Flagellum.

Impulsando la comprensin de
la ciencia.
Coletazos para viaje en la era de la evolucin de la ciencia

Archivo para la categora "qumica"

Una enzima no tiene porque venir de otra enzima.
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De tal palo tal enzima. Se puede convertir una protena que une y transporta cidos grasos
en una enzima que roza la perfeccin cintica fabricando compuestos coloreados
(flavonoides) que protegen a la clula. Si la clorofila llen el mundo de oxgeno y de verde.
Los flavonoides llenaron el mundo de amarillos y anaranjados, de proteccin solar y
permitieron la fijacin de nitrgeno (otro hito evolutivo de dimensiones planetarias).
La salida mediante la paulatina adaptacin de las plantas del ambiente marino a tierra, tuvo
que ser uno de los grandes eventos de la evolucin. Para ello las clulas fotosintticas
tuvieron que dotarse de un arsenal de sustancias qumicas nuevas que las defendieran de los
cambiantes factores hostiles. La desecacin, la radiacin ultravioleta, exposicin a la
atmsfera primitiva y un largo etctera seran los desafos inevitables. Las plantas que son
unas qumicas magnficas y muy prolficas tuvieron que crear un nuevo conjunto de
enzimas mediante duplicacin, mutacin y seleccin.
Segn los hallazgos de un grupo de investigacin el plegamiento caracterstico de las
protenas transportadoras de cidos grasos (FAPs) situadas en los cloroplastos, dieron
origen a una estructura proteica capaz de transformar ciertos intermediarios en otros nuevos
denominados flavonoides y adems con estreo especificidad. Es una prueba de la
transicin de una protena transportadora en una protena catalizadora. Dichas nuevas
sustancias sintetizadas se acumulaban, eran coloreadas y conferan proteccin en las nuevas
condiciones.

Como se ve en la figura el plegamiento tridimensional de la chalcona isomerasa y la

protena FAP es muy parecido. El sitio de unin para cidos grasos se convirti en el centro
activo estreo especfico del enzima. Es un espectacular ejemplo evolutivo de la
diversificacin de las protenas con el tiempo variando lo ya conocido. La chalcona
isomerasa tiene unido en su centro la molcula de naringenina (un flavonoide muy presente
en el pomelo). La FAP tiene unidas dos molculas del cido graso laurico.
Concretamente la enzima surgida se llama Chalcona isomerasa (CHI) y cataliza la
conversin de unas sustancias llamadas chalconas en la forma S de la flavona, que dara
posteriormente lugar a toda un familia de compuestos, los flavonoides. Compuestos
protectores y antioxidantes en muchos casos. La reaccin esta cerca de la perfeccin
termodinmica solo limitada por la difusin y es adems estreo selectiva, lo que consigue
la evolucin si le das tiempo.
La protena relacionada antecesora es la protena que une cidos grasos cuya funcin es
transportarlos entre compartimentos y concentrarlos en las semillas para su correcto
desarrollo. Es tambin de inters ya que determina el contenido de cidos grasos de las
semillas y por tanto su contenido energtico. Esto tiene implicaciones en bio combustibles
y en produccin alimentara.

Llama la atencin que el plegamiento de la estructura sea tan parecido y tan distinta,
aunque especializada e importante en ambos casos, su funcin. Esta investigacin
compendia, bioinformtica para la bsqueda de secuencias similares, cristalografa de
rayos-x para la estructura, bioqumica, anlisis de mutantes, metabololmica y comparacin
perfiles de expresin gnica para caracterizar protenas no conocidas y donde se expresan.
Aqu solo se cumple en parte la expresin de tal palo tal astilla.

Ruta de sntesis de flavonoides. Compuestos normalmente coloreados, foto protectores y

con otras muchas caractersticas. Son una famila muy extensa y diversificada de sustncias
qumicas.
Esta entrada es una participacin de Flagellum en la XII Edicin del Carnaval de Biologa
que organiza Caja de ciencia.
Esta entrada es una participacin de Flagellum en la XV Edicin del Carnaval de Qumica
que organiza el cuaderno de calpurnia tate.
REFRENCIAS
Evolution of the chalcone-isomerase fold from fatty-acid binding to stereospecific catalysis.
Micheline N. Ngaki,Gordon V. Louie,Ryan N. Philippe, Gerard Manning, Florence Pojer et
al.Nature doi:10.1038/nature11009

Escrito por flagellum

mayo 17, 2012 a 10:34 am
Escrito en evolucin, Gentica, qumica
Etiquetado con chalcona, flavonas, flavonona, isomerasa

La productividad postergada y el descubrimiento de la

estructura de la insulina.
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Fue en 1935 cuando Dorothy Crowfoot puso por primera vez un cristal de insulina frente a
un haz de rayos X y captur el resultado en una fotografa con baja resolucin. Un patrn
complejo pero ordenado que le indic a ella que la estructura atmica era factible descifrar.
Sin embargo no sera hasta unos cuantos aos despus, 34, que ese patrn de puntos dara
lugar, despus de mucho trabajo y de muchos otros descubrimientos, a la geometra
cristalina tomo por tomo del polipptido de 51 aminocidos denominado insulina. Por
medio del mtodo de sustitucin de tomos pesados descifr la posicin de los 777 tomos
que componen la estructura. Una preciosa conformacin que ayudara a mejorar la vida de
mucha gente.
En agosto de 1969 tras haber recibido el Nbel de Qumica (1965) por dilucidar entre otras
la estructura de la molcula de penicilina y la ms compleja vitamina B12, desentrao
completamente la molcula de insulina y sus secretos. El premio tambin se debi a que
haba ampliado, sin duda, los lmites de la qumica y la cristalografa.

Formada por dos cadenas de aminocidos (51) unidas mediante puentes disulfuro. La
estructura de la insulina consta de 777 tomos. En el fondo se ve el mapa de densidad
electrnica calculado manualmente a partir de los datos de difraccin de rayos X. Es la
estructura que logro dilucidar Dorothy Crowfoot Hodgking y colaboradores.
Pudo desvelar este tipo de estructuras tan complejas debido a que en ella se daban una
mezcla de habilidades manuales, capacidad matemtica, un profundo conocimiento de la
qumica y la cristalografa y un pasin por el conocimiento.
Si fuera en los trminos que ahora se piensa, la determinacin de estructuras tan nuevas y
complejas no se abordara por falta de productividad o de su perspectiva. Pero la
productividad de un mtodo vlido siempre aumenta, y gracias al trabajo de la Dr. Dorothy
Crowfoot Hodgking se pudieron perfeccionar los mtodos para la resolucin de protenas
incluso ms complejas que stas con miles de aminocidos. La produccin de estructuras
biolgicas, tanto de protenas como de cidos nucleicos es, en estos momentos espectacular.
Una parte importante de esos frutos se lo debemos a esta gran cientfica.
Una cientfica que tambin tena un fuerte compromiso con la sociedad y con la paz.

Estructuras cristalinas calculadas y almacenadas en la base de datos pdb.org por multiples

equipos de todo el mundo. Protenas, capsides proteicas de virus, inmunoglobulinas, acidos
nucleicos y otras macromolculas. El crecimiento impresionante. Fuente y foto cortesia de
protein data bank.
REFERENCIAS
Structure of Rhombohedral 2 Zinc Insulin Crystals. M. J. ADAMS, T. L. BLUNDELL, E. J.
DODSON, G. G. DODSON, M. VIJAYAN, E. N. BAKER, M. M. HARDING, D. C.
HODGKIN, B. RIMMER & S. SHEAT. Nature 224, 491 495 (01 November 1969);
doi:10.1038/224491a0

Escrito por flagellum

abril 11, 2012 a 5:46 pm
Escrito en ciencia, Medicina, qumica
Etiquetado con cristalografa

Reactivando neuronas zombis por alzheimer

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En las neuronas aquejadas de alzheimer, los procesos de comunicacin con otras neuronas
estan seriamente afectados, estn apagados. Una protena parece ser la responsable de este
cambio, silenciando genes que inducen un estado zombi. El caso es que el estado zombi
parece ser un estado reversible o retardable, por lo menos en ratones como se puede leer en
un reciente estudio. Los cambios son debidos, segn los resultados, a una protena que
frena la normal expresin de los genes propios de la funcin neuronal.
Para estudiar el alzheimer a nivel molecular se utilizan modelos animales que mimetizan la
enfermedad en humanos. Y es en estos ratones modelo donde se ha visto que inhibiendo la
expresin de una protena se revierte parte de la funcin normal perdida. No todo el efecto
se debe pues, a la acumulacin de protenas dainas o afuncionales en las neuronas como el
beta amiloide o la protena tau.
La protena histona desacetilasa 2 HDAC2 se encarga de (apagar) quitar unas marcas en las
protenas que empaquetan el ADN de ciertos genes (desacetilar). Al quitar estas marcas, las
histonas pueden empaquetar ms densamente este ADN, reprimiendo fuertemente la
expresin de dichas zonas no marcadas del genoma. Impide o desconecta, por tanto, la
lectura de ciertos programas genticos vitales para el correcto funcionamiento. Segn el
estudio, estos genes son imprescindibles en los procesos de formacin de recuerdos.

Las histona desacetilasas (HDAC) son un tipo de enzimas que eliminan los grupos acetilo
(O=C-CH3) de una lisina acetilada (aminocido modificado). En la figura se muestra la
estructura de la Histona Desacetilasa 2 con el inhibidor ocupando su centro activo cerca del
tomo de cinc 2+ fundamental para a catlisis (verde). Tambin aparecen un in de calcio
(rosa) y un in sodio (amarillo plido). El inhibidor es una N-(4-aminobiphenyl-3yl)benzamide. Este tipo de inhibidores puede ser importante en el futuro tratamiento de
enfermedades donde intervenga la transformacin epigentica mediada por HDAC2 u otras
histona desacetilasas.
Uno de los hallazgos es que al revertir la expresin de la histona desacetilasa 2 mediante
interferencia de ARN en neuronas de ciertas zonas daadas como el hipocampo, se
reestablece la plasticidad sinptica y estructural normal y se suprime el deterioro de la
memoria. Los ratones recuperan capacidades cognitivas. No para la muerte celular debida a
la progresin de la enfermedad pero si su impacto.
En cultivos celulares de las neuronas del hipocampo vieron que tanto el estrs oxidativo
como la acumulacin de la protena patolgica beta amiloide, incrementan los niveles de

HDAC2. La accin est mediada por otra protena concreta el receptor de glucocorticoide
1, muy relacionado con los efectos neuronales perniciosos del estrs.
Tambin analizaron la cantidad de esta protena en neuronas humanas de tejido post
mortem y vieron que estaban igualmente elevados en zonas equivalentes a las de los ratones
como el hipocampo.
La va que abre este estudio pasa por el desarrollo de molculas capaces de inhibir esta
actividad desacetilasa selectivamente y ver si retrasan por lo menos algo la aparicin de los
sntomas cognitivos.
No obstante, hay que tener cuidado, pues el trabajo es en ratones modelo y puede que los
resultados no resulten todo los extrapolables a humanos como nos gustara. La misma
autora principal dice que no hay que exagerar estos descubrimientos. El tiempo dir si se
puede establecer una terapia epigentica, aunque sea paliativa y ayudar a que la
degeneracin neuronal nos haga menos zombis.
REFERENCIAS
An epigenetic blockade of cognitive functions in the neurodegenerating brain. Johannes
Grff, Damien Rei Ji-Song Guan, Wen-Yuan Wang, Jinsoo Seo, Krista M. Hennig, Thomas
J. F. Nieland, Daniel M. Fass, Patricia F. Kao, Martin Kahn, Susan C. Su, Alireza Samiei,
Nadine Joseph, Stephen J. Haggarty, Ivana Delalle & Li-Huei Tsai
Escrito por flagellum
marzo 6, 2012 a 12:41 pm
Escrito en cerebro, ciencia, envejecimiento, qumica
Etiquetado con Alzheimer

El misterio Warfarin
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Qu mato a Estalin?
El detective Arthur Queller y Dr. Watson entraron en aquel animalario y vieron lo sucedido,
el olor a hierro lo impregnaba todo. Un panel lleno de jaulas, unas cien. Jaulas colgantes
con muchas ratas muertas y ensangrentadas. No muy lejos, a su izquierda unos estantes
tambin llenos de jaulas con ratas inspeccionndolos con el olfato, vivitas y coleando. Entre
medias una serie de sacos de pienso para nutricin apilados donde pona Dieta sinttica y el
investigador Nil Atse que yaca muerto. Watson se acerc, asegurando que su mascarilla de
seguridad estuviera correctamente ajustada, observ la apariencia hemorrgica del hombre
y de los roedores muertos. En el suelo debajo de las jaulas vio junto al cuerpo excrementos

de rata y sangre, con la tez plida como la de un albino dijo -Esto es cosa de genes, parece
tratarse de un virus letal.
Cul era el objeto del estudio?- pregunt Queller al encargado del animalario. Era un
simple estudio de una dieta mnima y la accin de las sulfas sobre estos animales. Le
explico que la sulfas descubiertas en a mediados de los 30 eran efectivas contra las
bacterias intestinales de la ratas, que dichas enterobacterias producan cido flico, y que
sin este los mridos moran pero de anemia y falta de glbulos blancos, as se haba
descubierto esta vitamina cuya carencia es rara. No obstante, estaban seguros que la dieta
sinttica contena la cantidad suficiente de folato, por lo que no debera ser la causa.
Un virus hemorrgico estamos perdidos! como se entere la prensa- dijo Watson. No, no y
no- grit Queller- No es ese el culpable est claro. Parece aqu hay mucha rata viva, dijo
mirando subrepticiamente al cuidador del animalario. Elemental querido Watson! parece el
caso de 1929 de los pollos que alimentados con este tipo de dietas mostraban graves
hemorragias y cuya sangre se comprob tardaba unas diez veces ms en coagularse. Se
curaba con PABA (el mismo compuesto que luego se utilizara en las cremas solares como
pantalla) una sustancia que compite con la sulfas. Por su semejanza qumica impide la
unin de la sulfa al centro activo de la enzima que sintetiza el cido flico en las
enterobacterias , y permite que las bacterias sinteticen este compuesto y no mueran por falta
de un componente esencial.
Pero Por qu unas han muerto y otras no teniendo la misma dieta? Tambin elemental, las
ratas en las jaulas en los estantes pueden comer sus propias heces y las que estn en jaulas
colgantes no. Algo hay en la heces, que permite a las que las comen estar vivas y a las que
no desangrarse inexorablemente. Ese algo es el factor K de la coagulacin, aunque
seguramente las ratas vivas tambin coagulen mucho peor por deficiencia de esta vitamina.
Y el investigador, ha muerto entonces por intoxicacin con sulfas? No, puedo adelantar
que l haba encontrado un compuesto que produce ese mismo efecto bloqueando la accin
de la vitamina K, de ah que las ratas de la segunda fila hayan muerto y estn marcadas con
una W Watson. Por lo visto haba inventado un matarratas que se hara muy popular, la
warfarina. El hombre del animalario lo sabia y decidi envenenarlo. Hay tienes el culpable,
l saba del compuesto, de su falta de olor y de su insipidez. Las dosis para matar tienen que
ser altas y duraderas y el sujeto no debe entrar en contacto con otras fuentes de factor K. Ha
debido de permanecer aislado o secuestrado por lo que todo apunta en una direccin.
Unos bsicos experimentos demostraran que la ratas deficientes en este factor la vitamina
K, recuperaban su funcin de coagulacin si se daban heces de ratas no tratadas con sulfas,
y no, si se aadan a la dieta heces de ratas tratadas con sulfas, por su mucho menor
contenido en vitamina K.
Este anlogo de la vitamina K descubierto realmente haciendo bsica, la warfarina
resultara ser un xito de ventas como mata ratas y ms tarde como anticogulante, en la
actualidad es de los ms usados. El peligro de ingerir la warfarina es mnimo, aunque otra
cosa es tomarlo durante tiempo prolongado sin supervisin. Envenenaran con esto a Jos
Estalin al igual que a nuestro investigador? Aunque se sospecha, nunca lo sabremos. As no

te preguntars ms, para qu sirve gastarse el dinero en ciencia bsica, en vez de aplicada,
acaba teniendo muchas ms aplicaciones.
A partir de 1974 se descubri que la vitamina K es utilizada por la enzima Gamma-glutamil
carboxilasa como cofactor para la transformar factores de la coagulacin como la
protrombina. Estas protenas dependientes de vitamina K, poseen un dominio rico en el
aminocido glutmico, que es convertido en gamma carboxi-glutamato (Gla) y hace que
pueda ligar iones calcio. Con esta modificacin post transcripcional dichas protenas
solubles adquieren la propiedad de adherirse a ciertas membranas en presencia de in calcio
y ejercer su funcin en la cascada de la coagulacin cuando son convenientemente
activadas.

La coagulacin de la sangre se inicia cuando el factor tisular (superficie azul) se une a el

factor de la coagulacin VIIa (en blanco) para dar un compuesto enzimticamente activo
que posteriormente activa los factores IX y X, llevando a la formacin de trombina y a la
formacin del coagulo. En el complejo el factor VIIa adopta una conformacin extendida
unido al dominio extracelular procesado (cortado) de factor tisular. La estructura
proporciona una base para entender varios aspectos fundamentales del inicio de la
coagulacin. El dominio llamado Gla representado en la parte de debajo, al fijar calcio es
capaz de adquirir la estructura adecuada para unirse con la membrana del epitelio vascular
daado, localizando la reaccin de coagulacin.
La epxido reductasa de la vitamina K es la enzima que regenera la vitamina K (en su
forma hidroquinona) para permitir la gamma carboxilacin de varios factores de la
coagulacin. Es la enzima que bloquea la warfarina impidendo la renovacin de la vitamina
K gastada en los procesos de carboxilacin sin los cuales la coagulacin es muy deficiente.

El corazn que realiza la catlisis de la reduccin a vitamina K en VKOR es un conjunto de

cuatro hlices que atraviesan la membrana dispuestas rodeando la quinona. A su vez este se
conecta con un dominio tipo tioredoxina mediante una hlice transmembrana adicional.
Recuerda un poco a los receptores de siete hlices.
REFERENCIAS
Mechanism of production of vitamin K deficiency in rats by sulfonamides. Kornberg, A.;
F. S. Daft, y W. H. Sebrell, Journal of Biological Chemistry, 155:193-200, 1944

Escrito por flagellum

febrero 10, 2012 a 1:05 pm
Escrito en ciencia, evolucin, Gentica, Medicina, qumica
Etiquetado con vitamina k, warfarina

Las enzimas que juegan con el principio de

incertidumbre
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Utilizan las enzimas trucos de la mecnica cuntica para hacer ms rpido su trabajo?
Pueden haber evolucionado las protenas para utilizar y aprovechar fenmenos
mecanocunticos a temperatura ambiente y no simplemente acercar los reactivos y
estabilizar el estado de transicin hacia los productos?
La teora que aprendimos en el instituto es que las enzimas disminuyen la energa de
activacin necesaria, estabilizando de alguna manera el estado de transicin, en el que no es
ni sustrato ni producto. Acortan por as decirlo la barrera entre un valle y otro facilitando el
paso de uno a otro. Es la Teora del Estado de Transicin (TET o TST). No obstante, donde
la fsica se lo permite parecen aprovechar, adems, los efectos cunticos como el efecto
tnel. Esa es la analoga, para pasar de un valle a otro tunelan la barrera por lo que transitan
con mayor velocidad y menor coste.

La dihidrofolato reductasa o DHFR es una enzima que reduce el cido dihidroflico a cido
tetrahidroflico, utilizando NADPH como donador de electrones. El hidruro pasa del
NADPH+ al dihidrofolato con contribucin mecanocuntica segn experimentos con
diferentes istopos del Hidrogeno.
Un ejemplo de ello son los sistemas enzimticos que transfieren un hidrgeno (en forma de
protn, hidruro o radical ) de un sustrato a otro. Son fundamentales para la vida y parece
utilizar el principio de incertidubre para acelerar las reacciones que facilitan. La
dihidroflato reductasa por ejemplo, es imprescindible para fabricar los componentes del
ADN. Reduce el folato ingerido en la dieta a tetrahidrofolato.
Parece que ha evolucionado para acercar el hidruro de donador, el NADPH+ al
dihidrofolato y permitir la transferencia sin subir la barrera de potencial. Esto lo indican
experimentos donde se verifican las diferentes velocidades o cinticas a las que se produce
dicha reaccin en funcin de si el hidruro proviene de propio, deuterio o tritio. Se denomina
efecto cintico isotpico (KIE) y se toma como una medida de la contribucin del efecto
tnel a la catlisis normal. Otro indicador puede ser que la velocidad se vuelva
independiente de la temperatura.
El principio de incertidumbre dice que cuanto ms pequea la partcula menor definicin en
su localizacin y mayor su punto de energa cero. Segn el principio de Broglie cualquier
partcula en movimiento tiene una longitud de onda asociada, dada por la ecuacin L= h/
(2mE)1/2, donde m es la masa de la partcula y E su energa. De acuerdo con esto longitud
de onda para un hidrgeno con una energa de 10 kJ/mol ser 0.5 for 1H (protio, H), 0.31
para 2H (deuterio, D) y 0.25 para 3H (tritio, T). Por ello, habr una indefinicin
tambin en la posicin mientras la partcula pasa al estado de transicin.
Mientras sube la barrera de potencial habr un momento en el que la anchura de est quede
dentro del intervalo de incertidumbre y la partcula pase a una menor altura al otro lado de
la barrera, no teniendo que subirla entera, formndose el producto. Es como reducir la
energa de activacin efectiva.

En los sistemas que muestran efecto tnel se observa una energa de activacin efectiva
menor cunado el istopo del hidrgeno que cambia de sitio en la reaccin es el protio que
cuando es el deuterio o el tritio. No solo aumenta en punto de referencia cero, sino tambin
disminuye la altura a la que pasan la barrera de potencial.
Los procesos donde se transfiere un hidrgeno de una molcula a otra son habituales en
biologa y parece que las enzimas que los gobiernan se pasan al principio de incertidumbre
para acelerar las cosas. La alcohol deshidrogenasa, la dihidrofolato reductasa y otras
muchas muestran efectos isotpicos cinticos. En muchos casos la aportacin del efecto
tnel es ms notoria en los intervalos de temperatura a los que trabajan y no a temperatura
ms bajas. La eficiencia del efecto tnel parece estar muy relacionada con la distancia que
deba recorrer o mejor dicho tunelar el hidruro, y por supuesto tambin de su masa.
Para aumentar el efecto tnel una enzima como la dihidrofolato deshidrogenasa debe haber
evolucionado no solo para estabilizar el estado de transicin sino tambin lo ha debido
hacer para acercar el donador de H y el aceptor lo ms posible y alterar los niveles de
energa de los reactivos y productos. De tal forma que solapen la probabilidad de encontrar
la partcula en el valle del reactivo, con la probabilidad de encontrar la partcula en el valle
de producto, y lo hagan debajo de la barrera. La superposicon debe deshacerse y ser ms
probable la descoherencia en el lado del producto.
REFERENCIAS
Temperature dependence of protein motions in a thermophilic dihydrofolate reductase and
its relationship to catalytic efficiency. Olayinka A. Oyeyemi, Kevin M. Sours, Thomas Lee,
Katheryn A. Resing, Natalie G. Ahn, and Judith P. Klinman PNAS 2010 107 (22) 1007410079; published ahead of print May 13, 2010, doi:10.1073/pnas.1003678107
Hydrogen tunneling in biology. Amnon Kohen and Judith P Klinman. Chemistry & Biology
July 1999, 6:R191R198

Escrito por flagellum

enero 31, 2012 a 11:24 am
Escrito en qumica

Comprender el arte abstracto como la respiracin de una

protena.
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Tomemos una bocanada de aire, sentimos como se dilatan nuestras aletas y nuestras fosas
nasales, como baja el diafragma y se ensanchan nuestras costillas, inflando nuestros
pulmones. Notamos como, las hemoglobinas contenidas en nuestras clulas rojas se llenan,
tomando cada una, cuatro molculas del preciado oxgeno, aprovechando sus bolsas de
hemo y hierro en el entorno proteico. Bueno puede que no la conozcas as, pero esta ltima
parte de la tcnica de meditacin se la debemos a un hombre muy grande, Max Perutz, que
no es un Dalai sino un cientfico pionero y original.
l fue uno de los creadores de la biologa estructural y por supuesto tambin de la biologa
molecular. Un austriaco en Inglaterra, convencido de que a travs de los rayos X se poda
conocer la estructura y los mecanismos de la protenas. Al pasar los rayos por los cristales
tridimensionales de hemoglobina se obtiene un espectro de difraccin, o intensidades de
reflexin. Algo as como la imagen en nuestra retina, contiene una representacin, con
perdida informacin de la tridimensionalidad que tenemos delante. Solo que en este caso,
es una imagen muy transformada, ms distorsionada no solo invertida. Presenta un
problema de fase, sabemos intensidades, ndices de reflexin por la simetra, pero faltaba la
fase para recomponer la estructura, y conocer las densidades electrnicas y con ello el
Secreto de la vida.

Max Perutz desvel una maravillosa estructura escondida en un mapa de difraccin. Logr
determinar la estructura molecular de la hemoglobina, mostrando que estaba compuesta de
cuatro cadenas polipetdicas formando una estructura tetramrica. Cada cadena posea a su
vez un grupo hemo, todos accesibles desde la superficie de la molcula donde se une el
oxgeno molecular que transporta.
1953 fue un ao fundamental para la biologa molecular, se describi por primera vez la
estructura de la molcula que guarda el programa de la vida el ADN y, a su vez, Max Perutz
desentrao el problema de la Fase para la compresin de la estructura de las protenas. En
concreto descubri que cristalizando las protenas (en este caso hemoglobina) con tomos
de mercurio, que son voluminosos, cambiaba las intensidades relativas de los puntos del
espectro de difraccin de ests, y de una manera medible. Haca respirar la protena y
poda pues hallar la fase. Haba inventado el mtodo de reemplazmiento isomorfo para
determinar estructuras cristalinas.
Como dice en su artculo Sin contar los hidrgenos, la hemoglobina tiene unos 5000
tomos. No es inmediatamente obvio que el reemplazo de uno o dos tomos ligero por otros
ms pesados pueda permitir medir muchas seales. Pero la diferencia de las estructura con
estos cambios era detectable y medible.
Todava quedaba aplicar ingenio para medir las decenas de miles de puntos y mucho trabajo
para las muchas sustituciones por tomos pesados. No fue por ello, hasta 1960 que se
public la estructura de la Hemoglobina (Perutz et Al.) y el de la Mioglobina (Kendrew et
Al.) en un nmero de la revista Nature que cambio la forma en la que veamos la forma de
las protenas, si es que las veamos de alguna forma.
Max Perutz, utilizando esta tcnica, desvel una maravillosa estructura escondida en un
mapa de puntos. Logr determinar la estructura molecular de la hemoglobina, mostrando
que estaba compuesta de cuatro cadenas polipetdicas formando una estructura tetramrica.
La estructura posea a su vez cuatro grupos hemo accesibles desde la superficie de la
molcula donde se una el oxgeno molecular. Solo era el principio, pero vaya principio.
Ah! y sin saber sus posibles aplicaciones, ni a corto ni a largo plazo que son abismales.
Abri un nuevo campo para respirar y llenar el pneuma que nos mueve.

Vista detalle en la que se muestra la estrecha interaccin de los tomos de hierro de los
cuatro grupos hemo contenidos en las cuatro cadenas (beta en fuxia y alfa en azul) que
componen la hemoglobina con cuatro molculas de oxigeno (en rojo) distintas.
Fue galardonado con el Nobel de Qumica en 1962. La creatividad en la ciencia, como en
el arte, no se puede organizar. Pues surge espontneamente del talento individual. Los
laboratorios bien dirigidos pueden fomentarla, pero las organizaciones jerrquicas, las
reglas burocrticas inflexibles, y las montaas de papeleo intil pueden matarla. Los
descubrimientos no pueden ser planeados, surgen, como duendes, en los rincones ms
inesperados.
RFERENCIAS
The structure of hemoglobin. VI. Fourier projections on the 010 plane Bragg, W. L. &
Perutz, M. F. (1954). Proc. R. Soc. Lond. A, 225,
315329.
Perutz M.F., Rossman M.G., Cullis, A.F, Muirhead H., Will G. and North A.C.T. (1960)
Structure of haemoglobin: a three-dimensional Fourier syntesis at 5.5 angstrom resolution,
obtained by X-ray analisys. Nature, 185, 416-422.
Vida resumida

Escrito por flagellum

diciembre 27, 2011 a 8:30 pm
Escrito en ciencia, qumica
Etiquetado con cristalografa, hemoglobina

Anticuerpos que entran en las clulas tumorales?

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De qu manera, podra actuar un anticuerpo dirigido contra una protena oncognica que se
esconde tras la proteccin de la membrana celular. Un anticuerpo, parece en principio una
protena muy grande para atravesar la membrana y muy pequea para ser invaginada y
luego liberada en el interior celular, como las partculas vricas. cmo se puede explicar,
entonces, que en un estudio publicado haya dado resultado antitumoral, un anticuerpo
dirigido a reconocer una protena intracelular?
Los anticuerpos se utilizan desde hace tiempo en la terapia antitumoral por su gran
especificidad frente a la quimioterapia convencional, ms efectiva pero mucho ms
indiscriminada. Normalmente tienen afinidad por receptores disfuncionales expresados en
las membranas de las clulas tumorales. Los reconocen, llevan el negativo de una parte de
su cara, se unen a ellos y desencadenan la respuesta inmune frente a ellos.

Estructura de un anticuerpo en forma de y griega, Y. Formado por cuatro cadenas dos largas
y dos cortas.
Lo sorprendente, es que un grupo cientfico ha explorado la posibilidad de dirigir
anticuerpos afines a una protena intracelular, el antgeno y parece que ha tenido xito. La
protena, denominada fosfatasa del hgado regenerando 3 (PRL-3), es una encima que se
sobrexpresa en el interior de las clulas de muchos tipos de cncer en su fase metastsica.
Segn sus resultados publicados en Science Translational Medicine, la terapia de
anticuerpos dirigida contra protenas intracelulares caractersticas de los tumores, puede
detener la progresin de este. El cmo pasa esto, es el verdadero interrogante. Cmo se
encuentran los anticuerpos con sus antgenos intracelulares (los cuerpos)?
Existen varias posibilidades, una es que el tumor pierda antgeno, esto es, que las clulas
por necrosis u otros factores, liberen al exterior celular su contenido. La segunda es que por
algn mecanismo las muestre como receptores en el exterior de la membrana, que las
externalice de alguna forma. Y la ltima, ms controvertida o contra intuitiva es que los
anticuerpos penetren el interior y se unan a sus dianas impidiendo la supervivencia de la
clula tumoral. Y parece ser esta ltima la que concuerda con los resultados experimentales.
Es ms, indican que es necesaria la participacin de la clulas del sistema inmunitario, ms
concretamente los linfocitos B.

Corte de una clula donde se muestra un receptor de seales de crecimiento unido a su

hormona, cuya mutacin o sobreexpresin podra conferir a la clula una capacidad de
replicacin aumentada. En el exterior tambin se muestra un anticuerpo (forma de i griega)
unido a una protena que normalmente se encuentra en el interior celular, esquina superior
derecha. En el interior celular se muestran protenas que participan en la transduccin de la
seal hormonal extracelular por el interior celular normalmente quinasas y fosfatasas hasta
el ncleo.
La regresin tumoral tambin se observa cuando se inmuniza a los modelos animales con la
protena intracelular PRL-3 y generan su propia respuesta inmune. Los datos con esta y
otras protenas probadas apuntan a un mecanismo intracelular de reconocimiento actuacin
anticelular. Si resulta viable, podra abrir un nuevo abanico de dianas para la terapia
inmunolgica, protenas intracelulares caractersticas de malignizacin, contra los tumores,
ya sea con anticuerpos preprados o mediante vacunacin. Esperemos pues, a ver el
recorrido de este nuevo enfoque.
Una frase de los autores, Con el tratamiento del cncer cada vez ms individualizado, la
posibilidad de dirigir toda una lista nueva de oncoprotenas intracelular que anteriormente
se consideraban inalcanzable por los anticuerpos teraputicos o vacunas pueden ampliar el
alcance de la terapia contra el cncer personalizada, as como el comienzo de una nueva era
de hecho de vacunas a medida del paciente contra el cncer. Si resulta seguro se llevan un
gran premio, y nosotros otro.
REFERENCIAS
K. Guo, J. Li, J. P. Tang, C. P. Tan, C. W. Hong, A. Q. Al-Aidaroos, L. Varghese, C. Huang,
Q. Zeng. Targeting Intracellular Oncoproteins with Antibody Therapy or Vaccination .
Sci. Transl. Med. 3, 99ra85 (2011).

Escrito por flagellum

octubre 21, 2011 a 10:10 am
Escrito en cancer, Medicina, qumica
Etiquetado con monoclonal, oncogn

Rosalind Franklin
con un comentario
En 1952 se tom en un laboratorio del Kings College de la Universidad de Londres una de
las fotos ms hermosas de la ciencia. La foto permiti revelar uno de los secretos mejor

guardados de la naturaleza, el de la molcula de ADN, que codifica el programa de todos

los seres vivos y de alguno no vivo.
Fue gracias a una biofsica excelente como se logr cristalizar y obtener los datos ms
ntimos de la hlice de la vida. Evidentemente, sin quitar ningn mrito a la Watson y Crick
que dieron con la estructura final, sus mentes vieron estructuras inimaginables hasta
entonces, presentada en 1953 en la revista Nature.
Rosalind E. Franklin fue, la persona, que logr sacar la instantnea del ADN que result
definitiva para dar con su estructura (la famosa foto 51). Ahora sabemos como es, pero
entonces, era un verdadero reto intelectual y tcnico. No solo sac una foto, perfeccion las
tcnicas de rayos x que permitieron tomarla. Hasta entonces se haban tomado fotos de una
mezcla de estructuras de DNA, menos claras pero que apuntaban a una forma helicoidal,
como una escalera de carcol.

Ilustracin de Rosalind E. Franklin en su laboratorio del Kings College de Londrs

obteniendo el patrn de difraccin de rayos X (iluminada en verde), conocida como foto 51,
que poco despus servira para dilucidar la estructura de doble hlice del ADN (a la
derecha).
Rosalind logr cristalizar y estudi una segunda forma de ADN denominada ADN B (la que
se ve en la foto), que se obtiene hidratando muchsimo la muestra que forma el cristal que
contiene el ADN. Esta disposicin atmica, es la que se da in vivo, est muy hidratada por

lo que forma un paracristal. Las moleculas de ADN se disponen ordenadas formando una
retcula tridimensional pero aisladas unas de otras.
En el informe del Consejo de Investigacin Mdica (MRC Medical Research Council) del
Kings Franklin de 1952 ofreci las medidas de las distancias entre fosfatos y propuso la
posicin externa de estos en la molcula. Su presentacin fue clave para que Watson y
Crick, que estaban intentando resolver la estructura, abandonaran sus intentos de construir
un modelo de fcil lectura de la informacin, con las bases nitrogenadas orientadas hacia el
exterior.
La foto que se ve en la figura, parece una cosa extraa, pero dice muchsimas cosas de la
estructura de la que proviene. Es una foto de difraccin de rayos X, esto es, se toma una
muestra de ADN pura, con muchas copias de la molcula, y si estas se logran ordenar de
forma regular como los tomos en un cristal, se le dirige un haz de rayos X de una longitud
de onda apropiada. Este, cuando atraviese la muestra refractar segn la estructura que se
encuentre. De la imagen de difraccin obtenida, si tiene buena resolucin, se puede deducir
la ordenacin de los tomos en la molcula. La imagenes resultante de la difraccin son
contra intuitivas, pues la difraccin es inversamente proporcional a la distancia atmica (no
directamente como en un foto normal). Es como en la carvena de platn, solo que las
sombras no seran reconocibles, es ms difcil deducir el original.

Patrn de difraccin de luz de un muelle de un biligrafo con un laser a aproximadamente

12m de el. Es la X caracterstica que producen las estructuras helicoidales de todo tipo.
Image courtesy of D. Tierney and of H. Schmitzer, Xavier University in Cincinnati
Para entender como interpretar la imagen se puede hacer un experiemnto sencillo. Si
iluminamos un muelle con una luz de la longitud de onda adecuada a su tamao,
obtendremos un patrn de difraccin caracterstico de dicha estructura. En la parte
izquierda de la foto se ve el muelle iluminado por el haz de luz, y en la parte derecha se ve
el patrn de difraccin resultante al atravesar la estructura tipo muelle iluminado cinco
vueltas. Como vemos, el patrn muestra la misma apariencia que la imagen del ADN
tomada por Rosalind Franklin.
El ngulo de la seccin cnica superior e inferior equivale al ngulo de paso doble de la
hlice. La estructura en las zonas de mximos (zonas ms negras) es causada por la
difraccin de paso mltiple y revela el dimetro de la hlice (20 ). Hay que tener en
cuenta, que el centro del patrn de la derecha estaba cubierta con un polarizador ajustado
casi hasta su extincin para evitar la sobre exposicin en el mximo, del centro que es muy
brillante. Franklin utiliz un disco de plomo para el mismo propsito en la fotografa de
rayos-X.
Cuando Crick y Watson presentaron su famoso artculo Molecular Structure of the nucleic
acids el 25 de abril de 1953 en la revista Nature, donde presentaron la maravillosa
estructura del ADN, tuvieron que argumentar sus suposiciones en los datos obtenidos por
Willkins presentados en Estructura Molecular de los cidos Deoxipentosanucleiocs y por
Franklin presentados en el artculo titulado Configuracin Molecular en Timonucleato
Sdico del mismo nmero de Nature. Como hemos dicho, el logro de Franklin fue aislar el
ADN en su forma B y obtener un ntido patrn de difraccin que se ve en la foto 51, que en
manos de Watson y Crick, de manera poco ortodoxa, se convirti en una estructura terica
que luego se confirm cierta y revolucion la biologa molecular y general.
El caf servido en crisoles, como lo tomaba frankin en el laboratorio, lo degustaron todos
pero algunos pudieron endulzarlo con un premio. En 1962 Watson, Crick y Wilkins
recibieron el Nbel de qumica por la dilucidacin de la estructura del ADN en 1953.
Franklin haba muerto de cncer de ovario en 1958 por lo que no poda recibir el galardn.
Aunque, dudo que hubiera recibido el Nbel, por su condicin de mujer entre otra cosas,
pero esa es otra historia.

Estructura y caractersticas de la doble hlice de ADN (cido desoxirribonucleico). Las dos

hebras antiparalelas son complementarias, formando una doble hlice dextrgira, que tienen
simetra respecto del eje central. Los grupos fosfato se encuentran en el exterior de la
molcula y forman junto al la desoxirribosa el esqueleto de la molcula. Las bases unidas a
las ribosas se emparejan en pares guanina-citosina y adenina-timina. Hay aproximadamente
10 pares de bases por vuelta.
REFERENCIAS
R.E. Franklin and R.G. Gosling (April 25, 1953), Molecular Configuration in Sodium
Thymonucleate, Nature 171 (4356): 740741
Molecular Structure of the nucleic acids

Escrito por flagellum

octubre 3, 2011 a 4:35 pm
Escrito en ciencia, enlace, Gentica, qumica
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Buscando por el suelo puedes hacer posibles los

transplantes
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Pocas veces el descubrimiento de un frmaco tubo tanta relevancia como el hallazgo de la
ciclosporina. Se hall buscando las sustancias producidas por los hongos del suelo y result
ser una mina para la vida humana. Lo que se buscaba en realidad eran antibiticos, que se
sabe producen este tipo de hongos que viven en los suelos, pero se encontr algo mucho
mejor.
Se descubri a principios de los 70 y sali como frmaco inicindose los 80. Entre tanto, ha
sido capaz de hacer viables muchos de los transplantes de rganos que de otro modo
hubieran sido rechazados con el tiempo. Ha permitido pues la continuidad de miles de vidas
humanas. Solo en Espaa en 25 aos de la aprobacin de Ley de Trasplantes se han
realizado unos 54.000.
La molcula en cuestin result ser un excelente inmunosupresor con una toxicidad muy
baja. Hasta ahora no se ha encontrado nada mejor y adems se utiliza para ms cosas, como
para el tratamiento la psoriasis o de artritis reumatoides resistentes al tratamiento

convencional y puede que sirva tambin en muchos tipos de parasitosis como la

esquistomatosis, la malaria, etc.

Estructura de la molcula de ciclosporina, potente inmunosupresor que tiene adems otras

muchas aplicaciones farmacolgicas.
La bsqueda masiva o rastreo a travs de muchas sustancias se llevo a cabo por el personal
de la Sandoz actual Novartis en los 70, por los Laboratorios de Borel y Stahelin, son a los
que se les reconoce el mrito. Ellos estaban preparados para el descubrimiento, que podra
haber pasado de largo sin mucha dificultad, es un descubrimiento en parte serendpico.
Desde el punto de vista de la bioqumica, la ciclosporina, es una molcula muy peculiar
puesto que es un pptido cclico y tiene un aminocido que no se da normalmente en las
protenas, la D-alanina (la que se encuentra es su imagen especular, la L-alanina), sin duda
es muy singular. Es como una corona con una punta torcida que le agrega valor.

Estructura de molcula de ciclosporina A en forma de corona, izquierda de la imagen

(representacin de bolas y varillas) y unida a su diana por la que ejerce su funcin
farmacolgica (representada como modelo de esferas). Se une a la ciclofilina (en blanco) y

esta a su vez a la Calcineurina. Esta ltima es la encargada de permitir la respuesta inmune

de los linfocitos por lo que sta queda bloqueada.
La ciclofilina es un protena que se encuentra en todo tipo de organismos, ayudando al
correcto plegamiento de ciertas protenas. Protenas entre las que se incluyen protenas
virales, algo cuyo conocimiento tambin puede ser de mucha utilidad.
Respeto a la Calcineurina, es una protena eliminadora de grupos fosfato, concretamente
serina-treonina fosfatasa, elimina las molculas de fosfato unidas como seal de activacin
o inhibicin a ciertas protenas, concretamente a residuos de serina o treonina. La actividad
cataltica de la protena es dependiente de calcio que es la seal. Como se ve en la figura
esta formada por dos subunidades una que une calcio (cuatro iones bivalentes en verde) y
otra donde se encuentra el centro activo que necesita de un tomo de Zinc (prpura claro) y
otro de hierro (en ocre) para realizar su funcin, la catlisis. En los linfocitos T la seal de
calcio desencadena la respuesta activadora a travs de esta protena.
Es un ejemplo muy bueno, de como la naturaleza puede que haya sintetizado ya
compuestos tiles y maravillosos, que pueden andar por ah tirados, entre la diversidad
biolgica que tanto nos cuesta cuidar. De como buscar nos lleva conocer y abre nuevos
campos y posibilidades. Y de dar un paseo por el camino de la estructura de las protenas y
la bioqumica y verlas tal y como son, con sus iones e inhibidores pegados. En fin, de
dialogar con la naturaleza que es de lo que va la ciencia. Lo mismito que la acupuntura!
REFERENCIAS
Calcineurin: Form and Function. Frank Rusnak and Pamela Mertz
Structural and Biochemical Characterization of the Human Cyclophilin Family of PeptidylProlyl Isomerases
Cyclosporin A Treatment of Leishmania donovani Reveals Stage-Specific Functions of
Cyclophilins in Parasite Proliferation and Viability.
Escrito por flagellum
septiembre 16, 2011 a 6:06 pm
Escrito en ciencia, Medicina, qumica
Etiquetado con inmune, transplantes

Une, inactiva y vencers. Nuevas molculas contra el

cncer.
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En la ferviente bsqueda de sustancias qumicas que ayuden a combatir el cncer todas las
ideas por raras que parezcan son buenas. Las clulas cancerigenas hacen lo mismo, aunque
llevado al mximo, cualquier innovacin por aberrante que sea, si sirve para la
supervivencia es bien recibida. Nosotros, conociendo la estructura de ciertas molculas de
las que el cncer no puede prescindir, podremos contraatacar. Una es el divide y vencers,
pero hay ms formas.
Tienes una clula cancergena, conoces la biologa por lo que eliges una enzima
imprescindible para la divisin celular, algo que hacen con profusin ese tipo de clulas,
diseas un inhibidor de est enzima que llegue bien y tienes un posible anti-tumoral. Si
tienes suerte y detiene o hace que el tumor disminuya, lo ms seguro es que con el tiempo
las clulas supervivientes se las ingenien para aumentar la expresin de este encima tan
necesario para su supervivencia.
Dentro de este tipo de encimas sin sustituto se encuentra la timidilato sintetasa (hTS), que
es imprescindible para fabricar uno de las cuatro bases presentes en el ADN, la timina. Hay
inhibidores de este encima que funcionan en quimioterapia como premetrexed o el
conocido 5-fluorouracilo (5-FU), pero como hemos dicho con el tiempo se produce una
sobreexpresin de esta enzima.

Estructura de la timidilato sintetasa, dimero funcional estabilizado por un pptido inhibidor

y por tanto sin actividad cataltica (molcula central). En la imagen se muestra tambin
donde se uniran los inhibidores que imitan al tetrahidrofolato (moleclas de arriba y abajo)
como el 5-fluoracilo utilizado en el tratamiento del cncer de colon.
Estos inhibidores de la hTS se unen cerca del centro activo de la molcula y la inactivan. La
forma funcional es un dmero, dos molculas iguales unidas que dan lugar a un ente con
actividad cataltica y dos centros activos. Una buena idea sera impedir esta unin e impedir
el normal funcionamiento. Un equipo de investigadores ha probado a disear unos pptidos
que en vez de impedir esta unn la fijan pero en una forma inactiva. El resultado probado
es la inhibicin intracelular de la timidilato sintetasa y del crecimiento celular sin conducir
a una sobreexpresin al administrarla sobre clulas de cncer de ovario. Segn los autores
del estudio los pptidos son unos prometedores candidatos para el desarrollo de terapias
antitumorales ms efectivas con un menor riesgo potencial de desarrollo de resistencia
Es un ejemplo de cmo el conocimiento preciso de las interacciones protena-protena nos
puede llevar a una nueva fase en el diseo de frmacos.