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Biología Celular y Molecular2011

Departamento de Bioquímica Departamento de Bioquímica
Proteínas: plegamiento y Proteínas: plegamiento y
degradación
Plegamiento y modificación de las
t í proteínas
U li é tid i t t i t ti d d b l • Un polipéptido recientemente sintetizado debe plegarse y
a menudo se modifica químicamente (modificaciones
post-traduccionales) para generar la proteína final p ) p g p
• Todas las moléculas correspondientes a una especie
t i d t ú i f ió ( t d ti ) proteica adoptan una única conformación (estado nativo),
el cual corresponde a la forma plegada más estable
• La mayoría de las proteínas se pliega y adopta su
conformación nativa en condiciones fisiológicas.
La información para el plegamiento proteico
está codificado en la secuencia
“Principles that govern the folding of protein chain”
Anfinsen, C. (1973) Science 181, 223-230.
Cinética del plegamiento
El pasaje de la forma desplegada a la forma nativa tiene diferentes
etapas:
1- Nucleación Nucleación: formación inicial de algunos segmentos de -hélice y
hojas  Formación de dominios
2- Consolidación Consolidación estructural estructural: plegado terciario
3- Reordenamientos finales
La paradoja de Levinthal
Levinthal Cyrus (1968) «Are there pathways for protein folding?» Journal de Chimie Levinthal, Cyrus (1968). «Are there pathways for protein folding?». Journal de Chimie
Physique et de Physico‐Chimie Biologique 65:  pp. 44–45
Debido al gran número de grados de libertad en una cadena polipeptídica
desplegada la molécula tiene un número astronómico de posibles desplegada, la molécula tiene un número astronómico de posibles 
conformaciones
•La estimación es de 3
100
= 5 ×10
47
conformacions •La estimación es de 3
100
= 5 ×10
47
conformacions.
• Los movimientos más rápidos son de 10
- 15
s por lo que
probar todas las conformaciones posibles llevaría
5 ×10
32
s
• 60 ×60 ×24 ×365 = 31536000 segundos en un año
• Ensayar todas las conformaciones llevaría 16 ×10
25
Ensayar todas las conformaciones llevaría 1.6 ×10
años, cifra mucho mayor que la edad del universo
La resolución de la paradoja pasa por la aceptación de La resolución de la paradoja pasa por la aceptación de 
la existencia de estados de plegamiento intermedios
Existe una cinética del plegamiento
Entre la Entre la formación formación de de estructuras estructuras 2ria y 3ria 2ria y 3ria existen existen estados estados
intermedios intermedios, , cuya cuya última última etapa etapa es es la de la de GLOBULO FUNDIDO GLOBULO FUNDIDO
Estructura de un glóbulo fundido del citochromo b562 (A) , y su forma final (B).
Termodinámica del plegamiento
G (-) 0 (+)
--TTSS
HH
Entropía conformacional Entropía conformacional
--TTSS
Interacciones internas Interacciones internas
--TTSS
Efecto hidrofóbico Efecto hidrofóbico
GG
NETO NETO::
Plegamiento Plegamiento
El plegamiento proteico usualmente se
realiza en etapas definidas
El plegamiento proteico usualmente se
realiza en etapas definidas
Protein Protein 
Folding
Exploring the
Folding
Landscape
Proteínas accesorias para el plegamiento p p g
1. 1. Proteín Disulfuro Isomerasas (PDI) Proteín Disulfuro Isomerasas (PDI)
2. 2. Peptidil Prolil cis Peptidil Prolil cis- -trans isomerasas trans isomerasas
(PPI) (PPI) (PPI) (PPI)
33 Chaperonas Chaperonas 3. 3. Chaperonas Chaperonas
Proteínas accesorias para el plegamiento Proteínas accesorias para el plegamiento
1. 1. Proteín Disulfuro Isomerasas (PDI) Proteín Disulfuro Isomerasas (PDI)
• Enzima eucariótica
homodimérica que
t li i t bi d cataliza intercambios de
enlaces disulfuro en
proteínas.
Proteínas accesorias para el plegamiento
• Las peptidil prolil cis-trans isomerasas facilitan la formación de
2. 2. Peptidil Prolil cis Peptidil Prolil cis- -trans isomerasas (PPI) trans isomerasas (PPI)
p p p
enlaces peptídicos cis precediendo una prolina
• Se las conoce también como rotamasas
• La interconversión cis-trans acelera el plegamiento de las proteínas.
• Las inmunofilinas pertenecen a esta familia, y en particular la
ciclofilina, que al ser inhibida por ciclosporina A, produce un efecto
inmunosupresor
Proteínas accesorias para el plegamiento
3. 3. Chaperonas Chaperonas
• Previenen o revierten asociaciones impropias principalmente
sobre proteínas multi dominio o con estructura cuaternaria
• Reconocen regiones hidrofóbicas expuestas a la superficie, las
unen y permiten su plegamiento correcto
• Tienen actividad ATPasa, ya que este proceso consume energía.
Proteínas accesorias para el plegamiento
3. 3. Chaperonas Chaperonas: Clasificación : Clasificación
• HSP70: Previenen la desnaturalización por temperatura. Se unen a
algunas proteínas nacientes
• Chaperoninas: son grandes moléculas multiméricas muy
extendidas en la escala evolutiva. Forman 2 grandes grupos:
1- HSP60: Gro-EL tiene 14 subunidades que forman 2 anillos.
2- HSP10: GroES tiene 7 subunidades que forman un anillo
• Nucleoplasmina: ensamblaje de nucleosomas
Chaperonas: Familia Hsp70 Chaperonas: Familia Hsp70
• Reconocen pequeños sectores con aminoácidos hidrofóbicos
en la superficie de una proteína.
• Son ayudadas por hsp40. So ayudadas po sp 0
• Se hidroliza una molécula de ATP.
Chaperoninas: Familia Hsp60 Chaperoninas: Familia Hsp60
Estructura y función: catálisis del re-plegamiento Estructura y función: catálisis del re plegamiento
L í l l d d i i hid fóbi L í l l d d i i hid fóbi •• La proteína mal plegada es capturada por interacciones hidrofóbicas La proteína mal plegada es capturada por interacciones hidrofóbicas
por el “barril” de la Hsp60. por el “barril” de la Hsp60.
•• Aproximadamente 15 segundos después la hidrólisis del ATP libera la Aproximadamente 15 segundos después la hidrólisis del ATP libera la p g p p g p
proteína correctamente plegada. proteína correctamente plegada.
•• Si la proteína no acabó de plegarse, el ciclo se repite. Si la proteína no acabó de plegarse, el ciclo se repite.
Estructura de GroEL unida a su “ tapa” GroES Estructura de GroEL unida a su “ tapa” GroES
Degradación de proteínas en el Citosol
• Elimina proteínas incompletamente p p
ensambladas
• Elimina proteínas mal plegadas o
dañadas dañadas
• Reduce la concentración celular de
proteínas sintetizadas en respuesta a
una señal (off switch)
Proteasoma Proteasoma
Estructura del Proteasoma
Enfermedades
Conformacionales
Anemia Falciforme
•Obstrucción de capilares. Dolor
•Anemia por ruptura de glóbulos rojos
•Aumento de las infecciones
Efecto de Mutaciones en la secuencia  
primaria de la hemoglobina
1:500 African American
Anemia
Deoxyhemoglobin S Polymer Structure
A) Deoxyhemoglobin S
14‐stranded polymer
( l i h)
C) Hydrophobic pocket
for 6 Val
B) Paired strands of
deoxyhemoglobin S
( l ) (electron micrograph) (crystal structure)  
D) Charge and size prevent
6 Glu from binding. 6 Glu from binding.
Dykes, Nature 1978; J MB 1979
Crepeau, PNAS 1981 Wishner, J MB 1975
Enfermedades neurodegenerativas:
sustancia amiloide sustancia amiloide
• Enfermedad de Alzheimer: depósito beta amiloide (péptido
de 40 kDa)
N tí il idóti f ili d ó it d • Neuropatía amiloidóticas familiares: depósitos de 
transtirretina, proteína involucrada en transporte de retinol
• Otras enfermedades amiloidóticas, que presentan
depósitos de inmunoglobulinas, queratina, beta‐2‐
i l b li t microglobulina, etc.
Placa amiloide en enfermedad de Alzheimer
Encefalopatías espongiformes: los priones Encefalopatías espongiformes: los priones
•• Todas Todas son son enfermedades enfermedades ne rodegenerati as ne rodegenerati as poco poco •  • Todas Todas son  son enfermedades enfermedades neurodegenerativas neurodegenerativas poco poco
frecuentes frecuentes ((demencia demencia y ataxia). y ataxia).
•  • Usualmente Usualmente caracterizadas caracterizadas por por una una degeneración degeneración
espongiforme espongiforme del  del cerebro cerebro acompañadas acompañadas por por la  la aparición aparición de  de 
astrocitos astrocitos activados activados y la y la acumulación acumulación de de agregados agregados de de PrP PrP astrocitos astrocitos activados activados y la  y la acumulación acumulación de  de agregados agregados de  de PrP PrP
proteasa proteasa resistentes resistentes. .
• Las • Las enfermedades enfermedades por por priones priones son son transmisibles transmisibles por por • Las  • Las enfermedades enfermedades por por priones priones son  son transmisibles transmisibles por por
inoculación inoculación o  o ingestión ingestión de  de tejidos tejidos infectados infectados. .
Enfermedad Enfermedad Mecanismo patogénico Mecanismo patogénico
Humana:
Kuru Infección por canibalismo ritual en
Nueva Guinea
Enfermedad de Creutzfeldt-J akob Infección por hormona de crecimiento
(CJ D) iatrogénica humana contaminada con priones,
etc.
CJ D familiar Mutaciones germinales en el gen PrP
Enfermedad de Gerstmann-Sträussler-
Scheinker e
Mutaciones germinales en el gen PrP
Insomnio familiar fatal Mutaciones germinales en el gen PrP
CJ D esporádica Mutaciones somáticas o conversión
espontánea de PrPC en PrPSc?
CJ D variante Infección con priones de BSE?
Animal:
Scrapie (oveja) Infección en ovejas genéticamente
susceptibles p
Encefalopatía bovina espongiforme
(BSE) (vacas locas)
Infección a partir de raciones de carne
y hueso contamidas con priones
Los priones
• Derivan de la proteína normal PrP que se expresa en sistema nervioso e
inmune. Probable función antioxidante.
• El nombre prión deriva de Proteinaceous Infectious only p y
• La forma infecciosa de la proteína priónica (PrPsc) es insoluble y tiene
características de un amiloide.
• El mecanismo de acción es por entrada a la célula, actuando sobre la PrP
normal, induciendo su precipitación y la muerte celular
• El rasgo distintivo de las enfermedades priónicas es que pueden ser
trasmitidas, heredadas o esporádicas
La enfermedad de las “ vacas locas”
Encefalitis espongiforme bovina