Degradacin de Protenas

La degradacin de las protenas desempea

importantes funciones, ya sea por la
modulacin de los niveles intracelulares de
protenas especficas (protelisis limitada),
como por la eliminacin de protenas anormales.

La degradacin de las protenas, y de los

biopolmeros en general, no fue considerada
por mucho tiempo como un mecanismo
necesario en la homeostasis de clulas y
tejidos.
Actualmente se sabe que en la degradacin de
determinadas protenas reside el control de
diversos procesos biolgicos. Algunos
fundamentales, como la progresin del ciclo
celular.
 Recambio
Las protenas de clulas y tejidos estn
sujetas a una biosntesis y degradacin
continua. Muchos de los aminocidos
liberados durante ese recambio se reutilizan
en la sntesis de nuevas protenas.
Una persona de 70 Kg de peso, consume 100 g
de protena al da y excreta una cantidad
equivalente de productos nitrogenados. Sin
embargo, estudios con marcadores
radiactivos indican que se sintetizan 400 g y
se degradan 400 g
La degradacin es ejecutada por proteasas, llamadas
modernamente peptidasas

Se podran distinguir exopeptidasas y endopeptidasas

 Clases de proteasas o peptidasas
LAS MS IMPORTANTES EN BIOCATLISIS SON:
1. SERINA PROTEASAS
2. ASPARTIL PROTEASAS
3. METALOPROTEASAS
4. CISTEIN PROTEASAS

LAS SERINA PROTEASAS SON LAS MS UTILIZADAS:

SE SUBDIVIDEN EN:
GRUPO A: Tripsina; Quimotripsina; Elastasa; Trombina

GRUPO B: Subtilisina y homlogos

Los miembros de cada grupo tienen un ancestro comn,

Los grupos A y B se han hecho similares a travs de un proceso de evolucin
convergente
 Peptidasas segn su accin
E.C.3.4.-.- Acting on peptide bonds (peptide hydrolases).
There are 1582 PDB entries in enzyme class E.C.3.4.-.-
E.C.3.4.11.- Aminopeptidases. [ 46 PDB entries ]
E.C.3.4.13.- Dipeptidases. [ 8 PDB entries ]
E.C.3.4.14.- Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases. [ 4 PDB entries ]
E.C.3.4.15.- Peptidyl-dipeptidases. [ 3 PDB entries ]
E.C.3.4.16.- Serine-type carboxypeptidases. [ 27 PDB entries ]
E.C.3.4.17.- Metallocarboxypeptidases. [ 35 PDB entries ]
E.C.3.4.18.- Cysteine-type carboxypeptidases. [ 1 PDB entry ]
E.C.3.4.19.- Omega peptidases. [ 6 PDB entries ]
E.C.3.4.21.- Serine endopeptidases. [ 780 PDB entries ]
E.C.3.4.22.- Cysteine endopeptidases. [ 122 PDB entries ]
E.C.3.4.23.- Aspartic endopeptidases. [ 338 PDB entries ]
E.C.3.4.24.- Metalloendopeptidases. [ 196 PDB entries ]
E.C.3.4.25.- Threonine endopeptidases. [ 2 PDB entries ]
E.C.3.4.99.- Endopeptidases of unknown catalytic mechanism. [ 14 PDB entries ]
Accin de serina proteasas
Accin de Metalo Proteasas
 Sistemas Proteolticos

Existen evidencias de protenas degradadas en las

mitocondrias, en los cloroplastos, en el lumen del retculo
endoplsmico y en endosomas.

Sin embargo, los sistemas principales de proteolisis

caracterizados se encuentran en los lisosomas o vacuolas
en el citosol .
Sistema lisosomal vacuolar
Funciones del lisosoma
Fagocitosis
Modos de captacin lisosomal
Seal KFERQ para transferencia directa al lisosoma
Lys-Phe-Glu-Arg-Gln
KFERQ
 Sistema citoplasmtico o neutro de CALPANAS
Calpanas: son una familia de proteasas dependientes de calcio relacionadas
con el procesamiento de numerosas enzimas y protenas del
citoesqueleto.

El control de la actividad de estas proteasas est determinado por las

concentraciones de calcio y por la presencia de calpastatina (su inhibidor
endgeno).

Cada calpana completa es una molcula heterodimrica. El monmero mayor

presenta el dominio que produce la proteolisis y es variable segn su
requerimiento de Ca. El monmero menor es la subunidad reguladora
conservada en todas las calpanas.

La calpana I acta con baja concentracin (M) de Ca2+. La II requiere

ms Ca2+ (mM) . El nivel celular normal corresponde a Calpana I. La II
sera activa cuando el influjo de Ca aumenta, como en la apoptosis.
 Calpanas

micro
Seal PEST para calpana
PEST y Calpanas
Sistema neutro de proteolisis Ubiquitina > Proteasoma
AMP
ATP
Ub

Ubiquitina E1 Ub

(1) E3

(7) (2)
(3) Protena

E2 Ub
Ub Ub
E3
Ub Ub
(4) Protena
Ub
E3
Protena
E2 Ub

Pptidos
(5)
ADP
(6)
ATP
Protena

Ub
Ub
Ub
Proteasoma 26S
Ub
Ub
 Degradacin Mediada por Ubiquitina

Cuando son complejos proteicos, los E3

se denominan SCF, los cuales contienen
una protena tipo F-box, Culin-1 y una
protena con RING finger o HECT
domain.
Ubiquitina
 Unin isopeptdica

Las protenas E3 son capaces de transferir la Ubiquitina a un amino de Lys de la protena a

degradar, por lo cual realizan un enlace isopeptdico
 Poliubiquitinacin

Para que una protena sea eficientemente degradada debe unir al menos cuatro
ubiquitinas
Proteasoma
Regla del N- terminal
Ubiquitina y N - terminal
Fases del proteasoma
La regla del N-terminal
Reconocimiento del N-terminal
Ubiquitinacin
Esquema del Proteasoma
El Proteasoma
Proteasoma 26S
Sitios del proteasoma
Degradacin en Ncleo
Lactacystin
Utilidad de los Inhibidores del Proteasoma
Ubiquitina y ATP
Degradacin Mediada por Ubiquitina
Esquema del Proteasoma
La progresin del ciclo celular depende de una protenas denominadas ciclinas
especficas de cada fase. Las distintas ciclinas se degradan por ubiquitinacin
Fase 1 Fase 2
ciclina1 ubiquitinacin
CdK
proteasoma
ciclina1
F-box protein

ubiquitinizacin
represor
ciclina2
represor

F-box protein F-box protein

CdK

ciclina2
Divisin Celular
 Modelo de percepcin de auxinas en plantas
represor
SCF
complex

TIR-1 Aux-IAA
Factor de
transcripcin
ARF

SCF
complex

TIR-1
auxin
Aux-IAA transcripcin
ARF

ubiquitinacin
proteasoma
 Recambio Proteico
Estn sujetos a una biosntesis y degradacin
continua. Muchos de los aminocidos liberados
durante el recambio son reutilizados en la
sntesis de nuevas protenas.
En una persona de 70 Kg de peso, consume 100
g de protena al da y excretar una cantidad
equivalente de productos nitrogenados, sin
embargo los estudios con marcaje radioactivo
indican que se sintetizan 400 g y se degradan
400 g
 Recambio
Las protenas presentan una enorme variabilidad
en cuanto a su vida media que va de pocos
minutos a meses. Ej albmina =21 das, Hb =
120 das
Las que se segregan a un medio extracelular
como las enzimas digestivas, las hormonas y
los anticuerpos su recambio es rpido.
En cambio las que son estructurales como el
colgeno son ms estables.
 Importancia del recambio
Constituye un camino para la adaptacin celular
a las modificaciones del medio ambiente.
Ej: esporulacin
Enzimas:
Proteasas intracelulares: Ej. Calpanas (Ca+2),
proteasoma (ATP). P. Lisosmicas: Ej
Catepsinas
 Seales qumicas para la degradacin
de protenas
Ubiquitinacin: la ubiquitina se une a los grupos de lisina
formando complejos degradables por el proteasoma

Oxidacin de determinados residuos catalizada por metales.

El Fe+2 y el OH- a los residuos de prolina y arginina

Secuencias PEST. Regiones de 12 a 60 residuos ricas en Pro,

Glu, Ser y Thr.
Hay residuos N- terminales que determinan vidas medias
cortas. Por ejemplo: Phe, Leu, Tyr, Trp, Lys, Arg.