La ley 68 gener condiciones para el desarrollo de libertades acadmicas, permitiendo una
dinmica ms pluralista y participativa en la direccin de los centros acadmicos por parte de los profesores y estudiantes. Esta ley estaba impregnada en gran medida por la visin del movimiento de Crdoba, el cual bsicamente luchaba por la autonoma universitaria, educacin laica y libertad de ctedra. Pese a la frrea oposicin por parte de los sectores reaccionarios y eclesisticos de la nacin en la poca, esta ley logr encaminar la educacin superior a como la conocemos hoy. Esta ley ms que un mandato de organizacin de la educacin superior fue una reivindicacin al pensamiento crtico, a la libre expresin, a la autonoma en su amplio sentido, a la eliminacin de dogmas impuestos desde autoridades eclesisticas que por dcadas gobernaron de la mano de la hegemona conservadora. Adems en conjunto con el decreto 1283 signific el arrebatamiento de la educacin a la iglesia catolica. La ley orgnica del 68 no solo contribuy a la autonoma universitaria, sino que adems la unific como un solo organismo, en la que las mltiples facultades hasta ese momento independientes pasaron a estar integradas bajo una misma direccin El consejo directivo de la universidad estaba conformado por nueve miembros: el ministro de educacin que era su presidente, el rector de la universidad (vicepresidente); los delegados elegidos por el gobierno, un delegado elegido por los decanos, dos profesores elegidos por el profesorado y dos estudiantes elegidos por los estudiantes. El rector era elegido por una terna que presentaba el presidente de la repblica. Este modelo de gobierno de la universidad result ser ms democrtico y pluralista en el sentido de que permiti crear un instrumento de gobernabilidad sobre el destino y funcionamiento de la universidad conformado por mltiples integrantes de mltiples orgenes,desde el estudiantado hasta el mismo gobierno. Sin embargo la cualidad de autonoma universitaria se vea limitada debido a que dos de los cargos ms importantes el de presidente y rector del consejo superior universitario, eran elegidos o preseleccionados por el gobierno, el presidente directamente por el gobierno y el rector resultaba de una seleccin de una terna presentada por el gobierno; adicionalmente el gobierno pona directamente dos delegados dentro del consejo superior. Este aspecto es clave debido a que no se puede considerar una verdadera autonoma universitaria si el gobierno de turno tiene tal nivel de injerencia en el mximo consejo que dirige la universidad en el pas. Lo anterior contrasta con lo que Gerardo Molina argumentaba en relacin a la autonoma universitaria, debido a que este crea en una universidad que no se distanciaba de la nacin ni era extraa a los sucesos pblicos; pensaba en una autonoma universitaria relativa, y no una autonoma total debido a que la creia nociva. Es evidente el contraste de esta hiptesis de Molina con el gobierno de la Universidad, un asunto es propender porque la educacin y el estado marchen coordinadamente, otro es que el estado tenga alta injerencia en el mando de la universidad.