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Médecine
1. STRUCTURE DE L'ADN
* Structure en double hélice (Watson et Crick)
Les nucléotides
• Enchaînement de 3 éléments:
A. une base
B. un sucre à 5 carbones
C. un acide phosphorique
Les constituants du nucléotide
• A. la base: composés
cycliques azotées
• 1. Bases pyrimidiques
• 2. Bases puriques
Les constituants du nucléotide
• 1. bases pyrimidiques
• Cycle hexagonal à 4
carbones et 2 azotes
• La cytosine (C), la
thymine (T) et l’uracile
(U).
Les constituants du nucléotide
• 2. bases puriques
• Accolement d’un cycle
hexagonal à 4 carbones et
2 azotes et d’un cycle
pentagonal à 3 carbones et
2 azotes.
• B. pentose
• Sucre simple à 5 C.
• Ribose (ARN)
• Désoxyribose (ADN)
Les constituants du nucléotide
• C. acide phosphorique
• Un tri-acide
• Rend le nucléotide chargé
négativement
Il y a donc quatre sortes de nucléotides
Les nucléotides peuvent se lier les uns aux autres
par leur sucre (désoxyribose) et leur groupement
phosphate :
Liaison Base-pentose
Liaisons esters
• Antiparallèles
• Complémentaires
A en face de T (2 ponts
hydrogènes)
G en face de C (3 ponts
hydrogènes)
• Antiparallèles
• Complémentaires:
• en face de A on a T
• En face de C en a G
• Hélicoïdales: configuration
hélicoïdales
* dénaturation de l'ADN
• 5 types d'histones:
H1, H2A, H2B, H3 et
H4.
• ADN (200pb-surface
de la particule) +
histones (noyau
intérieur) H2A, H2B,
H3 et H4 forment un
nucléosome.
Nucléosomes
Réplication:
• semi-conservatrice:
• 3. Enzymes
• Pendant la réplication: DNA déroulé et maintenu simple
brin grâce aux:
• Hélicases : sépare les deux brins de la double hélice
• Protéines SSB (single strand Binding) stabilise les brins de
DNA séparés.
• ADN polymérases: assembler les nucléotides les uns aux
autres.
• Autres enzymes
3. REPLICATION DE L'ADN
Mécanismes
1. propagation
La réplication progresse de
manière bidirectionnelle et
d'une manière discontinue
(fragments d'Okazaki) pour
l'un des deux brins.
2. Origine de réplication
Plusieurs milliers.
Les étapes de la réplication: déroulement de l’ADN
• La réplication implique le
déroulement de l'ADN: rôle
des topoisomérases
(hélicase supprime les
ponts hydrogènes.
Il s’agit de
l’ADN polymérase I.
Rôle de la polymérase I
• Activités de POL I:
exonucléase 5 ’ 3’
Hydrolyser les amorces de RNA
polymérase 5 ’ 3’
Ajouter les désoxyribonucléotides
en 3’ du fragment de DNA
précédent
Finalement une ligase effectuera la soudeur du brin
LES ALKYLANTS.
(endoxan) MECANISME D ’ACTION DES SUBSTANCES
INTERCALANTES
→ Molécule pouvant former des
liaisons de covalence avec l’ADN.
→ Formation de ponts entre les
chaînes d’ADN qui ne peuvent plus
être séparées.
→ Inhibition de la réplication et de
la transcription des régions d’ADN
concernées
3. REPLICATION DE L'ADN
• *Implications
pharmacologiques
• - agents anticancéreux
ciblant les topoisomérases et
inhibant la réplication (action
peu sélective)
- analogues de nucléosides:
Acyclovir -> inhibition
préférentielle de l'ADN
polymérase virale
4.Réparation d ’ADN endommagé
L ’ADN est sensible à:
– Rayons UV (formation de dimères de thymine)
– Radiations ionisantes (coupures de brins)
– Substances chimiques (méthylation et désamination)
– Modifications chimiques spontanées (dépurination et
dépyrimidination)
TT-dimère
Réparation d ’ADN endommagé
Transcription
S : protéines standard
E : Extrait cellulaire brut
C, H : Surnageant liquide (après ultracentrifugation).
D : Fraction DEAE-Sepharose.
Le PM de la protéine recombinante : 45kDa.
Focalisation isoélectrique
• * minisatellites:
• fonction inconnue.
5. EXPRESSION DES GENES:
transcription et maturation des ARNs
• Principes généraux:
• L'expression du génome aboutit à la synthèse dans les cellules de
macromolécules acides nucléiques et protéines, dont la structure primaire est
déterminée par celle du DNA.
ARN
TATA
ADN
Séquence cis
Initiation de la
transcription
(= nucléotide +1)
Séquence TATA
(+/- nucléotide -30)
Facteurs de
transcription
Facteurs trans
de base ARN polymerase II
+1
TATA ATG stop
AATAA
Exon Exon Exon
Signal de
Intron Intron
polyadenylation
Régions
régulatrices
Enhancer
• enhancer: région
Facteurs de
située à distance du Facteurs trans
transcription
de base ARN polymerase
promoteur (à
TATA ATG
plusieurs milliers de
Exon Exon Ex
paires de bases), Intron Intron
la transcription. régulatrices
Promoteur d’un gène
d'initiation de la
transcription, sur
enhancer Promoteur (100 pb à 500 Région transcrite
une longueur de Régions
pb)
base.
Par analogie aux système procaryotes
Promoteur d’un gène
Pol II
13TAF II
transactivateurs
TBP
Enhancer TATA
Facteurs de
transcription
Facteurs trans de base ARN polymerase II
AATAA
Exon Exon Exon
Signal de
Intron Intron
polyadenylation
Régions régulatrices
• source 1..2304
/organism="Homo
sapiens"
/mol_type="mRNA"
/db_xref="taxon:9606"
/chromosome="17"
/map="17q11.2" gene
1..2304
/gene="MAP2K3"
CDS 338..1294
/gene="MAP2K3"
Séquence traduite (338 à 1294)
• translation="MSKPPAPNPTPPRNLDSRTFITIGDRN
FEVEADDLVTISELGRG
AYGVVEKVRHAQSGTIMAVKRIRATVNSQEQKRLL
MDLDINMRTVDCFYTVTFYGALF
REGDVWICMELMDTSLDKFYRKVLDKNMTIPEDILG
EIAVSIVRALEHLHSKLSVIHR
DVKPSNVLINKEGHVKMCDFGISGYLVDSVAKTMD
AGCKPYMAPERINPELNQKGYNV
KSDVWSLGITMIEMAILRFPYESWGTPFQQLKQVV
EEPSPQLPADRFSPEFVDFTAQC
LRKNPAERMSYLELMEHPFFTLHKTKKTDIAAFVKE
ILGEDS"
• gene="MAP2K3" CDS
338..1294
• polyA signal
2275..2280
/gene="MAP2K3"
polyA_site 2299
/gene="MAP2K3"
Séquence mRNA MAPK
• Polyadénylation de l'ARN:
Site de
branchement Site accepteur
Site donneur
Exon 1 GU A AG Exon 2
L’épissage est un phénomène séquentiel
complexe.
• 3 éléments ou séquences jouent un rôle important :
•
– site donneur est en 5’ de l’intron = séquence consensus GU
• L’épissage aboutit à:
• ARNm avec exons raccordés, intron libéré sous forme de lasso
• Ces phénomènes ont lieu dans le noyau.
Dans la première étape, il y a formation d’un premier clivage en 5’ de l’intron. L’OH situé en 2’ du ribose appartenant
à l’A du branchement vient se souder à l’extrémité 5’-phosphate de l’intron. Il y a formation d’une liaison 5’-2’
phosphodiester. Il y a constitution d’une boucle ou lasso (« lariat »). L’extrémité 3’ de l’exon situé en amont du clivage
(exon 1) présente un OH (3’) libre:
• Une seconde étape correspond au
deuxième clivage en 3’ de l’intron.
• figs
Acide ribonucléique
• L’ARN
• A. ne présente ni structure secondaire ni tertiaire puisque la
molécule est monocaténaire.
• B. absorbe dans les UV à 260 nm
• C. est plus délicat à manipuler que l’ADN
• D. est très soluble dans l’eau pure
• E. contient les mêmes bases puriques que l’ADN
• Les ARNm
• 7a. ARNr
• 4 types d'ARNr: 28S, 18S, 5.8S et 5S
• Les ARNr 28S, 18S et 5.8S sont codés par un même gène,
transcrit par l'ARN polymérase I
• Le promoteur est plus simple que celui des gènes codant pour
des protéines: il ne comporte que deux régions régulatrices .
• Le bras accepteur
• Le bras TyA
• Le bras de l’anticodon
• Le bras D
7b. ARNt
Les acides aminés peuvent se lier les uns aux autres par
une liaison peptidique.
La liaison peptidique se fait entre le groupement acide
(COOH) d'un acide aminé et le groupement amine (NH2) de
l'autre. Au cours de la réaction, une molécule d'eau est
éliminée..
L'union de plusieurs acides aminés forme un polypeptide. Les
protéines sont donc des polypeptides.
Exemple d’une chaîne peptidique
•tRNA
•L’enchaînement des aa se fait selon un
ordre dicté par l’ARNm
•L’assemblage ne se fait pas directement
sur l’ARNm mais nécessite un adaptateur
= rôle de l’ARNt (entre le mRNA et l’aa),
en effet:
le tRNA (par son extrém 3’ACC) est lié à
l’aa d’un côté et au mRNA (par son
anticodon) de l’autre côté.
Lieu de la traduction
• Le sur enroulement
a pour conséquence
une compaction plus
grande de l'ADN