http://www.youtube.com/watch?

v=nCqAjTI7jN8
http://www.youtube.com/watch?v=r9LV5Aloq8U
http://www.youtube.com/watch?v=he_Qw4_vOJk




Sel dan Jaringan Tumbuhan
A. Sel dan Jaringan Tumbuhan

Secara evolusi, tumbuhan berbiji merupakan organisme yang telah teradaptasi dengan
lingkungan di daratan. Tumbuhan memiliki karakteristik dalam struktur dan fungsi khusus untuk
menunjang kehidupannya di daratan tersebut. Pola struktur jaringan tumbuhan bervariasi dalam
setiap jenis tumbuhan yang tergantung pada tahap pertumbuhan dan perkembangan dari
tumbuhan itu sendiri.
Umumnya, tumbuhan berbiji memiliki struktur dasar organ yang sama, yaitu terdiri atas: akar,
batang, dan daun. Namun, ketiga struktur organ tersebut memiliki variasi dalam hal ukuran,
bentuk, dan fungsi pada setiap jenis tumbuhan. Adanya variasi dari ketiga struktur dasar tersebut
memungkinkan tumbuhan dapat melangsungkan kehidupannya dalam lingkungan yang beragam,
seperti di daerah perairan dun gurun pasir yang tandus. semua jenis tumbuhan memiliki dasar
persoalan yang sama yaitu bagaimana mereka dapat memperoleh air dari dalam tanah, melalui
batang dan membawanya hingga sampai di daun untuk bahan dasar fotosisntesis dengan bantuan
sinar matahari. secara umum, tumbuhan memiliki dua sistem organ, yaitu: sistem pucuk-(shoot
system) yang terletak di bagian atas tanah yang membentuk organ batang, daun, tunas, bunga,
buah, dan biji; sistem akai (root systen), yang terletak di bawah tanah membentuk organ akar
umbi, dan akar
rimpang (rizoma).
Semua organisme tersusun oleh sel yang memiliki variasi dalam bentuk, ukuran, dan
fungsi. sel tumbuhan berbeda dengan sel hewan karena memiliki struktur khusus, di antaranya
sel tumbuhan mempunyai dinding sel yang nyata dan bersifat kaku sehingga tumbuhan tidak
dapat bebas berpindah tempat sebagaimana hewan. Di samping itu, sel tumbuhan memiliki
organel khusus untuk fotosintesis, yaitu kloroplas (plastida). Kloroplas mengandung pigmen
klorofil yang dapat mengabsorpsi energi matahari dan dapat mengubah senyawa anorganik (CO,
dan-air) menjadi senyawa karbohidrat yang dapat digunakan oleh makhluk hidup lain sebagai
makanan. Dengan struktur demikian, maka tumbuhan hijau merupakan produsen bagi organisme
lain dan bersifat fotoautotrof.
Bentuk sel tumbuhan bermacam-macam. Ada yang berbentuk seperti kubus, prisma,
kotak, elips, poligonal, memanjang seperti serabut dan ada yang seperti pipa. ukuran rata-rata sel
tumbuhan berkisar antara 10 - 100 m. Beberapa sel tumbuhan memiliki diameter sampai 1 mm
atau lebih, sehingga dapat dilihat langsung dengan mata biasa. pada dasarnya, tumbuhan
mempunyai dua bagian utama, yaitu protoplas dan dinding sel. Protoplas terdiri atas bagian-
bagian yang bersifat hidup dan tidak hidup. Sedangkan, dinding sel bersifat tidak hidup. Ciri
khas yang lain dari sel tumbuhan adalah memiliki vakuola yang besar yang berperan sebagai
tempat cadangan makanan dan memelihara kekakuan dinding sel dari cengkraman stress
lingkungan.
Kelompok sel tumbuhan tertentu membentuk suatu kelompok sel yang memiliki struktur
dan fungsi yang sama dan disebut jiringan. jaringan pada tumbuhan berasal dari pembelahan sel
embrional yang berdiferensiasi menjadi bermacam-macam bentuk vang memiliki fungsi
khusus.
Berdasarkan aktivitas pembelahan sel selama fase pertumbuhan dan perkembangan
sel/jaringan tumbuhan, maka jenis jaringan pada tumbuhan dibagi menjadi dua, yaitu jaringan
meristem dan jaringan dewasa (permanen). Berikut akan diuraikan karakateristik dari kedua
macam jaringan tersebut secara rinci.

1. Jaringan Meristem ( Jaringan Embrional )
Meristem adalah jaringan yang sel-selnya mampu membelah diri dengan cara mitosis secara
terus menerus (bersifat embrional) untuk menambah jumlah sel-sel tubuh pada tumbuhan.
Meristem terdapat pada bagian-bagian tertentu saja pada tumbuhan.
Berdasarkan letaknya, meristem dibedakan atas:
a) meristem apikal (meristem ujung) terdapat pada ujung-ujung pokok batang dan cabang
serta ujung akar,
b) meristem interkalar/aksilar (meristem antara), terdapat di antara jaringan dewasa,
misalnya pada pangkal ruas batang.

c) meristem lateral (meristem samping), terletak sejajar dengan permukaan organ,
misalnya
kambium dan kambium gabus.

Pada umumnya, sel-sel penyusun jaringan meristem berdinding tipis, isodiametris, dan
relatif kaya akan protoplasma.
Vakuola sel meristem sangat kecil dan tersebar di seluruh protoplasma. Jaringan ini terdiri atas
sel-sel yang belum terdiferensiasi. Kemampuan jaringan meristem untuk bermitosis secara terus-
menerus menyebabkan tumbuhan dapat bertambah tinggi dan besar. Berdasarkan asal
terbentuknya, jaringan meristem digolongkan menjadi dua, yaitu meristem primer dan meristem
skunder.
Meristem primer berasal dari jaringan embrional (embrio/lembaga) yang membelah secara
mitosis dan menghasilkan
pertumbuhan primer pada tumbuhan sehingga menyebabkan tumbuhan dapat bertambah tinggi.
Meristem primer biasanya
terdapat pada ujung (pucuk) batang dan ujung akar.
Meristem sekunder berasal dari jaringan dewasa yang selselnya telah berkembang lebih lanjut
(terdiferensiasi), biasanya
pada tumbuhan dikotil. Dari jaringan meristem sekunder akan menghasilkan pertumbuhan
sekunder yang menyebabkan batang menjadi bertambah besat misalnya aktivitas kambium pada
batang tumbuhan clikotil akan menghasilkan pembuluh kayu (xilem) ke bagian dalam dan
pembuluh tapis (floem) ke bagian luar. Selain itu, terdapat kambium gabus (felogen) yang juga
merupakan bagian dari pertumbuhan sekunder yang disebut periderm.
Kambium gabus terdiri atas tiga bagian yaitu:
1) felem, yaitu jaringan gabus itu sendiri yang tersusun atas sel - sel mati
2) felogen, yaitu bagian kambium gabus yang mengarah ke luar membentuk
felem 3) feloderm, yaitu bagian vang dibentuk felogen kearah dalam dan
merupakan jaringan yang sifatnva serupa parenkim dan terdiri atas sel-sel hidup.

2. Jaringan Permanen ( Jaringan Dewasa )
Jaringan dewasa merupakan kelompok sel tumbuhan yang berasal dari pembelahan sel - sel
meristem dan telah mengalami pengubahan bentuk yang disesuaikan dengan fungsinya
(Diferensiasi). Jaringan dewasa ada yang sudah tidak bersifat meristematik lagi (sel penyusunnya
sudah tidak membelah lagi) sehingga disebut jaringan permanen.
Berdasarkan bentuk dan fungsinya, jaringan dewasa pada tumbuhan dibedakan menjadi
empat macam jaringan yaitu:
a. Jaringan Epiderm
b. Jaringan Dasar (Parenkim)
c. Jaringan Penyokong
d. Jaringan Pengangkut.
a. Jaringan Epidermis
Epidermis rnerupakan jaringan paling luar vang menutupi permukaan organ tumbuhan,
seperti: daun, bagian bunga, buah, biji, batang, dan akar. Fungsi utama jaringan epidermis adalah
sebagai pelindung jaringan yang ada di bagian sebelah dalam. Bentuk, ukuran, dan susunan, serta
fungsi sel epidermis berbeda-beda pada berbagai jenis organ tumbuhan. Ciri khas sel epidermis
adalah sel--selnya rapat satu sama lain membentuk bangunan padat tanpa ruang antar sel.
Dinding sel epidermis ada yang tipis, ada yang mengalami penebalan di bagian yang menghadap
ke permukaan tubuh, dan ada yang semua sisinya berdinding tebal dan mengandung lignin.
Seperti kita temukan pada biji dan daun pinus. Dinding luar sel epidermis biasanva
mengandung kutin, yaitu senyawa lipid yang mengendap di antara selulosa penvusun dinding sel
sehingga membentuk lapisan khusus di permukaan sel yang disebut kutikula. Di permukaan luar
kutikula kadangkala kita temukan lapisan lilin vang kedap air untuk mengurangi penguapan air.
Beberapa bentuk khusus sel epidermis yang telah berubah struktur dan f ungsinva diantaranya
adalah: stomata (mulut daun) yang berperan sebagai tempat pertukaran gas dan uap air, trikoma
yang berupa tonjolan epidermis dan tersusun atas beberapa sel yang mengalami penebalan
sekunder.
Trikoma iniberperan sebagai kelenjar yang mengeluarkan zat seperti terpen, garam, dan
gula; rambut akar merupakan tonjolan epidermis akar yang memiliki dinding sel tipis dengan
vakuola besar.
]aringan epidermis tetap ada sepanjang hidup organ tertentu vang tidak mengalami penebalan
sekunder. Pada beberapa tumbuhan vang berumur panjang, epidermis digantikan oleh jaringan
gabus, bila batangnya menua.

b. Jaringan Parenkim ( Jaringan Dasar)
Parenkim terdiri atas kelompok sel hidup yang bentuk, ukuran, maupun fungsinya berbeda-
beda. Sel-sel parenkim mampu mempertahankan kemampuannya untuk membelah meskipun
telah dewasa sehingga berperan penting dalam proses regenerasi.
Sel-sel parenkim yang telah dewasa dapat bersifat meristematik bila lingkungannya
memungkinkan. Jaringan parenkim terutama terdapat pada bagian kulit batang dan akar, mesofil
daun, daging buah, dan endosperma biji.
Sel-sel parenkim juga tersebar pada jaringan lain, seperti pada parenkim xilem, parenkim floem,
dan jari-jari empulur.
Ciri utama sel parenkim adalah memiliki dinding sel yang tipis, serta lentur. Beberapa sel
parenkim mengalami penebalan, seperti pada parenkim xilem. Sel parenkim berbentuk kubus
atau memanjang dan mengandung vakuola sentral yang besar. Ciri khas parenkim yang lain
adalah sel-selnya banyak memiliki ruang antarsel karena bentuk selnya membulat.
Parenkim yang mempunyai ruang antarsel adalah daun. Ruang antarsel ini berfungsi sebagai
sarana pertukaran gas antar klorenkim dengan udara luar. Sel parenkim memiliki banyak fungsi,
yaitu untuk berlangsungnya proses fotosintesis, penyimpanan makanan dan fungsi metabolisme
lain. Isi sel parenkim bervariasi sesuai dengan fungsinya, misalnya sel yang berfungsi untuk
fotosintesis banyak mengandung kloroplas. Jaringan yang terbentuk dari sel-sel parenkim
semacam ini disebut klorenkim. Cadangan makanan yang terdapat pada sel parenkim berupa
larutan dalam vakuola, cairan dalam plasma atau berupa kristal (amilum). Sel parenkim
merupakan struktur sel yang jumlahnya paling banyak menyusun jaringan tumbuhan.
Ciri penting dari sel parenkim adalah dapat membelah dan terspesialisasi menjadi berbagai
jaringan yang memiliki fungsi khusus. Sel parenkim biasanya menyusun jaringan dasar pada
tumbuhan, oleh karena itu disebut jaringan dasar.

Berdasarkan fungsinya, parenkim dibagi menjadi bebrapa jenis jaringan, yaitu:

1) Parenkim Asimilasi
Biasanya terletak di bagian tepi suatu organ, misalnya pada daun, batang yang berwarna hijau,
dan buah. Di dalam selnya terdapat kloroplas, yang berperan penting sebagai tempat
berlangsungnya proses fotosintesi.

2) Parenkim Penimbun
Biasanya terletak di bagian dalam tubuh, misalnya: pada empulur batang, umbi akaL umbi
lapis, akar rimpang (rizoma), atau biji. Di dalam sel-selnya terdapat cadangan makanan yang
berupa gula, tepung, lemak atau protein.

3) Parenkim Air
Terdapat pada tumbuhan yang hidup di daerah panas (xerofit) untuk menghadapi masa kering,
misalnya pada tumbuhan kaktus dan lidah buaya.

4) Parenkim Udara
Ruang antar selnva besar, sel- sel penyusunnya bulat sebagai alat pengapung di air, misalnya
parenkim pada tangkai daun tumbuhan enceng gondok.

C. Jaringan Penyokong
Jaringan penyokong atau jaringan penguat pada tumbuhan terdiri
atas sel-sel kolenkim dan sklerenkim. Kedua bentuk jaringan ini merupakan jaringan
sederhana, karena sel-sel penyusunnya hanya terdiri atas satu tipe sel
1) Kolenkim
Kolenkim tersusun atas sel-sel hidup yang bentuknya memanjang dengan penebalan dinding
sel yang tidak merata dan bersifat plastis, artinya mampu membentang, tetapi tidak dapat
kembali seperti semula bila organnya tumbuh. Kolenkim terdapat pada batang, daun, bagian-
bagian bunga, buah, dan akar. Sel kolenkim dapat mengandung kloroplas yang menyerupai sel-
sel parenkim. Sel sel kolenkim dindingnya mengalami penebalan dari kolenkim bervariasi, ada
yang pendek membulat dan ada yang memanjang seperti serabut dengan ujung tumpul.
Berdasarkan bagian sel yang mengalami penebalan, sel kolenkim dibedakan atas:
1. kolenkim angular (kolenkim sudut), merupakan jaringan kolenkim dengan penebalan
dinding sel pada bagian sudut sel.
2. kolenkim lamelal, merupakan jaringan kolenkim yang penebalan dinding selnya
membujur;
3. kolenkim anular, merupakan kolenkim yang penebalan dinding selnya merata pada
bagian
dinding sel sehinggi berbentuk pipa.

2) Sklerenkim
Sklerenkim merupakan jaringan penyokong tumbuhan, yang sel - selnya mengalami
penebalan sekunder dengan lignin dan menunjukkan sifat elastis. Sklerenkim tersusun atas dua
kelompok sel, yaitu sklereid dan serabut. Sklereid disebut juga sel batu yang terdiri atas sel - sel
pendek, sedangkan serabut sel selnya. panjangsklereid berasal dari sel-sel parenkim, sedangkan
serabut berasal dari sel - sel meristem. Sklereid terdapat di berbagai bagian tubuh. Sel selnya
membentuk jaringan yang keras, misalnya pada tempurung kelapa, kulit biji dan mesofil daun.
Serabut berbentuk pita dengan anyaman menurut pola yang khas. Serabut sklerenkim banyak
menyusun jaringan pengangkut.

d. Jaringan Pengangkut
Jaringan pengangkut pada tumbuhan terdiri atas sel-sel xilem dan floem, yang membentuk
berkas pengangkut (berkas vaskuler). Xilem berperan mengangkut air dan mineral dari dalam
tanah ke daun, sedangkan floem berfungsi mengedarkan hasil fotosintesis dari daun ke seluruh
bagian tumbuhan.
1) Xilem
Xilem merupakan jaringan kompleks karena tersusun dari beberapa tipe sel yang berbeda.
Penyusun utamanya adalah trakeid dan trakea sebagai saluran pengangkut air dengan penebalan
dinding sel yang cukup tebal sekaligus berfungsi sebagai penyokong. Xilem juga tersusun atas
serabut, sklerenkim, serta sel-sel parenkim yang hidup dan berperan dalam berbagai kegiatan
metabolisme sel. Xilem disebut juga sebagai pembuluh kayu yang membentuk kayu pada batang.
Trakeid dan trakea merupakan dua kelompok sel yang membangun pembuluh xilem. Kedua tipe
sel berbentuk bulat panjang, berdinding sekunder dari lignin dan tidak mengandung kloroplas
sehingga berupa sel mati. Perbedaan pokok antara keduanya, adalah pada trakeid tidak terdapat
perforasi (lubang-lubang), hanya ada celah (noktah), berupa plasmodesmata yang
menghubungkan satu sel dengan sel lainnya.
Sedangkan pada trakea terdapat perforasi pada bagian ujung-ujung selnya. Transpor air dan
mineral pada trakea berlangsung melalui perforasi ini, sedangkan pada trakeid berlangsung lewat
noktah (celah) antar sel selnya. Sel-sel pembentuk trakea tersusun sedemikian rupa sehingga
merupakan deretan sel memanjang (ujung bertemu ujung) membentuk pipa panjang (kapiler).
Bentuk penebalan pada dinding trakea dapat berupa cincin spiral, atau jala.

2) Floem
Pada prinsipnya, floem merupakan jaringan parenkim.Tersusun atas beberapa tipe sel yang
berbeda, yaitu buluh tapis, sel pengiring, parenkim, serabut, dan sklerenkim.
Floem juga dikenal sebagai pembuluh tapis, yang membentuk kulit kayu pada batang. Unsur
penyusun pembuluh floem terdiri atas dua bentuk, yaitu: sel tapis (sieve plate) berupa sel tunggal
dan bentuknya memanjang dan buluh tapis (sieve tubes) yang serupa pipa. Dengan bentuk seperti
ini pembuluh tapis dapat menyalurkan gula, asam amino serta hasil fotosintesis lainnya dari daun
ke seluruh bagian tumbuhan.
STRUKTUR SEL
TUMBUHAN
Sel-sel tumbuhan dewasa berbeda satu dengan yang lain dalam ukuran, bentuk, struktur dan
fungsinya. Walaupun demikian semua sel tumbuhan memiliki persamaan dalam beberapa segi
sehingga dapat dibanyangkan suatu hipotesis sebuah sel yang segi-segi dasarnya ada dalam
bentuk yang secara nisbi tidak termodifikasi. Sel hipotesis ini seperti disajikan pada gambar 1,
terdiri atas tiga bagian : (1) Membran sel yang dibagian luarnya di selubungi oleh dinding sel, (2)
selapis protoplasma yang melapisi dinding itu dan disebut protoplas, dan (3) rongga yang disebut
vakuola sentral yang menempati bagian terbesar ruang di dalam sel.

Gambar 1. Struktur anatomi sel tumbuhan
Dinding sel
Sel tumbuhan terdiri atas protoplas yang terselubungi oleh dinding sel. Dinding sel
tumbuhan memiliki struktur yang kompleks dengan memiliki tiga bagian fundamental
yang dapat dibedakan yaitu lamela tengah, dinding sel primer dan dinding sel sekunder.
Semua sel memiliki lamela tengah dan dinding sel primer, sedangkan dinding sel
sekunder hanya pada sel-sel tipe tertentu.
Lamela tengah adalan suatu lapisan perekat antar sel yang menyekat dinding primer dua
buah sel yang bersebelahan. Lapisan ini sebagian besar terdiri atas air dan zat-zat pectin
yang bersifat koloid dan bersifat plastik (dapat mudah dibentuk) sehingga memungkinkan
gerakaan antar sel dan penyesuaiannya yang diperlukan sebelum sel-sel dapat mencapai
ukuran dan bentuk dewasa.
Dinding sel primer adalah dinding sel sejati pertama yang dibentuk oleh sebuah sel baru.
Walaupun air, zat-zat pektin dan protein banyak dijumpai di dalamnya, dinding sel
primer terutama terdiri atas selulosa dan hemiselulosa. Pada kondisi tertentu dinding sel
dapat menebal sehingga memenuhi ruang dalam sel. Zat-zat pembentuk dinding sel
tambahan ini disebut dinding sel sekunder yang terdiri atas dua atau lebih lapisan yang
terpidah-pisah. Sel yang memiliki dinding sel sekunder volumenya tidak dapat bertambah
dengan pertumbuhan permukaan atau kembali ke kondisi awal/dinding sel primer.
Penyusun dinding sel sekunder sebagian besar selulosa dan zat-zat lain khususnya lignin
(zat kayu).
Lignifikasi tidak terlalu mengganggu permeabilitas dinding sel terhadap air dan bahan-
bahan terlarut, akan tetapi mengubah sifat fisik dan kimiawi dinding sel. Dinding sel
yang terlignifikasi menjadi lebih keras dan lebih tahan terhadap tekanan dari pada
dinding sel yang berselulosa.
Plasmodesmata
Plasmodesamata adalah benang-benang protoplasmik halus yang terletak pada tempat-
tempat tertentu pada dinding sel primer (yaitu pada noktah yang berupa bagian dinding
sel yang tidak mengalami penebalan). Plasmodesamata dapat menembus pori-pori kecil
pada dinding sel primer dan lamella tengah diantara sel-sel yang bedekatan sehingga
protoplasma kedua sel dapat berhubungan. Plasmodesmata memudahkan proses
transportasi bahan-bahan dari sebuah sel ke sel berikutnya tanpa harus melalui selaput-
selaput hidup. Adanya plasmodesmata menunjukkan bahwa tumbuhan berperilaku lebih
sebagai suatu organisme tunggal dari pada sebagai sekumpulan unit sel bebas.
Membran sel
Membran sel atau membran plasma merupakan bagian sel yang paling luar yang
membatasi isi sel dan sekitarnya. Membran ini tersusun dari dua lapisan yang terdiri dari
fosfolipid (50%) dan protein/lipoprotein (50%). Membran plasma bersifat semipermeabel
atau selektif permeabel yang berfungsi mengatur gerakan materi atau transportasi zat-zat
terlarut masuk dan keluar dari sel.

Gambar 2. Membran plasma
Nukleus
Nukleus adalah inti sel yang memiliki membran inti dengan susunan molekul sama
dengan membran sel yaitu berupa lipoprotein. Pori-pori pada membran inti
memungkinkan hubungan antara nukleoplasma dan sitoplasma. Fungsi utama nukleus
adalah sebagai pusat yang mengontrol kegiatan sel dan mengandung bahan-bahan yang
menentukan sifat-sifat turun-temurun suatu organisma. Didalam inti sel tersusun atas tiga
komponen yaitu :
o Nukleoulus (anak inti) yang berfungsi untuk menyintesis berbagai macam
molekul RNA (asam ribonukleat) yang digunakan dalam perakitan ribosom.
Nukleoplasma (cairan inti) merupakan cairan yang tersusun dari protein
o Butiran kromatin yang terdapat pada nukleoplasma, yang dapat menebal menjadi
struktur seperti benang yaitu kromosom yang mengandung DNA (asam
deoksiribonukleat) yang berfungsi menyampaikan informasi genetik melalui
sintesa protein.
Sitoplasma
Sitoplasma merupakan cairan yang terdapat di dalam sel, kecuali di dalam inti sel dan
organel sel. Sitoplasma bersifat koloid yaitu tidak padat dan tidak cair. Sitoplasma terdiri
atas air yang di dalamnya terlarut banyak molekul kecil, ion dan protein. Bahan-bahan
lain yang lazim terdapaat dalama sitoplasma adalah butir minyak dan berbagai macam
kristal yang dalam banyak hal tersusun dari kalsium oksalat. Ukuran partikel terlarut
adalah 0,001 0,1 mikron dan bersifat transparan.
Sitoplasma terikat pada permukaan luarnya oleh sebuah selaput yang disebut plasmolema
(selaput plasma) dan pada permukaan dalamnya, yang berbatasan dengan vaakuola
sentral, oleh selaput lain yang disebut tonoplas (selaput vakuola). Plasmolema dan
tonoplas sangat penting dalam fisiologi sel-sel karena sebagian besar mengontrol
pertukaran bahan antara sitoplasma dan ruang diluar sitoplasma dan di dalam vakuola
Koloid sitoplasma dapat mengalami perubahan dari fase sol ke fase gel atau sebaliknya.
Fase sol jika konsentrasi air tinggi dan gel jika konsentrasi air rendah. Di dalam
sitoplasma terkandung organel-organel sel atau daerah pada sitoplasma hidup yang
teralokasi khusus untuk fungsi tertentu. Organel-organel tersebut adalah :
o Retikulum endoplasma
Retikulum endoplasma merupakan perluasan membran yang saling berhubungan
yang membentuk saluran pipih atau lubang seperti tabung di dalam sitoplasma.
Dalam pengamatan mikroskop, retikulum endoplasma nampak seperti saluran
berkelok-kelok dan jala yang berongga-rongga. Saluran-saluran tersebut berfungsi
membantu gerakan subsatansi-subsatansi dari satu bagainsel ke bagian sel
lainnya. Dalam sel terdapat dua tipe retikulum endoplasma (RE) yaitu retikulum
endoplasma kasar (REK) dan retikulum endoplasma halus (REH).
REK dikatakan kasar karena permukaannya diselubungi oleh ribosom sehingga
tampak seperti helaian panjang kertas pasir. Ribosom adalah tempat sintesa
protein yang hasilnya akan melekat pada retikulum endoplasma dan biasanya
ditujukan untuk luar sel. REH tidak ditempeli ribosom sehingga permukaannya
nampak halus. REH memiliki enzim-enzim pada permukaannya yang berfungsi
untuk sintesis lipid, glikogen dan persenyawaan steroid seperti kolesterol,
gliserida dan hormon.

Gambar 3. Organel sel tumbuhan : (1) Nukleus, (2) Pori-pori
nuklear, (3). RE kasar, (4) RE halus, (5) Ribosom pada RE kasar, (6)
Protein yang ditranspor, (7) Vesikel transpor, (8) Badan golgi, (9)
Bagian cis dari badan golgi, (10) Bagian trans dari badan golgi dan
(11) Cisternae badan golgi
o Badan golgi.
Badan golgi adalah sekelompok kantong (vesikula) pipih yang dikelilingi
membran. Organel ini terdapat hampir di semua sel eukariotik. Badan golgi pada
sel tumbuhan biasa disebut diktiosom. Badan golgi dibangun oleh membran yang
berbentuk sisterna, tubulus dan vesikula. Sisterna mebentuk pembuluh halus
(tubulus). Dari tubulus diepaskan kantong-kantong kecil yang berisi bahan-
bahanyang diperlukan seperti enzim-enzim atau pembentuk dinding sel. Fungsi
badan golgi dalam sel yaitu :
Membentuk kantong-kantong (vesikula) yang bersisi enzim-enzim dan
bahan lain untuk sekresi, terutama pada sel-sel kelenjar.
Membentuk membran plasma
Membentuk dinding sel
Membentuk akrosom pada sel spermatozoa yang berisis enzim untuk
memecah dinding sel telur dan pembentukan lisosom.
o Ribosom
Ribosom adalah organel kecil bergaris tengah 17 20 mikron yang tersusun oleh
RNA ribosom dan protein. Ribosom terdapat pada semua sel hidup dan terdapat
bebas dalam sitoplasma atau melekat pada REK. Tiap ribosom terdiri atas dua sub
unit yang saling behubungan dalam suatu ikatan yang distabilkan oleh ion
magnesium. Ribosom berfungsi untuk sintesis protein, dimana pada waktu
sintesis protein, ribosom mengelompok membentuk poliribosom (polisom).
o Peroksisom dan glioksisom
Peroksisom adalah kantong-kantong yang memiliki membran tunggal.
Peroksisom berisi berbagai enzim dan yang paling khas adalah enzim katalase.
Fungsi enzim tersebut adalah mengkatalisis perombakan hydrogen peroksida
(H
2
O
2
). Senyawa tersebut merupakan produk metabolisme sel yang berpotensi
membahayakan sel. Peroksisom juga berperan dalam perubahan lemak menjadi
karbohidrat.
Glioksisom hanya terdapat pada sel tumbuhan mislnya pada lapisan aleuron biji
padi-padian . aleuron merupakan bentuk dari protein atau kristal yang terdapat
dlam vakuola. Glioksisom sering ditemukan pada jaringan penyimpan lemak dari
biji yang berkecambah. Gioksisom berisi enzim pengubah lemak menjadi gula.
Proses perubahan tersebut menghasilkan energi yang diperlukan dalam
perkecambahan.
o Mitokondria
Mitokondria adalah organel sel penghasil energi sel. Mitokondria mempunyai dua
lapisan membran, yaitu membran dalam dan membran luar. Membran luar
memiliki permukaan halus, sedangkan membran dalam berlekuk-lekuk yang
disebut kista. Mitokondria adalah struktur yang mampu bereproduksi sendiri.
Pada pembelahan sel, semua kitokondria membelah diri, setenganhnya menuju ke
sel anak yang satu dan setengahnya ke sela anak yang lain. Mitokondria
mengandung enzim-enzim untuk fosforilasi oksidatif dan sistem transpor electron.
Pada bagian membran dalam dihasilkan enzim pembuatn ATP dan protein yang
diperlukan untuk pernafasan antar sel.
Membran dalam mitokondria terbagi menjadi dua ruang yaitu :
Ruang intermembran yaitu ruangan diantara membran luar dan membran
dalam. Membran luar dapat dilalui oleh semua molekul kecil tetapi tidak
dapat dilalui protein dan molekul besar.
Matriks mitokondria : merupakan ruangan yang diselubungi oleh
membran dalam. Didalam matriks tersebut tahapan metabolisme terjadi,
mengandung enzim untuk siklus Krebs dan oksidasi asam lemak,
mengandung banyak butiran protein dan DNA, ribosom dan beberapa
jenis RNA. Mitokondria dapat menyintesis protein sendiri karena
memiliki DNA, RNA dan ribosom.
o Plastida
Plastida adalah organel sitoplasma yang tersebar pada sel tumbuhan dan terlihat
jelas di bawah mikroskop sederhana. Plastida sangat bervariasi ukuran dan
bentuknya, pada sel-sel tumbuhan berbunga biasanya berbentuk piringan kecil
bikonveks. Meskipun macam-macam plastida dihubungkan dengan fungsi-fungsi
fisiologis yang tetap, namun macam tersebut diklasifikan berdasarkan warnanya
yaitu :

Gambar 4. Kloroplast dan klorofil
Leukoplast (tidak berwarna) : biasanya lazim terdapat dalam sel-sel yang
tidak terkena cahaya matahari, misalnya pada jaringan yang terletak sangat
dalam pada bagian tumbuhan baik di atas maupun di dalam tanah.
Fungsinya adalah sebagai pusat sintesis dan penyimpanan makanan
cadangan seperti pati.
Kloroplast yang mengandung klorofil yaitu suatu campuran pigmen yang
memberi warna hijau pada tumbuhan. Fungsinya adalah menangkap
energi cahaya yang diperlukan untuk proses potosintesis.
Kromoplast yang mengandung pigmen-pigmen lain yang menentukan
timbulnya warna merah, jingga dan kuning pada bagian-bagian tumbuhan.
Fungsinya masih belum jelas, tetapi berhubungan dengan kemasakan buah
dari mulai hijau sampai dengan berwarna merah berhubungan dengan
penurunan dan peningkatan jumlah kromoplast.
o Vakuola sentral
Vakuola adalah rongga besar di bagian dalam sel yang berisi cairan vakuola yang
merupakan suatu larutan cair berbagai bahan organik dan anorganik yang
kebanyakan adalah cadangan makanan atau hasil sampingan metabolisme.
Vakuola diselubungi oleh selaput vakuola yang disebut tonoplas. Umumnya
vakuola tidak berwarna, namun dapat berwarna kebiru-biruan atau kemerah-
merahan karena adanya pigmen terlarut yang termasuk bahan kimia kelompok
antosianin. Pada tumbuhan muda berisi banyak vakuola berukuran kecil, akan
tetapi dengan semakin matangnya usia sel maka terbentuk vakuola yang semakin
membesar. Vakuola berisi bahan-bahan antara lain : asam organik, asam amino,
glukosa, gas, garam-garam kristal, alkaloid (nikotin, kafein, kinin, tein,
teobromin, solanin dan lain-lain)
Vakuola dijuluki sebagai tangki bahan simpanan atau eksresi. Kehadiran
vakuola menjadikan sitoplasma terdorong ke pinggiran sel sehingga protoplas
dekat dengan permukaan. Dengan demikian pertukaran bahan antara sebuah sel
dengan sekelilingnya menjadi lebih efifisien. Vakuola sentral mempunyai fungsi
rangka yang penting karena biasanya volume cairan yang dikandungnya cukup
besar untuk menyebabkan dinding sel bagian luar akan meregang. Tekanan ke
arah dalam pada cairan vakuola yang disebabkan oleh dinding sel yang meregang
tadi menimbulkan ketegaran pada dinding sel, dan karena itu juga pada sel secara
keseluruhan. Jika terjadi penghilangan cairan dalam vakuola lebih cepat dari pada
penggantinya, tumbuhan akan mengalami kelayuan, daunnya berguguran dan
batangnya merunduk. Kondisi ini akan pulih apabila vakuola segera kembali
mengembung sebagai akibat penyerapan air oleh akar lebih cepat dari pada
hilangnya air dari bagian-bagian lain tumbuhan itu.
Dinding Sel
Sel tumbuhan (kecuali sel sperma tumbuhan dan sel endosperm) diselimuti oleh dinding sel dan
ini merupakan ciri sel tumbuhan. Dinding sel tumbuhan mempunyai dinding yang kaku
mengelilingi membran plasma. Strukturnya sangat kompleks, dengan berbagai fungsi dari
pelindung sel hingga mengatur siklus hidup. Dinding sel bertindak dengan berbagai fungsi.
Selain melindungi bagian intraseluler, pada struktur dinding yang kaku terdapat lubang untuk
sirkulasi dan distribusi air, mineral, dan berbagai nutrien, serta kandungan molekul khusus untuk
mengatur pertumbuhan dan melindungi tumbuhan dari penyakit.
Dinding sel jauh lebih tebal dari membran plasma. Dinding sel terdiri dari dinding primer yang
mengakomodasi sel untuk tumbuh, dan dinding sekunder yang berkembang ke arah dalam
dinding primer setelah sel berhenti tumbuh. Dinding primer lebih tipis dan lebih kenyal
dibandingkan dengan dinding sekunder




Gbr. 1.1. Struktur dinding sel
Komponen utama dinding primer meliputi selulosa (dalam bentuk mikrofibril, lihat gambar 1.1.),
yang merupakan karbohidrat kompleks yang terdiri dari beberapa ribu molekul glukosa. Dinding
sel mengandung dua polisakarida bercabang, pektin dan glikan. Jalinan terorganisasi antara
mikrofibril selulosa dan glikan menambah daya regang selulosa, sedangkan jalinan dengan
pektin memungkinkan dinding sel tahan tekanan. Dalam jalinan tersebut terdapat sejumlah kecil
protein. Sebagian dari protein tersebut diperkirakan akan menambah kekuatan mekanik dan
sebagian lagi terdiri dari enzim, yang dapat merubah bentuk, atau memutus jalinan dinding sel.
Perubahan seperti dalam dinding sel diarahkan oleh enzim yang merupakan hal penting untuk
pematangan buah dan pengguguran daun.
Dinding sekunder yang terletak sebelah dalam dinding primer, mengandung lignin. Lignin
merupakan senyawa polimer dari alkohol aromatik. Lignin memberikan corak dan karakteristik
kayu selain sebagai fungsi pendukung bagi kekuatan tumbuhan. Lignin juga menyulitkan
perlekatan sejumlah jamur atau bakteri. Kutin dan suberin, dan bahan lilin lainnya kadang-
kadang terdapat pula dalam dinding sel.
Daerah khusus yang berasosiasi dengan dinding sel tumbuhan, dan adakalanya dianggap sebagai
komponen tambahan, adalah lamella tengah (lihat gambar 1.1.). Kaya dengan pektin, lamella
tengah menjadi perekat bagi sel bertetangga. Dengan posisi sedemikian rupa, sel dapat
berkomunikasi satu sama lain dan bertukaran bahan. Disebut dengan plasmodesmata, plasma sel
dapat menjulur menembus dinding primer, dinding sekunder sehingga transportasi molekul antar
sel dapat berlangsung.





Membran Plasma
Semua sel hidup, prokaryot dan eukaryot, mempunyai membran yang membungkus
kandungannya dan bertindak sebagai pembatas semi-porus terhadap lingkungan luarnya.
Membran plasma permeabel terhadap molekul tertentu, nutrien dan bahan lain yang diperlukan
dimungkinkan untuk melewatinya, demikian pula halnya dengan bahan buangan sel. Molekul
kecil, seperti oksigen, karbondioksida, dan air, dapat melintas menyeberangi membran secara
bebas, tetapi molekul besar, seperti asam amino dan gula, mengalami pengaturan.
Selain membran plasma pada bagian terluar, sel eukaryot mempunyai membran internal yang
membagi-bagi sel menjadi ruangan-ruangan (membran organel). Membran tersebut juga
berperan langsung dalam metabolisme sel; banyak enzim dibentuk tepat di dalam membran
tersebut. Karena ruangan-ruangan sel menyediakan lingkungan lokal berbeda-beda yang
melayani fungsi metabolik tertentu, proses yang tidak sesuai (tidak kompatibel) bisa berlangsung
secara bersamaan di dalam sel yang sama.
Secara umum, membran plasma terdiri dari fofolipid lapis ganda (bilayer lipid) dan lipid lain.
Bermacam-macam protein terperangkap di dalam atau melekat di permukaan bilayer lipid
tersebut (lihat gambar 1.2.):



Gbr. 1.2. Struktur membran plasma

Namun demikian, setiap membran mempunyai komposisi lipid dan protein yang unik, sesuai
dengan fungsi spesifik membran tersebut. Misalnya, enzim yang berfungsi dalam respirasi
seluler berada di dalam membran organel yang disebut mitokondria.


Kloroplas
Satu karakteristik utama tumbuhan adalah kemampuannya melakukan fotosintesis. Proses ini
berlangsung di dalam kloroplas. Semua bagian hijau tumbuhan, termasuk batang dan buah belum
matang, mengandung kloroplas, tapi umumnya fotosintesis berlangsung pada daun.



Gbr. 1.3. Struktur kloroplas
Kloroplas salah satu tipe plastida, organel sel tumbuhan yang terlibat dalam penyimpanan energi
dan sintesis bahan-bahan metabolik. Leukoplas (organel tak berwarna), sebagai contoh, terlibat
dalam sintesis tepung, minyak dan protein. Kromoplas yang berwarna kuning merah
mensintesis karotenoid, dan kloroplas yang berwarna hijau mengandung pigmen klorofil a dan
klorofil b, yang dapat menyerap energi cahaya yang diperlukan untuk fotosintesis. Semua
plastida berkembang dari organel kecil yang terdapat dalam sel meristem muda (jaringan yang
belum terbedakan) disebut proplastid. Perbedaan antara berbagai tipe plastid didasarkan pada
kebutuhan sel yang berbeda, yang dipengaruhi oleh kondisi lingkungan, seperti cahaya.
Kloroplas merupakan organel double membran dan di antara kedua membran terdapat ruang
antar membran. Membran luar lebih permeabel dibandingkan membran dalam, dimana sejumlah
protein transport membran tertanam. Stroma merupakan ruang dalam kloroplas yang bersifat
semi-cair mengandung bahan enzim terlarut, DNA kloroplas, demikian pula RNA dan ribosom.



Di dalam kloroplas terdapat sistem membran yang lain, yang di susun menjadi kantung-kantung
pipih yang disebut tilakoid. Di beberapa tempat, tilakoid ditumpuk seperti tumpukan kartu poket,
yang membentuk struktur yang disebut grana (tunggal, granum). Cairan di luar tilakoid disebut
stroma. Dengan demikian membran tilakoid ini membagi bagian dalam kloroplas menjadi dua
ruangan: ruang tilakoid dan stroma.

Mitokondria
Mitokondria adalah organel berbentuk batang yang dapat dianggap sebagai generator energi pada
sel, dengan mengubah nutrien dengan oksigen menjadi ATP. Jumlah mitokondria di dalam sel
berkorelasi dengan tingkat aktivitas metabolismenya, terdiri dari 1 hingga ribuan.




Gbr. 1.4. Struktur mitokondria
Mitokondria dibungkus oleh suatu selubung yang terdiri dari dua membran. Membran luar halus,
tetapi membran dalamnya berlekuk-lekuk dan disebut krista. Membran dalam membagi
mitokondria menjadi dua ruangan internal, yaitu ruang intermembran yang terletak di antara
membran luar dan membran dalam dan matriks mitokondria yang dilingkupi oleh membran
dalam Gambar 1.3.).






Retikulum Endoplasma
Retikulum endoplasma (RE) membentuk sistem angkutan untuk berbagai macam molekul di
dalam sel dan bahkan antar sel melalui plasmodesmata. Retikulum berarti jaringan dan
endoplasma berarti di dalam sitoplasma (Latin). Banyak aktivitas kimia berasosiasi dengan
RE, salah satu aktivitasnya adalah sintesis protein yang terjadi pada sejumlah ribosom. RE
dengan ribosom yang melekat padanya disebut RE kasar sedang yang tidak mengandung
ribosom disebut RE halus. RE terdiri dari jaringan tubula dan gelembung membran yang disebut
sisterna (cisterna, berarti kotak). Perhatikan gambar 1.4. RE berbagai sel berfungsi dalam
bermacam-macam proses metabolisme tubuh, termasuk sintesis lipid, karbohidrat, sterol dan
fosfolipid dan menawarkan obat dan racun.





Gbr. 1.4. Struktur Retikulum endoplasma

Badan Golgi
Badan Golgi, juga disebut Golgi Aparatus (GA) atau Kompleks Golgi (KG). Setelah
meninggalkan RE, banyak vesikula transpor berpindah ke Badan Golgi. Kita dapat
membayangkan Golgi ini sebagai pusat manufaktur, pergudangan, penyortiran, dan pengiriman.
Di sini produk RE dimodifikasi dan disimpan, dan kemudian dikirim ke tujuan lain. Dengan
mikroskop elektron, badan Golgi terlihat sebagai tumpukan cairan yang berongga dengan
pinggiran yang memutar dan dikelilingi oleh badan-badan berbentuk bola.
Badan Golgi memiliki polaritas yang jelas, dengan membran cisternae pada ujung-ujung yang
berlawanan merupakan suatu tumpukan yang berbeda ketebalan dan komposisi molekulnya.
Kedua kutub tumpukan disebut muka cis dan muka trans yang masing-masing bertindak sebagai
bagian penerima dan pengirim . Muka cis biasanya terletak di dekat RE. Vesikula transport
memindahkan materi dari RE ke badan Golgi. Vesikula yang bertunas dari RE akan menambah
membrannya dan kandungan lumennya ke muka cis dengan bergabung dengan membran golgi.
Muka trans menghasilkan vesikula yang akan tercabut dan pindah ke tempat lain perhatikan
gambar 1.5..
Produk RE biasanya dimodifikasi selama berpindah dari kutub cis ke ketub trans. Protein dan
fosfolipid membran mungkin saja berubah. Misalnya bagian enzim Golgi memodifikasi bagian
oligosakarida glikoprotein . Ketika pertama kali ditambahkan pada protein di RE, oligosakarida
dari seluruh oligoprotein adalah identik. Golgi membuang sebagian monomer gula dan
menggantinya dengan yang lain, menghasilkan bermacam-macam oligosakarida.



Gbr. 1.5. Struktur Badan Golgi




Ribosom
Semua sel hidup mengandung ribosom, organel kecil tersusun kurang lebih 60% RNA ribosomal
(rRNA) dan 40% protein. Namun, secara umum dikenal sebagai organel. Sangat penting untuk
dicatat bahwa ribosom tidak terikat oleh membran dan jauh lebih kecil dibandingkan dengan
organel lainnya. Beberapa jenis sel mungkin memiliki jutaan ribosom, tetapi beberapa ribu lebih
spesifik.



Gbr. 1.6. Struktur Ribosom
Ribosom umumnya terdapat terikat ke retikulum endoplasma dan selaput inti, dan sebagian
lainnya terdapat bebas dalam sitoplasma. Ribosom bertindak sebagai mesin produksi protein dan
akibatnya ribosom sangat melimpah pada sel yang sedang aktif dalam sintesis protein. Sejumlah
protein yang dihasilkan, diangkut ke luar sel.
Ribosom eukaryot diproduksi dan dirakit di dalam nukleolus. Protein ribosomal masuk ke
nukleolus dan berkombinasi dengan empat strand rRNA untuk membentuk dua sub unit
ribosomal (sub unit kecil dan sub unit besar). Unit ribosom ke luar meninggalkan inti melalui
pori inti dan menyatu dalam sitoplasma untuk tujuan sintesis protein. Bila produksi protein tidak
berlangsung, kedua sub unit ribosomal terpisah.





Vakuola Sel Tumbuhan
Vakuola adalah kantung bermembran dalam sitoplasma sel dengan bebagai fungsi. Pada sel
dewasa tumbuhan, vakuola cenderung lebih besar, dengan fungsi penyimpanan, buangan
metabolisme, perlindungan, dan pertumbuhan. Banyak sel sel tumbuhan mempunyai vakuola
besar, tunggal disebut vakuola sentral yang menempati ruang sel sekitar 80% atau lebih. Vakuola
dalam sel hewan, cenderung lebih kecil, dan lebih digunakan secara temporer digunakan untuk
menyimpan bahan-bahan atau untuk mengangkut bahan.




Gbr. 1.7. Vakuola
Vakuola sentral dalam sel tumbuhan (lihat gambar 1.7) dilingkupi oleh membran, disebut
tonoplas, bagian yang sangat penting dan terintegrasi dengan jaringan sistem membran
(endomembran).
Vakuola sel tumbuhan merupakan ruangan serbaguna. Vakuola ini merupakan tempat
menyimpan senyawa organik seperti protein yang ditumpuk dalam vakuola sel dalam benih.
Vakuola juga merupakan tempat penimbunan ion anorganik yang utama dari sel tumbuhan,
seperti kalium dan klorida. Banyak sel tumbuhan menggunakan vakuolanya sebagai tempat
pembuangan produk-samping metabolisme yang dapat membahayakan sel itu sendiri, jika
terakumulasi dalam sitosol. Sebagian vakuola mengandung banyak pigmen yang mewarnai sel
tersebut, seperti pigmen merah dan biru dari mahkota bunga yang membantu memikat serangga
penyerbuk untuk datang ke bunga tersebut. Vakuola dapat juga membantu melindungi tumbuhan
melawan pemangsanya karena mengandung senyawa yang beracun atau beraroma tak sedap bagi
hewan. Vakuola memegang peran utama dalam pertumbuhan sel tumbuhan, yang memanjang
begitu vakuolanya menyerap air, membuat sel dapat menjadi lebih besar dengan hanya membuat
sitoplasma baru yang minimal. Vakuola besar sel tumbuhan berkembang dari penggabungan
vakuola-vakuola yang lebih kecil, yang diambil dari retikulum endoplasma dan badan golgi.
Peran vakuola dalam turgiditas dan bentuk sel.
Bentuk dan ketegaran jaringan yang tersusun dari banyak sel yang hanya memiliki dinding
primer; adalah akibat adanya air dan bahan terlarut yang menekan dari dalam vakuola. Tekanan
timbul karena osmosis.
Ada aspek penting lain dari vakuola yang membuat tumbuhan nampak seperti yang klta lihat.
Untuk mempertahankanh idupnya, tumbuhan perlu menyerap cukup banyak air, unsur mineral,
karbon dioksida, dan cahaya matahari. Setiap faktor tersebut, bahkan cahaya matahari sering
langka atau sedikit sekali diperoieh dari lingkungan. Luas permukaan yang besar sangat
memudahkan penyerapan keempat faktor tersebut oleh tumbuhan: akar yang bercabang-cabang
mengasuki sejumlah besar volume tanah, permukaan dedaunan menangkap cahaya matahari dan
menyerap karbon dioksida dari atmosfer. Cara organisme mendapatkan permukaan yang luas
dimulai dengan memiliki volume yang cukup besar dan kemudian memecah-mecah menjadi
lapisan tipis seperti dedaunan, atau menjadi struktur sempit panjang seperti akar atau jarum-
jarum konifer. Tumbuhan mempunyai volume cukup besar karena vakuolanya terisi air dengan
jumlah lebih besar daripada yang dimiliki protoplasma sel lain. Jika sel tumbuhan hanya
mengandung protoplasma tanpa vakuola seperti halnya sel hewan, maka sel tumbuhan hanya
dapat mempunyai sebagian kecil dari luas permukaannya sekarang. Bagi hewan, amatlah penting
memiliki volume yang kompak dengan permukaan yang terbatas dan protoplasma yang pekat
agar dapat menghasilkan energi dan mengurangi kelembaban untuk bergerak. Kedua fungsi
vakuola tumbuhan, yakni memelihara turgor dan mempertahankan volume yang besar,
merupakan fungsi yang statis

Vakuola untuk penyimpanan dan penimbunan
Konsentrasi bahan terlarut di vakuola itu tinggi, hampir setinggi konsentrasi garam di air laut dan
di sitosol (umumnya 0,4-0,6 M). Ada ratusan bahan terlarut, termasuk berbagai garam, molekul
organik kecil seperti gula dan asam amino, beberapa protein dan molekul lain. Sejumlah vakuola
mengandung pigmen dalam konsentrasi tinggi yang menghasilkan warna pada bunga
(sedemikian terkonsentraspi pada vakuola sel epidermis sehingga pigmen itu menutupi warna
hijau kloroplas). Pada beberapa bagian tumbuhan, vakuola mengandung bahan yang bisa
meracuni sitoplasma, misalnya hasil metabolisme sekunder (contohnya alkaloid, dan berbagai
senyawa bermolekul gula). Kadang juga vakuola mengandung kristal; kristal kalsium oksalat
lazim didapatkan pada beberapa spesies.
Didapatkannya semua senyawa tersebut dalam vakuola telah lama menimbulkan dugaan bahwa
vakuola merupakan semacam tempat untuk menampung hasil buangan sel dan kelebihan mineral
yang diambil oleh tumbuhan. Kita sekarang tahu bahwa banyak dari senyawa ini berperan jauh
lebih dinamis daripada hanya sekadar tersimpan di sana, walaupun -penyimpanan, termasuk
penyimpanan hasil buangan, memang salah satu peran penting vakuola. Beberapa senyawa ini
terperangkap di vakuola karena kondisinya berubah ketika memasuki lingkungan baru di vakuola
yang, sekurang-kurangnya, sering lebih asam daripada sitosol. Merah netral misalnya, melewati
tonoplas sebagai basa bebas lipofilik, tapi ia mengion ketika menerima proton di vakuola. Dalam
kondisi seperti ini ia tidak dapat lagi melewati tonoplas. Ca2+ terperangkap dengan cara
diendapkan dengan oksalat, fosfat, atau sulfat, membentuk kristal. Tapi, biasanya vakuola
mengandung Ca2+ dalam konsentrasi milimol saja.

Vakuola sebagai lisosom
Enzim di vakuola mencerna berbagai macam bahan yang diserap ke dalam vakuola, termasuk
mencerna sitoplasma ketika sel mati dan tonoplas pecah. Hal ini mungkin terjadi sewaktu
protoplas sel kayu rusak dan mati. Dalam hal ini, vakuola berlaku sebagai lisosom, yaitu organel
sel yang umum didaputi di sel hewan beberapa cendawan, dan protista. Lisosom mengandung
enzim pencerna (hidrolitik) yang memecah bahan yang diserapnya, atau enzim ini mencerna
protoplasma setelah sel mati dan merusak membran lisosom. Pentingnya peran ini bagi vakuola
masih diteliti karena tidak semua enzim pengurai protein sel terdapat di vakuola. Barangkali
hanya sekitar 10% terdapat pada tumbuhan tingkat tinggi, sedangkan pada sel khamir, 90% dan
enzim ini berada di vakuola.

Peran pada homeostasis
Homeostasis adalah kecenderungan beberapa parameter fisiologi untuk dipertahankan pada suatu
tingkat yang boleh dikatakan konstan. Kebanyakan kajian tentang homeostasis
melibatkan hewan; suhu tubuh burung dan mamalia merupakan contoh yang baik-sekali untuk
menjelaskan fenomena itu. Contoh yang baik pada tumbuhan ialah konsentrasi berbagai senyawa
dalam sitosol yang boleh dikatakan konstan, misalnya konsentrasi ion hidrogen (pH). Vakuola
memegang peran penting dalam mempertahankan pH sitosol yang konstan itu. Kelebihan ion
hidrogen di sitosol akan dipompa masuk ke vakuola. Rasa masam yang tajam pada jeruk karena
konsentrasi aram sitrat yang tinggi di vakuola merupakan contoh yang jelas. Vakuola yang
demikian memiliki pH-sampai 3,0 padahal pH sitosol di sekitarnya antara 7,0 dan 7,5 (mendekati
netral). Asam organik lain dipunyai oleh vakuola tumbuhan sekulen CAM (tumbuhan dengan
metabolisme asam Crassulaceae), yang menghasilkan asam pada malam hari dan mengolahnya
dalam fotosintesis pada siang hari. Kebanyakan vakuola agak bersifat asam (pH = 5-6). Telah
terbukti melalui percobaan bahwa bila pH di sekitar sel tumbuhan berubah secara drastis,
perubahan itu terlihat pada pH vakuola, sedangkan pH sitosol tetap konstan. Ca2+ dan ion fosfat
akan meracuni sitoplasma bila konsentrasinya terlalu tinggi. Vakubla menyerap kedua jenis ion
ini, sehingga konsentrasinya dalam sitosol selalu dipertahankan pada batas yang cocok kadang
1000 kali lebih rendah di sitosol daripada di vakuola. Diketahui bahwa kadang Ca2+
terperangkap di vakuola dalam bentuk kristal kalsium (RE mungkin berperan dalam
mengendalikan Ca2+ di sitosol). Fosfat dan nitrat adalah contoh ion esensial yang disimpan
dalam vakuola. Jika tingkat fosfat dan nitrat di sitosol turun terlalu rendah, maka kedua ion ini
keluar dari vakuola dan masuk ke sitosol. Hal yang sama terjadi pula pada gula, asam amino, dan
banyak bahan cadangan lain. Jadi, barangkali vakuola memang merupakan tempat
penampungan, tapi sekaligus juga menjadi gudang. Senyawa terlarut dalam vakuola menentukan
sifat osmotiknya dan karena itu juga menentukan sifat osmotik sitosol yang menyertainya
(sitosol dan vakuola selalu berimbang); inilah contoh lain peran vakuola dalam homeostasis.
Tapi, ada beberapa pengecualian. Senyawa tertentu seperti prolin (suatu asam amino) muncul di
dalam jaringan yang berada di bawah keadaan rawan air atau rawan garam, tapi konsentrasi
tinggi itu terjadi di sitosol. Senyawa tersebut berfungsi melindungi enzim sitosol dari lingkungan
rawan air dan rawan garam itu. Maka, tepatlah bila senyawa tersebut berada di sana.
Proses metabolik dalam vakuola
Beberapa reaksi kimia pada sel hidup terjadi di vakuola. Misalnya, tahap akhir sintesis etilen
(suatu pengatur tumbuh berbentuk gas) sebagian besar berlangsung pada tonoplas vakuola, dan
bermacam perubahan bentuk gula juga terjadi di sana. Beberapa metabolit sekunder yang
tersimpan di vakuola mengalami perubahan kimiawi pula di situ. Penemuan yang dihasilkan
selama beberapa tahun terakhir ini diperoleh melalui kajian terhadap vakuola yang diisolasi.
Peroksisom
Mikrobodi adalah kelompok organel yang terdapat dalam sitoplasma semua sel, bentuk kasar.
Ada beberapa jenis mikrobodi, tercakup didalamnya adalah lisosom, tetapi peroksisom adalah
paling umum.