Avaliao da disciplina Gentica de Microrganismos

Docente: Phellippe Marbach

Discente: Carlos Raimundo dos Santos Souza

1 - Descreva as contribuies dos trabalhos de Frederick Griffith, Oswald Avery, Colin

Munro MacLeod, Maclyn MacCarty, Francis Crick, James Watson, Rosalind Franklin,
Erwin Chargaff, Matthew Meselson e Franklin Stahl para a compreenso da natureza
eestrutura do material gentico dos organismos celulares.

Os trabalhos de todos estes cientistas, propositadamente ou no, giraram em

torno de como elucidar os mecanismos de armazenamento e da transmisso das
informaes genticas. As primeiras evidncias de que o DNA era o portador da
informao gentica, comearam a emergir com os estudos realizados por Frederick
Griffith, que foi bem sucedido ao isolar linhagens diferentes de Streptococus
pneumoniae. Em seus experimentos, Griffith observou que bactrias tipo IIR (no
virulentas) quando entravam em contato com bactrias virulentas IIIS mortas por
aquecimento, eram convertidas em bactrias virulentas IIIS. Sendo assim, ele sups que
esta transformao ocorria por ao de uma substncia a qual ele denominou de
princpio transformante e que era incorporada pelas linhagens IIR. Seu trabalho foi
crucial para concluir que alguma informao gentica era transmitida de um grupo de
bactrias ao outro, embora Griffith no tivesse conhecimento da natureza da
transformao.
Posteriormente aos experimentos de Frederick Griffith, mais precisamente dez
anos depois, os pesquisadores Avery, MacLeod e MacCarty decidiram investigar a
natureza do princpio transformante. Aps perceberem que o princpio transformante
purificado se precipitava praticamente na mesma velocidade e absorvia a luz
ultravioleta nos mesmos comprimentos de onda que o DNA, alm de observar que
enzimas quebradoras de protenas e RNA, como a tripsina e ribonuclease,
respectivamente, no tinham ao sobre a substncia analisada, mas que por outro lado,
enzimas capazes de destruir o DNA surtiam efeito, estes cientistas concluram que o
DNA era a molcula portadora da informao gentica dos organismos celulares.
A elucidao da natureza do material gentico constituiu o passo fundamental
para o estabelecimento da estrutura tridimensional do DNA, um dos marcos da trajetria
da biologia, realizado por James Watson e Francis Crick, concomitantemente, aos
trabalhos de Rosalind Franklin, em 1953. Esta realizava estudos do DNA com difrao
de raios x, e obteve excelentes imagens da molcula. Entretanto, Rosalind e Wilkins,
no conseguiram criar a estrutura completa da molcula, o que foi realizado por Watson
e Crick, embasados tambm por estudos promovidos por Erwin Chargaff, o qual
postulou que havia uma proporcionalidade entre as bases pareadas, ou seja, a quantidade
de adenina no DNA de um organismo era proporcional quantidade de timina, e o
mesmo se aplicava a guanina e citosina. Com isso, James Watson e Francis Crick,

mostraram que o DNA consistia em uma dupla hlice, com as bases nitrogenadas no
interior e o acar e fosfato, na poro exterior. Franklin demonstrou, de forma
experimental, que o DNA apresentava-se como uma molcula helicoidal.
Todos estes estudos forneceram conhecimentos fundamentais para que Matthew
Meselson e Franklin Stahl descobrissem qual modelo de replicao da molcula de
DNA se aplicava aos organismos celulares. Assim eles o fizeram, utilizando E. coli para
determinar qual dos modelos de replicao se aplicavam estas bactrias. Porm, eles
precisavam de um mtodo para distinguir o DNA velho e o novo. Isso foi feito
utilizando-se istopos de nitrognio, o 15N (forma rara e pesada) e o 14N (forma leve e
comum). Meselson e Stahl cultivaram E. coli primeiramente em meio de cultura
contendo o 15N, deixando que as bactrias se multiplicassem, incorporando este istopo
ao seu DNA. Feito isso, observaram que o DNA com 15N, formava uma nica banda,
prxima ao fundo de um tubo. Posteriormente, eles transferiram uma poro destas
bactrias para um meio com 14N, e aps replicaes, observaram que o DNA com este
istopo produzia uma banda numa posio intermediria esperada para o DNA pesado
(antigo) e leve (novo). Com isso, concluram que a replicao dos organismos celulares
era semiconservativa.
Estes trabalhos deixam clara a importncia do mtodo cientfico para a reduo
da parcialidade, oferecendo padronizao quando da realizao de experimentos.

2 - Compare as etapas da duplicao do DNA em procariotos e eucariotos destacando

suas semelhanas e diferenas.

Para que a sntese de DNA acontea, so requeridos dois moldes unifilamentar

de DNA, desoxirribonucleosdeos trifosfatados, um filamento crescente de nucleotdeos
e um grupo de enzimas e protenas. A transcrio ocorre de forma muito semelhante em
procariotos e eucariotos, diferenciando-se em alguns aspectos.
A replicao do material gentico, tanto em procariotos quanto em eucariotos,
ocorre sempre no sentido 5
3 de ambos os filamentos que esto sendo
sintetizados, indicando que os novos nucleotdeos so continuamente acrescentados
extremidade 3 do filamento que est sendo alongado.
Nos procariotos, a replicao comea em uma nica origem de replicao,
diferentemente da replicao eucaritica, que se inicia em vrias origens. Surgem, desta
forma, duas forquilhas de replicao. Para que este processo seja iniciado, tanto em
procariotos quanto em eucariotos, necessrio que protenas iniciadoras reconheam e
acessem a origem de replicao, dando incio a uma nova etapa da replicao, a
deselicoidizao, de um curto trecho de DNA. Feito isso, entram em ao as helicases,
que acessam a molcula nesta regio deselicoidizada e promovem a quebra das pontes
de hidrognio entre as bases nitrogenadas. Desta forma, a molcula vai cada vez mais se
separando.

A fim de evitar a reassociao entre os dois filamentos separados, entram em

ao as protenas de ligao unifilamentar, tambm conhecidas como SSB (Single
Strand Binding), responsveis por estabilizar os dois filamentos separados. medida
que os dois filamentos se desenrolam, uma topoisomerase, chamada DNA-girase, vai
reduzindo a fora torcional frente das forquilhas de replicao.
Outra etapa do processo de replicao o alongamento dos novos filamentos
nucleotdicos, que ocorre logo aps a separao do curto trecho da molcula e da adio
de primers pela primase, nos dois filamentos em crescimento. Esta adio dos primers
nos eucariotos feita pela DNA polimerase , a qual possui atividade de primase. Estes
primers fornecem um grupo 3-OH, necessrio para que a DNA polimerase acrescente
nucleotdeos de DNA ao filamento que est sendo alongado.
A ltima etapa justamente o trmino da replicao, que geralmente acontece
quando duas forquilhas de replicao se encontram. Em outros casos, seqncias de
trmino, com especificidade, bloqueiam uma replicao posterior, como o caso da
protena de trmino Tus, em E.coli, que bloqueia o movimento da forquilha. Nos
eucariotos, a fase final caracterizada pela sntese das extremidades dos cromossomos,
j que geralmente so lineares, realizada pela telomerase, a qual tem atividade de
transcriptase reversa, e ela mesma, por apresentar trechos de RNA, sintetiza as
extremidades da molcula. Alm disso, aps a transcrio do DNA eucaritico, os
nucleossomos se reestruturam.

3 - Como o material gentico dos procariotos e eucariotos est mais frequentemente

organizado? Tambm aborde na sua resposta, a contribuio da genmica para expandir
nossa compreenso sobre a organizao do material gentico dos seres vivos.

O tamanho de um gene est diretamente atrelado quantidade e dimenso de

sequncias nucleotdicas que integram regies reguladoras e o tamanho de suas regies
codificadoras. Como os genes procariticos possuem um nmero menor de regies no
codificadoras, como ntrons e sees intergnicas, consequentemente, suas regies
reguladoras so menores, o que contribuem para que os genes destes organismos
tenham variao em tamanho, sendo mais restritos, quando comparados aos genes
eucariticos. Isto tem influencia direta no tamanho do genoma, o qual frequentemente
menor nos procariotos, justamente pelo nmero menor de sees no codantes. Os
eucariotos, alm de possurem um nmero maior de regies intergnicas, apresentam
uma elevada quantidade de ntrons. Todos estes fatores acabam influenciando na
densidade gnica destes grupos. Como os procariotos tem uma quantidade menor de
regies no codantes, sua densidade gnica maior. Em geral, quanto mais complexo
for o organismo, menor sua densidade gnica, pois precisam de uma parcela maior de
zonas regulatrias, uma vez que a regulao dos genes nos organismos complexos
precisa ser muito equilibrada.

O material gentico nos eucariotos geralmente disposto linearmente,

diferentemente do que percebido nos procariotos, os quais possuem material gentico
arranjado de forma circular. Este material gentico nos eucariotos encontra-se
organizado sob a forma de vrios cromossomos, enquanto que os procariotos,
comumente, apresentam apenas um cromossomo.
Uma das caractersticas dos genomas procariticos a presena de perons, cujo
nmero pode variar de um genoma a outro.
medida que as pesquisas no campo da genmica avanam, nossa concepo de
como o genoma dos organismos est ou era organizado, vai sendo ampliada e
remodelada ao longo do tempo. As comparaes entre genomas de diferentes
organismos ampliam nosso entendimento sobre a evoluo e a vida.

4 - Qual a informao est codificada no material gentico? Descreva como esta

informao utilizada pela clula nas linhagens procariticas e eucariticas.

O material gentico traz em si a codificao das informaes para sntese de

RNAs e de protenas. Estas informaes so utilizadas, tanto pelos procariotos quanto
pelos eucariotos, para a realizao dos processos de transcrio e traduo.
O processo de transcrio ocorre de forma muito similar nos procariotos e
eucariotos, possuindo basicamente trs etapas, o incio, o alongamento e a finalizao.
Contudo, h poucas diferenas na transcrio que acontece nos dois grupos e sero
discutidas adiante.
A transcrio caracterizada pela sntese de RNAs. Os RNAs so sintetizados a
partir de trifosfatos de ribonucleosdeos. Como acontece na replicao, a transcrio
ocorre no sentido 5
3, onde cada novo ribonucleotdeo adicionado ao grupo 3OH do ltimo ribonucleotdeo adicionado molcula de RNA crescente.
A transcrio iniciada, tanto nos eucariotos assim como nos procariotos, pela
ligao de uma RNA polimerase ao promotor, o qual possui sequncias de consenso que
so reconhecidas pela RNA polimerase. a sequncia de consenso mais encontrada nos
promotores bacterianos a 5-TATAAT-3, localizada na posio -10 do promotor. A
RNA polimerase dos organismos procariticos uma holoenzima, formada pela juno
de cinco subunidades, que so cadeias polipeptdicas individuais, a saber: duas
subunidades , uma subunidade , uma subunidade e o fator . Este fator sigma
indispensvel para que a RNA polimerase reconhea as diferentes seqncias de
consenso e se ligue ao promotor. Eis aqui uma diferena entre a transcrio procaritica
e eucaritica. Pois nos procariotos, uma nica RNA polimerase responsvel por
transcrever os trs tipos de RNAs. Nos eucariotos diferente. H trs RNAs
polimerases (I, II, III), e cada uma transcreve uma classe de RNAs. A primeira

transcreve rRNA, a segunda os pr-mRNAs, snoRNAs e alguns snRNAs, e a terceira

transcreve os tRNAs, pequenos rRNAs e alguns snRNAs.
Seguindo com a descrio do processo, para que a transcrio acontea de fato, o
DNA sofre uma desassociao em um trecho da molcula no qual h um promotor. A
RNA polimerase, dos procariotos, ento reconhece as sequncias consenso do promotor
e se liga a ele. A enzima alinhada e inicia a transcrio na posio +1 do stio de incio
da transcrio. Nos eucariotos, o reconhecimento do promotor feito por um dos fatores
de transcrio, conhecido como TFIID, depois que este se liga protena de ligao a
TATA (TBP). O TFIID posiciona o stio ativo da RNA polimerase II no promotor, de
maneira que ela comece a trascrever no local certo. Desta forma, a holoenzima
procaritica e eucaritica, vai adicionando novos ribonucleotdeos sempre no grupo 3OH do ribonucleotdeo precendente na molcula de RNA, etapa conhecida como
alongamento.
A transcrio termina quando a RNA polimerase transcreve os finalizadores. Isto
significa que a transcrio no para abruptamente quando a polimerase encontra o
finalizador. Existem dois tipos de finalizadores, os finalizadores dependentes de r, que
so capazes de parar a transcrio quando h presena de uma protena chamada de
fator r e os finalizadores independentes de r, que causam o fim da transcrio na
ausncia do fator r.
Depois da transcrio, o pr-mRNA precisa passar por uma srie de
processamentos para chegar a mRNA, propriamente dito, e ser capaz de conduzir as
informaes para a sntese protica. Da inicia-se a descrio do processo de traduo
das informaes genticas.
O mRNA possui algumas particularidades, como por exemplo, nos ribossomos
ajuda a organizar os aminocidos numa ordem correta, o que especificado pela
presena, em sua molcula, de uma trinca de nucleotdeos chamada de cdon. Eles so
estruturados, tanto em procariotos e eucariotos, em trs regies. Uma destas a 5 UTR
(que no traduzida), e que nos procariotos possui uma sequncia de consenso
conhecida como sequncia de Shine-Dalgarno, que utilizada como stio de ligao do
mRNA ao ribossomo. A segunda regio a regio codificadora, onde existem os cdons
que especificaro a sequncia de aminocidos que comporo as protenas. E a terceira
a regio 3 UTR (tambm no traduzida). O processamento do mRNA acontece
geralmente nos eucariotos, pois nos procariotos a transcrio e traduo ocorrem
simultaneamente, no havendo tempo para modificaes no pr-mRNA.
Praticamente todos os pr-mRNAs sofrem modificaes em sua extremidades 5
e 3. Na extremidade 5, os pr-mRNAs recebem a adio do cap 5, que consiste em
um nucleotdeo e sofrem tambm a metilao que a adio de um grupo metil base
do nucleotdeo recm adicionado. Este cap confere maior estabilidade ao mRNA,
contribui para remoo dos ntrons, e permite que o ribossomo se ligue a ele, deslize e
reconhea o cdon de iniciao.
As modificaes na ponta 3 caracterizada por um corte de uma seqncia de
consenso (AAUAAA) e posterior adio de uma cauda poli(A), a qual rica em
adenina. Esta cauda tambm confere estabilidade ao mRNA e aumenta o seu tempo de
vida para que a traduo acontea por completo.

Este processo, assim como a replicao e transcrio, muito similar nos

eucariotos e procariotos. Entretanto, h algumas diferenas que sero discutidas mais
adiante.
O incio da traduo precedido pelo momento em que os tRNAs se ligam a
seus aminocidos especficos. Esta ligao mediada pela aminoacil tRNA sintetases,
uma para cada aminocido.
Uma vez que os aminocidos encontram-se ligados a seus tRNAs, eles so
transportados para o complexo da traduo, que composto por todos os componentes
necessrios sntese protica, como o mRNA, as subunidades menor e maior do
ribossomo, um grupo de trs protenas chamadas de fatores de iniciao, o tRNA
ativado e trifosfato de guanosina (GTP). O mRNA se liga subunidade menor do
ribossomo, ligao esta que facilitada pela seqncia de Shine-Dalgarno, existente no
prprio mRNA, e que complementar a uma seqncia na extremidade 3 do rRNA
16S que constituinte da subunidade menor do ribossomo. O mRNA s consegue se
ligar subunidade menor do ribossomo durante a iniciao, apenas quando esta est
afastada da subunidade maior, o que realizado pelo fator de iniciao IF-3. O tRNA
ativado, com ajuda do fator de iniciao IF-2 e GTP, liga-se ao mRNA por pareamento
de bases do cdon e anti-cdon. A subunidade maior do ribossomo ento se junta ao
complexo e o fator IF-1, acentua a dissociao entre as subunidades do ribossomo.
A prxima etapa consiste no alongamento, que compreende a unio dos
aminocidos para formar a cadeia polipeptdica. Para que o alongamento acontea so
requeridos principalmente o complexo 70S, tRNAs com seus aminocidos e alguns
fatores de alongamento (EF-Ts, EF-Tu, EF-G) e GTP. Os fatores EF-Ts e EF-Tu
auxiliam no movimento do tRNAs carregados para o stio A. j o fator EF-G, contribui
na translocao do ribossomo sempre para o cdon seguinte.
O tRNA carregado com N-formilmetionina (se tratando dos procariotos) s
capaz de se ligar primeiramente ao stio P, mas todos os outros se ligam primeiro ao
stio A. O sentido dos tRNAs no ribossomo stio A
stio P
stio E citoplasma.
As ligaes peptdicas entre os aminocidos so realizadas pela peptidil transferase.
O trmino da traduo acontece quando o ribossomo atinge um dos cdons de
trmino, que podem ser UAA, UAG ou UGA. Os fatores de liberao ligam-se a um
dos cdons de trmino, causando a liberao do polipeptdeo do ltimo tRNA.
As principais diferenas entre a traduo procaritica e eucaritica so: nas
bactrias o cdon AUG codifica uma metionina metilada, chamada de Nformilmetionina, e nos eucariotos, este mesmo cdon codifica metionina. Outra
diferena que nos procariotos, a transcrio e traduo ocorrem concomitantemente,
diferindo do que ocorre nas clulas eucariticas, as quais ocorrem separadamente no
ncleo e citoplasma, respectivamente.

5 - Quais so os tipos de seqncias de DNA encontrados no genoma dos organismos?

Qual deles so atualmente utilizados em estudos de diversidade gentica e em anlises
forenses?

As principais seqncias de DNA encontradas no genoma de praticamente todos

os organismos so os minissatlites e microssatlites. So seqncias repetidas em
tandem, as quais fazem parte do genoma dos organismos. Elas podem ser repetidas
centenas de vezes. Geralmente, estas seqncias so divididas em trs sub-categorias, os
satlites, compostos por cerca de 100 a 300 pares de bases. J o outro grupo dos
minissatlites ou seqncias que variam quanto s repeties e possuem cerca de 10 a
60 pares de bases. O terceiro grupo aquele composto pelos microssatlites, que so
repeties mais curtas, com cerca de 1 a 5 pares de bases.
Os minissatlites tm sido continuamente utilizados em pesquisas como
mapeamento genmico, programas de melhoramento, preservao de espcies e de
diversidade gentica como um todo. Aps o uso da tcnica de Southern blot, apontou-se
a localicao dos minissatlites, a qual revelou que cada genoma possui um padro na
quantidade e comprimento das cadeias. J os microssatlites, por terem caracterstica de
ser bastante polimrficos, so geralmente usados para investigaes forenses e de
paternidade.

6 - Qual a importncia das Aminoacil-tRNA sintetases? Qual seria a conseqncia da

falta da preciso destas enzimas nas reaes enzimticas que elas catalizam?

As aminoacil-tRNAs sintetases so de fundamental importncia para o processo

de traduo, pois so elas as responsveis por realizar a ligao dos aminocidos a seus
tRNAs especficos. Para isso, esta enzima leva em considerao o tamanho, as cargas e
os grupos R dos aminocidos. Todos os tRNAs so muito similares quanto estrutura
terciria. Ento, a aminoacil-tRNAs sintetases tem a capacidade de diferenciar os
tRNAs, por sequncias diferentes de nucleotdeos destes tRNAs.
A principal conseqncia da falta da preciso destas enzimas em suas reaes
enzimticas seria a perda da especificidade entre os tRNAs e seus aminocidos. Com
isso, os tRNAs poderiam se ligar a qualquer aminocido, o que poderia impedir o
processo de traduo, pois este, geralmente, comea com o aminocido metionina e com
a perda da especificidade, provavelmente qualquer aminocido poderia se ligar ao
cdon de iniciao.