Bioqumica i

Qumica Biolgica

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Universitat de Valncia
3er de Qumica, grup C
Prof.: Ismael Mingarro

Organitzaci del curs

Primera part (prof. Ismael Mingarro)
Temes 1-10
Estructura i funci de les protenes

Segona part (prof. Maite Martnez)

Temes 11-19
Fluxos dinformaci i la seua regulaci

Tercera part (prof. Maria Angels Ull)

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Temes 20-30
Bioenergtica i Metabolisme

Tutories
Prctiques
Examen

Criteris davaluaci
Exmen
Lassignatura savaluar mitjanant un exmen escrit que
contindr preguntes de resposta mltiple (valorades sobre
4 punts aproximadament) i una srie de qestions
(valorades sobre 6 punts aproximadament).

Avaluaci contnua

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Durant el curs es proposaran qestions que els estudiants

podran resoldre i lliurar al professor. A ms, es valorar la
participaci dels estudiants a les classes, especialment
de qestions. Daquesta manera es modular la nota final
de lassignatura.

Bibliografia:
Fonaments de Bioqumica.
Lehninger, Stryer, Mathews,

El pes de la Bioqumica en la Qumica actual

2013- M. Karplus, M. Levitt i A. Warshel: pel desenvolupament de

models multiescala per a sistemes qumics complexos (biomacromolcules).

2012- R. Lefkowitz i B. Kobilka: pels estudis dels receptors acoblats a

protenes G.

2009- V. Ramakrishnan, T.A. Steitz i A.E. Yonath: pels estudis sobre la

estructura i la funci del ribosoma

2008- O. Shimomura, M. Chalfie i R. Tsien: pel descobriment i

desenvolupament de la protena de fluorescncia verda, GFP

2006- R. D. Kornberg: per resoldre lestructura i explicar com funciona la

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

maquinaria que decodifica el DNA (lRNA pol)

2004- A. Ciechanover, A. Hershko i I. Rose: per descobrir la degradaci

de protenes mitjanant ubiqitina (proteasoma).

2003- P. Agree i R. MacKinnon: pels seus descobriments de canals de les

membranes cellulars.

2002- J. Fenn, K. Tanaka i K. Wthrich: per desenvolupar aplicacions

despectroscopia de masses per a lestudi de les protenes (protemica), i per

laplicaci de lRMN a esbrinar lestructura tridimensional de macromolcules.

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Bloc 1. Estructura i funci de

Protenes
Tema 1. Estructura i propietats de laigua.
Interaccions febles en medi aqus.

Esquema del tema

Introducci histrica
Qu s la bioqumica?
Qu s la vida?
Organismes vius

Biomolcules
Grups funcionals
Tipus de biomolcules

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Monmers
Macromolcules

!
Laigua

Estructura molecular
Interaccions febles en dissoluci aquosa
Propietats de laigua
7

Whler (1828) sintetitza urea a partir de

cianat amnic

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

He fabricat urea sense lajut de

cap rony
Un filsof de la naturalesa diria
que el carcter orgnic no ha
desaparegut ni del carboni
animal ni de les combinacions
ciniques i que eixa s la ra per
la qual daquests cossos es
poden obtenir altres cossos
orgnics

Pasteur: defensor de la teoria vitalista

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

La fermentaci s lobra
qumica de la vida sense
aire

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Eduard Buchner (1897) observa la

fermentaci sense cllules

10

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Eduard Buchner (1897)

Fins ara no shavia aconseguit
separar lacci fermentativa de les
cllules vives de llevat. Es descriu
a continuaci un procediment que
resol el problema [...].
Per a la teoria de la fermentaci
poden treures fins ara les segents
conclusions. De primer, sha
comprovat que per a produir el
procs fermentatiu no s
necessria una estructura tan
complicada com la cllula de
llevat. Com a vehicle de lacci
fermentativa cal pensar millor en
una substncia soluble, sens dubte
un cos albuminode, que cal
anomenar zimasa.
11

Qu s la bioqumica?
La bioqumica estudia les bases moleculars
de la vida
Composici qumica de les formes de vida
i el seu funcionament
Pretn respondre preguntes fonamentals
Qu s la vida? Origen de la vida

Mltiples aplicacions dimportncia social

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Biomedicina, biotecnologia,

Enfocament experimental multidisciplinar

Basat en conceptes de biologia, qumica i fsica
Amb el suport de desenvolupaments tecnolgics
complexos
12

Qu s la vida?
Unitat dins la diversitat
Tots els organismes vius

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Es componen de la mateixa classe de molcules

(molcules biolgiques)
Funcionen de manera semblant
Responen a les mateixes lleis fsiques i qumiques que
regeixen lunivers

La vida s complexa i dinmica

La vida sorganitza i es mant ella mateixa
Organitzaci jerrquica
Necessita aportaci denergia i matria
Metabolisme i homestasi
13

Qu s la vida?...
La cllula s la unitat fonamental
dorganitzaci i funcionament de la vida
Sistema isotrmic, auto-organitzatiu, auto-regulat i autoreplicatiu

La vida necessita informaci biolgica

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Necessria per a lorganitzaci, el funcionament

i la replicaci
s una informaci estructural
Seqncia dels gens --> protenes --> funcions

La vida no s esttica: sadapta i evoluciona

Totes les formes de vida tenen un origen com
15

Organismes vius
Totes les espcies vives es componen de
cllules
Tipus de cllules
Procariotes (sense nucli ni sistemes dendomembrana)
Eucariotes (amb nucli i orgnuls subcellulars)

Tipus dorganismes

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Tres dominis
Bacteris
Arqueobacteris
Eucariotes

Els virus sn entitats

gentiques sense vida
autnoma

16

Biomolcules
Inorgniques
Aigua 50-95%
Ions (Na+, K+, Mg2+, Ca2+, ...) 1%

Orgniques
Derivats dhidrocarburs
Combinacions de carboni (principal), hidrogen, oxigen,
nitrogen, fsfor i sofre
Formen enllaos covalents estables
Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Importncia del carboni:

Pot participar fins en 4 enllaos covalents forts
Complexitat i estabilitat estructural

Permet formar cadenes llargues lineals o ramificades

23

Elements qumics presents a la

matria viva

100.000
Univers

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

toms/100.000 toms

10.000

Escora terrestre
Cos hum

1.000
100
10
1
0.1

H He Li Be B C N O

10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

F Ne Na Mg Al

Si

tots

P S Cl Ar K Ca els
altres

Element i nombre atmic

N-N/Si-Si

24

Grups funcionals en biomolcules

Famlia

Estructura

Grup

Propietats

Alcohols

R OH

Hidroxil

Polar, donador/acceptor en enllaos

dhidrogen

Aldehids

O
||
R C H

Carbonil

Polar, acceptor en enllaos dhidrogen

Cetones

O
||
.R C R'

Carbonil

Polar, acceptor en enllaos dhidrogen

cids

O.
||.R C OH

Carboxil

Polar, cid feble, carregat negativament en

estat desprotonat

Amino

Base feble, carregat positivament en estat

protonat

Amido

Polar, pot ser tant donador com acceptor

en enllaos dhidrogen

Tiol

Polar, fcilment oxidable per a formar

enllaos disulfur (S-S)

ster

Polar, acceptor en enllaos dhidrogen

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Amines
Amides
Tiols
sters

...

O.
||-

R SH
O----||----R C O R'

25

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Grups funcionals comuns en biomolcules

26

Biomolcules orgniques
Monmers

Macromolcules

Aminocids

Protenes

grup amino + carboxil +

cadena lateral

polmers de aminocids

Sucres simples

Polisacrids

polihidroxialdehids o
polihidroxicetones

polmers de
monosacrids

cids grassos
cids monocarboxlics
amb cadena
hidrocarbonada llarga
Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Nucletids
sucre (ribosa/
desoxiribosa) + base
nitrogenada + fosfat

!
!
!
cids nucleics
polmers de nucletids
DNA, RNA

27

Laigua, matriu de la vida

Medi on es desenvolupa la vida
Fluid bsic de la matria viva
Medi dissolvent de les reaccions bioqumiques

Medi de transport de substncies

Transport de nutrients
Excreci de substncies txiques

Ajuda a mantenir la temperatura

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Propietats moleculars i fsiques especials

Estructura molecular: possibilita interaccions
febles
Propietats trmiques
Propietats com a dissolvent
Polaritat
Pressi osmtica

36

Estructura molecular de laigua

geometria angular

Hibridaci sp3 de loxigen

Estructura tetradrica
Geometria no lineal

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

!
Distinta electronegativitat
de O i H
!
Molcula polar
Distribuci asimtrica dels
electrons denlla
Crrega parcial + (+) prop
dels H i (-) prop del O
Capacitat de formar enllaos
dhidrogen

dipols denlla
+

enlla dH

dipol net

37

Enllaos febles en dissoluci aquosa

Baixa energia denlla
Es trenquen i formen amb facilitat
Importants per a lestructura i la funci de les
biomolcules
Flexibilitat, dinamisme, interaccions i reconeixement
molecular

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Tipus

Interaccions iniques
Enllaos dhidrogen
Interaccions dipolars
Forces de van der Waals
Interaccions hidrofbiques
38

Interaccions iniques
Entre toms o grups
carregats
Atracci entre ions de crrega
oposada
Repulsi entre ions de la
mateixa crrega
Depenen de

Na+

Na+
crregues

F=

les crregues elctriques (q)

la polaritat de l'entorn ()

kq1q2 llei de Coulomb

constant
dielctrica
del medi

la distncia (r )
no depenen de lorientaci
Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Cl

Na+

r
distncia

COO pont
sal
+
NH3

En macromolcules, donen
lloc a ponts salins
Estabilitzen el plegament
Intervenen en interaccions
intermoleculars

39

Lenlla d'hidrogen
Atracci feble entre un tom
de H en un grup polar i un
tom electronegatiu (O, N,
S) en un altre grup polar

hidroxil
donador i
aigua
acceptor

carbonil
acceptor i
aigua
donador

carbonil
acceptor i
amida
donador

grups
complementaris
de bases de DNA

Donadors
H2O, OH, NH, NH2,
SH

Acceptors

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

H2O, C=O, N, SH

Dependncia amb lorientaci

Depn de la distncia
i de lorientaci
enlla
d'hidrogen
fort

enlla
d'hidrogen
feble

40

Interaccions dipolars

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Entre molcules o grups dipolars. Depenen de la

distncia, per no de lorientaci

dipol permanent
dipol permanent

C=O

C=O

feble
F 1/r3

dipol permanent
dipol indut

C=O

ms feble
F 1/r5

dipol indut dipol

indut (forces de
dispersi de London)

molt ms
feble
F 1/r6
41

Forces de van der Waals

Repulsi

Superposici de
nvols electrnics:

repulsi
A B

mxima atracci

-1

A
0

0.2

Lluny:

atracci

no
interacci

Prop:

Suma dels radis de

van der Waals

Atracci

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Energia (KJ/mol)

Poden ser atractives o repulsives

B
0.4

r (nm)

0.6

0.8
42

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Comparaci de les energies

dinteracci

!27

Propietats trmiques de laigua

Laigua s un lquid a
temperatura ambient
Aigua lquida:

Estructura del gel

Xarxa dinmica denllaos

de H

Gel:
Xarxa rgida amb nombre
mxim denllaos de H

Regulador trmic dels

organismes vius
Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Capacitat calorfica elevada

Modulador de la
temperatura

Calor de vaporitzaci
elevada
Mecanisme de refrigeraci
43

Laigua com a dissolvent

Molcules hidrfiles
Ions (electrlits)
Es dissolen a travs
desferes de solvataci

Dissoluci
dions en
aigua
Esfera de
solvataci

Molcules polars
Es dissolen per
interaccions dipol-dipol
i enllaos dhidrogen

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Molcules hidrfobes
(apolars)
No es dissolen en aigua
Sagrupen entre si
Laigua sorganitza
al voltant seu i forma
un clatrat (efecte
hidrofbic)

Molcules
daigua de
lentorn

Estructura d'un clatrat

Molcules
daigua molt
organitzades
Agrupaci
de molcules
hidrfobes

44

Prof. Ismael Mingarro (UVEG)

Laigua com a dissolvent de

macromolcules

!30