You are on page 1of 4

Genes and Genomes

Week 1 – characterisation of the human genome
Chapter 2 – chromosome stucture and function
2.4 Studying human chromosomes
Cytogenetics = het analyseren van chromosomen, dit is makkelijker bij de mitose dan tijdens de meiose. Bloedcellen en fibroblasten zijn dan de makkelijkste cellen voor cytogenetica. Tijdens de metafase zijn de chromosomen goed zichtbaar en door toevoeging van een ‘spindle-disrupting agent’, gaat de cel niet over in de volgende fase. Voor analyse van de chromosomen in de meiose zijn alleen geslachtscellen geschikt. Deze zijn bij vooral bij de vrouw lastig te verkrijgen (tijdens de ovulatie). Voor 1970 werd er een verdeling in chromosomen gemaakt naar de lengte en de plek van de centromeer binnen de chromosomen. Hierna ontstonden de technieken om de verschillende bandjes binnen een chromosoom zichtbaar te maken en zo een verdeling te maken. Hiervoor zijn verschillende technieken: G-banding: Giemsa kleuring, positieve donkere banden zijn Gbanden, lichte banden zijn Gnegatief. Q-banding: bindt aan AT rijk DNA, fluorescente banden zijn Qpositief, lichte banden zijn Qnegatief. R-banding: ???? door de hitte denatureert het AT rijke DNA. T-banding: identificeert een stuk van de Rbanden, maar dan dichtbij de telomeren. C-banding: laat een stukken heterochromatine zien. Chromosome banding pagina 44-45 Kleine arm van het chromosoom is de p arm (petit) en de lange arm is de q arm (queue), verder is de telling van de verschillende regio’s als volgt: p1, p2, p3 etc. en q1, q2, q3 etc., waarbij vanuit de centromeer naar buiten wordt geteld. Binnen deze regio’s is er een verdeling in banden: p11 = regio 1, band 1/p12 = regio 1, band 2 etc.. Binnen deze banden zijn ook weer sub-banden: p11.1 = regio 1, band 1, subband 1 etc.. Verder is er nog een onderscheidt in de worden proximal en distal. Hierbij betekent proximaal het dichtste bij de centromeer en distaal het verste van de centromeer af en dus tegelijkertijd het dichtste bij de telomeer. Voorbeeld: proximal Xq = de lange arm van chromosoom X het dichtste bij de centromeer. Bij het vergelijken van twee verschillende soorten is er de volgende notatie: de eerste letter van ‘the genus’ naam en de eerste twee letters van de soort naam. Een karyotype is een ‘cytogenic analysis report’ van zowel alle chromosomen incl. de geslachtschromosomen. Dus voor mannen: 46,XY en voor vrouwen 46,XX. Een karyogram, ookwel karyotype, is de totale hoeveelheid aan mitotische chromosomen van 1 persoon, waarbij de homologe paren naast elkaar staan. Chromosoom ‘banding’ technieken geven een goed beeld weer van de globale organisatie van de chromosomen. Voor een verdere/betere analyse moeten er specifieke DNA sequenties binnen de chromosomen worden gedetecteerd. De DNA sequentie die we willen detecteren noemen we ook wel ‘target DNA sequence’, Daarnaast moet er gebruik worden gemaakt van ‘een probe’. Een probe bestaat uit gelabelde oligonucleotide (kort stukje enkelstrengs DNA/RNA) of nucleic acid. Natuurlijk: hoe langer de probe, hoe specifieker de binding met het target.

Aangezien de probe enkelstrengs is. Wat logisch is. Vervolgens wordt er een fluorescent gemaakte probe. . waarbij de eerste (reporter molecule) aan het stuk target DNA bindt en de tweede (affinity molecule) fluorescent is en aan de eerste probe bindt. zodat dit ook enkelstrengs wordt. hierbij komt de afwijking alleen voor in een aantal cellen of een bepaald weefsel. toegevoegd aan het DNA waardoor hybridisatie optreedt en het target DNA oplicht. Hetzelfde stukje DNA wordt met twee verschillende fluorescente kleuringen gemaakt en vervolgens wordt de FISH techniek toegepast.Oligonucleotide zijn vaak 15-20 nucleotiden lang en zijn chemisch te synthetiseren. 2. Er is dan wel een hogere resolutie nodig aangezien de chromosomen minder gecondenseerd zijn en dus moeilijker zichtbaar worden. Een andere methode is het gebruik maken van twee verschillende probes. Dus. Misschien zelfs wel al in de sperma of eicel van de ouders. Interfase FISH: is vergelijkbaar alleen dan niet in de metafase. Door FISH bijvoorbeeld is er totaal geen onderscheidt te maken in de zogenaamde afwijkingen van het chromosoom zelf of van het DNA. waarna de stukjes gefluoresceerde DNA kan worden gehybridiseerd. want de probe bindt aan alle twee de zuster chromatine. FISH (Fluorescence in situ hybridization) Fish is een methode om een deel van het chromosoom fluorescent te labelen en vervolgens onder een fluorescentie microscoop te bekijken. Nucleic acid probes bestaan vaak uit honderden nucleotiden (± een paar kilobasen lang) en is verkrijgbaar uit DNA/DNA kopieën/RNA transcripten. Numerical chromosomal abnormalities Numericale chromosomale afwijkingen zijn onder te verdelen in drie klasses. Een andere definitie kan ook zijn: een afwijking door misrepair of chromosombreuken. Namelijk: ‘constitutional abnormality’. deze afwijking komt in elke lichaamscel voor en zal dus ook al heel vroeg in de ontwikkeling hebben plaats gevonden. namelijk: evenveel rood en groen aanwezig zal een gele stip opleveren. CGH (Comparative genome hybridization) Doel van deze techniek is het vergelijken van twee verschillende stukjes DNA van een verschillende bron waarbij je verwacht dat deze stukjes veel met elkaar overeenkomen. afwijkingen zijn in het aantal kopieën en structurele afwijkingen afwijkingen zijn in de chromosoom structuur. De niet bindende probes worden weggewassen en je houdt waarschijnlijk twee fluorescerende spots over. Bijvoorbeeld als cellen al dood zijn en het niet mogelijk is ze naar de metafase te brengen. Cellen worden in metafase van de celdeling gebracht. moet er worden gezorgd voor denaturatie van het target DNA. In ieder geval is er onderscheidt te maken in twee verschillende afwijkingen. In de metafase zijn de chromosomen gecondenseerd. Binnen deze twee categorieën is er een verder onderscheidt tussen: ‘numerical abnormalities’ en ‘structural abnormalities’. zodat de chromosomen condenseren en goed zichtbaar zijn. Het doel daarna is dat de fluorescente probe door middel van waterstofbruggen bindt aan het stukje target DNA = moleculaire hybridisatie. Deze techniek kan ook worden gebruikt om naar bepaalde ziektes als gevolg van een afwijking in de chromosomen (translocatie/trisomerie) te kijken. Daarnaast bestaat er ook ‘somatic/acquired abnormality’. terwijl meer rood een rode stip oplevert en andersom. net als hierboven beschreven. Waarbij een numericale afwijkingen. Hoe nauwkeurig je dit kunt zien hangt af van de techniek die wordt gebruikt.5 Chromosome abnormalities Chromosoom afwijkingen zijn ook wel afwijkingen met een zichtbare veranderingen in de chromosomen. het ene DNA (tumor) wordt bijvoorbeeld groen gelabeld en het ander rood (gezond). De resultaten kunnen met microarray worden bekeken. nadat hybridisatie plaatsvindt kan worden gekeken waar de rode en groene stukjes zich bevinden. Bijvoorbeeld de verschillende tussen gezond en tumorweefsel.

een inversie een stukje chromosoom dat in de verkeerde richting zit en het ontstaan van een ring chromosoom kan optreden als de verkeerde eindjes aan elkaar gaan. Ten eerste. de schade wordt niet-correct gerepareerd waardoor er een chromosoom met een structurele afwijking ontstaat. Een deletie is een stukje chromosoom dat verloren is gegaan. Chromosomen die in dochtercellen de kern niet halen worden vaak afgebroken. Bijvoorbeeld trisomie. de breuk vindt namelijk plaats in 1 van de twee chromosomen. Een reciprocal translocation is de term die wordt gebruikt om een verschuiven van delen van de chromosomen tussen verschillende chromosomen te beschrijven. Behalve trisomie 21. Structurele afwijkingen kunnen dus ontstaan na verkeerde reparatie als bijvoorbeeld: een deletie. Nondisjunction betekent het niet juist uitelkaar gaan van de chromosomen tijdens de celdeling. treedt op als er een verschuiving van fragmenten binnen één van de volgende chromosomen optreedt: 13. Een deletie en inversie kunnen zowel optreden bij twee breuken in dezelfde arm als in verschillende armen van het chromosoom. 13 en 18 (leidt alle drie tot een bepaald syndroom) is geen één trisomie levensvatbaar. ook wel Robertsonian translocation. Zo zal een teenhaar cel damage minder schade opleveren dan schade in een T-cell receptor. DNA schade kan optreden door bijvoorbeeld chemicaliën of radioactieve straling. Als twee verschillende chromosomen allebei een single breuk ondergaan met als gevolg het verkeerd repareren van de twee chromosomen spreken we van translocation. Als er tijdens de G1 fase schade optreedt spreken we van een chromosoom breuk. Het kan zijn dat de cellijnen van dezelfde zygote afkomen (mosaicism) of van twee verschillende zygoten (chimerism). Nadat er schade aan de chromosomen/chromatide heeft opgetreden zijn er drie verschillende opties hoe je lichaam daarop kan reageren. Mixoploidy: dit houdt in dat één individu twee of meerdere verschillende genetische cel lijnen bevat. Aneuploide: hiervan is sprake als de celkern één of meerdere chromosomen mist of teveel heeft. Polyploidy: als de nakomelingen een ander aantal chromosomen hebben dan de ouders. Deze chromosomen lijken heel erg op elkaar doordat hun korte arm heel kort en bijna gelijk zijn. 3. Chimerism kan bijvoorbeeld optreden als twee zygoten aggregeren met elkaar. 2. aangezien er dan wel degelijk schade is aan beide chromatide. Binnen een cel zijn dan meer chromosomen aanwezig dan een homoloog aantal aan het aantal chromosomen van de ouders. Autosomale monosomie is totaal niet levensvatbaar en leidt in de vroege embryonale fase al tot overleiden van de embryo. de schade is niet te repareren en de cel wordt tot apoptose geïnduceerd. Aneuploide kan door twee verschillende oorzaken ontstaan. Op het moment dat er tijdens de G2 fase een enkelstrengs breuk optreedt spreek je van een: chromatide breuk. Hierbij zijn de chromosomen te langzaam waardoor ze de kern niet halen. is het chromosoom wel stabiel tijdens de mitose. Ten tweede. terwijl het ontstaan van een ringstructuur alleen bij twee breuken in verschillende armen optreedt. Het hebben van een niet normaal aantal chromosomen heeft vaak een dodelijke afloop. Natuurlijk maakt de positie waar de schade optreedt ook uit voor het verdere vervolg. 15. de schade wordt correct gerepareerd. Maar. Dit is het geval als twee sperma cellen één eicel bevruchten. Daarnaast kan ook anaphase lag een oorzaak zijn. een inversie of het ontstaan van een ring chromosoom.21 of 22. waarbij er drie ipv twee chromosomen van zijn (Downsyndroom) of monosomie waarbij er maar 1 chromosoom is (syndroom van Turner). Vaak is dit niet levensvatbaar. 14. Deze korte arm bestaat uit 1-2 megabasen of tandem repeated rRna tussen twee blokken van . Als de delen van de chromatide die omwisselen gelijk zijn aan elkaar en allebei ‘acentric’ zijn. Een speciale translocatie. waardoor er ofwel 22 chromosomen of 24 in geslachtscellen komen en er dus of trisomie of monosomie ontstaat. En tot slot.1. als de fragmenten zowel ‘centric’ als ‘acentric’ zijn (wel en geen middenstuk bevatten) is dit niet stabiel tijdens de mitose.

Dus: een chromosoom met twee korte of twee lange armen die identiek zijn aan elkaar. maar in dit geval hoeft dat niet altijd een probleem te zijn. behalve:  Als de chromosoom breuk een belangrijk gen onderbreekt.heterochromatide DNA. Een isochromosoom is een chromosoom die één arm is verloren en die heeft vervangen door een exacte kopie van zijn andere arm.25 op pagina 56 en 57. Zie afbeelding 2. . Werkelijke gebalanceerde afwijkingen hebben bijna nooit een heftige invloed.  Als een breuk ervoor zorgt dat controle elementen of actieve genen in de heterochromatine domeinen belandt. Feit is dat er altijd een stukje chromatine verloren gaat. De invloed van een desbetreffende verandering binnen een chromosoom hangt van de situatie af.25 en 2.