Statistika hipoteza postupak

testiranja

Analiza brojanih podataka

Nora Nikolac
Kliniki zavod za kemiju
KB Sestre milosrdnice

1. postavljanje hipoteze: H0, H1

2. odabir statistikog testa
3. odreivanje razine znaajnosti:
4. izraunavanje
5. zakljuivanje: P

Kolegij: Poela biostatistike

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

1. Postavljanje hipoteze

2. Odabir statistikog testa

Nulta hipoteza H0 nema statistiki

znaajne razlike meu skupinama

Za odabir testa moramo poznavati

podatke koje testiramo:

Ukoliko se odbaci nulta hipoteza, prihvaa se

alternativna hipoteza

Alternativna hipoteza H1 postoji statistiki

znaajna razlika meu skupinama
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Veliina uzorka
Broj skupina
Normalnost raspodjele
Parni/Neparni uzorci

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

2. Odabir statistikog testa

Parametrijski
testovi

2. Odabir statistikog testa

Opis
podataka

Neparametrijski
testovi
2 skupine

Veliki uzorci
Normalna
distribucija

Mali uzorci
Nema normalne
distribucije ili se
ne moe odrediti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

3. Odreivanje razine znaajnosti

Nezavisni
(Neparni)

3 i vie skupina

Zavisni
(Parni)

Nezavisni
(Neparni)

Zavisni
(Parni)

PARAMETRIJSKI:
t-test

PARAMETRIJSKI:
Parni t-test

PARAMETRIJSKI:
ANOVA

PARAMETRIJSKI:
RM ANOVA

NEPARAMETRIJSKI:
Mann-Whitney test

NEPARAMETRIJSKI:
Wilcoxon test

NEPARAMETRIJSKI:
Kruskal-Wallis

NEPARAMETRIJSKI:
Friedman ANOVA

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

4. Izraunavanje

Najee: razina znaajnosti: 0,05

Kod preliminarnih istraivanja moe se
odabrati vea razina znaajnosti: 0,1 ili 0,2
Kod pojedinih istraivanja razina
znaajnosti moe biti i manja: 0,01 ili 0,001
Znaenje razine znaajnosti:
vjerojatnost odbacivanja istinite H0.
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

5. Zakljuivanje

5. Zakljuivanje

P > 0,05 (ili druga postavljena razina

znaajnosti)

P < 0,05 (ili druga postavljena razina

znaajnosti)

Prihvaamo nultu hipotezu i

zakljuujemo:
Ne postoji statistiki znaajna razlika
meu skupinama

Odbacujemo nultu hipotezu, prihvaamo

alternativnu hipotezu i zakljuujemo:
Postoji statistiki znaajna razlika meu
skupinama

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Podaci za vjebu: IRB podaci za studente.mc1

Provedeno je istraivanje u koje su bile
ukljuene skupina ispitanika sa eernom bolesti
i kontrolna skupina ispitanika.
Prikupljeni su anamnestiki podaci o spolu, dobi,
pretilosti i trajanju eerne bolesti.
Izmjereni su biokemijski parametri:
koncentracije CHOL, TG, GUKn, GUKpp i HbA1c.
Nakon 3 mjeseca ponovno su izmjerene
koncentracije GUKpp i HbA1c.
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Podaci za vjebu: IRB podaci za studente.mc1

ifriranje Legenda:
Dijagnoza: kontrolna skupina (0); eerna
bolest (1)
Spol: ene (0); mukarci (1)
Pretilost: normalna teina (1); umjerena
pretilost (2); izrazita pretilost (3)
Trajanje: <5 god. (1); 5-10 god. (2); >5
god. (3)
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Nezavisni uzorci dvije skupine

Nezavisni uzorci dvije skupine

Populacija

Studentov t-test (Statistics t-tests Independent

t-test) ili Mann-Whitney test (Statistics Rank sum
tests Mann-Whitney test)
Ispitati koji emo test upotrijebiti: vrsta podataka,
normalnost raspodjele, homogenost varijanci
Uvjeti za koritenje studentovog t-testa:
Varijabla je mjerena najmanje intervalnom
ljestvicom
Normalna razdioba
Varijance su homogene

Uzorak 1

Uzorak 2
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Primjer #1

Normalnost razdiobe

Iz podataka iz tablice ispitati postojanje

statistiki znaajne razlike u koncentraciji
kolesterola izmeu bolesnika s eernom
bolesti i kontrolnih ispitanika.

Statistics Summary statistics

Variable CHOL
Options Categorical variable to
identify subgroups Dijagnoza

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Normalnost razdiobe - podskupine

Grafiki prikaz
Statistics Distribution plot Histogram
Variable: CHOL
30

35
30

25

25

Frequency

Frequency

20
20
15

15

10
10

5
0

0
1

CHOL
Dijagnoza=0

Raspodjela je normalna ako je P > 0,05

t-test

10

1,5

2,2

3,0

3,7

4,5

5,2

6,0

6,7

7,5

8,3

9,0

CHOL
Dijagnoza=1

Select: Dijagnoza=0

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Select: Dijagnoza=1

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

t-test

Statistics
T-test
Independent
t-test

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Ako je P>0,05
varijance su
homogene i
moemo koristiti ttest
P>0,05 Prihvaamo
nultu hipotezu i
zakljuujemo da
nema statistiki
znaajne razlike
meu skupinama.
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Primjer #2

Normalnost razdiobe

Iz podataka iz tablice ispitati postojanje

statistiki znaajne razlike u koncentraciji
triglicerida izmeu mukaraca i ena.

Statistics Summary statistics

Variable TG
Options Categorical variable to
identify subgroups Spol

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Normalnost razdiobe

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Ispitivanje znaajnosti
P = 0,1594
Nema statistiki znaajne
razlike u koncentraciji
triglicerica izmeu
mukaraca i ena.

Mann-Whitney test
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Primjer #3

Zavisni uzorci dvije skupine

Iz podataka iz tablice ispitati postoji li

statistiki znaajna razlika u dobi izmeu
ispitanika sa eernom bolesti i kontrolne
skupine.

Mann-Whitney test
P = 0,3021

prije

poslije

Nema razlike u dobi izmeu ispitanika sa eernom

bolesti i kontrolne skupine.
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Zavisni uzorci dvije skupine

Zavisni uzorci

Parni t-test (Statistics t-tests Paired

samples t-tests) ili Wilcoxonov test (Statistics
Rank sum tests Wilcoxon test)
Ispitati koji emo test upotrijebiti: vrsta
podataka, normalnost raspodjele
Uvjeti za koritenje parnog t-testa:
Varijabla je mjerena najmanje intervalnom
ljestvicom
Normalna razdioba

Koje biste podatke iz tablice testirali

testovima za zavisne uzorke?

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

HbA1c1 i HbA1c2
GUKpp1 i GUKpp2

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Primjer #4

Normalnost razdiobe

Iz podataka iz tablice ispitati postoji li kod

bolesnika s eernom bolesti promjena u
koncentraciji HbA1c izmeu prvog i drugog
posjeta lijeniku.

Parni t-test
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Ispitivanje znaajnosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Primjer #5
P < 0,0001
Postoji statistiki
znaajna razlika u
koncentraciji HbA1c
kod bolesnika sa
eernom bolesti
izmeu prvog i drugog
posjeta lijeniku.

Iz podataka iz tablice ispitati postoji li u

cijeloj skupini ispitanika promjena u
postprandijalnoj koncentraciji glukoze
izmeu prvog i drugog posjeta lijeniku.
Wilcoxon test
P = 0,1871

Ne postoji statistiki znaajna razlika u postprandijalnoj koncentraciji

glukoze izmeu prvog i drugog posjeta lijeniku.
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Nezavisni uzorci 3 ili vie skupina

Nezavisni uzorci - 3 ili vie skupina

Populacija

Jedna od najeih pogreki u statistikoj analizi:

svaki sa svakim!!!
Koristiti testove za ispitivanje vie od dvije
skupine!!!
Dobivena razina znaajnosti govori o postojanju
razlike za najmanje jednu skupinu.
Post hoc analiza ispituje kombinacije skupina i
otkriva koja je skupina(e) odgovorna za
postojanje razlike.

Uzorak 1

Uzorak 2

Uzorak 3

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Nezavisni uzorci - 3 ili vie skupina

ANOVA (Statistics Anova One way
analysis of variance) ili Kruskal-Wallis test
(Statistics Kruskal-Wallis test)
Ispitati koji emo test upotrijebiti: vrsta
podataka, normalnost raspodjele
Uvjeti za koritenje ANOVE:
Varijabla je mjerena najmanje intervalnom
ljestvicom
Normalna razdioba

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Primjer #6
Iz podataka iz tablice ispitati postoji li
razlika u koncentraciji kolesterola izmeu
razliitih kategorija pretilosti.

Varijance su homogene
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Normalnost raspodjele

ANOVA

Statistics Summary statistics CHOL

Options Categorical variable to identify
subgroups Pretilost

Statistics
Anova One
way analysis
of variance

Pretilost=1 Pretilost=2 Pretilost=3

CHOL
(mmol/L)
raspodjela

5,2 0,9

5,3 1,1

5,9 1,4

Norm.

Norm.

Norm.

Data: CHOL
Factor codes:
Pretilost

ANOVA
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Izraunavanje
P>0,05; varijance su
homogene i moemo
koristiti ANOVU
Barem jedna skupina ima
statistiki znaajno
razliitu koncentraciju
kolesterola.
Post hoc testiranje:
Pretilost3 Pretilost1
Pretilost3 Pretilost2
Pretilost1 = Pretilost2
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Zakljuivanje
1. Izrazito pretile osobe (Pretilost=3) imaju veu
koncentraciju kolesterola od osoba normalne
teine (Pretilost=1)
2. Izrazito pretile osobe (Pretilost=3) imaju veu
koncentraciju kolesterola od umjereno pretilih
osoba (Pretilost=2)
3. Nema razlike u koncentraciji kolesterola
izmeu umjereno pretilih osoba (Pretilost=2) i
osoba normalne teine (Pretilost=1)
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

10

Primjer #7

Kruskal-Wallis test

Iz podataka iz tablice ispitati postoji li

razlika u koncentraciji triglicerida u
skupinama sa razliitim trajanjem bolesti.

Kruskal-Wallis test
P = 0,8431

U programu MedCalc KruskalWallis test ne radi post hoc

testiranje pa ne moemo
zakljuivati o meusobnom
odnosu skupina.

Nema statistiki znaajne razlike u koncentraciji triglicerida u

skupinama sa razliitim trajanjem bolesti.
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

Zavisni uzorci 3 i vie skupina

Vrijeme 1

Vrijeme 2

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Zavisni uzorci 3 i vie skupina

Vrijeme 3

Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Parametrijski RM ANOVA ili

neparametrijski Friedman ANOVA
Program MedCalc ne nudi ove testove!
Nain testiranja isti kao i za nezavisne
uzorke
Nain interpretacije isti kao i za
nezavisne uzorke.
Poela biostatistike, Poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij
Molekularne bioznanosti

11