Professional Documents
Culture Documents
MICRO II
Curs 2011-2012
Els primers ssers vius van ser microorganismes procariotes. Taxonomia bacteriana. Caracteritzaci de les espcies. Filognia bacteriana. Dominis primaris: Bacteria, Archaea, Eucarya. El manual Bergeys.
Aquesta imatge representa larbre de la vida. Organitza i cont tots els ssers vius actuals. Reflecteix la relaci evolutiva i filogentica entre els diferents grups. s direccional, i t temporalitat. Existeix un ancestre com, LUCA, de tots els ssers vius. Hi ha un ordre daparici de les diferents branques, que formen una histria evolutiva. Larbre es divideix en 3 dominis: Bacteria (en blau), Archaea (en rosat) i Eucarya (en groc). Archaea i Eucarya tenen un origen ms proper entre ells que amb el domini Bacteria, per tenir un ancestre com. Tenim 2 dominis procariotes (Bacteria i Archaea) i un eucariota (Eucarya). La majoria dorganismes sn microorganismes, que representen la gran diversitat de la vida. Els noms que apareixen al diagrama, sn representants actuals dels diferents grups. Els grups que es troben a una distncia ms curta de lancestre com, han evolucionat menys rpidament que els que es troben ms lluny. La taxa evolutiva s diferent pels diferents grups. No es pot fer equivaldre temps evolutiu amb distncia evolutiva.
FILOGNIA
BACTERIANA
La
filognia
s
lestudi
de
la
histria
evolutiva
dels
organismes.
La
classificaci
filogentica
es
basa
en
les
relacions
filogentiques
entre
organismes
i
reflecteix
la
seva
histria
evolutiva.
Les
relacions
filogentiques
entre
organismes
sestudien
per
diversos
mtodes.
En
el
cas
dels
procariotes
la
comparaci
de
seqncies
dcids
nucleics
s
determinant
per
estudiar
la
seva
filognia.
Les
relacions
filogentiques
sexpressen
grficament
en
forma
darbre
filogentic.
1
1
Les
relacions
filogentiques
possibiliten
una
classificaci
natural;
sn
predictives,
no
noms
descriptives;
i
permeten
la
selecci
de
models
biolgics.
Per
establir
les
relacions
filogentiques,
hem
dutilitzar
i
comparar
gens
que
hagin
existit
des
de
lancestre
com:
gens
que
sutilitzen
en
el
metabolisme
bsic,
en
funcions
com
la
replicaci
dcids
nucleics,
per
exemple.
Aquests
gens
han
de
tenir
una
llargada
prou
curta
com
perqu
no
sigui
molt
costs
seqenciar-los
i
comparar-los.
Han
de
ser
gens
que
no
pateixin
transferncia
lateral
i
que
hagin
variat
molt
poc
al
llarg
del
temps.
Per
lestudi
de
la
filognia
per
comparaci
de
seqncies
no
serveix
qualsevol
gen.
Sutilitzen
gens
ortlegs
(homlegs
que
conserven
la
funci).
Els
ssrRNA
sn
la
millor
elecci
per
determinar
relacions
filogentiques
entre
tots
els
ssers
vius,
perqu:
- Est
present
en
tots
els
organismes
- T
la
mateixa
funci
en
tots
els
organismes:
la
constncia
en
la
funcionalitat
del
gen
que
sest
comparant
ens
indica
que
es
pot
considerar
que
el
gen
s
un
cronmetre
molecular
(la
divergncia
de
seqncia
del
gen
en
dos
organismes
s
proporcional
al
temps
que
fa
que
van
divergir
els
organismes).
- T
uns
1500-2000
residus:
suficientment
gran
per
tenir
resultats
estadsticament
fiables,
per
no
massa
gran
perqu
sigui
difcil
o
cara
la
seva
seqenciaci.
- Cont
unes
50
hlices
devoluci
independent,
el
qu
permet
comparar
per
corregir
possibles
canvis
de
seqncia
per
atzar.
- Est
suficientment
conservat
en
seqncia
i
estructura,
permetent
una
bona
alineaci
per
fer
les
comparacions.
- Cont
regions
devoluci
rpida
i
altres
devoluci
lenta:
les
regions
devoluci
rpida
serveixen
per
determinar
relacions
entre
grups
dorganismes
molt
emparentats,
les
regions
lentes
sutilitzen
per
determinar
relacions
distants.
- Els
gens
de
rRNA
no
es
transfereixen
de
manera
horitzontal,
aparentment.
Aix
s
general
per
gens
implicats
en
processos
importants
per
la
cllula.
- Hi
ha
una
extensa
base
de
dades
de
seqncies
gniques
de
rRNA;
per
exemple
Ribosomal
data
base
Project
II
en
cont
ms
de
440.000.
Conservation and variation in small subunit rRNA
Seqncies signatura seqncies
doligonucletids especfiques de grups organismes. Per exemple:
AAACUCAAA (posicin 910) en Bacteria
CACACACCG (posicin 1400) en Archaea
Molt tils per classificar i per dissenyar sondes especfiques dcids nuclecs
2
2
Els
gens
que
sutilitzen
sn
els
que
codifiquen
per
lrRNA
de
la
subunitat
petita
dels
ribosomes
(16S
en
procariotes,
18S
en
eucariotes).
Per
raons
tcniques,
s
ms
fcil
treballar
amb
rRNA
que
no
pas
amb
DNA.
Concretament,
a
aquest
RNA
se
lanomena
ssrRNA
(small
subunit
ribosomic
RNA).
La
comparaci
es
pot
fer
directament
entre
molcules
de
ssrRNA
o
entre
els
gens
que
codifiquen
per
aquestes
molcules.
Actualment,
la
comparaci
es
fa
entre
els
gens
del
ssrRNA
de
lorganisme
a
estudiar.
Els
primers
treballs
de
relacions
filogentiques
entre
organismes
es
van
dur
a
terme
el
1977.
La
proposta
dels
3
dominis
es
va
publicar
el
1990.
Tots
aquests
treballs
els
van
fer
Woese
i
el
seu
equip.
No
es
poden
utilitzar
caracterstiques
morfolgiques
per
a
diferenciar
grups
en
un
arbre
filogentic
com
en
el
que
estem
treballant.
S
que
es
poden
utilitzar
tcniques
no
moleculars
per
fer
un
arbre
de
mamfers
o
de
plantes,
per
exemple.
En
aquests
casos
sutilitza
lanatomia
comparada.
Per
establir
la
filognia
dels
bacteris
shan
trobat
diversos
problemes.
A
part
de
que
sn
organismes
molt
simples
i
no
presenten
masses
diferncies
morfolgiques,
els
bacteris
pateixen
un
fenomen
que
s
la
transferncia
lateral
de
gens.
Aquesta
pot
emmascarar
les
La transmissi horitzontal de gens pot emmascarar les relacions filogentiques relacions
filogentiques
entre
organismes,
ja
que
es
pot
donar
entre
diferents
espcies
de
diferents
grups
i
fins
i
tot
de
diferents
dominis
(Bacteria
i
Archaea).
La
transferncia
lateral
s
el
moviment
de
material
s el moviment de material gentic entre dos organismes. Un cop incorporat shereda de forma vertical. gentic
entre
dos
organismes.
Un
cop
incorporat,
shereta
de
forma
vertical.
Es
pot
donar
pe
conjugaci,
transformaci
o
transducci.
Es pot donar per transformaci, conjugaci Si
estem
treballant
seguint
una
lnia
evolutiva,
ens
podem
trobar
que
i transducci aquest
fet
ens
dificulti
molt
la
feina,
perqu
ens
porti
a
incoherncies
evidents,
per
que
no
podem
demostrar.
Fags infectant una bactria Aix
porta
a
formular
una
hiptesis
que
diu
que
linici
de
la
vida
no
es
tracta
noms
dun
sol
organisme
(LUCA)
sin
de
una
comunitat
molt
Percentatge del genoma adquirit per diferents espcies de Bacteria i Archaea (A): promiscua
dorganismes,
amb
gran
capacitat
dintercanvi
de
gens.
DNA adquirit per HGT En
bacteriologia,
hi
ha
problemes
per
definir
el
concepte
despcie...
No
es
pot
aplicar
la
definici
despcie
eucariota
(individuals
d'una
poblaci
natural
amb
la
capacitat
de
creuar-se
entre
ells
i
reproduir-se,
produint
nous
individus
frtils,
i
aspecte,
caracterstiques
i
genoma
similars,
ats
que
tenen
ancestres
comuns
relativament
recents)
perqu
no
tenen
reproducci
sexual.
Una
definici
que
va
estar
acceptada
durant
molt
temps
s:
es
consideren
de
la
mateixa
espcie
dos
organismes
que
tenen
caracterstiques
prou
similars.
El
problema
que
hi
ha
amb
aquesta
definici
s
que
per
comparar
dos
organismes,
shan
de
cultivar,
i
noms
un
01%
de
bacteris
poden
cultivar-se.
Si
dos
ssrRNA
(de
dos
organismes
a
estudiar)
sn
un
3%
diferents,
es
consideren
espcies
diferents.
Una
cita
curiosa:
No
sabem
si
la
intelligncia
s
un
carcter
amb
valor
adaptatiu.
Als
bacteris
els
hi
ha
anat
molt
b
sense
ella
3
3
28/02/12
Recordem
que
larbre
de
la
vida
t
direccionalitat.
Per
com
sabem
que
la
direcci
real
s
la
que
hem
considerat?
Qui va ser primer?
Arbre filogentic amb representants dels tres Dominis de la vida. Fet comparant les seqncies de la subunitat petita del rRNA
Pace, Science 276:734-740, 1977
Unrooted tree
Unrooted tree Rooted tree D B A C Depenent on estigui larrel el C s
molt
important
la
posici
de
larrel,
perqu
ens
permet
conixer
qui
A B D resultat de la filognia s molt diferent, i Depenent on estigui larrel dels ha
donat
lloc
a
qui.
Depenent
don
estigui
larrel
el
lala interpretaciel la
B A DC resultats resultat
de
D resultat de tamb. filognia s molt B A C diferent, i la interpretaci dels filognia
s
molt
diferent
i
la
interpretaci
dels
resultats
tamb.
resultats tamb. C D B A C AB D
B D Per
anar
arrelant
les
branques,
el
que
susa
Les branques es van arrelant utilitzant outgroups s
un
tax
que
estigui
fora
dels
organismes
Les branques es van arrelant utilitzant outgroups - the outgroup should be a taxon known to be less closely related to the rest of que
ests
intentant
organitzar:
un
outgroup.
the taxa (ingroups) - the outgroup should be a taxon known to s
molt
important
que
loutgroup
que
be-it should ideally be as closely related as less closely related to the rest of possible to the rest the taxa (ingroups) of the taxa while still satisfying the above condition escollim
estigui
ben
triat.
Sha
de
triar
un
-it should ideally be as closely related as - per qu passa quan ja no queda possible to the rest of the taxa while cap outgrup? Com above condition grup
que
estigui
suficientment
a
prop
de
la
still satisfying thesaconsegueix saber on s larrel principal de larbre? - per qu passa quan ja no queda cap outgroup filognia
que
ests
treballant,
per
alhora,
outgrup? Com saconsegueix saber on s larrel principal de larbre? amb
diferncies
prou
significatives.
outgroup
Rooting the tree La comparaci de levoluci independent de parells de gens duplicats en tot tipus dorganismes i Quan
tenim
tots
els
ssers
vius
comparats...
per tant sn molt antics va permetre arrelar larbre filogentic. Per exemple els gens que codifiquen les subunitats i de lATPase sn el producte duna duplicaci, Com que aquest quin
s
loutgroup?
parell de gens el tenen tots els organismes, la duplicaci original va tenir lloc en un organisme ancestre de tots ells. A
alg
se
li
va
ocrrer
utilitzar
els
gens.
Hi
ha
1 - Es fa la filognia del gen utilitzant representants dels tres dominis 2 - Es fa la filognia del gen utilitzant representants dels tres dominis un
parell
de
gens
comuns
per
a
tots
els
ssers
3 - Es comparen els dos arbres obtinguts, on coincideix lorigen dels dos gens s larrel vius:
els
de
les
subunitats
alfa
i
beta
ATPasa.
Aquests
gens
de
tots
els
ssers
vius
tenen
un
origen
nic,
la
duplicaci
(en
un
inici
noms
hi
havia
un
gen,
que
es
va
duplicar,
i
ara
nhi
Archaea ha
2).
Aquests
gens
tamb
han
anat
Eukarya Archaea Bacteria Bacteria evolucionant,
per
molt
lentament.
Es va confirmar
Arrel ancestre el que ja es com a tots ells sospitava Eukarya
A
Root
Rooted tree
A C
Root
Root
Root
Root
Root
Root
Root
4 4
La longitud de les branques representa distncia evolutiva, no s una escala de temps geolgic. La taxa devoluci no s constant ni en el temps ni entre organismes. Per a datar larbre es pot utilitzar representen distncia informaci del rLa longitud dessil i bdevoluci no s constantevolutiva, no una entre de egistre f les branquesiogeoqumic. ni en el temps ni escala tiempo geolgico. La taxa organismes. Per a datar larbre es pot utilitzar informaci del registre fssil i biogeoqumic
La presncia de bandes de ferro daten la gran oxidaci produda per lacumulaci dO2 generat per fotosntesi oxignica
Aquests valors sn orientatius. Aquest estudi s de 1999, treballs ms recents canvien algunes dates. Per exemple es proposa una antiguitat de 2.700 milions danys per la branca de les cianobacteries
Arbre filogentic con dates indicant ledat mnima dalgunes branques basant-se en evidncies fssils i biomarcadors
Lestudi de les relacions filogentiques ens dna informaci s bastant difcil datar laparici dels procariotes, degut a sobre les caracterstiques dels labsncia de registre fssil. primers organismes Lestudi de les relacions filogentiques ens dna informaci sobre les caracterstiques dels primers organismes. La termoflia s present a prop de larrel de larbre; igual Termoflia, present a prop que el metabolisme quimiolittrof i relacionat amb el sofre. de larrel de larbre Metabolisme quimiolototrof i relacionat Els grups de bacteris que es troben ms propers a larrel, amb el sofre sn capaos de resistir temperatures ms elevades. La temperatura de la Terra en lorigen de la vida, era molt ms elevada que en la actualitat.
Knoll, Andrew H. A new molecular window on early life. Science 285(5430): 10251026, August 13, 1999
Anlisi de larbre
ANLISI
DE
LARBRE
Biochem. Soc. Trans. (2004) 32, 168-171 Biochem. 168-
Propietats
genticament
determinades
que
han
canviat
relativament
poc
(alguns
exemples):
- Estructura
de
la
paret
cellular:
o Presncia
dcid
murmic:
Bacteria
o Grampositius:
ancestre
com
a
tots
ells
o Lpids
de
membrana:
tots
els
Bacteria
els
tenen
duna
manera
i
els
Archaea
duna
altra
o Fotosntesi
oxignica:
cianobacteris
(o
cloroplast)
Propietats
genticament
determinades
que
canvien
relativament
sovint
(que
aparentment
apareixen
i
desapareixen
o
que
shagin
inventat
varies
vegades)
(alguns
exemples):
- La
forma:
noms
les
espiroquetes
sn
un
grup
nic,
monofiltic.
La
morfologia
no
s
un
carcter
que
ha
evolucionat
linealment.
5
5
- -
Laerobiosi
es
distribueix
de
forma
discontinua
entre
els
grups
(recordeu
la
hiptesi
sobre
lorigen
de
la
quimismosi
de
Martin
i
Rusell:
lorigen
de
la
vida
a
les
xemeneies
alcalines)
Habilitat
dutilitzar
diferents
donadors
i
acceptors
delectrons
repartida
entre
els
grups
(tamb
relacionat
amb
la
hiptesi
anterior).
Per
exemple,
no
tots
els
respiradors
de
sulfats
formen
un
nic
grup.
Fotosntesis
basada
en
clorofilla.
s
molt
interessant
el
rastreig
filogentic
daquesta
propietat,
que
est
molt
repartida.
Com
alguna
cosa
tan
complicada
va
poder
ser
inventada,
aparentment,
vries
vegades
i
de
manera
semblant?
Purple bacteria
(Rhodospirillum)
Green sulfur bacteria
(Chlorobium)
ATP
ATP
Visi esquemtica de la fotosntesi anoxignica en bacteris, basada en la bacterioclorofilla i en el treball dun nic fotosistema
NAD(P)H
PS II
Light
PS I
Light
Cianobacteris
ATP NAD(P)H
Light
Lorigen
de
la
fotosntesi
Noms
va
sorgir
una
vegada.
Totes
les
fotosntesis
que
es
coneixen
consten
dels
mateixos
elements,
i
funcionen
homlogament.
Primer
va
aparixer
la
fotosntesis
anoxignica,
desprs
la
oxignica.
Trobem
2
tipus
de
bacteris
que
encara
ara
fan
la
fotosntesi
anoxignica:
- Els
bacteris
vermells
del
sofre,
fotosntesi
cclica,
amb
objectiu
dobtenir
ATP.
- Els
bacteris
verds
del
sofre.
Els
2
fotosistemes,
es
creu
que
tamb
tenen
origen
en
una
duplicaci
gnica
(un
mateix
gen
que
en
el
seu
moment
es
va
Grups amb fotosntesi duplicar),
que
va
evolucionar
de
manera
independent.
Arriba
un
basada en clorofilles punt,
per
transferncia
lateral
de
gens,
en
qu
els
2
fotosistemes
es
troben
en
un
mateix
organisme
(ancestre
dels
actuals
Possiblement els dos fotosistemes cianobacteris).
tenen el seu origen en una duplicaci gnica que va evolucionar de forma independent. Desprs, la
transferncia horitzontal de gens va reunir els dos fotosistemes en A
linici,
la
fotosntesi
en
cianobacteris
era
anoxignica
(H2S
com
lancestre dels actuals cianobacteris. Ms tard van adquirir la capacitat a
donador
de-).
Ms
tard,
van
adquirir
la
capacitat
dextreure
els
dextreure els electrons de laigua fotosntesi oxignica electrons
de
laigua
(fotosntesi
oxignica).
Encara
ara,
a
vegades,
quan
no
disposen
dH2O,
poden
utilitzar
H2S.
2012 Pearson Education, Inc.
Visi esquemtica de la fotosntesi oxignica en cianobacteris, funciona amb els dos fotosistemes, i incorpora la fotlisi de lH2O
PS I PS II
Light
Blankenship R. E. Plant Physiol. 2010:154:434-438
Copyright 2010. 2010 American Society of Plant Biologists. All rights reserved.
6 6
Ms tard, un cianobacteri s introdut per endosimbiosi a un eucariota, donant lloc a plantes i altres organismes que fan la fotosntesi. Com van sorgir els organismes eucariotes? Est clar que els primers organismes van ser procariotes. Els estudis filogentics confirmen lorigen bacteri de mitocondris i cloroplasts. En eucariotes, trobem gens (homlegs) de processament del DNA tant de procedncia de bacteris com darquees. Els de bacteris sn els que estan ms relacionats amb metabolisme basal. Per comparaci de seqencies sobserva que els gens Els eucariotes sn una quimera entre una Bacteria i una Archaea eucariotes que codifiquen el processament de la informaci estan relacionats amb els gens d Archaea, i els que codifiquen processos energtics i de metabolisme en general, estan relacionats amb gens de Bacteria. Molts altres gens sn exclusius d Eucarya. Per comparaci de seqncies s'observa que el gens eucariotes que codifiquen el processament de la gens d'Archaea els La teoria endosimbiont en lorigen dels mitocondris i cloroplasts informaci estan relacionats elsestan relacionats iambque codifi processos energtics i del metabolisme en general gens de (Molts altres gens sn exclusius dEukarya) Tots els eucariotes tenen o han tingut mitocondris. Lendosimbiosi en lorigen dels mitocondris i cloroplasts
The origin of Eukaryotes: Archaea, Bacteria, Viruses and Horizontal Gene Transfer. R.Joseph. Journal of Cosm
Transferncia de gens
7 7
Aspectes
que
comparteixen
Archaea
Eucarya,
Bacteria
Eucarya.
Hi
ha
teories
que
sostenen
que
es
van
FUSIONAR
(no
fagocitar)
un
bacteri
i
un
arqueu,
ja
que
lenergia
necessria
per
a
la
fagocitosi
ha
de
ser
posterior
a
la
adquisici
de
mitocondris.
Per, qui va acceptar la Bacteria, una Archaea o un eucariota primitiu (amb nucli, citoesquelet i fagocitosis)?
last eukaryotic common ancestor
Eucariota primitiu
Per alguns autors sostenen que la complexitat cellular necessria per desenvolupar la capacitat per fagocitar ha de ser posterior a ladquisici de mitocndries Ladquisici de la mitocndria va permetre el desenvolupament dels eucariotes
Koonin, E. V. (2010) The Two Empires and Three Domains of Life in the Postgenomic Age. Nature Education 3(9):27
A B B
Avui dia hi ha molts exemples de consorcis metablics entre procariotes que impliquen un contacte fsic ntim entre els dos organismes
Un altre esquema explicatiu sobre les dues lnies dhiptesis sobre lorigen dels eucariotes
Bacteria
Eukarya Archaea
Animals Plants
Bacteria
Eukarya
Animals
Archaea
Plants
Nucleus formed
Ancestor of mitochondrion
Engulfment of a H2-producing cell of Bacteria by a H2-consuming cell of Archaea Dos procariotes (una bactria i una arqueus) estableixen una relaci de dependncia metablica. Evolucionen junts fins que el ms petit queda incorporat dintre del ms gran. Laportaci de gens i energia que aix suposa facilita ms possibilitats evolutives i laparici del nucli.
A partir dun procariota evoluciona el llinatge eucariota. Un eucariota primitiu, ja amb nucli, fagocita una bactria (ancestre de la mitocndria actual). Ms tard es fagocita la cianobactria ancestre del cloroplast
8
8
La taxonomia t tres categories: - NOMENCLATURA: dna nom a les espcies. s la categoria ms bsica de la taxonomia. - IDENTIFICACI: un cop identificat, es pot classificar. La identificaci pot tenir un fi en si mateixa (per exemple en bacteriologia clnica). - CASSIFICACI (filognia): la filognia s una cincia per ella mateixa. Estableix la relaci evolutiva i de parentiu entre les espcies. s objectiva, perqu compara les seqncies gentiques. La classificaci procariota tamb utilitza criteris fenotpics, a ms de la filognia, com per exemple el metabolisme, la morfologia, la relaci amb lO2, les caracterstiques bioqumiques...
CARACTERSTIQUES
UTILITZADES
PER
IDENTIFICAR
I
CLASSIFICAR
A les prctiques hem utilitzat caracterstiques
Criteris
clssics
Sutilitzen
bateries
de
proves
bioqumiques,
ja
que
s
un
sistema
fcil,
rpid,
no
crea
gaires
residus,
econmic...
Hi
ha
diferents
bateries,
en
funci
del
microorganisme
que
volem
identificar.
Quan
es
t
un
gran
nombre
de
resultats
de
proves,
es
pot
fer
la
taxonomia
numrica.
Aquest
s
un
sistema
de
codis
que
permet
morfolgiques, bioqumiques i fisiolgiques per identificar els bacteris allats
Identificaci de bacteris
Caracterstica Gram
Serovar identificaci basada en determinar els antgens de superfcie de lallament. til en clnica
9 9
optimitzar
el
temps.
Funciona
amb
matrius.
Sintrodueixen
els
codis
en
un
programa,
i
et
diu,
amb
un
percentatge
prou
elevat,
lespcie
que
ests
identificant.
Tamb
tindica
les
proves
que
has
de
fer
a
ms
a
ms
per
augmentar
el
percentatge
de
probabilitats
dencert.
Un
inconvenient
daquest
mtode
s
que
totes
les
proves
del
mateix
grup
tenen
el
mateix
pes
(que
tingui
flagel,
que
faci
o
no
endspores,
que
sigui
anaerbic...).
No
t
categoria
gentica.
Una
vegada
sobtenen
els
resultats
de
les
proves,
es
fa
un
tractament
quantitatiu
dun
gran
nombre
de
dades
(caracterstiques),
amb
lajuda
de
matrius
de
programes
informtics.
Aix
sanomena
Taxonomia numrica taxonomia
numrica.
Tractament quantitatiu dun gran nombre de dades (caracterstiques)
All characteristics are given equal weight and a computer based analysis is carried out to group the bacteria according to shared properties.
Taxonomia numrica
dendograma: ordena grficament els grups en base a les caracterstiques que comparteixen
Criteris moleculars Criteris moleculars Per classificar ordenadament tots els ssers vius, o per discriminar entre diferents gneres, espcies...
Molt til per identificar per anlisi computacional els allaments bacterians ms comuns (per ex. en anlisis clnics o sanitaris). Sense base filogentica.
DESCRIPCI
DE
LES
PROVES:
1)
MOL
%
G+C:
Dna
la
quantitat
de
C+G
en
relaci
amb
el
total
de
les
bases
(C+G+A+T).
Ara
no
sutilitza
massa
(abans,
molt).
Encara
hi
ha
dos
grups
de
grampositius
on
sutilitza
per
diferenciar-los,
t
un
sentit
filogentic.
Un
daquests
grups
t
alt
CG
i
laltre,
baix
CG.
10
10
Es
troba
per
2
mtodes:
- HTS:
detectar
les
bases
en
la
molcula
dADN
que
ests
analitzant.
- Melting
point:
Calculant
la
temperatura
de
fusi
de
la
molcula
que
ests
analitzant.
s
el
punt
en
el
que
la
meitat
de
BN
de
la
molcula
estan
desnaturalitzades.
Quantes
ms
C
i
G
(3
ponts
dhidrogen),
ms
gran
s
el
melting
point.
2)
HIBRIDACI
DEL
DNA:
Quanta
ms
hibridaci
hi
ha,
ms
propers
sn
aquests
organismes.
3)
MULTILOCUS
SEQUENCE
TYPING:
Comparaci
entre
7
gens
diferents,
relacionats
amb
el
metabolisme
bsic
(housekiping
genes).
Sutilitzen
tamb
programes
dordinador.
4)
WHOLE
CELL
PROTEIN
PROFILING:
Comparaci
de
les
protenes
que
tenen
2
organismes.
Si
el
patr
s
ms
o
menys
proper,
els
organismes
estaran
ms
o
menys
a
prop.
Es
fa
per
electroforesis
en
dues
direccions:
segons
les
propietats
elctriques
de
la
protena,
i
segons
el
seu
pes
molecular.
Tamb
es
llegeix
mitjanant
programes
informtics.
5)
GENOM
FINGERPRINTING:
(en
el
cas
de
bacteris)
Es
basa
en
qu
el
genoma
dun
bacteri
presenta
seqncies
repetitives
en
tndem
i
que
estan
molt
conservades.
Tant
la
situaci
daquestes
repeticions
com
el
nmero
de
repeticions,
varia
en
funci
de
lorganisme.
Amb
lajuda
dels
enzims
de
restricci,
es
digereix
el
genoma,
i
mitjanant
electroforesi,
es
comparen
les
molcules.
En
funci
de
com
queden
les
bandes,
es
tracta
dun
organisme
o
un
altre.
El
Bergeys
s
un
manual
que
recull
totes
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition les
descripcions
de
totes
les
espcies
The second edition is being published in 5 volumes bacterianes
i
arqueanes
que
shan
pogut
Volume 1 (2001) The Archaea and the deeply branching and cultivar,
en
funci
de
les
caracterstiques
phototrophic Bacteria que
acabem
de
descriure.
Nhi
ha
unes
Volume 2 (2005) The Proteobacteria 7000
en
la
ltima
edici.
Volume 3 (2009) Sestima
que
podrien
haver-hi
500.000
The Firmicutes espcies
(que
es
poden
cultivar)
Volume 4 (2009) The Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, bacterianes
i
arqueanes.
Sestan
buscant
Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Compendi dinformaci sobre Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi per
trobar
i
utilitzar
molcules
com
totes les especies bacterianes and Gemmatimonadetes reconegudes. antibitics
o
altres.
Volume 5 (2009) Ledici ms actual del
The Actinobacteria manual Bergeys incorpora la informaci filogentica.
Systematic
bacteriology
magazine:
revista
que
fa
una
classificaci
natural
dels
microorganismes:
descripci
morfolgica,
del
metabolisme...
s
un
pas
previ
a
que
publiquin
una
nova
espcie
al
Bergeys.
11
11
Els membres del domini Archaea cauen en quatre flums diferents: EURYARCHAEOTA: el flum ms nombrs. El que t les branques ms llargues, el que ha canviat ms des de linici. Tenen una variabilitat ms elevada de fisiologia i de metabolisme. Sn els que es va identificar primer. Ocupen nombrosos nnxols ecolgics, amb diversos patrons metablics. Shi troben els organismes halfils. El metabolisme dominant s el dels metangens. CRENARCHAEOTA: segon flum ms nombrs. Sn els ms semblants a lancestre com. Recentment shan descobert individus dambients molt freds, tot i que noms hi ha representats termfils en lesquema. Hbitats de baixa i delevada temperatura (hipertermfils). Metabolisme relacionat amb el S. Es pensa que sassemblen a lorganisme arque ancestral. NANOARCHAEOTA: es coneix Nanobacterium (organisme molt petit; uns 0,4 um), que ha pogut ser cultivat al laboratori per sempre amb la seva cllula hoste. Hbitats termfils. Se sap poca cosa ms. KORARCHAEOTA: el flum ms antic (de forma de vida primitiva), per descobert molt Archaea recentment. Noms tenim el registre del seu RNA en el medi. Hbitats termfils extrems. Se sap La filognia divideix a Archaea en quatre phyla poca cosa ms.
Euryarchaeota
Nanoarchaeota
Crenarchaeota Korarchaeota
halfils metangens
termfils
12 12
Es contemplen, per, algunes diferncies: - De morfologia: algunes formes cellulars darqueus sn diferents dels tpics cocs i bacils. - Els flagels dels Archaea formats per protena (per no flagelina, com els bacteris). Sn compactes i molt ms prims. Creixen per la base i no per la punta. Sassemblen ms a un pili o a una fmbria que a un flagel. Lenergia que sobt per a la rotaci sobt per hidrlisi de lATP (i no per gradient de protons). Les dues estructures no sn homlogues, sn anlogues. Evoluci convergent. Les arquees, igual que els bacteris, tenen paret cellular. La composici, per, s totalment diferent. La tinci de Gramm no t el mateix significat que quan es fa en bacteris. De fet, cap de la paret de les arquees que es coneixen fins ara t membrana externa. Hi ha 4 models bsics (nhi ha ms, per amb poca representaci, i, per tant, no els contemplarem): o Pseudopeptidoglic: dues diferncies: no t cid murmic; no hi ha aminocids D a la part peptdica. o Polisacrids: ms o menys complexes, units a alguns grups (acetats, sofre...) o Proteica: subunitats de protena que es van repetint al llarg de la paret Archaea Membrana citoplasmtica dArchaea o Glicoprotenes: protenes unides a alguna cadena de sacrids. Lpids de membrana - Lpids de membrana. Les arquees no tenen Bacteria Eukarya cids grassos a la membrana. Els lpids sn Hidrocarburs de cadena ramificada que Archaea derivats de lisopr. I els enllaos sn ter i no enlla ter suneixen al glicerol per enlla tipus ter ster, entre el glicerol i lisopr. Els lpids que isopr pengen del glicerol estan units, per donar ms diglicerol tetraters estabilitat a la membrana; per tant, parlem de monocapa i no de bicapa. A la monocapa tamb se la pot anomenar tetrater.
MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez Archaea semestre II curs 2011-12 Algunes formes cellulars darqueus sn diferents dels tpics cocs i bacils Marina Gubau Picas
Basic Archaeal Shapes : At far left, Methanococcus janaschii, a coccus form with numerous flagella attached to one side. At left center, Methanosarcina barkeri, a lobed coccus form lacking flagella. At right center, Methanothermus fervidus, a short bacillus form without flagella. At far right, Methanobacterium thermoautotrophicum, an elongate bacillus form.
Archaea
Viuen
en
HBITATS
molt
extrems:
molta
salinitat
(halfils),
pH
extrems,
temperatures
extremes
(termfils)...
En
aquests
ambients,
no
tenen
competidors
bacterians,
per
tant,
creixen
amb
facilitat
i
amb
molt
nmero.
Malgrat
aix,
les
trobem
a
tot
arreu
(tamb
en
hbitats
normals),
per
en
menor
proporci/nmero,
degut
a
la
competncia
amb
espcies
bacterianes.
13
13
METABOLISME
I
FISIOLOGIA
Hi
ha
molta
variaci
entre
els
diferents
grups.
Trobem
metabolismes
quimioorgantrofs,
auttrofs,
quimiolittrofs,
fottrofs
(hi
ha
organismes
fottrofs,
per
no
utilitzen
clorofilla)
La
fixaci
del
CO2,
en
organismes
auttrofs,
es
fa
per
les
vies
reductores
de
lAcetilCoA
i
del
CAT
(=
cicle
de
Krebbs):
descarboxilacions
oxidatives
Hi
ha
organismes
que
utilitzen
compostos
de
S
com
a
acceptors
o
donadors
delectrons.
Alguns
fixen
nitrogen.
Alguns
tenen
la
capacitat
dobtenir
energia
de
lH2
i
altres
compostos
inorgnics.
Tenen
lhabilitat
exclusiva
de
sintetitzar
met
(els
organismes
metangens).
La
bacteriorodopsina
(en
la
fotosntesi
no
depenent
de
clorofilla)
permet
lobtenci
dATP.
En
quant
a
la
fisiologia,
trobem
tamb
molta
diversitat:
Trobem
aerobis,
aerobis
facultatius
i
anaerobis
estrictes.
Creixen
i
es
reprodueixen
a
temperatures
baixes
(psicrfils),
mitjanes
(mesfils)
i
altes
(termfils).
Poden
viure
en
pH
i
salinitat
extrems.
Estudiarem
tres
fisiologies
prpies
dels
arqueus
amb
ms
profunditat:
Arqueus halfils extrems 1)
METANGENS:
grup
dorganismes
anaerobis
estrictes,
i
generalment
mesfils,
capaos
de
convertir
els
productes
de
la
fermentaci
daltres
bacteris
en
CH4
o
CH4+CO2
Extreuren
energia
de
lhidrogen
(oxidant),
reduint
el
CO2
i
sintetitzant
com
a
producte,
met.
Utilitzen
CO2
com
a
font
de
carboni,
tamb.
(els
veurem
ms
a
fons
ms
endavant,
quan
veiem
el
cicle
del
carboni,
ja
que
sn
fonamentals
en
la
degradaci
anaerbia
de
la
matria
orgnica).
2)
HALFILS
EXTREMS:
des
del
punt
de
vista
metablic
sn
quimioorgantrofs
(energia
i
carboni
de
la
matria
orgnica)
i
aerbis.
En
trobem
representants
noms
en
el
flum
Euryarchaeota.
Tenen
vescules
de
gas,
per
flotar.
Tenen
dependncia
absoluta
de
la
presncia
de
NaCl
en
concentracions
elevades:
mnima
1.5
M,
ptima
3-4
M,
mxima
5,5
M
(lmit
de
saturaci
de
NaCl
en
aigua).
Per
fer-nos-en
una
idea,
4
M
NaCl
=
23%
i
laigua
de
mar
t
una
concentraci
de
3,5%
NaCl.
Utilitzen
el
sodi
per
estabilitzar
les
seves
envoltes
cellulars
(membrana
i
paret),
que
tenen
uns
residus
molt
negatius.
Parets
de
glicoprotenes
amb
molta
presncia
de
aminocids
amb
crregues
negatives
(que
retenen
aigua)
i
que
sestabilitzen
amb
ions
Na+.
Mantenen
una
elevada
concentraci
intracellular
de
K+
per
compensar
la
pressi
osmtica
i
evitar
la
prdua
dH2O.
La
concentraci
intracellular
de
K+
s
ms
gran
que
la
concentraci
extracellular
de
Na+,
mantenint-se
un
balan
hdric
positiu.
El
K+
dintre
de
la
cllula
estabilitza
protenes
(molt
hidrfiles,
per
a
mantenir-se
en
soluci)
i
ribosomes.
Sn
un
exemple
de
coevoluci
(presenten
aquestes
caracterstiques
perqu
viuen
en
aquests
medis
i
viuen
en
aquests
medis
perqu
presenten
aquestes
caracterstiques...)
Els
trobem
en
ambients
aqutics
hipersalins,
salines,
aliments
salats...
Els
colors
dels
hbitats
on
es
troben
sn
deguts
a
els
pigments
protectors
i
a
la
bacteriorodopsina.
Pigments
carotenoides
per
protecci
de
les
radiacions.
14
- Euryarchaeota - Quimiohetertrofs aerobis - Ambients aqutics hipersalins, salines, aliments salats Colnies de halobactries creixent en cristalls de sal Les halobactries creixen en la superfcie del bacall. Sn inncues per a la salut
- Dependncia absoluta de la presncia de NaCl en concentracions elevades: mnima 1.5 M, ptima 3-4 M, mxima 5,5 M lmit de saturaci de NaCl en aigua. Per fer-vos una idea, 4 M NaCl = 23% i laigua de mar t 3,5% NaCl - La dependncia de Na est relacionada amb l estabilitat de les envoltes cellulars. Parets de glicoprotenes amb molta presncia de aminocids amb crregues negatives (que retenen aigua) que sestabilatzen amb ions Na+ - Mantenen una elevada concentraci intracellular de K+ per compensar la pressi osmtica i evitar la prdua dH2O. La concentraci intracellular de K+ s ms gran que la concentraci extracellular de Na, mantenint-se un balan hdric positiu. - El K+ dintre de la cllula estabilitza protenes (molt hidrfiles, per a mantenir-se en soluci) i ribosomes - Pigments carotenoides per protecci de les radiacions - Algunes pigment bacteriorodopsina pot absorbir lenergia de la llum i treure H+ fora, generant gradient
Haloquad
Salines de la badia de San Francisco, salinitat de 15-20 % Densitat 107 - 108 cells/ml
14
Algunes
tenen
pigment
bacteriorodopsina,
generant
gradient
de
protons
i,
per
tant,
ATP.
Bacteriorodopsina
(pigment
que
pot
absorbir
lenergia
de
la
llum
i
treure
H+
fora)
(lils):
funciona
com
a
una
bomba
de
protons.
T
un
grup
Retinol retinol
que
t
dues
configuracions:
trans
i
cis.
En
la
Arqueus halfils extrems Model de lactivitat de la bacteriorodopsina configuraci
trans
est
protonat
(t
un
prot).
Out In Amb
labsorci
de
llum,
canvia
de
configuraci,
Utilitzaci denergia lumnica sense clorofilla, a baixa [O ] formaci duna membrana creant
un
gradient
de
protons
que
es
transforma
en
ATP,
abacteriorodopsina (funciona compurpria de protons) Membrane mb
lacci
amb una bomba de
la
ATPasa.
Aquesta
energia
no
s
el
seu
metabolisme
principal,
Bacteriorhodopsin per
ajuda.
ATPase
HIPERTERMFILS:
sn
dependents
daltes
temperatures.
A
temperatures
mesfiles
no
poden
crixer.
Viuen
de
55C
a
fins
a
110C.
Alguns
arriben
a
suportar
fins
a
130C.
Si
sn
quimioorgantrofs,
utilitzen
el
sofre
com
a
acceptor
delectrons.
Quan
sn
quimiolittrofs,
utilitzen
el
sofre
com
a
donador
delectrons.
HBITAT:
aiges
calentes
i
sulfatades:
xemeneies
hidrotermals
(del
fons
ocenic);
regions
amb
activitat
volcnica
al
mar.
Archaea hipertermfils Thermoplasma EXEMPLES:
- Euryarchaeota Thermoplasma
- T ptima 55-59C / pH ptim 1-2 TERMOACIDFIL La
membrana
t
uns
residus
(lipoglicans),
- Quimiorganotrof, aerobio facultativo (respirador de S) units
als
lpids
de
membrana,
que
aporten
- sense paret - membrana citoplasmtica nica per a tolerar pressi osmtica, elevades temperatures i pH cid: monocapa de tetraters amb manosa i estabilitat
a
la
membrana.
glucosa (lipoglic), i glicoprotenes. A
lescria
(residus
de
les
mines
de
carb),
- hbitat: piles de residus de mines de carb, riques en pirita de ferro (FeS ) que
sautoescalfen
per
combusti;
s
Morfologia, pleomrfics. Algunes especies amb flagels lhbitat
on
ms
creix
el
Thermoplasma.
Salimenta
de
la
matria
orgnica
que
es
va
lixiviant.
Archaea hipertermfils
La bacteriorodopsina t un grup retinol, amb dues conformacions possibles trans (retinol protonat) o cis 2 La llum (570 nm) provoca el canvi de conformaci de trans a cis del grup retinol fent que un prot surti fora de la cllula La fora protomotriu sutilitza per sintetitzar ATP La bacteriorodopsina noms es sintetitza quan hi ha poc oxigen al medi, Permet sobreviure temporalment
2012 Pearson Education, Inc.
Pyrodictium
Pyrodictium Es va allar dels porus de les xemeneies negres (hbitats inorgnics, duns 90C). Forma unes xarxes (fibres de protena) que connecten les cllules entre si. Aquestes tenen una funci de adhesi. A vegades shi troben enganxats grnuls de sofre.
- Crenarchaeota -T ptima 105 C - HIPERTERMFIL - pared cellular de glicoprotena - anaerobi estricte (S, acceptor delectrons)
- quimioorgantrof (oxidaci de compostos orgnics amb S com acceptor
final delectrons) - o quimiolitautotrof (H2 donador delectrons/ S acceptor), CO o CO2 font de carboni
En cultiu creixen com una massa daspecte miceli, enganxada a cristalls de sofre
Les cllules estan connectades per una xarxa de tubs proteics amb funci dadhesi
15 15
Cada
dia
es
troben
individus
que
creixen
a
temperatures
superiors.
Aix
ha
fet
preguntar-se
quin
s
el
mxim
de
temperatura
on
pot
haver-hi
vida.
Sembla
que
aquest
lmit
es
troba
a
uns
140-150C.
Adaptacions
a
altes
temperatures:
Utilitzen
protenes
que
sn
menys
vulnerables
a
la
temperatura:
- Aquestes
protenes
no
sn
especials
(sn
homlogues
a
les
daltres
organismes),
tenen
residus
daminocids
claus
que
permeten
la
no
desnaturalitzaci;
fan
que
es
repleguin
ms,
que
les
protenes
tinguin
nuclis
ms
hidrfobs.
- Les
xaperonines
sn
protenes
que
fan
que
altres
protenes
no
es
desnaturalitzin.
Quan
comencen
a
desnaturalitzar-se,
les
xaperonines
les
tornen
a
plegar.
En
quant
a
lADN,
una
topoisomerasa
(girasa
inversa),
fa
un
superenrotllament
positiu,
que
permet
estabilitzar
lADN.
Tamb
trobem
altres
molcules
(tipus
nucleosoma)
que
permeten
aquesta
estabilitat.
Es
localitzen
protenes
tipus
histones
que
formen
una
espcie
de
nucleosoma,
que
tamb
compacten
el
DNA
i
fan
que
sigui
ms
difcil
la
seva
desnaturalitzaci.
LrRNA
t
abundncia
en
C
i
G,
estabilitzades
per
3
ponts
dhidrogen.
En
quant
als
monmers,
es
produeix
lefecte
protector
duna
elevada
concentraci
de
soluts
en
el
citoplasma;
utilitzaci
de
molcules
ms
estables
evitant,
per
exemple,
la
utilitzaci
de
protenes
amb
Fe
(grups
hemo).
Els
lpids
de
membrana,
com
ja
hem
indicat,
formen
tetraters,
s
a
dir,
monocapes.
Lmits superiors de temperatura pel metabolisne energtic
Lmits
superiors
de
temperatura
pel
metabolisme
energtic:
arqueus arqueus
+ S0 or Fe2+
H2
113 110 122
Thermophilic Chemolithotrophy 95 Thermophilic Chemoorganotrophy Thermophilic Phototrophy 73 40 50 60 70 80 90 Temperature (C) 100 110 120 130 140
A ms de 110 C noms s possible la quimiolitotrfia, amb H2 i per arqueus LH2 pot ser oxidat amb S, Fe3+, NO3- o O2. Era molt abundant a la Terra primitiva i el seu catabolisme necessita poques protenes. Possiblement va ser una de les primeres fonts denergia.
16 16
Bacteria
Diversitat de Bacteria
8/03/12
Hi
ha
una
srie
de
caracterstiques
compartides
per
tots
els
bacteris:
tots
tenen
paret
cellular
amb
peptidoglic
contenint
cid
murmic;
un
mecanisme
de
sntesi
proteica
propi
(noms
funcionen
els
ribosomes
quimrics
entre
arquees
i
bacteris,
mai
els
deucariotes
amb
bacteris);
una
DNA
polimerasa
prpia
i
daltres
A
larbre
anterior
noms
estan
representats
els
llinatges
(phyla)
dels
que
tenim
ms
informaci
perqu
es
poden
cultivar
al
laboratori.
Daltres
llinatges
noms
coneixent
la
seva
existncia
per
seqncies
de
rRNA
recuperades
del
medi.
Fins
ara
estan
reconeguts
uns
80
phyla
de
Bacteria.
rRNA gene tree of Bacteria.
17 17
Els membres del Domini Bacteria comparteixen caracterstiques que els diferencien dels altres grups d'essers vius: Els membres del Domini Bacteria comparteixen caracterstiques que els diferencien dels altres grups d'essers vius: paret cellular amb peptidoglic contenent cid murmic, procs de sntesi proteica amb particularitats prpies (es Diversitat de Bacteria paret cellular amb peptidoglic contenent cid murmic, procs de sntesi proteica amb particularitats prpies (es MICROBIOLOGIA
II
Josefina
Martnez
veu afectat pel cloramfenicol lala kanamicina, iper la toxinatoxina diftrica), RNA polimerasa-DNA diferent, i no per la diftrica), RNA polimerasa-DNA dependent dependent diferent, veu afectat peldel Domini Bacteria comparteixen caracterstiques que els diferencien dels altres grups d'essers vius: Els membres cloramfenicol i kanamicina, i no semestre
II
curs
2011-12
etc. etc. cellular amb peptidoglic contenent cid murmic, procs de sntesi proteica amb particularitats prpies (es paret Marina
Gubau
Picas
veu afectat pel cloramfenicol i la kanamicina, i no per la toxina diftrica), RNA polimerasa-DNA dependent diferent, Aetc. larbre anterior noms estan representats els llinatges (phyla) dels que tenim ms perqu es perqu A larbre anterior nomsestan representats els llinatges (phyla) dels que tenim ms informaciinformacipoden es poden
cultivar laboratori. Daltres llinatges noms coneixent la seva existncia per seqncies de rRNA del cultivar alal laboratori. Daltres llinatges noms coneixent la seva existncia per seqncies de rRNA recuperadesrecuperades del medi. Fins araestan reconeguts uns 80 80 phylaBacteria A larbre ara estan reconeguts uns phyla de de Bacteria medi. Fins anterior noms estan representats els llinatges (phyla) dels que tenim ms informaci perqu es poden
cultivar al laboratori. Daltres llinatges noms coneixent la seva existncia per seqncies de rRNA recuperades del medi. Fins ara estan reconeguts uns 80 phyla de Bacteria
Diversitat de Bacteria
Aquificae
Aquifex
s
el
flum
ms
antic,
el
que
menys
ha
variat.
Sn
els
ms
Aquificae Aquifex (no
tant
ms antic, el les
arquees,
per
els
agrada
viure
en
altes
ha hipertermfils
- s el -filumel filumcom
que menysque menys ha Aquificae Aquifex s ms antic, el variat. Sn els ms hipertermfils, qumiolitoautotrofs oxidadors de temperatures),
acceptors delectrons. que menys haoxidadors
dede
H2
amb
O2
o
NO3
com
Aquificae Sn els -ms hipertermfils, qumiolitoautotrofs oxidadors H amb O2 o NO3 com el filum ms antic, el Fixen CO pel cicle variat. Aquifex s quimiolitoauttrofs
variat. Sn els ms hipertermfils, qumiolitoautotrofs oxidadors de CO pel cicle reductor de Krebs. NO3 com acceptors delectrons. Fixen H2 amb O2 Gram-negatius 2 acceptors
NO3ocom acceptors delectrons.CO2
CO pel icle
reductor
de
Krebs.
H amb O2 o delectrons.
Fixen
Fixen pel
c cicle
2 2
2
Thermotogae - Thermotoga maritima termfils, amb una envolta externa (toga). Quimiorganotrofs, Thermotogae - Thermotoga maritima maritima termfils, Thermotogae
Thermotoga termfils,maritima
termfils,
amb
una
envolta
externa
Thermotogae - -
Thermotoga
anaerobis estrictes, fermentadors. Gram-negatius amb una envolta externa (toga). Quimiorganotrofs, amb una envolta externa (toga). Quimiorganotrofs, anaerobis estrictes, fermentadors. Gram-negatius (toga).
Quimioorgantrofs,
anaerobis
estrictes,
fermentadors.
anaerobis estrictes, fermentadors. Gram-negatius
durans
Deinococcus-Thermus Deinococcusionizants, presenta un extremadament resistent a les radiacions Deinococcus-Thermus Deinococcus durans mecanisme de reparaci del DNA molt eficient, capa de extremadament resistent a les radiacions ionizants, Deinococcus:
Extremadament
spresenta un a
les
radiacions
ionizants,
presenta
un
resistent
reconstruir el seu genoma a partir de fragments de DNA. Deinococcus-Thermus eficient, s capa de mecanisme de reparaci del DNA moltDeinococcus durans Quimiorganotrofs. Salla a femtes, aiges, sls, DNA. extremadament reparaci
del
de carn molt
eficient,
reconstruir el seu genoma departir de fragments DNA
picada. presenta un s
capa
de
reconstruir
el
seu
mecanisme
de
resistent a les radiacions ionizants, De Thermus aquaticus reparaci polimerasa (termoresistent). capa de Quimiorganotrofs. desobt la Taqdel DNA sls, carn picada. De mecanisme Salla de femtes, aiges, molt eficient, s Gram-negatius Thermus aquaticus sobt Taq fragments
de
de DNA. genoma
a
partir
lade
polimerasa de fragmentsDNA.
Lestratgia
que
utilitza
(a
ms
del
reconstruir el seu genoma a partir (termoresistent). Gram-negatius Quimiorganotrofs. Salla de femtes, aiges, sls, carn picada. mecanisme
de
RecA,
luniversal)
s
(termoresistent). De la
segent:
Thermus aquaticus sobt la Taq polimerasa Gram-negatius Les
cllules
es
troben
agrupades,
i
el
cromosoma
bacteri
es
troba
compactat,
en
forma
danell
(no
laxa,
com
en
la
majoria
de
bacteris).
Entre
cllules
venes
es
pot
donar
la
transferncia
duna
copia
del
cromosoma
(migraci)
i
donar-se
recombinaci
homloga,
reparant
les
possibles
lesions
que
causen
les
radiacions.
Sn
quimioorgantrofs.
Salla
de
femtes,
aiges,
sls,
carn
picada.
Thermus
aquaticus:
sobt
la
Taq
polimerasa
(termoresistent).
s
la
primera
que
es
va
utilitzar
en
PCR
(grcies
a
que
s
termfil,
i
es
podia
utilitzar
la
seva
maquinria
enzimtica
(DNApol)
a
altes
temperatures,
necessries
per
poder
utilitzar
la
PCR:
desnaturalitzar
les
cadenes
de
DNA).
Abans
ja
existia
la
PCR,
per
era
molt
costosa
energtica
i
econmicament.
Diversitat de Bacteria
Chloroflexi
Chloroflexus
Bacteris
verds
no
del
sofre.
Fan
la
fotosntesi
anaerbia.
No
utilitzen
compostos
de
sofre. Fotosntesi donador
delectrons
(o
Chloroflexi Chloroflexus Bacteris verds no del sofre
com
a
anoxignica. Bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Aparell fotosinttic en utilitzen
poc).
clorosomes. Com a donadors delectrons poden utilitzar matria orgnica. Utilitzen
matria
orgnica
com
a
font
de
C
crixerfoscor,
tamb
com
a
font
Fixen CO2 per la via del hidroxipropionat. A la foscor poden (en
Diversitat de en
uns
quimiorganotrficament respirant oxgen. Presenten moviment lliscant. dE).
Laparell
fotosinttic
est
disposat
Bacteria orgnuls
no
tpics:
els
Habiten aiges termals, Sn filamentosos i formen biofilms. Gram-negatius clorosomes.
El
pigment
que
tenen
s
la
bacterioclorofilla
(
700-800
nm).
Fixen
CO2
per
la
via
del
hidroxipropionat.
A
la
foscor
poden
crixer
quimiorganotrficament
Chloroflexi Chloroflexus Bacteris verds no del sofre. Fotosntesi respirant
oxigen.
anoxignica. Bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Aparell fotosinttic en Chlorobi Chlorobium Bacteris verds del sofre. Fotosntesi clorosomes. Com a donadors delectrons Sn
filamentosos
i
formen
biofilms.
hidroxipropionat. poden utilitzar matria orgnica. Prefereixen
latemperatures
elevades.
Presenten
moviment
Fixen CO2 per la via del foscor nm). crixer anoxignica. Bacterioclorofilla (A700-800 podenAparell fotosinttic en quimiorganotrficament respirant oxgen. Presenten utilitzen H S (H S S0 SO 2-). lliscant.
clorosomes. Com a donadors delectrons moviment lliscant. 2 2 4 Habiten aiges termals, Sn filamentosos i formen biofilms. Gram-negatius Fixen CO2 per la via reductora del cicle de Krebs. Gram-negatius
Chlorobi
Chlorobium
S queBacteris
sacabi el del
sofre.
Fotosntesi
Grnuls de sofre extracellulars (depsits de
utilitzaran quan verds
H S) anoxignica.
Bacterioclorofilla
(
700-800
nm).
Aparell
fotosinttic
en
Chlorobi Chlorobium Bacteris verds del sofre. Fotosntesi anoxignica. Bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Aparell fotosinttic en els
clorosomes.
clorosomes. Com a donadors delectrons utilitzen H S (H S S SO ). Com
a
la via reductora delectrons
utilitzen
Fixen CO2 per donadors
del cicle de Krebs. Gram-negatius compostos
reduts
de
sofre:
H2S
Cyanobacteria 2-).
Fixen
CO2
p Clorofilla i ficocianines ( 550-570 (H2S
S0
SO4Fotosntesi oxignica.er
la
via
reductora
del
cicle
de
Krebs.
Grnuls de sofre extracellulars (depsits de S que utilitzaran quan sacabi el nm). Aparell fotosinttic en tilacoides. Com a donadors delectrons utilitzen H S) Acumulen
sofre
a
fora
la
cllula
(en
grnuls
de
S0
extracellular,
indicats
H2O (de vegades H2S). Fixen CO2 pel cicle de Calvin. Poden fixar N2. Formes unicellulars, colonials o filamentoses per
quan
sesgoti
el
amb
la
fletxa
vermella
en
la
imatge),
(moviment lliscant). HbitatsH2S.
molt diversos (aigua dola salada, sls, deserts, ambients freds, simbiosi). PROCS:
oxiden
tot
el
H2S
que
hi
ha
al
medi,
a
S0i.
Un
cop
oxidat
tot,
oxiden
el
sofre
(S0)
a
SO42-.
Ho
Gram-negatius Cyanobacteria Fotosntesi oxignica. Clorofilla i ficocianines ( 550-570 fan
aix
perqu
Synechococcus nm). Aparell fotosinttic enn
la
primera
oxidaci,
sn
ms.
els
electrons
que
sobtenen
e tilacoides. Com a donadors delectrons utilitzen H O (de vegades H S). Fixen CO pel cicle de Calvin. Poden fixar N .
Formes unicellulars, colonials o filamentoses (moviment lliscant). Hbitats Nostoc
0 2
2 2 0 4 20 2
Nostoc
molt diversos (aigua dola i salada, sls, deserts, ambients freds, simbiosi). Gram-negatius
Synechococcus
18 18
anoxignica. Bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Aparell fotosinttic en clorosomes. Com a donadors delectrons utilitzen H2S (H2S S0 SO42-). Fixen CO2 per la via reductora del cicle de Krebs. Gram-negatius
Grnuls de sofre extracellulars (depsits de S0 que utilitzaran quan sacabi el H2S)
Cyanobacteria sn els bacteris amb ms avantatge evolutiu, grcies Cyanobacteria Fotosntesi oxignica. Clorofilla i ficocianines ( 550-570 a la Aparell fotosinttic en tilacoides. Com a donadors delectrons utilitzen nm). seva diversitat metablica i estructural. H O (de vegades Fotosntesi H S). Fixen COfilamentoses (moviment lliscant). Hbitats i ficocianines ( 550- oxignica pelanoxignica. Clorofilla i cicle de Calvin. Poden fixar N . Formes unicellulars, colonials o molt diversos (aigua dola i salada, sls, deserts, ambients 570 nm). Aparell fotosinttic en freds, simbiosi). tilacoides. Com a donadors Gram-negatius delectrons utilitzen H2O (de vegades H2S). Fixen CO2 pel cicle de Synechococcus Calvin. Poden fixar N2. Formes unicellulars, colonials o filamentoses Nostoc (moviment lliscant). Simbionts o de vida lliure. Hbitats molt diversos (aigua dola i salada, sls, deserts, ambients freds). Diversitat de Bacteria Chlamydiae Chlamydia Quimioorgantrofs. Parsits cellulars obligats Chlamydiae Chlamydia Quimioorgantrofs. Parsits cellulars obligats poca poca capacitat biosinttica, genoma molt petit. Patgens daus i mamfers. Han evolucionat perdent funcions cellulars i desenvolupant formes de capacitat biosinttica, genoma molt petit. Cos elemental: anomenat el bacteri quan resistncia per a la transmissi entre hospedadors (cos elemental). Gramnegatius es troba fora de la cllula hoste, per infectar una nova cllula. Patgens daus i mamfers. Han evolucionat perdent funcions cellulars i desenvolupant formes de Diversitat de Bacteria resistncia per a la Spirochaetes Treponema Caractestica morfolgicaDiversitat de Bacteria transmissi entre hostes (cos ehelicoidal lemental). flexible i moviment per filament axial (endoflagel). Quimiorganotrofs. Vida Chlamydiae Chlamydia Quimioorgantrofs. Parsits cellulars obligats Produeix clamidiasis, una MTS, pot generar infertilitat. Causa tamb tracoma, un tipus de ceguesa; lliure o parsits. Alguns Quimioorgantrofs. Patgens daus poca capacitat biosinttica, genoma molt petit.Parsits cellularsi mamfers. Chlamydiae Chlamydia patgens de mamfers. Gram-negatius obligats Han evolucionat perdent genoma molt petit. desenvolupant i mamfers. poca capacitat biosinttica, funcions cellulars i Patgens dausformes de t bastanta incidncia en paasos poc desenvolupats. s una infecci crnica de lull. resistncia per la transmissi cellulars i desenvolupant formes de Han evolucionat perdent funcions entre hospedadors (cos elemental). Gram2 2 2 2
Spirochaetes Caractestica morfolgica Caracterstica morfolgica: helicoidal flexible i Treponema helicoidal Spirochaetes Treponema Bacteroides s quimioorgantrofs anaerobi Bacteriodetes grup variat Spirochaetes Treponema Caractestica morfolgica helicoidal Vida flexible i moviment per filament axial (endoflagel). Quimiorganotrofs. estricte, fermentador. Habitant moviment ms abundantaxialdel tracte digestiu de mamfers (Bacteroides(endoflagel). Els endoflagels es troben flexible el parsits. Alguns patgens intest per Gram-negatius (endoflagel). filament axial lliure i moviment molt rpid prim dhumans). Gram-negatius s o gnere per filament en de mamfers. Quimiorganotrofs. Vida lliure o parsits. Alguns patgens de mamfers. Gram-negatius interns a lespai periplasmtic. La membrana externa no rota amb els flagels. Quimiorganotrofs. Vida lliure o parsits. Alguns sn patgens de mamfers. Bacteriodetes grup variat Bacteroides s quimioorgantrofs anaerobi Bacteriodetes grup variat Bacteroides digestiu deGrup anaerobi quimioorgantrofs (Bacteroides estricte, fermentador. Habitant Bacteriodetes abundant en del tracte sdhumans). Gram-negatius variat. Sn quimioorgantrofs anaerobis Bacteroides de mamfers (Bacteroides mamfers molt estricte,gnere ms Habitant del tracteprim s el fermentador. intest digestiu s el gnere ms abundant en intest prim dhumans). Gram-negatius estrictes, fermentadors. Habitants del tracte digestiu de mamfers (els ms abundants a lintest, amb 2 o 3 ordres de magnitud ms que els enterobacteris.)
ELS PROTEOBACTERIS
s el grup ms nombrs, que ms coneixem i ms mpliament distribut. Es divideix en 6 classes. Sembla que lancestre com era un fottrof, encara que ara hi ha pocs proteobacteris fotosinttics. Aquestes classes tenen consistncia filogentica, per no est relacionada amb el metabolisme, ja que el metabolisme varia molt en les diferents classes. No podem establir relaci entre metabolisme i classe. Aquestes classes es designen per lletres gregues. El nom de proteobacteris prov del Du grec Proteus, capa dassumir moltes formes en relaci a la gran diversitat metablica i destils de vida del grup. Tots els seus components sn gram-negatius. Tenen un paper important en els cicles del C, N i S. Hi ha vries espcies amb importncia mdica. Molta diversitat en el metabolisme energtic: quimioorgantrofs (Escherichia), quimiolitoauttrofs (Nitrobacter) i fottrofs, amb fotosntesi anoxignica (Rhodospirillum, Chromatium).
19 19
En
relaci
amb
loxigen,
trobem
aerobis
estrictes,
microaerfils,
anaerobis
facultatius
i
anaerobis
estrictes. Tamb
hi
ha
molta
diversitat
destils
de
vida:
de
vida
lliure
(Pseudomones),
simbionts
(Rhizobium),
parsits
intracellulars
(Rickettsia). Generalment
sn
mesfils,
encara
que
trobem
alguns
termfils
i
psicrfils.
Diversitat de Bacteria Proteobacterial e Tree of Proteobacteria Les
diferents
classes,
doncs: Classes
Bacillus Nitrosococcus Thermochromatium Acidithiobacillus Beggiatoa Gamma Pseudomonas Vibrio Escherichia Methylobacter Gallionella Nitrosomonas Methylophilus Derxia Beta Ralstonia Spirillum Rhodocyclus Thiobacillus Neisseria Methylobacterium Nitrobacter Rhodopseudomonas Beijerinckia Alpha Paracoccus Azotobacter Rickettsia Acetobacter Zeta Mariprofundus Campylobacter Sulfurimonas Epsilon Thiovulum Wolinella Desulfosarcina Desulfovibrio Delta Myxococcus Nitrospina
t metablica, stribuda
Major metabolisms
Anoxygenic phototrophy Methylotrophy Sulfate reduction Nitrogen fixation
Chemolithotrophy
Sulfur compounds (H2S, S0, etc.) + Ferrous iron (Fe2+) Ammonia (NH3) or nitrite (NO2) Hydrogen (H2)
Grups amb fotosntesi anoxignica Tenim dos grups de fotosinttics, que fan FOTOSNTESI ANOXIGNICA: vermells del sofre i vermells no del sofre. Es diferencien dels grups que hem vist en: - La longitud dona dabsorci de la bacterioclorofilla s diferent (de 800 a 1000 nm). - Laparell fotosinttic es troba en invaginacions de la membrana citoplasmtica. - El CO2 es fixa mitjanant el cicle de Calvin. - Sn exclusius dambients aqutics. - El sofre s acumulat intercellularment (en grnuls de sofre), i no extra, en el cas dels Diversitat de Bacteria bacteris vermells del sofre. Diversitat de Bacteria acteria oc els compostos de S Els bacteris vermells (o porpra) no del sofre utilitzen poc els compostos de S stos de S m com a donadors delectrons. 800 1000 nm Pertanyen a la classe dels -Proteobacteris (gnere Rhodopseudomonas) com per m electrons exemple: Rhodospirilum, Rhodomicrobium Bsicament compostos orgnics com a donadors delectrons. Alguns sn fotohetertrofs o quimioorgantrofs. postos de S Els bacteris vermells (o porpra) del sofre utilitzen compostos de S com a ???? donadors delectrons.
ducation, Inc.
800 1000 nm
m )
20 20
Petanyen
a
la
classe
dels
-Proteobacteris
(gnere
Thermochromatium)
per
exemple
Chromatium.
Sn
anaerobis
estrictes.
H2S
com
a
donador
delectrons
(H2S
S0
SO42-)
Grnuls
de
sofre
a
linterior
del
citoplasma
(indicats
a
les
fletxes
vermelles).
Proteobacteria Diversitat de Bacteria 13/03/12
Metanotrofia i metilotrofia en Proteobacteria Metanotrfia
i
metilotrfia
en
Proteobacteris
Oxidadors de CH4 (metanotrofs) i compostos C1no CH4 (metilotrofs) - en , i Proteobacteria En
,
i
Proteobacteris
Els metanotrofs utilitzen compostos C1 (met, metanol, metilamina, formiat) com a font e
carboni i denergia Oxiden
molcules
amb
un
tom
dde C
(met,
metanol,
metilamina,
formiat)
com
Els metilotrofs no poden utilitzar CH4 Els noms a
font
de
carboni
i
denergia.
dels gneres dels metanotrofs comencen per: Methyl.. Aerobis Els
metiltrofs
no
poden
utilitzar
met.
distributs en interfases entre la zona anaerbia don Hbitats: mpliament prov el CH4 i la zona aerbia on ha Els
metantrofs
poden
utilitzar
met
i
la
resta
hide
oxigen. molcules
d1
C.
Els
noms
Methylococcus Activitats metabliques de baix dels
gneres
dels
metantrofs
comencen
per:
invaginacions per
rendiment energtic lligades s Methyl
augmentar la superfcie membrana Sn
aerobis
estrictes.
Quimiolitotrofia en Els
metangens
(arquees)
generen
mProteobacteria sn
anaerbics
estrictes.
et.
Aquests
Oxidadors de NH4 i de NO ntre
, , i naerbia
o Els
metantrofs
es
troben
en
la
interfase
e2 - en la
zona
aProteobacterian
es
troben
els
metangens
(i
per
tant
el
met)
i
la
zona
aerbia,
on
hi
ha
lO2noms dels gneres comencen per l
met.
necessari
per
oxidar
eNitro.. Bacteris nitrificants Els Com
que
el
rendiment
energtic
daquestes
oxidacions
s
molt
baix,
i
estan
relacionades
amb
la
Quimilitoautotrofs, aerobis - oxiden compostos inorgnics de nitrogen per obtenir energia membrana,
aquesta
est
molt
invaginada
per
tal
daugmentar
la
superfcie
i,
per
tant,
el
rendiment
Proteobacteria Diversitat de Bacteria - fixen CO2 com a font de carboni cicle de Calvin Nitrobacter final.
Metanotrofia i metilotrofia en Proteobacteria Oxidadors NO (metanotrofs) i compostos C1 de CH (metilotrofs) - en , i Proteobacteria Nitrobacter: NH3 amoni monooxygenasa 2
Els metanotrofs utilitzen compostos C1 (met, metanol, metilamina, formiat) com de nitrit oxidoreductasa Nitrosomonas: NO2a fontNOcarboni i denergia Quimiolitotrfia
en
proteobacteris
3 Els metilotrofs no poden utilitzar CH Els Oxidadors
de
NH4
i
d Hbitats:
en
ambients
aqutics noms dels gneres dels metanotrofs comencen per: Methyl.. e
NO2
- sl, ,
,
i
Proteobacteria
Aerobis Hbitats: Importants a lagricultura el cicle del nitrogen distributs en interfases entre la zona anaerbia don Tamb
anomenats
bacteris
nitrificants.
Eils
noms
mpliamentneres
comencen
per
Nitro...
dels
g Nitrosomonas prov el CH i la zona aerbia on hi ha oxigen. Sn
quimiolitoauttrofs,
aerobis:
oxiden
compostos
inorgnics
de
nitrogen
per
obtenir
energia.
Methylococcus Activitats metabliques de baix rendiment energtic lligades s membrana invaginacions per augmentar la superfcie Fixen
CO2
com
a
font
de
carboni,
pel
cicle
de
Calvin.
Quimiolitotrofia en Proteobacteria Hbitats:
sl,
ambients
aqutics.
Oxidadors de NH i de NO - en , , i Proteobacteria Importants
en
lagricultura
i
el
cicle
del
nitrogen.
Bacteris nitrificants Els noms dels gneres comencen per Nitro.. Cap
organisme
pot
oxidar
completament
Quimilitoautotrofs,Uns
fan
el
primer
pas
de
lamoni.
aerobis - oxiden compostos inorgnics de nitrogen loxidaci
(amoni
a
nitrit),
i
els
altres,
el
segon
a font de carboni cicle deper obtenir energia pas
(de
nitrit
a
nitrat),
- fixen CO com Calvin respectivament:
Nitrobacter: NH NO amoni monooxygenasa
Nitrobacter:
NH3
NO2
:
amoni
monooxygenasa
NO NO nitrit oxidoreductasa Nitrosomonas:
Nitrosomonas:
NO2
NO3
:
nitrit
oxidoreductasa
aqutics Hbitats: sl, ambients Importants a lagricultura i el cicle del nitrogen Nitrosomonas
s
tpic
dels
bacteris
nitrificants
(oxidadors
de
compostos
de
N),
presentar
invaginacions
de
la
membrana
(igual
que
els
metiltrofs
i
els
metantrofs).
Augmenten
la
superfcie
de
membrana
perqu
s
aqu
on
es
duen
a
terme
les
reaccions
de
metabolisme
(cadena
respiratria).
Quanta
ms
superfcie
de
membrana,
ms
unitats
transportadores
delectrons,
per
tant,
ms
oxidacions
podran
fer.
Depenent
don
entren
i
on
surten
els
electrons
(llargada
de
la
cadena),
ms
o
menys
gradient
de
protons
es
crea
i
ms
o
menys
ATP
forma
lATPasa.
Aquesta
energia
i
el
poder
reductor
(NADH
redut)
s
necessari
per
a
la
biosntesi.
Aquests
quimiolittrofs
no
tenen
poder
reductor
a
linici
de
la
cadena
de
transport
delectrons,
per
tant,
han
de
destinar
una
part
dels
electrons
a
remuntar
la
cadena
delectrons
(remuntant
el
potencial
redox),
per
obtenir
NADH
(poder
reductor
redut).
4 no CH4
4 4
Nitrobacter
21 21
Aix
s
un
inconvenient,
perqu
els
costa
molt
obtenir
poca
energia.
Per
altra
banda,
per,
no
tenen
competidors
en
quant
a
les
molcules
que
utilitzen.
Oxidadors
de
H2
-
en
i
Proteobacteria
Quimiolittrofs
de
lhidrogen.
Sn
microaerfils.
H2
+
O2
H2O.
Aquesta
reacci
la
porta
a
terme
lhidrogenasa
de
membrana.
Poden
tamb
oxidar
CO
(
CO2),
i
fixen
CO2
pel
cicle
de
Calvin.
Hbitats:
a
latmosfera
actual
hi
ha
poc
H2,
es
troben
noms
en
les
zones
aerbies
prop
d'hbitats
anaerobis
on
els
fermentadors
estan
generant
H2;
a
pressions
parcials
baixes
en
O2.
Tenen
un
avantatge
respecte
els
oxidadors
de
N,
per
tant,
creixen
una
mica
ms
rpidament.
Tenen
una
hidrogenasa
al
citoplasma
que
directament
redueix
el
NAD
(poder
reductor).
Oxidadors
de
compostos
de
sofre:
SH2,
S0,
-
en
,
,
i
Proteobacteria
Quimiolittrofs
del
sofre.
Obtenen
energia
oxidant
compostos
reduts
de
sofre
a
sulfats.
Molt
importants
en
el
cicle
del
sofre.
Acidifiquen
el
medi:
H2S
SO42-
//
S0
SO42-
//
S2O32-
SO42-
Oxiden
el
H2S
que
prov
de
la
descomposici
de
la
matria
orgnica
i
dels
reductors
de
sulfat.
Lacceptor
delectrons
s
generalment
loxigen
(alguns
NO3)
Hbitats
aqutics
sulfurosos,
aiges
residuals,
llots,
rizosfera
de
plantes
aqutiques,
fonts
hidrotermals
submarines.
Alguns
sn
filamentoses
(Beggiatoa).
Alguns,
com
Thiobacillus
ferrooxidans
oxiden
tamb
Fe2+
a
Fe3+
Els
quimiolittrofs
del
S,
utilitzen
lH2S
que
ha
resultat
de
la
cadena
respiratria
dels
reductors
del
sulfat.
Com
a
acceptor
final
delectrons
tenen
O2.
Curiositat:
Beggiatoa
lH2S
s
txic
per
a
la
gran
majoria
dels
ssers
vius.
En
els
arrossars,
per
exemple,
es
crea
un
microambient
ric
en
H2S
al
voltant
de
les
arrels
de
la
planta
de
larrs
(o
altres
plantes
aqutiques).
Sestableix
una
mena
de
simbiosi
entre
Beggiatoa
(o
altres
bacteris
quimiolittrofs
del
S)
i
la
planta:
la
planta
proporciona
O2
al
bacteri,
i
aquest
transforma
el
H2S
en
SO42-,
destoxificant
aix
el
microambient.
Reductors
de
SO42-
-
en
Proteobacteria
Sn
quimioorgantrofs
i
anaerobis
estrictes
(alguns
suporten
baixes
pressions
parcials
dO2).
Utilitzen
SO42-
o
S0
com
acceptor
final
delectrons
H2S.
Aquest
H2S
s
el
que
s
utilitzat
per
els
quimiolittrofs
del
sofre.
Fan
una
reducci
desassimilativa
del
sulfat:
respiraci
del
sulfat.
Utilitzen
com
a
donadors
delectrons:
matria
orgnica
o
H2.
Hbitats:
sl,
aigua,
sediments
anaerobis,
tracte
intestinal
danimals.
Tenen
molta
importncia
en
el
cicle
del
sofre;
i
bastantes
aplicacions
biotecnolgiques,
com,
per
exemple,
la
recuperaci
de
metalls.
FOTO:
Desulfovibrio
22 22
Els
reductors/respiradors
de
sulfats
obtenen
els
electrons
(el
primer
element
de
la
cadena
respiratria)
de
la
matria
orgnica:
entra
poder
reductor
(NADH).
Tenen
un
enzim,
a
linici
de
la
cadena,
capa
darrancar
els
electrons
daltres
molcules
orgniques
directament,
com
per
exemple
el
lactat;
o
de
molcules
inorgniques,
com
lH2.
Aix
els
dna
un
important
avantatge
als
reductors
de
sulfats
davant
els
metangens
(que
tamb
poden
utilitzar
lH2).
Lenzim
dels
metangens
t
menys
afinitat
per
lH2
que
el
dels
respiradors
de
sulfats.
NOTA:
En
funci
del
substrat
que
entra
a
la
cadena
respiratria,
cada
organisme
o
cada
grup
dorganismes
tenen
un
enzim
determinat
que
permet
extreuren
els
electrons.
Aqu
rauen
totes
les
diferncies
en
els
metabolismes.
Fixadors
de
N2
(N2
NH3)
en
,
,
Proteobacteris
Sn
quimioorgantrofs,
aerobis
Trobem
moltes
formes
de
vida:
en
simbiosi
(Rhizobium)
infecta
les
arrels
de
les
lleguminoses
formant
nduls
on
fixa
N2;
o
de
vida
lliure
(Azotobacter).
Hbitats:
sl.
Molt
importants
a
lagricultura
i
el
cicle
del
nitrogen
Quimioorganotrfia
en
proteobacteris
Enterobactericies
-
Proteobacteris
Grup
molt
homogeni;
tots
sn
bacils
gram-negatius,
quimioorgantrofs
i
anaerobis
facultatius.
Donen
negatiu
a
la
prova
de
la
oxidasa.
Tenen
flagellaci
pertrica
o
no
sn
mbils.
Proteobacteria Diversitat de Bacteria Amb
O2
poden
ufermentatives iversos
substrats
(hidrats
de
carboni,
aminocids,
cids
orgnics...).
tilitzar
d Vies Fermentaci cid
mixta
o
2,3-butendiol)
Es
produeix
CO2
Sense
O2
depenen
dhidrats
de
carboni
(fermentacions
2, 3 butanodiol Fermentaci cid mixta Proteobacteria Diversitat de Bacteria i
H2,
daquestes
fermentacions.
Vies fermentatives
Fermentaci cid mixta
Escherichia Salmonella Shigella
Fermentaci 2, 3 butanodiol
Respiracions anaerbies
Respiraci de nitrats Sovint
respiren
NOitrats
a
nitrits.
n NO Respiracions anaerbies
Q Periplasm Nitrate reductase cycle complex Respiraci de nitrats
NO NO Cytoplasm
Q cycle
Nitrate reduction Tenen
una
gran
capacitat
biosinttica.
Cytoplasm El
grup
cont
espcies
patgenes
per
humans
(Shigella
(disenteria),
Salmonella
(gastroenteritis,
Nitrate reduction febres
tifoides),
Yersinia
pestis
(la
peste);
patgens
de
plantes
(Erwinia);
i
molts
patgens
oportunistes
que
noms
sn
patgens
en
segons
quines
circumstncies).
Sn
productors
de
toxines
(endo
i
exo),
i
indicadors
de
contaminaci
fecal
(per
analitzar
aliments,
i
veure
si
sn
o
no
lliures
de
patgens,
que
no
hagin
estat
en
contacte
amb
aiges
fecals,
que
sn
la
principal
causa
de
contaminacions
en
aliments.
Sutilitza
E.
coli
perqu
creix
molt
rpid
i
en
medis
molt
poc
especfics).
Periplasm Nitrate reductase complex
Nitrate reductase
Nitrate reductase
23 23
Hbitat:
mpliament
distributs
en
sls,
aiges
(pocs),
plantes,
animals
(humans
inclosos)
Alguns
gneres
representatius
sn:
Escherichia coli Enterobacter,
Erwinia,
Escherichia,
Klebsiella,
Proteus,
Salmonella,
Serratia,
Shigella,
Yersinia,
Citrobacter.
Salmonella
Vibrioncies
-
Proteobacteris
Sn
anaerobis
facultatius,
i
bacils
corbats.
Viuen
en
hbitats
aqutics.
Zones
costeres,
presenten
haloflia
moderada.
Alguns
emeten
bioluminescncia:
Vibrio
fisheri,
Photobacterium.
Aquests
poden
fer
simbiosi
amb
peixos
i
cefalpodes
(l'rgan
llumins).
Alguns
sn
patgens,
com
Vibrio
cholerae
(foto),
que
causa
clera;
o
V.
Parahaemolyticus,
que
causa
gastroenteritis.
Pseudomonas
-
Proteobacteris
Creixen
en
una
gran
diversitat
de
substrats
(sucres,
cids
grassos,
aminocids,
cids
orgnics,
hidrocarburs,
compostos
aromtics,...)
Metabolisme
respiratori
amb
O2.
Tamb
respiren
nitrats
fins
a
formes
gasoses
de
compostos
nitrogenats
(desnitrificaci).
Importants
degradadors
de
matria
orgnica
en
hbitats
aqutics
i
terrestres.
Digestors
aerobis
de
residus.
La
via
de
degradaci
de
la
glucosa
que
utilitzen
s
Entner-Doudoroff.
Flagellaci
polar,
oxidasa
positius
(distinci
de
les
enterobactericies).
Tenen
pigments
extracellulars.
Hbitats:
sl,
aiges,
superfcie
de
plantes.
Patgens
oportunistes,
provocant
infeccions
nosocomials.
s lespcie bacteriana ms coneguda i ms b caracteritzada Gran capacitat biosinttica i metablica Habitant del intest hum per no lespcie dominant. La seva presncia en aiges i aliments indica contaminaci fecal Algunes soques poden causar infeccions urinries, diarrea del viatger i gastroenteritis recordeu la crisi dels pepinos de 2011 Espcie bacteriana ms utilitzada en laboratoris dinvestigaci
Amb O2 poden utilitzar diversos substrats (hidrats de carboni, aminocids, cids orgnics...) Sense O2 depenen dhidrats de carboni (fermentacions cid mixta o 2,3 butanodiol) Sovint respiren nitrats a nitrits Gran capacitat biosinttica MICROBIOLOGIA II J febres tifoides, Especies patgenes per humans (Shigella (disenteria), Salmonella (gastroenteritis, osefina Martnez Yersinia pestis (la peste). Patgens de plantes (Erwinia). Patgens oportunistes (molts)I curs 2011-12 semestre I Productors de toxines (endo i exo) Marina Gubau Picas Indicadors de contaminaci fecal Hbitat: mpliament distributs en sls, aiges, plantes, animals humans inclosos Gneres representatius (Enterobacter, Erwinia, Escherichia, Klebsiella, Proteus, Salmonella, Serratia, Shigella, Yersinia, Citrobacter)
Altres
patgens
importants
en
Proteobacteris
Rickettsia
Proteobacteris
Mida
petita
(0.2
0.5
m),
pleomrfiques.
Sn
parsits
intracellulars
obligats.
Patgens,
agent
causal
del
tifus
i
la
febre
de
les
Muntanyes
Rocoses.
La
transmissi
s
per
vectors
artrpodes
(polls,
puces,
paparres).
FOTO:
Rickettsia
dintre
de
la
cllula
hoste
Neisseria Proteobacteris Coc; quimioorgantrof; aerobi. Habitant de membranes mucoses de mamfers N. meningitidis (meningitis), N. gonorrhoeae (gonorrea). Helicobacter Proteobacteris Espiril; microaerfil. T mltiples flagels. H. pylori s la causa ms com dlceres gastroduodenals en humans.
24 24
Bdelovibrio Proteobacteris Parsit daltres bacteris gram-negatius. s molt petit i neda molt i molt rpid, xoca contra un altre bacteri, penetra i el devora per dins. s aerobi obligat. Divisi per fissi mltiple. Habitant del sl, aiges, flora intestinal dhumans, pollastres i cavalls. No pot infectar a cllules eucariotes
BACTERIS
GRAM-POSITIUS
Phylum
Firmicutes
Inclou
gneres
formadors
dendspores
(Bacillus,
Clostridium,
Heliobacterium).
Inclou
el
grup
de
bacteris
de
lcid
lctic:
BAL,
dara
endavant.
Un
grup
sense
paret
Mycoplasma.
Fonamentalment
quimioorgantrofs.
Aerobis,
anaerobis
facultatius
o
anaerobis
estrictes.
Un
grup
fa
fotosntesi
anoxignica
Heliobacterium
per
no
fixa
CO2,
s
fotohetertrof.
Es
troben
mpliament
distributs:
sl,
superfcie
de
plantes,
formen
part
de
la
microbiota
de
mamfers
(humans,
rumen).
Espcies
amb
importncia
a
la
indstria
alimentria
(Lactobacillus)
i
farmacutica
(Bacillus).
Alguns
patgens
de
plantes,
animals
i
humans
(Staphylococcus,
Streptococcus,
Clostridium).
Shi
diferencien
3
classes:
BACTERIS DE LCID LCTIC (BAL) Fermenten hidrats de carboni generant lctic com a producte nic o majoritari.
Mycoplasma:
no
tenen
paret
(segurament
en
tenien
i
la
van
perdre).
Tenen
una
membrana
citoplasmtica
modificada,
formada
de
esterols
i
lipoglicans.
La
majoria
sn
parsits
de
mamfers.
Els
genomes
sn
molt
curts,
i
van
poder
ser
sintetitzats
artificialment.
Aquesta
molcula
artificial
es
va
introduir
en
un
micoplasma
i
aquest
va
prosperar.
Phylum
Actinobacteria
molt
semblants
als
fongs.
Gran
importncia
en
la
descomposici
de
la
matria
orgnica
del
sl
en
condicions
aerbies.
Alguns
patgens;
i
sn
una
font
molt
important
de
producci
dantibitics
i
altres
frmacs.
Formes
unicellulars
pleomrfiques,
o
formadores
de
micelis
permanents,
transitoris
o
de
poques
cllules.
Les
formes
micelials
formen
espores
reproductores.
Algunes
presenten
cids
miclics
a
la
paret.
25
25
Quimioorgantrofs; aerobis, en general. Productors denzims extracellulars. Sn els microorganismes ms nombrosos al sl. Tamb residents al cos dels animals. Importncia prctica: - Mineralitzaci de la matria orgnica - Font dantibitics i altres frmacs (Streptomyces) (FOTO ) - Alguns sn patgens (Mycobacterium). (FOTO, a sota)
26 26