Absorbsi amoxicilin : mudah rusak dalam suasana asam (pH2).

Cairan
lambung dengan pH 4 tidak terlalu merusak penisilin. Absorpsi amoxicilin
jauh lebih baik di saluran cerna daripada ampisilin. Dengan dosis oral
yang sama, amoxicilin mecapai kadar dalam darah yang tinggi nya kirakira 2 kali lebih tinggi daripada yang dicapai oleh ampisilin, sedang masa
paruh eliminasi kedua obat ini hampir sama.
Distribusi amoxicilin : penisilin G didistribusi luas dalam tubuh. Kadar obat
yang memdai dapat tercapai dalam hati, empedu, ginjal, usus, limfe dan
semen, tetapi dalam CSS sukar dicapai.
Ekskresi amoxicilin : biotransformasi penisilin umunya dilakukan oleh
mikroba berdasarkan pengaruh enzim penisilinase dan amidase. Penisilin
umumnya diekskresi melalui proses sekresi tubuli ginjal yang dapat
dihambat oleh probenesid.