Docking

Unidad Didctica

Seguro que no habas pensado comenzar tan pronto a investigar sobre cosas tan importantes y adems formar parte de un equipo tan numeroso; ahora tienes la oportunidad. En Zaragoza se ha formado un grupo de investigacin sobre Docking de protenas y te necesita. Como muy bien conoces, cada proceso de investigacin necesita la colaboracin de mucha gente durante bastante tiempo. Tambin conoces que los avances en el tratamiento de cualquier enfermedad no se producen de cualquier forma; requieren paciencia, mltiples investigaciones y comprobaciones y para eso hace falta la dedicacin de muchas personas. En Zaragoza hay un grupo de investigadores que participa en un proyecto internacional para el descubrimiento de frmacos contra organismos infecciosos, mediante un procedimiento novedoso en el que t puedes participar, de modo que se salven muchas vidas o mejore la calidad de vida de muchos enfermos. Se trata de atacar enfermedades conocidas como la lcera gastroduodenal, los tumores gstricos, la tuberculosis, la hepatitis C, o el SIDA -para este ltimo caso ya podemos hablar de xito, que se ha traducido en nuevos frmacos para el tratamiento de la enfermedad-. Hay que hacer pruebas y pruebas antes de que se tenga la solucin. Ahora esos ensayos se simulan en un ordenador pero para ejecutar todas las operaciones debera ser potentsimo y eso es difcil. Ms sencillo es juntar las potencias de muchos ordenadores domsticos, pues realizan el mismo trabajo que uno enorme. Ah entras t! Vas a enganchar tu ordenador en la investigacin para mejorar la calidad del proceso, con algo tan simple contribuyes al desarrollo de algn frmaco trascendental para la mejora de la salud; adems, aprenders cosas que no sabas sobre las protenas que te servirn para la clase. Te parece poco? Muchas gracias y adelante.

1. REPASA QU ES UNA PROTENA

Las protenas, cuyo nombre significa lo primero o en primer lugar, lo ms importante- viene de la palabra griega ("prota")- son las macromolculas ms abundantes en las clulas y constituyen casi la mitad del peso seco de la mayor parte de los organismos. De todas las sustancias que forman la materia viva son a las que se les atribuye un papel protagonista en las actividades celulares, adems de formar parte de casi todas las estructuras microscpicas que componen clulas y tejidos.

Si quieres revisar lo que ya sabes y conocer lo compleja que es la vida celular puedes ver un vdeo titulado: The Inner Life of a Cell

Reconoces algn tipo de clula, orgnulo o proceso celular?

2. CONOCE CMO SON SU COMPOSICIN QUMICA Y SU ESTRUCTURA

A.1 Hay que reconocer la composicin qumica para poder actuar.
Sabras decir, de entre todos los elementos qumicos de la tabla peridica, cules forman parte de las protenas?

T puedes ser una parte importante de un equipo de investigacin cientfica.

Si no eres capaz, busca informacin en alguna de las pginas que te sealamos Conoces por qu se dice que son macromolculas? Entrate de qu pesos moleculares alcanzan; revisa tambin qu quiere decir que son polmeros y ya ests en mejor situacin para seguir.

A.2 Parece que para entender la composicin y estructura de una protena tenemos que empezar por saber qu es un aminocido (las cuentas del collar).
Escribe las frmulas y el nombre de tres aminocidos y descubre qu grupos qumicos tienen en comn (as entenders por qu reciben ese nombre).

Recuerda: La singularidad de un aminocido se la proporciona la parte variable en su molcula; as hay aminocidos polares y apolares (con afinidad por el agua o sin ella), de carga positiva y negativa. Los aminocidos se unen mediante un tipo especial de enlace covalente denominado enlace peptdico dando lugar a molculas lineales denominadas dipptidos, tripptidos, oligopptidos, polipptidos, segn el nmero de aminocidos encadenados (los aminocidos seran las cuentas de las que hablbamos arriba y el collar el polipptido o cadena polipeptdica).

Teniendo en cuenta que existen 20 (o 21) tipos distintos de aminocidos, las combinaciones posibles para una protena pequea de unos 200 aminocidos son numerossimas, de ah que digamos que existe una gran diversidad o variabilidad dentro de las protenas.

En las protenas la composicin qumica es importante, pero tanto o ms lo es su estructura tridimensional, es decir la forma que cada protena tiene de plegarse espontneamente en el espacio. Como consecuencia de las interacciones (otras formas de enlaces ms dbiles que el peptdico) entre los distintos aminocidos, la cadena polipeptdica tiende a perder su forma lineal para adoptar diferentes y, a veces, muy complejas conformaciones espaciales. Por eso al describir una protena no basta con conocer la secuencia lineal de aminocidos eso sera lo que denominamos estructura primaria- sino tambin todos esos pliegues y dobleces -estructura secundaria y terciaria-. Y para complicarlo todava ms, resulta que hay protenas que estn Fig. Modelo tridimensional de formadas por ms de una cadena polipeptdica (hablamos entonces una protena de estructura cuaternaria).

Fig. Niveles estructurales en una protena y enlace peptdico

La forma tridimensional o conformacin de una protena viene determinada por la secuencia de aminocidos que la integran. Podramos hacer la siguiente analoga: de la misma forma que una partitura con su sucesin ordenada de notas sobre el pentagrama se convierte en una meloda concreta al ser interpretada, una cadena de aminocidos determinada da lugar a una serie de interacciones (uniones y repulsiones) entre sus miembros que deciden la forma espacial tambin concreta. Por tanto, tambin en lo estructural existe diversidad; se puede resumir diciendo que cada protena posee una estructura, y una funcin como veremos ms adelante.

Para saber ms: Si quieres entretenerte con una unidad didctica que te ayudar a visualizar mejor la forma tridimensional de las protenas y realizar pequeas investigaciones, aqu tienes un buen enlace:

3. CADA PROTENA DESARROLLA UN TRABAJO ESPECIALIZADO

Ya sabemos lo que es una protena, cul es su composicin qumica y reconocemos su estructura, pero para poder investigar necesitamos conocer sus propiedades. Vamos a fijarnos solamente en una que adems de ser muy interesante nos permite entender los objetivos del proyecto que nos traemos entre manos; se trata de la especificidad. Se ha observado que cada protena lleva a cabo una funcin

concreta y lo realiza porque posee una determinada secuencia de aminocidos y una conformacin

T puedes ser una parte importante de un equipo de investigacin cientfica.

espacial propia; por lo que un cambio en la estructura de la protena puede significar la prdida de esa funcin. (Como ves, forma y funcin siempre van de la mano, es una regla que acompaa a todos

los objetos, herramientas, mquinas,que empleamos a diario. Sabramos justificar por qu un sacacorchos es cmo es; pues igual sucede con las protenas).

Adems, cuando empleamos la palabra especficas para definir a las protenas queremos decir tambin que cada especie, incluso cada individuo en algunos casos, posee sus propias protenas, digamos que no son intercambiables, y cundo hablamos de frmacos dirigidos a bloquear actividades de protenas, lo que sirve para la gripe, no tiene por qu servir para el SIDA, son virus diferentes, con protenas diferentes. Hablando de funciones, el listado de especialidades es inmenso. Si consultas la pgina web de la actividad siguiente te dars cuenta de que hay protenas especializadas en transporte de sustancias, otras tienen una misin defensiva; hay un grupo muy especial, las enzimas, cuya tarea consiste en acelerar las reacciones qumicas que se producen en nuestras clulas, es decir son catalizadores biolgicos - sin ellas el metabolismo sera tan lento que la vida sera imposible-. Otras slo tienen una funcin de reserva, algunas son reguladoras y las hay responsables de la contraccin muscular.

A.3 Busca ejemplos concretos para cada funcin.

Busca ejemplos concretos de protenas que desempeen las funciones anteriormente descritas u otras funciones no mencionadas.

4. A VECES LAS PROTENAS DEJAN DE ACTUAR

Con todo lo que llevamos hablando seguro que ya tenis claro que si una protena pierde su estructura tridimensional queda incapacitada para realizar su funcin. Esta circunstancia puede darse al someterlas a elevadas temperaturas, a medios cidos, al cambiar su composicin durante su sntesis, o al verse bloqueadas por otras molculas. En una protena, no todas las regiones tienen la misma importancia, su actividad concreta se localiza en determinadas zonas llamadas sitios activos. Por eso, si alguna molcula extraa se acopla a esa zona acta como inhibidor- la protena perder su actividad.
Fig. El sitio activo. de una anhidrasa carbnica.

Fig. Representacin simplificada de una enzima, la sacarasa y su sitio activo, mostrando la actividad que desempea en nuestro tubo digestivo

Ojo!. Hay otro tipo de inhibidores que se unen en un lugar diferente al sitio activo, lo cual provoca un cambio de forma de la protena y por lo tanto del sitio activo.

Encontrars ms informacin en

(inhibidores enzimticos).

5. TAMBIN LOS VIRUS Y LAS BACTERIAS TIENEN SUS PROTENAS

Hasta ahora hemos tratado cuestiones generales; ha llegado el momento de conocer las armas con las que actan nuestros enemigos microscpicos - tenemos que conocer algo ms sobre estas formas de vida- antes de hablar de la tcnica del docking. Por ahora nos centraremos en los virus, porque muchos de los proyectos con docking van dirigidos a buscar frmacos para el tratamiento de enfermedades causadas por ellos, concretamente la hepatitis

Fig. Proteasa del VIH bloqueada por un inhibidor,descubrimiento posible gracias al docking de protenas Fuente: http://fai.unne.edu.ar/biologia/virologia/hivpv.htm

Fig. Virus de la inmunodeficiencia humana (SIDA)

y el SIDA. Usaremos el virus del SIDA o VIH -virus de la inmunodeficiencia humana- como ejemplo para saber algo ms de la particular forma de vida, de la estructura y ciclo vital de estos seres tan simples pero a la vez tan destructivos para nuestras clulas debido a su condicin de parsitos intracelulares. Adems, el primer xito que se han apuntado los equipos de investigacin que trabajan con la tcnica de docking ha sido precisamente con este virus; han identificado sustancias que bloquean protenas virales como la proteasa del VIH.

A.4 Conoce mejor al virus VIH y sus protenas.

En las pginas que te sugerimos encontrars mucha informacin, podrs ver animaciones y dibujos sobre los virus en general y el del SIDA en particular. Comprobars que el VIH se sirve de muchas protenas para acoplarse a una clula humana (en concreto a los linfocitos T-4) y producir la infeccin. Algunas de estas protenas tan valiosas para el virus son la Proteasa, la Transcriptasa inversa, la Integrasa y las GP120 y GP41. Si buscas informacin sobre el papel que desempea cada una no te costar entender por qu son el blanco (molcula blanco o diana) al que intentan disparar los proyectos de investigacin farmacolgica con su tcnica de docking. En definitiva, estos proyectos tratan de encontrar posibles inhibidores (ligandos) que paralicen la actividad infecciosa del virus en diferentes etapas.

T puedes ser una parte importante de un equipo de investigacin cientfica.

Sobre virus en general:

Sobre el VIH:

Animacin en Grupos de frmacos y resistencia a los mismos

6. LOS CIENTFICOS HAN DADO CON UNA TCNICA NOVEDOSA PARA EL ESTUDIO DE ENFERMEDADES VIRALES Y BACTERIANAS: EL DOCKING
Hemos tratado de guiaros para que conozcis detalles sobre las protenas y su importancia en las actividades vitales de cualquier ser vivo desde un gato o un geranio hasta el virus del SIDA. Ahora vamos a detenernos en explicar la tcnica del docking. No debis preocuparos por la palabra; en realidad, se trata de algo parecido a intentar buscar la llave de vuestra casa en un contenedor gigantesco donde se recogen las llaves de las viviendas de todos los espaoles, ms o menos. Para conseguir dar con ella seguro que hay que probar muchas veces.

Importancia del mtodo docking para el estudio de enfermedades virales y bacterianas. El docking es un mtodo moderno que se fundamenta en la bsqueda sistemtica de nuevas sustancias con efectos teraputicos y se apoya en la simulacin por ordenador. Para ello necesita un gran banco de molculas virtuales candidatas, a las que se someten a infinitas pruebas mediante un programa informtico especialmente diseado para ello, hasta localizar aqullas que presentan mayor afinidad por el sitio activo de la protena o blanco contra la cul se est buscando un frmaco. Los frmacos as hallados son ms selectivos ya que nicamente bloquean a la protena blanco (nunca protenas humanas, recuerda aquello de la especificidad) y la actividad que esta desempea en el proceso infeccioso. Esta tarea selectiva los hace menos txicos que aquellos otros frmacos encontrados mediante otros procedimientos tradicionales. Tiene tambin otra ventaja pues acorta la fase de ensayo en el laboratorio; de esta forma, estas pruebas reales in vitro quedan reservadas para los mejores candidatos tras el cribado del docking. Estos procedimientos constituyen algunas de las principales lneas de investigacin llevadas a cabo actualmente por la Universidad de Zaragoza. No solo se buscan ligandos (inhibidores) contra algunas protenas del virus del SIDA, sino tambin contra la Flavodoxina, una protena de Helicobacter pylori, bacteria responsable de la lceras estomacales, contra la proteasa NS3 del virus de la hepatitis C que puede causar cirrosis y cncer de hgado y la FAD sintetasa de Mycobacterium tuberculosis. En realidad, el proceso del docking pasa por varias etapas: 1 Es necesario conocer el blanco: Su estructura tridimensional (cmo es la protena, su tamao, forma, entrantes y salientes en la superficie sobre la cul se quiere actuar)
Fig. Helicobacter pylori infectando la mucosa estomacal humana.

 La localizacin y la caracterizacin de su sitio activo. La determinacin de otras regiones susceptibles de unirse a ligandos y provocar inhibicin. 2 Hay que buscar y seleccionar las molculas orgnicas afines que acten como ligandos sobre esa protena. 3 Hay que llevar a cabo una simulacin de la formacin de complejos ligando protena. Al final, se trata de buscar y encontrar el ligando ms potente - recordad que no slo se selecciona la molcula, sino tambin su mejor posicin para que el acople sea perfecto y por tanto la inactivacin mxima-

Fig : Ejemplos de complejo ligando-protena.

A.5 Visualizar las animaciones para conocer ms detalles.

Revisad las tres animaciones, contienen ejemplos concretos de cuestiones que hemos abordado en esta propuesta. Comentad en grupo los detalles que ms os han sorprendido y las dudas que os hayan quedado. Animaos y seguid indagando para conocer ms cosas sobre el docking. A. Una interaccin protena-ligando: B. Otro ejemplo de interaccin protena-ligando mostrando el sitio activo: C. Otro ejemplo de docking:

7. AVISO: LA CIENCIA NECESITA TU ORDENADOR PARA SABER MS COSAS SOBRE LAS PROTENAS
Hemos visto muchas cosas sobre las protenas, seguramente algunas las sabas ya. Los cientficos trabajan sobre estas propiedades pero necesitan conocer muchos ms aspectos para alterar su funcionamiento y elaborar frmacos que bloqueen o impulsen una determinada funcin. Hoy el ordenador es imprescindible para hacer ciencia. Si pudieses entrar en muchos equipos de investigacin veras a una o varias personas haciendo lo mismo que esta investigadora. Observar,

T puedes ser una parte importante de un equipo de investigacin cientfica.

anotar datos, plantear hiptesis y realizar tratamientos de datos exigen millones de maniobras que se facilitan con los ordenadores, pero para ello se necesitaran ordenadores gigantes o, ah entras t, muchos ordenadores personales conectados. Vers, cuando usas el procesador de textos o ests chateando no utilizas casi nada de la potencia de tu ordenador. Esos tiempos son los que puedes donar a la ciencia sin que lo notes. No s si te habas dado cuenta despus de tanta insistencia, pero Necesitamos tu ayuda! Ya te diremos qu puedes hacer para conectar tu ordenador a un gran proyecto de investigacin. Ya has logrado conectarte? Enhorabuena!, formas parte de un gran equipo que busca mejorar la calidad de vida de las personas que padecen ciertas enfermedades. Puedes sentirte importante. Ah! se nos olvidaba. Muchas gracias.