Biochimie mtabolique - Cours n10

Renouvellement ( turnover ) protique et catabolisme des acides amins

La dgradation des protines et leur resynthse (= turnover ) est un phnomne constant dans lorganisme. Les protines ont une demi-vie trs variable : - ornithine dcarboxylase : 11 minutes - Hb : vie du globule rouge ( 120 jours) - cristalline : vie de lindividu Les acides amins sont gnrs par la digestion des protines dans lintestin et par la dgradation des protines dans la cellule (les acides amins non indispensables peuvent aussi provenir dune synthse de novo). Les acides amins libres ne sont pas stocks comme les acides gras et le glucose des fins purement nergtiques. Ils sont utiliss comme des blocs de construction pour la traduction ou servent de combustibles par le catabolisme de la chane carbone. La partie amine explique la part prpondrante des acides amins et protines dans le mtabolisme de lazote. I. La dgradation des protines alimentaires

La digestion protique commence dans lestomac o lenvironnement acide de lestomac favorise la dnaturation des protines. La premire enzyme protolytique est la pepsine. La dgradation des protines continue dans la lumire de lintestin grce aux enzymes scrtes par le pancras (trypsine, chymotrypsine, ). Les acides amins, di et tripeptides de la lumire intestinale sont transports dans les cellules intestinales, puis les acides amins passent dans le sang et peuvent tre absorbs par les tissus priphriques. II. La dgradation des protines intracellulaires est finement rgule A. Les protines dgrader sont tagues par lubiquitine (Ub) Lubiquitine est une petite protine de 76 acides amins hautement conserve chez les eucaryotes (seulement 3 acides amins sont diffrents entre lhomme et la levure). La glycine C-terminale de lUb se lie par une liaison isopeptidique (pseudopeptidique) au groupement -amin dune lysine de la protine dtruire.

La formation de la liaison consomme de lnergie et ncessite 3 types denzymes : E1, E2, E3. ex en pathologie : le virus du papillome humain (HPV) code pour une protine activit E3 reconnaissant spcifiquement la protine P53 qui est un suppresseur de tumeur la P53 est inactive par dgradation lsions prcancreuses du col de lutrus (vaccination possible chez les femmes entre 12 et 14 ans).

B. Toutes les protines ne sont pas tagues (et donc dgrades) la mme vitesse 1. Si conformation anormale Si la conformation est anormale (suite une erreur de traduction ou une oxydation par exemple), des motifs dacides amins sont anormalement prsents la surface de la protine, ils sont reconnus par les enzymes E3 protasome. ex en pathologie : certaines protines anormales chappent cette dgradation, telles que la protine PrPsc. 2. Les protines normales sont galement dgrades mais des vitesses variables Il existe une rgle gnrale : la vitesse de dgradation dpend des acides amins de lextrmit Nterminale de la protine qui sont lus par E3 ( rgle N-terminale ). ex : pour une protine de levure, si une mthionine en N-ter est remplace par une arginine on passe dune demi-vie de plus de 20 heures une demi-vie de 2 minutes. Il existe aussi une multitude de cas particuliers. ex : certaines protines dexpression cyclique ont des squences en acides amins qui sont slectivement tagues par des enzymes E3 actives suivant le cycle cellulaire ( botes de destruction des cyclines ).

C. Les protasome digre les protines marques par lubiquitine La protine ubiquitine est dnature puis dgrade dans le protasome (consomme de lATP). Lubiquitine non dgrade est recycle. Le protasome est un tonneau macromolculaire cytosolique avec 2 composantes diffrentes : - 20S : activit catalytique protolytique - 19S : activit rgulatrice

III.

Le catabolisme intracellulaire des acides amins et la synthse de lure

On peut sparer le devenir du groupe -amine et celui du squelette carbon. Il ny a pas de dsamination directe des acides amins sauf pour Glu et Gln dans le foie et le rein. Il y a une transamination qui transfre le NH3 des acides amins sur l-KG qui forme alors le glutamate rle central du glutamate. Lazote du groupe amine est finalement en plus grande partie limin sous forme dure (synthtise dans le foie, limine dans lurine) rle central du foie. Lhomme, comme tous les autres vertbrs terrestres, est urotlique (autres possibilits suivant lhabitat et le besoin deau : les oiseaux liminent lazote sous forme dacide urique = uricotliques, le ttard est amoniotlique, la grenouille est uricotlique). Le squelette carbon est converti en actyl CoA ou acto actyl CoA ou pyruvate ou un des intermdiaires du cycle de Krebs utilisation comme combustible nergtique ou noglycognse (pour certains acides amins).

A. Les groupes amines sont convertis en ions NH4+ en 2 ractions Transamination : NH3 est transfr sur l-ctoglutarate (-KG) Glu. Dsamination oxydative de Glu qui donne -KG (foie)

La GDH est mitochondriale (compartimentalisation qui permet une squestration de NH4+ qui est toxique). Elle peut utiliser NADP+ au lieu de NAD+ (suivant les espces). NB : la transamination est rversible et cest dailleurs une transamination dans les deux sens (peut servir pour la synthse des acides amins non indispensables). B. Le NH4+, toxique ltat libre, est transport dans le sang (vers le foie et le rein) surtout sous forme de Gln et Ala

C. Lammoniac est converti en ure dans le foie = cycle de lure tapes mitochondriales : formation du carbamyl-phosphate partir du NH4+ libre et transformation de lornithine en citrulline

Le premier azote de lure vient du NH4+ libre . Ce NH4+ provient de la dsamination de Glu sous laction de la GDH mitochondriale (ou ventuellement de la dsamination de la glutamine par action de la glutaminase galement mitochondriale). tapes cytosoliques : la citrulline est transporte dans le cytosol o elle se condense laspartate pour synthtiser largino-succinate.

Le deuxime azote de lure vient de laspartate . Laspartate est synthtis par transamination de loxaloactate, le donneur damine tant le glutamate (cf noglycognse, raction catalyse par ASAT). Larginosuccinase clive larginosuccinate en arginine et fumarate. Puis larginine est hydrolyse en ornithine et ure.

Lornithine est transporte dans la mitochondrie pour un autre cycle.

80 % de lazote est limin sous forme dure (dans lurine, 10 kg dure/an). Le reste est limin sous forme de NH4+ dans lurine (dsamination rnale) et lacide urique. D. Le cycle de lure ncessite de lATP et est li au cycle de Krebs Lquivalent de 4 molcules dATP est ncessaire pour synthtiser une molcule dure (cf formation du carbamyl-phosphate et de laspartate). Laspartate (via loxaloactate) et le fumarate (substrat du cycle de Krebs) lient le cycle de lure et le cycle de Krebs.

E. Catabolisme du squelette carbon des acides amins 3 modalits : - transformation en actyl CoA ou actoactyl CoA : acides amins dits ctognes : Leu, Ile, Lys, Tyr, Phe, Trp - transformation en pyruvate (catabolisme dans Krebs ou possibilit de noglycognse) - transformation en intermdiaire du cycle de Krebs (catabolisme dans Krebs ou possibilit de noglycognse)

Seuls Leu et Lys sont uniquement ctognes, les autres acides amins peuvent tre glucoformateurs ( ctognes) via le pyruvate ou un intermdiaire du cycle de Krebs. F. Exemples danomalies pathologiques du cycle de lure Les dfauts des enzymes du cycle de lure peuvent entraner une lvation de la concentration sanguine de NH4+ (= hyperamonimie) responsable de lsions crbrales pouvant entraner coma et dcs. La toxicit de NH4+ serait lie lhypersynthse de glutamine et de glutamate associe une augmentation de la pression osmotique (et un dme intracrbral) et un dficit nergtique par dpltion de l-KG disponible (blocage du cycle de Krebs). ex : insuffisance hpatique svre (compliquant une cirrhose) ex : mutation du gne de lOCT (ornithine carbamyl transfrase) : chez lenfant elle se manifeste 1 2 jours aprs la naissance par une lthargie, puis un coma, allant jusquau dcs.