Glosario de trminos filogenticos

Alineacin de secuencias de ADN: es una forma de representar y comparar dos o ms secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podran indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o protenas consultados.

Anlisis filogentico: es la reconstruccin de la filogenia a nivel evolutivo; estudio de determinados caracteres que se suponen importantes para la evolucin de los grupos taxonmicos. Es a partir de estos caracteres con los cuales ser posible establecer las relaciones filogenticas.

rbol de Wagner: es el mtodo que conecta los taxones de a uno por vez hasta que todos han sido incorporados, es basado en el mtodo propuesto por Wagner.

Argumentacin hennigiana: este consiste en considerar la informacin proporcionada por los caracteres, construir un subcladograma para cada uno de ellos y combinar todos los subcladograma en el cladograma que implique el menor nmero de pasos o cambios. Usa tres reglas: regla del agrupamiento, regla de la inclusin/exclusin y regla de la homoplasia.

Autapomorfa: estado de carcter apomrfico que se encuentra en un solo taxn.

Bsqueda branch and bound: este es un mtodo rpido en cual se ahorra el esfuerzo de bsqueda al examinar solo los cladogramas que probablemente son mas cortos, tambin se le conoce como enumeracin implcita.

Bsqueda exhaustiva: esta es otra manera de encontrar el cladograma ms parsimonioso consiste en examinar todas las soluciones posibles. Luego de examinar todos los cladogramas completamente resueltos, si el cladograma mas coroto posee alguna rama no sustentada por ningn carcter, entonces se colapsa esta rama.

Bsqueda por permutacin de ramas (branch swapping): este mtodo corta y rearregla ramas del cladograma para hallar la topologa mas corta, permite tomar atajos para no examinar todos los cladogramas posibles. Hay dos tipos: Permutacin local de ramas o intercambio con el vecino mas cercano y permutacin global de ramas.

Carcter binario (codificacin): cuando hay dos estados de carcter, simplemente asignamos nmero diferentes a cada, siendo lo ms frecuente emplear un 0 para el estado plesiomrfico y un 1 para el estado apomrfico.

Carcter multiestado (codificacin): cuando un carcter posee tres o ms estados de carcter, existen diferentes opciones para codificarlo.

Comparacin con el grupo externo: este asume que los estados plesiomrficos son aquellos presentes en algunos de los integrantes del grupo de estudio y en los del grupo externo, mientras que los apomrficos solo se hallan dentro del grupo de estudio, Para esto se debe entender que un grupo externo (outgroup) escualquier grupo usado en el anlisis que no es incluido en el taxn bajo estudio.

Estado faltante: este es cuando un espcimen esta incompleto.

Estado inaplicable: es cuando el taxn carece de la estructura, por lo que no se puede ver el estado de carcter.

Estado polimrfico: es cuando el taxn terminal posee dos o ms estados de carcter diferentes, especialmente cuando se trata de un taxn supraespecfico. Hay varias formas de codificarlo.

Homologa: mismo rgano o estructura cual siquiera sean su forma y funcin, en distintos organismos; en un marco evolutivo, los caracteres homlogos pueden rastrearse a un mismo estado de carcter en el ancestro comn de los taxones que lo poseen o considerarse como una serie de transformacin del mismo estado de carcter.

Homoplasia: indica caracteres que no son el mismo carcter cuando se retrocede hasta la especie troncal comn

Inferencia bayesiana: es el enfoque propuesto mas recientemente para la inferencia filogentica, se relaciona con la verosimilitud mxima.

Matriz de datos: este se hace una vez que se han codificadp los caracteres, se compilan en esta. Convencionalmente los taxones se ubican en las filas y los caracteres en columnas.

Mtodos de distancia: se basan en el supuesto que la similitud entre secuencias, que mide el nmero de cambios que ocurren en las ramas puede asimilarse con una relacin filogentica. Incluye el anlisis de agrupamientos y mtodos de optimalidad como la evolucin mnima.

Monofilia: incluye todas las especies que descienden de un ancestro comn y se basa en sinapomorfas o en una combinacin de caracteres.

Parafilia: incluye algunos pero no todos los descendientes del ancestro comn y se basa en simplesiomorfas.

Parsimonia: simplicidad, es una cuestin practica metodolgica, sencillos origen. Es un principio metodolgico, no ontolgico.

Pesado de caracteres: los mtodos filogenticos basados en el principio de parsimonia usualmente asumen que todos los caracteres poseen el mismo peso. Hay distintos enfoques: pesado de caracteres a priori, compatibilidad, pesado de

caracteres sucesivo, pesado de caracteres implcito t pesado de caracteres moleculares.

Polifilia: incluye especies descendientes de ancestros diferentes y se basa en convergencias o paralelismos. Se rechazan.

Simplesiomorfa: estado de carcter plesiomrfico que se encuentra en dos o ms taxones.

Sinapomorfa: estado de carcter apomrfico que se encuentra en dos o ms taxones, el cual se hipotetiza que surgi en la especie ancestral de dichos taxones y no en una especie ms antigua.

Verosimilitud mxima: situaciones en las que se debe decidir cual es la explicacin mas adecuada, se asume que las secuencias evolucionaron de acuerdo con un rbol y que las posibles hiptesis incluyen la estructura de los diferentes rboles, las longitudes de las ramas y los parmetros de la evolucin de las secuencias.