13/02/2012

Genmica, protemica i interatmica

OBJECTIUS DE LA GENMICA
____________________________________________________________________________________________

Ensamblatge de mapes del genoma que poden ser gentics o fsics

Seqenciaci de genomes i transcrits (resultats de lexpressi, del funcionament daquest genoma)

El segent pas s identificaci i anotaci de tots els gens del genoma

Caracteritzaci de totes les variants, no tots els individus daquesta espcie tindran un genoma exactament igual, hi ha variaci en qualsevol genoma i aquesta variaci pot ser nucleotdica (canvis dun nucletids per un altre) i estructural (organitzacions en canvis en la organitzaci dels cromosomes)

Anlisi de lexpressi de tots els gens del genoma __________ Transcriptmica (pas entremig entre genmica i protemica. Per passar del genoma a les protenes hem de passar necessriament pels trnscrits).

Anlisi de les funcions de tots els gens ___________________ Genmica funcional

Comparaci de diversos genomes _______________________ Genmica comparativa (dna molta informaci sobre les seqncies importants i especfiques de cadascun dels genomes. s molt important)

Tot aix resumit en una sola frase;

La Genmica s l'estudi de l'estructura, el contingut i l'evoluci dels genomes. Levoluci per veure com han anat canviant els genomes, el contingut per veure com funcionen i lestructura per saber com sn i per qu estan formats.

13/02/2012

Genmica, protemica i interatmica

TEMA 1. INTRODUCCI ALS GENOMES

____________________________________________________________________________________________

s un tema introductori als genomes on en primer lloc parlarem dels genomes nuclears eucariotes i en segon lloc dels genomes dels procariotes i a nivell dorgnuls.

1. GENOMES NUCLEARS EUCARIOTES Fins fa relativament poc temps no es coneixien prous genomes com per dedicar-hi una assignatura per en els darrers anys shan seqenciat un gran nombre de genomes i no noms shan seqenciat genomes sin que tamb shan obtingut una gran quantitat de dades associades a aquests genomes, s a dir, sobre tot aix del qu parlvem ara; sobre variabilitat, trnscrits produts pel genoma, comparacions del genoma, etc. En aquests darrers anys doncs ha aparegut la genmica, abans no existia, noms es tenien seqncies de gens, i de genomes nhi havien ben pocs de manera que tampoc es podien comparar. Per tant es tracta duna disciplina molt nova que tot just est arrancant. De genomes seqenciats nhi ha moltssims grcies a les noves eines que ens faciliten lobtenci de dades a gran escala. Aquest nombre s tant elevat que s impossible fer-ne una llista exhaustiva. Aqu tenim uns quants exemples per veure quins tipus de genomes trobem seqenciats fins ara; Trobem genomes seqenciats a nivell de mamfers, plantes, fongs, insectes, etc. Si ens fixem detalladament amb la llista podem veure que hi han espcies que shan seqenciat per diferents motius: - Algunes espcies shan seqenciat perqu sn patgens sobretot humans - Daltres perqu sn organismes model: A cada grup sol haver-hi un organisme model i aquests ens interessen per fer experiments ja que tenen alguna caracterstica que en facilita el seu s al laboratori, i aix permet que hi puguem treballar i puguem estudiar i investigar. En trobem exemples a nivell de: 1. Protistes: Tetrahymena thermophila 2. Plantes: Arabidopsis thaliana. Veiem altres plantes amb genomes seqenciats que tenen una utilitat o inters en cultius, aqu doncs, tamb veiem un altre motiu per seqenciar genomes i s linters econmic, ja que el que interessa es millorar aquests organismes i treuren el mxim de rendiment econmic. (insisteix amb la conferncia del genoma del mel...) 3. Nemtodes: Caenorhabditis elegans 4. Fongs: Saccharomyces cerevisiae (llevat). Tamb observem altres exemples de fongs seqenciats a la taula ja que sn patgens humans.

13/02/2012

Genmica, protemica i interatmica

5. Insectes: Com a organisme model trobem per exemple la Drosophila melanogaster , per tamb shan seqenciat altres espcies del gnere Drosophila amb la idea de poder comparar aquest genoma i poder-los comparar amb molt detall. Tamb trobem Anopheles gambiae que s el mosquit vector de la malria (transmissor) on ens interessa conixer el seu genoma per controls de malaltia. Tamb hi podem veure altres genomes dinsectes; tenim el de labella (Apis mellifera) o el cuc de seda (Bombyx mori) entre daltres.

Veiem una gran diversitat de genomes seqenciats.

6. Animals: El mateix passa en el cas dels animals, dels quals tamb se nhan seqenciat de molts tipus diferents, per ja veurem que els ms estudiats sn els mamfers, ja que sn els que ms sassemblen a nosaltres i sn amb els que ens podem comparar ms fcilment. Tamb sn molt diversos, de manera que podem trobar desde organismes model com podria ser el ratol (Mus musculus) fins a espcies en perill dextinci com seria el cas del panda (Ailuropoda melanoleuca). Incls trobem mamfers no placentaris com lornitorinc (Ornithorhynchus anatinus) que pon ous o un marsupial (Monodelphis domestica). I per descomptat, tamb trobem moltes seqncies de primats. No noms trobem mamfers seqenciats sin que tamb podem trobar-ne altres animals com aus, peixos, amfibis i altres. En aquest cas, no ens interessen tan per la semblana sin pel tamany. A lhora de seqenciar ens interesa que els genomes siguin petits.

13/02/2012

Genmica, protemica i interatmica

En el cas de lHomo sapiens no noms disposem dun genoma sin que hem arribat a una situaci on cada vegada s ms barat i fcil seqenciar, tant s aix, que no noms en tenim una cpia sin que tenim vries cpies de diferents individus. Aix passa en altres espcies per en Homo sapiens passa ms ja que s en la que ms fcil s i tamb, en la que ms ens interessa trobar diferncies entre els individus. A part de la seqncia inicial del genoma hum hi comencen a haver genomes de persones concretes i tamb el projecte dels 1000 genomes, on es pretn seqenciar un gran nombre de genomes. Bases de dades s difcil trobar un lloc on hi hagi una llista completa de tots els genomes per s que hi han llocs on podem trobar llistes si no totalment completes, bastant completes i aquests llocs sn el que anomenem bases de dades. Una daquestes bases de dades on podem trobar-ho s a lapartat de genoma de lNCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/genome/). El genoma comporta una quantitat de dades tant gran que per fora un necessita ls deines informtiques. Els genomes no s una cosa que puguem mirar a ull i menys, sense uns conceptes previs de bioinformtica. Aix doncs, lNCBI s una base de dades on trobem totes les seqncies i la base de dades que inclou totes les seqncies es diu GenBank i es troba a lNCBI per a part a la pgina de lNCBI tamb cont un apartat dels genomes per tal de poder consultar de forma ms ordenada totes les seqncies dun genoma, s a dir, no sn trossets ni coses sueltes sin genomes. Projectes de genoma Si entrem a la direcci que hem comentat ms amunt entrarem a lapartat de genomes de lNCBI i dins daquesta pgina trobem una secci que sanomena Browse by Organism. Si hi accedim ens surt una llista amb diferents pestanyes sobre eucariotes, procariotes i virus (on sexpressa el nombre de projectes genoma que cont cada categoria). Cada una de les lnies correspon a un projecte genoma que no implica un genoma diferent, per exemple, en el cas de l Arabidopsis thaliana tenim 4 entrades sobre aquesta planta i no pas 4 genomes diferents, poder sn 4 soques que ens interessa comparar o el que sigui. Aqu trobem dades sobre cada projecte genoma que poden anar desde el tipus dorganisme que s, la mida del genoma (Mb), el nombre de gens, de protenes i la data. En alguns projectes genomes ens especifica lestat en el que es troba (alguns no tenen dades, altres es troben com a cromosomes, algunes posicions intermitges com scaffolds o contigs, traces que sn simplement les lectures del seqenciador, s a dir, les peces ms petites que obtenim quan seqenciem un genoma). Encara no hem comenat a montar res, tenim tot de peces molt petites. Entre aquestes quatre categories estan classificats tots els nivells de genoma (que ha vist). En aquesta taula que estvem comentant podem veure genomes que ja han estat seqenciats i com estan.

13/02/2012

Genmica, protemica i interatmica

Si cliquem en un daquests genomes, per exemple, el genoma de la soja (Glycine max) el qu ens surt s un resum de perqu es seqncia aquesta planta, on en aquest cas com ja ens podem imaginar t un motiu econmic. A part daquest resum ens dna tamb informaci detallada del genoma daquesta planta (ens dna una data, com es troba (en aquest cas amb alguns cromosomes ensamblats, aix vol dir que no tots ho estan encara), ens informa sobre la mida, el nombre de gens, el nombre de protenes, etc.). A ms a ms, ens deixa veure la informaci dels genomes dels orgnuls, aix ho veurem ms endavant per quan busquem per espcies tamb ens dna aquesta informaci. En aquest cas, com que s una planta lorgnul del que ens parla s el cloroplast, aix doncs tamb el trobarem seqenciat, mentre que dels mitocondrials no sen parla enlloc. Si entrem a les pestanyetes de dalt i anem al que posa genoma per exemple, ens surt una pantalla on trobem els links de les seqncies, hi tenim cada cromosoma (tots els cromosomes del genoma de la soja i tamb el genoma del cloroplast) amb links on podrem anar a veure la seqncia de cada un i tamb una srie de dades com: la mida, el contingut de GC, el nombre de protenes, gens, pseudogens, etc. desglossat en cadascun dels cromosomes. Per tant, si volgussim arribar a la seqncia dun genoma aquesta podria ser una manera.

Caracterstiques del DNA eucariota El DNA eucariota es caracteritza perqu est format per molcules lineals (els cromosomes ho sn) i aquesta fibra de DNA est empaquetada en diferents nivells d'organitzaci: Trobem les histones que formen els nucleosomes al voltant dels quals est empaquetada la cadena de DNA i aix es va condensant cada cop ms fins formar aquests cromosomes que sn tal qual els veiem a la mitosi. Hem de tenir en compte que en una cllula normal, s a dir, fora de la fase de divisi cellular els cromosomes no sn aix sin que noms presenten 2 braos tal com est senyalat a la imatge.

13/02/2012

Genmica, protemica i interatmica

Aqu els veiem amb els quatre braos per quan la cllula no sest dividint presenten noms dos braos (tal com veiem senyalat a la imatge) i noms quan es dupliquen en presenten quatre. Tot i aix en aquesta fase no estan tan condensats i per aix no els veiem amb els dos braos, sin que en un nucli interfsic el DNA es troba en forma de la fibra de 30 nm.

Qu entenem per un genoma eucariota seqenciat El principal objectiu de seqenciar un genoma eucariota s obtenir la seqncia complerta duna cpia de cada cromosoma. Com podem veure aix s diferent del contingut de DNA que hi ha en una cllula. La majoria deucariotes sn diploides, de manera que tenim dos cpies de cada cromosoma per el que nosaltres anomenem mida del genoma s a la suma de la longitud duna cpia de cada cromosoma. De manera que el genoma hum complert consta de 46 cromosomes (6000 Mb a nivell cellular, ja que s diploide) per el genoma hum seqenciat consta de 23 cromosomes diferents i un cromosoma Y (3000 Mb (haploide) en n rodons). Sempre que parlem de la mida dun genoma ho farem de la forma haploide, s a dir, duna cpia de cada cromosoma encara que lorganisme sigui diploide.

Mida dels genomes En aquesta grfica tenim representades les mides dels diferents genomes de diferents organismes. Tenim representat el valor mitj i el rang de mides del genoma que podem trobar en aquell grup dorganismes. Si ens fixem amb la grfica podem observar diferents curiositats; - Protozous: Presenten mides molt diverses, varien molt tot i ser eucariotes i incls alguns protozous poden presentar mides ms petites que alguns bacteris, que sn procariotes. Podem

13/02/2012

Genmica, protemica i interatmica

tenir doncs organismes eucariotes amb un tamany de genoma que organismes procariotes que nosaltres considerem inferiors. - Lungfishes (peixos pulmonats): Tenen un dels genomes ms grans incls que el nostre. Quan parlem de ms gran ens referim a molt ms gran al voltant de 40 vegades ms en alguns dels genomes daquests peixos. - Plantes amb flors (Flowered plants): Trobem plantes amb uns genomes que poden arribar a genomes de mides semblants a les daquests peixos pulmonats. El qu podem extreure daquesta grfica s que no hi ha cap relaci entre el tamany del genoma i la complexitat de lorganisme. Ja que trobem organismes que nosaltres considerem simples amb genomes ms grans que daltres que nosaltres considerem organismes ms complexes. Per exemple, nosaltres tenim un genoma de 3.000 Mb mentre que hi han genomes danimals ms simples que poden ser ms grans com en el cas del peix pulmonat amb un genoma de 132.000 Mb.

PARADOXA DEL VALOR C (quantitat de DNA): Aix est relacionat amb el qu estvem comentant, que no existeix cap correlaci entre la complexitat dun organisme i la mida del seu genoma. Aqu tenim una taula on veiem el mateix que al grfic anterior per amb nmeros. Podem observar una classificaci en diferents grups, on dins de cada un daquests hi trobem una diversitat
7

13/02/2012

Genmica, protemica i interatmica

enorme. Un no podria endevinar quin dels organismes t un genoma ms gran, ja que per exemple veiem que una espcie de salta-montes (Locusta migratoria) t un genoma de 5.000 Mb mentre que el genoma hum en t 3.000 Mb. O tamb veiem el cas duna planta (Fritillaria assyriaca) amb un genoma de 120.000 Mb. Perqu no veiem cap tipus de correlaci entre la complexitat i el tamany del genoma? 1. Lexplicaci s en part que els organismes menys complexes presenten uns genomes ms compactes, ms concentrats, amb menys seqncies que no serveixen de res. 2. Tamb gran part daquesta diferncia ve donada per la quantitat de DNA repetitiu. Com tots sabem als genomes trobem tot tipus de DNA repetitiu i elements mbils. El gruix daquest DNA repetitiu est format per elements mbils o elements transposables (TE), de manera que podrem considerar-los una mica sinnims. El percentatge que representen aquests elements mbils s variable en els diferents genomes. Aquests ens aporten seqncies que omplen el genoma per no aporten gens que contribueixin la complexitat del genoma sin que noms ens inflen els genomes. Per exemple, aquesta planta que hem comentat pode cont la meitat del genoma o ms delements mbils. Compactaci de diferents genomes: Aqu veiem un mateix fragment de genoma de 50 Kb en diferents espcies; Els gens els veiem senyalats de color verd i amb colors diversos el DNA repetitiu i elements mbils. 1. Saccharomyces (eucariota unicellular): Daquestes 50 Kb unes 26 gens i noms un element mbil (TE). 2. D. melanogaster (eucariota ms complexa): De les 50 Kb noms en troben 11 gens que tenen molts introns i dos elements mbils. 3. Humans: Aqu noms tenim 4 gens que contenen introns (tamb inflen) que sn molt grans en comparaci amb els exons. Si ens mirem el genoma de Drosophila cont exons molt grans i introns petits, per en humans s al revs. I a ms trobem 88 elements mbils. 4. Blat de moro (maize): Noms cont un gen i molts elements mbils. De manera que no podem deduir que com ms complexos ms elements mbils tindr el genoma ja que el blat de moro t molts ms elements mbils que els humans, i en principi daquests quatre organismes nosaltres ens considerarem els ms complexos (encara que lHctor en dubti). La idea s que no podem establir correlacions de cap tipus. La qesti s que trobem genomes molt inflats degut a aquests elements mbils i aix fa que organismes molt senzills presentin genomes de mides superiors del qu podrem esperar. I daltra banda tamb veiem que els
8

13/02/2012

Genmica, protemica i interatmica

genomes dorganismes ms senzills tenen menys matria sobrant, s a dir, tot el qu hi ha serveix. Mentre que els organismes ms complexes presenten genomes amb seqncies extres. El qu ens hem de plantejar doncs s si realment aquestes seqncies extres sn el qu els fan ms complexes o no. Aix doncs no hi ha cap correlaci que a priori ens pugui dir la complexitat/mida del genoma o com ser i quin contingut tindr el genoma. En moltes plantes trobem una gran quantitat de elements mbils mentre que en organismes ms senzills es tot molt ms aprofitat i no tant catic. Un altre extrem sn els procariotes on tot est molt ms aprofitat i on gaireb no trobem ni espai entre els gens. Algunes daquestes coses que hem vist sn mesures del nivell de compactaci. En aquesta taula podem observar un seguit de valors numrics; - Densitat gnica: Nombre de gens que trobem en un determinat nombre de seqncies. En aquest cas parlem del nombre de gens per Mb (podem observar als valors de la taula que va invers a la complexitat). - Introns per gen: Una altra forma dinflar el genoma (en el llevat gaireb no nhi ha). - DNA repetitiu: Quantitat de DNA ocupat per les seqncies repetitives. Nosaltres tenim gaireb la meitat del genoma constitut per elements mbils (el nivell del blat de moro seria superior).