ISPITNA PITANJA IZ PRINCIPA GENETIKE

I
1. 2. 3. 4. 5. Priroda genetikog materijala Replikovanje genetike informacije kod prokariota i eukariota Promenljivost genetike informacije Struktura gena prokariota i eukariota Ekspresija gena prokariota i eukariota 29. Genetika osnova polne i bespolne 30. reprodukcije organizama Promene na genetikom materijalu tokom elijskog ciklusa Genske mutacije Hromozomi prokariota i eukariota Struktura i funkcija hromatina Pojam kariotipa Numerike hromozomske mutacije Strukturne hromozomske mutacije Mendelova teorija nasleivanja; Mendelova pravila Modifikacije Mendelovih odnosa; promenljivost dominanse Modifikacije Mendelovih odnosa; letali, plejotropizam, penetrantnost i ekspresivnost Modifikacije Mendelovih odnosa; polno vezani geni Modifikacije Mendelovih odnosa; vezano nasleivanje i rekombinacije Modifikacije Mendelovih odnosa; interakcije izmeu gena Vanjedarno nasleivanje

6.
7. 8. 9. 10. 11. 12.

24. Regulacija genske ekspresije kod prokariota i eukariota 25. UV zraenje i njegov genotoksini efekat 26. Fiziki mutageni, mehanizmi njihovog delovanja na nasledni materijal 27. Hemijski agensi i njihov genotoksini efekat 28. Bioloki mehanizmi reparacije oteenja molekula DNK i njihov znaaj Primena tehnologije rekombinantne DNK Genetika osnova imunog odgovora 31. Genetika varjabilnost antitela. Somatske rekombinacije gena 32. Dozna kompenzacija. Inaktivacija hromozoma 33. Genetika determinacija razvia pola 34. Genetika kontrola razvia i diferencijacije

13.
14. 15. 16. 17. 18. 19. 20.

35. Promene na genetikom materijalu tokom starenja 36. Genetika uslovljenost kancera; protoonkogeni i tumor-supresor geni 37. Mehanizmi aktivacije protoonkogena 38. Genetika uslovljenost kancera; retrovirusi

III II
21. Distribucija sekvenci DNK u genomu 22. C vrednost i evolutivna sloenost organizama 23. Mobilni genetiki elementi eukariota

39. Genetika varijabilnost prirodnih

populacija organizama 40. Parametri kvantifikovanja genetike raznovrsnosti u genofondu 41. Genetika struktura populacije. Populacija u ravnotei

42. Sistemi parenja i njihove populaciono 52. Heritabilnost kvantitativnih osobina u genetike posledice irem smislu 43. Obim i dinamika promena u genofondu kao 53. Naini odreivanje koeficijenta posledica mutacija heritabilnosti i njegovo kvantifikovanje 44. Obim i dinamika promena u genofondu kao 54. Vetaka selekcija. Promena srednje posledica migracije vrednosti i varijanse 45. Delovanje i efekat prirodne selekcije; 55. Procena toka vetake selekcije favorizovanje heterozigota putem heritabilnosti 46. Delovanje i efekat prirodne selekcije; 56. Promene srednje vrednosti i varijanse selekcija protiv recesivnog i dominantnog tokom inbridinga alela 57. Inbriding depresija i heterozis 47. Adaptivna vrednost i koeficijent selekcije 58. Vetaka selekcija i komponente 48. Sluajne promene uestalosti alela u adaptivne vrednosti populaciji. Genetiki drift 59. Pristupi izuavanju genetike 49. Kontinualno variranje osobina uslovljenosti ponaanja 50. Komponente fenotipske i genotipske 60. Genetika uslovljenost ponaanja varijabilnosti kvantitativnih osobina oveka 61. 51. Norma reakcije genotipa 1. Priroda genetikog materijala
Genetiki materijal je sadran u nukleinskim kiselinama DNK i RNK. Kod veine organizama i virusa nasledna informacija se nalazi u DNK. Kod nekih virusa nosilac naslednih informacija je RNK. U nukleusu eukariota se nalaze hromozomi, koji se sastoje od linearnih molekula dvolanane DNK, asociranih sa pozitivno naelektrisanim proteinima histonima. U hromozomima se nalaze nasledne informacije. Hromozomi bakterija, koji se nalaze u citoplazmi, su uglavnom cirkularni molekuli dvolanane DNK, takoe ponegde asocirani sa proteinima. Isto vai i za organele eukariota, mitohondrije i hloroplaste, koje vode poreklo od prokariotskih elija. Pored hromozoma, koji nose neophodne nasledne informacije bakterija, u eliji se mogu nai i vanhromozomski molekuli DNK, plazmidi (epizomi), takoe uglavnom cirkularni molekuli dvolanane DNK, koji nose dodatne informacije, koje karakteriu dati soj. Svi DNK molekuli (i hromozomski i vanhromozomski) i prokariota i eukariota se autonomno repliciraju radi prenosa nepromenjenih naslednih informacija narednim generacijama (vertikalni prenos). Postoje i sluajevi horizontalnog prenosa naslednih informacija (konjugacija bakterija....). Kod virusa, nosilac naslednih informacija moe biti jednolanana i dvolanana, linearna i cirkularna DNK, kao i jednolanana i dvolanana, samo linearna, RNK. Virusna RNK se replicira ili preko DNK, pomou reversne transkriptaze (RNK zavisna DNK polimeraza) ili direktno preko RNK, pomou replikaze (RNK zavisna RNK polimeraza). Kljuni momenat u potvrdi da su nukleinske kiseline nosioci naslednih informacija su experimenti Grifita, zatim Averija, Makleoda i Mekartija (Pneumokokus) i najzad Herija i ejsove (radioaktivno obeleavanje kapsida i DNK faga). Potvrdu o metabolikoj stabilnosti DNK dali su Brae i Kasperson. U nepatolokim stanjima svi ivi organizmi i virusi poseduju konstantnu koliinu naslednog materijala. Informacija u nukleinskim kiselinama je zapisana u vidu kodona, tripleta nukleotida, od kojih svaki ifruje po jednu AK od 20 moguih. Genetiki kod je izroen, to podrazumeva da svaka kombinacija od tri nukleotida kodira jednu AK, pa neke AK kodira jedan triplet, a neke est tripleta. Raspored je takav da, npr., ako jednu AK kodira 4 tripleta, tada e se oni razlikovati samo u treoj bazi; zatim, ako dve AK imaju kodone sa iste prve dve baze, tada e na treem mestu kod jedne biti Pu, a kod druge Py. K d Mitohondrija je malo drugaiji u odnosu na ostale prokariote i eukariote. Dupli helix DNK moe postojati u nekoliko tipova: A, B, Z.... Strukturu DNK znate.... Dodati priu iz ostalih poglavlja, ako je potrebno.

2. Replikovanje genetike informacije kod prokariota i eukariota

Molekuli nukleinskih kiselina imaju sposobnost autonomne replikacije. Potrebno je da se obavi jedna precizna replikacija u eliji, ime se dobija jo jedan genomski set (ukupno dva), za erke elije. Model replikacije DNK je semikonzervativan, to znai da po jedan roditeljski lanac slui kao matrica za sintezu novog lanca tako nastaju dva dvolanana molekula, sa po jednim starim i jednim novosintetisanim lancem. Replikacija je i diskontinuirana, to znai da se jedan lanac sintetie kontinuirano, a drugi u fragmentima, koji se naknadno spajaju. Kod bakterija replikacija obino poinje u regionu ori, tzv. oridinu replikacije, od koga kreu dve replikacione viljuke u suprotnim pravcima. U toku napredovanja replikacionih viljuki ka terminusima replikacije, na novosintetisanim molekulima DNK se mogu javiti nove replikacione viljuke. Razlog je to to je proces replikacije dugotrajniji od vremena generacije, pa se na taj nain postie uspena distribucija novih molekula DNK, jer replikacija DNK za unuku eliju praktino otpoinje u prabaki eliji, dok se replikacija za baku eliju privodi kraju. Kljuni enzimi replikacije su DNK zavisne DNK polimeraze, koje vre polimerizaciju u 5 3 pravcu. Kod prokariota postoje tri polimeraze, koje se meusobno razlikuju u tome da li vre, i u kom pravcu, editorsku (proofreading) egzonukleaznu funkciju. Karakteristika svih polimeraza je da polimerizaciju mogu da vre samo na 3 kraju ve postojeeg lanca, bio on DNK ili RNK. Zato se na odgovarajuim mestima sintetiu RNK prajmeri, od kojih poinje polimerizacija DNK. Proces replikacije poinje tako to topoizomeraza odvija lance u regionu ori, za koji se zatim vezuju molekuli proteina DnaA. Zatim DnaC dovodi helikazu (DnaB), koja rasplie lance. Za njih se odmah vezuju SSB proteini. Kada helikaza razdvoji dovoljan broj baza i napravi prostor, vezuje se primaza (DnaG), koja sa helikazom formira primozom. Primaza formira jedan prajmer za vodei lanac i, tokom kretanja replikativne viljuke, niz prajmera za sintezu zaostajueg lanaca. Formira se replizom koga ine helikaza, primaza, DNK polimeraza III koja sintetie vodei lanac i DNK polimeraza III koja sintetie Okazakijeve fragmente, poevi od prajmera koje je postavila primaza. Nastanak novog lanca istiskuje SSB proteine. DNK polimeraza I se kree iza replizoma i svojom egzonukleaznom aktivnou uklanja RNK prajmere i ugrauje dezoksiribonukleotide. Ligaza spaja Okazakijeve fragmente. iraza stalno relaxira cirkularnu DNK i time olakava kretanje replizoma. Do terminacije replikacije dolazi u ter regionu. Za neke epizome, virusne genome i genome organela karakteristian je rolling circle model replikacije. U ovom modelu se prvo sintetie jedan lanac, i to tako to novonastali lanac istiskuje jednolanani 5 kraj starog lanca iz cirkularnog molekula. Istisnuti stari lanac slui kao matrica za sintezu novog lanca, ime se dobijaju dva cirkularna DNK molekula. Kod eukariota, replikacija ima definisano mesto u elijskom ciklusu i to je S faza interfaze. Heterohromatski regioni, koji su siromani genima ili su trenutno neaktivni se repliciraju kasnije u odnosu na euhromatin. Kod linearnih molekula DNK eukariota replikacija poinje na nekoliko mesta, tzv. ARS-ova (autonomous replicating sequence), koji predstavljaju oridine replikacije. I ovde nastaju dve replikativne viljuke koje se kreu u suprotnim pravcima. Region DNK izmeu dva mesta fuzije dve susedne replikativne viljuke, u centru kog je oridin replikacije, se naziva replikon. Obzirom da je DNK asocirana sa histonima, i novonastali molekuli se asociraju sa histonima, koji se koordinisano sintetiu. Kod eukariota postoji 5 DNK polimeraza , , , , . polimeraza se nalazi u mitohondrijama i uestvuje u replikaciji mtDNK. Polimeraza sintetie Okazakijeve fragmente, a polimeraza polimerizuje vodei lanac. Polimeraza funkcionie slino DNK polimerazi I prokariota. Polimeraza uestvuje u reparaciji. SV40 je posluio kao model za utvrivanje molekularnog mehanizma replikacije eukariota. Za oridin replikacije se prvo vezuje T-antigen (helikaza), a zatim i RF-A (analog SSB) i RF-C (ATP-aza). Zatim se vezuju primaza i polimeraza . Sintetiu se prajmeri i poinje sinteza Okazakijevih fragmenata. poslednja se vezuje polimeraza koja poinje sintezu vodeeg lanca. Do zavretka replikacije dolazi na telomerama. Ovde postoji problem replikacije 5 krajeva, sa kojih su skinuti RNK prajmeri. Ovaj problem kod protozoa reava telomeraza, RNP komplex, koji sadri sekvencu RNK, komplementarnu ponovljenoj sekvenci na

telomerama hromozoma. Na osnovu te RNK sekvence telomeraza produava 3 kraj roditeljskih lanaca, na osnovu kojih se sintetiu RNK prajmeri i DNK polimeraza zavrava replikaciju. Uklanjanjem tih prajmera opet ostaju nereplicirani ("visei") jednolanani 3 terminusi, ali se originalna duina hromozoma nije smanjila. Replikaciju genoma retrovirusa vri reversna transkriptaza. (+)RNK genom iz virusa dospeva u eliju. Zatim se jedna od domainovih tRNK vezuje blizu 5 kraja i slui kao prajmer za sintezu 3 LTR od dezoksiribonukleotida. Nastali 3 LTR se premeta na 3 kraj istog RNK molekula i slui kao prajmer za sintezu ( )DNK, na osnovu koje se sintetie (+)DNK. Nastala je dvolanana DNK koja se integrie u genom. Novi (+)RNK molekuli koji treba da se spakuju u virion e se dobiti obinom transkripcijom integrisanog regiona.
5 LTR 3 LTR (+)RNK tRNK

( )DNK

RNK genomi bakteriofaga se repliciraju pomou replikaze. Po dospevanju u bakterijsku eliju, poinje translacija sa virusne (+)RNK, ime se razara sekundarna struktura i oslobaaju oridini replikacije sa kojih replikaza poinje sintezu ( )RNK lanaca. E ,ako treba jo neto....

3. Promenljivost genetike informacije

Naslednim informacijama je inherentno da budu nepromenjive, da bi se takve prenele narednim generacijama. Sa druge strane, genetiki materijal nije nepromenjiv i ba ta promenljivost je bitan faktor evolucije. Osim promena koje se mogu desiti spontano, tu su i promene indukovane fizikim, hemijskim i biolokim agensima. Sve promene utiu na broj, strukturu i expresiju gena. Postoje dva osnovna tipa promena naslednih informacija: A. Genetiki materijal se ne menja, ali pri njegovoj expresiji dolazi do promena. U pitanju su greke pri transkripciji, obradi (splajsovanju i editovanju) RNK i translaciji. Dakle, promene se ne prenose narednim generacijama. Znate priu o navedenim procesima. Ponoviti rekombinaciju... B. Dolazi do promena genetikog materijala, koje e naslediti naredne generacije. U pitanju su greke u procesima replikacije, rekombinacije, zatim promene u broju i strukturi hromozoma i epizoma, kao i procesi transformacije, konjugacije, transdukcije i transfekcije. Spontane i indukovane mutacije se podrazumevaju. Organizmi su razvili sisteme kojima se suprotstavljaju promenama genetikog materijala, a to su editorska funkcija DNK polimeraza, enzimi rekombinacije, reparacioni enzimi, restrikcione endonukleaze. Osnova veine spontanih promena i onih indukovanih biolokim agensima je rekombinacija (transformacija, transfekcija, konjugacija, transdukcija, promene u strukturi hromozoma). Za promene u broju hromozoma i epizoma zaslune su greke pri deobi elije. I ovu priu znate....

4. Struktura gena prokariota i eukariota

Geni prokariota i eukariota nose informacije za sintezu proteina i RNK. Geni prokariota i organela koji kodiraju proteine strukturni geni sadre sekvence neophodne za vezivanje ribozoma i proteinskih faktora translacije, zatim slede kodoni i na kraju se nalazi nekodirajua sekvenca. Pomenuti elementi se transkribuju u iRNK, koja e translacijom dati jedan polipeptid. Postoje i elementi koji su deo gena, ali se ne transkribuju, a to su promotorski regioni (regioni i 10 Pribnovljev 35 blok) i regioni terminacije transkripcije. Geni prokariota i organela ne sadre introne, ve je kodirajua informacija neprekinuta. Geni za rRNK i tRNK umesto niza kodona sadre niz nukleotida, pomou kojih e data RNK zauzeti adekvatnu konformaciju. Geni eukariota su diskontinuirani kodirajui deo ine exoni, koji su razdvojeni intronima. Duina exona je ujednaena, dok duina introna dosta varira. Sekvence exona su dosta konzervativne, za razliku od intronskih sekvenci. Smatra se da je uloga introna da "razblae" kodirajau sekvencu, tako da ne moe doi do rekombinacije izmeu homologih hromozoma u jedru (osim u mejozi) postie se da ne postoji minimalna duina homologih sekvenci za formiranje stabilne Holidejeve strukture. Osim kodirajue sekvence, tu su, takoe, i 5 i 3 nekodirajui nizovi, koji se transkribuju, a i delovi koji se ne transkribuju promotorski (TATA box) i ostali regulatorni elementi (enhenseri, sajlenseri). Kod eukariota je, dodue retko, prisutna i pojava preklapanja gena i gena unutar gena. Takoe, alternativnom obradom RNK, isti gen moe dati vie proteinskih produkata. Geni za histone nemaju introne. Osim tRNK i rRNK, eukarioti imaju i gene za snRNK (U1 U7), koje uestvuju u splajsovanju, i gen za 7S RNK, koja je deo signalne partikule za prepoznavanje. Valjda je to sve....

5. Ekspresija gena prokariota i eukariota

Ekspresiju gena ine transkripcija i translacija. Transkripcija je prepis genetike informacije sa DNK u RNK. Translacija je prevoenje sekvence nukleotida iRNK u polipeptidni niz. Veina faza ovih procesa zahteva utroak NTP-a (u smislu energije, ne kao materijal za polimerizaciju). Transkripcija se odvija u 5 3 smeru. Transkripciju katalizuju RNK polimeraze (DNK zavisne RNK polimeraze). Polimerizacija se vri bez prajmera, a RNK polimeraze nemaju editorsku funkciju. Postoji jedna RNK polimeraza koja transkribuje sve gene kod prokariota, a kod eukariota postoje tri RNK polimeraze: RNK polimeraza I prepisuje gene za rRNK (osim 5S), RNK polimeraza II prepisuje strukturne gene i gene za neke snRNK, a RNK polimeraza III prepisuje gene za tRNK, 5S rRNK i ostale snRNK. Translacija se takoe odvija u 5 3 smeru, a polipeptidni niz raste u N C smeru. U translaciji uestvuju ribozomi i tRNK. Ribozomi su RNP estice koje se sastoje od dve subjedinice. tRNK su donosioci AK. AK dospevaju na tRNK pomou enzima aminoacil-tRNK sintetaza. Iako postoji 61 kodan za 20 AK, ne postoji 61 razliita tRNK. Razlog za to je kolebanje kodona, tako da ista tRNK moe prepoznati vie kodona, koji obino ifruju istu AK. Ribozomi slue za dovoenje u kontakt kodona na iRNK i antikodona na tRNK, koje nose AK. Takoe, ribozomi katalizuju nastanak peptidne vrze izmeu dve AK. Expresija prokariotskih gena. Na 35 (TTGACA) i 10 (TATAAT) od poetka transkripcije se nalaze kljune promotorske sekvence, neophodne za prepoznavanje i pravilnu orijentaciju enzima. Za prepoznavanje promotorske sekvence od strane RNK polimeraze neophodan je faktor (to je svojevrstan regulator expresije, jer postoji vie faktora koji prepoznaju razliite promotore). RNK polimeraza se u regionu 35 vezuje za dvolananu DNK, a u regionu 10 dolazi do razdvajanja lanaca, izmeu kojih se umee enzim. Elongacija poinje transkripcijom DNK i posle polimerizacije nekoliko ribonukleotida faktor se odvaja. Kretanje RNK polimeraze rasplie DNK. Eventualno formiranje petlje u nastaloj RNK moe dovesti do spadanja lanca sa enzima. Na tome se i zasniva -nezavisna terminacija. Na 3 nekodirajuem kraju nalaze se dve simetrine sekvence koje se posle transkripcije sparuju i prave petlju koja izazaiva

spadanje RNK sa enzima i spadanje enzima sa DNK. -zavisna terminacija se zasniva na proteinskom faktoru, koji interaguje sa RNK polimerazom i izaziva spadanje enzima sa DNK. iRNK prokarita je policistronska jer sadri prepis nekoliko susednih gena. Svaki od njih ima svoje signale za inicijaciju i terminaciju translacije, ime se omoguava brza produkcija velikih koliina potrebnog proteina. pre-rRNK i pre-tRNK podleu minimalnoj obradi iskrajanju, posle ega su funkcionalne. Sledei nivo expresije strukturnih gena je translacija. Obzirom da prokarioti nemaju jedro, na 5 kraj iRNK se ve mogu zakaiti ribozomi, iako je 3 kraj jo uvek u fazi polimerizacije transkripcija i translacija su kuplovane. Ribozomi prokariota su 70S. Vea subjedinica (50S) sadri 23S i 5S rRNK, a mala (30S) 16S rRNK. Svaku subjedinicu ini oko 50% proteina i 50% rRNK. I u translaciji uestvuje odreen broj proteinskih faktora. Ribozom se vezuje za ajn-Dalgarnov niz posle ega dokliza do prvog (Met) kodona. Ribozom se pomera za po jedan kodon, posle ega peptidil-tRNK dospeva iz A mesta u P mesto. Ovaj proces traje do nailaska na stop kodon, posle ega faktori terminacije izazivaju razdvajanje subjedinica ribozoma i oslobaanje peptida se tRNK. Expresija eukariotskih gena. Spektar regulatornih elemenata kod eukariota je iri. Ima ih uzvodno i nizvodno od gena, pa i u samim genima. Oni mogu biti pozitivni i negativni. Za njih se mogu vezivati razni proteinski faktori, transkripcioni i regulatorni (trans-elementi). Promotorski elementi nisu na strogo definisanim pozicijama; imamo TATA box na 30, CAAT na 80, GC box na 120....Odreeni promotorski elementi kontroliu samo odreene gene (tkivno specifine, housekeeping,....). Enhenseri i sajlenseri (ciselementi) su mnogo udaljeniji od gena i vre pozitivnu, odnosno negativnu regulaciju transkripcije datih gena. Nain njihovog funkcionisanja je sledei: za enhenser se vezuje odreeni proteinski faktor, koji interaguje sa proteinskim faktorima na promotoru i to tako to DNK izmeu njih formira petlju.

enhenser

promotor

Za inicijaciju transkripcije su neophodni transkripcioni faktori. Svaka RNK polimeraza ima svoj set neophodnih faktora (TFI, TFII, TFIII). Oni prepoznaju specifine promotore i omoguuju vezivanje RNK polimeraze, ali takoe prepoznaju i terminacione signale i omoguuju spadanje enzima sa DNK i oslobaenje pre-iRNK. Eukariotska pre-iRNK sadri prepis samo jednog strukturnog gena. Pre-iRNK podlee obradi koja e dati zrelu iRNK. Prvo se dodaje 5 eiri (m7Gpp), a zatim na 3 kraju dolazi do poliadenilacije. eiri je neophodan za vezivanje ribozoma, a poli(A) niz stabilizuje iRNK i produava joj trajanje tako to je titi od degradacije RNKazama. Sledei nivo obrade je isecanje introna i spajanje exona. Granice introna i exona su konzervirane i na osnovu njih se vri diskriminacija nukleotida koji e biti povezani. snRNK (U1 U6) formiraju RNP kompleks (spajsozom) koji prepoznaje granice introna i exona i vri isecanje exona. Kod nekih eukariota ovo je poslednji nivo obrade i posle ovoga je iRNK zrela za translaciju. Kod nekih protozoa postoji jo jedan nivo obrade, tzv. editovanje (priprema za translaciju); u ovom procesu se u iskrojenu RNK dodaju pojedini nukleotidi na osnovu sekvence tzv. gRNK (guide RNK), posle ega se data RNK moe smatrati zrelom. I kod eukariota se rRNK i tRNK minimalno obrauju. Dodue, pre-rRNK nekih organizama sadre introne. Nek od njih se sami isecaju iz rRNK jer imaju autokatalitika svojstva. Translacija eukariota je slina prokariotskoj. Razlika je u tome to do translacije dolazi tek posle detaljne obrade iRNK. Takoe i protinski faktori inicijacije, elongacije i terminacije se razlikuju, ali je princip u sutini isti. Ribozomi eukariota su vei (80S), sa malom subjedinicom (40S) koja sadri 18S rRNK i velikom (60S) koja sadri 28S, 5S i 5.8S rRNK. Ostatak znate...

6. Genetika osnova polne i bespolne reprodukcije organizama

Tokom reprodukcije nastaju novi organizmi, koji nasleuju genetike informacije o vrsti od roditelja. Pri polnoj reprodukciji, neophodno je postojanje izvora dveju haploidnih elija (bila to dva roditelja ili polni organi istog organizma), koje e fuzionisati i dati diploidni organizam, sa po jednim hromozomskim setom od svakog roditelja. Date haploidne elije, gameti, nastaju mejozom, redukcionom elijskom deobom, tokom koje se diploidni broj hromozoma u iodnim elijama redukuje na haploidni. Prema tome, genetika osnova polne reprodukcije je mejoza. Prednost ovakvog naina razmnoavanja je to to je poveana genetika raznovrsnost; tokom mejoze dolazi do rekombinacije izmeu homologih hromozoma, pri emu nastaju nove kombinacije alela, a zatim, posle fertilizacije, u novom organizmu dva seta alela od dva roditelja meusobno interaguju i daju raznolike fenotipove. Sa druge strane, prilikom bespolne reprodukcije organizama dovoljan je samo jedan roditelj, iz ijeg e dela tela izrasti nov organizam. Raznoliki su naini kojima se to postie stolone, pupljenje... Praktino imamo jednu ili vie somatskih elija organizma koje se dediferenciraju i daljim mitozama daju nov, diploidni organizam sa svim tkivima. Jedino to je nastali organizam genetiki identian roditelju, . predstavlja klon. Dakle, osnova bespolne reprodukcije je mitoza. Jasno je da u ovom sluaju nema genetike raznovrsnosti. ivotni ciklus nekih biljaka je podeljen na sporofit i gametofit generaciju. Gametofit je haploidna generacija koju predstavljaju mejozom nastale spore iz kojih nastaju gameti. Fertilizacija oznaava poetak sporofit, diploidne, generacije tokom koje uzastopnim mitozama nastaje kompletna biljka. Poetak nove gametofit generacije je mejoza. Kod pojedinih organizama postoje sluajevi da se iz neoploene jajne elije razvije kompletan, normalan, ali haploidan organizam. Takoe je prisutna i pojava da sekundarno polarno telo igra ulogu spermatozoida i oplouje jajnu eliju, pri emu opet nastaje normalan, ali diploidan organizam. To su partenogenetske pojave. I pojedine biljke mogu dati haploidne potomke. Takoe je mogue vetaki iz dela biljnog tkiva u kulturi, tretmanom odreenim hormonima i faktorima rasta, postii dediferencijaciju tkiva i nastanak novog organizma. Bla, bla, bla....

7. Promene na genetikom materijalu tokom elijskog ciklusa

elijski ciklus predstavljaju interfaza i elijska deoba (mitoza ili mejoza). Interfaza se deli na faze: G1, S i G2. Tokom interfaze genetiki materijal se nalazi u jedru u vidu nekondenzovanog hromatina, to znai da je nivo spiralizacije DNK najmanji, ali hromozomimi kao entiteti postoje. U G1 fazi imamo diploidan set hromozoma sa po jednom hromatidom. U S fazi dolazi do replikacije, posle ega se svaki hromozom sastoji od dve hromatide, povezane nerazdvojenim centromerama. Sa poetkom mitoze, u profazi, dolazi do kondenzovanja hromatina i spiralizacije DNK. Uz pomo histona H1 nukleozomi se pribliavaju i formiraju solenoid. Daljim spiralizacijama solenoida i nastajenjem petlji (nivo hromomere, hromoneme...) hromozomi se sve vie skrauju i postaju deblji. Na kraju profaze su potpuno vidljivi. U metafazi hromozomi se rasporeuju u jednoj ravni i formiraju metafaznu plou. U anafazi dolazi do razdvajanja hromatida svakog hromozoma, pa ka svakom polu elije odlazi diploidan broj hromozama sa jednom hromatidom. U telofazi se hromozomi dekondenzuju i opet zaobavijaju jedrovom membranom. Mejoza se deli na mejozu I i mejozu II. U leptotenu profaze I homologi hromozomi sa po dve hromatide se sparuju. Zatim dolazi do krosing overa, razmene homologih sekvenci dva hromozoma. To je genetika rekombinacija koja daje nove kombinacije sekvenci na oba hromozoma. U zigotenu se formiraju sinapse, bliski kontakt dva hromozoma, nalik na rajsferlus. Data struktura se naziva sinaptonematski komplex. U ovom stadijumu spareni hromozomi se nazivaju bivalenti. Na kraju pahitena sinapse se polako razgrauju. U diplotenu hromozomi ostaju povezani samo hijazmama, mestima gde je dolo do krosing overa. Tokom

dijakineze dolazi do terminalizacije hijazmi one se kreu ka telomerama, tako da hromozomi ostaju povezani samo vrhovima, telomerama. X i Y hromozomi nisu homologi, ali mali deo Y hromozoma jeste homolog X hromozomu, pa dolazi do rekombinacije. U metafazi I bivalenti se rasporeuju po ekvatorijalnoj ravni. U anafazi I bivalenti se razdvajaju i po jedan od homologih hromozoma sa po dve hromatide odlazi na jedan pol elije. Ovde je kljuna razlika izmeu mitoze i mejoze ne razdvajaju se sestrinske hromatide. Haploidni broj hromozoma sa po dve hromatide se obino zaobavija jedrovom membranom i dolazi do citokineze. Mejoza II je praktino ista kao mitoza. Haploidni broj dvohromatidnih hromozoma se rasporeuju na ekvatorijalnoj ravni i dolazi do razdvajanja hromatida, tako da na polove odlazi haploidan broj hromozoma sa jednom hromatidom. Dakle, pre mejoze II (mitoze) ne dolazi do udvajanja hromozoma, ve se postojei hromozomi sa dve hromatide dele. Rekombinovani hromozomi se prilino razlikuju od onih od kojih su nastali, . para roditeljskih homologih hromozoma, kao i meusobno. Rekombinacija omoguava nastanak novih kombinacija alela.

8. Genske mutacije
To su promene koje se odnose na manji broj nukleotida, za razliku od hromozomskih aberacija. Dakle, obino se odraavaju na funkciju jednog gena. One mogu biti spontane i indukovane. Promena koja nastane u DNK se naziva premutaciona lezija. Tek kada replikaciona mainerija pree preko nje, tada nastaje fixirana mutacija. Mutacije u somatskim elijama se nazivaju somatskim i odraavaju se na funkcije date elije. Mutacije u gametima se prenose na sledeu generaciju. Mutacije koje ukljuuju jedan bazni par se nazivaju takastim. Supstitucija je zamena jednog bp drugim. Transverzija je promena Pu Py para u Py Pu par. Tranzicija je promena jednog Pu Py para u drugi Pu Py par. Mikroadicija (mikroinsercija) je dodavanje jednog bp. Mikrodelecija je isecanje jednog bp. Ova dva tipa daju tzv. frameift mutacije pomeren okvir itanja. Sve ove pojave se na odreen nain odraavaju na sekvencu AK u proteinu. Missens mutacija znai da je dolo do promene u kodonu pa nastali protein ima izmenjenu sekvencu. Ta izmena moe drastino promeniti njegovu funkciju, pa i eliminisati je. Ekvivalentna mutacija znai da je jedna AK zamenjena drugom, ali po osobinama slinoj, tako da funkcija proteina nije ozbiljno ugroena. Tiha mutacija znai da je promenjen kodon, ali zbog izroenosti koda, on i dalje kodira istu AK. Ovo se detektuje samo sekvenciranjem. Nonsens mutacija znai da je kodon za neku AK mutirao u stop kodon, tako da nastaje skraen protein, koji ne moe normalno da obavlja funkciju. Reversne mutacije vraaju mutirani fenotip u wt. Prava reverzna mutacija znai da je dolo do procesa suprotnog prvobitnoj mutaciji i da je povraena stara AK. Supresorske mutacije se dogaaju na drugim mestima, ali kompenzuju efekat prethodne mutacije. One mogu biti intragenske i intergenske. Intragenska supresija je, na primer, kada je dolo do mikrodelecije jednog bp, negde u istom genu dolazi do mikroadicije drugog bp. Okvir itanja se restaurira, ali AK sekvenca izmeu dve mutacije obino biva promenjena. Kvalitet te promene utie na funkcionalnost datog proteina. Intergenska supresija je kada doe do mutacije u drugom genu. Npr. dolazi do mutacije u antikodonu tRNK, pa ta izmenjena tRNK ita izmenjeni kodan i ubacuje istu AK. Ili mutacija u nekoj od rRNK ili ribozomskih proteina moe ubrzati translaciju i poveati greenje, a posledica e biti ubacivanje dobre AK na izmenjeni kodon. Mutacije nastaju zbog. greaka u replikaciji od strane polimeraze

greaka u replikaciji zbog tautomernih oblika baza (C* - T) greaka u replikaciji zbog hemijskih modifikacija baza (C U) sponatnih ili indukovanih (alkilirajui agensi...) greaka u replikaciji zbog postojanja baznih analoga koji se nestandardno sparuju greaka u replikaciji zbog UV zraenja koje stvara T-T dimere, koji deformiu helix, pa polimeraza grei

9. Hromozomi prokariota i eukariota

Bakterije sadre jedan hromozom, dakle, haploidne su. Njihovi hromozomi su cirkularni dvolanani molekuli DNK. Obzirom da je hromozom dosta veliki, a elija je mala, neophodno je da DNK bude superspiralizovana. Experimenti su pokazali da cirkularni hromozomi bakterija mogu postojati u dva topoizomerna stanja: relaxiranom i superspiralizovanom.

DNK hromozom bakterija je negativno superspiralizovan, to za posledicu ima veu kompaktnost molekula, a samim tim zauzima i manji prostor. Sam DNK lanac je organizovan u petlje. Postoje pozitivno naelektrisani proteini (npr. HU i H), slini histonima eukariota. Praktino, ti proteini se vezuju za osnove petlji. Hromozomi nekih bakteriofaga, koji su takoe cirkularni, pri replikaciji prolaz kroz linearnu formu. Tada se karakteriu kao cirkularno permutovani i terminalno umnoeni. Razlog za to je nain replikacije, koji daje konkatemere. Fag X174 ima cirkularni jednolanani hromozom, na kome se mnogi geni preklapaju. Retrovirusi imaju genome u vidu (+) RNK lanaca, koje moemo smatrati hromozomima. Eukariotski hromozom se sastoji od jednog molekula linearne dvolanane DNK, . jedne hromatide. Dve hromatide su prisutne posle S faze interfaze pa do telofaze. Veina eukariota u svim somatskim elijama ima diploidni broj hromozoma (sem nekih gljiva) i ine ga parovi homologih autozoma i par polnih hromozoma. Kod nekih organizama postoje i poliploidne elije. U gametima je haploidan broj hromozoma iz svakog para homologih autozoma po jedan i jedan polni hromozom. Hromozomi eukariota imaju dva kraka razdvojena primarnim suenjem ili centromerom. Postoji nekoliko tipova hromozoma, na osnovu poloaja centromere: metacentrini kod kojih je centromera priblino na sredini; submetacentrini kod kojih je centromera pomerena vie ka jednom kraju i kraci su nejednake duine; akrocentrine kod kojih je jedan krak drastino krai od drugog; telocentrini kod kojih postoji samo jedan krak, . centromera je na telomeri. Takoe, na hromozomu moe postojati i sekundarno suenje, posle kog je tzv. satelit. Obino se krai krak obeleava sa p, a dui sa q. Centromerni region slui za povezivanje hromozoma i citoskeleta mitotskog vretena. Telomere su uglavnom bez gena i sadre heterohromatske regione, ponovljene sekvence, a negde i transpozone. DNK u hromozomima eukariota je asocirana sa proteinima i to: a. Histonima, baznim, pozitivno naelektrisanim proteinima, koji generalno imaju ulogu u struktuiranju hromozoma (H1 H4); b. Nehistonskim proteinima, kiselim proteinima, koji su predstavljeni enzimima koji uestvuju u svim informativnim procesima (polimeraze, helikaze, topoizomeraze...), proteinskim faktorima (replikacije, transkripcije, translacije, rekombinacije...), regulatornim proteinima,.... Histoni stvaraju osnovni proteinski skelet za izgradnju hromozoma. Histoni H2 H4 stvaraju oktamer koji se naziva nukleozom. Nukleozomi su stalno prisutni na DNK, osim u sluajevima kada smetaju nekom procesu, kada se pomeraju ili privremeno spadaju. Hromozom H1 omoguava stvaranje deblje niti,

10

solenoida, i daljim sukcesivnim spiralizacijama i stvaranjem petlji oko osnovnog proteinskog skeleta, nastaju metafazni hromozomi

10. Struktura i funkcija hromatina

Svi proteini zajedno sa DNK ine hromatin. I na nivou nukleusa i na nivou jednog hromozoma moemo definisati euhromatinske i heterohromatinske regione. U interfaznom nukleusu, euhromatin se karakterie svetlom obojenou, jer je to nekondenzovani deo hromatina. Razlog je to to je euhromatin transkripciono aktivan. Heterohromatin je tamno obojen, . kondenzovan, pa sledi da je i transkripciono inaktivan, ili iz razloga to su pitanju nekodirajue sekvence ili iz razloga to pojedini geni nisu u tom trenutku ili na tom mestu aktivni. Na osnovu toga i postoji podela na konstitutivni i fakultativni hromatin, gde konstitutivni hromatin predstavljaju nekodirajue sekvence, koje se na homologim hromozomima nalaze na istom mestu (centromere i telomere), a fakultativni hromatin predstavljaju trenutno neaktivni geni, . aleli. Histonski proteini imaju strukturnu ulogu. Odnos histona i DNK je konstantan, dok odnos nehistonskih preotina varira i meu tkivima i meu vrstama i u vremenu. Takoe je primeeno da hemijske modifikacije (acetilacija, metilacija, fosforilacija) histona koreliu sa nivoom expresije. AK sekvenca histona je konzervirana kod eukariota. Konsultovati OMB.

11. Pojam kariotipa

Kompletan set svih metafaznih hromozoma se naziva kariotip. Kod veine organizama sve elije imaju isti kariotip. Kariotip je species-specifian. Uobiajeno je da se hromozomi poreaju po veliini i poloaju centromere i tako se klasifikuju: par najveih hromozoma se obeleava brojem 1, pa sve do broja npr. 22 kod ljudi. Polni hromozomi se obeleavaju sa X, Y, odnosno Z, W.... Ljudski hromozomi se dele u 7 grupa: Grupa A B C D E F G Hromozomi 1,2,3 4,5 6,7,8,9,10,11,12,X 13,14,15 16,17,18 19,20 21,22,Y Opis Uglavnom metacentrini Submetacentrini Submetacentrini Akrocentrini sa satelitima Uglavnom submetacentrini Metacentrini Akrocentrini sa satelitima (osim na Y)

Razvijene su tehnike bojenja hromozoma raznim metodama, tako da se dobijaju obrasci traka za svaki hromozom to olakava identifikaciju samih hromozoma i njihovih patolokih stanja. G trake predstavljaju regione bogate A i T. Q trake se dobijaju drugaijom tehnikom i vide se samo na fuorescentnom mikroskopu, ali su na istim mestima kao i G trake. R trake su praktino "negativ" G traka, dakle bogate su G i C. T trake predstavljaju podgrupu R traka i najvie ih ima u telomerama. Za C trake se smatra da obeleavaju konstitutivni hromatin. Najbitnije su G i R trake, koje, na neki nain, predstavljaju heterohromatske, odnosno euhromatske regione, respektivno. Trake se obeleavaju brojevima, npr. 19q12.3 znai da je u pitanju q krak hromozoma 19, traka broj 12. Pri niim rezolucijama se dobijaju samo osnovne trake (11, 12, 23....), a pri viim se na istim mestima dobija vie podtraka i otud decimali 12.3, 23.1....

12. Numerike hromozomske mutacije

11

Organizmi sa jednim kompletnim setom hromozoma su euploidni. Aneuploidija je posledica mutacija pri kojima postoji promena u broju hromozoma. Najei uzrok ovih mutacija je nerazdvajanje hromozoma tokom mejoze I (nastaju 4 abnormalna gameta) ili mejoze II (nastaju 2 abnormalna gameta). U veini sluajeva aneuploidije su letalne kod ivotinja, dok kod biljaka to ne mora biti sluaj. Nulizomija (2N 2) predstavlja gubitak jednog homologog para (nastaje spajanjem dva gameta kojima fali isti hromozom). Monozomija (2N 1) je gubitak jednog hromozoma. Sve autozomalne monozomije kod ljudi su letalne. Monozomija X (XO) hromozoma izaziva Tarnerov sindrom kod ena (neexprimirane sekundarne enske karakteristike, obino neplodne). Trizomija (2N + 1) je dodatak jednog hromozoma. Trizomija 21 hromozoma kod ljudi izaziva Daunov sindrom (mongoloidija). Trizomija 13 hromozoma izaziva Patau sindrom (polidaktilija, retardacija, ive oko tri meseca). Trizomija 18 hromozoma izaziva Edvardsov sindrom (kongenitalne malformacije, retardacija, srani problemi, veina umire do estog meseca). Trizomija X hromozoma obino daje normalne, pa i fertilne jedinke. Kombinacija XXY kod mukaraca izaziva Klinefelterov sindrom (hermafroditnost, . nerazvijeni testisi). Tetrazomija (2N + 2) je dodatak jednog hromozomskog para. Monoploidija i poliploidija su promene broja kompletnih setova genoma. Obino su letalne kod ivotinja. Monoploidi imaju haploidan broj hromozoma u svim elijama. Obino je to stanje letalno, osim kod partenogeneze. Poliploidija se najee sree kod biljaka. ee su parne poliploidije (4N, 6N...) jer se tad pri mejozi svi hromozomi sparuju, dok bi kod neparne poliploidije jedan set ostao nesparen. Autopoliploidija je sluaj kada svi setovi hromozoma potiu od iste vrste. Alopoliploidija je sluaj kada se ukrtaju dve vrste i genom svake biva ouvan u potomstvu.

13. Strukturne hromozomske mutacije

Iako nije u pitanju patoloko stanje, i politeni hromozomi pljuvanih lezda Drozofile odstupaju od normalnih karakteristika. To su u stvari kopije hromozoma nastale uzastopnim replikacijama, koje su ostale u bliskom kontaktu. Strukturne mutacije teko mogu revertirati. Delecije su mutacije koje predstavljaju gubitak dela hromozoma. Prekidi u hromozomima, koji su uzrok delecijama, mogu nastati pod uticajem hemijskih, fizikih i biolokih agenasa, transpozicijom i grekom u rekombinaciji. Ako delecija ukljuuje centromerni region, nastaje acentrini hromozom koji se obino gubi tokom mitoze, . on nestaje iz genoma. Krajevi iseenog fragmenta se mogu spojiti i dati prstenast hromozom, koji e preiveti samo ako sadri centromeru. Obino ovakav dogaaj ima ozbiljne posledice, pa i letalne. Ova pojava se lako uoava analizom traka ili prostim pregledom kariograma gde se uoava da je jedan hromozom iz homologog para krai. U sparivanju normalni hromozom pravi petlju na mestu delecije drugog homologa. Ovi dogaaji u experimentalnoj proceduri mogu posluiti za fiziko mapiranje gena. Obzirom da hromozomi postoje u homologim parovima, mogue je i da e preostali neoteeni hromozom ispunjavati potrebne funkcije, tako da do poremeaja nee doi. Primer poremeaja kod ljudi je delecija dela kraeg kraka hromozoma 5 bolest je cri du at, sindrom majeg plaa. Duplikacije su mutacije kod kojih je segment hromozoma udvojen. Ovi procesi su odigrali veliku ulogu tokom evolucije u nastajanju genskih familija i tandemski ponovljenih gena. Duplikacije mogu biti tandemske (ABCBCD), reverzno tandemske (ABCCBD), terminalne (ABABCD). U sparivanju sa normalnim homologom hromozom sa duplikacijom pravi petlju. Poznat je primer Bar regiona Drozofile. to vie Bar ponovaka postoji na hromozomu, jedinka ima manje faceta. Ova pojava nastaje nejednakim krosing overom; tada se hromozomi sparuju pomereni u fazi to izaziva gubitak Bar regiona u jednom i duplikaciju u drugom

12

hromozomu. U prirodi postoje i sluajevi duplikacija odreenih gena to za cilj ima njihovu poveanu expresiju.

(Podvrsta duplikacija su i dinamike mutacije, tzv. expanzije tripleta.) moj zakljuak Inverzije su mutacije u kojima se segment hromozoma iseca i ponovo integrie, ali u suprotnoj orijentaciji. Kada taj segment ukljuuje centromeru to je pericentrina inverzija, a ako ne ukljuuje centromeru to je paracentrina inverzija. Ova mutacija ne rezultuje u gubitku materijala, ali utie na fenotip i expresiju (Pm promotor

/ PmAB exprimira se A, PmBA exprimira se B, naravno A i B su u suprotnim

orijentacijama), ako se prekid dogodi usred gena ili regulatornog regiona. Ako imamo heterozigotnu inverziju (ABCDEF / ADCBEF), doi e do problema u mejozi, . formirae se petlja koja sadri invertovan segment. Nastae gameti sa normalnim hromozomima, sa hromozomima koji sadre inverziju, i hromozomi sa delecijama ili duplikacijama, koji e biti nevijabilni (slika iz rasela). Translokacije su mutacije koje ukljuuju deleciju i inserciju, . odreeni segment biva iseen iz odreenog regiona i biva inseriran u drugi. Ako se sve deava na istom hromozomu, u pitanju je intrahromozomalna translokacija (nereciprona) (ABCDEFGH AEFBCDGH). Ako segment prelazi sa hromozoma na hromozom u pitanju je interhromozomalna translokacija, koja moe biti nereciprona (ABCDEFGH

/ MNOPQRS AEFGH / MNBCDOPQRS) ili reciprona (ABCDEFGH / MNOPQRS

MNOEFGH / ABCPQRS). Posledice su sline kao u prethodnim sluajevima i odraavaju se na celovitost, i expresiju gena, kao i na mejozu. Poznat sluaj je Filadelfija hromozom, gde su se razmenili delovi duih kraka hromozoma 9 i 22, to izaziva prekomernu expresiju prisutnih c-onc. (Transpozicije su podvrsta translokacija, s tim to ne dolazi do gubitka materijala, ve samo do promene u expresiji i eventualno mejotikoj rekombinaciji.)

14. Mendelova teorija nasleivanja; Mendelova pravila

Genetika konstitucija organizma se naziva genotip. Uoljive osobine organizma, nastale u interakciji genotipa i sredine se nazivaju fenotip. Geni koje nosi individua daju samo potencijal za razvoj odreene fenotipske osobine. Stepen razvitka te osobine zavisie od interakcije sa drugim genima i sredinom. Mendel je radio na ukrtanju biljaka graka. Pratio je odreen broj osobina koje su se manifestovale na dva mogua naina. Prvo je dobio iste linije, koje su datu osobinu iskazivale na isti nain kroz niz generacija. Zatim je odabrao 7 osobina koje e pratiti. Parentalnu generaciju je oznaio sa P, a potomake sa F1 i F2. Prvo je radio monohibridno ukrtanje, gde je pratio jednu osobinu. Ukrstio je iste linije koje su imale glatko, odnosno naborano zrno. U F1 generaciji je dobio biljke koje su sve imale glatko zrno. U F2 generaciji 75% biljaka je imalo glatko zrno (3 : 1). Slian odnos je dobio za svih 7 osobina. Nosioce ovih osobina nazvao je faktori (geni), a poto je jedan od njih uvek prisutan u 100% (F1) ili 75% (F2) njega je nazvao dominantnim (A), a drugi recesivnim (a). To su ustvari aleli. Biljke sa dva ista alela nazvao je homozigotnim, a sa dva razliita heterozigotnim. Odavde su proistekla njegova pravila: A. pravilo razdvajanja par naslednih faktora se razdvaja u formiranju gameta

B. pravilo slobodnog kombinovanja faktori za razliite osobine se slobodno

kombinuju Jasno je da prvo pravilo vidimo u mejozi kada se geni na homologim hromozomima razdvajaju i dospevaju u razliite gamete. Drugo pravilo predstavlja proces fertilizacije, gde se bilo koji muki i enski gamet mogu spojiti. Dihibridno ukrtanje je sve ovo potvrdilo. Pratio je dve osobine. Ukrstio je dve linije, kod kojih su se dve osobine takoe alternativno exprimirale kroz niz generacija. U ovom sluaju odnos je bio 9 : 3 : 3 : 1. 9/16

13

biljaka je imalo obe dominantne karakteristike, 3/16 + 3/16 jednu recesivnu i jednu dominantnu, a 1/16 je imalo obe recesivne karakteristike. Autozomno dominantne osobine se javljaju u svakoj generaciji i kod oba pola poednako. Recesivne osobine se takoe poednako javljaju kod oba pola, ali preskau generacije. Jedinke koje imaju genotip koji je najzastupljeniji u prirodnim populacijama su divlji tip (wt). Sve ostale su mutanti.

Modifikacije Mendelovih odnosa; promenljivost dominanse

Klasian experiment sa povrinom zrna graka demonstrira sluaj klasinog dominantno recesivnog odnosa. Dobijaju se: u F1 generaciji jedan genotip i jedan fenotip; u F2 generaciji tri genotipa i dva fenotipa. U sluaju nepotpune dominanse, u F2 generaciji imamo tri genotipa i tri fenotipa heterozigoti pokazuju fenotip koji je izmeu dominantnog i recesivnog. Razlog je nedovoljna expresija dominantnog alela. Npr., ukrtanje crvenog (AA) i belog (aa) cveta dae crvene, bele i roze (Aa) cvetove (1 : 2 : 1). Kodominansa je kada imamo dva dominantna alela koji poednako exprimiraju svoj produkt. Npr., ABO sistem krvnih grupa. Aleli IA i IB su dominantni, a i je recesivan. Izostanak dominanse je kad uopte ne dolazi do expresije dominantnog alela tako da svo potomstvo pokazuje recesivne karakteristike.

15. Modifikacije Mendelovih odnosa; letali, plejotropizam, penetrantnost i ekspresivnost

Alel iji rezultat je smrt jedinke je letalan. U stvari, u pitanju je esencijalni gen koji je mutirao ili nestao, i tako je nastao letalan fenotip. Ako je u pitanju dominantano letalan alel, sve kombinacije e biti letalne. Ako je u pitanju recesivno letalan alel, homozigoti i hemizigoti e imati letalan iod. Primer za to je Taj-Saksova bolest. Pojedini geni se odraavaju na vie fenotipskih karakteristika. U tome se sastoji plejotropno delovanje gena. Npr izmena u jednoj AK kod srpaste anemije ima niz fenotipskih manifestacije (malaxalost, slabljenje sranog rada, fibroza slezine...) Postoje sluajevi kada nosici nekog genotipa ne iskazuju oekivani fenotip specificiran od strane datog genotipa. Uestalost sa kojom se dominantni ili homozigotno recesivni gen manifestuje kod jedinki-nosilaca se naziva penetrantnost. Ona zavisi od interakcija sa drugim genima i sredinom. Npr. jedinke koje nose dominantni alel za polidaktiloju mogu imati normalan broj prstiju. Expresivnost je stepen expresije odreenog genotipa (kvalitativno ili kvantitativno). Takoe zavisi od interakcija sa drugim genima i sredinom. Npr., u pomenutom primeru, nosioci istog genotipa za polidaktiliju mogu imati razliite duine dodatnih prstiju.

16. Modifikacije Mendelovih odnosa; polno vezani geni

Obino se polni hromozomi oznaavaju sa X i Y. Mujaci proizvode dva tipa gameta (sa X ili Y hromozomom), pa su heterogametni pol. enke proizvode samo jedan tip gameta i zato su homogametni pol. Polno vezane gene otkrio je T.H. Morgan. Ukrstio je crvenooke (wt) enke sa belookim mujacima i dobio je F1 potomstvo gde su oba pola imala crvene oi. U F2 generaciji je meutim dobio 100% crvenookih enki i 50% crvenookih mujaka (ili, bez obzira na pol, 3 : 1). Objanjenje: crvenookost je dominantna, X-vezana osobina. P mujak sa belim oima je hemizigot, jer ima samo recesivan alel na jednom X hromozomu. P enka je dominantni homozigot. U F 1 potomstvu imamo hemizigotne mujake sa crvenim oima, jer su dobili hromozom sa dominantnim alelom od majke, i heterozigotne crvenooke enke. U F2 potomstvu heterozigotna majka je dala polovini keri dominantan alel, a polovini recesivan, meutim od oca su dobile drugi dominantan alel, tako da su sve crvenooke, ali ih je

14

polovina heterozigotno. Polovina sinova je od majke dobilo X hromozom sa dominantnim alelom, a polovina sa recesivnim. X-vezano recesivno nasleivanje: bolest exprimiraju homozigotne recesivne enke i mujaci sa recesivnim alelom na X hromozomu. Oevi prenose recesivne alele kerima, ali nikad sinovima. Vie obolevaju mujaci. Svi sinovi homozigotne majke exprimiraju oboljenje. Mogue je preskakanje generacije, jer kerka moe dobiti dominantan alel ili od oca ili od majke. X-vezano dominantno nasleivanje: bolest se ee javlja kod enki. Ne preskae generaciju, jer i heterozigotne enke oboljevaju. Y-vezano nasleivanje: svi sinovi bolesnog oca oboljevaju i nijedna kerka.

17. Modifikacije Mendelovih odnosa; vezano nasleivanje i rekombinacije

Primeeno je da se pojedine fenotipske karakteristike prenose i exprimiraju korelativno. To je impliciralo vezanost meu njima. O tome se upravo i radilo. U pitanju su bili genski aleli na istom hromozomu koji se tokom mejoze nisu razdvajali. Geni na istom hromozomu pripadaju istoj grupi vezanosti. Utvrivanjem uestalosti rekombinacije izmeu dva gena dobija se i mapa vezanosti (genetika mapa) za odreeni hromozom. Ako dva gena pokazuju uestalost rekombinacije manju od 50%, oni se smatraju vezanim. U ukrtanju dve jedinke, gde se prate dve osobine iji su geni na istom hromozomu dobie se genotipovi isti kao roditeljski, ali i rekombinovani. Praktino, proporcija rekombinovanih genotipova bie vea, to su dva gena udaljenija jedan od drugog. Npr., kod Drozofile: pr ljubiaste oi pr+ crvene oi
pr + vg+ pr vg
+ +

vg kratka krila vg+ normalna krila

pr vg pr vg pr vg pr vg

pr + vg + pr vg pr vg pr vg
+ +

F1
pr + vg pr vg pr vg pr vg

pr vg + pr vg

F2

191 23 21 165 n = 400 Sredinja dva genotipa sa malim uestalostima su rekombinantni. Uestalost rekombinacije izmeu dva gena je:
r= 23 + 21 = 0.11 = 11% , 400

tj udaljenost dva gena je 11

morganida

Ako pratimo tri gena na istom hromozomu, tada e se, u najmanjoj proprociji, javiti etvrta grupa, genotipova dvostruki rekombinanti, kod kojih je dolo do dvostrukog krosing overa. Meutim dvostruki krosing over je redak. ., pojava jednog krosing overa redukuje verovatnou pojave drugog u blizini i to je interferenca (I). Izraava se preko koeficijenta koincidencije (C): I=1C

15
C= dobijena ucestalost dvostrukog kro sin govera ocekivana ucestalost dvostrukog kro sin govera

18. Modifikacije Mendelovih odnosa; interakcije izmeu gena

Nijedan fenotip nije prizvod aktivnosti samo grupe alela istog gena. U pomenutom dvohibridnom ukrtanju graka odnos je 9 : 3 : 3 : 1, imamo potpunu dominantnost, a aleli ne utiu jedan na drugog. Postoje sluajevi kada interaguju nealelni geni koji kontroliu odreen fenotip. Epistaze su sluajevi kada nealalni geni maskiraju expresiju alela drugog gena. Npr, oblik ploda tikve moe biti izduen (aabb), loptast (A-bb ili aaB-) i diskoidalan (A-B-). Ukrtanje loptastih roditelja (AAbb x aaBB) dae u F2 generaciji odnos 9 (diskoidalnih) : 6 (loptastih) : 1 (izduenih). Ova interakcija je kumulativni efekat. Recesivna epistaza (9 : 3 : 4) je pojava kad homozigotno recesivno stanje jednog gena potpuno eliminie efekat drugog gena. Npr. boja krzna kod glodara: A-C- je aguti (9/16), A-cc i aacc je albino (3/16 + 1/16) i aaC- je crna (3/16). Dvojna recesivna epistaza (9 : 7) je pojava kada homozigotno recesivno stanje bilo kog gena potpuno anulira efekat drugog gena. Pritom se uvek dobija fenotip jednak stanju kada su oba gena istovremeno u homozigotnom recesivnom stanju. Npr., boja cveta: C-P- je ljubiasta (9/16), C-pp, ccP- i ccpp je bela (3/16 + 3/16 + 1/16). Ovaj odnos moe biti i komplementarnost dominantnih alela. Dominantna epistaza (12 : 3 : 1) je pojava kad makar jedan dominantan alel jednog gena potpuno favorizuje dati fenotip nad drugim genom. U homozigotnom recesivnom stanju, drugi gen diktira fenotip, zavisno od stanja u kome se on nalazi. Npr., boja ploda tikve: W-Y- i W-yy je bela (9/16 + 3/16), wwY- je uta (3/16), a wwyy je zelena (1/16). Dvostruka dominantnost (15 : 1) je jasna. Analogna je sa recesivnom epistazom i dvojnom recesivnom epistazom, a proistie iz prethodnog sluaja. Znai, bilo koji dominantni alel bilo kog gena diktira dominantni fenotip. Kompletna dominatnost je odnos alela u kome je fenotip heterozigotra isti kao i fenotip dominantnog homozigota. Recesivni alel se eksprimira samo kod recesivnih homozigota. Dakle imamo tri mogua genotipa, ali samo dva fenotipa. Kada jedan alel nije potpuno dominantan nad drugim, za njega se kae da ima nekompletnu . parcijalnu dominantnost. Fenotip heterozigota je izmeu fenotipova jedinki homozigotnih za jedan i drugi alel. Boja perja kod kokoaka predstavlja dobar primer parcijalne dominase. Ukratnjem crne sorte (BB) sa belom sortom (WW), u F1 generaciji daju plaviasto-sive kokoke, nazvane Anadluzijsko plave. U ovom odnosu alela, kod heterozigota samo se jedan alel eksprimira i daje proizvod. Kod homozigota za nekompletno dominantni alel eksprimira se pun fenotip zato to postoji dupla doza proteinskog produkta. Kod homozigota za recesivni alel nastaje fenotip koji je rezultat neeksprimiranosti alela. Kod heterozigota se eksprimira samo jedan alel i to za posledicu ima da se stvara koliina genskog proizvoda koja je dovoljna samo za intermedijarni fenotip. Tri genotipa, tri fenotipa. Kodominantnost je slina parcijalnoj dominasi. U kodominantnosti heterozigot eksprimra fenotip oba homozigota. Razlika izmeu parcijalne dominanse i kodomiantnosti: kod kodominantnsti oba homozigota stvaraju svaki za sebe svoje genske proizvode, a kod parcijalne dominanse recesivni homozigot ne eksprimira nita. IA i IB su kodominantni. U kodominantnosti u heterozigotnom stanju genski proizvodi su rezultat ekspresije oba alela i zato su oba homozigotna fenotipa eksprimirana. Crveni, roze, beli cvetovi. Tri genotipa tri fenotipa. Osnovni procesi koji su zasluni za izmenjene Mendelove odnose izmeu fenotipova su: 1. interakcije izmeu nealelnih gena koji kontroliu istu osobinu 2. interakcije nealelnih gena u kojima jedan alel maskira ekspresiju alela (mnoina) drugog gena-epistaza

1. Genska interakcija koja daje nove fenotipove. Ako dva para alela utiu na istu fenotipsku

osobinu, postoji ansa da genski proizvodi interaguju i da daju nove fenotipove, i rezultat toga su izmenjeni odnosi fenotipova. a. Oblik kreste kod pilia. 9 : 3 : 3 : 1

16

Dolazi do interakcije dva dominantna alela, od kojih svaki zasebno proizvodi razliit fenotip i nastaje novi fenotip. Ne dolazi do promena tipinih mendelovskih odnosa. Molekulski odnos nije poznat. Ipak, moemo pretpostaviti da rrpp ptice ne proizvode nikakav funkcionalni genski produkt koji bi uticao na oblik kreste i dobijamo samo osnovni oblik (na koji nita ne utie). Ako je prisutan R alel njegov proizvod interaguje sa proizvodima gena koji determiniu nastanak kreste. To isto vai i za P. Kada su prisutni i P i R oni interaguju i meusobno i sa genom koji determinie prisustvo kreste i daju novi fenotip. Zakljuak neki geni determiniu da li e kreste uopte biti ili ne, i ako je ima ona je osnovnog oblika (reckava). Geni P i R utiu na njen OBLIK, menajjui ga od osnovnog do oblika graka (P alel) ili od osnovnog do oblika rue (R) alel, ili od osnovnog do oblika oraha (ako su prisutni i P i R). b. Oblik tikve. 9 : 6 : 1 - KUMULATIVNI EFEKAT Slino ako i kod oblika kreste i kod ove osobine imamo dva lokusa sa dva dominantna i dva recesivna alela. I interakcija izmeu dva nealelska dominantna alela daje novi fenotip. Ipak u ovom sluaju svaki dominantni alel zasebno daje isti oblik i po tome se ovaj odnos nealelskih gena razlikuje. Molekulska osnova je takoe nepoznata. Ako je prisutan bilo koji dominantni alel (sa bilo kog lokusa -oblik je sferian. Ako su svi aleli na oba lokusa recesivni oni ne daju niakav proteinski proizvod i oblik tikve je osnovni izdueni. Ako je prisutan makar jedan dominantni alel na oba lokusa, njihovi proizvodi e interagovati i dati novi fenotip - diskoidni. 2. Epistaza je genska interakcija u kojoj proizvod jednog gena utie na fenotipsku ekspresiju drugog gena (iji proizvod utie na neku osobinu), tako da fenotip sada nastaje pod uticajem prvog, a ne dtugog gena. Ovim tipom interakcije ne nastaju novi fenotipovi. Za gen koji maskira ekspresiju drugog gena se kae da je epistatiki, a onaj ija je ekspresija maskirana je hipostatiki. Takoe epistatiki efekat ne mora biti samo u jednom pravcu, . epistaza se moe odigrati u oba pravca izmeu dva lokusa. a. Boja krzna kod glodara. RECESIVNA EPISTAZA - 9 : 3 : 4 Jedinke A-cc i aacc imaju isti fenotip, . albino. A-C- su aguti i aaC- su crni. (aguti : crni : albino ). Na jednom lokusu dominantni C alel stvara proizvod koji utie na proizvodnju bilo kakvog pigmenta. c u homozigotnom obliku spreava nastanak bilo kakvog pigmenta bez obzira na genotip ostalih lokusa za boju krzna. Na drugom lokusu A daje proizvod ija je posledica aguti boja (. traftanje crnih dlaka utim prugama), recesivni alel a daje neaguti boju,. ostali geni utiu na boju krzna, a on ne daje nikakav proizvod. Dominantni alel B na treem lokusu daje proizvod koji utie na sintezu crnog pigmenta. b u homozigotnom stanju daje braon pigment. Ovaj poslednji oblik je vaan samo da bi smo znali da je osnovna boja crna. Svi mievi o kojima smo govorili morali su da imaju makar jedan B alel inae bi bili braon boje. b. Boja cveta. DVOJNA RECESIVNA EPISTAZA - 9 : 7 Beli cvet: ccP- ili C-pp ili ccpp. Ljubiasti: C-P- Bela boja nastaje kao rezulat jednog ili oba dominantna nealelska gena. Ako je makar jedan C prisutan postojae boja, ako nije nee. Ako je prisutan i P onda e ta boja biti ljubiasta, ako je p nee biti ljubiasta (bie bela). Takoe se radi o kaskadnoj reakciji kao i kod albinizma pa je albinizam bolji primer. c. Boja tikve. DOMINANTNA EPISTAZA - 12 : 3 : 1 bele tikve W-Y- i W-yy ute ww Yzelene wwyy

19. Vanjedarno nasleivanje

Vanjedarno nasleivanje se ne odigrava po Mendelovim pravilima. Ovakve pojave su obino posledica toga da u stvaranju zigota uestvuje samo citoplazma majke, jer citoplazma mukog gameta biva redukovana. Zato je to uniparentalno materinsko nasleivanje. Sve generacije imaju samo fenotip majke. Mitonondrije i plastidi imaju svoje genome. Kao posledica toga da potiu od prokariota, njihovi hromozomi su cirkularne dvolanane DNK. U organeli se nalazi veliki broj genoma. DNK se replicira rolling circle mehanizmom. Genomi organela se na potomstvo prenose uniparentalno, obzirom da zigot dobija samo majine organele. Dakle, sve fenotipske karakteristike, koje ima majka, a koje zavise od genoma organela e se u nepromenjenom stanju preneti na svo potomstvo, pa i sledee generacije. Postoji nekoliko poremeaja kod ljudi koje su posledica defekata u mtDNK. Ovi poremeaji se maternalno nasleuju: Leberova nasledna optika neuropatija postoji mutacija u genima respiratornog lanca (NADPH dehidrogenaza, citohrom oxidaza, ATPaza).

17

Kerns-Sejr sindrom osobe imaju encefalomiopatiju. U pitanju su velike delecije u mtDNK. Maternalni efekat je pojava u kojoj, de fakto, nemamo uniparentalno nasleivanje preko organela, ve su u oociti nagomilani odreeni proteinski produkti ili iRNK. Dakle, na fenotip zigota utiu materinski jedarni geni, od kojih su date supstance i potekle. Primer je rano embrionalno razvie Drozofile gde uestvuju geni maternalnog efekta.

21.

Distribucija sekvenci DNK u genomu

Ako fragmentiemo i denaturiemo genomsku DNK, a potom je podvrgnemo renaturaciji, uoava se da neke frakcije brzo renaturiu, a neke sporo. Kinetika renaturacije zavisi od verovatnoe kojom e se dva jednolanana fragmenta nai u rastvoru odreene koncentracije fragmenata, a i od broja kopija datg fragmenta. Npr., ako se jedan fragment zastupljen sa milion kopija u genomu, on e mnogo bre renaturisati u rastvoru ukupne genomske DNK, nego fragment zastupljen samo jednom kopijom, koji e mnogo sporije nai svoj par u istom rastvoru. Praktino, brzna renaturacije unikalnog niza je obrnuto srazmerna veliini genoma. Sve ovo se prati preko tzv. "kot" vrednosti (C0t), gde je C0 poetna koncentracija nukleotida u denaturisanoj DNK, a t vreme kada je renaturisalo 50% DNK. Manja "kot" vrednost implicira da postoje nizovi koji se ponavljaju, praktino, veliina genoma ne smanjuje brzinu pronalaenja datih fragmenata. Infrastrukturno, genomska DNK se moe podeliti po zastupljenosti sekvenci i njihovoj funkciji na sledei nain: I Unikalni nizovi (65%); A. Geni zastupljeni u jednoj kopiji, . njihovi exoni (3%); B. Nekodirajua, "junk", DNK (spacer DNK, introni....); II Ponovljeni nizovi (35%); A. Umereno ponovljeni nizovi (30%); 1) Tandemski ponovljeni geni (histoni, rRNK, tRNK...); 2) Familije gena, sa nefunkcionalnim pseudogenima i fragmentima gena (globini...); 3) Nekodirajue funkcionalne sekvence (regulatorni elementi...); 4) Rasuti nizovi (veina transpozabilno aktivna); a) SINE; Alu sekvence; Obraeni pseudogeni; b) LINE; LINE-1 (Kpn); Transpozabilni elementi; Endogeni retrovirusi; B. Visoko ponovljeni nizovi (10%); 1) Tandemski ponovljeni nizovi; a) Satelitske DNK; Satelitska DNK; Minisatelitska DNK (VNTR); Mikrosatelitska DNK (STR) ; Kada su u pitanju single copy genes njihove exonske sekvence su karakteristine, mada mogu kodirati proteine sa slinim funkcionalnim domenima. Oko 50% svih gena spada u ovu kategoriju. Njihovi introni, iju funkciju jo ne znamo, su, pak, nizovi nukleotida bez znaenja, osim konzervativnih sekvenci odgovornih za isecanje introna. Vrlo retko se u okviru introna moe nai gen. Spacer DNK je prava junk DNK. Ove sekvence nisu pod selektivnim pritiskom, pa bre mutiraju i nazivaju se hipervarijabilnim. Korisne su za identifikaciju jedinki i vrsta. Tandemski ponovljeni geni se nalaze u nekoliko stotina ili hiljada klasterovanih ponovaka na jednom ili vie hromozoma. Npr., za rRNK: - - 18S5.8S28S - - - - 18S5.8S28 - - . Smatra se da su ovi tandemski ponovci nastali amplifikacijom primordijalnog ponovka. Smatra se da postoje mehanizmi koji odravaju identinost svih kopija i omoguavaju simultanu koevoluciju. Jednu familiju gena ine geni koji se exprimiraju u odreeno vreme razvia ili u odreenom tkivu, ali svi geni imaju istu ili slinu funkciju, a i strukturno su slini.. Prisutni su i pseudogeni. Smatra se da su geni jedne familije nastali amplifikacijom primordijalnog gena. Nekodirajue funkcionalne sekvence, poput regulatornih elemenata, se nalaze na raznim mestima u genomu, zato to se veina gena regulie istim promotorima, enhenserima i sajlenserima. Alu sekvence su rasute po genomu u nekoliko stotina hiljada kopija. Karakteristine su za ljudsku vrstu. Ne transkribuju se. Nije poznata njihova funkcija. Mogue je da su nastale reverznom transkripcijom 7SL RNK, koja je deo signalne partikule prepoznavanja.

18

Procesovani pseudogeni su defektni geni bez introna nastali reversnom transkripcijom. Alu sekvence i retropseudogeni ne kodiraju RT i koriste tuu. Transpozabilni elementi imaju mogunost da "skau" po genomu. Karakteristino je da na mestu insercije dupliraju sekvencu. Neki transponiraju nereplikativnom transpozicijom (. isecaju se i sele se), a neki replikativnom, koja pak moe ii preko DNK ili RNK intermedijera. Neki transpozabilni elementi sadre ORF, koji kodiraju RT ili neki drugi protein. LINE-1 se nalaze u nekoliko desetina hiljada kopija, a ostali transpozabilni elementi u nekoliko hiljada kopija. LINE-1 takoe kodiraju RT, ali nemaju LTR. Endogeni retrovirusi su virusi koji se vekovima nalaze u genomu u vidu selfi DNK, dakle bez funkcije. Oni su izgubili mogunost razmnoavanja, ali mogu da transponiraju uz pomo svoje RT ili "pozajmljene". poseduju mnoge elemnte koji karakteriu retroviruse: LTR, pol gen. Satelitske DNK se dele na: satelitsku, minisatelitsku i mikrosatelitsku DNK. Satelitske DNK se lako izoluju sentrifugiranjem na gradijentu gustine CsCl, jer se razlikuju po baznom sastavu u odnosu na glavninu DNK. Sadre ponovke vieg i nieg reda.

ATT

ATTC ATTC ATTC ATTC ATTC

ATTC

ATTC ATTG ATTC ATAT ATTC

ATTC

ATTGCATTCCAT ATTGCATTCCAT ATTGCATTCCAT

ATTGCATTCCAT

Satelitska DNK se preferencijalno nalazi u regionu centromernog heterohromatina, u blogovima od nekoliko stotina kb do nekoliko mb, na svim hromozomima. Funkcija je jo uvek nepoznata. Minisatelitska DNK se nalazi u telomernim i subtelomernim regionima. Fukcija nije poznata, mada je naeno da su ovi regioni hot spots za homologu rekombinaciju. Koriste se kao markeri (VNTR). Mikrosateliti se nalaze rasuti po celom hromozomu: Karakteriu ih ponovci od 1 4 bp, u par stotina kopija. Takoe nepoznate funkcije.

22.

C-vrednost i evolutivna sloenost organizama

Totalna koliina DNK u haploidnom genomu je karakteristina za svaku vrstu i naziva se C-vrednost. Postoje ogromne varijacije u opsegu C-vrednosti od tako malih (c-vrednosti) kao kod mikoplazmi (manje od 106) do tako velikih kao kod nekih biljaka i vodozemaca (1011). Ukoliko posmatramo opseg C-vrednosti u razliitim filumima moemo zapaziti poveanje minimalne veliine genoma sa poveanjem sloenosti filuma, ali zajedno sa poveanjem u apsolutnim koliinama DNK kod viih eukariota se primeuju i iroka variranja u veliini genoma u okviru nekih filuma. Dakle, C-vrednost je povezana sa sloenou oragnizma kod niih eukariota, ali iroko varira meu viim eukariotima. Najmanji do sada identifikovani genom ive elije u stvari pripada eukariotu, jednoelijskoj algi Pyrenomas salina i dugaak je 6,6 x 105 bp. (Ipak mogue je da ovi organizmi nisu pravi eukarioti, ve meustupanj u evoluciji, koje predstavlja primitivno prisustvo jedra i hloroplasta). Mikoplazme su najmanje prokariote, i njihov genom je jedva 3 puta dui od genoma nekog velikog bakteriofaga (T4-1,7 x 105). Genom najmanjih bakterija je 2 x 106 bp. Jednoelijski eukarioti (iji nain ivota moe liiti na prokariotski) imaju genome koji su takoe mali, ali ipak vei od bakterijskih. To to su eukarioti ne podrazumeva samo po sebi ogromno poveanje genoma. Kvasac moe imati genom veliine oko 1.3 x 107 bp. . samo dva puta vei od najveeg bakterijskog genoma. Dalje dvostruko poveanje genoma odgovara veliini genoma sluzave gljive D. discoideum koji moe iveti ili kao jednoelijski ili kao mnogoelijski organizam . Prvi potpuno vieelijski organizam je nematoda (crv) C. elegans iji je DNK dugaak oko 8 x 107 bp. Penjui se dalje, evolucionom lestvicom odnos izmeu sloenosti organizma i DNK sadraja postaje nejasan, mada oigledno postoji poveanje veliine od insekata, preko ptica ili vodozemaca pa sve do sisara. Dakle postoji postepeno poveanje u okviru koga postoji nekoliko

19

vrlo zagonetnih izuzetaka. Npr. zato bi aba X. laevis imala istu genetiku sloenost kao i ovek ? U nekim filumima irenje veliine genoma je neravnomerno. Ptice, reptili i sisari pokazuju variranje u okviru filuma, a opsezi veliine genoma su u svakom od ovih sluajeva otprilike dvostruki. Ali u drugim sluajevima, najznaajnije kod insekata, vodozemaca i biljaka postoji irok opseg vrednosti esto vie nego desetostruki. ^oveku doe da se zapita koliko bi obina kuna muva Musca domestica (8,6 x 108) trebalo da bude sloenija u odnosu na vinsku muicu (Driosophila melanogaster) iji je genom 6 puta manji . 1,4 x 108. Paradoks C vrednosti je dobio ime po raskoraku koji postoji izmeu veliine genoma i genetike kompleksnosti i iskazuje se na dva naina : 1. Postoji viak DNK u poreenju sa veliinom od koje bi se moglo oekivati da kodira proteine. Sada moemo da razumemo veliki deo tog vika zato to znamo da su geni dosta vei od sekvenci potrebnih da se kodiraju proteini (uglavnom zbog umetnutih sekvenci koje dele kodirajui region na razliite segmente). 2. Postoje velike varijacije u C-vrednostima izmeu odreenih vrsta ija sloenost naizgled ne varira mnogo. Kod vodozemaca najmanji genom je oko 109, a najvei oko 1011. Teko je poverovati da ovo znai 100 puta vei broj gena kod ovih drugih i zato ovaj viak DNK moramo pripisati neemu drugom.

23.

Mobilni genetiki elementi eukariota

(dala Marina) Insercione sekvence Mehanizam transpozicije: replikativna transpozicija, nereplikativna transpozicija Mobilni elementi: klasa I ( DNK RNKDNK), klasaII (DNK DNK) Transpozoni kod kukuruza Mobilni elementi kod Drosophila i hibridna dizgeneza (P familija, koja izaziva abnormalnosti, porast mutacija) Mob. elem. kao izvor genetike varijabilnosti (znaaj za populacionu genetiku i evoluciju) Horizontalni prenos gena i mob. elemenata Eukariotski transpozabilni elementi Mnogi od eukariotskih transpozabilnih elemenata nose gene, meutim dok neki geni kodiraju enzime neophodne za sam proces transpozicije, funkcije veine ostalih gena su nepoznate. Transpozoni biljaka Biljni transpozoni imaju invertovane ponovke na svojim krajevima i stvaraju kratke direktne ponovke na target DNK u koju se integriu. Efekat ovih transpozona je u opsegu od aktivacije ili represije gena koji se nalazi do mesta na koje se ugradio transpozon, do hromozomskih mutacija kao to su: duplikacije, delecije, translokacije, inverzije i prekidi hromozoma. Kod kukuruza razlikujemo autonomne (mogu sami da se transponiraju) i neautonomne (nemogu se transponirati sami od sebe zato to im nedostaju geni koji kodiraju proteine neophodne za transpoziciju, pa im je zato potrebno prisustvo autonomnih elemenata koji ih snabdevaju ovim proteinima) elemente. Zbog toga autonomni elementi stvaraju nestabilne mutacije i nestabilne alele, a neautonomni stvaraju stabilne mutacije i stabilne alele. Rad Barbare McKlintok: Veliki broj razliitih gena funkcionie zajedno kako bi se sintetisao crveni pigment antocijan koji daje purpurnu boju zrnima kukuruza. Klasini genetiki experimenti su pokazali da mutacija u bilo kom od ovih gena izaziva gubitak purpurne boje, i zrna su nepigmentisana (bela). U svojim experimentima Barbara je ispitivala pojavu da su neka zrna bela sa purpurnim takicama, umesto da su purpurna ili bela. Znala je da je takav fenotip rezultat nestabilnih mutacija, i posle paljivih citolokih i genetikih experimenata dola je do zakljuka da ova pojava nije bila rezultat bilo kakve uobiajene mutacije, ve da se moe pripisati kontrolnim elementima, za koje mi sada znamo da su to transpozoni. Objanjenje za pegava zrna: Ako kukuruz ima WT alel C, zrno e biti purpurno. c mutacija spreava proizvodnju purpurnog pigmenta i zrno je bezbojno. Tokom razvia zrna, dolazi do reverznih mutacija, koje stvaraju take purpurne boje. Genetika priroda reverzije je potvrena injenicom da potomci elije koja je ima revertirani alel takoe mogu da proizvode pigment. [to

20

su se ranije u toku razvia dogodile reverzije, i purpurne take e biti vee. Barbara je utvrdila da je prvobitan nedostatak boje usledio zbog mutacije izazvane transpozonom nazvanim Ds koji je insertovan u C alel. Mi sada znamo da se ovo dogaa zbog transpozicije neautonomnog elementa. Jo jedan transpozon nazvan Ac (Aktivator), za koji znamo da je autonomni element je potreban za transpoziciju Ds u gen. Ac takoe utie i na transpoziciju Ds-a iz c gena, dajui wt revertanta (C), . purpurne take. Kada se transpozon ubaci u gen, on e se posle mitoze nai na istom mestu i u genomu erki elija. I one e od majke naslediti recesivan fenotip. Bela taka na purpurnom zrnu je u stvari deo tkiva zrna nastalog mitotikim deobama mutirane elije. Barbara je otkrija da Ac i Ds nisu uobiajeni genetiki lokusi, jer se mogu pomerati na nove lokacije u genomu. Ds mutacije su stabilne ako u genomu postoje samo Ds transpozoni; ako postoje i Ac transpozoni, Ds mutacije su nestabilne. Ac i Ds su lanovi iste familije. Svi Ds elementi imaju iste terminalne invertovane ponovke kao i Ac, i mnogi Ds su i nastali od Ac putem delecija razliitih duina. Genetiki dokazi ukazuju da su i vreme i frekvencija transpozicije Ac i Ds elemenata, kao i genetikih rearanmana koji su u vezi sa ovim elementima, regulisani u toku razvia. Ac se transponira samo tokom replikacije hromozoma. Ac se nalazi na jednom mestu na hromozomu, doe do replikacije hromozoma, pa i tog mesta i imamo dva Ac elementa na dve hromatide. Ac sa jedne hromatide se transponira: a.) na mesto na drugoj hromatidi b.) na mesto na hromozomu koje se jo nije replikovalo, pa kad se udvoji na dve hromatide i taj transpozon e se ponovo replikovati, pa emo finalno imati 3 transpozona na 2 hromatide. Ty elementi kvasaca Imaju mnogo strukturnih svojstava zajednikih sa bakterijskim transpozonima. Imaju terminalne ponovljene sekvence, integriu se na mestima sa kojima nemaju nikakvu homologiju, i stvaraju duplikaciju na target mestu (od oko 5bp) prilikom insercije. Na svakom kraju imaju po jedan direktni LTR (koji se jos zove i ). Svaka delta ima promotor i sekvencu koju prepoznaju transpozaze. Ty element kodira jednu iRNK koja poinje sa promotora koji se nalazi na delti 5 kraja. iRNK sadri dva ORF-a to znai da se sa ove iRNK mogu sintetrisati dva proteina(TuA i TyB). ^est dogaaj je rekombinacija izmeu dve delte na krajevima. Ovim se dobija osloboeni Ty koji ima jednu deltu i jednu ostavlja za sobom u DNK domaina. Ovi ostaci koji mogu biti rasejani svuda po genomu kvasca, se ne mogu transponirati, ali mogu uticati na ekspresiju kvasevih gena zato to sadre inicijalne signale za transkripciju. Ako se desi rekombinacija izmeu delta ostataka du kvasevog genoma, moe doi do delecija, translokacija i inverzija. Mobilni elementi Drozofile: Procenjeno je da je 15% genoma mobilno. Kopija retrotranspozoni na krajevima se nalaze direktni LTR (276 bp). Izmeu njih se nalazi segment od 5000 bp. Invertovani ponovci (17bp) su naeni na krajevima svakog LTR. Oni su sposobni da se transponiraju samostalno putem RNK intermedijera koji koristi reverznu transkriptazu. Hibridna dizgeneza je pojava niza defekata ukljuujui mutacije, hromozomske aberacije i sterilnost kada se odreeni rodovi ukrste. Npr. dizgeneza nastaje kada se wt mujaci ukrste sa laboratorijski uzgajanim enkama. Mujaci su P(paternal contributing cell type) citotip, a enke M cititip (maternal contributing cell type).

24. Regulacija genske expresije kod prokariota i eukariota

(ima na papirima koje je dao Marinkovi) Neki izuzeci regulacije amplifikacijom kod oocite Xenopusa i folikularnih . insekata i eliminacija delova DNK kod primitivnih eukariota Regulacija se moe vriti na bilo kom koraku od DNA do proteina: kontrola transkripcije, obrade primarnog transkripta, transporta, degradacija mRNA, kontrola translacije Biohemijski, regulacija zahteva: regulatorne proteine , efektorne molekule i regulatorna mesta

21

Promotor i terminator Regulacija na nivou transkripcije je po principu negativne i pozitivne regulacije. Lac operon i Triptofan operon negativna Master gen regulatorni protein (neke gene aktivira, neke inhibira). Homeotic mutation mutacije na genima za master. Kod eukariota regulacija transkripcije vri se i kontrolom kondenzacije hromatina

25.

Fiziki mutageni, mehanizmi njihovog delovanja na nasledni materijal

Zraenje moe izazvati mutacije. Postoje dve kategorije zracenja: jonizujue i nejonizujuce. UV zraenje je nejonizujue. Ono je talasne duzine od 100 do 380 nm. Purinske i pirimidinske baze maksimalno apsorbuju na 260nm i proteini apsorbuju UV zrake zahvaljujui apsorpciji aromaticnih amino kiselina (max na 280 nm). Najbolje je istraeno delovanje UV zraka na bakterije. Posle zraenja bakterije gube sposobnost razmnoavanja. UV deluje inhibitorno na sintezu DNA, izaziva aberacije na hromozomima. Postoji vie efekata UV na DNA ali je najbolje izueno stvaranje pirimidinskih dimera: timin-timin, timincitozin, citozin-citozin. Najei su TT. To su dve pirimidinske baze povezane kovalentnim vezama, one dovode do distorzije DNA heliksa i prekida replikacije. DNA polimeraza moe sa velikom verovatnoom da nasuprot dimera ugradi pogrean nukleotid. elija se brani od dejstva UV zraenja reparacionim mehanizmima koji ispravljaju dimerom. UV dovodi do smrti elije samo ako je oteenje vee od reparacionog potencijala elije. Jedan oblik UV indukovanih mutacija je odgovoran za pojavu tumora i raka koe (a rak koe spada u najei tip kancera kod ljudi). Fiziki mutageni su elektromagnetni talasi. to im je manje to im je energija vea i lake se probijaju kroz materiju. Pri prolasku kroz materiju oni oslobaaju elektrone i jone u sudaru sa atomima i molekulima. Ovakav efekat imaju X zraci, , , zraci, protoni, neutroni. Efekat jonizujueg zraenja izraava se u centigrej jedinicama. To je optereenje jedne elektrostatike jedinice u 1 cm3. Priblina je jedinica rad to je ukupna koliina apsorbovane energije. Postoje razliiti izvori zraenja: kosmicki zraci zraenje iz zemlje unutranje zraenje (kada se u organizam unesu radioaktivne estice) Dejstvo jonizujueg zraenja je kumulativno. Ne postoje minimalne doze koje ne izazivaju efekat (nema donjeg praga). Zraenje moe izazvati fragmentaciju hromozoma, numerike i strukturne aberacije: aneuploidije, prekidi, delecije, translokacije, ring hromozomi. Aneuploidija je posledica nepravilnog razdvajanja hromatida u anafazi mitoze, raste sa starou majke. Efekti zraenja na nivou gena: Indukovanje mutacija jonizujuim zraenjem nije kvalitativno novi fenomen ve se radi o povienju uestalosti normalnih mutacionih procesa. Kao dominantne mutacije koje se javljaju usled zraenja su skeletne (kratki udovi) i katarakt mutacije. Najdrastinije fenotipske manifestacije genskih mutacija izazvanih zraenjem su smanjenje vitalnosti organizma, odnosno opte adaptivne vrednosti ukljuujui i letalnost. Ovo moe biti posledica mutacija na pojedinim genskim lokusima, ali je ee u poligenim sistemima. Faktori koji utiu na genotoksini efekat jonizujueg zraenja: Zavisnost od kiseonika poveana osetljivost elija na zraenje u prisustvu kiseonika. Ovo se naziva kiseonini efekat. Meutim veina organizama pokazuje povienu osetljivost i pri minimalnim konc. kiseonika onda se ovaj fenomen zove hipoksini efekat. Sam kiseonik ne moe izazvati mutacije ni onda kada mu je parcijalni pritisak vei nego u vazduhu. Uloga kiseonika pri zraenju je u formiranju peroksida. Pod dejstvom jonizujuih zraka voda se jonizuje, a kada se tu nae i kiseonik dolazi do interakcije i nastaje H2O2 vodonikperoksid. H2O2 je jako reaktivan i izgleda direktno ili indirektno odgovoran za indukciju mutacija. I u

22

normalnim enzimskim procesima nastaje mala koliina H2O2, pa je moda odgovoran za spontanu mutabilnost. Zavisnost od faze elijskog ciklusa - mlae i manje diferencirane elije su osetljivije na zraenje. Kako se smanjuje sposobnost elije za deobu tako se smanjuje i njena osetljivost na zraenje. Ako je zraenje u G1 u metafazi se vide strukturne aberacije na hromozomima. U S fazi su i hromozomske i hromatidne aberacije. U G2 fazi su uglavnom hromatidne aberacije. G1 faza ima manju osetljivost, osetljivost se poveava u S i G2 fazi. Zraenje moe da dovede do kanjenja mitoze. Razlike u osetljivosti su zbog promena u eliji ( koliina kiseonika, stepen hidratacije, stepen spiralizacije hromozoma...). elije u mejozi su znatno osetljivije na zraenje od . u mitozi.Najosetljiviji su diploten, dijakinezis i II provaza. Kod spermatogeneze su najosetljivije rane spermatide i spermatocite II reda , u oogenezi su najosetljivije primarne oocite. Zigoti postaju osetljiviji na zraenje kada pone brazdanje. to se tie sloenosti organizma oni koji su na niem stupnju evolutivne lestvice su manje osetljivi od sloenijih organizama. UV zraci su jedino nejonizujue zraenje sposobno da povea fragmentaciju hromozoma i uestalost mutacija iznad nivoa spontanih mutacija. Ovo su elektromagnetni zraci veih talasnih duina, manje energije i manje prodornosti u iva tkiva nego X i zraci. UV ne mogu izazvati jonizaciju ve deluju na jedinjenja koja ih direktno apsorbuju. Nukleinske kiseline najbolje apsorbuju fotone UV zraka, proteini slabije, a ostala jedinjenja u eliji jo slabije. Meu azotnim bazama DNK pirimidini apsorbuju velike doze UV zraka. Pirimidini su oko 10 puta osetljiviji od purina. Primarno dejstvo UV zraka je u fotolizi pirimidina i obrazovanju pirimidinskih dimera izmeu susednih molekula pirimidina. Koliina dimera, kao i to da li e biti TT, CT ili CC zavisi od doze i talasne duine UV zraka. Vee doze UV zraka izazivaju smrt gljiva i bakterija pa se koriste za sterilizaciju vazduha pri radu sa kulturama tkiva. Pirimidinski dimeri blokiraju funkciju DNK i RNK polimeraza i remete proces replikacije.

TEMPERATURA KAO MUTAGENI FAKTOR

Zraenje i temperatura spadaju u fizike genotoxine agense. Temperatura moe biti i mutagena i genotoxina. Uticaj temperature se moe prouavati izlaganjem organizma povienoj ili smanjenoj temperaturi, a zatim se analiziraju promene na naslednom materijalu. Povienje temperature izaziva unos energije u sistem sto dovodi do povienja kinetike energije atoma i molekula u eliji. Povienje energije dovodi do :

1. ubrzavanja hemijskih reakcija

tako da excitirani molekuli mogu lake da reaguju 2) ubrzavanja enzimskih reakcija tako da je opti metabolizam u eliji povien; ovo povienje temperature ne sme biti toliko da dovede do denaturacije 3) frekvencija sudara molekula se poveava tako da u toku direktnih sudara sa DNK moe doi i do raskidanja veza unutar molekula DNK to bi se manifestovalo pojavom jednolananih pa i dvolananih prekida u molekulu.

23

Povienje temperature moe da dovede i do dezaminacije citozina pri emu se dobija uracil. Uracil nije normalan konstituent DNK te dovodi do distorzije molekula, distorzija zaustavlja ivotno vanu replikaciju i aktiviraju se konstitutivni reparacioni mehanizmi. Povienje temperature takoe izaziva indukciju transpozicije transpozona. Ovaj proces moe biti praen promenom genske expresije bilo njenim smanjenjem ili poveanjem. Promena expresivnosti moe dovesti do razvoja tumora ako je u pitanju neki od regulatornih enzima zahvaen transpozicionim procesom. Tako e moe doi i do potpune inaktivacije gena ugradnjom transpozona u njegovu informativnu ili kontrolnu sekvencu; ovaj dogaaj takoe moe biti poetak kancerogeneze ili mutageneze. Promene u temperaturi mogu i da dovedu do inaktivacije reparacionih mehanizama. Njihova inaktivacija u sadejstvu sa moguim lezijama imaju letalan iod po organizam Sdruge strane i sniavanje temperature dovodi do poveanja stope mutabilnosti. Smanjenje temperature je stresna situacija za organizme, naroito one koji imaju stalnu telesnu temperaturu. Stanje stresa je praeno fiziolokim odgovorom koji izmeu ostalog obuhvata poveanje koncentracije kortikosteroida: adrenalina i noradrenalina. Hormoni u organizmu reguliu mnoge procese, njihova poveana koncentracija dovodi samo do ubrzavanja tih procesa, ubrzavanje u nekim sluajevima podrazumeva smanjenu kontrolu to moe dovesti do greenja i nagomilavanja ovih greaka, te je poveanje koncentracije hormona genotoxino. Razlozi mutabilnosti i genotoxinosti pri poveanju temperature su kinetike prirode usled povienja energije sistema/elije; dok snienje temperature rezultuje u fiziolokom odgovoru. Temperaturno senzitivne mutacije su klasa genskih mutacija koje nisu izazvane variranjem temperature, to su ve postojee mutacije koje se samo exprimiraju na nekoj odreenoj temperaturi najee na povienoj.

26.

Hemijski agensi i njihov genotoxini efekat

Postoji vie grupa hemijskih mutagena: o genotoksini agensi prirodnog porekla o ---- II ---industrijskih procesa o farmaceutska sredstva (antibiotici, narkotici, kontraceptivi) o pesticidi o agensi iz hrane o agensi vode o kozmetika sredstva Samo mali broj agenasa su direktni mutageni, veina nije mutagena in vitro (ne reaguje sa nukleinskim kiselinama ili proteinima). Ova jedinjenja prolaze kroz endogenu metaboliku transformaciju promutagena (prokarcinogena) u aktivni mutagen (karcinogen). Ovo je neeljena posledica mehanizama za detoksifikaciju. Hemijski mutageni/karcinogeni su visoko reaktivni prema nukleinskim kiselinama i proteinima. Za mnoge se ne zna mehanizam delovanja. Visoko reaktivna su nitrozo-jedinjenja, znaajni su nitrozo amini. Njima nije potrebna metabolika aktivacija. Posebna vrsta interakcije mutagena sa DNK su nekovalentne interakcije. To moe biti interkalacija (umetanje molekula mutagenaizmeu parova baza unutar DNA heliksa) ili adlineacija (spoljanje vezivanje, interakcija je na mestima koja ne uestvuju u vodoninim vezama naspramnih baza). Za sada nije otkriven neki agens koji bi reagovao sa RNA, a da nema dejstvo na DNA.

24

Strukturne i funkcionalne posledice delovanja hemijskih agenasa su apurinska i apirimidinska mesta, pojava izmenjenih baza (metil ili etil derivati odgovarajuih baza), pojava ukrtenih veza- cross links (to je nastanak veze izmeu dva nukleofilna centrajednog polinukleotidnog lanca - intralanane veze ili izmeu dva lanca interlanane. Ove lezije inhibiraju replikaciju DNA), soli tekih metala dovode do prelaska premutacionih lezija u takaste mutacije, interkaliranje izgleda dovodi do frameift mutacija. Neki agensi imaju specifian afinitet prema pojedinim vrstama proteina koji su u stvari receptori za te mutagene. Interagujui sa njima proteini tite osetljiva reaktivna mesta mutagena do njihovog prelaska u jedro.

27.

Bioloki mehanizmi reparacije oteenja molekula DNK i njihov znaaj

Reparacioni mehanizmi (kod Branke Vasiljevi) Direktni: alkiltrensferaze (ada reparira O6 metilguanin) fotoreaktivacija (DNK fotoliaza) Indirektni: reparacija isecanjem modifikovanih baza mismat repair ( polimeraza III) eksciziona reperacija postreplikativna rekombinacija SOS Error prone su postreplikaciona rekombinaciona reparacija i SOS

28.

Primena tehnologije rekombinovane DNK

29. 30.

Genetika osnova imunog odgovora

Genetika varijabilnost antitela. Somatske rekombinacije gena

Imunoglobulini i T elijski receptori su analozi. Proteini su sline strukture, a geni su sline organizacije. To je superfamilija nastalla od zajednikog pretka. Antitela koja stvaraju B limfociti su tetrameri i sastoje se od 2 identina teka i 2 identina laka lanca. Svaki od ovih lanaca se sastoji od N terminalnog varjabilnog regiona i C terminalnog konstantnog regiona. Varijabilni (V) domen nastaje udruivanjem varjabilnih regiona lakog i tekog lanca. Ovaj domen prepoznaje antigen. Konstantni region nastaje od nekoliko individualnih C domena. Prvi domen nastaje od CL regiona lakog i L regiona tekog lanca. Drugi deo nastaje samo od tekog lanca. V geni kodiraju varijabilne regione, a C geni konstantne regione. V gen mora biti fiziki povezan sa C genom da bi se eksprimirali. To znai da dva gena kodiraju jedan lanac. Bilo koji od V gena moe se povezati sa bilo kojim od C gena . Ovo je somatska rekombinacija. Ovo je skoro isto kod receptora na T elijama. Postoje 2 tipa receptora : jedan ine i , a drugi i . Najvanija injenica u vezi sinteze imunoglobulina je da je aranman V i C gena razliit u elijama koje proizvode imunoglobuline ili T receptore od svih ostalih somatskih elija i iodnih germinativnih elija. Postoje dve familije imunoglobulinskih lanaca ( kapa i lambda) i jedna familija tekih lanaca. Svaka familija se nalazi na razliitim hromozomima i ima svoje V i C gene. Lambda laki lanac nastaje iz dva dela. V gene ini liderski ekson (L) odvojen intronom od varjabilnog segmenta (V). C gen ini J segmenta odvojen intronom od konstantnog (C) regiona. Vie puta se ponavlja J intron C. Za J se vezuje V segment. VJ segment kodira ceo varijabilni region.

25

Kapa lanac isto nastaje iz 2 dela. Isto L i V segmenti. Ovde ide pet J pa onda jedan C. J koji se iskoristi postaje terminalni deo varjabilnog regiona. J koji su sa leve strane od iskorienog biva izgubljen, a J segmenti sa desne strane od iskorienog se tretiraju kao introni. Prilikom konstrukcije tekog lanca potreban je i dodatan segment D. Vei broj D segmenata nalazi se na hromozomu izmeu V i J. Povezivanje V je u 2 koraka. Prvo se povezuje jedan od D i J segment, pa onda V sa ovim . Ovo dovodi do ekspresije susednog C lanca. Varijabilni geni i kod lambda i kapa i tekih lanaca su sline organizacije. Prvi ekson kodira signalnu sekvencu (potrebna za vezivanje za membranu), drugi ekson kodira glavni deo varijabilnog regiona. Ostatak obezbeuje D segment (samo u tekoj familiji) i J segment (u sve tri). Limfocit proizvodi ili lambda ili kapa laki lanac koji se povezuje sa tekim lancem. Kombinovanjem jednog od 300 V gena sa bilo kojim od 4 do 5 J segmenata, lokus za laki lanac ima potencijal za 1200 do 1500 lanaca. Za teki lanac se kombinuje bilo koji od 300 V , 20 D i 4 J segmenata, to je 4000 varjabilnih regiona. Na granicama svih segmenata nalaze se iste konsenzus sekvence. Svaka kons. sekvenca ima heptamere razdvojene sa 12 ili 23 bp (spacer ili margina) od nonamera. Pravilo je da se konsenzus sekvenca sa jednim tipom margine moe spojiti samo sa konsenzus sekvencom sa drugim tipom margine.

31.

Dozna kompenzacija. Inaktivacija hromozoma

Barr i Bertrame su u jedrima nervnih elija make nali trouglastu bazofilnu masu koje nije bilo u elijama mujaka. Kasnije je ovo pronaeno i kod ena. Nazvano je seks hromatin ili Barovo telo. Polni hromatin je obino uoljiv u interfazi i to samo u somatskim elijama. Kasnije su otkrili da se jedan hromozom vie boji od svog parnjaka (nazvan heterohromatian). U formiranju polnog hromatina uestvuje ovaj heterohromatian X hromozom. Ovaj hromozom je genetiki neaktivan. Normalne XX enke imaju Barovo telo, a normalni XY mujaci nemaju. Russell je istraivao i zakljuio: U somatskim elijama aktivan je samo jedan X hromozom bez obzira na broj prisutnih X hromozoma Izbor X hromozoma koji e biti aktivan je sluajan. Ne zavisi od toga da li je hromozom poreklom od oca ili majke. Telo enke sisara je u stvari mozaik od 2 populacije elija ( u jednima je aktivan majin, a u drugima oev X) Kada se izvri diferencijacija na aktivan i neaktivan X u ranoj embriogenezi, ona ostaje efikasna i istog tipa kod svih elija potomaka. Po ovome ispada da mujak i enka sisara imaju jednake koliine produkata koje determiniu geni na X hromozomu. To izjednaavanje genskog dejstva kod razliitih polova zove se efekat doze delovanja gena. Kod autozomnih gena uestvuju parovi alela, a kod X hromozoma je aktivan pojedinani alel. Sisari mogu da toleriu abnormalnosti kod seksualnih hromozoma, dok bilo koja varijacija u broju autozomalnih hromozoma je obino letalna.Ovo je zbog dozne kompenzacije - mehanizam kod sisara, koji kompenzuje X hromozom kada ga ima u viku (misli se na X), a takav mehanizam ne postoji za autozome. Deava se da ene heterozigotne za genske lokuse na X hromozomu mogu imati inaktiviran (u veini sluajeva) X hromoz. koji nosi normalni alel. Fenotip tih ena je slian fenotipu obolelih osoba, mada mutirani alel nije dominantan. Ovo se zove lajonizacija po naunici koja je to ispitivala. U Rusellu pie da je lajonizacija - inaktivacija jednog X hromozoma, koji onda formira Barovo telo. Broj Barovih tela je broj X hromozoma minus jedan. To je dozna kompenzacija kojom se minimizira efekat multipnih kopija X gena. Nisu dovoljno poznati mehanizmi koji dovode do inaktivacije jednog X hromozoma. Izgleda da su oba aktivna u prvim danima razvia, a inaktivacija se deava oko perioda implantacije. Postoji nekoliko teorija o inaktivaciji : na samom X hromozomu se nalazi lokus koji proizvodi supstancu koja inaktivira X hromozom

26

na jedarnoj membrani postoji ogranien broj mesta za koje se mogu vezati hromozomi. Za X hromozom postoji samo jedno mesto i onaj koji se vee e biti aktivan. Onaj koji se ne vee bie vie spiralizovan i kasnie sa replikacijom. Ovo je mehaniki model inaktivacije,ali izgleda da nije tana jer se danas se odbacuje hipoteza o inicijaciji replikacije na mestu kontakta sa membranom. kontrola pomou dva gena. Jedan lokus je vezan za autozome i on stvara protein koji kontrolie drugi lokus koji je na X hromozomu. Ako gen na autozomu dolazi od oca on je neaktivan, ako dolazi od majke onda on stvara protein. ovo je iz Marinkovia Po Rusellu : Proces inaktivacije poinje u X-inaktivacionom centru (XIC) i iri se u oba smera. Otkriven je XIST gen koji se eksprimira sa inaktivnog X hromozoma, a ne sa aktivnog (ovo je suprotno od ostalih gena na X). XIST kodira RNK koja se ne prevodi u protein. XIST je kloniran i ubaen u autozom muke elije u kulturi. Transgeni mievi sa ovim genom su imali inaktivirane ili X ili autozome. Muke modifikovane elije su pokazivale kosobine tipine za enske elije. Znai XIC i XIST su dovoljni za brojanje i poetak inaktivacije X hromozoma.

32.

Genetika kontrola razvia i diferencijacije

Tokom embrionalnog razvia od oploenog jajeta nastaju razne vrste elija. Genom diferenciranih elija ostaje isti dakle ono to se menja je ekspresija gena. Neke razlike meu elijama u ranom embrionu nastaju zbog nejednake raspodele citoplazmatinih determinanti, koje se nalaze u jajetu pre brazdanja, meutim veina razlika nastaje kasnije zbog lokalno razliitog okruenja elija u embrionu. Indukcija je uticaj jedne grupe elija na druge (da se diferenciraju na razliit nain). Induktivni signali su mRNK i proteini. Kod Xenopusa je mRNK majke lokalizovana na vegetativnom polu jajeta. Na primer kod Xenopusa animalne i vegetativne elije u ranom embrionu nasleuju razliite citoplazmatske determinante i uticaj vegetativnih elija indukuje da neke animalne daju mezoderm (umesto ektoderma). Ova indukcija mezoderma je izgleda u vezi sa familijom proteinskih faktora rasta koji pomau u regulaciji rasta i diferencijacije kod odraslih organizama. Morfogeni su signalne supstance koje secretuju sa jednog mesta, pri emu je koncentracija morfogena najvea na tom mestu, a opada sa udaljavanjem. Gradijent morfogena kontrolie ponaanje elija u zavisnosti od njihove udaljenosti od izvora morfogena. Sisarska jaja su izuzetak jer su simetrina. Zato sve elije u poetku lie i postaju razliite zbog meusobnih interakcija. Do stupnja od 8 elija, elije su totipotentne (mogu se diferencirati na razliite naine). Kroz meuelijske interakcije elije iz dva razliita embriona mia mogu uskladiti svoje sudbine (fate) i zajednikom radom stvoriti himernog mia. elije iz ranog embriona mia koje se odvoje od normalnog uticaja svojih suseda, nepravilno proliferiu i daju treatokarcinome. Iz tih karcinoma se mogu dobiti embrione stem elije. Kada se ove elije implantiraju u normalni embrion mia, one se vraaju na normalno ponaanje, diferenciraju se odno okruenju gde su se nale i tako doprinose stvaranju zdrave himerne ivotinje. (Regulacija aktivacije gena moe biti na dva nivoa: na nivou transkripcije i translacije) Razliiti geni se aktiviraju tokom razvia npr. hemoglobinska familija, ali i u razliitim tkivima kao aktinska familija (o ovome ima u Eukariotama)

33.

Genetika determinacija razvia pola

Pol organizma koji e se razviti iz opoloenog jajeta zavisi od vie faktora, najvaniji je genetiki. Progamni tip determinacije pola : enke proizvode dva tipa jaja i kako god da su oploena iz krupnih se razvijaju enke, a iz sitnih mujaci.

27

Epigamni tip : kada pol zavisi od uslova pod kojima se zigot razvija. Ovde se pol odreuje naknadno, zavisno od uslova sredine. Primer kod crva Bonellia ako se zigoti razvijaju u telu majke to e biti mujaci, a oni van majke e biti enke Singamni tip: ovo je kod najveeg broja organizama. Pol zavisi od tipa gameta koji uestvuje u oploenju Mujaci mnogih vrsta imaju dva razliita polna hromozoma: X i Y. Mujaci su heterogametni pol, a enke homogametni pol(X X). Ovaj tip je kod Drosophila, riba i sisara, i dvodomih biljaka. Kod pravokrilaca, tvrdokrilaca, paukova , nematoda enke su XX, a mujaci XO. Kod nekih riba, ptica i leptira mujaci su homogametni XX, dok su enke XO ili XY. ee se obeleavaju mujaci ZZ, a enka ZW ili ZO. Postoje dokazi da i enke i mujaci sadre gene za oba pola : pol se moe menjati delovanjem hormona ( mlada kokoka se dejstvom hormona pretvara u petla). Balansna teorija determinacije pola : pol kod Drosophila nastaje kao rezultat sadejstva gena na autozomima i X hromozomima. Y ima malo uticaja na razvoj pola, naeni su i mujaci sa XO hromozomima. Geni koji su smeteni na X hromozomima uslovljavaju razvoj enskih osobina, a geni na nekim autozomalnim hromozomima su zadueni za muke osobine.U zavisnosti od toga na koju se stranu poremeti ravnotea dolazi do razvoja mukog ili enskog pola. Ovo se zove X hromozom autozom balansni sistem determinacije pola. Normalna enka ima odnos X:Autozomima je 1, a kod mujaka 0,5.Ako je: X:A vee ili jednako 1 muica e biti enka, a ako je manje ili jednako 0,5 bie mujak. Ako je izmeu 1 i 0,5 onda nije ni muko ni ensko, to je intersex. Poveanje X hromozoma ma kojim fragmentom vodi interseksualnost ka enskom polu, a delecije na ovom hromozomu vode ka mukom polu. X sadri faktore koji determiniu enski pol i oni imaju aditivno dejstvo, rasporeeni su du celog hromozoma. Fizioloka teorija determinacija pola je u okviru balansne teorije. Ona se takoe zasniva na ravnotei delovanja odgovarajuih grupa gena. U ovoj teoriji geni koji dovode do razvoja mukog pola kod leptira gubara su na X, a geni za enski pol su na Y. Kod sisara Y je nosilac naslednih faktora za muki pol. To se zove mehanizam Y hromozoma za determinaciju pola. Kod sisara (znai oveka) muki pol su oni koji imaju Y hromozom, a oni kojima on nedostaje su enke. Tarnerov sindrom to su enske jedinke koje imaju XO: one su sterilne, ne razvijaju sekundarne enske polne karakteristike. Ovo znai da je za razvoj normalnih enki potrebno da postoje dva X hromozoma. Klinefelterov sindrom mujaci koji imaju XXY: oni imaju slabo razvijene testise, esto su vii od proseka, kod nekih se vide donekle razvijene grudi. Sline osobine se javljaju i kod drugih poremeaja XXXY, XXXXY, XXYY. Znai da je sa normalan razvoj kod mujaka potreban jedan X i jedan Y. Na Y hromozomu kod sisara postoji TDF geni , to su testis determiating factor. Produkt ovog gena podstie razvoj gonadalnih primordija u testise , a ne u jajnike. S obzirom da Y hromozom odreuje muki pol kod placentalnih sisara, pretpostavljeno je da Y hromozom nosi vaan gen ili gene koji kodiraju proizvod koji podeava diferencranje organizma ka mukom polu. Proizvod je nazvan TDF (testis - determining faktor), a odgovarajui hipotetiki gen TDF - gen. TDF faktor izaziva razvoj gonadalnih primordija u testise, a ne u jajnike. Ovo je kljuni dogaaj u determinaciji pola kod mnogih sisara; sve ostale razlike izmeu polova su sekundarni efekti koji nastaju kao posledica delovanja hormona sintetisanih u gonadama. Dakle determinacija pola je isto to i determinacija testisa. Kod ljudi i mieva je naen i kloniran SRY (sex - determining region Y) gen i to je najverovatnije TDY gen. Kako je ovaj gen otkriven? U ljudskim populacijama postoje ene sa XY hromozomima i mukarci sa XX i za takve osobe se kau da pokazuju reverziju polova. Pretpostavljeno je da osobe koje imaju reverziju polova imaju i promene u sex hromozomu koje utiu na TDF. I zaista XX mukarci su imali mali fragment (sa vrha manje ruice) Y hromozoma odlomljen tokom gametogeneza i prikaen za X hromozom. Kod XY ena, dolo je do delecija tog regiona Y hromozoma. Proteini koji su kodirani od strane SRY su verovatno transkripcioni faktori, to znai da se oni vezuju za DNK i reguliu expresiju gena, najverovatnije onih ukljuenih u diferencijaciju testisa.

28

34.

Promene na genetikom materijalu tokom starenja

elijsko starenje nije jasna ni funkcija ni maehanizmi po kojima se odvija. Ima vie teorija: * starenje je rezultat nagomilanih mutacija koje rezultuju nepravilnostima u el. reprodukciji * rezultat mehanizama koji nas uvaju od kancera ograniavajui rast tumora Meutim postoje dobri argumenti protiv obe hipoteze. Zna se da stopa starenja zavisi od koncentracije faktora rasta u medijumu. Moda je odgovor po pitanju starenja u telomerama ( specijalne repetitivne sekvence na krajevima hromozoma). Ove sekvence se ne replikuju kao ostatak genoma ve ih sintetiu enzimi telomeraze, koji prave randomske promene u broju ponovaka telomernih sekvenci. Starenje elije je tesno povezano sa smanjivanjem broja ponovaka, moda je starenje izazvano skraenjem telomera. Moda su somatske elije deficitne u telomerazama (za razliku od germ elija koje se neprestano dele i besmrtne su).

35. Genetika uslovljenost kancera; protoonkogeni i tumor-supresor geni 36. Mehanizmi aktivacije protoonkogena 37. Genetika uslovljenost kancera; retrovirusi
Ponekad se deava da proliferiue elije i elije koje se diferenciraju skrenu sa svog normalnog genetikog programa i stvore masu tkiva koje se naziva tumor ili neoplazija - nestaje regulacija elijske deobe i ona se nekontrolisano odvija. Proces kojim elija gubi sposobnost da se normalno deli i diferencira naziva se transformacija. Ova neobuzdana proliferacija i migracija elija se naziva kancerogeneza ili onkogeneza. Transformisana elija se deli i daje klonove. Sa produenom proliferacijom, mnoge elije-klonovi razvijaju niz hromozomskih abnormalnosti (viak hromozoma, manjak hromozoma, delecije, duplikacije, translokacije). Iako je naen veliki broj hromozomskih abnormalnosti u kancerogenim elijama, mali broj abnormalnosti se javlja konzistentno u odreenim elijama kancera. Ako transformisane elije ostanu zajedno u jedinstvenoj masi, za tumor se kae da je benigan. Ako elije tumora prodru u druga tkiva i tamo proliferiu, za tumor se kae da je maligni i zove se rak. [irenje malignih elija po telu naziva se metastaza. Postoje mnogi uzroci onkogeneze: spontane genetike promene, izlaganje mutagenima, zraenju i virusima koji izazivaju rak. Postoji takoe i nasledna predispozicija za rak. Pejton Raus je prvi otkrio povezanost odreenih gena sa transformacijom normalnih elija. On je extraktom pileeg sarkom indukovao nastanak istog tumora kod zdravih pilia. Agens, koji je "preneo" bolest je virus i to Rausov virus sarkoma (RSV). To je RNK virus iz grupe retrovirusa. Retrovirusi poseduju RNK genom u dve kopije. Genom retrovirusa ine tri gena: gag, pol i env. U eliji, njihova RNK se prepisuje u ssDNK pomou reversne transkriptaze, a zatim se konvertuje u dsDNK, koja se zatim inkorporira u genom domaina, pritom duplicirajui sekevencu u koju se inkorporira. Inkorporisana virusna DNK se prepisuje u RNK, koja e biti upakovana u sintetisane virusne kapside, posle ega dolazi oslobaanja virusa. Gen, koji indukuje nastanak sarkoma pilia, se naziva src. On se oznaava kao onkogen (v-onc) i to je mutirana forma elijskog protoonkogena (c-onc). Protoonkogeni su geni koji u eliji imaju vrlo vane funkcije njihovi proteinski produkti su: faktori rasta, receptori faktora rasta, prenosioci signala ili modulatori enzima koji uestvuju u signalnoj transdukciji (protein-kinaze, npr. c-src) i transkripcioni faktori. Onkogeni, dakle, indukuju ili odravaju nekontrolisanu proliferaciju elija. Razlika izmeu onkogena i protoonkogena je ta da onkogeni nemaju introne. Retrovirusi koji nose onkogene su defektni akutni transformiui retrovirusi, jer prenose, transdukuju onkogen u eliju domaina, pa se nazivaju i transdukujuim virusima. Oni koji ne nose onkogene su neakutni ili nedefektni retrovirusi. Defektni retrovirusi se tako nazivaju jer, pri izlasku iz elije u njih biva spakovana RNK koja sadri prepis dela genoma elije i to ba onkogena ili njegovog dela, a pritom deo virusnog genoma biva izgubljen, npr. delecijom, i sada taj virus ostaje sposoban za infekciju, ali ne i za razmnoavanje u novom domainu, jer mu fali deo genoma. Defektni virusi mogu dati potomstvo samo ako je u eliji prisutan i helper-virus koji komplementira potrebne funkcije defektnog virusa. RSV je izuzetak, jer i pored onkogena koji nosi, zadrava sposobnost razmnoavanja u eliji. Transdukovani onkogen biva ugraen u novom domainu na mesto bez kontrole expresije ili na mesto ispred kog postoji jak promotor, ime se onkogen exprimira preko normale. Takoe, ako je onkogen oteen (npr. ako je virus preneo samo neke exone), njegovom expresijom moe nastati defektni protein, kome nedostaju mesta odgovorna za inaktivaciju i degradaciju. Osim ovoga, do onkogeneze moe doi i insercijom jakih virusnih promotora i enhensera iz 5LTR.

29

RNK virusi koji uzrokuju tumore su iz grupe retrovirusa (RSV, MMTV, virus leukemije maaka...), dok samo nekoliko DNK virusa (Eptajn-Bar, papiloma virus, herpesvirus, adeno virus, SV40...) uzrokuje tumore i to drugaijim mehanizmom od retrovirusa. Svejedno, mali procenat tumora kod ljudi ima uzrok u virusnoj infekciji. DNK virusi takoe inseriraju svoj genom u eliju domaina, posle ega dolazi do replikacije i pakovanja u kapside. Ponekad do ovoga ne dolazi i virusni proteini indukuju proliferaciju elije. Nisu samo virusi odgovorni za transformaciju protoonkogena. Od ukupno oko 50 identifikovanih onkogena, samo 20 je prisutno kod retrovirusa. Protoonkogeni se mogu transformisati u onkogene i takastim mutacijama, translokacijma, delecijama, amplifikacijama, pod dejstvom mutator gena (koji su odgovorni za tanost replikacije ili su ukljueni u reparaciju, pa njihova mutacija izaziva akumulaciju greaka). ras familija gena kodira protein ukljuen u transdukciju signala. Zamena Gly12 Leu12 daje H-ras onkogen, Gln61 Arg61 daje N-ras onkogen a Gly12 Arg12 K-ras onkogen. Ove mutacije izazivaju gubitak mogunosti kontrole proteinskog produkta, pa je on stalno u stanju "on" u transdukciji signala. Kod hronine mijeloidne leukemije dolazi do translokacije c-abl protoonkogena sa hromozoma 9 na hromozom 22, pri emu se fuzioniu c-abl i segment bcr i nastaje Filadelfija hromozom. Ova fuzija izaziva prekomernu expresiju c-abl gena. Kod Burkitovog limfoma c-myc sa hromozoma 8 je translociran na hromozom 14 u region Ig gena, koji poseduju jake promotore. Kod Wilmsovog tumora bubrega dolazi do delecije kratkog kraka hromozoma 11. Kod neuroblastoma lanovi myc familije se amplifkuju u nekoliko stotina kopija. Proteinski produkti protoonkogena se nalaze asocirani sa elijskom mebranom, u citolazmi i u jedru. Npr., c-jun ima ulogu transkripcionog faktora. On dimerizuje sa produktom fos gena. Smatra se da v-jun ima izmenjenu sposobnost aktiacije transkripcije. Antionkogeni ili tumor-supresor geni su geni koji inhibiraju proliferaciju ili utiu na apoptozu. Njihova funkcija je dominantna; ako se fuzioniu transformisana i normalna elija, rezultujui hibrid je normalna elija, jer tumor-supresor gen inhibira rast tumora. Mutacija tumor-supresor gena olakava kaskadu dogaaja koja vodi do kancerogeneze. Naravno, potrebno je da oba alela tumor-supresora budu inaktivirana. Rb-1 je tumor-supresor gen na hromozomu 13. Odsustvo njegovog produkta izaziva maligni tumor retine (retinoblastom). Osobe sa retinoblastomom su nasledile jedan mutirani alel i kao heterozigoti nisu imale bolest. Meutim, verovatnoa mutacije i drugog alela je velika i do nje dolazi pre ili kasnije, tako da e svaki heterozigot mutirati u homozigotno stanje i razviti bolest. Zato se kae da je ova mutacija recesivna na elijskom nivou (potrebno je da oba alela budu mutirana da bi se bolest razvila), ali se dominantno nasleuje, jer ko nasledi jedan mutirani alel, sigurno e mu se i drugi inaktivirati. Do inaktivacije drugog alela moe doi delecijom, mutacijom, gubitkom hromozoma, mitotikom rekombinacijom. Sve ovo jesu retki dogaaji, ali poto postoji veliki broj elija retine, velika je i verovatnoa da e se bar u jednoj ovo desiti. Inae Rb-1 kontrolie prelaz G1 S. Produkt p53 gena (koji se nalazi na hromozomu 17) ima dve funkcije. Zaustavlja deobu elije ukoliko su prisutna oteenja, da bi elija imala vremena da ih ispravi. Ako se greke ne isprave, ovaj protein indukuje ulazak u apoptozu, ime se spreava stvaranje klona mutirane elije. Mutacija ovog gena upravo dozvoljava da mutirana elija nekontrolisano proliferie. p53 funkcionie kao transkripcioni faktor. Do mutacije moe doi takastom mutacijom ili delecijom. Neki tumori, kao karcinom debelog creva nastaju sukcesivnim inaktivacijama i aktivacijama pojedinih gena, meu kojima su i protoonkogeni i tumor-supresor geni.

POPULACIONA GENETIKA
Genetika varijabilnost uopte
Genetika struktura populacija moe varirati u vremenu i prostoru. To znai da frekvencija i distribucija alela moe da varira: 1. u uzorcima iste vrste prikupljenim sa razliitih podruja ili 2. u uzorcima iste vrste sa istog podruja prikupljenim u razliitim periodima.

30

^injenica da genetika struktura varira geografski znai da sve populacije odreene vrste nisu genetiki iste. Dakle, postoji prostorna komponenta genetike varijabilnosti. ^injenica da se genetika struktura populacije moe menjati tokom vremena, ukazuje na to da se populacije na razliitim podrujima mogu menjati na razliiti nain, a to vodi daljim varijacijama u prostoru i evoluciji novih genetikih struktura. Genetika varijabilnost unutar i izmeu populacija rezultat je meusobnog delovanja razliitih evolutivnih snaga (slika 26-25). Uopteno, snage koje poveavaju i odravaju genetiku varijabilnost unutar populacije, spreavaju diferencijaciju meu populacijama. Divergencija meu populacijama je rezultat delovanja snaga koje pojedinane populacije ine homozigotnim (drift, inbriding). Divergencija i homozigotnost su suprotstavljeni konstantnim tokom mutacije i migracije izmeu lokaliteta koji ponovo uvode varijabilnost u populacije i tee da ih uine slinim.

38. Genetika varijabilnost prirodnih populacija organizama

Istovremeno prisustvo razliitih genetikih varijanti u jednoj populaciji organizama oznaava se pojmom genetika varijabilnost prirodnih populacija organizama. Genetika varijabilnost u okviru prirodnih populacija je bitna iz vie razloga: -ona odreuje potencijal za evolutivnu promenu i adaptaciju. -koliina varijabilnosti nam govori o relativnoj vanosti razliitih evolutivnih procesa, s obzirom da neki procesi poveavaju, a drugi smanjuju varijabilnost. -od genetike varijabilnosti moe zavisiti nain na koji nastaju nove vrste. Postoje tri modela genetike varijabilnosti : 1. KLASI^NI MODEL pretpostavlja da je genetika varijabilnost mala. Prema ovom modelu u okviru svake populacije jedan alel najbolje funkcionie, i tada prirodna selekcija snano favorizuje taj alel. Posledica toga je da su skoro sve jedinke populacije homozigotne za taj "najbolji" ili WT alel. Novi aleli nastaju s vremena na vreme mutacijama, ali one su uglavnom delecione i selekcija odrava frekvencije ovih alela na niskom nivou. Ipak ponekad, (vrlo retko) se desi da nastane nova mutacija, koja daje alel bolji od WT alela. Ovaj novi alel poveava preivljavanje i reprodukciju svojih nosilaca, pa se zbog njegovih selektivnih prednosti i frekvencija ovog alela poveava tokom vremena. Na kraju novi alel dostie vrlo veliku frekvenciju i postaje novi WT alel. Na ovaj nain populacija evoluira, ali je genetika varijabilnost u svakom pojedinanom trenutku vremena mala. Ukratko : - genetika varijabilnost je mala - veina genskih lokusa jedinki populacije je homozigotna za funkcionalno najbolji alel i to su idealni genotipovi sa visokim stepenom adaptibilnosti. - retki su heterozigoti - Glavni argument ovog modela bio je da prevelika genetika varijabilnost dovela do velikih genetikih optereenja i do nemogunosti opstanka ivih sistema.1 Dakle, u prirodi se vri stalna eliminacija mutiranih genskih alela, a pri tom se genetika optereenja u populaciji ne smanjuju zahvaljujui odigravanju novih mutacija. Ovaj model nije bio odriv jer se genofond populacije sastoji od vie alela za svaki lokus, pa su zato i jedinke u populaciji heterozigotne za razliite lokuse. 2. BALANSNI MODEL predlae da prirodna selekcija aktivno odrava genetiku varijabilnost u okviru populacije pomou balansirajue selekcije. Balansirajua selekcija je prirodna selekcija koja odrava balans izmeu alela, spreavajui da i jedan alel dostigne visoku frekvenciju. Jedan oblik balansirajue selekcije je favorizovanje heterozigota (pogledati pitanje 44.), kada heterozigoti imaju veu adaptivnu vrednost (fitnes) nego homozigoti. Ukratko : - genetika varijabilnost je velika - veina genskih lokusa jedinki populacija je heterozigotna (u smislu da za jedan lokus postoji vie alela) i taj skup moguih kombinacija razliitih alela istog lokusa omoguava genotipu da u razliitim uslovima sredine ima maksimalnu adaptivnu vrednost (promena na jednom lokusu utie na adaptivnu vrednost celog genotipa). - homozigoti su retki -visok stepen genetikih optereenja se odrava putem balansne selekcije - tetni efekti mutacija kod homozigota se nadoknauju uveanom adaptivnom vrednou nosilaca takvih mutacija u heterozigotnom stanju (srpasta anemija) - uspostavlja se balans Geneti~ko optere}enje podrazumeva skup svih mutacija koje nose jedinke odre|ene populacije. Optere}enje je pra}eno gubitkom jednog dela individua, {to vodi njihovoj geneti~koj smrti. Geneti~ka smrt je odsustvo reprodukcije odre|enog genotipa i gena sadr`anih u tom genotipu.
1

31

izmeu eliminisanja i favorizovanja odgovarajuih alela . ravnotea u zbiru tetnih i korisnih posledica kojima vode genetika optereenja (mutacije). Zajedniko za ove dve teorije je da se genetika varijabilnost populacije ostvaruje putem mutacija, a one mutacije koje daju niu adaptivnu vrednost bivaju eliminisane prirodnom selekcijom. 3. MODEL NEUTRALNIH MUTACIJA nudi alternativno objanjenje postojanja velike genetike varijabilnosti u populacijama. Prema ovom modelu povratne mutacije i nasumine promene frekvencija alela su dovoljne za objanjenje velikih genetikih varijabilnosti i nije potrebno razmatrati prirodnu selekciju. Izvori varijabilnosti (Marina) Ako se evolucija odigrava putem diferencijalne reprodukcije razliitih varijanti, onda bi smo oekivali da e varijanta sa najveom stopom reprodukcije na kraju preuzeti populaciju i da e svi ostali genotipovi nestati ! Tada vie ne bi bilo ni varijabilnosti za dalju evoluciju. Prema tome, mogunost za nastavak evolucije zavisi od stalne i "obnovljene" varijabilnosti. Tri su izvora varijabilnosti u populaciji : mutacije, rekombinacije i imigracija - dolazak, protok novih gena. Meutim, striktno reeno, rekombinacije ne mogu dati varijabilnost osim ukoliko aleli ve ne segregiraju na razliitim lokusima - inae nema ta da se rekombinuje, a slino tome, ni imigracija ne moe dati varijabilnost ako je cela vrsta homozigotna za isti alel npr. Tako su osnovni izvor varijabilnosti mutacije. Varijabilnost putem mutacija : (42. pitanje ). Varijabilnost putem rekombinacija : Stvaranje genetike varijabilnosti putem rekombinacije moe biti bri proces nego putem mutacija. Ako je par homologih hromozoma heterozigotan za n broj lokusa, onda se krosingover moe odigrati n-1 mesta izmeu njih. Poto svaka rekombinacija daje dva rekombinantna gameta bie 2 (n-1) novih jedinstvenih gametskih tipova iz jedne generacije krosingovera. Ako su heterozigotni lokusi raireni po hromozomima, novi gametski tipovi e biti uestali i razvie se varijansa. (Aseksualni organizmi nemaju ovaj izvor varijabilnosti, te su kod njih nove mutacije jedini nain da se dostigne neka promena. Tako ovi organizmi sporije evoluiraju nego oni sa polnim razmnoavanjem (znaaj mejoze u evoluciji). Varijabilnost putem migracija : (43. pitanje). Takaste mutacije ili hromozomski rearanmani su, sami po sebi, ogranien izvor varijabilnosti za evoluciju, jer samo menjaju funkciju ili je pretvaraju u drugi oblik. Da bi nastala potpuno nova funkcija ili oblik, mora doi do irenja niza gena putem duplikacije ili poliploidijom, nakon ega bi usledila divregencija izmeu dupliranih gena.

39. Parametri kvantifikovanja genetike raznovrsnosti u genofondu

Genofond (gene pool) je skup gena, sveukupnost gena jedne populacije sadran u gametima date populacije, . skup genoma jedinki date populacije. Veliina varijabilnosti u okviru prirodnih populacija se obino meri pomou dva parametra : proporcijom polimorfnih lokusa i heterozigotnou. Za gen (lokus) se kae da je polimorfan ako ima dva ili vie alela u populaciji. Smatra se da je jedan lokus polimorfan ako frekvencija2 njegovog najeeg alela nije vea od 0,95. Drugi kriterijum bi bio da je frekvencija njegovog najeeg alela jednaka ili manja od 0,99. Proporcija polimorfnih lokusa (P) se izraunava deljenjem broja polimorfnih lokusa sa ukupnim brojem ispitanih lokusa. P =mp/m P- proporcija polimorfnih lokusa mp - broj polimorfnih lokusa m -ukupan broj lokusa Merenje varijabilnosti pomou proporcije polimorfizma daje samo optu sliku o varijabilnosti u populaciji, jer tretira na isti nain lokuse koji su razliito polimorfni (npr. jedan lokus sa 2 alela, kao i jedan lokus sa 20 alela). Zato se smatra da je bolja mera varijabilnosti prosena frekvencija heterozigotnosti individua po lokusu . heterozigotnost populacije. Heterozigotnost populacije (H) se izraunava na taj nain to se prvo odredi frekvencija heterozigotnih individua na svakom lokusu, a zatim izrauna prosek za sve lokuse.
1966. je prvi put u populaciono genetikim istraivanjima primenjen metod elektroforeze na skrobnom gelu u cilju utvrivanja procenata polimorfnih gena. To je biohemijska tehnika koja se zasniva

Frekvencija alela je broj kopija tog alela u populaciji podeljen sa brojem svih alela istog lokusa u populaciji (npr. U populaciji od 15 jedinki, dati alel se javio 10 puta, njegova frekvencija je 10/30 = 0,33
2

32 na razliitoj pokretljivosti molekula proteina na gelu, koja proizilazi iz razlike u njihovoj molekulskoj masi i naelektrisanju. Ako se na gelu uoi jedna traka onda je to homozigot (jer su dva produkta istog alela preklopljena), ako se uoe dve trake onda je to heterozigot. Prednosti ove metode : - geni izabrani za analizu mogu biti bilo koji (bez prethodnog znanja da li su varijabilni ili ne). - mogu se analizirati organizmi koji ranije nisu mogli, jer naunici nisu mogli da ih ukrtaju.. Nedostaci : - ne moemo ispitati ceo genom jer manje od 10% eukariotskog genoma uestvuje u odreivanju funkcionalno aktivnih proteina i enzima. - ne mogu se otkriti sve alelske varijacije jednog gena, jer se proteini sa istom elektroforetskom pokretljivou mogu razlikovati u aminokiselinsom sastavu. Dakle, prava koliina genetikih varijabilnosti je jo vea od one koja se moe otkriti ovom tehnikom. Rezultat ovih prouavanja bio je nedvosmislen - veina vrsta ima velike genetike varijacije u svojim proteinima i klasini model je bio oigledno pogrean. Ipak ovo jo nije potvrivalo balansni model. Istina, balansni model je predviao veliku genetiku varijabilnost (to se pokazalo kao ispravno), ali je on predviao i da se ta velika genetika varijabilnost odrava prirodnom selekcijom, a to nije moglo da se zakljui pomou elektroforeze. Ranije je osnovno pitanje bilo kolika je genetika varijabilnost ? Sada je postalo bitno ta odrava tako veliku varijabilnost ? Tada je nastao model neutralnih mutacija, koji priznaje prisustvo velike gen. varijabilnosti i predlae da je ova varijabilnost neutralna u odnosu na prirodnu selekciju. To ne znai da proteini detektovani elektroforezom nemaju funkciju, ve da razliiti genotipovi mogu biti fizioloki ekvivalentni. Na taj nain prirodna selekcija ne deluje na neutralne alele i nasumini procesi kao to su mutacije i genetiki drift utiu na varijabilnost koju zapaamo u prirodnim populacijama. Model neutralnih mutacija predlae da varijabilnost na nekim lokusima utie na adaptivnu vrednost i prirodna selekcija eliminie varijacije na tim lokusima. U principu teko je povui granicu izmu balansirajueg i neutralnog modela i rei koji je taan. O tome se vode diskusije. Najverovatnije je da su oba delimino tana i primenljiva u nekim sluajevima. Genetiku varijabilnost je mogue izmeritii pomou RFLP-ova i DNK sekvenciranja. RFLP Restrikcioni enzimi seku dvolananu DNK na specifinim baznim sekvencama (veina ih prepoznaje sekvencu od 4 ili 6 baza). Moemo isei DNK restrikcionim enzimima i tako nastale fragmente moemo razdvojiti elektroforezom i zapaziti bojenjem DNK ili korienjem proba za specifine gene. Dakle ako se uzorci DNK dve jedinke razlikuju za jednu ili dve baze na mestu specifinog prepoznavanja restrikcionog enzima, taj enzim e kod DNK jedne jedinke pronai svoje mesto i presei ga, a kod druge nee. Na taj nain e se na gelu razdvojiti dui i krai fragmenti - preseeni i nepreseeni. Razliite trake na gelu se nazivaju RFLP. One ukazuju da se DNK sekvence dve jedinke razlikuju. RFLP -ovi se nasleuju isto kao i aleli koji kodiraju proteine, samo to oni ne proizvode nikakav oigledan fenotip i ima ih vie. Mana ove metode je da RFLP-ovi ne otkrivaju sve varijacije . analiziramo samo mali uzorak nukleotida (onih koje prepoznaju restrikcioni enzimi) i koristimo ovaj uzorak da procenimo ukupan nivo varijabilnosti. DNK sekvenciranje je najbolji metod koji nam omoguava da otkrijemo sve razlike u nukleotidima izmeu razliitih DNK molekula. Ipak, ova metoda je skupa, naporna i dugotrajna.

40. Genetika struktura populacije. Populacija u ravnotei.

Mendelovska populacija (ili reproduktivna populacija) je zajednica jedinki iste vrste koje se razmnoavaju polno (ukrtanje (parenje) je po principu sluajnosti) i dele zajedniki set gena (genofond). Genetika struktura populacije je odreena svim alelima svih gena (genofondom) jedne populacije. U sluaju diploidnih jedinki koje se seksualno razmnoavaju genetika struktura je okarakterisana rasporedom alela u genotipovima. Ona se izraava uestalou alela i uestalou genotipova. Izuzev retkih mutacija, jedinke se raaju i umiru sa istim setom alela, ono to se genetiki menja tokom vremena je genetika struktura populacije. Engleski matematiar Hardi i nemaki lekar Veinberg su doli do zakljuka da bi populacije organizama u odreenim uslovima trebalo da odravaju istu genetiku strukturu iz generacije u generaciju. Njihov zakon je najvaniji princip u populacionoj genetici jer on nudi jednostavno objanjenje za to kako Mendelova pravila koja proizilaze iz mejoze i sexualnog razmnoavanja utiu na frekvencije alela i frekvencije genotipova. HARDI-VEINBERGOV ZAKON:

33

U beskonano velikoj populaciji, ije se jedinke ukrtaju po principu sluajnosti, i u kojoj se ne deavaju mutacije, migracije i prirodna selekcija frekvencije alela se ne menjaju tokom vremena i sve dok je parenje nasumino frekvencije genotipova e ostati p2 (frekvencija genotipa AA), 2pq (frekvencija genotipa Aa) i q2 (frekvencija genotipa aa), . populacija e biti u ravnotei. ( p je frekvencija alela A, a q frekvencija alela q ) Ukratko ovaj zakon nam objanjava ta se deava sa frekvencijama alela i genotipova populacije tokom prenoenja alela iz generacije u generaciju i u odsustvu procesa bitnih za evoluciju. Uslovi da bi H-V zakon vaio : 1. Populacija mora biti beskonano velika, jer ako je ograniene veliine genetiki drift moe izazvati promene u frekvencijama alela, a time i promene u genotipskim frekvencijama. Ova pretpostavka je nerealna (ni jedna populacija nema beskonano mnogo jedinki), ali se jako velike populacije mogu smatrati priblino beskonanim. Dakle, nije neophodno da populacija bude ba beskonano velika da bi vaio H-V zakon. 2. Ukrtanje mora biti po principu sluajnosti. Po definiciji nasumino parenje znai da je verovatnoa (ili uestalost) ukrtanja izmeu dva genotipa jednaka proizvodu njihovih genotipskih frekvencija. 3 3. U populaciji ne sme doi do mutacija, migracija i prirodne selekcije. Drugim reima genofondu se ne smeju dodavati ili oduzimati aleli, i nas interesuje odnos alelskih i genotipskih frekvencija iskljuivo na osnovu mejoze i seksualne reprodukcije. . uticaj drugih evolutivno vanih procesa mora biti iskljuen. Ovo stanje se odnosi samo na ispitivani lokus4. Ako su ovi uslovi zadovoljeni populacija e biti u genetikoj ravnotei i oekujemo da : 1. se frekvencije alela nee menjati iz generacije u generaciju, pa tako ni genofond nee evoluirati za ovaj lokus (ovaj lokus nee doprineti promeni genofonda). 2. e genotipske frekvencije dostii vrednosti p2, 2pq i q2 posle jedne generacije sluajnog ukrtanja. U svakoj sledeoj generaciji e ostati konstantne sve dok su zadovoljeni svi uslovi H-V zakona (Table 22.2 ). Kada su genotipske frekvencije takve kae se da je populacija u H-V ravnotei. Vana primena H-V zakona je da nam on omoguava da odredimo genotipske frekvencije iz alelskih frekvencija kada je populacija u ravnotei. Prema H-V zakonu, u ravnotei genotipske frekvencije zavise od frekvencija alela. Na slici 15. prikazana je ova zavisnost za lokus sa dva alela. - Maximalna frekvencija heterozigota je 0,5 i ona je postignuta samo kada su frekvencije svakog alela 0,5. - Ako su frekvencije alela izmeu 0,33 i 0,66, heterozigotni genotip je najbrojniji genotip (Aa, brojniji od aa i AA) - Ako je frekvencija jednog alela (npr. a) niska, homozigot za taj alel je najrei genotip (aa rei od Aa i AA). Ako umesto dva alela neki lokus ima tri razliita alela (npr. A,B i C, ije su frekvencije p, q i r respektivno) onda e genotipske frekvencije ponovo biti odreene alelskim frekvencijama : p2 e biti frekvencija genotipa AA 2pq e biti frekvencija genotipa AB q2 e biti frekvencija genotipa BB 2pr e biti frekvencija genotipa AC 2qr e biti frekvencija genotipa BC i q2 e biti frekvencija genotipa CC. (p + q + r)2 = p2 + 2pq + q2 + 2pr + 2qr + q2 Kada se u populaciji jedinke ukrtaju nasumino, ravnotene genotipske frekvencije se dostiu posle jedne generacije. Ali, ako se lokus nalazi na X hromozomu i polovi se razlikuju po Na~ela H-V zakona se odnose na bilo koj (pojedina~ni) lokus za koji se jedinke nasumi~no ukr{taju, ~ak i ako ukr{tanje nije slu~ajno za druge lokuse. Dakle populacija ne mora da se ukr{ta nasumi~no za sve osobine da bi ovaj zakon va`io. Npr. kod ljudi taj zakon ne va`i za boju ko`e ili IQ, ali va`i za MN krvne grupe. 4 Kao i u prethodnom slu~aju evolutivni procesi mogu da deluju na neke druge gene u populaciji, a da populacija i dalje bude u H-V ravnote`i za ispitivani lokus. 5 Svaka pojedina~na populacija je, na ovom grafiku, definisana jednom vertikalnom linijom. Npr. p = 0,3 i q = 0,7
3

34

frekvenciji alela, ravnotene genotipske frekvencije se dostiu tek posle nekoliko generacija. To je zato to mujaci primaju svoj X hromozom samo od majke, dok enke primaju jedan od majke, a jedan od oca. Iz toga sledi da e frekvencija X vezanog alela kod mujaka biti ista kao i kod njihovih majki, dok e kod enki ova frekvencija biti prosek frekvencija majke i oca. Tokom nasuminog parenja alelske frekvencije kod dva pola osciluju napred i nazad u svakoj narednoj generaciji, i razlika u frekvenciji alela izmeu polova se smanjuje za polovinu u svakoj sledeoj generaciji (slika 22.4 ). Kada se konano frekvencije alela kod mujaka i enki izjednae, frekvencije genotipova e ve u sledeoj generaciji biti u H-V proporcijama. U ravnotei p2 + 2pq + q2 = pm + qm =1 generacije q qm razlika d P 1,0 0,0 1,0 I 1,0 0,5 0,5 II 0,75 0,5 0,25 III 0,625 ... 0,75 .... 0,125 ... n 0,7 0,7 0

H-V zakon koristimo za izraunavanje frekvencija alela kada je jedan ili vie alela recesivno. Tada ne moemo da utvrdimo tano frekvenciju recesivnog gena preko brojeva heterozigotnih i homozigotnih jedinki (jer ne znamo broj heterozigota (isti su fenotipski kao i dominantni homozigoti)), ve moramo da pretpostavimo da je populacija u ravnotei za dati lokus i da izraunamo frekvenciju alela preko frekvencije genotipova (broja recesivnih homozigota u odnosu na ukupni broj jedinki u populaciji). Na taj nain moemo da izraunamo i frekvenciju heterozigota.

41. Sistemi parenja i njihove populaciono-genetike posledice

Sluajno parenje u odnosu na lokus je uobiajeno ali ne i univerzalno. Mogu se razlikovati dva tipa odstupanja od sluajnog parenja: 1. Asortativno ukrtanje fenotipova koje moe biti pozitivno i negativno :

a. Pozitivno asortativno ukrtanje fenotipova je parenje jedinki istih fenotipova. Ono je b.

uobiajeno u prirodnim populacijama. Npr. ljudi i ene se ukrtaju na ovaj nain u odnosu na visinu ili IQ. Negativno asortativno ukrtanje fenotipova ostvaruje se kada u populaciji postoji vea verovatnoa da e se ukrstiti jedinke nosioci dva razliita fenotipa nego to bi se to desilo samo na bazi sluajnosti.

2. Asortativno ukrtanje genotipova koje takoe moe biti pozitivno i negativno. a. Pozitivno asortativno ukrtanje genotipova ili INBRIDING je ee parenje jedinki koje su b.
u veem stepenu srodstva nego prosean par jedne populacije. Negativno asortativno ukrtanje genotipova ili AUTBRIDING je ee parenje jedinki koje su u manjem stepenu srodstva (rodbinski udaljene jedinke) nego prosean par jedinki suprotnog pola iste populacije.

Inbriding se meri preko koeficijenta inbridinga (F). (slika 4.9 i 20. ) [to je vea vrednost F vee je i smanjenje heterozigotnosti u odnosu na oekivanu heterozigotnost prema H-V zakonu. F= (oekivana heterozigotnost - zapaena heterozigotnost) oekivana heterozigotnost

35

Pri sluajnom ukrtanju F = 0 jer je oekivana = zapaenoj heterozigotnosti. Najekstremniji sluaj inbridinga je samooplodnja kod nekih biljaka i pueva. Ako pretpostavimo da na poetku imamo populaciju koja se sastoji samo od heterozigota, posle jedne generacije samooplodnje imaemo polovinu heterozigotnih jedinki (Aa) i etvrtinu homozigotnih jedinki za jedan alel (aa) i etvrtinu homozigotnih za drugi alel (AA). U svakoj sledeoj generaciji posle samoooplodnje procenat heterozigota e opasti za 50%. Posle veeg broja generacija nee vie biti heterozigota i populacija e biti podeljena ravnomerno na dva homozigotna genotipa (slika 19.8 ). Dakle, posle prve samooplodnje frekvencije genotipova su bile iste kao one predviene H-V zakonom, ali u svakoj sledeoj generaciji frekvencije homozigota su bile vee, a heterozigota manje od onih predvienih ovim zakonom. Genetika varijabilnost prisutna unutar poetne populacije pretvara se u varijabilnost izmeu homozigotnih inbridovanih linija uzorkovanih u populaciji6. Pretpostavimo da je populacija osnovana iz malog broja jedinki koje nisu u srodstvu i koje se sluajno pare i daju sledeu generaciju. Pretpostavimo da nema dodatne imigracije. U kasnijim generacijama svako je srodnik sa svakim, jer porodina stabla imaju zajednikog pretka. Takva populacija je onda inbredovana u smislu da postoji neka verovatnoa da su geni homozigotni po poreklu. S obzirom da je veliina populacije konaana, neke porodine linije e se izgubiti u svakoj generaciji. Porodica postaje sainjena od potomaka sve manje i manje osnivakih jedinki, i svi lanovi populacije sa sve veom verovatnoom nose zajednike alele - raste F, a heterozigotnost vremenom opada proporcionalno ukupnom broju haploidnih genoma (2N), gde je N broj diploidnih jedinki u populaciji (slika 34.2). Koji e alel biti fiksiran na kom lokusu je stvar sluajnosti. Pretpostavimo da su brojne ostrvske populacije osnovane od velike heterozigotne kopnene populacije. Na kraju, ako ove ostrvske populacije ostanu izolovane jedne od drugih, svaka e postati homozigotna za neki alel. Dakle rezultat ovog inbriding aje genetika diferencijacija izmeu populacije. Inbriding ima sline posledice kao genetiki drift u malim populacijama. U oba sluaja heterozigotnost opada, a homozigotnost raste. Ipak, u sluaju inbridinga u veliim populacijama, frekvencije alela se ne menjaju dok homozigotnost raste, a u sluaju genetikog drifta frekvencije alela se menjaju dok homozigotnost raste. Autbriding ima suprotan efekat, on poveava heterozigotnost, a smanjuje homozigotnost. I u sluaju inbridinga i pozitivnog asortativnog parenja prema fenotipu dolazi do poveanja homozigotnosti populacije iznad nivoa koji se predvia H-V ravnoteom. Ova dva tipa ukrtanja se razlikuju jer se u prvom radi o homozigotnosti celog genotipa, a u drugom sluaju samo pojedinih lokusa (prema osobinama po kojim se vrilo "biranje para"). Nivoi inbridinga u prirodnim populacijama posledice su geografske distribucije, mehanizma reprodukcije i osobina parenja. Ako se srodnici nalaze na nekom zajednikom prostoru upravo ta blizina e imati za posledicu inbriding. (Semena mnogih biljaka npr. padaju blizu roditelja).

42. Obim i dinamika promena u genofondu kao posledica mutacija

Mejoza i fuzija gameta ne stvaraju promene u alelskim frekvencijama populacije. ., kada je populacija velika, njene jedinke se pare po principu sluajnosti i kada nema mutacija, migracija i prirodne selekcije, nema ni evolucije. Meutim, za mnoge populacije ovi uslovi za H-V ravnoteu ne vae. Populacije su esto male, ukrtanje nije sluajno, i dogaaju se mutacije, migracije i prirodna selekcija. U ovim sluajevima alelske frekvencije se menjaju, i kao odgovor na uzajamna dejstva ovih procesa genofond populacije evoluira. Mutacije su jedan od procesa koji mogu promeniti frekvencije alela. Stopa nastajanja mutacija je generalno mala, ali varira izmeu lokusa i izmeu vrsta. Odreeni geni modifikuju stopu mutacija svih ostalih gena, a takoe i mnogi faktori sredine mogu poveati stopu mutacija. Evolucija je proces koji ine dva koraka : prvo nastane genetika varijacija (promena), a zatim se poveaju ili smanje frekvencije razliitih alela kao odgovor na evolutivni proces. Mutacije su vane za oba ova koraka. Mutacije su izvor svih novih genetikih varijanti (nove kombinacije alela mogu nastati rekombinacijama, ali novi aleli nastaju samo kao posledica mutacija (vidi 38. pitanje)). Veina mutacija je tetna i zato biva eliminisana iz populacije. Nekoliko mutacija, ipak, moe doneti neke prednosti jedinkama koje ih imaju i takve mutacije e se proiriti kroz populaciju. Da li je Uprirodnim populacijama prisutan je slu~ajan inbriding - nije obavezan i kontinualan samo u okviru jedne familije i imamo distribuciju i samooplodnog i slobodnooplodnog potomstva. Zato postoji ravnote`na u~estalost homozigota i heterozigota sli~na H-V ravnote`i, ali sa vi{e homozigota. Ovim je geneti~ka varijabilnost o~uvana, za razliku od sistemskog eksperimentalnog inbridinga.
6

36

mutacija tetna ili korisna zavisi od uslova sredine, i ako se ovi uslovi promene ranije tetna ili neutralna mutacija moe postati korisna. Mutacije takoe imaju sposobnost da menjaju ftrekvencije alela u okviru populacije. Ako zamislimo populaciju od 50 jedinki koje sve imaju genotip AA onda je frekvencija alela A, p = 1, (p =(2 x 50) / 100). Ako se desi jedna mutacija A a, populacija se tada satoji od 49 AA jedinki i jedne Aa jedinke, dakle frekvencija alela A je p = ((2 x 49) + 1) / 100 = 0,99. Sa svakom sledeom mutacijom A a, p e biti sve manje. I ako ovakve mutacije nastave da se odvijaju konstantnom stopom tokom dugog perioda vremena p e na kraju postati 0. Mutacije jesu izvor genetike varijabilnosti, ali same po sebi ne mogu voditi evolutivni proces. Stopa promena alelskih frekvencija su vrlo niske jer su i stope spontanih mutacija vrlo niske. Ako je stopa mutacije alela A u neki drugi alel (a), , verovatnoa da e alel A postati alel a za vreme replikacije koja prethodi mejozi. Ako su uestalosti alela A i a, p i q i ako nema drugih faktora promene uestalosti alela onda je promena alelske uestalosti u jednoj generaciji p = pt - pt-1 = - pt-1 (t - broj generacije). Ovo nam pokazuje da uestalost alela A opada stopom koja je proporcionalna mutacionoj stopi i frekvenciji (p) svih alela koji su na raspolaganju da mutiraju. p se smanjuje kako uestalost p opada jer je sve manje alela A na raspolaganju da mutira u alel a. Nakon n generacija ovih dogaaja bie : pn = p0e-n (slika 25.3.) . Sa padom uestalosti alela smanjuje se i mutaciona stopa. Za 70 000 godina se p tek svede na polovinu. ^ak i ako bi se udvostruila stopa mutacija trebalo bi da prou desetine hiljada godina za promenu (Doza zraenja koja bi bila potrebna da izazove porast stope mutacija u reproduktivnom veku na ljudskoj populaciji bi pre svega bila letalna, pa brze genetike promene na vrsti ne bi bile posledica radijacije poviene do tog nivoa ! - Marina filozofira ) Mutacija A a je forvard mutacija. Za veinu gena mogue je da se mutacije odvijaju i u obrnutom smeru a A i ove mutacije se zovu reverzne mutacije. One se obino deavaju ree nego forvard. Smanjenje broja A alela u jednoj generaciji je jednako poveanju broja A alela (poveanje nastalo zahvaljujui a A (reverznim) mutacijama) minus smanjenju broja A alela (zahvaljujui forvard mutacijama). S obzirom da stopa forvard mutacija poveava, a stopa reverznih smanjuje frekvenciju alela a, moemo zakljuiti da e populacija na kraju (posle mnoooogo godina) dostii mutacionu ravnoteu, u kojoj je broj alela koji se menjaju forvard mutacijama jednak broju alela koji se menjaju reverznim mutacijama (to e se naravno desiti samo ako ni jedan drugi evolutivni proces ne deluje na populaciju). I tada nema vie promena u frekvencijama alela iako se forvard i reverzne mutacije i dalje odvijaju. S obzirom da su stope mutacija tako spore, i promena frekvencije alela pod uticajem mutacionog pritiska je vrlo mala. I to su frekvencije alela blie ravnotenim frekvenvcijama promene u frekvencijama postaju sve manje i manje. Zbog toga to same mutacije menjaju frekvencije alela tako sporo, u realnim uslovima populacije su retko u mutacionoj ravnotei. Ostali procesi imaju dublji efekat na frekvencije alela, i same mutacije retko kad odreuju alelske uestalosti populacije. Simultani efekat mutacije i selekcije. Mutacije dovode do nastanka novih varijanti gena, ali direkciona selekcija ih preko razlike u adaptivnim vrednostima eliminie ako su nepovoljni. Uestalost nekog alela u populaciji bie nepromenjena jedino ako je stopa njegove eliminacije selekcijom jednaka stopi njegovog nastanka u populaciji. Tada nastaje ravnotea i ona se odrava (mada na populaciju deluju i selekcija i mutacija) sve dok na populaciju ne pone da deluje neki drugi evolutivni faktor.

43. Obim i dinamika promena u genofondu kao posledica migracija

Jedna od pretpostavki H-V zakona je da je populacija zatvorena i da na nju ne utiu druge populacije. Ipak, mnoge populacije nisu potpuno izolovane i razmenjuju gene sa drugim populacijama iste vrste. Jedinke koje imigriraju u populaciju mogu da uvedu nove alele u genofond i da menjaju frekvencije postojeih alela. Dakle, migracija je proces koji ima sposobnost da poremeti H-V ravnoteu i moe da utie na evoluciju alelskih frekvencija u populaciji. Termin migracija se obino odnosi na kretanje organizama. Ali nas u popualcionoj genetici zanima kretanje gena, do koga moe (ali ne mora) doi kada se organizmi kreu. Do kretanja gena dolazi samo kada se organizmi ili gameti kreu i tako doprinose, svojim genima, genofondu recipijentske populacije. Ovaj proces se naziva jo i protok gena. Protok gena ima dve velike posledice na populaciju : 1. Protok uvodi nove alele u populaciju. S obzirom da su mutacije vrlo retke, jedan mutirani alel moe nastati u jednoj populaciji, a u drugoj ne. Protok gena iri jedinstvene alele na ostale populacije, i kao i mutacije predstavlja izvor genetike varijabilnosti populacije.

37

2. Kada se alelske frekvencije recipijentske populacije i imigranata razlikuju, protok gena menja frekvencije alela u recipijentskoj populaciji. Razmenom gena, razliite populaciju ostaju sline, i zato se za migraciju kae da je to homogenizujua (izjednaavajua) sila koja spreava populacije da izmeu sebe nagomilavaju genetike razlike. Promena u frekvenciji alela recipijentske populacije zavisi od dva faktora : - proporcije imigranata u konanoj populaciji (broj imigranata / (broj imigranata + broj starosedeoca) i - razlika u frekvenciji alela izmeu imigranata i starosedeoca. Ako ne postoji razlika u alelskim frekvencijama imigranata i starosedeoca onda je i promena u frekvencijam alaela = 0. Dakle, populacije se moraju razliovati u alelskim frekvencijama da bi migracija mogla da utie na promenu genofonda. Ako se migracija nastavi, frekvencije alela imigranata i starosedeoca postaju sve slinije i slinije (postepeno se izjednaavaju) i rezultat toga je i smanjenje razlike u alelskim ftrekvencijama. Na kraju e se frekvencije alela izjednaiti i daljom migracijom nee doi do daljih promena frekvencije alela u recipijentskoj populaciji (slika 8.3). Ovo, naravno, vai samo u sluaju da ni jedan drugi evolutivni proces ne deluje na populaciju. Za razliku od mutacione stope migraciona stopa moe biti visoka i samim tim i promena u frekvencijama alela. Treba dodati i da migracij atei da povea efektivnu veliinu recipijentske populacije Male veliine populacija vode genetikom driftu, a genetiki drift izaziva razlike u populacijama. Migracija, s druge strane, smanjuje to razlilaenje meu populacijama, poveavajui veliinu populacije. Prorauni su pokazali da e samo jedan migrant koji se kree izmeu populacija svake druge generacije, spreiti populacije da postanu fixirane za razliite alele. Protok gena ima bitan uticaj i na ouvanje vrste. Razlike izmeu geografski udaljenih populacija iste vrste bi se vremenom toliko nagomilale, da bi se vremenom populacije razdvojile u dve razliite vrste. Zahvaljujui protoku gena koji odrva homogenost populacija to se retko deava.

44. i 46. Delovanje i efekat prirodne selekcije; favorizovanje heterozigota; selekcija protiv recesivnog i dominantnog alela
Delovanje i efekat prirodne selekcije Darvin je definisao da se evolucija sastoji iz dva procesa : - poreklo razliitosti organizama i - poreklo prilagoenosti - adaptacije organizama Dakle, evolucija nije prosto postanak i nestanak razliitih formi ve proces koji stvara neku vrstu povezanosti izmeu fenotipova vrste i sredine u kojoj oni ive. Na prvi od ova dva procesa deluju: mutacije, migracije i genetiki drift, oni su u stanju da promene frekvencije alela u populaciji. Ovi procesi menjaju genofond populacije, i svakako utiu na evoluciju, ali ne dovode do ADAPTACIJE. Adaptacija je proces kojim osobine evoluiraju inei na taj nain organizme prilagodljivijim na uslove sredine koja ih okruuje. Ove osobine poveavaju ansu organizma za preivljavanje i reprodukciju. Mutacije, migracije i genetiki drift utiu na proces adaptacije, ali adaptacija nastaje prirodnom selekcijom. Prirodna selekcija je dominantna sila u evoluciji mnogih osobina i ona je oblikovala mnoge od fenotipskih varijanti koje zapaamo u prirodi. Prirodna selekcija moe biti definisana kao diferencijalna reprodukcija genotipova. A to jednostavno znai da jedinke koje imaju odreene gene stvaraju vie potomaka, nego druge jedinke (koje nemaju te gene). Zato se broj tih gena poveava u narednoj generaciji. Vremenom se putem prirodne selekcije poveavaju osobine koje doprinose razmnoavanju i opstanku, i organizmi se na taj nain prilagoavaju sredini. Dakle, jedinke superiorne u pogledu preivljavanju i reproduktivne sposobnosti, doprinose vei deo porcije gena sledeoj generaciji u odnosu na inferiorne jedinke. Darvin je prirodnu selekcuju definisao kao proces nasledno razliitog preivljavanja i stope reprodukcije nekog organizma. Primer sa leptiriima : Biston betularia je noni leptir koji se danju odmara na stablima drvea prekrivenog liajevima. Ptice koje vole da jedu ove leptirie ne mogu da ih vide jer im je boja ista kao i boja

38

liajeva (sivkasta - kamuflirani su). Meutim, u zagaenim, industrujskim zonama, gde zagaenje izaiva izumiranje liajeva, stabla su gola i nagaravljena. Zato su i leptirii morali da se prilagode i u umama u blizini industrijskih zona ive preteno leptirii iste vrste, ali drugog fenotipa carbonia, koji su tamni. Na taj nain oni su se adaptirali , prilagodili su svoju boju (fenotip) novim uslovima sredine. Ova pojava se naziva "industrijski melanizam" . Selekcija je efikasna kada postoji genetika varijabilnost u populaciji. Kada bi populacija bila monomorfna za neki gen, selekcija ne bi imala ta da eliminie a ta da favorizuje - ne bi postojala razliitost u adaptivnoj vrednosti. Prirodna selekcija ima niz razliitih efekata na populaciju. Ponekad ona eliminie genetiku varijabilnost, a ponekad je odrava (favorizuje). Ona moe da menja frekvencije alela ili da spreava njihovu promenu. Prirodna selekcija moe da izazove genetiko razilaenje meu popilacijama, ili da odrava genetiku uniformnost. Koji od ovih efekata e selekcija ispoljavati zavisi pre svega od relativne adaptivne vrednosti genotipova (vidi sledee pitanje), ali i frekvencija alela u populacijama. Prema H-V zakonu genotipske frekvencije, u sluaju da nema selekcije, su p2, 2pq i q2 . Kada doe do selekcije samo neki genotipovi e preiveti i pojaviti se u sledeoj generaciji. Doprinos svakog genotipa sledeoj generaciji bie jednak poetnoj frekvenciji tog genotipa pomnoenoj njegovom adaptivnom vrednou. Relativan doprinos svakog genotipa se izraunava deljenjem doprinosa svakog genotipa sa srednjom adaptivnom vrednou populacije (W). W = p2W11 + 2pqW12 + q2W22 Relativan doprinos svakog od genotipova je u stvari relativna frekvencija tog genotipa nakon selekcije. Kombinujui sve mogue odnose izmeu vrednosti fitnesa za genotipove dobijamo razne klase prirodnih selekcija : 1. W11 = W12 = W22 = 1. Sve adaptivne vrednosti su jednake i nema selekcije. 2. W11 = W12 < 1 i W22 = 1. Heterozigot ima adaptivnu vrednost jednako adaptivnoj vrednosti dominantnog homozigota, ali manju od adaptivne vrednosti recesivnog homozigota. Prirodna selekcija deluje protiv dominantnog alela. 3. W22 < 1 i W12 = W11 = 1. Heterozigot kao i dominantni homozigot imaju najveu adaptivnu vrednost koja je vea od adaptivne vrednosti recesivnog homozigota. Prirodna selekcija deluje protiv recesivnog alela. 4. W11 < W12 < 1 i W22 = 1. Vrednost fitnesa heterozigota je srednje veliine u odnosu na vrednosti jednog i drugog homozigota. Prirodna selekcija deluje bez dominantnog efekta. 5. W11 , W22 < 1 i W12 = 1. Heterozigot ima najviu adaptivnu vrednost, a homozigoti imaju nie adaptivne vrednosti koje mogu, a ne moraju, biti iste. Prirodna selekcija favorizuje heterozigotni genotip . 6. W12 < W11 , W22 =1. Heterozigot ima nii fitnes nego homozigoti. Za ovakav odnos je potrebno da samo jedan homozigot (nije bitno koji) ima vrednost fitnesa 1. Prirodna selekcija deluje favorizujui homozigotni genotip. Ova selekcija uzrokuje divergenciju izmeu populacija. Svaki od ovih sluajeva prirodne selekcije rezultuje u karakteristinoj promeni genetike strukture populacije. Sluajevi 2, 3 i 4 se nazivaju jo i usmerena (direkciona) selekcija i kao posledicu imaju eliminaciju ili barem znaajno smanjenje jednog od alela. Sluaj 5 se razlikuje od prethodnih i kada se postigne ravnotea on ne izaiva evolucione promene. Sluaj 6 lii na usmerenu selekciju, ali odabir alela protiv koga e delovati selekcij ase ne vri na osnovu njegovih karakteristika, ve na osnovu njegove poetne frekvencije. slika 22.20 Favorizovanje heterozigota Prirodna selekcija ponekad deluje odravajui genetiku varijabilnost (kao to je to predloeno balansnim modelom (vidi pitanje 38)). Ovakva selekcija se naziva balansnom. Najjednostavniji tip balansne selekcije je heterozis ili heterozigotna superiornost. Ravnotea alelskih frekvencija nastaje kada heterozigot ima viu adaptivnu vrednost nego i jedan homozigot (sluaj 5). U ovom sluaju oba alela se odravaju u populaciji jer su oba favorizovana u heterozigotnom genotipu. Frekvencije alela e se menjati pod uticajem selekcije sve dok se ne dostigne ravnotea, a onda e ostati konstantne. Alelske frekvencije na kojima e populacija biti u ravnotei zavise od relativnog fitnesa dva homozigotna genotipa. Ove vrednosti ne zavise od poetne frekvencije alela u populaciji i odreene su samo koeficijentom selekcije protiv homozigota.

39

Ako je selekcija protiv oba homozigota ista, ravnotene alelne frekvencije bie 0,5. Sa poveanjem razlike u selekciji protiv jednog i drugog homozigota.... Primer : srpasta anemija : Iako se radi o ozbiljnoj genetikoj bolesti, prirodna selekcija ne moe da eliminie tetni alel iz populacije zato to alel ima korisan efekat u heterozigotnom stanju. Selekcija protiv recesivnog i dominantnog alela Direkciona selekcija tera populaciju prema homozigotnosti, otklanajajui veinu novih mutacija. Ponekad, u sluaju povoljne mutacije, ova selekcija dozvoljava irenje novog alela kroz populaciju i kree ka novom homozigotnom stanju. Da li e ili ne ovakav tip selekcije dovesti do diferencijacije populacije zavisi od sredine i sluajnih dogaaja. Dve populacije koje ive u veoma slinim sredinama mogu da se odravaju genetiki slinim - direkcionom selekcijom, ali ako se sredine razlikuju, selekcija moe voditi populacije ka razliitim strukturama. U sluaju 3, kada su fitnesi heterozigota i dominantnog homozigota = 1, a fitnes recesivnog manji od 1 moe se dokazati (preko niza jednaina) da je promena frekvencije recesivnog alela negativna. Odatle sledi da e vrednost q opasti pri delovanju selekcije. Selekcija takoe zavisi od stvarnih frekvencija alela u populaciji. Ovo je zbog toga to frekvencije Aa i aa jedinki, pri razliitim frekvencijama alela, utiu na to koliko efektivno selekcija moe da smanji tetnu recesivnu osobinu. - Kada je frekvencija recesivnog alela relativno visoka to znai da u populaciji postoje mnoge recesivne homozigotne jedinke koje e imati nisku vrednost fitnesa, i to za posledicu imati velike promene u frekvenciji alela. - Kada je frekvencija recesivnog alela niska, homozigotni recesivni genotip je redak i doi e do manjih promena u frekvencijama alela. Dakle, to je q manje, q je manje. Ba zbog ovog opadanja promene frekvencije, realno je nemogue potpuno eliminisati recesivni alel iz populacije. Preostali recesivni aleli u populaciji e se gotovo uvek nai u heterozigotnom genotipu i ovo skrivanje recesivnih alela kod heterozigota se naziva zatieni polimorfizam. p se menja sve manje to je poetna frekvencija vea. Zakljuak : efekat selekcije na neki odreeni gen zavisi od intenziteta selekcije i od poetne frekvencije. Eliminacija dominantnih alela sa tetnim efektom e biti najefikasnija - oni se ispoljavaju na fenotip i selekcija ih brzo eliminie.

46. Adaptivna vrednost i koeficijent selekcije

Najbitnije u procesu prirodne selekcije je relativan broj gena koji e uestvovati u narednim generacijama. Naravno vana je i sposobnost preivljavanja, ali samo preivljavanje ne garantuje da e geni biti preneti na sledeu generaciju; da bi se to desilo mora da doe do reprodukcije. Zato merimo prirodnu selekciju procenjivanjem reprodukcije. Prirodna selekcija se meri Darvinovim fitnesom . adaptivnom vrednou (W), a ona je definisana kao relativna sposobnost razmnovanja nekog genotipa. Fitnesi se relativno posmatraju, jer jedna vrednost fitnesa za jednu jedinku nema nikakvog smisla ukoliko se ne uporedi sa adaptivnom vrednou drugih jedinki u populaciji. Dakle kad se razmatra prirodna selekcija ne misli se prosto na prilagoenost nego na prilagoenost u odnosu na prilagoenost drugih jedinki. Genotip koji daje najvie potomaka ima W = 1, a adaptivne sposobnosti ostalih genotipa se procenjuju u odnosu na tu vrednost. (Npr. ako jedan genotip daje 8 potomaka, a drugi 4, onda je W1 = 1, a W2 =0,5 ). Marina : Fitnes je relativna verovatnoa preivljavanja nekog genotipa i posledica je odnosa izmeu organizama i prirodne sredine u kojoj oni ive. (Delimino, ovo je zbog toga to izlaganje istih genotipova razliitim sredinama tokom razvia moe dati razliite fenotipove. Meutim, ak i ako su fenotipovi isti njihova uspenost zavisi od sredine. ). Procenjivanje adaptivne vrednosti nekog genotipa mora se obaviti vrlo paljivo i tom prilikom moraju se uiniti mnoge pretpostavke. Adaptivna vrednost nekada nije ekvivalentna broju potomaka genotipa. (Npr. u gnezdima voraka, sa vie jaja odgojeno je manje ptia). Adaptivna vrednost nekog genotipa se ne moe proceniti posmatrajui izolovan trenutak ivota jedinke, jer genotip koji je uspean u jednom delu svog ivota, moe biti neuspean u nekom drugom trenutku (ovaj fenomen se naziva antagonistina plejotropnost). Merenje adaptivne vrednosti je teko jer treba izbei subjektivne (i netane) procene vrednosti. Ipak, adaptivna vrednost nam govori o tome kako se genotip snalazi u prirodnoj selekciji.

40

Iod selekcije na osobinu u datoj sredini nije jedinstven. Selekcija ka promeni osobine, recimo ka poveanju veliine moe biti uspean na niz naina. Npr. experiment selekcionisanja za veliinu krila kod Drozofila je dao dve populacije sa veim krilima. Meutim, u jednoj je dolo do poveanja broja elija, a u drugoj se veliina elija krila promenila. Bila su selekcionisana dva razliita genotipa, oba uzrokujui promenu veliine krila. Poetno stanje populacije i poetak selekcije odredili su kako e tei selekcija. Slika 26-19 : Pretpostavimo da variranje na dva lokusa (obino ih je mnogo vie) utie na osobinu i da u odreenoj sredini intermedijarni fenotipovi imaju najvii fitnes (npr. novoroenad srednje teine imaju najveu ansu za preivljavanje). Ako je delovanje alela najjednostavnije, genotipovi AaBb, AAbb i aaBB e imati visok fitnes, a veoma nizak fitnes e imati dupli homozigoti (aabb i AABB). Na slici je prikazan adaptivni predeo (landscape). Uestalost alela A je data na ordinati, a uestalost alela B na apscisi. Visina iznad ravni (predstavljena topografskim linijama) je vrednostW (srednji fitnes) populacije, koju bi populacija imala za odreenu kobbinaciju uestalosti A i B. Jedna topografska linija povezuje sve take iste vrednosti W. Slika pokazuje da postoje dva adaptivna vrha (pika), koja odgovaraju fiksiranim populalacijama aaBB i AAbb. U sredini je sedlo, a dve adaptivne doline se pruaju od sedla ka fixiranim populacijama aabb i AABB. Prema pravilu o porastu fitnesa, selekcija bi trebalo da vodi populacije od doline, niskog fitnesa , ka vrhu, visokog fitnesa. Ka kom vrhu e se populacija kretati i kakav e prema tome biti genetiki sastav populacije, zavisi od toga da li je poetna genetika struktura populacije na jednoj ili drugoj strani isprekidane linije na slici. Pod identinim uslovima sredine dve populacije mogu dostii razliite genetike kompozicije kao rezultat delovanja prirodne selekcije. Nije bitno da adaptivni pikovi budu iste visine. Kinetika selekcije je takva da W raste mada ne znai i da postie obavezno najvii mogui pik na polju alelske uestalosti. Npr. ako je populacija blizu pika AAbb, a on je nii od aaBB, sama selekcija ne moe dovesti populaciju do pika aaBB, jer to bi zahtevalo privremeno opadanjeW. Populacija bi opadala niz AAbb nagib, prealazila sedlo i penjala se uz nagib. Dakle, snaga selekcije je kratkosena : ona vodi populaciju ka lokalnom maksimumu W na polju uestalost alela - ne ka globalnom. Meutim, genetiki drift moe smanjiti i pojaati efekat selekcije. Slika 26-26 ilustruje ovakvu mogunost. Usled drifta populacija pod selekcijom se ne penje na adaptivni vrh ujednaeno i "glatko" nego ima promenljiv pravac na polju genskih uestalosti. Staza I (leva) pokazuje populacionu istoriju pri kojoj su sluajne oscilacije bile dovoljno velike da je populacija postala fixirana na neadaptivnom genotipu. Intenzitet selekcije je slab da prevazie sluajne fluktuacije uestalosti. Staza II (desna) pokazuje kako genetiki drift moe poveati adaptivnu vrednost. Populacija je u poetku bila u sferi uticaja nieg adaptivnog vrha. Sluajnim fluktuacijama alelskih uestalosti njen sastav prelazi preko adaptivnog sedla i populacija zahvata vii i strmiji adaptivni vrh. Koeficijent selekcije predstavlja stepen smanjenja adaptivne vrednosti odreenih genotipova u odnosu na standardni genotip, koji se ustanovljava za svaku populaciju u datom intervalu vremena. Koeficijent selekcije je mera povezana sa fitnesom i njime se meri relativni intenzitet selekcije protiv genotipa (s = 1 - W). Genotipovi koji imaju s = 1 (W =0) sadre letalne genske alele ili daju sterilne jedinke.

47. Sluajne promene uestalosti alela. Genetiki drift.

Jedna od pretpostavki H-V zakona je da su populacije beskonano velike. Veliina stvarnih populacija nije beskrajna, ali su one esto dovoljno velike da bi se oekivane proporcije ostvarile i sluajni dogaaji imaju mali uticaj na frekvencije alela. Ipak, neke populacije su male, i u takvim populacijama sluajni dogaaji mogu prouzrokovati znaajne promene u frekvenciji alela. Ovakve sluajne fluktuacije uestalosti alela koje nastaju kao posledica sluajnih dogaaja nazivaju se genetiki drift (pomeraj). Promene frekvencija alela, nastale zahvaljujui sluajnim dogaajima, mogu imatu znaajne evolutivne posledice. (Npr. mogu imati bitne posledice na ouvanje retkih ili ugroenih vrsta). Genetiki drift moe nastati na vie naina : 1. Greka uzorka. Sluajna odstupanja od oekivanih odnosa genotipova u sledeoj generaciji su vrlo esta (i verovatna) kada populacije ostaju male (kontinuirano male kroz vie generacija) i ta odstupanja izazivaju genetiki drift (a sam fenomen se naziva greka uzorka). Zamislimo da populacija proizvodi beskrajno veliki broj gameta, i da su aleli u proporcijama p i q. Ako doe do sluajnog ukrtanja i svi gameti se meusobno spare proporcije genotipova e biti p2, 2pq i q2, a frekvencije gameta ostaju p i q. Meutim, to se nikad ne deava. U realnim situacijama uvek neki broj gameta ostane nesparen, pa je samim tim i broj potomaka (genotipova nastalih iz tih gameta) ogranien. Ako populacija ima 1000 jedinki i uestalost alela a od 0,5 (q=0,5) u jednoj

41

generaciji, u sledeoj generaciji, frekvencije genotipova nee biti tano 0,25 (AA), 0,5 (Aa) i 0,25 (aa), pa ni q nee biti 0,5 nego npr. 0,493 ili 0,505. To e biti isto stvar sluajnosti usled sluajne produkcije neto vie ili neto manje potomaka od broja pretpostavljenog H-V ravnoteom. Ako ne deluju neki drugi faktori evolucije, ovakva sluajna fluktuacija uestalosti alela e se nastaviti iz generacije u generaciju (svaka generacija je sluajan dogaaj) i na kraju (posle mnogo generacija) e dovesti do vrednosti q=0 ili q=1. Nakon te take nije mogua dalja promena populacija je postala homozigotna - fixirana za jedan alel (jo detaljnije o tome kasnije). Razliite populacije izolovane iz poetne mogu postati homozigotne za razliite alele (vremenom one divergiraju gubei svoju heterozigotnost - poetno prisutna varijabilnost unutar populacije sada se javlja kao varijabilnost izmeu populacija). Primer : Buri je prouavao genetiki drift kod 107 populacija drozofila u kojima je uestalost dva alela koji odreuju boju oiju bila po 0,5 (sve populacije su u poetku bile iste). Dozvolio im je meusobno ukrtanje i iz svake generacije, svake populacije, Buri je nasumino izdvojio 8 enki i 8 mujaka, da budu roditelji sledeoj generaciji. (Na taj nain je efektivna veliina populacija7 ostajala konstantna iz generacije u generaciju). U prvim generacijama alelske frekvencije u svim populacijama bile su grupisane oko 0,5, meutim, kako je rastao broj generacija menjale su se i frekvencije alela i do 19 generacije frekvencije alela su bile 0 ili 1 kod veine populacija. U realnim populacijama ovo se deava kada se neka vrsta rasporedi po velikoj geografskoj povrini delei se na taj nain na vie malih populacija, koje prolaze kroz genetiki drift i divergiraju (genetiki) meusobno. Rast populacije je ogranien (veliina ostaje priblino konstantna generacijama) i kada postoji kompeticija za ograniene resurse. 2. Efekat osnivaa. Jedan oblik genetikog drifta deava se kada se mala grupa jedinki izdvoji iz vee populacije i osnuje zasebnu koloniju, to se naziva efekat osnivaa. U prvih nekoliko generacija nova populacija je mala, i mada se kasnije moe znaajno uveati, genofond populacije potie od gena originalnih osnivaa populacije. Sluajan je dogaaj ko e biti osniva populacije (koje jedinke e se odvojiti od poetne populacije), pa prema tome i koje e gene taj osniva doneti (a koje ne). (Npr. mogu je potpuni izostanak neke krvne grupe u novoosnovanoj populaciji). Primer : neki [kot i njegova porodica su naselili neko ostrvo (kasnije im se prikljuilo i nekoliko brodolomnika i jo nekoliko ena sa susednih ostrva). 40 godina nakon osnivanja populacije ona se sastojala od 100 osoba i 26% gena cele populacije je poticalo od [kota i njegove ene. 6 godina kasnije populacija je imala 300 jedinki ali i tada su geni [kota i njegove ene inili 14 posto svih gena. 3. Efekat uskog grla (bottleneck). Ovo je oblik genetikog drifta do koga dolazi kada se veliina populacije drastino smanji. (Nagla i drastina smanjenja populacije u prirodi mogu biti izazvana ekolokim faktorima kao to su poari, poplave, ...). Tokom takvog smanjenja populacije, neki aleli mogu sluajno biti izgubljeni (. njihova frekvencija smanjena na 0). Primer : Populaciju koja ivi na nekom ostrvu se sastoji od desetoro ljudi od kojih pet ima braon, a pet zelene oi. Primera radi, pretpostavimo da boju oiju determinie samo jedan lokus sa dva alela A i a (braon boja AA i Aa, zelena - aa) i da je frekvencija alela za zelene oi q = 0,6. Oluja pogodi ostrvo i ubije 50% populacije (petoro ljudi nestane u oluji). Petoro poginulih su bili ba oni sa braon oima (poto boja oiju ni na koji nain ne utie na sposobnost preivljavanja moemo rei da je sluaj tako hteo da preive ba zelenooki). Posle oluje, frekvencija alela a je porasla na q=1, a frekvencija alela A je p=0. Alel A je nestao iz populacije. Da se radilo o npr. populaciji od 1000 osoba od kojih je 50% imalo zelene a 50% imalo braon oi, verovatnoa da poginu ba svi sa braon oima bi bila znaajno manja (to bi bilo skoro neverovatno, ali bi se frekvencije alela u svakom sluaju promenile - to je vrlo verovatno). Genetiki drift stvara promene u ftrekvencijama alela, i te promene imaju nekoliko posledica po genetiku strukturu populacije : 1. Genetiki drift izaziva promene u alelskim frekvencijama populacije tokom vremena. ( slika 22.13 ) - razliite linije predstavljaju uestalosti alela u raznim populacijama, tokom vie generacija. Iako su sve populacije na poetku imale frekvenciju alela a, q=0,5, frekvencija svakog uzorka se menja tokom vremena kao posledica greke uzorka. Posle velikog broja generacija (razliuitog za razliite populacije) aleli dostiu frekvencije od 0 ili 1 i tada su fixirani i njihove frekvencije se nee menjati sem ako se alel ija je frekvencija u datoj populaciji 0 (znai nema ga) ne dovede u tu populaciju iz neke druge (migracijom) ili mutacijom. Ako su poetne S obzirom da je drift slu~ajna pojava, ne mo`emo predvideti kolika je frekvencija alela, po{to se drift desi. Ipak, po{to je gre{ka uzorka povezana sa veli~inom populacije, mo`emo predvideti veli~inu drifta izra~unavanjem efektivne veli~ine populacije (veli~ina populacije je broj svih jedinki te populacije, ali s obzirim da ne daju sve jedinke potomstvo, nas zanima efektivna veli~ina). Ako je broj mu`jaka i `enki jednak u populaciji i ako je verovatno}a ostavljanja potomaka jednaka za sve jedinke onda je efektivna veli~ina populacije jednaka broju rasplodnih jedinki u populaciji. Ako broj mu`jaka i `enki nije isti u populaciji Ne = (4x Nf x Nm)/ (Nf+Nm).
7

42

frekvencije jednake, p=q=0,5 , ista je sluajnost koji e alel postati fixiran. Ako su poetne frekvencije nejednake, alel ija je frekvencija manaj ima vee anse da bude izgubljen, a onaj drugi da bude fixiran. Slika 22.148 2. Genetiki drift smanjuje genetiku varijabilnost u okviru populacije. S obzirom da genetiki drift izaziva sluajne promene u frekvenciji alela, alelske uestalosti u razdvojenim, individualnim populacijama se ne moraju menjati u istom pravcu. . populacije se razlilaze po svojim alelskim frekvencijama zahvaljujui genetikom driftu. Genetiki drift stvara varijabilnost izmeu populacija.

KVANTITATIVNA GENETIKA 48. Kontinualno variranje osobina.

Kvantitaivna genetika svoja istraivanja fokusira na prouavanje fenotipske strukture populacije, a takoe i prouavanje odnosa izmeu genotipske i fenotipske strukture. Za neke osobine dovoljno je da pogledamo fenotip organizma i da znamo genotip te osobine. Takve osobine su determinisane jednim lokusom sa razliitim alelima (kombinacije alela na tom lokusu daje razliite fenotipe). Takva je na primer boja mahune graka (zelena ili uta), ili boja krzna mia ili ABO krvne grupe. Kod ovakvih osobina, fenotipovi su oigledni i mogu se jasno razlikovati jedan od drugog. Ovakve osobine sa samo nekoliko jasno razliitih i odreenih fenotipova nazivaju se diskontinuirane osobine (ponekad se zovu i kvalitativne). Kod ovakvih osobina postoji jednostavan odnos izmeu fenotipa i genotipa. Svaki genotip daje samo jedan fenotip, a est je sluaj i da svaki fenotip posledica jednog genotipa. U sluaju dominantnosti ili epistaze, isti fenotip moe biti rezultat vie razliitih genotipova, ali odnos izmeu gena i osobine je i dalje jednostavan. O genotipu se moe zakljuiti na osnovu fenotipova roditelja i potomaka (tako je Mendel radio). Meutim za mnoge osobine odnos genotipa i fenotipa nije tako jednostavan. ^esti su varirajua expresivnost i penetrabilnost, kao i pjejotropnost i epistaze. Takoe mogue je da isti genotip, zbog interakcije sa razliitim uslovima sredine tokom razvia, da niz razliitih fenotipova. To se zove norma reakcije (detaljnije u pitanju 50). Dakle, veina osobina, (teina, visina, broj jaja kod Drozofile, sadraj proteina u kukuruzu, oblik, metabolike aktivnosti, reproduktivna stopa, IQ) pokazuje irok opseg fenotipova odnosno kontinuiranu raspodelu (kontinualno variraju unutar nekog opsega) i takve osobine se nazivaju kontinuiranim. Njihovi fenotipovi se opisuju kvantitativno, pa se one nazivaju jo i kvantitativnim osobinama. Kao to smo ve rekli kod kontinuiranih osobina mogui broj fenotipova je ponekad veoma veliki. Zato histogram koji predstavlja distribuciju uestalosti fenotipskih klasa esto zamenjuje kriva normalne distribucije. Ona moe biti pomerena u jednu stranu ili bimodalna, zavisno od prisustva odreenih klasa, to ponovo govori o zastupljenosti pojedinih genotipova u populaciji. Osnovni parametri normalne distribucije su SREDNJA (PROSE^NA) VREDNOST i VARIJANSA9. Slike 27. 9. Kvantitativna osobina je ona za koju je srednja fenotipska razlika meu genotipovima mala u poreenju sa razlikama izmeu jedinki istog genotipa. Razliiti fenotipovi osobine nastaju na vie naina : 1. Obino mnotvo fenotipova nastaje kao rezultat velikog broja genotipova koji postoje meu jedinkama grupe. To se deava kada na osobinu utie veliki broj lokusa . kada je ona poligena. Kada jednu osobinu determinie jedan lokus (sa dva alela) mogua su 3 genotipa. Kada osobinu determiniu dva lokusa, broj genotipova je 32 = 9. Dakle, vai formula 3n gde je n broj lokusa koji determiniu osobinu. Kada svaki lokus ima vie od dva alela broj moguih genotipova je jo veo. Ako bi svaki genotip davao jedan fenotip, veliki broj genotipova znaio bi isti toliki broj fenotipova. To esto nije sluaj, jer vie genotipova odreuju isti fenotip, ali je to u svakom sluaju puno fenotipova. (U sluaju dominantno-recesivnog odnosa alela 3n genotipova daje 2n fenotipova, dakle to je vei n, vei je i broj fenotipova). Ovo je osnova neutralne teorije molekularne evolucije : Alel, nastao novom mutacijom koji nije nepovoljan, ve} neutralan u odnosu na prirodnu selekciju (selekcija na ne deluje na taj alel) }e u po~etku imati malu frekvenciju. I zbog toga }e najverovatnije biti izgubljen, i to }e biti posledica geneti~kog drifta. Ponekad se, tako|e slu~ajno, novi alel pomi~e slu~ajno ka fixaciji i taj lokus tada evoluira (fixacijom novi alel zauzima taj lokus). slika 26.24. [ansa za odr`avanje mutacije koja nema zna~ajnog efekta na adaptivnu vrednost, ili pak {amsa za njeno eliminisanje, obrnuto je proporcionalna veli~ini populacije (1/2N). 9 Srednja vrednost nam govori gde (izme|u kontinuiranog opsega mogu}nosti) se nalazi centar raspodele fenotipova u uzorku. Varijansa je mera prostiranja vrednost pojedina~nih fenotipova oko srednje vrednosti - koliko su pojedina~ni fenotipovi varijabilni.
8

43

2. Drugi razlog za veliki broj fenotipova iste osobine je uticaj sredine. kada uslovi sredine vre uticaj na fenotip, svaki genotip je u stanju da stvori mnotvo fenotipova (norma reakcije). Zakljuak je da: to kakav fenotip treba da oekujemo zavisi i od genotipa i od uslova sredine u kojoj se genotip nalazi. To vai za veinu osobina i za njih se kae da su multifaktorijalne.

49. Komponente frenotipske i genotipske varijabilnosti kvantitativnih osobina

Varijabilnost se izraava statistikim parametrom koji se naziva varijansa (2) = V, koja se definie kao proseno kvadratno odstupanje od prosene vrednosti ispitivane osibine. Fenotipska varijansa (VP) je mera varijabilnosti osobine. Razlike izmeu jedinki nastaju iz vie razloga. Na primer razlike izmeu jedinki nastaju usled razlika u procesu razvia. Proces razvia je za uzvrat voen fiziologijom koja je odreena genetikim informacijama i na koju utie ivotna sredina. Komponente fenotipske varijabilnosti su :

1. Genetika varijansa. Neke od razlika u fenotipu mogu nastati zbog genetikih razlika 2.
meu jedinkama (razliiti genotipovi u okviru grupe). Ovaj doprinos fenotipskoj varijabilnosti naziva se genetika varijansa (VG). Sredinska varijansa. Razliiti uslovi ivotne sredine koji deluju na jedinke takoe utiu na razlike u fenotipovima. Pod sredinskom varijansom (VE) se podrazumeva svi ne genetiki izvori varijacija. Temperatura, irana, nega roditelja su oigledni sredinski faktori koji bi mogli da izazovu razlike tokom razvoja jedinki. U dosadanjim razmatranjima podrazumevali smo da su varijabilnost uzrokovana sredinom i genotipska varijabilnost nezavisne jedna od druge, ali to nije uvek sluaj: Kovarijansa (COVGxE). Ponekad sabiranjem VG i VE ne dobijamo totalnu VP. To je zbog toga to genetiki prouzrokovana varijabilnost i sredinska varijabilnost mogu kovarirati. Opti mehanizam bi podrazumevao da bolji genotipovi uivaju bolje okruenje. Primer : na proizvodnju mleka kod krava utiu geni, ali i koliine hrane kojom ih farmer hrani. Farmer poznaje svoje krave i zato bolje hrani potomke krava koje daju puno mleka, a slabije hrani potomke krava koje slabo daju mleko. Na ovaj nain variranja u proizvodnji mleka su vea nego to bi se oekivalo samo na osnovu gena i sredine koji utiu nezavisno na ovu osobinu. Slian primer je i sa ljudskom inteligencijom. Genetiko - sredinska interakcija (VGxE). Ako elimo da znamo da li e roditelji i potomci liiti jedni na druge, nije dovoljno samo da znamo da postoji genetika komponenta. Genetiko - sredinska interakcija nastaje kada se relativan efekat genotipova (na fenotip) razlikuje od sredine do sredine. Primer : U uslovima hladnoe genotip AA neke biljke ima visinu 40 cm, a genotip Aa je visok 35 cm. Ako se biljke presele u toplije predele, genotip Aa dostie visinu 60 cm i vii je u odnosu na genotip Aa koji je visok samo 50 cm. Oba genotipa su porasla u toplijim sredinama i to je sredinski efekat na varijabilnost. Postoji i genetiki efekat, ali ne isti onaj koji izaziva slinosti meu roacima. Ovaj genetiki efekat zavisi od sredine. Slika 23.11

3.

4.

Genetika varijabilnost, pak, moe takoe biti izdeljena na vie komponenti koje nastaju zahvaljujui razliitim tipovima interakcija izmeu gena. 1. Neke genetike varijanse nastaju kao rezultat prosenog efekta razliitih alela na fenotip. Primer : Alel a doprinosi visini biljke sa 2 cm, alel A doprinosi 4 cm, pa e tako aa homozigot biti visok 4cm, Aa heterozigot 6 cm, a AA homozigot 8 cm. Dakle, da bi smo odredili genetiki doprinos visini, sabiramo efekte alela i sa drugih lokusa koji bi mogli da utiu na visinu. Za ovakve gene kaemo da imaju aditivan efekat, i ovaj tip genetike varijabilnosti zovemo aditivna (kumulativna) genetika varijabilnost (VA). Ona je opisana pomou aditivne varijanse i zavisi od broja poligena koje determiniu ispitivanu osobinu. Ako bi u gornjem primeru doprinos alela B (nekog drugog lokusa) bio jednak doprinosu alel aA, a doprinos alela b jednak doprinosu alela a, onda bi biljke genotipova AaBb, AAbb i aaBB imale isti fenotip. 2. Neki geni mogu ispoljavati dominantnost, i ova pojava ukljuuje jo jedan izvor genetike varijabilnosti - varijabilnost iz dominanse (VD)(ovu varijabilnost opisujemo dominantnom varijansom). Dominantnost se javlja kada jedan alel, maskira efekat drugog alela

44

istog lokusa. Ako je prisutna dominantnost, pojedinani efekti alela nisu striktno aditivni. (U prethodnom primeru, visina biljaka Aa genotipaova, bie ista kao i visina biljaka AA genotipova (8cm)). . populacija koja se sastoji od oba genotipa (AA i Aa) e biti genetiki varijabilna, ali nee biti odgovarajuih razlika izmeu fenotipova. Sa opadanjem stepena dominanse, genotipse razlike sve jasnije postaju i fenotipske razlike, pa se varijansa iz dominanse pretvara u aditivnu varijansu. 3. Epistatike interakcije se mogu javiti izmeu alela razliitih lokusa (izmeu nealelnih gena). Dakle, aleli sa razliitih lokusa e interagovati i na taj nain odreivati fenotip. Na taj nain je mogue da jedan lokus daje tri fenotipa, ali da na njihovu penetrabilnost utie varijabilnost na nekom drugom genskom lokusu. Prisustvo epistaze, predstavlja jo jedan izvor varijabilnosti i ta varijabilnost se zove epistatika ili interakciona varijansa (VI).

50. Norma reakcije genotipa

Kvantitativna osobina je ona za koju je srednja fenotipska razlika meu genotipovima mala u poreenju sa razlikama izmeu jedinki istog genotipa. Kontinualno variranja neke osobine nije obavezno uzrokovano velikim brojem genskih lokusa, niti genetika determinacija velikim brojem lokusa znai da se radi o kvatitativnoj osobini (krvne grupe na primer). Ono to bitno odvaja mendelovske od kvantitativnih osobina nije broj lokusa koji segregiraju, ve veliina fenotipskih razlika izmeu genotipova u poreenju sa individualnom varijabilnou unutar genotipskih klasa. Fenotipska distribucija osobine je funkcija prosenih razlika izmeu genotipova i varijabilnosti izmeu genotipski identinih jedinki, a ovo sve stoji u funkciji sredinskih uslova gradijenta sredine u kojoj se organizmi razvijaju. Dakle, za dati genotip, svaka sredina e rezultovati u datom fenotipu, te e se distribucija sredina reflektovati, bioloki u distribuciju fenotipova. Ova transformacija se naziva normom reakcije genotipa. Slika 27 - 11 Na horizontalnoj osi je sredina (npr. temperatura), a na vertikalnoj fenotip (npr. visina biljke). Kriva norme reakcije genotipa pokazuje kako svaka temperatura rezultira odreenu visinu biljke (fenotip). Distribucija uestalosti sredina u kojima se razvijaju jedinke reflektovae se u distribuciji uestalosti fenotipova i oblik krive norme reakcije e se razlikovati. Tako, norma reakcije na ovoj slici opada naglo na niim temperaturama (fenotip se naglo menja sa malim promenama temperature), a sporije se menja na viim temperaturama (visina biljke je manje osetljiva na promene na viim temperaturama). Dakle, jedna simetrina distribucija sredine se pretvara u asimetrinu fenotipsku distribuciju. Slika 27 - 12 Pokazano je kako populacija koja se sastoji iz dva genotipa sa razliitim normama reakcije ima fenotipsku distribuciju koja zavisi od distribucije sredine. Fenotipske distribucije su unimodalne ili bimodalne u zavisnosti od toga da li je distribucija sredine ravnomerna ili pomerena na desno, odnosno da li je razlika izmeu genotipova mala u ovom opsegu sredina u poreenju sa osetljivou normi reakcije na male promene temperature, ili ne (kada su norme reakcije skoro ravne, ali veoma razliite). Vrednost H2 (vidi sledee pitanje) daje ogranieno predvianje o efektu sredine na modifikovanje osobine pod odreenim uslovima. Ako se ovo variranje sredine eliminie i nova, konstantna sredina bude ista kao srednja vrednost sredine u poetnoj populaciji, onda H2 procenjuje koliko je jo fenotipske varijabilnosti prisutno. Ako je heritabilnost na IQ testu recimo 0,4 i ako su sva deca imala istu sredinu kao proseno dete, oko 60% variranja nestaje i ostaje 40% fenotipske varijabilnosti. Ako bi se sredina pomerila, u sluaju IQ - obogatila, to je nova sredina i ne moe se predvideti heritabilbost. Da bi smo to razumeli pomae nam norma reakcije : Slika 27-14 Razdvajanje varijanse na VG i VE komponente u stvari nam ne razluuje genetike i sredinske UZROKE variranja. Na slici su data dva genotipa u populaciji i njihove dve norme reakcije. Na slici pod a. smatra se da se populacija sastoji iz dva genotipa u jednakoj uestalosti i distribucija sredine je pomerena u desno. Fenotipske distribucije, date na vertikalnoj osi, sastoje se od dve poddistribucije koje se jako razlikuju po svojim srednjim vrednostima i pokazuju malu sredinsku varijabilnost, H2 ima visoku vrednost.

45

N aslici pod b. sredinska distribucija je pomerena u levo, to rezultuje u tome da je prosena razlika meu genotipovima mnogo manja. Ovde je bitno da je VG promenjena pomakom VE . Na slici pod c. sredina stoji kao na prethodnoj slici, ali sada genotip II postaje izuzetno est u populaciji, a genotip I redak. Tako fenotipska distribucija skoro u potpunosti postaje odraz norme reakcije genotipa II. Populacija ima manju VE nego u prethodnom sluaju, jer je obogaena razvojno stabilnijim genotipom. U ovom sluaju, VE je promenjena promenom u genotipovima. Uopteno govorei genetika varijansa zavisi od sredina kojima je izloena populacija, a sredinska od uestalosti genotipova. Poto genotip i sredina interaguju meusobno u stvaranju fenotipa, ne mogu se odvojiti uzroci variranja, te saznanje o heritabilnosti osobine ne omoguava da predvidimo kako e se distribucija osobine promeniti ako se bilo genotipske uestalosti ili sredinski faktori bitno promene.

51. Heritabilnost kvantitativnih osobina u uem i irem smislu

Osnovno pitanje o kvantitativnim osobinama je da li je uoena fenotipska varijabilnost pod uticajrm gena i u kom stepenu ? Ne radi se o tome da li geni determiniu osobinu koju posmatramo, nego koliko su ukljueni u varijabilnost te osobine, a koliki udeo u tome ima sredina ? Npr. sposobnost da se govori bilo koji jezik zavisi od morfoloko - neuralnih organa ije je razvie pod kontrolom gena. I nema sredine koja bi naterala npr. kravu da progovori... Ali to to jezici variraju od naroda do naroda je potpuno negenetiki uslovljeno. Ili npr. kaemo da su lanovi porodice meusobno slini zbog zajednike genetike osnove. Ali takoe bi se moglo rei i da oni lie zato to ive u istim uslovima sredine. (Npr. - boja koe - OK tamnoputost kod belaca je nasledna, ali ako je neka porodica zemljoradnika pocrnela, to je takoe i uticaj uslova sredine (sunca) u kojima ive - kaem ja). Pitanje da li je neka osobina nasledljiva (heritabilna) je pitanje uloge koju razlike meu genima imaju u fenotipskim razlikama meu jedinkama ili grupama. . , koliko genetika varijabilnost (VG) doprinosi ukupnoj fenotipskoj varijabilnosti (VP) ? Heritabilnost (u irem smislu) je deo (proporcija) fenotipske varijabilnosti populacije koji se moe pripisati genetikim faktorima (genetikoj varijabilnosti (VG)). Heritabilnost u irem smislu = HB2 = VG/VP Ova heritabilnost osobine moe varirati u opsegu od 0 do 1. - Heritabinost od 0 ukazuje da varijabilnost meu jedinkama ne potie od genetikih razlika meu njima10. - Heritabilnost od 0,5 znai da 50% fenotipske varijabilnosti nastaje zbog genetikih razlikaizmeu jedinki - Heritabilnost od 1 bi znaila da se sva fenotipska varijabilnost zasniva na genetikim razlikama. Bolje emo razumeti razliku izmeu uea gena u razviu neke osobine i u njenoj varijabilnosti (uee gena u varijabilnosti = heritabilnost) ako znamo i ovo : - U sluaju da jedan lokus ima samo jedan alel, moemo rei da je genetika varijabilnost za tu osobinu = 0, a samim tim i heritabilnost, ali ne moemo rei da ta osobina nije genetiki determinisana. - Slino tome visoka heritabilnost ne iskljuuje vanost sredinskih faktora koji utiuna osobinu; visoka heritabilnost moe jednostavno znaiti, da su sredinski faktori koji utiu na osobinu ujednaeni meu prouavanim jedinkama. - Heritabilnost nam govori koja proporcija fenotipa jedinke je genetika. Heritabilnost je osobina populacije. Jedinke nemaju heritabilnost. - Heritabilnost za neku osobinu nije fixirana. nema univerzalne heritabilnosti za neku osobinu kao to je npr. ljudski stas. U stvari vrednost heritabilnosti za neku osobinu zavisi od genetikog sastava populacije i specifinih uslova sredine u kojoj ona ivi. Dakle, heritabilnost jedne populacije moe da se razlikuje od heritabilnosti neke druge. Primer : Heritabilnost za visinu ljudi koji ive na nekom ostrvcetu se razlikuje od heritabilnosti za visinu populacije San Franciska. Stanovnici San Franciska mogu biti vie etniki heterogeni nego stanovnici ostrva, pa e prema tome i genetika varijabilnost za visinu kod njih Ako je heritabilnost = 0 to ne zna~i da su geni irelevantni , nego samo da u tom odre|enom populacionom istra`ivanju, uzorku, i sli~no nema geneti~ke varijabilnosti na relevantnim lokusima, tj. da su sredine u kojima se populacija razvijala bile takve da su razli~iti genotipovi dali isti fenotip. U drugim populacijama i u drugim sredinama, osobin abi pokazala heritabilnost razli~itu od nule. Generalno heritabilnost neke osobine razli~ita je za svaku populaciju i svaki set gena i ne mo`e se ekstrapolarisati na druge - Marina filozofira. MORA SE RAZLIKOVATI : GENI koji su relevantni ZA OSOBINU od GENETI^KIH RAZLIKA relevantnih za RAZLIKE U OSOBINI.
10

46

biti vea. Ukoliko pretpostavimo da su uslovi sredine prilino jednaki, a znamo da je genetika varijabilnost kod stanovnka S.F. vea onda e i njihova herotabilnost biti vea. Ako sada uporedimo heritabilnost za visinu stanovnika ostrva i stanovnika neke zemlje u razvoju, videemo da se one takoe razlikuju. Ostrvljani se priblino poednako dobro hrane dok meu stanovnicima zemlje u razvoju postoji velika razlika u irani (neki se dobro hrane, a neki loe). Dolazimo da zakljuaka da e heritabilnost stanovnika zemlje u razvoju biti manja jer je kod njih postoje vee razlike u sredinskim faktorima koji deluju na visinu (irana). Ovo sve ukazuje da se heritabilnost moe odnositi samo na odreenu grupu jedinki koje ive u odreenoj sredini. Ako se genetika struktura populacija ili uslovi u kojima te populacije ive razlikuju, razlikovae se i njihove heritabilnosti. - Ako dve populacije imaju istu, veliku vrednost za heritabilnost neke osobine, ali se veliina te osobine (fenotip) bitno razlikuje kod jedinki jedne populacije u odnosu na drugu, ne moemo na osnovu toga pretpostaviti da su populacije genetiki razliite. Primer : Istu populaciju mieva razdvojimo na dve. Jednu hranimo dobro (sve jedinke poednako dobro), drugu hranimoloe (sve jedinke poednako loe). Prva populacija e imati znaajno veu telesnu teinu od druge. Ipak, ne moemo rei da su dve populacije genetiki razliite (prisetimo se da su potekle od jedne, dakle genetiki su sline). Zakljuak iz heritabilnosti se ne mogu izvui zakljuci o prirodi razlika izmeu populacija. - Osobine zajednike za lanove porodice ne moraju imati visoku heritabilnost. Kada lanovi iste porodice dele neku osobinu za nju se kae da je familijarna. Familijarne osobine (kao to smo ve pomenuli) mogu nastati zbog zajednikih gena, ali i usled istih uslova sredine kojima su izloeni. Dakle osobine su familijarne ako ih dele lanovi iste porodice iz bilo kog razloga. S druge strane osobine su heritabilne - njihova varijabilnost je nasledna, samo ako slinost proizilazi iz zajednikih genotipova. Familijarnost nije isto to i heritabilnost. Heritabilnost u irem smislu ukljuuje genetiku varijabilnost svih vrsta gena. Ona zanemaruje injenicu da genetika varijabilnost moe biti aditivne, dominantne ili interaktivne vrste. Ona takoe zanemaruje i VGxE. U gornjem primeru o jezicima moe se rei da je heritabilnost u irem smislu za variranje jezika od naroda do naroda = 011 Mnogo ee nas zanima deo (razmera) fenotipske varijabilnosti koji nastaje samo iz aditivne genetike varijabilnosti. To je zato to nam aditivna varijansa omoguava da predvidimo fenotip potomaka na osnovu fenotipa roditelja. I ba zbog toga to nam aditivna varijansa omoguava da precizno predvidimo slinost izmeu potomka i roditelja, uvodimo pojam heritabilnost u uem smislu a to je proporcija fenotipske varjabilnosti koja je posledica aditivne genetike varijabilnosti. Aditivna genetika varijabilnost je takoe variranje na koje prirodna selekcija utie na predvidiv nain, i zato nam heritabilnost u uem smislu govori o tome kako e osobina evoluirati. Heritabilnost u uem smislu = hN2 = VA/VP

52. Naini odreivanja koeficijenta heritabilnosti i njegovo kvantifikovanje

U principu lako je odrediti da li genetika varijabilnost utie na fenotipsko variranje neke osobine meu organizmima. Mnogi metodi podrazumevaju poreenja srodnika i osoba koje nisu u srodstvu ili poreenjem osoba koje su u razliitim stupnjevima srodstva12. Ako su geni bitni u odreivanju fenotipske varijabilnosti, jedinke u bliskom srodstvu bi trebalo da budu slinijeg fenotipa, s obzirom da imaju vie zajednikih gena. Nasuprot tome, ako su uslovi sredine odgovorni za razlike u osobini, srodne jedinke ne bi trebalo da budu slinije u fenotipu te osobine nego one koje nisu u strodstvu. Slinost prouzrokovana zajednikim genima e se ogledati u pozitivnoj korelaciji izmeu roditelja i njihovih potomaka, ili izmeu potomaka zajednikih roditelja. Ovakve korelacije izmeu srodnika su pokazatelji genetike varijabilnosti samo ako srodnici ne dele zajedniku sredinu vie nego to je nesrodne jedinke dele (odnosno ako su sredine srodnika i nesrodnika iste, onda je korelacija meu srodnicima mera genetike varijabilnosti). Zakljuak je : Jedinke u srodstvu koje se prouavaju ne smeju biti u istim uslovima sredine. Odsustvo zajednikih uslova sredine meu jedinkama u srodstvu se moe postii kod Jo{ jedan simpa primer bio bi : Sposobnost ljudi da razumeju pravila igre fudbala je geneti~ki uslovljena (to zavisi od pravilnog razvi}a na{eg nervnog sistema, koje naravno uslovljeno genima, (kao {to Marina re~e krave ne razumeju fudbal)). Ipak, neki ljudi su dobri poznavaoci fudbala (pravila, timove, igra~e), a geni na to ne uti~u nego razli~ite sredine i interesovanja ljudi i mo`emo re}i da je heritabilnost u {irem smislu jednaka 0 za poznavanje fudbala. 12 Koriste se i metode koje uklju~uju pore|enja roditelja i potomaka, pore|enja bra}e i sestara sa polu-bra}om/sestrama, pore|enja identi~nih sa neidenti~nim blizancima.
11

47

domaih biljaka i ivotinja13 (a ponekad isti uslovi sredine ne vladaju ni meu srodnim jedinkama u divljini). Ipak u prirodnim populacijama, a posebno kod ljudi, ovo je teko. S obzirom na prirodu ljudskih drutava lanovi jedne porodice ne samo da dele gene ve imaju i slinu sredinu. (Ljudi koji govore maarski imaju roditelje koji govore maarski - kamo sree kaem ja). Najvia korelacija izmeu roditelja i potomaka za socijalne osobine u SAD su izmerene za pripadanje politikim partijama i religioznim sektama, a ovo nije heritabilno. Da bi se utvrdilo da li je varijabilnost u nekoj osobini nasleiva u humanim populacijama se koriste adoptivna istraivanja, da bi se izbegla slinost u sredinama meu srodnicima. Idealno bi bilo odvojeno odgajanje identinih blizanaca u razliitim sredinama. To je teko i zato su podaci u praksi o nasledljivosti kvantitativnih osobina kod ljudi oskudni. Osobine linosti, temperament, IQ, alkoholizam, izofrenija, mentalni poremeaji est su predmet izuavanja na humanim populacijama, sa razliitih aspekta. Mnoge pokazuju familijarnost. Postoji recimo, pozitivna korelacija u IQ izmeu roditelja i njihove dece, ali je problem odrediti genetiki udeo, jer morala bi se "razbiti" sredinska korelacija (da deca i roditelji ne ive zajedno). Na slici 27.13 sumiran je uobiajeni metod testiranja heritabilnosti kod eksperimentalnih organizama. Jedinke iz ekstremnih delova distribucije pare se sa sopstvenim tipom, a potomstvo gaji u zajednikim kontrolisanim uslovima. Ako postoji prosena razlika izmeu dve grupe u potomstvu - variranje osobine je nasledno.
Odnos izmeu fenotipova roditelja i potomaka moemo predstaviti ucrtavajui na dijagram proseni fenotip roditelja (na apscisi) i proseni fenotip potomaka (na ordinati). Slika 23.12. Svaka taaka na grafiku predstavlja jednu porodicu. Ako su take nasumino razbacane po grafiku kao na slici pod c. onda ne postoji odnos izmeu osobina roditelja i potomaka. Tada moemo da zakljuimo da aditivne genetike razlike nemaju vanu ulogu u odreivanju fenotipske varijabilnosti i da je vrednost heritabilnosti niska. S druge strane, ako odreeni odnos postoji izmeu fenotipova roditelja i potomaka, kao na slikama pod a i b onda je aditivna genetika varijansa vanija i heritabilnost je visoka.

Na dijagramu fenotipova roditelja i potomaka nagib prave nas moe informisati o veliini heritabilnosti. Ako je nagib 0 kao na slici pod c, onda je heritabilnost u uem smislu = 0. Kad je nagib = 1, kao na slici pod a. proseni fenotip potomaka je tano na sredini izmeu dva roditeljska fenotipa, i geni sa aditivnim efektima determiniu sve fenotipske razlike. Ako je nagib izmeu 0 i 1 kao na slici pod b. i aditivni i neaditivni faktori (geni sa dominansom, sa epistazom i sredinski faktori) utiu na fenotipsku varijabilnost. Mogue je matematiki pokazati, da kada se proseni fenotip potomaka ucrta naspram prosenog fenotipa oba roditelja (na grafik), heritabilnost u uem smislu je jednaka nagibu prave. Nagib linije je pozitivan ukoliko je odnos odabranih roditelja i potomaka u pozitivnoj korelaciji. Kad se proseni fenotip potomaka ucrta naspram fenotipa samo jednog roditelja heritabilnost u uem smislu je dvostruko vea od nagiba prave. Ovo je zbog toga to potomak deli samo polovinu gena sa jednim od roditelja. Analogno tome, faktor kojim nagib prave mora biti pomnoen da bi predstavljao heritabilnost, raste sa uveanom udaljenou izmeu roaka.

53. Vetaka selekcija. Promena srednje vrednosti i varijanse

Osnovni element prirodne selekcije je da jedinke odreenog genotipa ostavljaju vie potomaka od ostalih jedinki. Na ovaj nain, grupe jedinki evoluiraju tokom vremena i postaju bolje prilagoene odreenim uslovima sredine. Ljudi slinim procesom - vetake selekcije dovode do evolucije kod domaih biljaka i ivotinja. U vetakoj selekciji, ovek, a ne priroda, bira jedinke koje e preiveti i reprodukovati se. Ako odabrane osobine imaju genetiku osnovu, onda e se genetika struktura odabrane populacije menjati tokom vremena i evoluirati, ba kao to osobina u prirodnim populacijama evoluira zbog prirodne selekcije. Vetaka selekcija moe biti mono orue u izazivanju brzih evolutivnih promena, kao to je i dokazano znaajnim razlikama meu domaim ivotinjama i biljkama (npr. sve vrste pasa su nastale od jedne vrste koja je pripitomljena pre 10 000 godina). Oba procesa, i prirodne i vetake selekcije zavise od genetike varijabilnosti. Samo ako je genetika varijabilnost prisutna u populaciji jedinki, ta populacija e se menjati i evoluirati. Takoe koliina i vrsta genetike variajbilnosti je vrlo bitna da bi smo odredili koliko brzo e se evolucija odvijati. Tipovi selekcije mogu biti razliiti, u zavisnosti od toga koje delove fenotipske distribucije iz poetne populacije i tokom selekcije, biramo za roditelje sledee generacije. Tako ako favorizujemo srednji fenotip, imamo stabilizujuu selekciju, ako se favorizuju oba ekstrema onda nam selekcija tee u oba pravca i naziva se bidirekciona - diruptivna, a ukoliko se favorizuje jedan ekstrem, selekcija je direkciona. Npr. mo`emo potomke krava koje daju puno mleka i potomke onih koje daju malo mleka da gajimo u istim uslovima sredine, pa da vidimo da li i dalje (i u kojoj meri) li~e na roditelje ?
13

48

Kad prirodna ili vetaka selekcija deluju na fenotip, on e se menjati iz generacije u generaciju (pod uslovom da postoji genetika varijabilnost za tu osobinu u populaciji). Koliina promene fenotipa u jednoj generaciji se naziva selekcioni odgovor. Primer : hoemo da dobijemo drozofile velike telesne teine. Iz jedne populacije izmerimo sve jedinke i odredimo srednju (prosenu) telesnu teinu. Zatim izdvojimo iz te populacije muie sa nadprosenom (velikom) telesnom teinom i pustimo ih da se meusobno ukrtaju. Zatim merimo muice potomke (prvu generaciju) i utvrujemo njihovu prosenu teinu i poredimo je sa telesnom teinom prvobitne populacije. To je proces vetake selekcije. Koliina promene do koje e doi u jednoj generaciji (ili selekcioni odgovor) zavisi od dve stvari : - heritabilnosti u uem smislu i - selekcionog diferencijala Selekcioni diferencijal se definie kao razlika izmeu prosenog fenotipa odabranih roditelja i prosenog fenotipa cele populacije iz koje su odabrani.

54. Procena toka vetake selekcije putem heritabilnosti.

Heritabilnost u uem smislu ima praktini znaaj za selekcioniste - oplemenjivae biljaka i ivotinja. [to je vea heritabilnost u uem smislu vea je i razlika odabranih roditelja u odnosu na optu populaciju, i te odabrane osobine e se preneti sa selekcionisanih roditelja na potomke. Efekat selekcije zavisi od stepena aditivne genetike varijanse, a ne od genetike varijanse uopte. Selekcioni odgovor (R) je povezan sa selekcionim diferencijalom (S) i heritabilnou sledeom formulom : R = hN2 x S Ako znamo da je prosena telesna teina drozofila u populaciji bila 1,3 mg, a prosena teina muica odabranih za ukrtanje 3,0 mg, a muice u F1 imaju prosenu teinu 2,0 mg, to znai da je dolo do odgovora na selekciju i da je taj odgovor 2,0 - 1,3 = 0,7 mg. Znamo da je selekcioni diferencijal 1,7 mg i odatle moemo da izraunamo heritabilnost u uem smislu (hN2 = 0,41). Dakle merenje selekcionog odhgovora je jo jedan nain za utvrivanje heritabilnosti u uem smislu. Osobina e nastaviti da odgovara na selekciju iz generacije u generaciju, sve dok genetika varijabilnost za tu osobinu postoji u populaciji. Primer sa Drozofilama i fototaksijom (ponaanje kao odgovor na svetlost). Brojali su broj puta koliko se svaka pojedinaana drozofila u populaciji kretala ka svetlosti (od 15 moguih puta koliko je svetlost paljena). Uraena su dva razliita eksperimenta odgovora na selekciju. U jednom je odabirana pozitivna fototaksija (muice su bile privuene svetlom), a u drugom negativna (odbojnost muica prema svetlosti). Kao to se vidi sa slike 23.13, muice su odgovarale na svetlost pozitivnim i negativnim ponaanjem tokom veeg broja generacija. Selekcioni odgovor se sve vie smanjivao i na kraju vie nije bilo promena pravaca kretanja u odnosu na svetlost (nije vie bilo promena u fototaksikom ponaanju). Jedan od razloga za nedostatak odgovora u kasnijim generacijama je taj, da kod lanova populacija vie nije bilo genetike varijabilnosti za ovu osobinu. Dakle, sve muice su postale homozigotne za alele koji utiu na ovakvo ponaanje. Ako se to stvarno desilo, fototaksiko ponaanje ne bi moglo da dalje evoluira u toj populciji, osim ako se u populaciju ne uvedu neki drugi aleli za ovo ponaanje, putem migracija ili mutacija. Ipak, ee se deava da genetika varijabilnost za ovu osobinu i dalje postoji, ak i poto se selekcioni odgovor ujednai, ali populacija ne odgovara na selekciju zato to geni za odabranu osobinu imaju tetne efekte na druge osobine. Ovi tetni efekti nastaju zbog genetike korelacije. Treba imati u vidu da se ma koja procena h2, kao i kod H2 zasniva na pretpostavci da izmeu bliskih srodnika nije vea sredinska varijansa, i da h2 u jednim uslovima, i u jednom uzorku (populaciji) nee biti ista kao u svim drugim, u neko drugo vreme. Meutim i ako je tako, informacije o h2 mogu biti korisne za oplemenjivae. Njima je vano npr. moe li se selekciona ema napraviti tako da poraste stopa rasta pilia i ako moe koliko brzo ? [to je via aditivna genetika varijansa u leglu vea je i h2 usled vie korelacije roditelja i potomaka. Ako je h2 vrlo niska mora se, u oplemenjivanju, koristiti neki drugi metod pored selekcije. Ako se utvrdi da je h2 niska, a i H2 takoe niska, znai da je visoka sredinska varijansa u odnosu na genetiku, te se primenjuje promena sredine i VE se sniava. Meutim ako je h2 niska, a H2 visoka, onda nema puno sredinske varijanse, ve je aditivna mala, te se moraju primenjivati posebne eme ukrtanja u kojima se koristi neaditivna varijansa (VD i VI ). Najei metod je inbriding.

49

55. Promena srednje vrednosti i varijanse tokom inbridinga

Najvei broj inbridiingovanih linija se dobija samooplodnjom, i one se potom u svim moguim kombinacijama ukrtaju i daju hibride pa se najbolji od njih biraju. Iz njih ponovo mogu da se dobiju inbredovane linije, pa opet hibridi itd. Ovakva ema selektuje za efekat dominanse, jer uzima najbolje heterozigote. Inbriding kao i pozitivno asortativno parenje za fenotip, poveava homozigotnost, ali ima efekat na SVIM lokusima (kao to znamo to je pozitivno asortativno parenje genotipova). Promena srednje vrednosti tokom inbridinga direktno zavisi od koeficijenta inbridinga (F), i ova zavisnost je linearna ukoliko geni deluju aditvno. (Ukoliko ima epistaze onda odnos promena nije linearan). Prema aditivnom modelu, poinje se od autbridingovane populacije (slobodno ukrtanje) i vri se inbriding u svakoj generaciji. Posle nekog vremena postie se uniformnost, homozigotnost, ali jedinke ipak nisu identine jer i dalje postoji sredinska varijansa. Kako V G tei nuli (. kako se iscrpljuje genetika varijabilnost), opada fenotipska varijabilnost ali samo unutar jedne linije. Izmeu linija esto dolazi do poveanja VP. Zamislimo populaciju sa puno linija. U sluaju inbridinga ili drifta, alelske frekvencije tee 0 ili 1, i dolazi do diferencijacije. Poto srednje genotipske vrednosti kvantitativnih osobina zavise od alelskih uestalosti na lokusima koji determiniu te osobine, linije se diferenciraju po srednjim vrednostima. Poto za to vreme genetike komponente varijanse nestaju, genetika varijansa unutar linija opada, a izmeu linija raste. Dolazi dakle do redistribucije VG u populaciji. Za vreme inbridinga, efekat selekcije moe biti u odlaganju fixacije i redukciji inbriding depresije, (ako selekcija vodi fixaciji boljeg alela na vie lokusa, nego to bi se to desilo sluajno). Dakle selekcijom je mogue dobiti visoko inbredovane linije koje daju bolje osobine nego na poetku. Kako vrste sa samooplodnjom opstaju ? - imaju nizak nivo tetnih mutacija jer su u one u "Istoriji" prirodnom selekcijom uklonjene. - tetni geni su samo "skoranji " i oni se brzo uklanjaju - uvek doe makar do sluajne heterooplodnje.

56. Inbriding depresija i heterozis

Najvei broj sluajeva, pokazuje da parenje individua u srodstvu smanjuje srednje fenotipske vrednosti potomstva, naroito one koje su u vezi sa reproduktivnim sposobnostima. Inbriding dovodi do poveanja homozigotnosti i time otkriva delovanje recesivnih gena. Mnogi od recesivnih gena u homozigotnom lokusu, imaju tetan efekat izazivajui snienje srednjih fenotipskih vrednosti (zakrljalost u pojedinim organima, genske bolesti) i poveanje sterilnosti skoro kod svih organizama. Prouzrokujui sve ove promene, inbriding dovodi do smanjenja adaptivne vrednosti. Inbriding moe prema tome da dovede genske alele u odreeno, tetno stanje u kome se razvojni procesi slabije odvijaju, a odreena svojstva slabije i abnormalno formiraju. Sve te pojave zajedno nazivaju se inbriding depresija. U heterozigotnim stanjima, ti aleli ne dolaze do izraaja, a sa odgovarujuim alelima daju ak pozitivne efekte. Meutim, ukoliko se dve inbridingovane linije meusobno ukrste, hibrid u F1 generaciji pokazuje poboljanje u odnosu na oba roditelja, i ta se pojava naziva heterozis. Heterozis je superiornost heterozigotnih organizama u odnosu na homozigotne. Jedno od objanjenja bi bilo nastanak overdominanse. Naime, usled ukrtanja dve visoko homozigotizovane linije dolazi do "pokrivanja" normalnim, dominantnim alelom na lokusima koji su sada u heterozigotnom stanju. Ili, razliite linije postanu homozigotne za razliite tetne recesivne gene, pa se meusobnim ukrtanjem to otkloni. Heterozis se ne manifestuje uvek u svim svojstvima, jer proizilazi iz alelskih razlika na pojedinim lokusima, koje dovode do superiornoisti nekog svojstva. Superiornost se ispoljava samo u F1 generaciji, a u F2 i u daljim generacijama dolazi do opadanja bujnosti, i u kasnijim generacijama potomci se u optoj razvijenosti ne razlikuju od roditelja.

57. Vetaka selekcija i komponente adaptivne vrednosti