PROCESO ENDOGORNICO TOPOISOMERASA: HELICASA: que abren el DNA a costa de la hidrlisis de ATP (rompiendo los puentes de hidrgeno) .

Las helicasas son protenas que intervienen en muchos procesos, reparacin, transcripcin y recombinacin, no slo en replicacin. Mecansticamente hay dos tipos de helicasas que avanzan unidireccionalmente por el DNA con una polaridad especfica, unas se unen a colas de DNA de banda simple con extremo 3 avanzando en sentido 3 5 y otras se unen a colas 5 avanzando en sentido 5 3. Crea la burbuja que son 18 pares de bases desnaturalizadas PROTEINA SSB: protenas ligantes de ADN monocatenario: Protenas que se unen al DNA de hebra simple en el proceso de replicacin del DNA, con la finalidad que la horquilla replicadora mantenga su estructura y no se reforme el DNA dplex CEBADOR: Es una secuencia corta de cido nucleico que contiene un grupo 3'hidroxilo libre que forma pares de bases complementarios a una hebra molde (Se necesita un partidor porque la mayora de ADN polimerasas, enzimas que catalizan la replicacin del ADN, no pueden empezar a sintetizar una nueva cadena de ADN de la nada, sino que solo pueden aadir nuclotidos a una hebra preexistente) La eleccin de la longitud de los partidores y de la temperatura a la que se derriten La temperatura de derretimiento de un partidor se define como la temperatura a la cual el 50% de esa misma especie de molcula de ADN forma una doble hlice estable y el otro 50% se separa en molculas de un solo filamento. La temperatura de derretimiento requerida aumenta con la longitud del partidor. Los partidores que son demasiado cortos se anexaran en diversas posiciones en una larga plantilla de ADN, lo cual llevara a copias no especficas. Por otro lado, la longitud del partidor est limitada por la temperatura requerida para derretirlo. Las temperaturas de derretimiento muy altas, es decir por encima de los 80 C pueden causar problemas porque la ADN polimerasa es menos activa en esas temperaturas. La longitud ptima de un partidor generalmente est entre 20 y 30 nucletidos con una temperatura de derretimiento de entre 55 y 65 C. Hay muchas formas de calcular la temperatura de derretimiento de los partidores (A, G, C y T son el nmero de nucletidos en el partidor, respectivamente. [Na+] es la concentracin de Na+ en el tubo de PCR). (Mtodo "GC", ajustado a la sal, calculo de pila de bases) ADN PRIMASA, es un ADN Polimerasa. Por tanto La primasa tiene la particularidad de no necesitar cebador para comenzar la sntesis de la nueva hebra de ADN ADN Polimerasa III : Llevan a cabo la sntesis de la nueva cadena de ADN emparejando los desoxirribonucletidos trifosfato (dNTP) con los desoxirribonucletidos complementarios correspondientes del ADN molde. Los dNTP que se usan en la replicacin del ADN contienen tres

fosfatos unidos al grupo hidroxilo 5' de la desoxirribosa y dependiendo de la base nitrogenada sern dATP, dTTP, dCTP o dGTP. Ligasa: enlaces covalentes entre el extremo 5 de una cadena polinucleotdica y el extremo 3 de otra cadena polinucleotdica. 1. Las que forman enlaces carbono-oxgeno. 2. Las que forman enlaces carbono-azufre. 3. Las que forman enlaces carbono-nitrgeno. 4. Las que forman enlaces carbono-carbono. 5. Las que forman enlaces de steres fosfricos ddNTP: La falta de este grupo hidroxilo implica la imposibilidad de formar un enlace fosfodister con otros nucletidos, el cual se produce entre el grupo 5'-fosfato de uno y el grupo 3'-hidroxilo de otro. Por tanto, durante la replicacin de una molcula de ADN, la adicin de un ddNTP a la cadena de nueva sntesis supone que el proceso se detenga. Esto es til en procesos de secuenciacin de ADN, como en el mtodo de Sanger.

PROTEINA Una molcula de ARN copia un gen. ACTINA: Protena que se involucra con la arquitectura de el citoesqueleto PROMOTOR: Dicha regin -el promotor- est compuesta por una secuencia especfica de ADN localizado justo donde se encuentra el punto de inicio de la transcripcin del ADN y contiene la informacin necesaria para activar o desactivar el gen que regula. El promotor est presente tanto en procariotas como eucariotas. Se unen mediante enlaces de hidrogeno y fuerza de Vaan Der Waals TATA BOX: Considerada como la principal secuencia del promotor, es el sitio de unin tanto de los factores de transcripcin como de las histonas (la unin de factores de transcripcin bloquea la unin de las histonas y viceversa) y est implicada en el proceso de transcripcin por la ARN polimerasa. ARN POLIMERASA II: Su unin a las secuencias promotoras de la expresin gnica depende de la presencia de factores de transcripcin.2 Como enzima, se trata de una nucleotidil transferasa capaz de aadir, en ausencia de cebador, un nuevo residuo a un ribonucletido en su extremo 3'.

Una vez sintetizado el primer enlace fosfodister, se debe deshacer el complejo del promotor para que quede limpio para volver a funcionar de nuevo. Durante esta fase hay una tendencia a desprenderse el transcrito inicial de ARN y producir transcritos truncados, dando lugar a una iniciacin abortada, comn tanto en procariontes como eucariontes. Una vez que la cadena transcrita alcanza una longitud de unos 23 nucletidos, el complejo ya no se desliza y da lugar a la siguiente fase, la elongacin. La disgregacin del promotor coincide con una fosforilacin de la serina 5 del dominio carboxilo terminal de la ARN polimerasa, que es fosforilado por el TFII H (que es una protena quinasa dependiente de ATP)

TERMINACION: La terminacin est sealizada por la informacin contenida en sitios de la secuencia del ADN que se est transcribiendo, por lo que la ARN polimerasa se detiene al transcribir algunas secuencias especiales del ADN. Estas secuencias son ricas en guanina y citosina, situadas en el extremo de los genes, seguidas de secuencias ricas en timina, formando secuencias palindrmicas, que cuando se transcriben el ARN recin sintetizado adopta una estructura en horquilla que desestabiliza el complejo ARN-ADN, obligando a separarse de la ARN polimerasa, renaturalizndose la burbuja de transcripcin. Algunas secuencias de ADN carecen de la secuencia de terminacin, sino que poseen otra secuencia a la que se unen una serie de protenas reguladoras especficas de la terminacin de la transcripcin como rho. Rho: En zonas sin seales de terminacin, la transcripcin puede detenerse mediante protenas rho. stas se unen a zonas del ARN desnudo llamadas sitios rut, e hidrolizan ATP para generar energa que emplean para cerrar la burbuja de transcripcin y expulsar el ARN. An no se sabe bien cmo actan y cmo deciden en qu punto terminar la transcripcin. MADURACION 1.5% Codifican para protenas 98.5% Promotores, intrones, genes de regulacin. AUTOSPICING: Corte y empalme en el que el propio intrn acta como catalizador en su eliminacin, por lo que no se requiere de protenas. Cuando un fragmento de ARN tiene actividad cataltica se le denomina ribozima. Para que el mecanismo de autosplicing sea preciso se requiere de la hidrlisis de ATP. Existen dos tipos de intrones que actan como ribozimas, los intrones del grupo I y los del grupo II. La similitud en el mecanismo de corte y empalme de estos intrones y el spliceosoma sugiere que probablemente evolucionaron juntos aunque tambin se ha propuesto que el autosplicing surgi durante el mundo de ARN. POLI A: Para aadir esta cola existe un complejo que posee todas actividades enzimticas necesarias que se denomina poliadenilosoma y se encuentra ntimamente asociado al dominio CTD de la RNA-polimerasa II

Traduccion: Procariota -Co-transcripcional: antes de que termine la transcripcin ya pude estar traduciendose -Polisoma: Antes de que termine de traducirse en un ribosoma, ya se estra traduciendo en otro -Shine- Dalgarmo: secuencia corta que colabora en el correcto posicionamiento del mensajero -Formilmetionina: AA modificado (AUG) diferenciado de los otros (AUG) los cuales posicionan una metionina normal. ARNt: Los ARN-t suelen presentar bases nitrogenadas poco frecuentes como son la pseudouridina (), metilguanosina (mG), dimetilguanosina (m2G), metilinosina (mI) y dihidrouridina (DHU, UH2). Mediante un experimento se demostr que era posible transformar el cisteinil-ARN-t mediante tratamiento con hidruro de nquel en alanil-ARN-t. Este tratamiento convierte la cistena en alanina. De esta manera se consigui un ARN-t especfico de cisteina que en lugar de llevar unida cisteina llevaba unida alanina. Cuando se empleo este ARN-t hbrido para sintetizar protenas se pudo comprobar que en el lugar en el que deba aparecer cisteina en la secuencia del polipptido apareca alanina. Por tanto, el que llevaba a cabo el reconocimiento del codn del ARN-m era el anticodn del ARN-t y no el aminocido. SEDIMENTACION Los genes (ADN-r) que codifican para los ARN-r 28S, 5,8S y 18S que forman parte de la subunidades grande y pequea de los ribosomas eucariticos se localizan en regiones concretas de los cromosomas, estas regiones reciben el nombre de Regiones organizadoras nucleolares (NOR). Adems, en cada NOR hay centenares de copias repetidas en tandem de estos genes. Como se ha indicado en el captulo de transcripcin estos genes sufren un procesamiento, de manera que la copia recin transcrita o molcula precursora de los ARN-r tiene un tamao mayor (constante de sedimentacin 45S en mamferos). Los genes que llevan la informacin para el ARN 5S se encuentran en otras regiones cromosmicas diferentes, no estn en los NOR. ACTIVACION Por ltimo, la especificidad de reconocimiento de las aminoacil-ARN-t-sintetasas y el correspondiente aminocido no reside en el anticodn del ARN-t. Esta especificidad es lo que se ha llamado el Segundo Cdigo Gentico. Esta especificidad reside en el par de bases G y U que ocupan las posiciones 3 y 70, respectivamente del ARN-t. La ausencia de este par impide que se una la alanina a su ARN-t y la introduccin de dicho par en la misma posicin en los ARN-t-cys y ARN-t-phe les confiere la capacidad de unirse al aminocido alanina.

INICIACION DE LA CADENA POLIPEPTIDA:

Fase 1: Unin del mensajero (ARN-m) a la subunidad pequea 30S de los ribosomas estimulada por la accin del factor IF3. Fase 2: El ARN-t-iniciador (ARN-t-Formilmetionina) se une al factor IF2 y a GTP y se situa en la Sede P. Fase 3: Unin de las dos subunidades ribosomales 30S y 50S mediante la hidrlisis del GTP unido a IF2 catalizada por una protena ribosomal. Una vez unidas ambas subunidades se sueltan o disocian los factores IF2 e IF3. La funcin de IF1 no se conoce con exactitud aunque se cree que interviene en el proceso del reciclado de los ribosomas.

ENLONGACION: La elongacin o crecimiento de la cadena polipeptdica tiene lugar en esencia mediante la formacin de enlaces pptdicos entre los aminocidos sucesivos. Intervienen en este proceso, el peptidil-ARN-t, los aminoacil-ARN-t, ribosomas, ARN-m, enzimas, factores proteicos de elongacin EF-Tu, EF-Ts y EF-G y fuentes de energa como GTP. Se pueden distinguir cuatro fases esenciales en el proceso de elongacin. Fases:

Fase 1: El aminoacil-ARN-t correspondiente al siguiente triplete del ARN-m entra en la sede A dl ribosoma gracias a la intervencin del factor EF-Tu. Para ello EF-Tu se une primero a GTP activndose y despus el complejo activado (EF-Tu-GTP) se une al aminoacil- ARN-t. Despus la hidrlisis de GTP a GDP favorece la entrada del aminoacilARN-t en la sede A y el complejo EF-Tu-GDP se libera. Fase 2: La liberacin del ribosoma del complejo EF-Tu-GDP esta mediada por la intervencin del factor de elongacin EF-Ts. Este factor, EF-Ts, tambin interviene en la regeneracin y activacin del factor EF-Tu. Fase 3: La transferencia de la cadena peptdica del peptidil-ARN-t que est en la Sede P al aminoacil-ARN-t nuevo que ha entrado en la sede A. Esta reaccin est catalizada por un enzima que es la peptidil-transferassa. Despus el ribosoma avanza un codn sobre el ARN-m en la direccin 5'3' (se transloca). Este paso se realiza gracias a la intervencin del factor EF-G activado por la hidrlisis de GTP. En esta fase se libera el ARN-t descargado que estaba en la sede P y al moverse el ribosoma el pptidil-ARN-t recin formado que estaba en la sede A pasa a ocupar la sede P.

TERMINACION:

El factor RF1 reconooce los codones UAA y UAG y el factor RF2 identifica a los codones UAA y UGA. El factor RF3 tambin colabora en la reaccin de terminacin. Cuando el peptidil-ARN-t est en la sede P los factores de terminacin en respuesta a la existencia de un codn de terminacin en el ARN-m entran en la sede A. Como consecuencia el polipptido se libera de la sede P, se disocian las dos subunidades del ribosoma y se libera el ARN-t que estaba en la sede P. Esta reaccin de terminacin se lleva a cabo mediante la hidrlisis de GTP.