Capitulo 7 ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DE LAS PROTEINAS Estructura secundaria ‘A. Grupo péptido B. Estructuras helicoidales C. Estructuras beta D. Estructuras que no se repiten . Proteinas fibrosas ‘A. Queratina ~ Hélice de hélices B. Fibroina de la seda ~ Hoja con plegamiento B C. Coldgeno - Cable helicoidal triple D. Elastina - Arrollamiento que no se repite . Proteinas globulares. A. Interpretacién de las estructuras de las proteinas por rayos-X B. Determinacién de la estructura proteica mediante resonancia magnética nuclear bidimensional (2D-NMR) C. Estructura terciaria Estabilidad de las proteinas A. Fuerzas electrostaticas B. Fuerzas por enlace de hidrégeno C. Fuerzas hidrofébicas D. Enlaces disulfuro E. Desnaturalizacion de las proteinas Estructura cuaternaria A. Interacciones de las subunidades B. Simetria en las proteinas C. Determinacién de la composicién de las subunidades D. Complejos multienzimaticos ‘Apéndice: Como se contemplan las imagenes en estéreo Las propiedades de una proteina estin determinadas, en su mayor parte, por su estructura tridimensional. Las proteinas desnaturalizadas (desplegadas) poseen ca- racteristicas semejantes, una especie de “promedio” homogéneo de sus cadenas laterales que penden. Sin ‘embargo, la estructura tridimensional de una proteina nativa (plegada fisiologicamente) se halla especifica- da por su estructura primaria de modo que exhibe un conjunto singular de caracteristicas, En este capitulo se pondran de manifiesto los ras- 08 estructurales de las proteinas, las fuerzas que las mantienen juntas y su organizacion jerérquica para formar estructuras complejas. La consideracién deta- lada del comportamiento dinamico de las proteinas y de cémo se pliegan, para adoptar sus estructuras nati- vas, se aplazara hasta el Capitulo 8 1, ESTRUCTURA SECUNDARIA La estructura secundaria (estructura 2.4) de un polimero se define como la conformacién local de su esqueleto, Para las proteinas estos términos han Ilega- do a significar la especificacién de los modelos de plegamiento del esqueleto polipeptidico regular: héli ces, hojas plegadas y giros. Sin embargo, antes de ‘comenzar la explicacion de estos motivos estructura- les basicos se considerarén las propiedades geométri- cas del grupo péptido, ya que su comprension es previa a la de cualquier estructura que lo contenga.Ae Tet Ul Lhth aLa Figura 7-7 se ha calculado’para tres restos de Ala consecutivos. Representaciones analogas para restos mayores que no se hallan ramificados en el atomo de Cy, tales como Phe, son casi idénticos. En los diagra~ mas de Ramachandran de los restos que se hallan ramificados en el dtomo de Cy, tales como Thr, las re- giones permitidas son algo mas pequefias que las correspondientes a Ala. La cadena lateral ciclica de Pro limita su angulo ¢ al intervalo de ~60° + 25°, convirtiéndolo, lo que no es sorprendente, en el resto aminoacido que exhibe la maxima restriccién respecto a la conformacién. Las conformaciones de los restos en cadenas de mayor longitud que los tripéptidos se hallan todavia més restringidas que lo que indica el diagrama de Ramachandran porque, por ejemplo, una cadena de un polipéptido no puede adoptar una conformacién en la que pase a través de si mismo. Sin embargo, se vera que, a pesar de las grandes restric- ciones que imponen la planaridad del enlace péptido y el tamafio de la cadena lateral sobre las conforma- ciones de una cadena polipeptidica, cada estructura primaria nica posee una sola estructura tridimensio- nal correspondiente. B. Estructuras helicoidales Las hélices son los elementos mas sobresalientes de la estructura 2. de las proteinas. Si una cadena poli- peptidica experimenta un giro de la misma magnitud alrededor de cada uno de sus étomos de C,, adopta tuna conformacion helicoidal. Como una alternativa para especificar sus angulos ¢ y y, una hélice puede caracterizarse por el numero, 1, de unidades peptido por vuelta de la hélice y por su paso de rosca, p, que es la distancia que indica el ascenso de la hélice a lo largo de su eje en cada vuelta, En la Fig. 7-10 apare- cen los diagramas de varios ejemplos de hélices. Ob- sérvese que una hélice posee quiralidad; es decir, que puede girar hacia la derecha o hacia la izquierda (una hélice con giro de la mano derecha gira en la direc- cidn en que lo hacen los dedos de la mano derecha cerrada cuando su pulgar apunta a lo largo del eje de Ja hélice en la direccion en que la hélice asciende). En las proteinas, ademas, n no tiene por qué ser un niimero entero y, realmente, raramente lo es. La hélice de un polipéptido debe, por supuesto, poseer angulos de conformacién que caigan dentro de las regiones permitidas de! diagrama de Ramachan- dran. Como se ha visto, ello limita mucho las posibili- dades. Ademés, si una configuracién particular ha de tener una existencia algo més que transitoria, aquélla debe ser algo mas que permitida escasamente ~debe estabilizarse-. La “cola” que mantiene unidas las hélices del polipéptido y otras estructuras 2." es, en parte, el conjunto de los enlaces de hidrogeno. Hélice a Solamente una conformacion del polipéptido helico dal exhibe simultaneamente angulos de conformacién permitidos y un modelo de enlaces de hidrdgeno favora- Capitulo 7. Estructura tridimensional de las proteinas 159 Figura 7-11 Hélice « arrollada a la derecha. Los enlaces de hidrégeno entre los grupos N-H y los grupos C=O, que se hallan ‘uatro restos mas atras a lo largo de la cadena polipeptidica, estan indicados por las lineas discontinuas. [Copyright © de la figura por Irving Geis.] bles: Es la hélice a. (Fig. 7-11), una disposicion particu- larmente rigida de la cadena del polipéptido. Su descu- brimiento, mediante la construccién de modelos por Pauling en 1951, constituye uno de los hitos de la bioquimica estructural.yea 7.18 [Sac eaca de nrg de vars Pats popetace. Enos cane aun 20 "aston, casorapeipeotsca sera Se Iso f qve e gue C0 stun sores ura 7.14 Des htlces pipeptleas que aparscan en ceasiones 40 15 pound cowparaas con nics» ue spaace ‘Before tee Se qv ee saraterss por tee {\eteee ipo pu wis un prec et on fesios (a4 2h ine) (08 41y (a4) {Coon Soa hpwe po ng Go} vecee @ su Wao) La «ae 36 ares pio Fa Pi nic con pide ec ora ue la halos Los panos Gl pepedo se ndean {apy en gua por ea Caeraion La pga toma un hee cast sis mngien Csr arma er fo ‘nice Blo es dabido, probablemente, 2 su confor- Iman comparstivamente sneha y plana (Pig. -142) {je de por eaulado un agujero asl que es demasia ‘Trpwouene pars edeulrmotecuas de gus, pero que ‘= To suficentemente amplio para que mo puedan ‘Sina law uocacones de van der Waals a aes del ‘Gee a elc; ete hecho reduce mucho rt estab (Bed auna en comparacion con las conformaciones ‘mypoguctadas intmemnente La int 2.2 gue, como Inulcla Fig 9-7 ene sngulcs de conformacion fae fementeprvbios, nose ha observado ea las pote “Agunos omopolipépidos snicos adoptan con formcones qu sn modelos de helices en protelnas ‘Seterminadae La prliprlina es incapaz de adoptar ‘Sualguler estuctute2comi debide os iatacio tes de conformacionimpucsas por sus cadena lle= ‘Riles maint anace oe neaene eo ‘Scratogenaio i Ss orion ge cadets ters ‘Royer aaa [a Hoje cor pleura (oboe con nsgamara pare (Cori cea ‘pur or rang Ge) Plas tales de pcoidna sida, Ademas, a falta de un Fhidrogenosustituyente en ss mitrogenoimidico exc Ye que cslguier confoemacion de la poipolina sea ‘ablicada por enlaces de hidrdgena. No abstante rian condidonessdecusdas, la polprolina press AE sus disolucones en forma de una hele lev de Pepidostodo-trane, que posee 3.0 testes por vuelta aha Relice yun paso rosea de 98 (Bg. 7-15). sts conformacim extendida permite que las cadenas Interales de Pro se even ene st Es cunioso que Is poliglicins el polipepido con menos imitactones en Extcnfoumackn, preipita desu dsolucon en forma ‘Se una lice cujoe parimetos son esenclamente atcos a los de la polpelina, el polipptida con nas resrciones(aungue Ia lice de In polgicina puede ver denvo leva debido a gue Ia pina no es [fal Las estructura de las haces de a polingFtorsetton etreo. con un mode espace! eno de Tele on pogrion srtpoowe do's coreanarsna A Ghia som Gown prea dea eur se ‘ist po reyeo tos Smee ce avon sparen en ‘Stu low oo gen Sn jo, uma Be heregens lobular constrayen una de sus caraterietias at fhuiteconcas importants a que las hos forman st erp central (big 719) Loe cicalo dela enersia de conformacin indian que una curvatra hacia fs derecha de una hoa Bes una consecuncla de interac Stones no enlazantesente le restos Laminodcios Guiles en ls cadenaspolipeptdias extendas de IE ho. Estasiteraccones Senden a dar als cae= ‘as plipepiicas una ligera torsion helioidal hace Tiderche (Fg. 719) que deforma y, por tanto, de Ta os enlaces de hdrogeno intercadena de Ia oj EVcompromiso ene la optimizacion de ls energias de conformacon de ius adenas polipepticias» Ia ‘onservacion de ss enlaces de hidrgeno se taduce {sen una geomet parla de la oj Fee Pasar ae cacona loop on x protease ‘munarata essa aces aca des os A {hquetossoipensos ne aperemtan prc Sn ‘hese ue aparece coma erotananss yes hae 8 ‘an po Rees que apn hace Cina No 2 muestra ns cocoa url ous ewbontpepicase ‘na on aco etn au oma va sapere cvede rence ina teatn cae ese 1 atconon pre ober os esq on xe 90 frecotran av apenace de ete cpu, Po" cresia Stereos NE) La topologia (conectividad) de as hebraspolipept cas en una hola B puede ser muy complet, Tos laos que omectan estas ondenacionss conten, Er entemente, en recortidoslargos de cadena poipep Sica que condenen, con fecuecl, haces (Por), Fig. 7-19), Laligadara que coneta dos hebras snips alles consecutvasesequvalenelopologicamente 2 in senalla vuelta de una horgulla (Fig. 7-200, Sin ‘embargo las hebrs paralelas en tinder deben ig se por conesin tanersl gue se halla fuera el Plano de a hojs B. Esta conexn transversal ene, fast siempre, un sentido helcidal hacia a dereche (Fig. 7-208, que secre se halla mejor adapta ala {Grn hacia fs derechs que es inherente als hojas (7-20. sear rmcaremr tec, Eebad pivenmameas Secircavaies overtone [Saas oo ae aahsé SEL wen emeren iSoiceaty meee Eoaieal Sracgamearats se etasaumeenmac te Deouooaviees eracs Sec per ater ceo ee Bele g eaten cor EeesGemcereaats Soe eee SRR T RTE ET ay D. Estructuras que no se repiten as estructura secundaria regalaree hice y ho De representa algo menos de tad de as proteins lulares meas. Los segmentospolipéptidos testa tee In proeina se dice que poscen una conforma tion de Duele o arrllads. Esto no quiere deci, sn Embargo, que estas etuctrasSecundavas que no se tmpten sean menos ordenadae que lat hes las Tojs B, simplemente son mas difles de descr Portanto, na debe confundine ol trmino de cotor- ‘macién aollada con el temino de arollasiento al taro andrqulc, que se feller al conunto de con- fermaciones devordenadasy que factan rpidamen te que asumen las potenas desnaturlzadasy ts plmeros en dolecon “Tas protenas globulares estin consiidas, en x ‘major arte, por tamos eproximadamenterecos de Capa 7 Esra tridimensonal eos pris 168 structure secundaria, nidos por hebras de plipépti- {o"que cambian de dreceion sbroptament. Eos fon de inversion o torsion (eatgados de este Thode pongoeconfeciencin, conectan hebas sca ‘as de hos antipraelas) aparecen, casi sempre, ‘ria superficie de fas protenas;en realidad dfinen pariamenteextassupertics, La mayor parte de los ros de inves ncuyen cto rests aminscidos ccesivos dipuestos, ms o menos en una de as dos ‘odalidadesngulentes, el Tipo et Tipo, que se ‘Bfeencan porn cambio dedrecin de 180" dela Unidad peptic que liga los restos 2 3 Be, 7-22) ‘Amos fps de torsion fe etablian por un eiace deTadeogeno, aunque las denviaclones de estas con ormacionesideales pueden, con fecueni, romper ‘Ste enlace de hidrogeno. Las torsiones dl Tipo? ‘pueden considerareseeciones Jeformadas de la Re E'S Enis tomones Pl Tipo el stomo de ‘xigeno del resto? comprimee tome de C, del sto $STporo que cate es habiulment Gy. El fo 2 de Sribos ipo de torn Bes fecuentemente Pro, 2 {que adapta con facia Ia conformacion que 8 ¥- Shere Cast todas as proteins con msde 6 restos con- wep ni abe 3 6216 aT on Componentes de helices ode hojas By cova dita “irene los extremos ton menoes de 10 A. Los lamadonbucles 1 Gesignadon Se este modo porqe ‘opt i forma de gargata de aera gies ome fig 728) gue pardon conener pros deiner Sa, son enidades lobularescompatas porgve ms Cadenas laterals Senden senses enviddes inter ‘an Como los bucls {se hala localiza en Is perf de las proeinas cal invareblemene,pue Gen desepenar in papel imporante en los protsos de reconocmlento brologlo, ‘chs proteina posen rejones que etn veda deramenteSerordenadan Calon oxenan, gr Supeficaes con carga, tales como ls cadens Eerie de Lys, o los Neo Cerminaes dela cade ras dels plipéptigoscostitayen buenos ejemplos, on fecucesaondeanslrededor cuando se allan en you En ver de elo para persia e expone sn {rsa dela melécula gue se tata de vsuaizar aun bh paalelo de rayor-X monocromaicos ye regen Ta imagen de difaccion consiguente sabre una pel ua fotografica (Fig. 7-37) 0 Por un contador de Ta Siacion, Las intesidades ‘del maximo de dicen {cbscrdad de Ie manchas sbre la pelicla) s em plean enfonces para construe matematiament la Imagen tidmensional de la estrturs del cst por itodos que se halln fuera del objeto de et libro En lo que sigue se expondiin algunos de los proble ‘mas especiales aocndos con la interpretacin de [as ‘Structuras de Tas protenae por crialogaia det “a accion de tos rayoeX se ejece, cask exclasiva mente sobre les electrones, no sobre el neo. Una ‘tructura de rayos e, por tanto, una imagen dela densidad clceSnica del objeto en esto. Estos pas de densidad electronica. pueden presenars Fomo Una serie de soccones putalelas a waves el ‘objeto En cada secin, la densidad electronic es ‘representa por los contomos (Pig. 738) dl mismo modo que se representa Ta alliud en un mapa lop {rlleo” A pla estas seecions, razadas sobre ans arenas, se obtiene un mapa de densidad elect {x tidimensional (Fig. 7380) Sin embargo, olan Isis estructural moderno se leva cabo con aya de computadores grafico, en Tos cals los mapas de ‘Senda electronica muesean el contro en ls tes ‘imenstones (Fg. 7-380), Las estructurascrstalinas de las proteins ‘thiben sna resolucion inferior 2 Ia at6mica Tas molecolas en los eristales de las proteins, a igual que en otras sustancas crstalinas, se haan H,PO,> CH,COO™ > CI" > Br- > 1 > Cloz> SCN- Cationes NHi, Cs*, K*, Na* > Lit > Mg** > Ca? > Ba" Los iones de las series de Hofmeister que tienden a desnaturalizar a las proteinas, I, ClOy, SCN°, Li’, Mg’, Ca** y Ba*, se dice que son caotrOpicos. Esta lista deberia incluir también al ion guanidinio (Gu*) y a la urea no iénica, ° wut 1 H.N—C—NHy H.N—C—NH, Ures Ton guanidinio que, cuando las concentraciones se encuentran en el intervalo de 5 a 10M, son los desnaturalizantes de proteinas mas empleados. El efecto de los diversos iones sobre las proteinas es acumulativo, en su senti- do mas amplio: GuSCN es un desnaturalizante mu- cho més potente que GuCl que se utiliza con frecuen- cia, mientras que Gu,SO, estabiliza la estructura de las proteinas. Los agentes caotrépicos aumentan la solubilidad de las sustancias no polares en el agua. Por consiguiente, su eficacia como desnaturalizantes descansa en su ec) Tm Cconcentacién (M) Figura 7-55 ‘Temperatura de fusién de la RNasa A en funcién de la concentracion de varias sales. Todas las disoluciones contienen KCI 0,15M y tampén de cacodilato de sodio 0,013M de pH 7. [Segun von Hippel, P. J. y Wong, K. Y., J: Blol. Chem. 10, 3913 (1965),] capacidad para romper las interacciones hidrofobicas, aunque la manera como lo hacen no se comprende bien. Reciprocamente, aquellas sustancias relaciona- das que estabilizan a las proteinas fortalecen las fuer- zas hidrofobicas, aumentando de esta manera la ten- dencia del agua a expulsar a las proteins. Ello explica la correlacion entre las capacidades de un ion para estabilizar a las proteinas y para precipitarlas por sa- lado. 5, ESTRUCTURA CUATERNARIA Las proteinas debido a sus miltiples grupos polares y no polares se pegan a cualquier cosa, a cualquier cosa excepto a las propias proteinas. Ello es debido a que las fuerzas de la evolucién han dispuesto los grupos superficiales de las proteinas de modo que impidan su asociacion en condiciones fisiologicas. Si no ocurriese asi, la agregacién no especifica, que seria su consecuencia, convertitia a las proteinas en inatiles desde el punto de vista funcional (recuérdese, pore, Jas consecuencias de la anemia de la célula falciforme; Seccién 6-3A). En sus estudios pioneros de ultracen- trifugacion de proteinas, sin embargo, The Svedberg descubrié que algunas proteinas estén compuestas de més de una cadena polipeptidica. Estudios subsi- guientes establecieron que esto era, en realidad, ver- dad para muchas proteinas, entre las que se encontra-ban cas todas cuyas manag molecolares eran SodKD. Aden, tes mubunidades poipepis Gate srodan de una mane eopcien geometiea Stent. dposclon espacial de eta eburhades ‘Sono como evtrutaracuserara estructura tyabe protean ‘sien ven ines por as que pons on casas sbunidads son tan coments, En eo ns gander depots ner como iat Hil Caines eft des constrain Ge bon haere ents de una cadena alpen prelongada von sulogas asl empleo compo nts prefabcados fla contaceon de eifcs ‘ede paras los defeco por I seni sun Gina Io asi efecto oper dea man {ttre dln sabunidad puede wr dierent dl agar {it ons dl pct fia yl informacion gene Sea meee pst eo complete ex samen Igoe enpecca sur pos suburades frets (res nsosnn Conn ae tata des naira ‘Reman del tema de protein nde #8 in ns potions timertonale de lon grupos tre fn dato suv del ens El aumento det {Ehano de un enima,porssouacen e ubunidaes ines ttle eas en ete appara, qe eB testo de lng desu cadena poppin {pecs subuldad pons uinsto sco. Sin embar Sends imporacte gus la conatveson por mb {Sidiats de tahoe chsinas proporcone Ta base ‘Shocuralpas i pulcon deo sade. Los ‘Skansmos para at fancion Indapenabl ¢ exp Sipenln Socannes -4y 124 rt scan se oxpone imo se soca ls subundades els proeoas consis por vans Sts subunits Incase de smc ue pone, Sino ponds deteminae sv eequomei al spent sc considera as carci teal lox conpigoe mulenaiicos A Interacciones de las subunidades ‘Una proteins mullsubunidad puede estar cons tus por cadenas polipepdiassdemtcas 0 eieren te Resutdese, por ejemplo, que la hemoplobina ‘sta compuesta por subunidades 8, Las proteins Cop 7 tract dies eas pts 198 rent Seectmeaes SE AEnn Seaeeer pees Soaeeeee, Suleman ean ments con subunidades idéntics se designan como oligs- ‘heron y a las subunidades ientcas se Tes lama Frio Un psn ne, fr ant ar onside poruna cadena poipepiie 0 por vais Cadenas popes cferenta En este sentido, Femogiobing ex un aimero(ligemero con dos prot mers} consttaido por protomeres ab Fg, 7-50, ins regime de cnt ene os subudadesehi ten unaEsecha semejanse co el interior dee sub fad sled una protein. Contenen eaenas later ies no polaresempaguetadasestechament, enlaces de hidgeno en fos gue intervenen os eget Peptsicor ys cade aterales ye leon eam, nics dtifreitrcadenan ‘Simetria en las proteinas En wna ampli magore dels protenas ligomérices, lus protimers se hallanordenls stiri es tec low protomerosccupan posidones equvaentes feométrickmente en el eigomero. Elo implia que ERE protomero ha agotado =u eapacidad para une on otras proteins, de oro modo se frmartan og ‘netor superiones, Como resltado de esta capocdad {de union mada, los protomeros se empaguetan Slrededor den solo punto pare formar tna cape ‘ereada Las protelnas no pueden tener seta expe ero invesion, ya que estas operaciones de sie. {oa convierten fos restos quiais en Duestos Ast tes protenas solamente pun fover sere de ata En las proeinas aparecen vars tpos de simetia 4, Slmetria citicn Enel tipo mis simple de simetris de rotacon, a smetra cilia, las subunidades estan relacion {ds Ge hacen coincii por un solo eje de rotacon (Gig. 7 570, Lov abjetonconejes de rtacion de 2, SE om veen ae dice que posen seta Cy Cy ‘8, iapectvamente, Un oligamero con sine ‘ta, a onstuid por potomeros que estan {elaconados por (60/2) rlacenes. La simett CeIn meta mis coment en las proteas lasa D a BS “See BR Ign ornmepmgmnenmte Sev crotecrmen my ‘sear os ees uncos o retain r,t Se pansscaeaee yomneaeraeeers sigeene mee eee Seeetratsremet te ‘Sua ove {Oars ue eto owes pees pie ae Seance Sceiguatnemcy simwtsas ciicas superiores son relatvamente poco frecuentes. ‘Un modo coments de axocacn entre protime ros relacionados por un eje de rotacon binara es Incontnsncn de una hos i Waves de as nubes dda subunidag, En tales casos ele Bint perpendicular la Hoja de modo que Tas dos he [ar de simetia equivalent se enlazan medante ces de hidegeno de modo aniprselo. De ‘Sie modo el emparedado de dos hos B de cuatro Jhbeas de protmera de a prealbamina se oxen. dea taves de un je biaco para formar un sa ‘nich de dos hojasB de ocho habeas (Bg 7-38) ria de diedro(D,) es en ipo mis compli- ‘ido de simeta de rotacion, que se genera cuando tn je de rotacn de veces un eje de voacion binatoentablecen una intersection en angulo recto (Fig 7578, Un oligomero con simetra Dest Eensido por 2 protimeres. La simeta De el tipo mis covnte, Con macho de simetris dca en las proteinas. En as condiciones adecuadas, Trucker oligimeros con simettia Dae dlsoarin fn dos olgemeres cada uno de lls con seria Cog tos cals ae hallaban relacionados por ele ‘i totacion binaro en el igomeroD,) Estos, a ‘vez se dlsocan en sus protomeros components ‘ch éondidones de dsocason mas iguosas 2. Oras simetrias de rotacon Tos Gnicos objets con simetia de rotucion de ‘tos tips son os que poscen sietras de rots ‘Sn den tetaedo (7), de un cubo u octaedro (0) ‘de un ieosedro (0), y poseen 12, 24y 60 posco ‘es equivalentes,rexpectivamente (ig. 7-570). Las ‘Sndenacones de ae subunidades en ae cients ‘Se proteins de los vrs lsmadosenericos se ba Sante la seta del icosaedro (Seccion 322A), En condiciones favorable, a mcroscopi lectin «ca puede proporciona indicaones dramutcas de la initia ligomenca. Los estadion de micoscopit ‘ecronica sugleren por ejemplo, que la glutamina intetaa def cal de 600 KD, poses una Simeta (Fig, 759), Desracadamente, como Ia capacdad de festluion de ena tenia e insuisente para revelar Tae orienfaconesrelatvas de ls sbuniades de protein (es dec, las ceccones de as lechas en ‘iagrama de interpretacon de a Fg 7-59) estas oi ‘cones de simefrsdeben fomarse come une eat F813 on coma. : taro nlororae3 ee bra eprecriaco 0) ae rotamer ea costco pr tn arparecnto oe toe hj de cao hors. Cbs coma aes ‘jes crinann do manereanoaraa ono oo ‘o'horas Bow coe Sis ae anocunporsu” ute powarar'en roti rary oan un erro Ean sewn (Segun on Sto Yone Renrdson ‘tho Umer)aa Figura 7-59 Conjuntos de cinco micrografias electrénicas superpuestas (para reaizar los detalles reales) de las moléculas de la glutamina sintetasa de E. coli, con sus tres orientaciones caracteristicas. Se indican las dimensiqnes medias. Cuando la moléoula oligomérica descansa sobre su cara, aparece como un anillo hexagonal de subunidades (izquierda). Las moléculas situadas sobre los bordes muestran, sin embargo, dos capas de subunidades que aparecen como va; solamente el anilisis de la estructura del cristal por rayos-X puede establecer de modo indudable las telaciones geométricas entre las subunidades de la proteina. Sin embargo, en el caso de la glutamato sintetasa los estudios por rayos-X han confirmado que en realidad posee simetria D, (Seccién 24-5A). Simetria helicoidal Algunas proteinas oligomeras poseen simetria he- lcoidal (Fig. 7-60). Las subunidades que son idénti- cas quimicamente, situadas en una hélice, no son estrictamente equivalentes debido, por ejemplo, a que en el final de la hélice se encuentran en entornos diferentes que los que predominan en la parte media de ella, No obstante, los alrededores de todas las subunidades en una hélice larga, excepto aquellas que se hallan proximas al extremo, son Jo suficientemente semejantes para que pueda decirse que son casi equi- valentes. Las subunidades de muchas proteinas es- tructurales, por ejemplo, las del masculo (Seccién 34- 3A), se asocian y forman fibras con simetria heli- coidal, Subunidad —Segmento de halice _Hélice “ue Figura 7-60 Estructura helicoidal compuesta por una clase de subunidad. |-——140A——>| Capitulo 7. Estructura tridimensional de las protefnas 197 ‘cuatro manchas cuando se contemplan exactamente entre las subunidades (centro) o como dos trazas paralelas ‘cuando se contemplan en otras direcciones (derecha). Ello Sugiere, como indica el dibujo que acompafa, que la molécula del enzima tiene 12 subunidades idénticas, ‘organizadas con una simetria D, en dos hexégonos que se hallan apilados con sus subunidades en oposicién. (Por cortesia de Earl Stadtman, NIH] C. Determinaci6n de la composicion de las subunidades EI ntimero de tipos diferentes de subunidades en una proteina oligomera puede determinarse por el andlisis del grupo final (Seccién 6-1). En principio, la composicién en subunidades de una proteina pue- de determinarse comparando su masa molecular con la de sus subunidades componentes. Sin embargo, en la practica, dificultades experimentales, tales como la disociaci6n parcial de la proteina supuestamente intacta y las incertidumbres en las determinaciones de las masas moleculares proporcionan, con frecuencia, resultados erroneos. La hibridacién proporciona informacion estructural cuaternaria Puede emplearse un procedimiento alternativo si se dispone de dos especies de proteina diferentes desde el punto de vista quimico y que, por ello, son separa- bles. Estas especies pueden ser proteinas con estruc- turas primarias ligeramente diferentes, de organismos diferentes 0, como es el caso frecuente, variantes de ‘una proteina que aparece en el mismo organismo. Se purifican las dos proteinas oligémeras diferentes, se ‘mezclan y se disocian en sus subunidades componen- tes por exposicién a unas condiciones de desnaturali- zacién suaves (por ej., por cambio del pH o por adicién de urea), y después se les deja reordenar (por ¢j,, testableciendo el pH o eliminando la urea por dialisis). Si las protefnas nativas son n-meros, 5, y S,, este procedimiento proporcionara (n + 1) especies de moléculas hibridas con las composiciones mixtas S,, S_-18' Sy-2$%, .«» S; que pueden analizarse, por ejem- plo, por electroforesis. Los vertebrados poseen dos variedades del enzima lactato deshidrogenasa (LDH): el tipo M, que predomina en el misculo es- quelético, y el tipo H, que predomina 2n el tejido cardiaco. La hibridacién de estos oligémeros, en estaen 781 etolorelogama de nao deeiropenasa ov, Las Imovadeseacoforsssaterenes. Por Mondass de {or olgonares sa forman ens oeneres gut 28 ‘Sterescan secrtoetcamertecorngo Sx ue lees ue Lv er un tamer Por conten do Corent ‘Meat oan Carona Se Uney or Ran | cxcasiin por congelacon y desconglacionrepetida Srigina cnc bosimas (sdenziman que son eksimss Sernejaniescataitice y stcturalmente, del miso ‘rpanismo) de LDH yas composiions en subun- ae son Me NBL MH, My Hp. lo "En un metodo relacionad, Ta subunidad de una ena puede marae or mp or ste Coe) NX sue alters In moviliad electronica de Ia potena aI cambiar su carga lonca. John Gerhart y Howard Schachman emplearom eta tera para determina a distbucion geometrica de as subunidades dela as- pavtato transearbamllasa(ATCasa) def call lc {enaima posce don ipos de subunidades, la bn dad cataliea,c,y la subunidad reguladora (sus papel enaimatcos se dlscten en la Secion 12-2) Eat ‘determinactones de masa molecular (e = 39 KD, = I7KD y ATCasa ~ 300 KD) ndican que la ATCasa ‘muestra una composiion en subunidades Este ‘xtremo fe coniemad pot on eticiospeliminares ‘Se ravoe X, que estableseron que In ATCasa bene tna sinetiaD reutrdese que na potena de ime tata Dy debe tener sis protimeros, Pig. 7570) El talamiento con metcurals organicos, tales como para hidroximercuribenzoato, gue reacciona con lot ‘rapes sulthidio de Cys, (ona + mone i Gaon we oor provoen que la ATCasa se disoce, de acuerdo con acc Ho eet 3 Los trimers catalitios ys asarony suciniaton pra formar. Cuando eras enidades se mesdaron fon trmeos catliicos sin modificr y a exces de imerosreguladores, ry en condiciones adecuadas en tas que pueda valverse 2 formar ATCas, solamente podiandistnguine res prods electrooreicamen ecu casts ¥ Eso indica que no fueron cam Dads subunidadeseatalitcas ene los imeros ct Inicos de ATCat: por sjemplo, no aparea ast Los tsimerosc,deben Ser por tanto, enidadesseparaas fn el ensima. Estadion semefantes,efectundoe co” ‘imeros repuiadoressuccinildos, ry esableieon {que los dmeros repuladores mantienen sa integridad fla ATCase de un modo andlogo. De severdo con fo Snteormenteexpueso, a composicn en sbunida. des de Ia ATCaba se representa con mais realidad emo (€):(¢)- Eterevatado foe confrmado despues por la estructura cstalina por rayon de la ATCasa (782), ‘Los agentes que establecen enlaces transversales ‘stabllizan alos olighmeros ‘Otto metodo para el anise de la 4 estuctura, que es especalatente atl para ls proteins igome:seas que se descomponenfiiimente, empl agentes formadores de enlaces transversles, tales como el dlimetlsuberimidatoo cl glutaraldehido (Fg. 7-53) SSE oper con concentaiones de proteina lo sft ‘Senteronte pena para evils Feacionesiner- ‘moleculares, las reacaones para exablecer enlaces ‘eunsversalesunirin por covalencia solamente Is ‘bunidades sada en una molgeula que ao 30 rar Eosina TED) comple innate denigenos * Dasdntped ramacetses (©) <7 Dipl deepen (E) 862 FrncsRe Jc A Cm Ba a6 halen muy separadas del longitu el enlace tans- versal que se'va a estblecer (uponiondo, por su- Pest, gue es presents los restos aminoicidos ecuados), Las masas molecules de una potena ‘on enlaces entrecrzados Ban un ite inferior ‘numero de sobunidades. Exton eston pueden pro- Potclonar, tambien, alguna indcacon dela star {Entre las subunidades,parscularmente ise tian tna sere de agentes formadores de enlaces nszados con longitudes frente D. Complejos multienzimaticos Los grupos de enzimas que catalzan dos o mas tapas de una secuenca meabalca se asocan con [Eeeuencis, in extablecer enlace covalent, par fr mar complejos multienzimaticos. Esse 2grupaco- nes setae de enzimas poseen roasts enocares ‘omprendias en el interlo de varios centenaes 2 = aeons K TN eH ° , 2 (Seanta) cern, + MECH EH ‘@ ‘< wn 788 i fageerttetS, : ur ene Sor FSior aoe Ct) -N~CH Cth) CH= NICH200 Apne: Como se contnpon ar imtgenes metres ea 784 (MBps decries oof compl de prt Sesnirogerasa co E cay) dl con "ncaa Scop wonsoceiae (eo core de estar, fowa ayonFoundsion Bitches. ‘arios millaes de KD. Estas asocacones, muy org ‘zadas,peemiten un suminsto ecaz de sustatos eae en enim de la rata metabliaal siguiente El complejo de la piruvato deshidrogenasa de E col. que a sto estudado por Lester Reed ex un de ioe compejosmultensimaticos mejor estudiados Esta constuido por tes enzimas, a plruvato deshi- Arogenasa (E)dihidrolipolltransacetlasa (Ey Ainidrolipottdeshidrogenasa (E), qu se aocian eh fnultiples copias para formar una parieula de stebo kD (Tabla) Las eaccsonescatalzadas por ‘te sistema erzimatco, que media en una capa ‘sencil del metabolsio energtico, se explcan en la ‘Seeron 19-24. Las micogafas electronica dl complejo de Ia pinuvatodeshdrogenaca completo musstan una pa cua poled eayo dismeto es de ~ 300A (Fg 7-64 Por su pate, E, aslado forma una parca on 24 subunidades identcas (cadenas polpepid ‘tal como lo hace en el complejo inact. Las Imicogeafaseleceénicas de la parte Ey augieren {ge ene simetia cies (Fig. 7-680) En a Pig 7458 aur 785 ‘Compe utencitc Ge a prvao ceshitogonasa de Pome ey nacec ce anaripet warasetass 3) ‘elcomplae dela prumta ceoboropenasa Sus 28 ‘Sots otters nano nats ‘acon een maa Moss gl ome ote Bravo sosheogensea oo Ecol as 2 stands [cooreseerenjcn) coe prveto dsniefonenesa () {oman dmeor gun x abe one tule uo Semorouy en scan cach una 6 ss ce ‘Shaina ceshcrogeess torneo ‘hms, une pro yf) se somo bra fa ‘roi cami can 80 ubuncoses se halla dibujado un modelo de este “niche” com eo (compazese con el modelo pars a simetiaO en [fig 7-370). Las subunidades Ey forman dimeos, qu se ascian con el eu Een lon conten dela 12 ‘Eta del cabo (Pige 7-656) Las subunidades Ey {ambien forman dimeros, que se hallanstuados en Tos centro de las sls carat del cabo. Osos com ‘lejos ensimsticosexhiten, ansogamens,elbors Sor modelor de simeras poise Las poteinas oligomeric los complejos malin simaticon son representantes del nivel mas bajo de ‘nganzacion estructural macromoleclar Las enteaee tras supramoleculaes, como los bosomas 0 Ios ‘Componentes membranosos ela cadena de anspor” te de elecyones, son ejemplos de lor niveles mis levados de organieaion macromolecular. En rei fades fe orgntaconJrtgucn, enormement comple Jae as maeuas inanimate indiidualmente la Que forma Ie base estracurlde lida Apéndice: Como se contemplan las imagenes en estéreo Aunque visimos en un mundo tridimensional, lat Imagenes. que vemes han sido proyectadas sobre el plano bidiensonal de nuestasveias. La percep én en profundida, portant, precisa de Ie ine ‘encion de Ta vision binocular’ Las vislones lier Tnente diferentes que peribe cada ojo, se sintetran pore cerebro en na so impreson tridimensional as representaciones Biimensionales de objetos tsdimeasionales complejos son difcles de interpre far, debido a que la mayor past de la iformacon ‘eferente ia ercora dimension se halla supeimida sta informacion puede reeuperrse oe presenta cada jo solamente Ia imagen que vera el objeto {dimensional estuiese sendd contemplado rele ‘mente: Por tant, tun par estereo ests constiaide por ds agen una paca oo. Los pane cor pondiontes de lon pares entros se halln sepaados [eneraimente por ~ fm, gue ea distance media Ente los ojos humanos. Normalmente los dibujos © ‘ccpemas en esteeo son generado por compulador febido ala precision que se require de Ta relacon ‘rometic entre los memos de un par este,Figura 7-66 Dibyjo en estéreo de un tetraedro inscrito en un cubo, Cuando s de un modo adecuado et vértice del tetraedro deberia percibirse abuntando hacia el observador. Para contemplar una vista en estéreo, se deben superar los hébitos visuales de toda una vida, ya que cada ojo debe percibir su vision correspondiente de modo independiente. Existen visores asequibles co- mercialmente para ayudar a este comportamiento. Sin embargo, con algiin entrenamiento y practica, pueden obtenerse resultados equivalentes sin tener que usar- los. Con objeto de que el lector se entrene en la con- templacin de las representaciones estéreo, deberia ser consciente de que cada ojo percibe una imagen separada, Mantenga su dedo levantado a una dis- tancia aproximada de 30cm, delante de sus ojos, mientras que fija su mirada sobre algin objeto mas alejado. Podra darse cuenta que esta viendo dos ima- genes de su dedo. Si después de concentrarse un poco esta seguro de que s6lo ve una imagen, trate, cerran- do sus ojos alternativamente, de asegurarse de cual de sus ojos esté viendo la imagen que percibe el lector. Quiza, cubriendo y descubriendo altemativa- mente este ojo dominanie, mientras mira fijamente mas alld de su dedo, le ayudara a darse cuenta del trabajo independiente de sus ojos. El principio que est implicado en la vision de una representacién estéreo es el fundir virtualmente el miembro izquierdo del par estéreo, visto por el ojo izquierdo, con el miembro derecho que ve el ojo de- techo. Para conseguirlo, siéntese cémodamente delante del pupitre, centre sus ojos a una distancia de unos 30 cm sobre una representacién estéreo tal como la de la Figura 7-66 y fijese, a través de ella, en un punto que se halle aproximadamente unos 30 cm por debajo del dibujo. Trate de fundir visualmente los miembros centrales de las cuatro imagenes desenfo- Resumen del capitulo El grupo péptido se halla constreido por los efectos de resonancia a adoptar una conformacién trans plana, Las interacciones espaciales:limitan, ademas, las conformacio- Capitulo 7. Estructura tridimensional de tas proteinas 201 fe observa cadas que se perciben. Cuando lo haya conseguido, su sistema visual “mirara en el interior” del objeto y esta imagen central fundida se mostrar4 tridimensio- nal. Ignore las imagenes externas. Se puede tener que volver ligeramente el libro, que deberia mantenerse perfectamente plano, o la cabeza, a fin de conseguir que las dos imagenes se encuentren al mismo nivel. Puede constituir una ayuda el colocar el libro cerca del borde del pupitre, centrar su dedo unos 30 cm por debajo del dibujo y fijarse en el dedo mientras se concentra sobre el par estéreo, Otro truco es el mante- ner su mano aplanada o un carton entre sus ojos, de modo que el ojo izquierdo vea solamente la mitad izquierda del par estéreo y el ojo derecho vea sola- mente la mitad derecha, y después funda las dos imagenes que se ven. La etapa final en la contemplacién de una imagen en estéreo es el enfoque de la imagen mientras que se mantiene la fusién. Esto puede no ser facil, ya que nuestra tendencia, hondamente arraigada, es la de enfocar sobre el punto en que converge nuestra mira- da, Puede ayudar el que mueva su cabeza mas cerca 0 ‘més lejos de la imagen. La mayor parte de la gente (entre los que se encuentran los autores) necesitan de una buena practica para legar a convertirse en obser- vadores eficientes de la vision estéreo, sin emplear un visor. Sin embargo, la informacion tridimensional proporcionada por las imagenes en estéreo, sin men- cionar su fuerza estética, las hace merecedoras del esfuerzo. En cualquier caso, las figuras en estéreo empleadas en este texto se han seleccionado por su claridad visual sin el empleo de estéreo; este ultimo mejora tnica y exclusivamente la impresion de pro- fundidad. nes del esqueleto del péptido limitando los angulos de giro y W de cada grupo péptido a tres regiones pequefias del diagrama de Ramachandran, La hélice a, cuyos angulos de202 Resumen in se hallan comprendidos dentro de las regio- nes permitidas del diagrama de Ramachandran, se mantie- ne unida mediante los enlaces de hidrégeno. La hélice 339, que se halla arrollada mas intimamente que la hélice a, se encuentra en una regin ligeramente prohibida del diagra- ma de Ramachandran. Sus apariciones, poco frecuentes, son a menudo gitos ‘nicos en las terminaciones de las hélices a. En las hojas plegadas B, paralelas y antiparalelas, dos 0 mas cadenas polipeptidicas extendidas casi por com- pleto, se asocian de modo que las cadenas vecinas se hallan unidas por enlaces de hidrogeno. Estas hojas B poseen un curvamiento hacia la derecha cuando se contemplan a lo largo de sus cadenas polipeptidicas. La cadena polipeptidica invierte con frecuencia su direccién mediante una curvatura B. Otras ordenaciones de la cadena:polipeptidica, que se conocen colectivamente como conformaciones arrolladas, son més dificiles de describir, pero no estgn menos ordena- das que las estructuras @ 0 B. Las propiedades mecdnicas de las proteinas fibrosas pue- den correlacionarse, frecuentemente, con sus estructuras. La queratina, que es el componente principal del pelo, cuerno Y uas, forma protofibrillas que estan constituidas por dos pares de hélices en las que los miembros de cada par estan retorcidos conjuntamente formando un arrollamiento hacia la izquierda. La plegabilidad de la queratina disminuye a ‘medida que el contenido de los enlaces transversales disul- furo entre las protofibrillas aumenta. La fibroina de la seda forma fibras flexibles, pero que no son extensibles, de gran fuerza, Existe como una ordenacién semicristalina de hojas B antiparalelas, en la cual capas de cadenas laterales de Gly alternan con capas de cadenas laterales de Ala y Ser. El coldgeno es el componente proteico principal del tejido conjuntivo, En el colégeno cada tercer resto es Gly y mu- chos de los demas restos son Pro e Hyp. Esto permite que el colégeno forme una estructura triplohelicoidal como una cuerda, que posee una gran fuerza de tensiGn, Las molécu- las de colageno se agregan en una disposicién alternada a fin de formar fibrllas, que estén unidas transversalmente por covalencia por grupos que se derivan de sus cadenas laterales de His y Lys. La elastina, que posee propiedades elésticas, forma una red tridimensional de fibras cuya es- fructura no es regular. Sus hebras polipeptidicas se hallan unidas transversalmente de modo semejante al colageno. La exactitud de las determinaciones de estructura por rayos-X de las proteinas esta limitada por el desorden crista- lino para resoluciones que se encuentran, en su mayor parte, entre 2,0 a 3,5 A, Este hecho precisa que la determi- nacion de la estructura de una proteina se verifique adap- tando su estructura primaria a su mapa de densidad electré- nica, Varias lineas de evidencia indican que las estructuras de la proteina en los cristales son casi idénticas a sus estructuras en disolucién. La estructura 3." de una proteina slobular es la ordenacién de los diversos elementos de su estructura 2.+, junto con las disposiciones espaciales de sus cadenas laterales. Sus restos aminodcidos tienden a segre- garse de acuerdo con su polaridad residual. Los restos no polares aparecen preferentemente en el interior de una roteina, fuera del contacto con el disolvente acuoso, mien- tras que los restos polares con carga se hallan localizados sobre su superficie, Los restos polares sin carga pueden aparecer en cualquier localizacion pero, si son internos, forman enlaces de hidrogeno con otros grupos de la protei- na, El interior de una molécula de proteina se parece al cristal de una molécula orgénica en su eficacia de empaque- tamiento. Las proteinas de tamano grande se pliegan for- mando dos o més dominios que pueden tener propiedades funcionales y estructurales independientes. Algunos agru- pamientos de elementos estructurales secundarios, conoci- dos como estructuras supersecundarias, aparecen repetida- ‘mente como componentes de las proteinas globulares. Pue- den tener, de igual manera, significado funcional asi como estructural. Las proteinas poseen estructuras estables nativas, dentro de un margen, que se forman como resultado de un fino equilibrio entre las diversas fuerzas no covalentes a las que se hallan sometidas; son éstas: las interacciones idnicas y dipolares, los enlaces de hidrégeno y las fuerzas hidrofobi- cas, Las interacciones iOnicas son relativamente débiles en disoluciones acuosas, debido a los efectos de solvatacion del agua. Las diversas interacciones entre los dipolos perma- nentes e inducidos, que se designan colectivamente como fuerzas de van der Waals, son atin més débiles y solamente son efectivas en un radio de accién corto. No obstante, debido al gran némero de estas interacciones, al acumularse ejercen una influencia importante sobre las estructuras de la proteina, Las fuerzas del enlace de hidrogeno tienen un caracter mucho més ditigido que las demas fuerzas no covalentes. Sin embargo, aftaden poca estabilidad a la es- tructura de una proteina, debido a que los enlaces de hidro- geno que las proteinas nativas forman internamente no son més fuertes que los que las proteinas desplegadas estable- cen con el agua. Pero una proteina s6lo puede adoptar un plegamiento estable por caminos que permitan la formacién de casi todos sus enlaces de hidrégeno internos posibles; por tanto, el enlace de hidrégeno resulta importante para la especificacion de la estructura nativa de una proteina. Las fuerzas hidrofobicas proceden de la ordenacion desfavora- ble de la estructura del agua que es consecuencia de la hidratacion de los grupos no polares. Al plegarse una pro- teina de modo que sus grupos no polares se hallen fuera del contacto con el disolvente acuoso, estas interacciones son ‘minimas, El que la mayot parte de los desnaturalizantes de las proteinas interfieren con el efecto hidrofobico demuestra Ja importancia de las fuerzas hidrofobicas en la estabiliza- cin de las estructuras de la proteina nativa. Los enlaces disulfuro estabilizan, frecuentemente, las estructuras nati- vas de las proteinas extracelulares. ‘Muchas proteinas estén constituidas por agregados de subunidades que no se hallan unidas por covalencia y en los cuales las subunidades pueden ser 0 no idénticas. La ‘mayor parte de las proteins oligoméricas exhiben simetria de rotacién. En muchas proteinas fibrosas los protomeros se hallan relacionados por simetria helicoidal. Las estructuras fen subunidades de las proteinas pueden dilucidarse por una variedad de técnicas, entre las que se encuentra la hibrida- ci6n de las subunidades con sus variantes naturales 0 con variantes derivados por accién quimica, por estudios de establecimiento de enlaces transversales, por microscopia electronica y por andlisis de la estructura cristalina por rayos-X. Muchos conjuntos de enzimas que catalizan una serie de reacciones en una ruta metabélica se agregan y forman complejos multienzimaticos. La proximidad de dife- rentes enzimas en estas entidades, que poseen simetria poliédrica y masas moleculares de hasta varios millares de kilodéltones, permite la alimentacién eficaz de los sustratos a lo largo de la ruta metabslica,Bibliografia Capitulo 7. Estructura tridimensional de las proteinas 203 General Cantor, C. R. y Schimmel, P. R., Biophysical Chemistry, Ca- pitulos 2 y 5, Freeman (1980). Creighton, T.E., Proteins, Capitulos 4-6, Freeman (1983). 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Establecer la nomenclatura de las helices andlogas a la hiélice 349 de los c-aminoacidos, en una cadena poti- Peptidica constituida por y-aminodcidos. Se admite Nemethy, G., Pier, W. J, y Scheraga, H. A., Effect of pro- tein-solvent interactions on protein conformation, Annu. Rev, Biochem. 10, 459-497 (1981), Ramachandran, GN. y Sasisekharan, V., Conformation of polypeptides and proteins, Adv. Protein Chem. 23, 283-437 (1968). Saenger, W., Structure and dynamics of water surrounding, biomolecules, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 16, 93-114 (1987) ‘Schellman, J. A., The thermodynamic stability of proteins, Annu, Rev. Biophys. Biophys. Chem. 16, 115-137 (1987). ‘Tanford, C,, The hydrophobic effect and the organization of living matter, Science 200, 1012-1018 (1978). ‘Tanford, C., The Hydrophobic Effect: Formation of Micelles and Biological Membranes (2.* ed), Capitulos 2-4 y 13, Wiley (1980). Wetlaufer, D. B., Folding of protein fragments, Ado, Protein Chem. 34, 61-92 (1981). 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La Tabla 7-7 da los angulos de torsion, @ y y, de la lisozima de clara de huevo de gallina para los restos 24-73 de esta proteina con 129 restos. (Las convencio- nes adoptadas para los angulos son aquellas en las que = y = 180? para la cadena extendida totalmente, tal como en la Fig, 7-7.) (a) 2Cual es la estructura secun- daria de los restos 26-35? (b) :Cual es la estructura secundaria de lor restos 42-53? (c) {Cual es la identi- dad probable del resto 54? (d) ,Cual es la estructura secundaria de los restos 56-68? (e) :Cual es la estructu- ra secundaria de los restos 69-71? (f) Qué informacionCapitulo 7. Estructura tridimensional de las proteinas 205 Tabla 7-7 Angulos de torsi6n (g, y) para los restos 24 a 73 de lisozima de clara de huevo de gallina Ne del 6 v ° det ¢ v resto. Aminoicidos._(grados) (grados) resto Aminoicidos (grados)—_(grados) 24 Ser -60 147 49 cy 95 75 2B Leu -49 50 Ser -18 138 26 cy 67 51 Thr 131 157 27 Asn 58 52 Asp 115 130 28 Trp -66 53 Tyr 126 146 29 Val -82 54 vox 7 -179 30 cys -69 55 Tle -42 -37 31 Ala -61 56 Lew 107 “4 32 Ala -R 57 Gin 35 54 3 Lys 66 58 Ile 2 133 34 Phe 67 59 Asn -76 153 35 Glu -81 60 Ser -93 -3 36 Ser 126 61 Arg -83 -19 37 Asn 68 2 Trp 133 37 38 Phe 79 63 Tp -91 -32 39 Asn =100 109 64 Cys -151 143 40 Thr -70 -18 65 Asn 85 140 41 Gu -84 -36 66 Asp 133 8 2 Ala -30 142 67 Gly 3 8 8 Thr 142 150 68 Arg. 135 v7 “4 Asn 154 121 6 Thr 122 83 465 Arg. -91 136 70 Pro -39 43 46 Asn 110 174 a ly 61 “1 47 Thr 66 -20 2 Ser 45 122 48 Asp -96 36 2B Arg. 124 146 Procedencia: Imoto, T, Johnson, L.N., North, A. C. T, Phillips, D. C., y Rupley, J. A., en Boyer, P, D. (Ed), The Enzymes (3" ed.) Vo. 7, pp. (693-695, Academic Press (1972) adicional se necesita, ademas de los angulos de torsion yy v, de cada uno de los restos para definir la estruc- tura tridimensional de la proteina? 5. El pelo se deshilacha con mas facilidad a lo largo del je de la fibra mientras que las unas tienden a fractu- rarse transversalmente respecto al dedo, en lugar de a To largo. :CuAles son las direcciones de las fibrillas de queratina en el pelo y en las uhas? Expliquese el razo- namiento. 6. {Qué caracteristicas estructurales son las responsables de la observacién de que las fibras de a queratina pueden estirarse hasta el doble de su longitud normal, ‘mientras que la seda casi no puede estiarse? 7, zCual es la velocidad de crecimiento, en vueltas por segundo, de la hélice a de un pelo que esta creciendo 15 em: afio? 8, :Puede la poliprolina formar una helice triple como la del coldgeno? Expliquese 9. Como ingeniero jefe de la madre naturaleza, le ha sido encargado el proyectar una hélice a de cinco vueltas, que est destinada a que la mitad de su circunferencia, se halle sumergida en el interior de una proteina. Indique la proyeccién de la rueda helicoidal del proto- tipo que proyecta de hélice a y su secuencia aminodci- da (véase Fig, 7-45). 10. El a-aminopropionitrilo resulta eficaz para reducir la excesiva formacién de cicatrices en el tejido después de una herida (aunque su empleo esta contraindicado por sus efectos secundarios). {Cual es el mecanismo de acci6n de este latirégeno? 11. Las proteinas se han clasificado en a, B, a/B 0. a+B, dependiendo de que sus estructuras terciarias respecti- vas estén constituidas principalmente por hélices a, por hojas B, por hélices ay hojas B alterantes, o por algunas hélices a y hojas B que tienden a agregarse en lugar de alternarse a lo largo de la cadena polipeptidi- a. Clasifique las proteinas siguientes de acuerdo con esta nomenclatura y, cuando sea posible, identifique sus estructuras supersecundarias: carboxipeptidasa A206 Problemas (Fig. 7-192), triosafosfato isomerasa (Fig. 7-196), mio- globina (Fig. 7-42), concanavalina A (Fig. 7-43), anhi- drasa carbonica (Fig. 7-44), deshidrogenasa del 3-fos- fato de gliceraldehido (Fig.7-46) y prealbimina (Fig. 7-58). 12. La proteina de la cubierta del virus del mosaico del tomate esté constituida por 180 subunidades idénticas quimicamente, cada una de las cuales esta compuesta por ~ 386 restos aminodcidos. La probabilidad de que se incorpore biosintéticamente un resto aminodcido equivocado en una cadena polipeptidica es de 1 parte cen 3000 por resto. Calctilese el promedio de subunida- des de la proteina de la cubierta que tendrian que sintetizarse a fin de producir una cubierta viral perfec- ta. {Cua seria este niimero si la cubierta viral fuese tuna cadena polipeptidica tinica con,el mismo nimero de restos que tiene en la realidad? 13, Establecer la simetria de rotacién de los siguientes objetos: (a) una estrella de mar, (b) una pirémide cua~ drada, (c) una caja rectangular y (4) una bipirdmide tri- gona 14, La mioglobina y las subunidades de la hemoglobina son proteinas de tamafio y de estructura similares. Compérese la relacién esperada de restos aminoacidos no polares y polares en la mioglobina y la hemoglo- bina, 15. {Por qué las fuerzas de dispersion de London son Siempre atractivas? 16. Las proteinas unidas a la membrana se hallan, en general, intimamente asociadas con los grupos no po- lares de las moléculas de los lipidos (Seccion-11-3A). Expliquese cémo afectan los detergentes a la integri- dad estructural de las proteinas unidas a la membrana fen comparacién con sus efectos sobre las proteinas globulares normales. 17. La hemoglobina de la cétula falciforme (HbS) se dife- encia de la hemoglobina normal de los humanos adultos (HbA) en un solo cambio mutacional, Glu B6 > Val, que provoca que las moléculas de HbS se agreguen en las condiciones apropiadas (Seccién 6- 18, 19, “21. 22, 3A), En ciertas condiciones, los filamentos de HbS que se forman a la temperatura del cuerpo se desagregan cuando la temperatura desciende a 0 °C. Expliquese. Indiquese la evidencia experimental que contradice la hipotesis de que la urea y el ion guanidinio actian desnaturalizando a las proteinas porque compiten por sus enlaces de hidrogeno intemos. Las proteinas en disolucion se desnaturalizan, frecuen- temente, si la disolucién se agita con la suficiente violencia para que se produzca formacion de espuma. Indiquese el mecanismo de este proceso. (Nota: Los grupos no polares de los detergentes se extienden en el aire en las interfases aire-agua.) |. Una proteina oligomérica, que se halla en un tampén diluido a pH 7, se disocia en sus subunidades compo- nentes cuando se expone a los agentes siguientes. {Cual de estas observaciones no podria soportar el argumento de que la estructura cuaternaria se esta- biliza exclusivamente por las interacciones hidrof6- bicas? Expliquese. (a) Cloruro de guanidinio 6M, (b) etanol al 20%, (c) NaCl 2M, (A) temperaturas por debajo de 0°C, (e) 2-mercaptoetanol, (f) pH 3 y () SDS 0,01M, .Cuales son las cantidades relativas de cada isozima que se forman cuando se hibridan cantidades equimo- lares de lactato deshidrogenasa pura de corazon y de misculo (Hy y My? La electroforesis en gel de SDS-poliacrilamida de una proteina rinde dos bandas que corresponden a masas moleculares de 10 y 17KD. Después de establecer enlaces transversales en la proteina con dimetilsuberi- midato en condiciones de dilucién suficientes para eliminar el establecimiento de enlaces transversales intermoleculares. La electroforesis en gel de SDS- poliacrilamida del producto rinde 12 bandas con ma- sas moleculares de 10, 17, 20, 27, 30, 37, 40, 47, 54, 57, 64 y 74 kD. Suponiendo que el dimetilsuberimida- to puede establecer enlaces transversales entre las su- bunidades que se hallan en contacto, establecer el diagrama de la estructura cuatemaria de la protein.