que son el mismo compuesto? Esto pasa porque ambas reacciones están ocurriendo al mismo
tiempo, pero en que punto tenemos el equilibrio, nosotros debemos calcular el promedio de esos
pH, este punto se llama el punto isoeléctrico. El punto isoeléctrico es el pH cuando una molécula
se encuentra eléctricamente neutra, es decir, que sus cargas positivas y negativas estén
balanceadas, no significa que la molécula no presenta carga, si no que está balanceada.
En este punto la molécula alcanza su mínima solubilidad, no significa que precipite (esto ocurre
sólo cuando hay una gran concentración).

pKa+ es el grupo cuya deprotonación lleva de la carga positiva a la carga cero.

pKa- es el grupo cuya deprotonación lleva de la carga neta cero a negativo.

En este caso el pI de los COOH es 2,8 de pH.

Ahora bién, si: pH>pI la molécula presenta carga neta negativa.

pH<pI la molécula presenta carga neta positiva.
pH=pI la molécula presenta carga neta neutra.

Los aminoácidos ácidos, cuando se deprotonan, pasan a de la carga neutra a tener carga neta
negativa.
Los aminoácidos básicos, cuando se deprotonan pasan de la carga positiva y quedan neutros.

8 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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Caso clínico: Ustedes deben curar a un paciente con cierto aminoácido, pero no lo tienen puro, ya
que esta en una plantita que tiene el aminoácido, pero junto con otro. Usted le da la mezcla de
aminoácidos al paciente pero no le da resultados. Entonces deben separar ambos aminoácidos, el
alcalde del pueblo le ofrece su resina para separar los aminoácidos; y ustedes se acaban de dar
cuenta que son capaces de tener el poder en sus manos.
¿Cómo separarían los aminoácidos?
Con el pH pueden cambiar las cargas de los aminoácidos, dejando a uno positivo y a otro
negativo, y con la resina del alcalde filtran la mezcla y uno de los aminoácidos va a pasar. Como la
resina es negativa va a atrapar al aminoácido cargado positivo, mientras que el otro pasa de largo.
Pero ustedes necesitan el aminoácido que quedó en la resina, ahora ¿Cómo la sacan de la resina?
Cambiando nuevamente el pH para que el aminoácido quede cargado negativo y se libere de la
resina.

9 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy