ADN SI ARN

STRUCTURA ACIZILOR NUCLEICI

Dup provenienta lor, respectiv dup materialele din care au fost extrasi, acizii nucleici erau
considerati de dou tipuri:

acizi timonucleici (acizi nucleici animali)

acizi zimonucleici (acizi nucleici vegetali).

Ulterior denumirile lor au fost nlocuite cu denumirile de:

acizi dezoxiribonucleici (ADN)

acizi ribonucleici (ARN).

Secvente:
-

oligonucleotidice

polinucleotidice ( acizii nucleici)

Unitatea de structura a acizilor nucleici este NUCLEOTIDUL alcatuit din :

-

baza azotata

pentoza ( zahar, glucid)

radical fosfat.
Bazele azotate

- purinice : adenina(A),6-amino purina si guanina(G),2-amino-6-oxipurina

- pirimidinice : citozina(C), timina(T) si uracilul(U

Bazele azotate prezint fenomenul de tautomerie

Zaharul este o pentoza cu 5 atomi de C.
Radicalul fosfat(P) formeaza legaturi esterice cu pentozele.
dezoxiribonucleotid

DEOXIADENOZIN-5-FOSFAT
Combinaia dintre o baz i o pentoz se numete nucleosid

Combinaia celor trei componente nucleotid.

Terminologie Ribonucleozide/Ribonucleotide
(cnd pentoza = riboz)
Baza

Nucleozidul

Nucleotidul

Adenina (A)

Adenozina (A)

Adenozin monofosfat (AMP)

Adenozin difosfat (ADP)
Adenozin trifosfat (ATP)

Guanina (G)

Guanozina (G)

Guanozin monofosfat (GMP)

Guanozin difosfat (GDP)
Guanozin trifosfat (GTP)

Citozina (C)

Citidina (C)

Citidin monofosfat (CMP)

Citidin difosfat (CDP)
Citidin trifosfat (CTP)

Uracil (U)

Uridina (U)

Uridin monofosfat (UMP)

Uridin difosfat (UDP)
Uridin trifosfat (UTP)

Terminologie Dezoxiribo-nucleozide/nucleotide
(cnd pentoza = dezoxiriboz)
Baza

Nucleozidul

Nucleotidul

Adenina (A)

Dezoxiadenozina (A)

Dezoxiadenozin monofosfat (dAMP)

Dezoxiadenozin difosfat (dADP)
Dezoxiadenozin trifosfat (dATP)

Guanina (G)

Dezoxiguanozina (G)

Dezoxiguanozin monofosfat (dGMP)

Dezoxiguanozin difosfat (dGDP)
Dezoxiguanozin trifosfat (dGTP)

Citozina (C)

Dezoxicitidina (C)

Dezoxicitidin monofosfat (dCMP)

Dezoxicitidin difosfat (dCDP)
Dezoxicitidin trifosfat (dCTP)

Timina (T)

Dezoxitimidina (T)

Dezoxitimidin monofosfat (dTMP)

Dezoxitimidin difosfat (dTDP)
Dezoxitimidin trifosfat (dTTP)

Structura primara ADN

Lantul unei catene de ADN este format prin insiruirea celor 4 tipuri de nucleotide care se unesc intre
ele cu ajutorul acidului fosforic.
Prin convenie o caten de ADN se scrie n direcia 5- 3. ex. GCT nseamn 5GCT 3
ADN este un macro-polimer de dezoxiribonucleotide;
Polimerizarea nucleotidelor: legturi covalente (puternice) fosfodiesterice
Se formeaz o caten (lan):
- continu,
- linear (neramificat!)

o parte "constant" (ax) fosfo-glucidic i

o parte variabil bazele azotate

Periodiocitate celor 4 nucleotide, adica o ordonare regulata:

A-T-G-C-A-T-G-C-A-T-G-C-A.

Chargaf a demonstra prin metode fizico-chimice ordinea aperiodica a nucleotidelor din

monocatena de AND :

.. A-T-T-A-G-C-G-A-T-C-C-A-C-A-T.
Informaia genetic codificat = secvena (ordinea) nucleotidelor determin ordinea aminoacizilor
n proteine.
5'- ATGCCTAGATCA - 3'
aa1- aa2-aa3- aa4
alfabet nucleic = patru "litere": A, T, G, C

"cuvinte" de trei litere = triplet sau codon aminoacid

ATG Met
asamblate ntr-o "fraz" = o gen = unitatea de informaie genetic; secvena
nucleotide secvena AA n protein.
ATG TGT AAA CCA
Met cis lys
pro

Structura secundara ADN

Bazele azotate se leaga complementar :

A-T si G-C (formand un cuplu sau o pereche de baze pb).

Analizele chimice ale ADN au dus la stabilirea regulii lui Chargaf (1951) conform careia :
A+G=T+C

A/T si G/C =1 si
A+T/G+C este diferit de 1 si caracteristic fiecarei specii (la om e de 1,7)
Intotdeauna adenina se leaga de timina prin 2 legaturi de hidrogen si guanina se leaga de citozina
prin 3 legaturi de hidrogen.
Forma clasica de ADN descrisa de Watson si Crick reprezinta tipul B. In alte conditii, duplexul de
ADN se poate gasi sub alte forme structurale.
AND de tip B
Diametrul este de 20 A, pasul elicei (distanta pentru o rotatie completa de 360) este de 34 A si
cuprinde o spira cu 10 perechi de nucleotide. Deci distanta dintre 2 nucleotide este de 3,4 A.

STRUCTURA TERTIARA AND

AND-ul celulelor eucariote se asociaza cu proteine histonice formand nucleoproteina. Proteinele au o
dispozitie discontinua la exteriorul helixului complementar.

ACIDUL RIBONUCLEIC (ARN)

Complex macromolecular, structural i funcional, similar n anumite privine, ADN-ului. ARN-ul
rezult din polimerizarea unor ribonucleotizi, care determin formarea unor lanuri lungi,
monocatenare (structur primar).
Pe anumite poriuni scurte monocatena de ARN se poate rsuci n jurul ei, determinnd apariia unei
structuri duble ntre secvenele complementare de baze (structur secundar).
Compozitia chimica a acizilor nucleici
Compus chimic

ADN

ARN

Adeninia, Guanina

Adeninia, Guanina

b) Pirimidinice

Citozina, Timina

Citozina, Uracil

Pentoza

2-Dezoxiriboza

Riboza

Acid fosforic

Radical

Radical

Baze azotate
a) Purinice

TIPURI DE ADN

Tipul A caracterizat printr-un helix larg, prezinta bazele azotate orientate puternic spre
interior. Duplexurile hibride ADN-ARN apartin structural formei A.

Tipul B reprezinta structura generala a macromoleculei de ADN in celulele active metabolic.

Diferentele dintre baze sunt de obicei usor de evidentiat in scobitura principala, care
reprezinta locul principal de contact pentru proteine care leaga specific secventele de ADN.

Tipul Z, singurul cu rasucire la stanga, este in contrast cu forma clasica, respectiv tipul B.
Este o forma compacta avand cele mai multe perechi de baze pe rotatie. Numele este dat de
forma in zig-zag a catenei fosfo-glucidice.

TIPURI DE ARN
Exista 3 tipuri importante de ARN:

ARN mesager (ARNm)

ARN de transfer (ARNt)

ARN ribozomal (ARNr).

FUNCTIILE ACIZILOR NUCLEICI

ADN

autocatalitica (autoreplicare, reparare)-conserva informatia genetica;

heterocatalitica-datorita structurii primare aperiodice transcrie informatia genetica in ARNproteine-caracter.

variabilitate- asigura posibilitatea de recombinare sau de mutatie a ADN

ARN

ARNm-in transcriptie

ARNr-cupleaza ribozomii in procesul de translatie.

ARNt-transporta aminoacizii la locul sintezei proteice.

Funcia heterocatalitic a ADN

Funcia autocatalitic a ADN

autoreplicare semiconservativa

Ca urmare a sintezei ADN-ului, prin diviziunea celulara informatia genetica (parentala) se

conserva si apoi se transmite (in mare parte nemodificata) celulele fiice

ADN helicazele desfac dublu helixul de ADN (folosind energia furnizat de ATP).

Replicarea ADN la eucariote debutez n mai multe puncte de origine, ce corespund unor mici
uniti de replicare numite repliconi.
Replicarea progreseaz bidirecional pentru fiecare replicon i, dup ce se termin, repliconii
fuzioneaz treptat pn ce ntreagul AND este duplicat.
Complex multiproteic, o veritabil main de replicarecare realizeaza replicarea
=REPLISOM :

HELICAZE

GIRAZE (topoizomeraze)

POLIMERAZE

PRIMAZE

Proteinele de replicare A (RPA) numite i proteine SSB (de la single-strand binding proteins)

LIGAZE
Proteine SSB (de la single-strand binding proteins) mpiedic remperecherea bazelor.

ADN polimeraze-tipurile ,,,,

sintetizeaza ADN in prezenta dezoxinucleotid-trifosfatului si a ionului de Mg2+
ADN polimeraza (Pol) tip alungeste primer-ul cu pana la 20 de nucleotide, fiind apoi preluata
functia de Pol (care are si proprietatea de a cauta greselile) pe catena conducatoare si respectiv
Pol (aceeasi functie) pe catena decalata.
Pol este implicata in repararea ADN-ului, excizand baze si sintetizand unele complementare
matritei
Pol de asemenea cu capacitate de cautare a greselilor in directia 3 -5, replica si repara ADN-ul
mitocondrial
ADN polimerazele prezinta dou caracteristici generale:

toate ADN polimerazele sintetizeaz ADN numai n direcia 53

nu tiu s nceap sinteza unei catene ci numai s o alungeasc, adugnd un nucleotid la

extremitatea 3OH
Sub aciunea primazei se sintetizeaz amorse scurte = primeri..

Schematic, dubla spiral a ADN se separ n cele dou catene componente formnd o structur n
form de Y numit furc de replicare
Sinteza ADN se face diferit pe cele 2 catene :

pe catena CONDUCATOARE se face direct, in sensul de actiune a ADN polimerazei-5-3

pe catena DECALATA se face pe segmente scurte fragmente OKAZAKI in prezenta

primerului.
Astfel, o molecul bicatenar de ADN va forma dou molecule noi, identice ntre ele precum i
cu molecula parental

ETAPELE REPLICARII ADN

Desfacerea ( derularea ) helixului in prezenta ADN helicazei

SSB- proteinele nu permit monocatenelor sa se apropie

Replicarea incepe simultan pe ambele catene in directia 5-3:

- pe catena conducatoare este continua in prezenta ADN polimerazei epsilon si dNTP.

- pe catena decalata sinteza se face discontinuu in prezenta ADN polimerazei delta + dNTP+
primaza +primer fragmentele Okazaki (unite prin ligaze, dupa indepartarea si inlocuirea primerului cu ADN)

Cele 2 molecule nou formate se rasucesc

Replicarea catenei decalate

Helicaza desface catenele
Primaza sintetizeaza si alipeste un primer ARN, apoi ADN polimeraza delta fixeaza
dNTP in directia 5 3 formandu-se fragmentele Okazaki

In final toate golurile ramase in catena vor fi eliminate prin interventia ligazei, ce uneste
fragmentele Okazaki.

DOVEZI ale replicarii semiconservative a ADN

EXPERIMENTUL MESELSOHN si STAHL

Metode de analiza a acizilor nucleic:

hibridizarea

extracia i amplificarea ADN;

reacia polimerizrii n lan

polimorfismul lungimii fragmentelor de restricie.

secvenierea ADN

Denaturarea i hibridizarea ADN

n condiii experimentale (tratare termic sau chimic) ruperea (desfacerea)

legturilor de hidrogen = denaturare monocatene *.

monocatenele de ADN rcite lent se pot reasocia pe baza complementaritii =

renaturare sau hibridizare.

rcire brusc monocatene separate

Monocatenele ADN separate se pot uni, pe baz de complementaritate, cu alte

monocatene de ADN sau ARN formnd hibrizi moleculari;

HM folosii n diagnostic i tratament:

hibridizare ntre o monocaten de ADN nativ i o "sond de ADN

(secven de ADN obinut artificial) ce corespunde unei gene, marcat
fluorescent:

hibridizarea sondei prezena semnalului prezena genei;

absena semnal = deleia genei

Izolarea i purificarea acizilor nucleici

In funcie de tipul de molecule de acizi nucleici i de organismul de origine au fost elaborate
numeroase metode de izolare i purificare.
Indiferent de metoda utilizat este necesar parcurgerea mai multor etape:

obinerea (cultivarea) materialului biologic;

liza celulelor pentru eliberarea acizilor nucleici;

ndeprtarea componentelor celulare nedorite (resturi celulare, proteine etc);

purificarea acizilor nucleici de interes;

concentrarea acizilor nucleici obinui

Reacia polimerizrii n lan

PCR este reactia de copiere si amplificare a informatiei ADN.
PCR const n repetarea ciclic a unui sistem de trei etape :

amplificarea-denaturarea ADN dublu catenar matri care trece n form

monocatenar.

renaturarea (alinierea perechilor de primeri la matriele de ADN monocatenar) prin

hibridizare n zona 3, la monocatene

elongarea noilor catene de ADN sub aciunea ADN polimerazei.

PCR prezint numeroase aplicaii clinice:

diagnosticul molecular al bolilor genetice i al predispoziiilor ereditare la boli,

detectarea rapid i precis a mutaiilor implicate n determinismul bolilor

monogenice,

diagnosticul precoce i evaluarea prognosticului bolii canceroase,

depistarea infeciilor virale i bacteriene,

diagnosticul prenatal efectuat pe celulele fetale prezente n sngele gravidei.

Polimorfismul lungimii fragmentelor de restricie (RFLP)

Aceast tehnic evideniaz polimorfismele existente la nivelul situsurilor enzimelor

de restricie.

Tehnica RFLP, bazat pe PCR, utilizeaz o enzim de restricie pentru digerarea unui
produs de amplificare, obinut cu primeri specifici, iar n gelul de agaroz se vor obine
benzi de dimensiuni diferite, corespunztoare celor trei genotipuri (homozigoi pe una
din cele dou alele i heterozigoi).

RFLP poate fi folosit ca un marker genetic. Identificarea markerului poate ajuta la

diagnosticarea unei boli genetice sau poate determina izolarea genei. Polimorfismul
de restricie are importan deosebit i n criminalistic, determinarea paternitii,
precum i n alctuirea harilor de restricie.

Secventierea AND
Secventializarea AND reprezinta identificarea tipului si succesiunii nucleotidelor dintr-un
fragment ADN.

Metoda Maxam-Gilbert bazata pe inducerea unor modificari chimice ale AND-ului si

apoi clivarea lantului la nivelul acestor modificari.

Metoda enzimatica Sanger (dideoxi) se bazeaz pe ntreruperea controlat a sintezei

enzimatice a ADN, amplificat prin PCR; fragmentele sintetizate sunt separate
elecroforetic

O metod mult mai precis este marcarea fluorescent a fragmentelor i

secvenierea automat. Fragmentele de ADN sunt migrate ntr-un gel de
poliacrilamid iar secveniatorul, prevzut cu un fascicul laser, excit fiecare molecul
marcat i transform valorile fluorescente n secvena nucleotidica a fragmentului
analizat.