Digitalizacin de un Sistema de deteccin temprana y una atencin rpida.

El
Microscopa ptica para Inspeccin, hemograma es uno de los exmenes ms
solicitados por los mdicos [2] ya que este brinda
Anlisis y Diagnstico
informacin importante acerca del estado del
paciente.
Miguel A. Risco-Castillo
En un anlisis rutinario, un tecnlogo mdico puede
Grupo de Microelectrnica Facultad de Ciencias, demorar ms de 10 minut os en analizar una
Universidad Nacional de Ingeniera muestra [3], adems de ser un trabajo en el que el
Lima, Per
cansancio fsico y visual tiene gran impacto. En
mriscoc@accesus.com promedio se logran realizar un total de 20 anlisis
diarios por especialista.
Juan S. Vega Martinez
Grupo de Microelectrnica Facultad de Ingeniera Debido a las caractersticas de la observacin, el
Electrnica y Mecatrnica, Universidad Tecnolgica profesional que realiza el examen se ve sometido a
del Per
una tensin y cansancio que afecta su rendimiento y
Lima, Peru eficiencia, limitando el nmero de anlisis diarios.
juan.vega25@gmail.com
Existen equipos sofisticados como [4] que pueden
Resumen: realizar anlisis de manera automtica y precisa
(ver Figura 1), pero estos equipos suelen tener
El anlisis e inspeccin de muestras mediante el
precios muy elevados (ms de USD$3,000) no
uso de un microscopio ptico, constituye una accesibles a todos los centros de salud.
prctica comn, donde la muestra es observada c on
la finalidad de caracterizarla, enc ontrar fallas o
perturbaciones en su estructura. Esta observacin
constituye un trabajo rutinario en el que el cansancio
fsico y visual tiene gran impacto.

Existen equipos especializados, en donde el anlisis

automtico de las muestras puede realizarse de una
forma mucho ms eficiente. Sin embargo, el precio
de estos equipos suele ser muy elevado.

Este trabajo present a un sistema implementado

mediante hardware de bajo costo y software libre,
que permit e reducir el tiempo de anlisis de las
muestras, digit alizando la imagen proporcionada por
un microscopio ptico, la informacin obtenida
puede ser analizada de manera semiautomtica,
archivada digitalmente o impresa; logrando una
reduccin de los tiempos de observacin.

Palabras claves: Instrumentacin, Microscopa,

Sistemas Embebidos. Figura 1: Analizador Hematolgico Mindray BC-
2800.

1. INTRODUCCIN Sin embargo, hoy en da se cuenta con una

El anlisis de muestras biolgicas como la sangre,
constituye una prctica comn, donde la muestra
luego de ser tratada es observada a travs de un
microscopio ptico, realizndose lo que se
denomina un hemograma, elemento de diagnstico
bsico en donde se describe al tejido sanguneo
desde el punto de vista cuantitativo y morfolgico.
variedad de nuevas plataformas que poseen los
recursos de hardware necesarios para implement ar
un sistema embebido para el anlisis bsico de
imgenes, en este caso particular se ha
desarrollado un equipo que adqui ere las imgenes
usando un microscopio ptico convencional, que
facilita el anlisis cualitativo y cuantitativo de los
componentes biolgicos de la muestras.

Segn datos del organismo mundial de salud [1], el
factor de riesgo de c ontraer una enfermeda d se
incrementa de manera considerable en zonas de
alta pobreza, donde muchas veces no se cuenta
con equipamient o mdic o adecuado para una
Se ha elegido como componente principal a la
Raspberry Pi [5] (ver Figura 2), a la que en adelante
se le llamar RPi, que es una placa de computadora
de bajo coste diseada en el Reino Unido por la
Fundacin Raspberry Pi, esta fue desarrollada con

1
el fin de estimular la enseanza de ciencias de la
computacin.
Figura 2: Tarjeta Raspberry Pi
La RPi soporta sistemas operativos compatibles con
la arquit ectura ARM, lo que es una gran vent aja
debido a su bajo consumo y a que se pueden crear
mltiples aplicaciones sobre esta plataforma. Dent ro
de los lenguajes de programacin admitidos estn
el C++, Python y Free Pascal, que son de libre
distribucin.
Debido a los limitados recursos de la RP I (memoria
y velocidad del CPU), la compilacin, depuracin y
prueba de aplicaciones directamente en la tarjeta,
pueden llegar a ser tareas que toman mucho tiempo
si la aplicacin se hace compleja. Por este motivo
se eligi el mtodo del desarrollo cruzado, que
consiste en disear y compilar la aplicacin en una
plataforma distinta a donde ser ejecutada.
El lenguaje elegido para realizar el desarrollo del
interfaz de usuario (GUI) es el Free Pascal usando
el entorno integrado de desarrollo Lazarus o
Codetyphon [6] que es una herramienta visual de
desarrollo rpido de aplicaciones (RA D).
Codetyphon permite una programacin estructurada
orientada a objetos con una gran cantidad de
libreras. A pesar de ser una herramienta de
desarrollo visual; Codetyphon permite compilar las
aplicaciones para distintos sistemas operativos y
CPU, bajo la filosofa del Free Pascal de programar
una sola vez y compilar para distintas plataformas.
El resultado final es un binario nativo optimizado
para la plataforma.
La imagen es obtenida por medio de una mini
cmara digital, la cual es colocada en el ocular de
un microscopio ptico.
Conectados a la Raspberry Pi adems de la c mara
se encuentran los perifricos que permiten la
interaccin con el usuario: un teclado, un ratn y
una pantalla LCD.
Es posible automatizar ciertos anlisis
implementando la deteccin de ciertos puntos de
inters en la imagen, aunque la RPi tiene recursos
limitados hay trabajos previos en donde se han
realizado exitosamente la deteccin de rostros en
video en vivo [7], con ciert as restricciones, mediante
el uso de las libreras OpenCV [8].
2. OBJETIVOS
Desarrollar un instrumento de bajo costo que
permita la captura y almacenamiento digital
de la imagen obtenida de un microscopio
ptico.
Desarrollar un interfaz de usuario que permita
la visualizacin en tiempo real de la imagen
capturada en una pantalla en donde es
posible realizar el anlisis.
Realizar un anlisis bsico de imagen
mediante un sistema embebido.
3. DESCRIPCIN DEL PROYECTO
La digitalizacin de un sistema de microscopa
ptica con la finalidad de realizar un anlisis y
diagnstico de muestras biolgic as consiste en una
secuencia de procesos, los cuales se detallan a
continuacin:
3.1 Preparacin de la muestra
El sistema aprovecha los recursos previamente
disponibles, la preparacin de la muestra debe
realizarse exactamente de la misma forma que en el
proceso del anlisis manual. En este caso se ha
elegido, como prueba del instrumento, el anlisis
hematolgico; por lo cual las muestras debern s er
tratadas segn el procedimiento regular para la
obtencin del hemograma.
3.2 Captura y digitalizacin de la imagen
Para realizar la captura de la imagen se hace uso
de una cmara digital, la cual se coloca sobre el
ocular del microscopio mediant e una pieza de
adaptacin.
La cmara principal con la que se realizaron las
pruebas cuenta con un sensor del tipo CMOS de
aproximadamente 1M pixeles de resolucin. La
calidad de las capturas est relacionada
directamente con la calidad de la ptica y el sensor
de la cmara. En este trabajo se utilizaron algunas
cmaras que se tenan a disposicin de los
investigadores, sin embargo se conoce de la
existencia de mejores equipos que podran ayudar a
obtener imgenes con mayor resolucin y nitidez.
Una imagen de mayor calidad tambin influye en la
2
precisin de los algoritmos de identificacin
semiautomticos. Se realizaron pruebas
preliminares con el mdulo de cmara del proyecto
Raspberry Pi de 5M pixeles.
Los datos de la cmara son capturados utilizando
las libreras de la Interfaz de programacin de
aplicaciones V4L2 [9], que se enc uent ra
actualmente integrada en el ncleo de Linux. Al
sistema se le agregaron las dependencias
necesarias para compilar el paquete MJP G-stream
[10], proyecto de cdigo abierto que permite la
difusin va el protocolo de red TCP. Esta
configuracin permite que el GUI cliente pueda ser
ejecutado tanto de forma local en la RPi, como
remota.
El MJPG-stream es configurado y ejecutado como
un servicio sin intervencin del usuario. La
resolucin de las imgenes capturadas depende de
la capacidad de la cmara, estando inversamente
relacionada la velocidad en cuadros por segundo
con dicha resolucin.
3.3 Procesamiento de la imagen
Parte del procesamiento inicial de la imagen es
realizado por el DSP integrado en la cmara. El
MJPG-stream permite pas ar parmetros a una
cmara compatible con la AP I V4L si sta lo
soporta. Algunos de estos parmet ros incluyen el
control de brillo, contraste, saturacin, balance de
blancos, gamma, nitidez, etc.
Segn la calidad de la cmara, la imagen puede
tener mejor nitidez y menos ruido as como una
mayor sensibilidad. Debido al inc remento de su
rango dinmico los componentes a analizar en las
imgenes pueden aparecer mejor diferenciados.
Dado que en el proc eso ant erior, los datos de
imagen se han difundido hacia la red TCP es
posible separar el proces amient o de la informacin
del hardware de captura. De esta forma puede
implementarse el soft ware de procesamiento tanto
en la misma RPi, como en un equipo c onectado a la
red, dependiendo del nivel y exigencia requerido.
Otros niveles de procesamiento de la imagen
pueden ser aplicados desde la interfaz de usuario,
estos corresponden a los filtros estndar de brillo,
contraste, gamma, saturacin, etc.
3.4 Generacin de interfaz de usuario
El interfaz de usuario se desarrolla en CodeTyphon,
la interaccin se realiza mostrando en una pant alla
las imgenes capt uradas por la cmara en tiempo
real, mediante un botn el operador puede realiz ar
la captura de la imagen hacia la pant alla principal,
con la posibilidad de ampliar zonas de inters y
realizar desplazamientos bsicos.
El nivel final de magnific acin depende de las
caractersticas de los objetivos del microscopio y el
tamao de la pantalla en donde se muestra la
imagen.
La imagen capturada puede ser modificada
mediante los filtros disponibles en la aplicacin y
luego almacenada, en el caso de la RPi, en la
tarjeta de memoria S D. Simultneamente, otros
especialistas podran estar realizando los mismos
procedimientos en forma remota, si se encuentran
conectados a la red de la RPi.
El especialista puede introducir informacin
adicional respecto al pacient e y realizar el cont eo
semi-aut omtico, seleccionando sus puntos de
inters que quedarn como una capa activa
superpuesta a la imagen adquirida.
Los puntos o zonas de inters son aadidos
mediante el uso de un rat n; estos pueden tener
tamao y color diferentes y ests caractersticas son
almacenadas en un archivo de datos junto con la
imagen.
4. RESULTADOS
A pesar de la amplia seleccin de sistemas
operativos y procesadores disponibles en las
herramientas de compilacin cruzada del
CodeTyphon, en principio, no era posible la
generacin de cdigo optimizado nativo desde P C
i386, corriendo Windows para la RPi, que cuenta
con un SoC Broadcom BCM2835 que incluye un
procesador ARM1176JZF-S del tipo ARMv6 y como
sistema operativo una distribucin optimizada para
de Linux Debian Whezzy.
Fue necesario implementar algunas modificaciones
en las herramient as y generar scripts adicionales;
con lo cual finalmente, se obtuvo un entorno de
diseo funcionando en Windows 7 x64, que logra en
pocos pasos, generar cdigo binario para el
procesador ARMv6 con la unidad hardware de coma
flotante habilitada.
Pensar en realizar el dis eo y programacin del GUI
directamente en la RPi qued descartado debido a
los limitados recursos de memoria y proc esador de
la tarjeta, que no la hacen adec uada como un
entorno de desarrollo. Por este motivo, contar c on
una herramienta de compilacin cruzada fue
fundamental.
En las figuras Figura 3 y Figura 4 se muestran los
interfaces de usuario que permiten al operador una
mejor visualizacin de la imagen obtenida del
microscopio ptico. La pantalla principal cuenta con
una serie de bot ones que permiten la conexin con
el MJP G-stream, realizar una pre-visualizacin de
3
las imgenes, obtener una captura, aplicar filt ros de
correccin, grabar la informacin del paciente, el
conteo y la imagen tal y como aparece en la
pantalla. A la derecha se cuenta con una serie de
controles que permiten realizar la identificacin y
sealamiento de los puntos de inters.
Figura 3: Muestra de la interfaz de usuario
ejecutndose en Debian (RPi).
Figura 4: Muestras de la interfaz de usuario
ejecutndose en Windows (PC).
El almacenamiento de la informacin de anlisis se
realiza mediante la grabacin de dos archivos, el
primero es la imagen en formato bitmap estndar
(bmp) y el segundo es un archivo de dat os que
contiene la informacin del paciente y anotaciones,
adems de la localizacin, tamao y color de los
puntos de inters, el nombre de ambos archivos es
sugerido automticamente por el sistema tomando
como base la fecha y la hora de realizada la
grabacin.
La informacin previamente almacenada puede
abrirse de nuevo en el programa, para un anlisis o
validacin posterior. Se puede continuar aadiendo
o eliminando zonas de inters.
Los archivos de imagen y de datos pueden
adjuntarse a un correo electrnico y ser abiertos
desde una estacin remota que cuente con el
software, sin necesidad de contar con el hardware.
5. DISCUSIN
En esta primera etapa del proyecto se lograron
obtener los result ados propuestos. Aunque no se ha
comprobado estadsticamente el ahorro de tiempo
en el anlisis, se estima una disminucin del o rden
del 50% adems de una considerable reduccin de
la fatiga.
El costo de la implementacin del sistema de
microscopa ptica-digital, que en este caso est
compuesto por la Raspberry PI, webcam, monitor,
teclado, rat n y soft ware no supera los USD$250
de gasto adicional a los instrumentos que ya pos ee
el laboratorio, lo cual constituye una oportunidad
para que todos los centros de salud puedan cont ar
con este equipo.
Aunque el caso del hemograma ha sido tratado
simplement e como una demostracin de la
factibilidad del proyecto, se entiende que se puede
extender a otros tipos de anlisis.
Mediante el uso de libreras abiertas de visin
computarizada OpenCV, se lograron ciert os niveles
de automatismo en la deteccin de los puntos de
inters, sin embargo el bajo rendimient o del
hardware no permiti realizar mayores anlisis
cuando el software era ejecutado localmente en la
RPi. Se debe sealar, que se necesita un estudio
especfico para cada tipo de informacin a ser
extrada de la imagen para configurar
adecuadamente los parmetros nec esarios para
obtener los resultados esperados mediante
OpenCV.
El sistema hace posible que un observador remoto
(mdico especialista) pueda en tiempo real recibir
las mismas imgenes que se observan localmente,
ya sea mediant e un soft ware client e instalado en
una P C o desde un dispositivo mvil como una
tableta o un celular inteligente.
6. CONCLUSIONES Y TRABAJO FUTURO
Este proyecto permite acercar hacia las poblaciones
vulnerables, tecnologa que no es de costo elevado
y que sin embargo puede llegar a tener un impacto
importante en su calidad de vida. Cont ar con un
sistema similar a este permitira realizar un
seguimiento y anlisis a posteriori inclusive de
manera remota, realizar campaas y detectar
rpidamente casos de anemia en poblaciones
alejadas.
4
La facilidad con la que el operador puede realizar el
anlisis de la informacin obtenida le permite
procesar un nmero mayor de muestras en menos
tiempo, a la vez de validar sus resultados
posteriormente gracias a que le es posible realiz ar
una captura de la informacin acompaada con los
datos del paciente.
La RPi tiene un c onsumo energtico
considerablemente bajo en comparacin con una
computadora de escritorio convencional,
aproximadamente 3.5W para el modelo que se us
en ese proyecto, por lo que su uso es amigable con
el medio ambiente; adems permite que la
informacin sea almacenada electrnicamente
evitando el posible uso innecesario del papel. El
bajo consumo unido a la posibilidad de usar una
batera y un dispositivo mvil, permitira el acceso a
zonas remot as en donde no se cuenta con
suministro elctrico.
Se planea utilizar las capacidades del hardware
para implementar un mayor automatismo en la
identificacin de los componentes visualizados
mediante libreras abiertas de visin c omput arizada
OpenCV.
Existen en la actualidad plataformas de hardware
que poseen mayor rendimiento y en las cuales
podran obtenerse mejores resultados, tanto en la
generacin del streaming de video a may or
resolucin, como en el anlisis y deteccin
automatizada de zonas de int ers. Una mejora del
hardware de procesamiento tambin permitira el
uso de mejores cmaras para la captura de
imgenes con mayor detalle.
diagnstico y permitir una deteccin temprana de
alguna patologa.
7. REFERENCI AS BIBLIOGRFICAS
[1] Organizacin Mundial de la Salud. [Online].
http://www.who.int/es/
[2] Francisco Cullar and Francisco Falabella,
Hematologa. Medelln Colombia: Corporacin
para Investigaciones Biolgicas, 2004.
[3] Germn Campuzano Maya. Del hemograma
manual al hemograma de cuarta generacin.
[Online].
http://www.medigraphic.com/pdfs/medlab/myl-
2007/myl011-12b.pdf
[4] Shenzhen Mindray Bio-Medical Electronics
CO., BC-2800 Auto Hemat ology Analyzer,
Operation Manual. Shenzhen, P.R.China.
[5] Raspberry Pi Foundation. Raspberry Pi.
[Online]. http://www.raspberrypi.org/
[6] PilotLogic. CodeTyphon. [Online].
http://www.pilotlogic.com/sitejoom/index.php/co
detyphon
[7] Raspberry Pi Foundation. Raspberry Pi: facial
recognition: openc v on the camera board.
[Online]. http://www.raspberrypi.org/ facial-
recognition-openc v-on-t he-c amera-board/

A la luz de los resultados obtenidos, los autores
recomiendan el uso que las nuevas tecnologas de
bajo costo proporcionan para solucionar o mejorar
diversos procesos no slo industriales, sino tambin
aquellos que, si bien puede no tengan un impacto
econmic o, estn destinados a mejorar la calidad de
vida.
[8] OPENCV. Open Source Computer Vision
Library. [Online]. http://opencv.org/
[9] Linux TV. What is V4L or DVB? [Online].
http://www.linuxt v.org/wiki/index.php/What _is_
V4L_or_DVB%3F

Los aut ores consideran que este trabajo podra [10] MJPG-streamer. [Online].
ayudar a realizar tareas de prevencin y monitoreo http://sourceforge.net/projects/mjpg-streamer/
en poblaciones de riesgo que se encuentren en
zonas lejanas, con el mnimo de pers onal, un
tecnlogo mdico puede realizar la toma y
preparacin de las muestras y luego realizar la
visualizacin y almacenamiento de las imgenes.

De esta forma no slo se permite que un mdico

realice un anlisis posterior en una localidad
diferente, sino que adems, se puede contar con un
registro con la finalidad de realizar comprobaciones
o comparaciones de los pacientes atendidos.

La capacidad del envo de informacin a travs de

la red en tiempo real, podra permitir la participacin
de un es pecialista para asistir al t ecnlogo en el