Seri Biokimia Heru SWN

BIOKIMIA REPRODUKSI DAN GENETIKA

Disajikan sebagai Bahan Kuliah Biokimia bagi Mahasiswa D III Kebidanan Penyusun: Heru Santoso Wahito Nugroho, S.Kep, Ns, M.M.Kes Telefon: 0352-752747 (rumah), 081335251726 (mobile), 0351-895216 (kantor) E-mail: heruswn@gmail.com website: www.medikes.dikti.net www.heruswn.teach-nology.com Referensi: Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW, 2003, Biokimia Harper, Edisi XXV, Penerjemah Hartono Andry, Jakarta: EGC Stryer L, 1996, Biokimia, Edisi IV, Penerjemah: Sadikin dkk (Tim Penerjemah Bagian Biokimia FKUI), Jakarta: EGC
Suryo, Genetika Manusia, Gadjah Mada University Press, Yogyakarta, 1997 Suryo, Genetika, Gadjah Mada University Press, Yogyakarta, 1998

www.biology.arizona.edu\biochemistry\biochemistry.html, Project-Biochemistry, Edisi: 28 Januari 2003

2003,

The

Biology WKU

www.bioweb.wku.edu\courses\BIOL115\Wyatt\Biochem\metabolism.htm, BIO 113-Chemistry

1 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Pendahuluan
Pernahkah Saudara memikirkan bagaimana tubuh yang pada waktu lahir masih kecil memiliki berat 2000 gram atau 4000 gram, namun setelah dewasa menjadi jauh lebih besar dengan berat lebih dari 40.000 gram? Apakah yang menyebabkan bertambah besarnya ukuran tubuh kita tersebut? Dan apa pula yang menyebabkan bertambah besarnya masing-masing organ tubuh kita? Jawabannya adalah karena sel-sel yang ada dalam tubuh kita berkembang biak sehingga jumlah sel menjadi semakin banyak. Jumlah sel pada waktu terjadi pembuahan hanyalah satu, namun karena mengalami perkembangbiakan maka jumlahnya menjadi bertambah menjadi dua, empat dan seterusnya. Akhirnya semakin lama semakin berlipat ganda, sehingga pada usia dewasa kita memiliki kira-kira 100 triliun sel. Sungguh pelipatgandaan yang luar biasa. Ada contoh lain yang menarik. Orang-orang yang telah menikah pada umumnya akan segera memiliki anak, yang sebenarnya merupakan hasil pertemuan antara 2 sel kelamin dari suami dan isteri. Di dalam tuba uterina ibu, pertemuan dua sel tersebut membentuk satu sel baru yang lengkap yang dinamakan zigot, yang akhirnya berkembang, lahir dan tumbuh sampai dewasa. Selanjutnya anak ini akan bertemu pasangannya, menikah, memiliki anak, anak tumbuh dewasa, menikah, punya anak dan seterusnya. Dengan demikian jumlah penduduk di dunia ini menjadi semakin banyak, sehingga manusia menjadi kebingungan dan menjadi cara pengendalian pertumbuhan penduduk, supaya pertumbuhan ini tidak demikian pesatnya. Timbullah program family planning (keluarga berencana/KB) dan seterusnya. Dua contoh yang digambarkan di atas merupakan hasil dari suatu reproduksi. Jadi sebenarnya apakah yang dimaksud dengan reproduksi? Dalam kamus reproduksi diartikan sebagai perkembangbiakan. Dalam biologi, yang dimaksud dengan perkembangbiakan adalah bertambah banyaknya jumlah unit kehidupan tertentu. Reproduksi sel berarti sel berkembang biak sehingga jumlahnya menjadi semakin banyak. Reproduksi manusia berarti manusia menjadi bertambah banyak jumlahnya karena organisme ini bisa melangsungkan keturunan. Jadi tujuan dari reproduksi seperti yang dipaparkan adalah melangsungkan keturunan. Keturunan yang dihasilkan akan mewarisi sifat-sifat dari induknya. Pewarisan sifat keturunan ini dipelajari dalam salah satu cabang dari biologi yaitu
2 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

genetika. Definisi umum dari genetika adalah cabang dari ilmu hayat yang mempelajari turun temurunnya sifat-sifat induk atau orang tua kepada

keturunannya. Belakangan diketahui bahwa kromosom merupakan bahan yang bertanggungjawab terhadap penurunan sifat keturunan. Di dalam kromosom terdapat bahan genetik yaitu DNA. Peran DNA melibatkan fungsi RNA.

Kromosom
Dalam mempelajari genetika manusia, terlebih dahulu kita harus mengenal bahan yang membawa sifat keturunan yang dinamakan kromosom. Kromosom adalah benda-benda halus berbentuk batang panjang atau pendek dan lurus atau bengkok yang terdapat di dalam inti sel (nukleus). Kromosom tersusun atas kromatinkromatin. Bagian dari kromosom yang tidak padat dan merupakan pembawa gen disebut eukromatin, sedangkan bagian yang padat disebut heterokromatin.

kromatid

sentromer

Kromosom

Struktur Kromosom dan Kedudukannya di Dalam Sel

3 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Morfologi kromosom membagi kromosom menjadi 2 tipe, yaitu:   Autosom (kromosom somatis), berjumlah 22 pasang (44 buah) dan tidak berhubungan dengan penentuan jenis kelamin Kromosom seks, berjumlah sepasang (2 buah), yaitu X dan Y untuk laki-laki serta X dan X untuk perempuan. Kromosom ini berhubungan dengan penentuan jenis kelamin.

2 A

4 B

9 C

10

11

12

13

14 D

15

16

17 E

18

19 F

20

21

22 G

X X

X Y

Kromosom somatis dan kromosom seks. Kromosom somatis ditunjukkan oleh nomor 1 s/d 22 atau A s/d G Kromosom seks adalah XX pada perempuan dan XY pada laki-laki Sel-sel tubuh (sel somatis) dan sel kelamin memiliki jumlah kromosom yang berbeda.   Sel kelamin (gamet) dalam hal ini adalah spermatozoa dan ovum memiliki sejumlah n kromosom (haploid) Sel somatis memiliki 2 kali kromosom sel gamet atau 2n kromosom (diploid)

4 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Satu set kromosom haploid dinamakan genom. Jadi sel gamet memiliki 1 genom dan sel somatis memiliki 2 genom. Berdasarkan uraian di atas diketahui bahwa seorang pria dan wanita memiliki perbedaan sel somatis dan sel gamet sebagai berikut: Gender Pria Wanita Kromosom sel somatis 46XY (44 otosom dan 2 gonosom) 46XX (44 otosom dan 2 gonosom) Kromosom sel gamet 23X atau 23Y (22 otosom dan 1 gonosom) 23X (22 otosom dan 1 gonosom)

Reproduksi sel
Ada 2 cara reproduksi sel: 1. Mitosis Mitosis terjadi pada sel somatis, tiap sel mengandung sepasang genom atau diploid (2n), pembelahan menghasilkan 2 sel dengan sifat genetik yang sama.

Gambar Diagram pembelahan mitosis 2. Meiosis Meiosis terjadi pada sel kelamin (gamet), tiap sel mengandung 1 genom atau haploid (n), pada pria menghasilkan 4 spermatozoa dan pada wanita menghasilkan 1 ovum dan maksimal 3 badan polar. Proses pembelahan meiosis pada pria disebut spermatogenesis sedangkan pada wanita disebut oogenesis.

5 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Diagram Spermatogenesis Spermatogenesis diawali dari spermatogonium (diploid) yang membelah diri secara mitosis. Selanjutnya hasil pembelahan ini akan berdiferensiasi menjadi spermatosit primer (diploid). Spermatosit primer mengalami pembelahan meiosis I menjadi 2 spermatosit sekunder (haploid). Selanjutnya masing-masing spermatosit sekunder mengalami pembelahan meiosis II menjadi 2 spermatid (haploid). Keempat spermatid berkembang melalui proses spermiogenesis menjadi spermatozoa (haploid).
6 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Diagram Oogenesis Oogenesis diawali dari oogonium (diploid) yang membelah diri secara mitosis. Selanjutnya hasil pembelahan ini akan berdiferensiasi menjadi oosit primer (diploid). Spermatosit primer mengalami pembelahan meiosis I menjadi oosit sekunder (haploid) dan badan polar I (haploid). Jika oosit primer bertemu spermatozoa, maka dapat mengalami pembelahan meiosis II menjadi ootid (haploid) dan badan polar II. Selanjutnya ootid berkembang menjadi ovum,

7 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

sementara itu badan polar I dapat membelah menjadi dua atau mungkin juga tidak membelah.

8 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Penentuan jenis kelamin

Telah dijelaskan di atas bahwa di dalam sel somatis manusia terdapat 22 pasang/44 buah autosom dan sepasang/2 buah kromosom seks. Pada sel somatis seorang wanita terdapat 44 autosom dan kromosom seks XX (46XX)  Pada sel somatis seorang pria terdapat 44 autosom dan kromosom seks XY (46XY) Karena sel kelamin (gamet) bersifat haploid maka setiap sel mengandung separuh dari kromosom sel somatis, sehingga:    Pada ovum terdapat 22 buah autosom dan kromosom seks X (23X) Pada spermatozoa terdapat 22 buah autosom dan kromosom seks X atau Y (23X atau 23Y) Dengan demikian apabila terjadi pembuahan, maka penentuan jenis kelamin dan kemungkinan lahir anak laki-laki atau perempuan digambarkan sebagai berikut:

Dari skema di atas, tampak bahwa kemungkinan lahirnya anak laki-laki atau perempuan adalah 1:1 atau masing-masing 50%.

Bahan genetik
Sebagai bahan penurunan sifat, kromosom tersusun atas nukleoprotein, suatu senyawa antara asam nukleat dengan protein seperti histon dan/atau protamin.
9 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Asam nukleat inilah yang berperan sebagai bahan genetik. Dikenal 2 macam asam nukleat, yaitu DNA sebagai bahan genetik yang sesungguhnya dan RNA. Asam nukleat merupakan senyawa penting yang tersusun atas nukleotidanukleotida. Atau dengan kata lain asam nukleat merupakan suatu polimer/rantai nukleotida (polinukleotida). Setiap nukleotida tersusun atas sebuah nukleosida dan gugus fosfat. Sedangkan setiap nukleosida tersusun atas gula pentosa berupa deoksiribosa atau ribose dan basa nitrogen baik dari turunan purin yaitu guanin dan adenin maupun turunan pirimidin yaitu sitosin, timin atau urasil. Agar lebih jelas coba cermati skema di bawah:

Asam Nukleat (DNA, RNA)

Nukleotida

Nukleosida

Pentosa (ribosa, deoksiribosa) Basa N (guanin, adenin, sitosin, timin, urasil)

Fosfat
Nukleosida

Pentosa (ribosa, deoksiribosa) Basa N (guanin, adenin, sitosin, timin, urasil)

Nukleotida Fosfat

Nukleosida

Pentosa (ribosa, deoksiribosa) Basa N (guanin, adenin, sitosin, timin, urasil)

Nukleotida Fosfat

Nukleotida

Nukleosida

Pentosa (ribosa, deoksiribosa) Basa N (guanin, adenin, sitosin, timin, urasil)

Fosfat
Nukleosida

Pentosa (ribosa, deoksiribosa) Basa N (guanin, adenin, sitosin, timin, urasil)

Nukleotida Fosfat

Dst. Dst. Dst.

Dst. Dst.

Skema susunan asam nukleat.

10 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Gula pentosa Gula pentosa telah Saudara pelajari dalam pokok bahasan karbohidrat, yaitu suatu monosakarida beratom C 5 buah. Coba perhatikan kembali struktur gula pentosa berupa ribosa dan deoksiribosa di bawah ini:

Ribosa

Deoksiribosa

Struktur gula pentosa Basa Nitrogen Basa nitrogen ada 2 golongan yaitu: 1. Derivat purin yang terdiri atas adenin dan guanin Kedua basa N ini terdapat di dalam RNA maupun DNA 2. Derivat pirimidin yang terdiri atas sitosin, urasil dan timin Dari ketiga basa N di atas, sitosin terdapat dalam RNA dan DNA, urasil hanya ada pada RNA dan timin hanya ada pada DNA. Coba perhatikan struktur 5 basa basa N berikut:

Adenin

Guanin

Sitosin

Urasil

Timin

Purin Struktur basa nitrogen

Pirimidin

11 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Nukleosida Nukleosida merupakan gabungan antara gula pentosa baik ribosa ataupun deoksiribosa dengan salah satu basa N. Jika gula pentosa berupa ribose, maka basa N yang mungkin diikat adalah guanin, adenin, sitosin dan urasil. Sedangkan jika gula pentosa berupa deoksiribosa, maka basa N yang terikat adalah guanin, adenin, sitosin dan timin. Penamaan nukleosida dapat Saudara baca pada tabel system penamaan nukleosida dan nukleotida.

Nukleosida purin

Nukleosida pirimidin

Adenosin

Guanosin

Sitidin

Uridin

Deoksiadenosin

Deoksiguanosin

Deoksisitidin

Deoksitimidin

Struktur berbagai macam nukleosida

12 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Tabel Sistem penamaan nukleosida dan nukleotida

Gula pentosa Basa Nitrogen Ribosa Deoksi- Adenin Guanin Sitosin Urasil ribosa Timin Nama nukleosida Adenosin Guanosin Sitidin Uridin Deoksiadenosin Deoksiguanosin Deoksisitidin Deoksitimidin Gugus fosfat Nama nukleotida

Adenosin monofosfat Guanosin monofosfat Sitidin monofosfat Uridin monofosfat Deoksiadenosin monofosfat Deoksiguanosin monofosfat Deoksisitidin monofosfat Deoksitimidin monofosfat

Nukleotida Nukleotida merupakan gabungan antara nukleosida dengan gugus fosfat. Karena ada 8 macam nukleosida maka nukleotida juga ada 8 macam. Lihat kembali tabel. Nukleotida purin Nukleotida pirimidin

Adenosin monofosfat Guanosin monofosfat

Sitidin monofosfat Uridin monofosfat

Deoksiadenosin monofosfat

Deoksiguanosin monofosfat

Deoksisitidin monofosfat

Deoksiuridin monofosfat

Struktur nukleotida
13 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Asam nukleat Asam nukleat merupakan polimer nukleotida (polinukleotida), baik nukleotida purin maupun nukleotida pirimidin. Ada 2 jenis asam nukleat penting dalam tubuh yaitu DNA dan RNA. Dalam biomedik asam nukleat memiliki arti yang sangat penting. Lintasan informasi dasar dalam pembahasan asam nukleat adalah bahwa DNA mengarahkan sintesis RNA dan RNA mengarahkan sintesis protein. DNA Sebagai polinukleotida, DNA tersusun atas nukleotida-nukleotida. Coba lihatlah kembali bahwa nukleotida tersusun atas nukleosida-nukleosida. Setiap nukleosida tersusun atas gula pentosa dan basa nitrogen. Basa N yang menyusun DNA adalah adenin, guanin, sitosin dan timin. Sedangkan gula pentosa yang menyusun DNA adalah deoksiribosa. Agar lebih jelas coba perhatian gambar struktur DNA. Tampak bahwa setiap gugus fosfat dari satu nukleotida berikatan dengan deoksiribosa dari nukleotida berikutnya. Dari gambar dapat Saudara lihat bahwa deoksiguanosin monofosfat (dGMP)/deoksiguanilat dihubungkan dengan deoksiadenosin monofosfat (dAMP)/deoksiadenilat, dihubungkan lagi dengan deoksisitidin monofosfat (dCMP)/deoksisitidilat, dihubungkan lagi dengan deoksitimidin monofosfat (dTMP)/deoksitimidilat dan seterusnya. Urutan nukleotidanukleotida ini berbeda-beda pada setiap individu.

Struktur DNA (A)

14 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Struktur DNA

15 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Struktur DNA

16 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

DNA mengandung 2 untai polinukleotida. Setiap basa N pada nukleotida untaian pertama akan berikatan (ikatan hidrogen) dengan basa N pada nukleotida kedua. Sifat khas dari ikatan ini adalah bahwa setiap basa N adenin (A) selalu berikatan dengan timin (T), sedangkan guanin (G) selalu berikatan dengan sitosin (C). Setiap ikatan antara 2 basa N ini membentuk struktur menyerupai anak tangga, sedangkan deoksiribosa dan fosfat akan membentuk struktur menyerupai ibu tangga. Jika struktur ini diamati secara utuh akan terlihat struktur seperti tangga tetapi dalam kondisi terpilin, sehingga sering disebut sebagai struktur pilinan ganda (double helix). RNA RNA sebagaimana DNA juga merupakan asam nukleat, sehingga juga tersusun atas nukleotida-nukleotida dengan segala unsur-unsur penyusunnya. Ada beberapa perbedaan antara RNA dan DNA yaitu: 1. RNA tersusun atas gula pentosa ribosa bukan deoksiribosa 2. RNA memiliki komponen pirimidin yang berbeda dengan dengan DNA. Pada RNA pirimidin yang ada adalah sitosin dan urasil. Dengan demikian secara lengkap basa N pada RNA adalah adenin, guanin, sitosin dan urasil. Sedangkan pada DNA adalah adenin, guanin, sitosin dan timin. 3. RNA terdapat dalam bentuk untaian tunggal, tidak seperti DNA yang memiliki untaian ganda. Namun RNA dapat melipat dirinya sehingga pada bagian tertentu didapatkan sifat untaian ganda. Ada 3 macam RNA yaitu 1. Messenger RNA (mRNA) mRNA memiliki ukuran dan stabilitas yang paling heterogen. mRNA berfungsi sebagai pembawa pesan messenger, yang mengangkut informasi dari DNA ke mesin pembuat protein. mRNA memiliki struktur tunggal. Urutan basa nitrogen di dalamnya dikelompok-kelompokkan menjadi triplet-triplet (urutan 3 basa N) sehingga sering disebut sebagai kode triplet atau lazim dinamakan kodon.

Struktur mRNA

17 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

Daftar kodon dari mRNA Nukleotida pertama U Nukleotida kedua C A Ser Tyr Ser Tyr Ser Term Ser Term Pro His Pro His Pro Gln Pro Gln Thr Asn Thr Asn Thr Lys Thr Lys Ala Asp Ala Asp Ala Glu Ala Glu Nukleotida ketiga U C A G U C A G U C A G U C A G

U Phe Phe Leu Leu Leu Leu Leu Leu Ile Ile Ile Met Val Val Val Val

G Cys Cys Term Trp Arg Arg Arg Arg Ser Ser Arg Arg Gly Gly Gly Gly

Misalnya urutan kodon adalah UUG maka nukleotida I adalah U, nukleotida kedua adalah U dan nukleotida III adalah G. Jika dicocokkan dengan tabel maka kodon tersebut sesuai untuk asam amino Leusin. Kodon UAC sesuai untuk asam amino Tyr, dan seterusnya. Phe : fenilalanin Leu : Leusin Ile : isoleusin Met : metionin Val : valin Ser : serin Pro : prolin Thr : threonin Ala : alanin Tyr : tirosin Term : terminal His : histidin Gln : glutamin Asn : asparagin Lys : lisin Asp : aspartat Glu : glutamat Cys : sistein Trp : triptofan Arg : arginin Gly : glisin 2. Transfer RNA (tRNA) Memiliki panjang 74-95 nukleotida. Dalam setiap sel minimal terdapat 20 spesies tRNA yang masing-masing sesuai dengan masing-masing dari 20 jenis asam amino. Struktur dari tRNA adalah menyerupai daun semanggi yang terdiri dari 4 lengan, yaitu :
18 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

- Lengan akseptor yang terdiri atas pasangan basa N dan berakhir pada rangkaian CCA. Lengan ini mengikat asam amino dalam proses sintesis protein. - Lengan anti kodon yang terdiri pasangan basa N dan berakhir pada 3 basa N yang dapat mengenali kodon dari mRNA (memiliki basa N yang komplementer terhadap kodon) - Lengan D - Lengan C Selain itu juga ada struktur lengan tambahan. tRNA berfungsi sebagai pemindah asam amino menuju mRNA dalam proses sintesis protein.

Struktur tRNA

3. Ribosom RNA (rRNA) Ribosom merupakan struktur nucleoprotein sitoplasma yang bertindak sebagai mesin pembentuk protein dari cetakan mRNA. Pada ribosom mRNA dan tRNA saling berinteraksi untuk menyusun protein spesifik. Sebagai nucleoprotein, ribosom tersusun atas asam nukleat berupa rRNA.

Struktur rRNA

19 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

SINTESIS PROTEIN Sintesis protein mencakup 2 proses utama yaitu transkripsi dan translasi. Transkripsi Tahap ini diawali dengan melonggarnya pilinan DNA dalam nucleus sel akibat pengaruh enzim RNA polimerase. Dengan pelonggaran pilinan tersebut maka pasangan basa N DNA terpisah. Untaian yang dapat mencetak mRNA dinamakan sense, sedangkan untaian yang tak dapat mencetak dinamakan antisense. Karena pasangan basa N sudah lepas, maka untaian sense dapat menyalin informasi genetic pada mRNA. Caranya adalah membentuk basa N komplementer dari DNA pada mRNA. Proses penyalinan ini dinamakan transkripsi. Hasil dari proses transkripsi ini (mRNA) akhirnya keluar dari nucleus menuju sitoplasma dan selanjutnya menuju ribosom. Sementara itu dengan adanya ATP, tRNA dalam sitoplasma akan berikatan dengan asam amino yang sesuai. Kompleks tRNA dan asam amino ini akhirnya menuju ribosom untuk berinteraksi dengan mRNA. Translasi mRNA yang ada dalam ribosom selanjutnya akan berinteraksi dengan tRNA yang telah membawa asam amino. Dengan pertemuan berarti telah terjadi penerjemahan (transkripsi) urutan kode triplet dari kodon mRNA menjadi suatu urutan asam amino protein spesifik. Caranya adalah antikodon tRNA yang spesifik untuk asam amino tertentu membentuk pasangan basa N dengan kodon mRNA. Misalnya: Kodon mRNA adalah AUG (kode untuk Met), maka akan berinteraksi dengan tRNA dengan antikodon UAC yang sudah pasti membawa asam amino metionin (Met) di dalam ribosom. Ingat ribosom adalah mesin pencetak protein. Setelah berhasil memasukkan satu asam amino maka kompleks tersebut akan terdissosiasi, mRNA, tRNA, ribosom terpisah sementara asam amino disusun secara berurutan. Jika kodon berikutnya adalah UAC (kode untuk Tyr), maka akan berinteraksi dengan tRNA dengan antikodon AUG yang sudah pasti membawa asam amino Tirosin (Tyr). Tirosin tersebut dihubungkan dengan metionin yang telah datang pertama tadi dengan ikatan peptida. Lihat pokok bahasan tentang protein pada sesi awal biokimia. Proses tersebut di atas berlangsung secara terus menerus sehingga tersusun rantai asam amino yang sangat panjang yang dinamakan protein. Jika akhirnya datang kode Term maka berarti sintesis protein harus berhenti.

20 Untuk Program D3 Kebidanan

Seri Biokimia Heru SWN

AA A AA

AA AA AA

AA

ATP

AA AA AA AA AA AA AA

PROTEIN

DST

21 Untuk Program D3 Kebidanan

DISSOSIASI

Seri Biokimia Heru SWN

22 Untuk Program D3 Kebidanan