Transkripsi adalah proses pembentukan RNAbaik mRNA, tRNA, maupun rRNA dengan

menggunakan cetakan DNA. Proses penyalinan inti ini, dilakukan oleh RNA polymerase. Pada
sel prokariot, pembentukan beberapa jenis RNA dilakukan satu jenis enzim RNA
polymerase.Sedangkan pada sel eukariot, setiap jenis RNA disintesis oleh satu jenis RNA
polymerase.
Komponen Yang Terlibat Dalam Transkripsi Pada Eukariot
1. DNA Cetakan (DNA Templet)
2. Enzim RNA Polymerase I, II, dan III
3. Faktor transkripsiumum dan khusus(TFTFIIB,D,E,F,H)
4. Promoter : TATA box (TATAAAA)
Mekanisme Transkripsi Pada Eukariot
Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada
prokariot.Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin transkripsi pada
eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada mekanisme pada
prokariot. Secara umum mekanisme transkripsi dimulai dari inisiasi, elongasi dan terminasi.
Tetapi pada eukariot terdapat tiga gen kelas yang berperan dalam proses transkripsi, karena itu
transkripsi harus dilakukan pada masing-masing gen kelas tersebut.
Transkripsi gen Kelas II

Pembentukan kompleks pra-inisiasi transkripsi pada eukariot
Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polimerase II yang dibantu oleh beberapa Iaktor
transkripsi umum. Penyusunan kompleks Iaktor transkripsi umum dan RNA polimerase II pada
daerah promotor membentuk kompleks pra inisiasi yang akan segera mengawali transkripsi jika
ada nukleotida. Ikatan semacam ini membuat daerah promotor menjadi terbuka sehingga RNA
polimerase II dapat membaca urutan DNA pada cetakan. Faktor transkripsi umum yang berperan
dalam mengarahkan RNA polimerase II kepromotor adalah TFIIA, TFIIB, TFIID,TFIIE, TFIIF,
TFIIH dan TFIIJ. Faktor-Iaktor transkripsi tersebut akan menempel ke daerah promotor secara
beratahap sebelum akhirnya terbentuk kompleks pra inisiasi. Penempelan Iaktor transkripsi
tersebut terjadi dengan urutan (1) pertama-tama TFIID menempel pada bagian kotak TATA pada
promotor, yang dibantu oleh Iaktor TFIIA sehingga membentuk kompleks DA. (2) kemudian
diikuti oleh penempelan TFIIB, (3) TFIIF selanjutnya menempel diikuti oleh penempelan RNA
polimerase II, (4) akhirnya Iaktor TFIIE akan menempel diikuti oleh TFIIH dan TFIIJ.
Kompleks pra inisiasi yang terbentuk disebut kompleks DABPolFEH.
Setelah terbentuk kompleks pra inisiasi RNA polimerase II siap untuk melakukan proses
transkripsi jika ada nukleotida. Faktor transkripsi yang penting untuk mengawali inisiasi proses
transkripsi adalah TBP, TFIIB, TFIIF, dan RNA polimerase II tanpa adanya TFIIE dan TFIIH,
sebenarnya sudah dapat terjadi transkripsi namun tidak sempurna. Pembentukan transkripsi yang
tidak sempurna tersebut menandakan telah terbentuknya kompleks inisisasi termasuk terjadinya
pembukaan DNA secara lokal dan pembentukan ikatan pospodiester pertama. Dalam hal ini
Iaktor TFIIE dan TFIIH tidak diperlukan dalam proses inisiasi melainkan diperlukan dalam
proses pelepasan dari promotor yang menandai dimulainya transkripsi (pemanjangan transkip)
secara aktiI. Pelepasan dari promotot tersebut dikatalisis oleh aktiIitas DNA helikase yang
dimiliki oleh TFIIH sehingga menyebabkan terbukanya DNA pada daerah promotor. Hal ini
dilakukan dengan cara memuntir DNA di daerah hilir dari bagian yang berikatan dengan Iaktor
transkripsi yang lain sehingga terbentuk gelembung transkripsi. Pembentukan gelembung
transkripsi memunkinkan RNA polimerase untuk memulai transkripsi dan bergerak dari hilir
sepanjang 10-12 nukleotida. Pergerakan RNA polimerase tersebut dibantu oleh aktiIitas TFIIH
yang menyebabkan pemanjangan gelembung transkripsi.
Faktor TFIIH mempunyai banyak peranan salah satunya adalah proses IosIorilasi RNA
polimerase II menjadi bentuk IIO. TFIIH diketahui mempunyai aktiIitas kinase CTD. Bentuk
RNA polimerase IIO inilah yang selanjutnya melakukan proses pemanjangan transkripsi.
FosIorilasi terjadi pada asam-asam amino pada bagian CTD yang ada pada subunit RNA
polimerase II yang paling besar. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa proses IosIorilasi
RNA polimerase II menjadi inisiasi dan selanjutnya terjadi pemanjangan transkripsi. IosIorilasi
pada RNA polimerase II menyebabkan terjadinya komIirmasi kompleks inisiasi menjadi bentuk
yang siap untuk melakukan pemanjangan transkripsi. Pemanjangan transkripsi tersebut dapat
terjadi karena IosIorilasi RNA polimerase II menyebabkan ikatan antara CTD dan TBP menjadi
lemah. Dengan adanya nukleotida maka kompleks pemanjangan (elongation kompleks) dapat
meneruskan pemanjangan transkrispi (RNA).
Proses pemanjangan transkripsi akan berjalan sampai RNA polimerase II mencapai daerah
terminator. Terminasi transkripsi dapat terjadi karena adanya aktiIitas IosIatase yang spesiIik
untuk CTD sehingga mengembalikan RNA polimerase II menjadi bentuk yang tidak mengalami
IosoIorilasi. Dalam keadaan tidak mengalami IosIorilasi RNA polimerase II dapat digunakan lagi
untuk proses transkripsi berikutnya.
Transkripsi gen klas III
Normal

Pembentukan Kompleks pra-inisiasi gen kelas III
Transkripsi gen kelas III (gen tRNA dan 5S rRNA) dilakukan oleh RNA polimerase III
dibantu oleh sekelompok protein yang dikenal sebagai Iaktor transkripsi TFIII yang meliputi;
TFIIIA, TFIIIB, dan TFIIIC serta protein TBP.
Mekanise transkripsi gen kelas III pertama-tama, Iaktor TFIIIC menempel pada kotak A
dan kotak B yang ada pada promotor internal. Penempelan TFIIIC tersebut mendorong
penempelan TFIIIB dan TBP pada daerah sebelah hulu dari titik awal replikasi. Selanjutnya,
RNA polimerase III menempel pada daerah awal transkripsi dan siap memulai proses transkripsi.
Pada saat transkripsi dimulai RNA polimerase III menyebabkan TFIIIC terlepas dari ikatannya
dengan kotak A dan kotak B pada daerah promotor internal, sementara TFIIIB tetap berada
ditempatnya untuk memulai rangkaian proses transkripsi berikutnya. Secara invitro kompleks
ikatan TFIIIA, TFIIIB, TFIIIC, dan RNA polimerase III tersebut dapat mendukung proses
transkripsi sampai kurang lebih 40 kali. Selama rangkaian proses tersebut, RNA polimerase III
akan berdisosiasi dan berasosiasi kembali ke dalam kompleks protein setiap kali terjadi proses
transkripsi. Sejauh ini diketahui bahwa terminasi transkripsi gen kelas III terjadi pada suatu
daerah tertentu dan tidak melibatkan protein khusus.
RNA Pol III terdapat di dalam nukleoplasma dan sekurang-kurangnya terdiri atas 16
subunit yang berbeda.Enzim ini menyintesis prekursor tRNA, 5S rRNA, serta berbagai snRNA
dan RNA sitosolik. Transkrip pertama yang dihasilkan dari gen-gen tRNA merupakan molekul
prekursor yang akan diproses menjadi RNA matang. Daerah kontrol transkripsi gen-gen tRNA
terletak di sebelah hilir tapak inisiasi transkripsi. Ada dua urutan yang sangat konservatiI di
dalam gen tRNA, yaitu kotak A (5`- TGGCNNAGTGG 3`) dan kotak B (5`-
GGTTCGANNCC 3`). Kedua urutan ini juga menyandi urutan penting di dalam tRNA sendiri,
yang disebut dengan kala D (D-loop) dan kala T1C.Hal ini berarti bahwa urutan yang sangat
konservatiI di dalam tRNA juga merupakan urutan promoter yang sangat konservatiI.
Dua Iaktor pengikatan DNA yang kompleks telah diketahui memegang peranan penting
dalam inisiasi transkripsi tRNA oleh RNA Pol III TFIIIC mengikat baik kotak A maupun kotak
B di dalam promoter tRNA. Sementara itu, TFIIIB mengikat daerah sejauh 50 pb ke arah hulu
dari kotak A. TFIIIB terdiri atas tiga subunit, yang salah satu di antaranya adalah TBP, suatu
Iaktor inisiasi umum yang diperlukan oleh ketiga RNA polimerase. Subunit yang kedua dan
ketiga masing-masing dinamakan BRF dan B``.Faktor TFIIIB tidak memiliki spesiIisitas urutan
sehingga tempat pengikatannya bergantung kepada posisi pengikatan TFIIIC pada DNA.TFIIIB
memungkinkan RNA Pol III untuk melakukan inisiasi transkripsi.Begitu TFIIIB terikat, TFIIIC
dapat dikeluarkan tanpa mempengaruhi transkripsi.Oleh karena itu, TFIIIC dapat dilihat sebagai
Iaktor perakitan untuk penempatan Iaktor inisiasi TFIIIB.
RNA Pol III mentranskripsi gen 5S rRNA, yang merupakan satu-satunya subunit rRNA
yang ditranskripsi secara terpisah. Seperti halnya gen-gen rRNA lainnya yang ditranskripsi oleh
RNA Pol I, gen-gen 5S rRNA tersusun secara tandem (berurutan) di dalam suatu rumpun gen.
Pada manusia terdapat suatu rumpun yang berisi sekitar 2.000 gen. Promoter gen 5S rRNA
mengandung daerah kontrol internal yang dinamakan kotak C. Letaknya sekitar 81 hingga 99 pb
ke arah hilir dari tapak inisiasi transkripsi. Selain itu, terdapat juga kotak A yang berada pada
posisi sekitar 50 hingga 65. Kotak C pada promoter 5S rRNA berperan sebagai tempat
pengikatan protein spesiIik, yaitu TFIIIA.TFIIIA bekerja sebagai Iaktor perakitan yang
memungkinkan TFIIIC berinteraksi dengan promoter 5S rRNA. Sementara itu, kotak A akan
menstabilkan pengikatan TFIIIC sehingga Iaktor ini berikatan dengan DNA pada posisi yang
relatiI sama dengan posisi pengikatan pada promoter tRNA. Begitu TFIIIC terikat pada DNA,
TFIIIB dapat berinteraksi dengan kompleks pengikatan tersebut dan memungkinkan RNA Pol III
untuk melakukan inisiasi transkripsi.
Banyak gen yang ditranskripsi oleh RNAs Pol III bergantung kepada urutan hulu untuk
regulasi transkripsinya. Beberapa promoter seperti U6 snRNA dan gen-gen RNA kecil dari virus
Epstein-Barr hanya menggunakan urutan regulator yang letaknya di sebelah hulu dari tapak
inisiasi transkripsinya. Daerah penyandi U6 snRNA mempunyai sebuah kotak A yang khas.
Akan tetapi, urutan ini tidak diperlukan untuk transkripsi.Daerah hulu pada U6 snRNA
mengandung urutan khas promoter RNA Pol II, yang meliputi kotak TATA pada posisi -30
hingga -23. Promoter ini juga memiliki beberapa urutan di daerah hulu sebagai tempat
pengikatan Iaktor transkripsi lainnya seperti pada kebanyakan gen U RNA yang ditranskripsi
oleh RNA Pol II. Hal ini mendukung pendapat bahwa Iaktor-Iaktor transkripsi umum dapat
mengatur gen-gen yang ditranskripsi baik oleh RNA Pol II maupun oleh RNA Pol III.
Terminasi transkripsi oleh RNA Pol III nampaknya hanya memerlukan pengenalan
polimerase berupa urutan nukleotida sederhana.Urutan ini terdiri atas sekelompok residu dA
yang eIisiensi terminasinya dipengaruhi oleh urutan di sekitarnya. Urutan 5`- GCAAAAGC 3`
merupakan sinyal terminasi yang eIisien untuk gen 5S rRNA pada Xenopus borealis.
Transkripsi gen kelas I
Transkripsi gen kelas I dilakukan oleh RNA polimerase I. proses transkripsi gen kelas I
juga dimulai dengan pembentukan kompleks pra inisiasi yang dilakukan oleh RNA polimerase I
dan dua Iaktor transkripsi yaitu SL1 dan UBF (Upstream binding Iactor). SL1 merupakan Iaktor
transkripsi yang mempunyai spesiIisitas untuk suatu species, artinya dapat membedakan antara
promotor gen pada manusia dan promotor gen pada hewan. Faktor SL1 diketahui berperan dalam
penyusunan kompleks pra inisiasi RNA polimerase 1.SpesiIisitas SL1 terhadap suatu promotor
dibantu oleh elemen promotor utama (core promoter elemen).
Transkripsi gen kelas I dimulai dari daerah promotor antara dan berakhir pada sisi
sebelah hulu promotor utama. Hal ini dimaksudkan untuk mengantarkan molekul RNA
polimerase I dalam jumlah besar kesisi inisiasi. Secara rinci mekanisme inisiasi transkripsi gen
kelas I sampai saat ini belum diketahui secara jelas. Selain Iaktor SL1 inisiasi transkripsi gen
kelas I juga memerlukan Iaktor transkripsi UBF. Faktor UBF inilah yang menempel pada daerah
promotor gen rRNA secara langsung dan bukan RNA polimerase I. hasil penelitian menunjukan
bahwa Iaktor SL1 yang berasal dari manusia tidak berikatan langsung pada DNA sedangkan SL1
yang berasal dari mencit dapat menempel pada promotor gen rRNA mencit sehingga Iaktor
Iaktor transkripsi SL1 yang berasal dari manusia hanya aktiI terhadap promotor manusia
sedangkan SL1 mencit juga aktiI pada promotor mencit. Sebaliknya, Iaktor transkripsi UBF yang
berasal dari manusia dapat menggantikan Iungsi UBF dari mencit dan sebaliknya.
RNA Pol I bertanggung jawab dalam sintesis rRNA secara terus-menerus selama
interIase. Sel manusia mengandung lima rumpun (cluster) gen penyandi rRNA yang terdiri atas
sekitar 40 salinan dan terletak pada kromosom-kromosom yang berbeda. Masing-masing gen
rRNA menghasilkan transkrip 45S rRNA yang panjangnya lebih kurang 13.000 nukleotida (nt).
Transkrip ini akan terbagi menjadi sebuah 28S (5.000 nt), 18S (2.000 nt), dan 5,8S (160 nt)
rRNA. Transkripsi salinan gen-gen rRNA secara berkesinambungan diperlukan untuk
mencukupi produksi rRNA yang selanjutnya akan dikemas ke dalam ribosom.
Masing-masing rumpun gen rRNA dikenal sebagai daerah pengatur nukleolar (nucleolar
organizer region) karena nukleolus mengandung kala (loop) DNA berukuran besar yang sesuai
dengan rumpun-rumpun gen tersebut. Setelah sebuah sel dihasilkan dari mitosis, sintesis rRNA
akan dimulai kembali dan nukleoli yang kecil akan muncul pada lokasi kromosomal yang
ditempati oleh gen-gen rRNA. Selama sintesis rRNA berlangsung aktiI, transkrip pra-rRNA
dikemas di sepanjang gen-gen rRNA dan jika divisualisasikan menggunakan mikroskop elektron
akan nampak sebagai `struktur pohon natal`. Di dalam struktur ini transkrip-transkrip RNA
dikemas dengan rapat di sepanjang molekul DNA dan masing-masing muncul tegak lurus dari
DNA.Transkrip yang pendek dapat dilihat pada bagian awal gen tersebut. Transkrip akan makin
bertambah panjang pada bagian-bagian berikutnya untuk kemudian menghilang ketika mencapai
ujung unit transkripsi.
Promoter-promoter gen pra-rRNA pada mamalia mempunyai suatu daerah kontrol
transkripsi bipartit, yang terdiri atas elemen inti atau core element dan elemen kontrol hulu atau
upstream control element (UCE). Elemen inti meliputi tapak awal transkripsi dan terbentang dari
posisi -31 hingga 6, yang merupakan urutan esensial untuk transkripsi. Sementara itu, UCE
mempunyai panjang sekitar 50 hingga 80 pb yang dimulai dari posisi -100. UCE bertanggung
jawab untuk peningkatan transkripsi sekitar 10 hingga 100 kali bila dibandingkan dengan laju
transkripsi oleh elemen inti saja.
UCE akan berikatan dengan suatu protein spesiIik pengikat DNA, yang disebut dengan
Iaktor pengikatan hulu atau upstream binding Iactor (UBF). Selain dengan UCE, UBF juga
berikatan dengan suatu urutan di sebelah hulu elemen inti.Kedua urutan yang berikatan dengan
UBF tersebut tidak mempunyai kesamaan yang nyata.Sebuah molekul UBF diduga mengikat
UCE, sedangkan sebuah molekul UBF lainnya mengikat urutan yang kedua. Selanjutnya, kedua
molekul UBF akan saling berikatan melalui interaksi protein-protein sehingga terbentuk struktur
kala (loop) pada segmen DNA di antara kedua tempat pengikatan tersebut.
Selain UBF, terdapat Iaktor lain yang esensial untuk transkripsi RNA Pol I. Faktor ini
adalah Iaktor selektivitas atau selectivity Iactor (SL1), yang akan berikatan dengan kompleks
UBF-DNA dan kemudian menstabilkannya. SL1 berinteraksi dengan bagian hilir elemen inti
yang bebas.Pengikatan kompleks UBF-DNA oleh SL1 memungkinkan RNA Pol I untuk
memasuki kompleks tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi.
Saat ini SL1 telah diketahui mengandung beberapa subunit, antara lain berupa suatu
protein yang dinamakan protein pengikat TATA atau TATA-binding protein (TBP). TBP
diperlukan untuk inisiasi ketiga RNA polimerase eukariot, dan nampaknya merupakan Iaktor
penting dalam transkripsi eukariot.Ketiga subunit SL1 lainnya dikenal sebagai Iaktor-Iaktor yang
berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated Iactors (TAFs), dan di antara subunit tersebut yang
diperlukan untuk transkripsi RNA Pol I dinamakan TAF1s.
Pada Acanthamoeba, suatu eukariot sederhana, terdapat elemen kontrol tunggal di daerah
promoter gen rRNA yang terletak sekitar 12 hingga 72 pb ke arah hulu dari titik awal transkripsi.
Tempat ini akan diikat oleh Iaktor TIF-1, yang homolog dengan SL1. Dengan pengikatan ini
RNA Pol I akan dapat melakukan inisiasi transkripsi. Pada waktu RNA Pol I bergerak di
sepanjang molekul DNA, Iaktor TIF-1 tetap terikat pada tempat semula sehingga memungkinkan
terjadinya inisiasi transkripsi oleh RNA Pol I yang lain, dan beberapa putaran transkripsi dapat
berlangsung.Oleh karena itu, mekanisme ini dapat dilihat sebagai sistem kontrol transkripsi yang
sangat sederhana. Di sisi lain, untuk vertebrata nampaknya terdapat suatu UBF tambahan yang
bertanggung jawab atas pengikatan promoter oleh SL1 secara spesiIik.
Terdapat 3 produk hasil transkripsi pada eukariot antara lain :
1. RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA. Enzim ini terdapat
di dalam nukleoli dan tidak sensitiI terhadap u-amanitin.
2. RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan beberapa
gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan sangat
sensitiI terhadap u-amanitin.
3. RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6 snRNA dan
beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan agak sensitiI
terhadap u-amanitin.
Pemrosesan Pasca Transkripsi
Pada prokariot proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak,
artinya bahwa sebelum transkripsi selesai dilakukan translasi sudah dapat dimulai. Hal ini dapat
terjadi karena pada prokariot tidak ada hambatan struktural sel karena semua komponen
transkripsi dan translasi terletak pada ruangan sitoplasma yang sama. Sebaliknya pada eukariot
transkripsi berlangsung di dalam nucleus sedangkan translasi berlangsung di dalam sitoplasma
dengan demikian translasi baru dapat dijalankan jika proses transkripsi sudah selesai dilakukan.
Jeda waktu semacam ini disebut Iase pasca transkripsi. Pada Iase ini terjadi beberapa proses yang
unik pada eukariot antara lain (1) pemotongan dan penyambungan RNA (RNA spilicing), (2)
poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3` mRNA), (3) penambahan tudung (cap)
pada ujung 5` mRNA.
Pemotongan dan Penyambungan RNA (splicing)

ambar Proses Splicing RNA
Poliadenilase
Transkip mRNA pada eukariot juga mengalami pemrosesan dalam bentuk penambahan
poliA (rantai AMP) pada ujung 3` sepanjang kurang lebih 200-250 nukleotida. Penambahan
poliA tersebut ditambahkan pasca-transkripsi karena tidak ada bagian gen yang mengkode
rangkaian A atau T semacam ini. Penambahan tersebut dilakukan dengan menggunakan aktivitas
enzim poli (A) polimerase yang ada di dalam nucleus.Sebagian mRNA mengandung poliA,
kecuali mRNA histon.
Penambahan poli A pada ujung 3` meningkatkan stabilitas mRNA sehingga mRNA
mempunyai umur yang lebih panjang dibandingkan dengan mRNA yang tidak mempunyai
poliA. Selain itu juga ada bukti yang menunjukan bahwa keberadaan poliA meningkatkan
eIisiensi translasi mRNA semacam itu. Diketahui ada suatu protein, yaitu poly (A)-binding
protein I, yang menempel pada poliA sehingga meningkatkan eIisiensi translasi. Bukti lain
juga menegaskan bahwa mRNA yang mempunyai poliA mempunyai kemungkinan yang lebih
tinggi untuk mengikat ribosom sehingga dapat meningkatkan eIisiensi translasi dibandingkan
mRNA yang tidak mengalami poliadenilasi. Poliadenilasi dilakukan pada precursor mRNA
bahkan sebelum terjadi terminasi transkripsi. Hal tersebut dilakukan dengan caramemotong
precursor pada bagian yang nantinya akan menjadi bagian mRNA yang matang, kemudian
dilanjutkan dengan menambahkan poliA pada ujung 3` yang terbuka. Bagian mRNA yang
disintesis setelah selesai sisi poliadenilasi yang selanjuutnya didegradasi.
Tempat dilakukan poliadenilasi dicirikan oleh sinyal poliadenilasi pada gen mamalia.
Sinyal tersebut terdiri dari rangkaian nukleotida AATAAA yang diikuti oleh sekitar 20
nukleotida yang kaya akan residu GT serta diikuti oleh motiI yang kaya akan T. Transkip mRNA
pada tanaman dan khamir juga mengalami poliadenilasi tetapi sinyal poliadenilasinya berbeda
dari yang ada pada mamalia karena ada variasi pada sekuens AATAAA. Pada khamir, jarang
sekali ada motiI AATAAA yang ditemukan.
Penambahan tudung (cap) pada ujung 5` mRNA
Sejak tahun 1974, para peneliti telah menemukan bahwa jasad eukariot mengalami
metilasi (penambahan gugus metil) yang sebagian besar terakumulasi pada ujung 5`
mRNA.Stuktur ini kemudian dikenal sebagai tudung mRNA (mRNA cap).Penelitian selanjutnya
yang dilakukan oleh Yasuhiro Furuichi dan Kin-Ichiro Miura menunjukan bahwa tudung mRNA
tersebut berupa molekul 7-metilguanosin (m
7
G).tudung mRNA tersebut disintesis dalam
beberapa tahapan. Yang pertama, enzim RNA triIosIatase memotong gugus IosIat pada ujung pre
mRNA, kemudian enzim guanili transIerase memotong gugus IosIat pada ujung pre
mRNA.Kemudian enzim guanili transIerase menambahkan GMP (guanosin IosIat).Selanjutnya,
enzim metil transIerase melakukan metilasi tudung guanosin pada N
7
dan gugus 2`-O metil pada
nukleotida ujung tudung tersebut. Proses penambahan tudung tersebut berlangsung pada tahapan
awal transkripsi sebelum transkrip mencapai panjang 30 nukleotida.
Tudung mRNA mempunyai empat macam Iungsi, yaitu: (1) melindungi mRNA dari
degradasi. (2) meningkatkan eIisiensi translasi mRNA, (3) meningkatkan pengangkutan mRNA
dan nucleus ke sitoplasma dan (4) meningkatkan eIisiensi proses spilicing mRNA. Tudung m
7
G
berikatan dengan mRNA melalui ikatan triIosIat.Tudung tersebut juga meningkatkan eIisiensi
translasi karena ribosom dapat mengakses mRNA melalui suatu protein yang menempel pada
tudung. Dengan demikian, jika tidak ada tudung, maka protein yang melekat pada tudung tidak
akan menempel. Hal itu akhirnya akan mengurangi kemungkinan ribosom untuk menempel dan
melakukan translasi.

TranskrIpsI adalah proses sIntesa FNA darI sekuen 0NA sebuah Cen oleh enzIm FNA
polImerase. FNA dIproduksI dengan menggunakan template/antIsense/noncodIng
strand. FNA merupakan copy darI non template/sense/codIng strand. Selama proses
transkrIpsI, FNA dIsIntesa melaluI polImerase NTPs. J DH darI satu nukleotIda
bereaksI dengan 5 fosfat darI nukleotIda yang laIn, sehIngga membentuk Ikatan
fosfodIester.
SIntesa FNA yang dIarahkan oleh 0NA terjadI pada sel prokarIota dan eukrIota ; Pada
sel prokarIota, transkrIpsI terhentI tepat fase termInasI, ketIka enzIm polImerase
mencapaI tItIk tersebut polImerase melepas FNA dan 0NA. Pada sel eukrIota enzIm
enzIm memodIfIkasI kedua ujung melekul pramFNA. Tutup terdIrI guonosIn trIfosfat
yang sudah dImodIfIkasI dItambahkan ke ujung 5 segera setelah FNA dIbuat.
Ekor polI (A) yang mengandung hIngga 200 nukleotIda adenIn dIlekatkan pada ujung J
, ujung yang terbentuk pemotongan dI arah downstream darI termInasI sInyal
pengakhIr AAUAA. Ujungujung termodIfIkasI InI membantu melIndungI FNA darI
dagradasI, dan ekor polI (A) dapat mempermudah ekspor mFNA darI nukleus KetIka
mFNA mencapaI sItoplasma, ujungujng termodIfIkasI bersama proteIn sItoplasma
tertentu mensInyal rIbosom untuk melekat pada mFNA.
Tahapan TranskrIpsI
TranskrIpsI terjadI pada sel karIotIk dan eukarIotIk melauI tahapan sebagaI
berIkut
A. TranskrIpsI ProkarIotIk
Tahap transkrIpsI melaluI ; InIsIasI, elongasI dan termInasI. EnzIm yang
bertanggung jawab atas transkrIpsI adalah FNA polImerase yang bergerak
dIsepanjang gen darI promoternya sampaI persIs dI belakang termInatornya.
FNA polImerase menyusun molekul FNA dengan urutan nukleotIda yang
berkomplementer dengan untaIan cetakan gen tersebut. Fentangan 0NA yang
dItranskrIpsI dIsebut unIt transkrIpsI.
1. nIsIasI : setelah terIkat dengan promoter, FNA polImerase mengulur kedua
untaI 0NA dan mengawalI sIntesa FNA pada tItIk awal (strat) pada untaI
cetakan tersebut. Urutan nukleotIda dIdalam promoter menentukan kearah
mana FNA polImerase Itu menghadap dan menentukan untaI mana yang
dIgunakan sebagaI cetakannya.
2. ElongasI : FNA polImerase bekerja downstream darI promoter, mengulur
0NA dan memanjangkan FNA yang tumbuh dalam arah 5 J . 8ersama
setelah transkrIpsI untaI, untaI 0NA membentuk kembalI helIk ganda.
J. TermInasI : AkhIrnya FNA polImerase menstrakrIpsI termInator, suatu urutan
nukleotIda dIsepanjang 0NA yang menandakan akhIr darI unIt transkrIpsI
tersebut. Segera setelah Itu FNAnya dIlepas dan polImerase berpIsah darI 0NA.
$0.ara rIn.I TranskrIpsI KarIotIk dapat dIt0rangkan s0-agaI -0rIkut :
FNA polImeras sersusun atas 5 sub unIt ( 2a, 1b, 1b dan 1d ,/ a2bbd ).
TranskrIpsI dImulaI darI sekuen promoter. Promoter mengandung sekuen 0NA
khusus yang berperan sebagaI tempat Ikatan dengan FNA polImerase.
1. Tahap nIsIasI
FNA polImerase mengenalI sebuah konsensus sekuen (10 dan J5 ). Sub unIt d darI
FNA polymerase berperan dalam mengenalI dan mengIkatkan dIrI dengan
promoter pada tItIk J5. katan antara enzIm dengan promoter tersebut
membentuk sebuah "closed promoter complex"dImana promoter tetap double
helIx.
0ouble helIx kemudIan terbuka sedIkIt pada tItIk 10, yang kaya akan Ikatan yang
lemah antara AT, dan membentuk " open promoter complek."
Setelah terIkat dengan promoter FNA polImerase mengulurkan kedua untaIan 0NA
mengawalI sIntesa pada tItIk awal strar kodon + 1.
|ulaI membuka pada - 10.
2. Tahap ElongasI
FNA polImerase bekerja down stream darI promoter mengulur 0NA dan
memanjangkan FNA dalam arah 5 J
J. Tahap TermInasI
FNA polImerase mentranskrIp uruturutan 0NA yang dIsebut termInator,
ketIka Itu polImerase mencapaI tItIk tersebut polImerase melepaskan FNA
dan 0NA.
. TranskrIpsI EukarIotIk.
Tahap transkrIpsI melaluI : InIsIasI, elongasI dan termInasI.
1. nIsIasI : EnzIm yang mentranskrIpsI gen pengkode proteIn menjadI pramFNA Ialah
FNA polImerase . TranskrIpsI dImulaI darI sekuen promoter. Promoter
mengandung sekuen 0NA khusus (TATA.) yang dIkenal dengan TATA box,
dIletakan kIrakIra 25 bp ke arah upstream. TATA box berperan untuk meletakan
FNA polImerase pada tempat yang tepat sebelum transkrIpsI.
2. ElongasI : UntaIan yang sedang tumbuh memperlIhatkan jejak darI polImerase,
panjang setIap untaI baru mencermInkan sejauhmana enzIm Itu telah berjalan
darI tItIk awal dIsepanjang cetakan tersebut. 8anyaknya molekul polImerase
secara sImultan menstranskrIpsI gen tunggal akan menIngkatkan jumlah mFNA
dan membantu suatu sel membuat proteIn jumlah yang lebIh besar.
J. TermInasI : EnzIm polImrase InI terus melewatI sInyal termInasI, suatu urutan
AAUAA dIdalam pramFNA. Pada tItIk yang lebIh jauh kIrakIra 10 - J5 nukleotIda,
pramFNA InI hIngga terlepas darI enzIm tersebut. Tempat pemotongan pada FNA
juga merupakan tempat untuk penambahan ekor polI (A).
$0.ara rIn.I TranskrIpsI EukarIotIk dapat dIt0rangkan s0-agaI -0rIkut :
1. Tahap nIsIasI
TranskrIpsI dImulaI darI sekuen promoter 25. Promoter mengandung sekuen
0NA khusus TATA yang dIkenal TATA box dIletakan 25 bp upstream
PengIkatan FNA polImerase dengan promoter memerlukan beberapa proteIn
yang dIsebut transkrIptIon factor
8ergabungnya transkrIsI faktor 0 dI IkutI oleh TF A dan TF 8.
FNA polImerase yang dIIkutI oleh TF 0, TF A dan TF 8
FNA polImerase menempel yang dIIkutI oleh TF F,E, H, J
2. Tahap ElongasI berjalan sampaI akhIr Tahap termInasI pada ekor polI (A) yang
terbentuk oleh pemotongan dIarah downstream darI termInasI sInyal pengakhIr
AAUAA untuk memelIndungI FNA darI degradasI dan ekor polI(A) dapat
mempermudah ekspor mFNA darI nukleus ke sItoplasma.
KE$PULAN.1. TranskrIpsI terjadI yang bertanggung jawab adalah enzIm FNA
polImerase yang
bergerak dIsepanjang gen darI promoternya sampaI persIs dIbelakang
termInatornya.
2. Sel karIotIk, FNA dItranskrIpsI darI cetakan 0NA.
J. Sel eukarIotIk, transkrIp FNA (pramFNA) dIsambung dan dImodIfIkasI untuk
menghasIlkan mFNA yang berpIndah darI nukleus ke sItoplasma.
AFTAP PU$TAKA.
Campbell, N. A.; J. 8. Feece and L. C. |Itchell. 2000. 8IologI EdIsI KelIma
JIlId . PenerbIt Erlangga, Jakarta. : 4J8 p.
Harper, H. A. ; 7. W. Fodwell and P. A. |ayes. 1977. 8IokImIa EdIsI
Ketujuhbelas. PenerbIt 8uku Kedokteran E. C. C. Jakarta : 74J p.
Jusup, |. 1989, CenetIka . Struktur dan ekspresI Cen. nstItut PertanIan 8ogor.
SugIono. 2004. Asam Nukleat dan SIntesIs ProteIn. 8ahan kulIah, Fakultas 8IologI
UNSDE0. Purwokerto.

Pokok bahasan di dalam bab ini meliputi prinsip dasar transkripsi, yang mencakup ciri-
ciri dan tahapan transkripsi, transkripsi pada prokariot, dan transkripsi pada eukariot,
dengan penekanan pada karakteristik enzim RNA polimerasenya. Setelah mempelajari
pokok bahasan di dalam bab ini mahasiswa diharapkan mampu menjelaskan:
1. prinsip dasar transkripsi,
2. ranskripsi pada prokariot, khususnya pada bakteri Escherichia coli, dan
3. transkripsi pada eukariot.
Pengetahuan awal yang diperlukan oleh mahasiswa agar dapat mempelajari pokok
bahasan ini dengan lebih baik adalah struktur asam nukleat dan replikasi DNA, yang
masing-masing telah dijelaskan pada Bab dan Bab V. Selain itu, konsep dasar
tentang gen dan transkripsi yang telah diperoleh pada mata kuliah Genetika juga sangat
mendukung pemahaman materi bahasan di dalam bab ini.
Prinsip Dasar Transkripsi
Pada Bab V telah disebutkan bahwa fungsi dasar kedua yang harus dijalankan oleh
DNA sebagai materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu
mengatur pertumbuhan dan diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu
fenotipe tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya
adalah proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan
basa molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA
menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya.
Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi DNA,
yaitu
1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukIeosida trifosfat. Bedanya dengan
sumber basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya
yang tidak berupa deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin
tetapi digantikan oleh urasiI. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang
diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sitidin
trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP).
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu
di antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis
molekul RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer
dengan urutan basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita
antisens. Sementara itu, untai DNA pasangannya, yang mempunyai urutan
basa sama dengan urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens. Meskipun
demikian, sebenarnya transkripsi pada umumnya tidak terjadi pada urutan
basa di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan basa yang
ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara kedua untai DNA.
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5' 3' seperti halnya arah sintesis DNA.
4. Gugus 3'- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5'- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan
membebaskan dua atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama
dengan reaksi polimerisasi DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya
DNA polimerase, melainkan # poIimerase. Perbedaan yang sangat nyata
di antara kedua enzim ini terletak pada kemampuan enzim RNA polimerase
untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya molekul primer.
Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan
promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing tahap akan dijelaskan secara
singkat sebagai berikut.
PengenaIan promoter
Agar molekul DNA dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA, kedua
untainya harus dipisahkan satu sama lain di tempat-tempat terjadinya penambahan
basa pada RNA. Selanjutnya, begitu penambahan basa selesai dilakukan, kedua untai
DNA segera menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali terjadi di
suatu tempat tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim RNA polimerase di
sisi 5' :5stream) dari urutan basa penyandi (gen) yang akan ditranskripsi. Tempat ini
dinamakan promoter.
nisiasi
Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada suatu
tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awaI poIimerisasi atau tapak
inisiasi (initiation site). Tempat ini sering dinyatakan sebagai posisi +1 untuk gen yang
akan ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tapak inisiasi dan
sintesis RNA pun segera dimulai.
Iongasi
Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA
cetakan membentuk kompIeks transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung
kompleks transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga
nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang
diperpanjang pada ujung 3' nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung dari
arah 5' ke 3', sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3' ke 5' di
sepanjang untai DNA cetakan.
Terminasi
Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi atau
terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA
cetakan. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi ketika
RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator.
Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya
bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang
memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi
diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa paIindrom yang diikuti
oleh beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari
dua arah yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh
beberapa basa tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung
terminasi berbentuk batang dan kala loo5) seperti pada Gambar 5.1.
nisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya. Hal ini
karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida,
promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi
dengan cepat reinisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut
akan terselubungi oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang
berbeda-beda.
Transkripsi pada Prokariot
Telah dikatakan di atas bahwa transkripsi merupakan proses sintesis RNA yang
dikatalisis oleh enzim RNA polimerase. Berikut ini akan diuraikan sekilas enzim RNA
polimerase pada prokariot, khususnya pada bakteri E.coli, promoter s
70
, serta proses
transkripsi pada organisme tersebut.

Gambar 5.1 Terminasi sintesis # menghasiIkan ujung berbentuk batang dan
kaIa
# poIimerase coli
nzim RNA polimerase pada E. coli sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit, yaitu
alfa (a), beta (b), beta prima (b'), omega (w), dan sigma (s). Pada bentuk lengkapnya,
atau disebut sebagai hoIoenzim, terdapat dua subunit a dan satu subunit untuk
masing-masing subunit lainnya sehingga sering dituliskan dengan a
2
bb'ws. Holoenzim
RNA polimerase diperlukan untuk inisiasi transkripsi. Namun, untuk elongasi transkripsi
tidak diperlukan faktor s sehingga subunit ini dilepaskan dari kompleks transkripsi
begitu inisiasi selesai. Sisanya, yakni a
2
bb'w, merupakan enzim inti (core enzyme)
yang akan melanjutkan proses transkripsi.
aju sintesis RNA oleh RNA polimerase E. coli dapat mencapai sekitar 40 nukleotida
per detik pada suhu 37C. Untuk aktivitasnya enzim ini memerlukan kofaktor Mg
2+
.
Setiap berikatan dengan molekul DNA enzim RNA polimerase E. coli dapat mencakup
daerah sepanjang lebih kurang 60pb.
Meskipun kebanyakan RNA polimerase seperti halnya yang terdapat pada E. coli
mempunyai struktur multisubunit, hal itu bukanlah persyaratan yang mutlak. RNA
polimerase pada bakteriofag T3 dan T7, misalnya, merupakan rantai polipeptida tunggal
yang ukurannya jauh lebih kecil daripada RNA polimerase bakteri. nzim tersebut dapat
menyintesis RNA dengan cepat, yaitu sebanyak 200 nukleotida per detik pada suhu
37C.
$ubunit a
Dua subunit a

yang identik terdapat pada RNA polimerase inti. Kedua-duanya disandi
oleh gen r5oA. Ketika bakteriofag T4 menginfeksi E.coli, subunit a

akan dimodifikasi
melalui ribosilasi ADP suatu arginin. Hal ini berkaitan dengan berkurangnya afinitas
pengikatan promoter sehingga subunit a

diduga kuat memegang peranan dalam
pengenalan promoter.
$ubunit b
Seperti halnya subunit a, subunit b juga terdapat pada RNA polimerase inti. Subunit ini
diduga sebagai pusat katalitik RNA polimerase, yang dibuktikan melalui hasil penelitian
mengenai penghambatan transkripsi menggunakan antibiotik. Antibiotik rifampisin
merupakan inhibitor potensial bagi RNA polimerase yang menghalangi inisiasi tetapi
tidak mempengaruhi elongasi. Kelompok antibiotik ini tidak menghambat polimerase
eukariot sehingga sering digunakan untuk mengatasi infeksi bakteri Gram positif dan
tuberkulosis. Rifampisin telah dibuktikan berikatan dengan subunit b, dan mutasi-mutasi
yang menyebabkan resistensi terhadap rifampisin telah dipetakan pada gen r5oB, yaitu
gen yang menyandi subunit b. Selanjutnya, kelompok antibiotik yang lain, yakni
streptolidigin, ternyata menghambat elongasi transkripsi, dan mutasi-mutasi yang
menyebabkan resistesi terhadap antibiotik ini juga dipetakan pada gen r5oB. Kedua
hasil penelitian tersebut mendukung pendapat bahwa subunit b diduga mempunyai dua
domain yang bertanggung jawab terhadap inisiasi dan elongasi transkripsi.
$:-:nit -
Subunit b' juga terdapat pada RNA polimerase inti. Subunit yang disandi oleh gen r5oC
ini mengikat dua ion Zn
2+
yang diduga berpartisipasi dalam fungsi katalitik polimerase.
Suatu polianion, yakni heparin, terbukti mengikat subunit b'. Heparin menghambat
transkripsi secara in vitro dan juga berkompetisi dengan DNA dalam pengikatan RNA
polimerase. Hal ini mendukung pendapat bahwa subunit b' diduga bertanggung jawab
terhadap pengikatan DNA cetakan.
aktor s
Faktor s yang paling umum dijumpai pada E. coli adalah s
70
(disebut demikian karena
mempunyai berat molekul 70 kDa). Pengikatan faktor s pada RNA polimerase inti akan
mengubah enzim tersebut menjadi holoenzim. Faktor s memegang peranan yang
penting dalam pengenalan promoter tetapi tidak diperlukan untuk elongasi transkripsi.
Kontribusi faktor s dalam pengenalan promoter adalah melalui penurunan afinitas enzim
inti terhadap tempat-tempat nonspesifik pada molekul DNA hingga 10
4
, disertai dengan
peningkatan afinitas terhadap promoter.
Banyak organisme prokariot, termasuk E. coli, mempunyai beberapa faktor s.
Semuanya terlibat dalam pengenalan kelompok-kelompok promoter tertentu. Faktor s
dilepaskan dari RNA polimerase inti ketika sintesis RNA mencapai panjang 8 hingga 9
nukleotida. nzim inti tersebut kemudian akan bergerak di sepanjang molekul DNA
sambil menyintesis untai RNA. Sementara itu, faktor s dapat segera bergabung dengan
RNA polimerase inti lainnya dan melakukan inisiasi transkripsi kembali. Jumlah faktor s
di dalam sel lebih kurang hanya 30% dari jumlah RNA polimerase inti sehingga hanya
sepertiga di antara kompleks RNA polimerase yang akan dijumpai dalam bentuk
holoenzim pada suatu waktu tertentu.
Promoter s
70
pada coli
Seperti telah dikatakan di atas, promoter merupakan tempat tertentu pada molekul DNA
yang mempunyai urutan basa spesifik untuk pengikatan RNA polimerase dan inisiasi
transkripsi. Promoter yang berbeda akan dikenali oleh faktor s RNA polimerase yang
berbeda pula. Meskipun demikian, faktor s yang paling umum dijumpai pada E. coli
adalah s
70
.
Promoter pertama kali dikarakterisasi melalui percobaan mutasi yang meningkatkan
atau menurunkan laju transkripsi gen-gen seperti halnya gen-gen struktural pada
operon lac. Mutagenesis promoter-promoter pada E. coli menunjukkan bahwa urutan
basa yang menentukan fungsi promoter tersebut hanyalah suatu urutan yang sangat
pendek.
Promoter s
70
terdiri atas urutan basa sepanjang 40 hingga 60 pb. Daerah antara 55
dan +20 telah diketahui merupakan daerah pengikatan RNA polimerase, sedangkan
daerah antara 20 dan +20 diketahui sangat terlindung dari aktivitas nuklease oleh
DNase .. Hal ini menunjukkan bahwa daerah tersebut sangat berkaitan dengan
polimerase yang menghalangi akses nuklease menuju DNA. Mutagenesis promoter
memperlihatkan bahwa urutan hingga lebih kurang 40 mempunyai peranan yang
penting bagi fungsi promoter. Selain itu, dua urutan sepanjang 6 pb pada posisi sekitar
10 dan 35 terbukti sangat penting bagi fungsi promoter pada E. coli.
&r:tan -10
Urutan yang paling lestari (konservatif) pada promoter s
70
, atau sering dikatakan
sebagai urutan konsensus, adalah urutan sepanjang 6 pb yang dijumpai pada
promoter-promoter berbagai macam gen pada E. coli. Urutan ini terpusat di sekitar
posisi 10 jika dilihat dari tapak inisiasi transkripsi (Gambar 5.2), dan dinamakan kotak
Pribnow karena ditemukan oleh Pribnow pada tahun 1975. Urutan konsensus pada
kotak Pribnow adalah TTT. Kedua basa pertama (TA) dan T yang terakhir
merupakan basa-basa yang paling konservatif. Urutan heksamer ini dipisahkan sejauh
5 hingga 8 pb dari tapak inisiasi, dan urutan penyela yang memisahkan urutan -10
dengan tapak inisiasi tersebut tidaklah konservatif. Urutan 10 nampaknya merupakan
urutan tempat terjadinya inisiasi pembukaan heliks oleh RNA polimerase.

Gambar 5.2. Urutan konsensus pada promoter-promoter coli
&r:tan -35
Pada Gambar 5.2 terlihat bahwa selain urutan -10, terdapat pula urutan heksamer lain
yang konservatif, yaitu urutan di sekitar posisi -35, yang terdiri atas TTGACA. Urutan ini
akan lebih konservatif lagi pada promoter-promoter yang efisien. Tiga basa pertama
(TTG) merupakan posisi yang paling konservatif. Pada kebanyakan promoter urutan -35
dipisahkan sejauh 16 hingga 18 pb dari kotak Pribnow, dan urutan penyelanya
bukanlah urutan yang penting.
%apak inisiasi transkripsi
Pada 90% di antara semua gen, tapak inisiasi transkripsi (posisi +1) berupa basa purin,
dan dalam hal ini G lebih umum dijumpai daripada A. Di samping itu, basa C dan basa
T sering kali mengapit tapak inisiasi sehingga terdapat urutan CGT atau CAT (Gambar
5.2).
1isiensi promoter
Urutan-urutan konsensus tersebut di atas khas dijumpai pada promoter-promoter yang
kuat. Akan tetapi, di antara promoter yang berbeda sebenarnya terdapat variasi urutan
yang cukup nyata, yang dapat mengakibatkan perbedaan efisiensi transkripsi hingga
1.000 kali. Secara garis besar, fungsi daerah-daerah pada promoter dapat dijelaskan
sebagai berikut. Urutan -35 merupakan urutan pengenalan yang akan meningkatkan
pengenalan dan interaksi dengan faktor s RNA polimerase, urutan -10 penting untuk
inisiasi pembukaan heliks, dan urutan di sekitar tapak inisiasi mempengaruhi inisiasi
transkripsi.
Sementara itu, urutan 30 basa pertama yang akan ditranskripsi juga mempengaruhi
transkripsi. Urutan ini mengatur laju pelepasan promoter dari RNA polimerase, yang
memungkinkan reinisiasi transkripsi dapat dilakukan oleh kompleks polimerase lainnya.
Pada akhirnya hal ini akan berpengaruh terhadap laju transkripsi dan kekuatan
promoter.
Pentingnya pemisahan untai DNA pada reaksi inisiasi diperlihatkan oleh pengaruh
superkoiling negatif DNA cetakan yang pada umumnya akan memacu laju transkripsi.
Hal ini diduga karena struktur superkoil tersebut hanya memerlukan sedikit energi untuk
membuka heliks.
Beberapa urutan promoter tidak cukup mirip dengan urutan konsensus yang akan
ditranskripsi dengan kuat pada kondisi normal. Sebagai contoh, promoter lac (P
lac
),
yang memerlukan faktor aktivasi tambahan berupa protein reseptor cAMP atau cAMP
5rotein rece5tor (CPR) untuk mengikat suatu tempat pada DNA yang letaknya
berdekatan dengan urutan promoter tersebut agar pengikatan RNA polimerase dan
inisiasi transkripsi dapat ditingkatkan. Sejumlah promoter lainnya, misalnya untuk gen-
gen yang berhubungan dengan kejut panas, mempunyai urutan konsensus tertentu
yang hanya dapat dikenali oleh RNA polimerase dengan faktor s selain s
70
.
Tahapan transkripsi pada prokariot
Seperti proses transkripsi pada umumnya, transkripsi pada prokariot berlangsung
dalam empat tahap, yaitu pengikatan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Di
bawah ini akan dijelaskan pula sekilas tentang pembukaan heliks, yang terjadi antara
tahap pengikatan promoter dan insiasi transkripsi.
!engikatan promoter
Pada awalnya, RNA polimerase inti (a
2
bb'w) mempunyai afinitas nonspesifik terhadap
DNA. Keadaan ini dikenal sebagai pengikatan Ionggar, dan sifatnya cukup stabil.
Namun, begitu faktor s bergabung dengan enzim inti tersebut hingga terbentuk
holoenzim, terjadilah pengurangan afinitas nonspesifik terhadap DNA hingga 20.000
kali. Sejalan dengan hal itu, faktor s juga meningkatkan pengikatan holoenzim pada
tempat pengikatan promoter yang tepat hingga 100 kali. Dengan demikian, akan terjadi
peningkatan spesifisitas holoenzim yang tajam dalam mengenali promoter.
Pada genom E. coli holoenzim dapat mencari dan mengikat promoter dengan sangat
cepat. Bahkan, karena begitu cepatnya, maka proses ini tidak mungkin terjadi melalui
pengikatan dan pelepasan holoenzim dari DNA secara berulang-ulang. Kemungkinan
yang masuk akal hanyalah melalui pergeseran holoenzim di sepanjang molekul DNA
hingga mencapai urutan promoter. Pada promoter, holoenzim mengenali urutan -35 dan
-10. Kompleks awal antara holoenzim dan promoter dikenal sebagai kompIeks
tertutup (closed complex).
!em-:kaan heliks
Agar pita antisens dapat diakses untuk perpasangan basa antara DNA dan RNA yang
disintesis, untai ganda (heliks) DNA harus dibuka terlebih dahulu oleh enzim RNA
polimerase. Pada kebanyakan gen pembukaan heliks oleh RNA polimerase akan
dimudahkan oleh struktur superkoiling negatif DNA sehingga transkripsi dapat
ditingkatkan. Namun, tidak semua promoter dapat diaktivasi oleh superkoiling negatif
sehingga terisyaratkan bahwa perbedaan topologi DNA dapat mempengaruhi
transkripsi. Hal ini mungkin karena adanya perbedaan hubungan sterik pada urutan -35
dan -10 di dalam heliks. Sebagai contoh, promoter untuk subunit enzim DNA girase
justru dihambat oleh superkoiling negatif. Seperti kita ketahui, DNA girase adalah enzim
yang bertanggung jawab untuk superkoiling negatif pada genom E. coli (Bab V)
sehingga superkoiling negatif ini dapat bertindak sebagai umpan balik yang
menghambat ekspresi DNA girase.
Pembukaan awal heliks DNA akan menyebabkan pembentukan kompIeks terbuka
(open complex) dengan RNA polimerase. Proses ini dikenal sebagai pengikatan
ketat.
nisiasi
Berbeda dengan sintesis DNA (Bab V), sintesis RNA dapat berlangsung tanpa adanya
molekul primer. Oleh karena hampir semua tapak inisiasi transkripsi berupa basa G
atau A, maka nukleosida trifosfat pertama yang digunakan untuk sintesis RNA adalah
GTP atau ATP.
Mula-mula RNA polimerase akan menggabungkan dua nukleotida pertama dan
membentuk ikatan fosfodiester di antara kedua nukleotida tersebut. Selanjutnya,
sembilan basa pertama ditambahkan tanpa disertai pergeseran RNA polimerase di
sepanjang molekul DNA. Pada akhir penambahan masing-masing basa ini akan
terdapat peluang yang nyata terjadinya aborsi untai RNA yang baru terbentuk itu.
Proses inisiasi abortif mempengaruhi laju transkripsi secara keseluruhan karena proses
tersebut memegang peranan utama dalam menentukan waktu yang dibutuhkan oleh
RNA polimerase untuk meninggalkan promoter dan memungkinkan RNA polimerase
lainnya menginisiasi putaran transkripsi berikutnya. Waktu minimum untuk
pengosongan promoter ini adalah 1 hingga 2 detik, suatu waktu yang relatif lama bila
dibandingkan dengan waktu untuk tahap-tahap transkripsi lainnya.
longasi
Jika inisiasi berhasil, RNA polimerase melepaskan faktor s, dan bersama-sama dengan
DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan membentuk kompIeks terner
atau kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya kompleks terner ini
RNA polimerase dapat berjalan di sepanjang molekul DNA. Artinya, promoter akan
ditinggalkannya untuk kemudian ditempati oleh holoenzim RNA polimerase berikutnya
sehingga terjadi reinisiasi transkripsi.
Bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks, atau disebut dengan geIembung
transkripsi (transcription -:--le), akan terlihat bergeser di sepanjang molekul DNA
sejalan dengan gerakan RNA polimerase. Panjang bagian DNA yang mengalami
pembukaan heliks tersebut relatif konstan, yakni sekitar 17 pb (Gambar 5.3),
sedangkan ujung 5' molekul RNA yang disintesis akan membentuk heliks hibrid dengan
pita antisens DNA sepanjang lebih kurang 12 pb. Ukuran ini ternyata tidak mencapai
satu putaran heliks.
RNA polimerase E. coli bergerak dengan kecepatan rata-rata 40 nukleotida per detik.
Akan tetapi, angka ini dapat bervariasi sesuai dengan urutan lokal DNA (urutan DNA
yang telah dicapai oleh RNA polimerase). Tetap dipertahankannya bagian DNA yang
mengalami pembukaan heliks menunjukkan bahwa RNA polimerase membuka heliks
DNA di depan gelembung transkripsi dan menutup heliks DNA di belakangnya. Dengan
demikian, heliks hibrid RNA-DNA harus berputar setiap kali terjadi penambahan
nukleotida pada RNA nasen.
%erminasi
RNA polimerase tetap terikat pada DNA dan melangsungkan transkripsi hingga
mencapai urutan terminator (sinyaI stop), yang pada umumnya berupa struktur
seperti tusuk konde (hairpin). Struktur yang terdiri atas batang dan kala loo5) ini
terjadi karena RNA hasil transkripsi mengalami komplementasi diri. Biasanya, bagian
batang sangat kaya dengan GC sehingga sangat stabil (GC mempunyai ikatan rangkap
tiga). Di sebelah downstream (3') dari struktur tusuk kode sering kali terdapat urutan
yang terdiri atas empat U atau lebh seperti pada Gambar 5.1.
Nampaknya RNA polimerase akan segera berhenti begitu struktur tusuk konde RNA
disintesis. Bagian ujung RNA yang mengandung banyak U tersebut mempunyai ikatan
yang lemah dengan basa-basa A pada DNA cetakan sehingga molekul RNA hasil
sintesis akan dengan mudah terlepas dari kompleks transkripsi. Selanjutnya, pita DNA
cetakan yang sudah tidak berikatan atau membentuk hibrid dengan RNA segera
menempel kembali pada pita DNA komplemennya. RNA polimerase inti pun akhirnya
terlepas dari DNA.
%erminasi mengg:nakan protein rho
Telah disinggung di muka bahwa selain karena adanya struktur tusuk konde, terminasi
transkripsi dapat juga terjadi dengan bantuan suatu protein khusus yang dinamakan
protein rho (p). Rho merupakan protein heksamer yang akan menghidrolisis ATP
dengan adanya RNA untai tunggal. Protein ini nampak terikat pada urutan sepanjang
72 basa pada RNA, yang diduga lebih disebabkan oleh pengenalan suatu struktur
spesifik daripada karena adanya urutan konsensus. Rho bergerak di sepanjang RNA
nasen menuju kompleks transkripsi. Pada kompleks transkripsi ini rho memungkinkan
RNA polimerase untuk berhenti pada sinyal terminator tertentu. Sinyal-sinyal terminator
ini, seperti halnya sinyal terminator yang tidak bergantung kepada rho, lebih dikenali
oleh RNA daripada oleh DNA cetakannya. Adakalanya terminator tersebut juga berupa
struktur tusuk konde tetapi tidak dikuti oleh urutan poli U.

Gambar 5.3. $truktur skematik geIembung transkripsi seIama eIongasi
Transkripsi pada ukariot
Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada
prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin
transkripsi pada eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada
mekanisme pada prokariot.
Ada tiga macam kompleks RNA polimerase, yang masing-masing diperlukan untuk
transkripsi tipe-tipe gen eukariot yang berbeda. Perbedaan ketiga macam RNA
polimerase tersebut dapat diketahui melalui pemurnian menggunakan teknik
kromatografi dan elusi pada konsentrasi garam yang berbeda. Masing-masing RNA
polimerase mempunyai sensitivitas yang berbeda terhadap toksin jamur -amanitin,
dan hal ini dapat digunakan untuk membedakan aktivitasnya satu sama lain.
O RNA polimerase (RNA Pol ) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA.
nzim ini terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap d-amanitin.
O RNA polimerase (RNA Pol ) mentranskripsi semua gen penyandi protein
dan beberapa gen RNA nuklear kecil (snRNA). nzim ini terdapat di dalam
nukleoplasma dan sangat sensitif terhadap d-amanitin.
O RNA polimerase (RNA Pol ) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6
snRNA dan beberapa RNA kecil lainnya. nzim ini terdapat di dalam
nukleoplasma dan agak sensitif terhadap d-amanitin.
Di samping enzim-enzim nuklear tersebut, sel eukariot juga mempunyai RNA
polimerase lainnya di dalam mitokondria dan kloroplas.
$ubunit-subunit # poIimerase pada eukariot
Ketiga RNA polimerase pada eukariot merupakan enzim berukuran besar yang terdiri
atas 12 subunit atau lebih. Gen-gen yang menyandi dua subunit terbesar mempunyai
homologi satu sama lain. Sementara itu, ketiga RNA polimerase eukariot membawa
subunit-subunit yang mempunyai homologi dengan subunit-subunit RNA polimerase inti
pada E. coli (d2'). Subunit terbesar RNA polimerase eukariot menyerupai subunit ',
sedangkan subunit terbesar kedua menyerupai subunit , yang merupakan pusat
katalitik RNA polimerase E.coli. Homologi struktur ini ternyata berkaitan dengan
homologi fungsional karena subunit terbesar kedua pada RNA polimerase eukariot juga
mengandung tapak aktif.
Dua subunit yang sama antara RNA Pol dan RNA Pol , serta satu subunit lainnya
yang khas pada RNA Pol , memperlihatkan homologi dengan subunit d RNA
polimerase E. coli. Sekurang-kurangnya ada lima subunit lainnya yang lebih kecil, yang
memperlihatkan kesamaan di antara ketiga RNA polimerase eukariot. Masing-masing
RNA polimerase ini juga membawa empat hingga tujuh subunit tambahan yang hanya
dijumpai pada salah satu di antara ketiganya.
ktivitas # poIimerase eukariot
Seperti halnya RNA polimerase bakteri, masing-masing RNA polimerase eukariot
mengatalisis transkripsi dengan arah 5' ke 3' dan menyintesis RNA yang komplementer
dengan urutan DNA cetakan. Reaksi tersebut memerlukan prekursor berupa ATP, GTP,
CTP, UTP, dan tidak memerlukan primer untuk inisiasi transkripsi. Namun tidak seperti
pada bakteri, RNA polimerase eukariot yang dimurnikan memerlukan adanya protein
inisiasi tambahan sebelum enzim ini dapat berikatan dengan promoter dan melakukan
inisiasi transkripsi.
en-gen yang ditranskripsi oleh RNA !ol
RNA Pol bertanggung jawab dalam sintesis rRNA secara terus-menerus selama
interfase. Sel manusia mengandung lima rumpun cl:ster) gen penyandi rRNA yang
terdiri atas sekitar 40 salinan dan terletak pada kromosom-kromosom yang berbeda.
Masing-masing gen rRNA menghasilkan transkrip 45S rRNA yang panjangnya lebih
kurang 13.000 nukleotida (nt). Transkrip ini akan terbagi menjadi sebuah 28S (5.000
nt), 18S (2.000 nt), dan 5,8S (160 nt) rRNA. Transkripsi salinan gen-gen rRNA secara
berkesinambungan diperlukan untuk mencukupi produksi rRNA yang selanjutnya akan
dikemas ke dalam ribosom.
Masing-masing rumpun gen rRNA dikenal sebagai daerah pengatur nukIeoIar
(n:cleolar organizer region) karena nukleolus mengandung kala loo5) DNA
berukuran besar yang sesuai dengan rumpun-rumpun gen tersebut. Setelah sebuah sel
dihasilkan dari mitosis, sintesis rRNA akan dimulai kembali dan nukleoli yang kecil akan
muncul pada lokasi kromosomal yang ditempati oleh gen-gen rRNA. Selama sintesis
rRNA berlangsung aktif, transkrip pra-rRNA dikemas di sepanjang gen-gen rRNA dan
jika divisualisasikan menggunakan mikroskop elektron akan nampak sebagai 'struktur
pohon natal'. Di dalam struktur ini transkrip-transkrip RNA dikemas dengan rapat di
sepanjang molekul DNA dan masing-masing muncul tegak lurus dari DNA. Transkrip
yang pendek dapat dilihat pada bagian awal gen tersebut. Transkrip akan makin
bertambah panjang pada bagian-bagian berikutnya untuk kemudian menghilang ketika
mencapai ujung unit transkripsi.
Promoter-promoter gen pra-rRNA pada mamalia mempunyai suatu daerah kontrol
transkripsi bipartit, yang terdiri atas eIemen inti atau core element dan eIemen
kontroI huIu atau :pstream control element (UC), yang secara skema dapat dilihat
pada Gambar 5.5. lemen inti meliputi tapak awal transkripsi dan terbentang dari posisi
-31 hingga +6, yang merupakan urutan esensial untuk transkripsi. Sementara itu, UC
mempunyai panjang sekitar 50 hingga 80 pb yang dimulai dari posisi -100. UC
bertanggung jawab untuk peningkatan transkripsi sekitar 10 hingga 100 kali bila
dibandingkan dengan laju transkripsi oleh elemen inti saja.

Gambar 5.5. $truktur promoter gen pra-r# pada mamaIia
UC akan berikatan dengan suatu protein spesifik pengikat DNA, yang disebut dengan
faktor pengikatan huIu atau :pstream -inding 1actor (UB). Selain dengan UC,
UBF juga berikatan dengan suatu urutan di sebelah hulu elemen inti. Kedua urutan
yang berikatan dengan UBF tersebut tidak mempunyai kesamaan yang nyata. Sebuah
molekul UBF diduga mengikat UC, sedangkan sebuah molekul UBF lainnya mengikat
urutan yang kedua. Selanjutnya, kedua molekul UBF akan saling berikatan melalui
interaksi protein-protein sehingga terbentuk struktur kala loo5) pada segmen DNA di
antara kedua tempat pengikatan tersebut (Gambar 5.6).

Gambar 5.6. ModeI skematik inisiasi transkripsi r#
Selain UBF, terdapat faktor lain yang esensial untuk transkripsi RNA Pol . Faktor ini
adalah faktor seIektivitas atau selectivity 1actor ($1), yang akan berikatan dengan
kompleks UBF-DNA dan kemudian menstabilkannya. S1 berinteraksi dengan bagian
hilir elemen inti yang bebas. Pengikatan kompleks UBF-DNA oleh S1 memungkinkan
RNA Pol untuk memasuki kompleks tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi.
Saat ini S1 telah diketahui mengandung beberapa subunit, antara lain berupa suatu
protein yang dinamakan protein pengikat TT atau %A%A--inding protein (TBP).
TBP diperlukan untuk inisiasi ketiga RNA polimerase eukariot, dan nampaknya
merupakan faktor penting dalam transkripsi eukariot. Ketiga subunit S1 lainnya dikenal
sebagai faktor-faktor yang berasosiasi dengan TBP atau %!-associated 1actors
(Ts), dan di antara subunit tersebut yang diperlukan untuk transkripsi RNA Pol
dinamakan TAF
1
s.
Pada Acanthamoeba, suatu eukariot sederhana, terdapat elemen kontrol tunggal di
daerah promoter gen rRNA yang terletak sekitar 12 hingga 72 pb ke arah hulu dari titik
awal transkripsi. Tempat ini akan diikat oleh faktor T-1, yang homolog dengan S1.
Dengan pengikatan ini RNA Pol akan dapat melakukan inisiasi transkripsi. Pada
waktu RNA Pol bergerak di sepanjang molekul DNA, faktor TF-1 tetap terikat pada
tempat semula sehingga memungkinkan terjadinya inisiasi transkripsi oleh RNA Pol
yang lain, dan beberapa putaran transkripsi dapat berlangsung. Oleh karena itu,
mekanisme ini dapat dilihat sebagai sistem kontrol transkripsi yang sangat sederhana.
Di sisi lain, untuk vertebrata nampaknya terdapat suatu UBF tambahan yang
bertanggung jawab atas pengikatan promoter oleh S1 secara spesifik.

en-gen yang ditranskripsi oleh RNA !ol
RNA Pol terdapat di dalam nukleoplasma dan sekurang-kurangnya terdiri atas 16
subunit yang berbeda. nzim ini menyintesis prekursor tRNA, 5S rRNA, serta berbagai
snRNA dan RNA sitosolik.
Transkrip pertama yang dihasilkan dari gen-gen tRNA merupakan molekul prekursor
yang akan diproses menjadi RNA matang. Daerah kontrol transkripsi gen-gen tRNA
terletak di sebelah hilir tapak inisiasi transkripsi. Ada dua urutan yang sangat
konservatif di dalam gen tRNA, yaitu kotak (5'- TGGCNNAGTGG 3') dan kotak B
(5'- GGTTCGANNCC 3'). Kedua urutan ini juga menyandi urutan penting di dalam
tRNA sendiri, yang disebut dengan kaIa D (D-loop) dan kaIa T+C. Hal ini berarti
bahwa urutan yang sangat konservatif di dalam tRNA juga merupakan urutan promoter
yang sangat konservatif.
Dua faktor pengikatan DNA yang kompleks telah diketahui memegang peranan penting
dalam inisiasi transkripsi tRNA oleh RNA Pol (Gambar 5.7). TC mengikat baik
kotak A maupun kotak B di dalam promoter tRNA. Sementara itu, TB mengikat
daerah sejauh 50 pb ke arah hulu dari kotak A. TFB terdiri atas tiga subunit, yang
salah satu di antaranya adalah TBP, suatu faktor inisiasi umum yang diperlukan oleh
ketiga RNA polimerase. Subunit yang kedua dan ketiga masing-masing dinamakan
B# dan B''. Faktor TFB tidak memiliki spesifisitas urutan sehingga tempat
pengikatannya bergantung kepada posisi pengikatan TFC pada DNA. TFB
memungkinkan RNA Pol untuk melakukan inisiasi transkripsi. Begitu TFB terikat,
TFC dapat dikeluarkan tanpa mempengaruhi transkripsi. Oleh karena itu, TFC dapat
dilihat sebagai faktor perakitan untuk penempatan faktor inisiasi TFB.

Gambar 5.7. nisiasi transkripsi pada promoter t# eukariot
RNA Pol mentranskripsi gen 5S rRNA, yang merupakan satu-satunya subunit rRNA
yang ditranskripsi secara terpisah. Seperti halnya gen-gen rRNA lainnya yang
ditranskripsi oleh RNA Pol , gen-gen 5S rRNA tersusun secara tandem (berurutan) di
dalam suatu rumpun gen. Pada manusia terdapat suatu rumpun yang berisi sekitar
2.000 gen. Promoter gen 5S rRNA mengandung daerah kontrol internal yang
dinamakan kotak C. etaknya sekitar 81 hingga 99 pb ke arah hilir dari tapak inisiasi
transkripsi. Selain itu, terdapat juga kotak A yang berada pada posisi sekitar +50 hingga
+65.
Kotak C pada promoter 5S rRNA berperan sebagai tempat pengikatan protein spesifik,
yaitu T (Gambar 5.8). TFA bekerja sebagai faktor perakitan yang memungkinkan
TFC berinteraksi dengan promoter 5S rRNA. Sementara itu, kotak A akan
menstabilkan pengikatan TFC sehingga faktor ini berikatan dengan DNA pada posisi
yang relatif sama dengan posisi pengikatan pada promoter tRNA. Begitu TFC terikat
pada DNA, TFB dapat berinteraksi dengan kompleks pengikatan tersebut dan
memungkinkan RNA Pol untuk melakukan inisiasi transkripsi.

Gambar 5.8. nisiasi transkripsi pada promoter 5$ r# eukariot
Banyak gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol bergantung kepada urutan hulu untuk
regulasi transkripsinya. Beberapa promoter seperti U6 snRNA dan gen-gen RNA kecil
dari virus pstein-Barr hanya menggunakan urutan regulator yang letaknya di sebelah
hulu dari tapak inisiasi transkripsinya. Daerah penyandi U6 snRNA mempunyai sebuah
kotak A yang khas. Akan tetapi, urutan ini tidak diperlukan untuk transkripsi. Daerah
hulu pada U6 snRNA mengandung urutan khas promoter RNA Pol , yang meliputi
kotak TATA pada posisi -30 hingga -23. Promoter ini juga memiliki beberapa urutan di
daerah hulu sebagai tempat pengikatan faktor transkripsi lainnya seperti pada
kebanyakan gen U RNA yang ditranskripsi oleh RNA Pol . Hal ini mendukung
pendapat bahwa faktor-faktor transkripsi umum dapat mengatur gen-gen yang
ditranskripsi baik oleh RNA Pol maupun oleh RNA Pol .
Terminasi transkripsi oleh RNA Pol nampaknya hanya memerlukan pengenalan
polimerase berupa urutan nukleotida sederhana. Urutan ini terdiri atas sekelompok
residu dA yang efisiensi terminasinya dipengaruhi oleh urutan di sekitarnya. Urutan 5'-
GCAAAAGC 3' merupakan sinyal terminasi yang efisien untuk gen 5S rRNA pada
eno5:s borealis.

en-gen yang ditranskripsi oleh RNA !ol
RNA Pol terdapat di dalam nukleoplasma dan bertanggung jawab untuk transkripsi
semua gen penyandi protein dan beberapa gen snRNA. Pra-mRNA (transkrip primer)
yang baru disintesis harus mengalami prosesing melalui pembentukan pelindung ca5)
pada ujung 5' RNA dan penambahan poli A pada ujung 3' di samping pembuangan
intron dan penyatuan s5licing) ekson.
Banyak promoter eukariot mengandung suatu urutan konservatif yang dinamakan
kotak TT. etaknya sekitar 25 hingga 35 pb dari tapak inisiasi transkripsi, berisi
urutan konsensus sepanjang 7 pb, yaitu 5'- TATA(A/T)A(A/T) 3'. Meskipun demikian,
saat ini diketahui bahwa protein yang mengikat kotak TATA, yakni TBP, ternyata
berikatan dengan urutan sepanjang 8 pb. Tambahan sepasang basa ini letaknya di
sebelah hilir dari kotak TATA dan identitasnya tidaklah penting. Kotak TATA bekerja
dengan cara yang sama dengan urutan -10 pada promoter E. coli dalam menempatkan
RNA Pol agar diperoleh inisiasi transkripsi yang benar. Meskipun urutan di antara
kotak TATA dan tapak inisiasi transkripsi bukan merupakan urutan yang penting, jarak
antara kedua tempat tersebut ternyata penting. Hampir 50% tapak inisiasi transkripsi
berupa residu A.
Beberapa gen eukariot tidak mempunyai kotak TATA tetapi memiliki suatu eIemen
insiator, yang terletak di sekitar tapak inisiasi transkripsi. Namun, beberapa promoter
tidak memiliki baik kotak TATA maupun elemen inisiator. Gen-gen semacam ini
biasanya ditranskripsi dengan lambat, dan inisiasi transkripsi dapat terjadi di tempat-
tempat yang berbeda sepanjang 200 pb. Gen-gen ini sering kali mengandung daerah
yang kaya GC sepanjang 20 hingga 50 pb pada posisi 100 hingga 200 pb arah hulu dari
tapak inisiasi transkripsi.
Aktivitas promoter basal yang rendah akan sangat ditingkatkan oleh adanya elemen-
elemen lain di sebelah hulu promoter. lemen-elemen ini dijumpai pada kebanyakan
gen dengan tingkat ekspresi yang sangat bervariasi di antara jaringan yang berbeda.
Dua contoh yang umum adalah kotak $P1, yang terletak di sebelah hulu dari banyak
gen baik yang mempunyai maupun yang tidak mempunyai kotak TATA, dan kotak
CCT. Promoter dapat memiliki salah satu, keduanya, atau bahkan banyak salinan
urutan/kotak tersebut. Urutan yang pada umumnya terletak 100 hingga 200 pb arah
hulu dari promoter ini dinamakan eIemen reguIator huIu atau :pstream reg:latory
elements (U#s). URs memegang peranan penting dalam menjamin berlangsungnya
transkripsi yang efisien.
Transkripsi kebanyakan promoter eukariot dapat dipacu oleh elemen kontrol yang
letaknya beribu-ribu pasang basa dari tapak inisiasi transkripsi. Hal ini pertama kali
ditemukan pada genom virus SV40. Suatu urutan sepanjang kira-kira 100 pb pada DNA
virus ini dapat dengan nyata meningkatkan transkripsi dari promoter basal. Urutan
pemacu (enhancer) ini mempunyai panjang 100 hingga 200 pb dan mengandung
banyak elemen yang menghasilkan aktivitas totalnya. Pemacu dapat dijumpai pada
sembarang sel atau hanya pada tipe sel tertentu.
Dengan makin banyaknya pemacu dan promoter yang ditemukan, terlihat bahwa motif
kedua elemen tersebut ternyata tumpang tindih, baik secara fisik maupun fungsional.
Dengan demikian, terdapat spektrum elemen regulator yang sinambung, mulai dari
elemen-elemen pemacu yang sangat panjang rentangnya hingga elemen-elemen
promoter yang pendek rentangnya.
Serangkaian faktor transkripsi basal yang kompleks telah diketahui berikatan dengan
promoter RNA Pol dan bersama-sama melakukan inisiasi transkripsi. Urutan
pembentukan kompleks inisiasi transkripsi RNA Pol dapat dilihat pada Gambar 5.9.

Gambar 5.9. Diagram pembentukan kompIeks inisiasi transkripsi # PoI
Pada promoter yang mengandung kotak TATA, TD merupakan faktor pertama yang
akan mengikat promoter tersebut. Faktor ini terdiri atas banyak molekul protein, tetapi
hanya salah satu di antaranya, yakni protein pengikat TT atau %A%A--inding
protein (TBP), yang akan berikatan dengan kotak TATA. Seperti pada RNA Pol , pada
TFD juga terdapat faktor-faktor yang berasosiasi dengan TBP atau %!-
associated 1actors (T
$
). Pada sel-sel mamalia TBP nampaknya akan berikatan
dengan kotak TATA dan kemudian bergabung dengan sekurang-kurangnya delapan
TAF
S
untuk membentuk TFD.
TBP dijumpai pada ketiga kompleks transkripsi eukariot (dalam S1, TFB, dan TFD),
dan dapat dipastikan memegang peranan penting dalam inisiasi transkripsi. TBP
merupakan protein monomerik. Semua TBP eukariot mempunyai domain yang terdiri
atas 180 residu asam amino pada ujung C yang sangat konservatif, dan dapat
berfungsi sebagai molekul protein seutuhnya pada transkripsi in vivo. Oleh karena itu,
fungsi domain pada ujung N yang kurang konservatif belum sepenuhnya diketahui. TBP
mempunyai struktur fisik seperti pelana, yang akan mengikat lekukan kecil molekul DNA
pada kotak TATA dan menghasilkan sudut 45 di antara kedua pasang basa pertama
dan kedua pasang basa terakhir dari 8pb elemen TATA. Mutasi TBP pada domain
pengikatannya dengan kotak TATA tetap mempertahankan fungsinya sebagai faktor
transkripsi untuk RNA Pol dan RNA Pol , tetapi menghalangi inisiasi transkripsi oleh
RNA Pol . Hal ini menunjukkan bahwa RNA Pol dan RNA Pol menggunakan TBP
untuk inisiasi transkripsi, tetapi peranan TBP itu sendiri yang sesungguhnya pada
kompleks transkripsi tersebut masih belum jelas.
Faktor transkripsi berikutnya, T, akan mengikat TFD dan meningkatkan stabilitas
pengikatan TFD pada kotak TATA. TFA sekurang-kurangnya tersusun dari tiga
subunit. Pada studi transkripsi in vitro, yang dilakukan dengan memurnikan TFD, TFA
ternyata menjadi tidak dibutuhkan lagi. Namun, pada sel-sel yang utuh TFA
nampaknya akan menghilangkan pengaruh faktor-faktor penghambat yang berasosiasi
dengan TFD. Jadi, pengikatan TFA pada TFD rupanya akan mencegah masuknya
faktor-faktor penghambat tersebut sehingga proses transkripsi dapat berlanjut.
Begitu TFD terikat dengan stabil pada DNA, faktor transkripsi lainnya, yakni TB,
akan berikatan dengan TFD. Faktor ini akan berperan sebagai perantara yang
memungkinkan masuknya RNA Pol ke dalam kompleks inisiasi transkripsi bersama
dengan masuknya faktor berikutnya, T.
Setelah RNA Pol terikat pada kompleks inisiasi transkripsi, tiga faktor lainnya, masing-
masing TF, TFH, dan TFJ, segera berasosiasi dengan kompleks tersebut. Ketiga
faktor ini diperlukan untuk transkripsi in vitro dan penggabungannya dengan kompleks
tersebut terjadi melalui urutan tertentu. Di antara ketiga faktor tersebut, TFH
merupakan molekul protein terbesar yang sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit.
TFH mempunyai aktivitas kinase dan heIikase. Aktivasi oleh TFH akan
menyebabkan fosforilasi domain ujung C atau carboxyl-terminal domain (CTD) pada
RNA Pol sehingga terbentuk kompleks RNA Pol yang siap untuk diproses dan
meninggalkan daerah promoter. Dengan demikian, TFH nampaknya mempunyai
fungsi yang sangat penting dalam kontrol elongasi transkripsi. Komponen-komponen
TFH juga penting dalam mekanisme perbaikan DNA dan dalam fosforilasi kompleks
kinase yang mengatur daur sel.
Pada kebanyakan promoter RNA Pol yang tidak memiliki kotak TATA terdapat suatu
elemen inisiator yang letaknya tumpang tindih dengan tapak inisiasi transkripsi.
Rupanya pada promoter semacam ini TBP dimasukkan ke promoter oleh suatu protein
pengikat DNA yang terikat pada elemen inisiator. TBP kemudian memasukkan faktor-
faktor transkripsi lainnya beserta RNA Pol dengan cara seperti pada promoter yang
mempunyai kotak TATA.
$tr:kt:r 1aktor transkripsi pada e:kariot
Faktor-faktor transkripsi pada eukariot mempunyai dua aktivitas yang berbeda, yaitu
pengikatan spesifik pada DNA dan aktivasi transkripsi. Masing-masing aktivitas ini
dilaksanakan oleh domain-domain protein yang terpisah, yaitu domain pengikatan
D dan domain aktivasi. Selain itu, banyak faktor transkripsi berupa homodimer atau
heterodimer, yang bersama-sama disatukan melalui domain dimerisasi. Beberapa
faktor transkripsi mempunyai domain pengikatan Iigan yang memungkinkan aktivitas
faktor regulasi transkripsi melalui pengikatan suatu molekul tambahan yang berukuran
kecil. Reseptor hormon steroid merupakan salah satu contoh protein yang mempunyai
keempat macam domain tersebut.
Dari percobaan-percobaan yang dikenal sebagai percobaan pertukaran domain atau
domain swap experiments, diketahui bahwa domain pengikatan DNA dan domain
aktivasi faktor transkripsi Gal4 dan Gcn4 pada khamir terletak pada bagian protein yang
berbeda. Domain aktivasi akan bergabung dengan represor exA pada bakteri,
menghasilkan protein hibrid yang mengaktivasi transkripsi dari promoter dengan urutan
operator lexA. Hal ini menunjukkan bahwa fungsi aktivasi transkripsi pada protein
khamir terpisah dari aktivitas pengikatan DNAnya.
Ada tiga macam domain pengikatan DNA, yaitu domain helix t:rn helix, domain zinc
1inger, dan domain -asic. Domain helix t:rn helix mempunyai sebuah heliks
pengenalan yang akan berinteraksi dengan DNA (Gambar 5.10.a). Domain zinc finger
mempunyai dua buah kala. Pada domain zinc finger C
2
H
2
masing-masing kala berupa
enam asam amino yang berujung pada dua residu sistein dan dua residu histidin.
Keempat residu asam amino ini berkoordinat pada suatu ion zinkum (Gambar 5.10.b).
Domain basic biasanya berasosiasi dengan salah satu dari dua domain dimerisasi,
yaitu le:cine zipper atau helix-loop-helix (HH), sehingga masing-masing dikenal
sebagai protein -asic le:cine zipper (bZP) dan -asic HLH. Dimerisasi protein-protein
ini akan membawa kedua domain basic, yang kemudian dapat berinteraksi dengan
DNA.
Domain dimerisasi, seperti telah disinggung di atas, dapat berupa protein le:cine zi55er
atau HH. Le:cine zi55er mengandung sebuah residu leusin hidrofobik pada setiap
posisi ketujuh yang akan berikatan dengan ujung C domain basic. eusin-leusin pada
domain le:cine zi55er tersusun dalam struktur d-heliks (Gambar 5.11). Domain HH
mempunyai struktur yang menyerupai domain le:cine zi55er, kecuali dalam hal adanya
suatu kala rantai polipeptida yang memisahkan kedua d-heliks protein monomeriknya.
Seperti halnya le:cine zi55er, motif HH sering kali dijumpai berdekatan dengan
domain basic yang memerlukan dimerisasi dalam pengikatan DNA.
Domain aktivasi transkripsi dapat berupa domain aktivasi asam, domain kaya
gIutamin, atau domain kaya proIin. Domain aktivasi asam mengandung banyak sekali
residu asam amino yang bersifat asam sehingga sering disebut juga dengan 'gumpalan
asam' atau 'gumpalan negatif'. Masih belum diketahui dengan pasti gambaran struktur
lainya yang diperlukan oleh domain ini agar dapat berfungsi sebagai domain aktivasi
transkripsi yang efisien. Domain kaya glutamin pertama kali ditemukan pada faktor
transkripsi SP1. Pada domain ini banyak sekali ditemukan residu glutamin. Begitu juga,
pada domain kaya prolin banyak sekali ditemukan residu prolin.
Regulasi transkripsi dapat terjadi melalui interaksi tidak langsung dengan fungsi suatu
faktor transkripsi, antara lain dengan blokade tempat pengikatan faktor transkripsi pada
DNA (seperti pada kebanyakan represor prokariot), pembentukan kompleks pengikatan
non-DNA (misalnya protein inhibitor d yang tidak mempunyai domain pengikatan DNA
akan menggangu interaksi protein HH dengan DNA), dan blokade domain aktivasi
faktor transkripsi meskipun pengikatannya pada DNA tetap berlangsung (misalnya
Gal80 akan menutupi domain aktivasi faktor transkrispi Gal4 pada khamir). Di samping
itu, penghambatan transkripsi dapat juga terjadi secara langsung karena adanya
domain tertentu pada represor. Sebagai contoh, suatu domain reseptor hormon tiroid
pada mamalia akan menekan transkripsi apabila tidak ada hormon tiroid dan akan
mengaktifkannya apabila terikat pada hormon tersebut. Begitu pula, produk gen tumor
Wilms berupa protein % yang akan menekan tumor, mempunyai domain represor
spesifik yang banyak mengandung prolin.