Chapitre VI : Métabolisme énergétique des bactéries chimioorganotrophes

I-Intro
La synthèse des constituants bact nécessite : pénétrat° transformat° et
assemblage des nut qu’elle va puiser ds le milieu de culture.
Á chacune de ces étapes il y a consomat° d’NRJ rôle du métabolisme 
product° de cette NRJ.
Se sont ttes des r° d’ox/red au cour de la quelle une source d’NRJ est
oxydée. Chez les bact chimiotrophes NRJ fournies/ ox de substances
chimiques, chez les bac chimioorganotrophes le substrat énergétiq oxydé
est une mol org (préférentiellement un glucide). Dans la cell bact ces ox
 prod ATP
[Formule de l’ATP]
ATP assure le couplage r° exothermiq productrices d’NRJ et endothermiq
consommatrices d’NRJ. L’hydrolyse des liaisons entre l’adénosine et grpmt
phosphates sont dites riches en NRJ car hydrolyse libère 30kJ.mol-1 dans
les condit° standards
ATP+H2O (ATPase)--/ -- (ATPsyntétase)ADP+Pi+30 kJ
Sens ATPADP+Pi: Prod d’NRJ utilisable ds r° de biosynthèses
Sens ADP+PiATP: NRJ fournies par le métabolisme énergétique

II-Les gdes voie du métabolisme énergétique des bact

chimioorganotrophes
II-1-La dégradat° du substrat énergétiq (1er étape commune)
La source d’NRJ est un red susceptible d’être oxydées se sont
généralement des mol hydrogénées (AH2) leur oxydat° (perte d’e-)
correspond à une déshydrogénation :
AH2 (donneur d’e-) –(déshydrogénation)A(prod oxydé) + 2H++2e-(+ NRJ)

Dans la nature les e- sont captés/ un oxydent B accepteur d’e- :

B (accepteur d’H+)+2H++2e-H2 (prod d’NRJ)
Bilan final:
AH2+BA+BH2
Les principaux accepteurs intermédiaires d’e- sont des coenzymes : le
NAD ;NADH,H+,le FAD ;FAH,H2 . Ces coenzymes font passer les e- d’une r°
à l’autre
[Schéma respirat° et oxydat°]
L’oxydat° du substrat AH2 conduit donc a la format° d’une quantité
importante de coenzymes réduits (NADH,H+ et FAD,H2) mais ces
coenzymes réduits sont en quantité limités dans la cell il faut les
régénérer ce qui suppose un transfère des e- sur un oxydent B
II-2-La réoxydat° des coenzymes réduites : 2 voies possibles
• Les e- passent sur une chaine de transporteur respirat°
[Fig 1]
Les e- libérés/ les coenzymes réduits passent sur une série de
transporteurs d’e- jusqu’à être accepté/ une mol minérale ( en générale)
dont la réduct° donne un composé stable
Cet accepteur d’e- peut être :-Oxygène  respirat° aérobie
-autres mol et ions minérales respirat°
anaérobie (en absence d’O2) nitrates, nitrites,
sulfates, sulfites, CO2…
-Rarement une mol org comme le fumarate

Ces r° sont couplées ac la synthèse de mol d’ATP en raison de libérat°

importante d’NRJ. Au cour de ces r° le transfère d’H et d’e- du substrat sur
l’accepteur est réalisé/ tt une série d’enzyme ou déshydrogénase spé de
ce substrat. Elles forment une chaine de transporteurs éléctroniq
transmembranaires donc associé a des coenzymes qui acceptent l’H du
substrat.

• Il n’y a pas de chaine de transporteurfermentat°

[Fig 2]
L’accepteur d’e- est une ou plusieurs mol org (ex : pyruvate qui donne de
l’ac lactique, éthanal utiliser dans la fermentation des levures)
Respirat° et fermentat° ne sont pas contradictoires (ex: sur HL) une bact
peut avoir un métabolisme oxydatif en aérobiose et fermentatif en
anaérobiose.
Généralement une bactérie aérobie stricte ne pourra pas fermenter mais
elle sera peut-être capable de faire la respirat° des nitrates ou autres
(respirat° des nitrates)

II-3-Les mécanismes de product° d’ATP

a) Phosphorylat° du substrat
Certaines r° de l’oxydat° de la source de C sont exothermiques, un
couplage est alors possibles ac la synthèse d’ATP quand l’NRJ est
suffisante.
Acétyl-COA + H3PO4acétyl-P + COA
Acétyl-P + ADP acétate + ATP
La format° d’une liaison à haut potentiel d’hydrolyse (ADPATP) au cour
d’une r° d’ox du substrat / fixat° enzymatique d’un P inorganiq (H3PO4),
l’ATP permet de mettre l’NRJ en réserve pour l’utiliser en cas de besoin.
b) Phosphorylation oxydative
Chez les bact la chaine de transporteur est située au niveau de la
membrane plasmiq .l’NRJ libérée / les r° successives est utilisée pour
expulser les p+ (théorie de Mitchell), cette pompe a p+ crée un gradient
éléctrochimiq permettent la synthèse de l’ATP/ la rentrée de p+, ce
gradient est lui même à l’origine d’une pompe, utilisé pr le transport actif,
prod de mol riches en NRJ et la mobilité. La mise en réserve de l’NRJ libéré/
oxydat° des transporteurs ss forme d’ATP.

III-Intégration du métabolisme énergétique dans le métabolisme cellulaire

II-1-Vue d’ensemble
Le métabolisme peut être divisé en 3 étapes :
1- Les grosses molécules nutritives sont hydrolysées en leurs unités
constitutives, peu d’NRJ produite
2-Les monomères sont dégradés en quelques mol + simple (acétyle CoA,
pyruvate…)
3-Les constituants nut sont introduits dans le cycle de KREBS, oxydation
complète en CO2 (aérobiose, beaucoup d’NRJ) et une partie de la prod
d’NRJ provient de l’oxydat° des coenzymes dans la chaine des
transporteurs d’e-
2-Dégradation du glucose en ac pyruvique (pyruvate), la glycolyse.
Le catabolisme du glucose chez les bactéries chimioorganotrophes débute
en générale par la glycolyse (voie d’EMBDEN-MEYERHOF) elle se déroule
dans le cytoplasme en aéro ou anaérobiose
[Fig 2.La glycolyse]
Une molécule de glucose (6C) est oxydée en 2 molécules d’ac pyruvique
(3C)
Dans l’étape initiale a 6C le glucose est phosphorylé 2 fois et converti en
fructose 1-6 biphosphate, cette première étape ne prod ni NRJ no
coenzyme réduit, elle amorce la pompe par addition de 2 groupements
phosphates à chacune des extrémités de l’ose.
BILAN :
1glucose + 2NAD+ + 4 ADP+Pi + 2 ATP  2 ac pyruvique + 2NADH,H+ +
4 ATP + 2 ADP+Pi
D nombreux glucides peuvent être utilisés comme substrat énergétique, la
plus part sont transformés en glucose/bactéries de même pour les dérivés
glucidiques (ex : esculine)
II-3-Devenir de l’ac pyruvique
Il peut être dégradé de 2 façons selon les bactéries et les conditions du
milieu.
II-3-1-Le cycle de KREBS : oxydat° du pyruvate
Métabolisme oxydative du glucose, oxydat° complète de l’ac pyruvique en
CO2 (dégradation aérobie du pyruvate)
[Doc 4.Fig.3 .Cycle des ac tricarboxyliques]
Le pyruvate subie une décarboxylation et une déshydrogénation pour
donner l’acétyle CoA car unie au CoA par une liaison riche en NRJ, au cours
de cette réact° il y a product° d’un NADH,H+ .
Le cycle de KREBS représente l’ensemble des r° qui à partir du citrate
conduisent a recycler l’oxaloacétate, le citrate étant obtenue par
combinaison de l’acétyle-CoA à une molécule d’oxaloacétate.
BILAN:
Acétyl-CoA + 3 NAD+ + Pi + ADP + FAD  2CO2 + 3 NADH,H+ + 1 FADH2
+ ATP
Une mol de glucose produit donc 12 paires d’hydrogène sous forme de
coenzyme réduits, ces coenzymes réduits alimentent la chaine respiratoire
ce qui permet une prod supplémentaire d’ATP par une phosphorylation
oxydative, l’oxygène est l’accepteur final d’e-, on peut écrire de façon
globale
24H + 6 O2  12 H2O
Glucose + 6 O2  6 CO2 + 12 H2O
[Bilan doc. 4]
1 molécule de NADH,H+  3ATP
NADPH,H  3 ATP
+

FADH2  2 ATP
BILAN TOTAL
8NADH,H+ + 2NADPH,H+ + 2FADH2
Cette oxydation complète du glucose en CO2 fait apparaitre des
métabolites intermédiaires acides qui ne s’accumulent généralement pas.
La dégradation du glucose par la glycolyse et le cycle de KREBS n’entraine
qu’une faible acidification du milieu de culture (cf. Hugh Liefson en
anaérobiose).
Il existe une alternative à la glycolyse : le shunt des exophosphates

II-3-2-Les fermentations réduction du pyruvate

C’est le métabolisme fermentatif du glucose
C’est l’oxydation incomplète de l’ac pyruvique dégradation anaérobie du
pyruvate. Au cours du métabolisme fermentatif la réoxydation obligatoire
des coenzymes réduits produit au cours de l’oxydation du glucose en
pyruvate qui à pr accepteur final d’e- une molécule organique. Ces
accepteurs terminaux peuvent être alors des molécules dérivées du
pyruvate ou le pyruvate lui-même, c’est une fermentation.
Les fermentat° à partir du pyruvate sont nombreuses et variées, les prod
formés peuvent êtres des ac organiques des alcools et des gaz, que l’on
retrouve dans les milieux de culture.

IV-La respiration aérobie

IV-1-Généralité sur la chaine respiratoire
Lors de l’oxydation du glucose par les voies cataboliques tel que la
glycolyse et le cycle de KREBS, les e- et les p+ initialement pris en charge
par des coenzymes (NAD+ , FAD ou NADP) vont être transférés sur une
chaine de transporteurs membranaires, cette chaine de transporteur ou
chaine respiratoire permet au terme d’une suite de r° d’ox/red de céder les
e- et p+ à un accepteur final exogène (molécule oxydée présente dans
l’env ou le milieu de culture)
Ces multiples r° d’ox/red permettent la créat° d’un gradient
électrochimique de part et d’autre de la membrane, une enzyme
membranaire, l’ATPsynthétase utilise ce gradient pour produire de l’ATP, on
parle de phosphorylation oxydative. Dans la respirat° aérobie la
réoxydation de coenzymes réduits est assurée par le transfert des
électrons par voie cytochromique vers le O2.
Cytochromes sont des hétéroprotéines membranaires fonctionnant comme
des transporteurs d’e-, certains ont une action enzymatique ou
fonctionnent en même temps comme translocateurs de p+. Chez les
bactéries la composit° en cytochrome de la chaine respiratoire est très ≠
de celle des eucaryotes, mais varie aussi d’une espèce a l’autre ainsi
qu’au sein d’une espèce en f° des condit° de culture. Toutes les bactéries
a respirat° aérobie ont un type métabolique qualifiés d’oxydatifs

IV-2-Les bactéries oxydase positive

[doc5]
IV-3-Les bactéries oxydase négative
Chez les bactéries oxydase – généralement le FAD remplace le FMN, la
chaine cytochromique est plus simple avec l’absence de cytochrome C et
A et le remplacement de ces dernier par le cytochrome O (= cytochrome
oxydase). L’oxydase recherchée en labo est certainement une cytochrome
C oxydase. Il y a 2 sites d’expult° des p+ aulieu de trois chez les oxydase +

IV-4-Les bactéries aérobies et anaérobies

Les bactéries aérobies utilisent l’O2 comme accepteur final d’e-. Toutes les
bactéries utilisées en atmosphère aérobie n’utilisent pas forcément une
respiration aérobie pour réoxyder les coenzymes réduits, les bactéries
aéro-anaérobie peuvent ne pas utiliser le O2 et peuvent se développer en
son absence et utilisent d’un autre minéral ou utilisation d’une mol
organique (fermentation). Les bactéries anaérobie strictes ne tolèrent pas
l’oxygène, il est toxique car :
-sa présence inhibe des enzymes clé du métabolisme (ex : la nitrogénase)
-certaines r° métaboliques en présence d’O2 entrainent la formation de
composés toxiques (ex : superoxyde (O2-) ou le peroxyde que la bactérie
ne sait pas neutraliser et qui attaque l’ADN, les lipides …)
O2+2H++e- H2O2
O2+e O2-
En outre les superoxydes et peroxydes peuvent agir entre eux pour donner
dériver encore plus toxique, les radical OH
O2-+ O2 O2+OH+OH
La catalase :
Présente chez les bactéries aérobies, aéro-anaérobie et dans une moindre
mesure chez les bactéries µaérophiles, elle est absente chez les bactéries
anaérobies.
H2O2  H2O+1/2 O2
Très utile pour distinguer les coques gram + entre eux
La peroxydase :
C’est une enzyme oxydant des substrats variées à l’aide de H2O2 qui se
réduit en O2 , elle a 2 substrats contrairement à la catalase qui en a qu’un
(H2O2)
XH2 (=le substrat réduit)+ H2O2 2 H2O+ X (=substrat oxydé)
La peroxydase permet à certaines bactéries qui n’ont pas de catalase de
tolérer l’O2, c’est le cas des lactobacilles qui sont aéro-anaérobie.
Les streptocoques qui non ni catalase ni peroxydase possèdent le la
NADpéroxydase.
H2O2+NADH,H+  2 H2O+ NAD+
La superoxyde dismutase (SOD), c’est une enzyme qui catalyse une r° de
dismutation c.à.d. une r° au cours de laquelle un ion superoxyde en oxyde
un autre, il agit en oxydent et en réducteur.
2O2- + 2H+  H2O2 +O2
Une des sources de l’anion superoxyde est l’activité des oxydases. La SOD
est une enzyme inductible synthétisée en aérobiose

V-La respiration anaérobie

V-1-Généralités
Des chaines respiratoires peuvent être réalisées en anaérobiose. Certaines
espèces bactériennes peuvent utiliser comme accepteurs finales d’e- des
composés minéraux oxydés du milieu de culture autre que le dioxygène, il
s’agît principalement :
-des les composées azotées oxydées (nitrates NO 3-, nitrites), ces respirat°
anaérobies sont souvent alternatives à la respirat° aérobie.
-Les composés soufrés (sulfites SO32-, thiosulfate S2O32-) quand cette
respirat° anaérobie est obligée, les bactéries sulfito-réductrices qui
l’utilisent sont le plus souvent anaérobie stricte. Toutes ces respirations
anaérobies sont bien des respirations au sens ou il existe une chaine
membranaire avec création d’un potentiel électrochimique de membrane
permettant la phosphorylation oxydative.
Les composés organiques peuvent être accepteurs terminaux d’e-, la
respirat° fumarate peut suivant les conditions de culture se rencontrer
chez une multitude de µorg procaryotes, des bact aérobies et anaérobie
facultative.
ATTENTION : ne pas confondre avec une fermentation autours de laquelle
n’interviens ni force protomotrice ni transporteurs d’e-.
V-2-La respiration des nitrates
[doc 5 fig 2]
La disparition des nitrates correspond à la définition de dénitrification. Les
bactéries dénitrifiantes appartiennes à de nombreux genres
(Pseudomonace, Bacillus…)ce sont des espèces bactériennes aérobies qui
peuvent opter en anaérobiose et en présence de nitrates dans le mileiu
pour une respiration anaérobie nitrate après synthèse de 2 protéines
membranaires, le cytochrome BNO3- et la nitrate réductase A notée NRA.
La chaine respiratoire pouvant alors utiliser le nitrate comme accepteur
final d’e-
V-3-Recherche de la NR (cf. TP)