Contlerentiar universitar dr. Virgil DARLE BIOCHIMIE MEDICALA vol. | ORGANIZAREA MOLECULARA §] MACROMOL ECULARA A ORGANISMULUT TIMAN LDITURA > AMON « CRALOVA - 1994Motto. Cel care munceste, gresegte. Ca s& nu gregesti, trebuie si nu muncesti... Dar asta-i cea mai mare gregeala! Albert Szent-Gyorgyi PREFATA In arsenalul ytiingelor contemporane Biochimia s-a impus cao discipling de bazd, de insemndtate primordiala, cu implicagii profunde in sfera yuirgelor biologice tcoretice st aplicate. Dezvoltarea dinamicé, rapidé si multilaterala a biochimiei in ultimele patru decenii, repreeinta una din cele mai remarcabile cuceriri ale stiintelor contemporane. te semnificativ fuptul ca cele mai multe din Premiile Nobel pentru medicind au fost decernate cerceidtorilor din domeniul Biochimiet. Lucrarca de fata se adreseazd, in primul rand, studengilor de la facultdqile cu profil medical, biologic, chimic, cét si medicilor specialisti in laboratorul clinic. In acest prim volum, informatia biochimica se refera la" organizarea molecular $i macromoleculard a organismului wan, find in acelasi timp un indreptar pentru inelegerea fenomencior biologice normale si patologice. Redactarca prezentei lucréri s-a facut findind seama de nomenclatura actualé utilizata in biochimia moderna. In speranta cé manualul de fad va fi un material documentar util pentru cei interesati, asteptdm sugestiile si eventualele observatii constructive, care vor constitui pentru autor puncte de referinté in elaborarea editiilor viitoare. AutorulPREFACE In the “arsenal” of the contemporary sciences, Biochemistry has compelled recognition as a fundamental science of primordial importance, having deep implications in the sphere of theoretic and applied biological sciences. The dynamic, rapid and multilateral development of Biochemistry in the last four decades represents one of the most remarkable conquests of the contemporary sciences. It is very significant the fact that the most Nobel Prizes in Medicine were awarded to the researchers in the line of Biochemistry. This work is applied to both medical, biological and chemical students and specialists in clinical laboratory. in the first. volume, biochemical information refers to "the molecular and macromolecular organization of the human body", being in the same time a guidebook for the correct understanding of the biological phenomena in normal state and Pathology. In order to elaborate this work I tock into account the topical nomenclature used in the modern Biochemistry. T hope that the present piece of work will be an useful documentary material. I'm looking forward to all the constructive suggestions. The AuthorAla Arg Asn Asp Asp-NH, ADN ARN mARN tTARN cpP cTP CoA—SH 3 DP FAD,PADH, 6 GABA Gal GalNAc Glu Glu-NH, GMP GbP GIP Hb HbO, HDCO His Lr Abrevieri utilizate in text = adenina = alanina. arginina. asparagina. acid aspartic. = asparagin. = acid deoxiribonucleic. acid ribonucleic. = acid ribonucleic mesager. = acid ribonucleic ribozomal. = acid ribonucleic de transfer. = acid adenozin monofosfat. acid adenozin difosfat = acid adenozin trifosfat. = citozina. cisteina. citidin monofosfat. citidin difosfat. citidin trifosfat. coenzima A = acid 2,3 difostogliceric. = enzima. = complex enzima substrat. = Enzime Comission. = acid etilen diamino tetraacetic. = flavin-adenin dinucleoid oxidat si redus. = guanina. = acid y = galacto: = N.acetil galactozamina. = acid glutamic. = glutamina. = guanozin monofosfat. = guanozin difosfat = guanozin trifostat = hemoglobina. = oxihemoglobina. = carboxihemoglobina. = histidina. = leucotriene minobutiric. hormon adrenocorticotrop. Lx |ipoxine. v pseudoracil NAD*,NADH = nicotinamid adenindinucleotid -oxidat $i redus. NADP’ ,NADPH= nicotinamid adenindinucleotid -oxidat gi redus. NANA = acid N-acetil neuraminic. Pi = fosfat anorganic. PPi pirofosfat anorganic PTA proteina transportoare de grupari acil SAM = S-adenozil metionina. ic = timina. TSH = hormon tireotrop TPP: tiamin pirofosfat tromboxan. uracil. uridin monofosfat. uridin difosfat. = uridin trifosfat. Unitati internationale. acid tetrahidrofolic. 1,25-dihidroxi cuie- calciterol = acid paraaminobenzoic.iy NeRWNHN in 8 CUPRINS PROTEINE (PROTIDE) . . : : Consideratii generale . . . . . . Caracterizare generalad a proteinelor Clasificarea proteinelor Rolurile biologice ale proteinelor Aminoacizi. . : + ‘ . . . Caracteristici generale, clasificare Aminoacizi care nu participa in structura proteinelor Proprietatile fizice, chimice si biologice ale aminoacizilor Aminoacizi esentiali Proprietatile ionice ale aminoacizilor Proprietatile chimice ale aminoacizilor Peptide « . . . . . Caracterizare generala Dipeptide ‘Tripeptide Polipeptide cu activitate biologic’ Structura proteinelor . ‘ * re 7 5 Structura primara Structura secundara Modelul @ helix Tipuri de legéturi din structura proteinelor Modelul in * planuri pliate " Modelul tip colagen Structura terfiara Structura cuaternara Morfologia moleculelor proteice Proprictitile generale ale proteinclor . ¢ . Proprietaji electrochimice. Blectrotoreza Denaturarea proteinelor Proprietati imunologice HETEROPROTEIDE . . . . . Metalproteide . . . . . s « Fosfoproteide : c 3 7 2 Glicoproteide. Proteoglicani . ¥ < Lipoproteide . . . . é . Cromoproteide . ss * = . 7 . 13 13 13 13 14, 17 17 23 24 25, 27 30 30 31 32 34NaAWRwDE 2.1 Hemoglobinele Structura hemoglobinei Hemoglobine fiziologice Hemoglobine anormale si patologice Combinarea hemoglobinei cu gazele Interactiunea 2,3-DPG cu hemoglobina Mioglobina Citocromii Nucleoproteide . > < . . Caracterizare general Componenti structurali Componenta proteica Pentoze Baze azotate Nucleozide Nucleotide Nucleotide naturale libere Nucleotide polifosfati cu rol de compusi macroergici Caracterizare generala a nucleotidelor Polinucleotide. Structura primara a ADN “10 Structura secundara a ADN 1 Functiile biologice ale ADN 2 Proprietiti generale ale ADN 3 Acizii ribonucleici 4 Acizii nucleici virali ENZIME. . : . . . . Consideratii generale. « . * . Generalitati. [storie Caracteristici generale ale enzimclor Nomenclatura si clasificarea enzimelor Localizarea intracclulara a enzimelor Structura enzimelor =... . . 7 Enzime monocomponente gi bicomponente Situs catalilic. Situs alloateric Cofactori enzimatici Mecanismul de actiune al enzimelor Tpoteza tip "lacdt-cheie" Teoria ajustarii induse Cataliza covalenta Cataliza acido bazica generala Izoenzime Specificitatea enzimelor —. . . + Specificitatea de reactie 101 101 101 103 105 106 106 107 109 112 112 113 113 115 116 8 118= bu NQUNRNEL bo bo bo BRR ARSE 4.3.8 4.3.9 4.3.10 Specificitatea de substrat 119 Specificitatea optica 119 Specificitatea relativa de grup 120 Specificitatea absoluta 121 Influen{a factorilor fizico chimici asupra activitatii enzimelor Influenja temperaturii 122 Influenja pH-ului 123 Alfi factori care influenjeaza activitalea enzimalica 124 Cinetica enzimatica . ‘ e Z . ¥ 125 Energia de activare 125 Ordinul de reactie 126 Curba de saturare cu substrat 128 Ecuatia Michaelis-Menten 129 Constantele cinetice ale enzimelor 132 Ecuajia Lineweaver-Burk 133 Efectori enzimatici 134 Activatori enzimatici 135 Inhibitia competitiva 135 Inhibijia necompetitiva 138 Inhibifia allosterica 140 Postulat tructurii enzimelor allosterice 141 Mccanismul de actiune al enzimelor allosterice 142 VITAMINE SI COENZIME = * * . 145 Consideratii generale . . . . . 145 Istoric. Generalitati 145 Clasificare. Corclajia vitamine-enzime 146 Vitamine liposolubile % fe ® ‘ 147 Vitamina A 148, Vitaminele D 152 Vitaminele E 155 Vitamincle K 158 Vitamine hidrosolubile . . . : ei 161 Vitamina C lol Vitamina P 164 Vitamina B, 105 Vitamina B, 167 Vitamina PP 169 Vitamina Bs 171 Acidul pantotenic 173 Biotina 175 Acidul lipoic 178 Acidul paraaminobenzoic 179 12.aR Ce win au pe be 5. 5 5. 5. RNY ‘ow poe Bene Acizii folici Vitamina B,. GLUCIDE . ‘ . : . Consideratii generale ‘ , i . ‘ Definitie. Nomenclatura Clasificarea glucidelor. Roluri biologice Structura monoglucidelor 5 z Caracterizarea monoglucidelor Structura gi izomeria monoglucidelor Structura perspectivic’ tip Haworth Seriile D si 1, ale monoglucidelor Proprietati fizice si chimice ale monoglucidelor . . Proprietati fizice si optice Proprietati chimice ale ozclor Reactii datorate gruparii carbonil Proprietati chimice datorate -OH Epimerizarea ozelor Principalii reprezentanti ai ozelor ‘ : . ‘Trioze gi tetroze Pentoze Hexoze Deoxiglucide. Aminoglucide Oligoglucide . + . . . = Poliglucide. Poliozide * “ . . ., Homoglicanii Glicoproteide. Proteoglicani is . = a Glicoproteidele Biosinteza’ glicoproteidelor Importanta biologic’ a glicoproteidelor Proteoglicani. Glicozaminoglicani Acidul hialuronic Heparina Condroitin sulfajii. Dermatan sulfatii LIPIDE . . . . - . = Definitie. Clasificare. Roluri biologice — . . . Componen{ii structurali ai lipidelor . ‘ 5 Acizii gragi Acizii gragi saturati 2G Acizii grasi nesaturati Lgl L429 Acizii grasi particulari 180 183 187 187 187 187 188 188 188 190 191 194 194, 195 195 197 200 201 201 201 203 203 205 207 208 212 226 227 227 22 228 2316.8 6.8.1 6.8.2 6.8.3 6.8.4 6.8.4.1 6.8.4.2 6.8.4.3 6.8.4.4 Bibliografie 12 Proprictati generale ale acizilor grasi Alcooli constituienti ai lipidelor Alcooli alifatici neazotati Aminoalcooli Alcooli ciclici Acil gliceroli (Gliceride) : Caracterizare generala. Structura. Transport Proprietati generale ale acilglicerolilor Ceride . . . . . Steride : . Generalitati. Clasificare. Reprezentan{i Colesterolul Surse de colesterol. Sinteza Structura colesterolului. Tzomerie. Rolurile biologice ale colesterolului Acizii biliari Acizii biliari primari si secundari ) Circuitul enterohepatic al acizilor biliari Proprietatile si rolurile biologice ale acizilor biliari Lipide complexe. (Heterolipide) —. . Glicerofosfolipide Glicerofosfolipide cu azot Gilicerofosfolipide fara azot Sfingolipidele Sfingolipide cu fosfor Gilicolipide Prostaglandine. Icosanoizi . « Generalitati. Clasificare. Structura Biosinteva icosanoizilor Roluri biologive ale icosanoizilor Mecanismul de actiune al PGe la nivelul celular Actiunile biologice ale icosanoizilor asupra organismului uman Biomembrane Tipuri de biomembranc Organizarea structuralé a biomembranelor Functiile biomembranelor Procese de transport prin biomembrane Difuziunea simpla Difuziunea mediata Transportul activ Translocarea de grup 237 241 242 yy1 PROTEINE (PROTIDE) 1.1 Consideratii generale 1.1.1 Caracterizare general a proteinclor Proteincle sunt biocomponente structurale si functionale de insemnatate primordiala pentru procesul viefii gi care prezinti cel mai tnalt grad de complexitate, varietate si specificitate de specie sau de organ. Denumirea de "proteina" deriva de la cuvantul grecese "xporcws" [proteos] = primul,care este in deplin acord cu rolul fundamental al acestor substante in lumea vie. Proteinele sunt cele mai rispindite biomolecule din celule, constituind 50% sau mai mult din masa lor uscata. Legatura indisolubila dintre proteine si viafa este marcaté de faptul producator de proteine este organismul viu. Proteinele se caracterizeaza prin urmatoarcle particularitaji definitorii: reprezinta purtatorii materiali ai viefii, constituienji universali yi indispensabili ai Wuturor formelor de viata: asigura organizarea $i menfinerea structurii morfologice a celulelor; @ sunt biomacromolecule informationale, caracter conferit de varictatea structurala a aminoacizilor constituienti, care reprezinta unitéi repetitive ale structurii acestor importante macromolecule; sunt biomacromolecule cu o paleti larga de mase moleculare cuprinse intre 5*10" - X*10° daltoni® constituite din 20 -22 de aminoacizi care se unese covalent intre ei prin reactii de policondensare; @ sunt intr-o strdnsd leg&dtura cu acizii aucleici, informatia geneti determina biosinteza proteinelor specifice organismului respectiv; @ prezinta proprietii{i fizico-chimice distincte, care sunt 0 consecin{a a organizarii structurale si respectiv a conformatiei spatiale a macromoleculelor; prezinta un inalt grad de organizare structurali caracterizat printr-o entropie scazuta st posedi un surplus de energie libera care le asigura atributele unui sistem dinamic in permanenta interactine cu mediul ambiant; @ manifesti un puternic dinamism caracterizat printr-o continua autoinnoire ca rezultat al proceselor anabolice si catabolice; au o specificitate remarcabild ca o reflectare a particularitaqilor structurale i conformationale care le confera functii biochimice variate; se prezinta intr-o extrem de larga diversitate de tipuri diferite structural si functional. singurul sistem stocata in ADN 1.1.2. Clasificarea proteinelor Pentru clasificarea proteinclor se folosese simultan mai multe criterii: a) produgii de hidroliza; b) solubilitate in apa; c) structura; d) comportare chimici. Holoproteinele, prin hidroliz alcalin’, acid& sau enzimatic numai e aminoacizi vor pune in libertate14 GREU SOLUBILF| [ PRotEME Fibrinogen | | FIBRILARE - j | Colagen | { | . INSOLUBILE | Elastine T Actina Miozina | Keratine - | Scleroproteine HONOERGUEINE Albumino | | | Gtobunine | Protamine Histone | | | CROMOPROTEIDE | y | FOSFOPROTEIDE araryay yi ara LIPOPROTEIDE 1 EPEROPRO OE | meracoprore we | | NUCLEOPROTE IDE | GLICOPROTEIDE ! PROTEOGLICANI | Solubilitatea proteinelor fibrilare se refera la apa si la solutii saline concentrate. Solubilitatea limitata in solutii saline a unor proteine fibrilare: fibrinogen, actina, miozind, se datoreste faptului ca aceste proteine contin in anumite portiuni ale moleculei lor structuri asemanatoare proteinelor globulare. Aceste proteine constituie 0 categorie de proteine intermediarg intre cele globulare gi cele fibrilare, avand caracteristici structurale lipice atat proteinelor globulare, cat si celor fibrilare. Heteroproteidele au o structura complexa si prin hidroliza rezulta pe langa aminoacizi si © Componenta neproteica denumita componenta prostetica. Componenta prosteticé poate fi de naturd chimica diferité (glucide, lipide, acizi nucleici, porfirine, metale). in cazul heteroproteidelor legarea gruparii prostetice de proteina propriu-zisa se face prin legituri chimice covalente si necovalente care le confera un caracter de stabilitate. 1.1.3 Rolurile biologice ale proteinclor Proteinele indeplinesc functii extrem de variate, ca 0 reflectare a unui inalt grad de15 organizare structurala. Rolurile biologice sunt diferite in functie de tipul proteinelor (vezi tabela 1.1). I. Proteine fibrilare intervin in procesul de coagulare al singelui: fibrinogen, trombina @ Participa in procesul contractiei musculare avand proprictatea de a transforma energia chimica in cnergie mecanica: actina, miozina, actomiozina. @ Actioneaza ca substante de sustinere, protectic si rezistenta mecanica: keratina, clastina, colagenul. IL. Proteine globulare @ Proteinele din hrana servesc ca sursi primara de aminoacizi din care se sintetizeaza protcinele proprii. @ Constitie suportul chimic, structural si functional al materiei vii si al tuturor fenomenelor specifice agesteia, incalitate de enzime proteincle indeplinesc un ral catalitic, inlesnind desfagurarea, coordonarea i reglarea tuturor reactiilor biochimic« @ Unele proteine functioncazi ca hormoni purliciptnd 1a reglarea procesclor biochimice: insulina, hormonii hipofizari. # Actioncazi ca pigmenti respivatorii transportind pe cale sanguind la toate {esuturile oxigenul molecular (hemoglobina) sau depozitind oxigenul in mugchi (mioglobina). Rol de transport in singe: siderofilina transporti ioni de Fe; ceruloplasmina transport ioni de Cu inclusi in structura sa. ® Participa in procesele imunochimice de aparare a organismelor de actiunca agentilor externi-anticorpi Participa la ultrastructura biomembranelor in asociere cu lipidele @ Datoritd caracterului coloidal si amfoter proteinele intervin in procesele de permeabilitate selectiva a biomembranelor, in transportul apei si ionilor, mentinerea echilibrului acido-bazic functionand ca sisteme tampon. Au rol energetic in cazuri extreme: subalimentalic, inanitie, procese patologi @ JFxista un grup de proteine cu efect toxic - loxine, existente in unele plante, agenti patogeni, venin de sarpe, viper’, scorpion, albina, viespe. UL. Proteine cu functii biologice neobignuite - fibroina secretata de paianjen si viermele de matase, care se solidifica rapid formand un fir insolubil si cu rezistenta mecanicd remarcabila; - proteina “antifrezee" (contra inghejului) se géiseste in sangele unor pesti care traicse in apele de sub gheata din jurul Antarcticei. Interesant de observat ci toate proteinele, inclusiv cele care nu au intensa activitate biologicd sau toxic’, sunt formate din aceiasi 22 de aminoacizi, care fiecare luat separat nu are deloc sau are o foarte slaba activitate biologica gi nu are actiune toxicd. Conformatia tridimensionala este unul din factorii cei mai importanti care confera fiecarui tip de proteina o activitate biologica distincta gi o anumita stabilitate, ceea ce permite ca proteina sa poata fi izolata, pastrata si studiati in stare nativaTabela 1.1 16 Rolul biologic al proteinelor (dupa A.L.Lehninger 1987) Tipuri gi exemple Localizare sau functie A - Proteine de rezerva - Cazeina - Ovalbumina ~ Feritina - Gliadina - Zeina B - Enzime ~ Hexokinaza - Lactat dehidrogenaza - Glicogen sintetaza - Amilaza - Acid gras sintetaza - Pepsina - ADN_polimeraza C - Proteine de transport - Hemoglobina - Mioglobina - Transferina ~ Ceruloplasmina - Citocromi b,c,a - Serumalbumina D - Proteine contractile - Miozina ~ Actina FP. - Proteine eu rol de protectic - Imunoglobuline - Fibrinogen - Trombina F - Hormoni ~ Insulina - Hormonul adreno- corticotrop (ACTH) - Hormonul de crestere | Proteina din lapte Proteina din albugul de ow Depoziteaza fierul in splina Proteina din scminjele de grau Proteina din boabele de porumb Fosforileaza glucoza, fructoza, manoza Enzima, catalizeaza oxidarea Jactatului la piruvat Participa la sinteza glicogenului Digestia amidonului si glicogenului Participa la sinteza acizilor grasi Participa la digestia proteinelor Rol in replicarea ADN Transporta O, in singele vertebratelor Transporta O, in cclulele musculare Transporta ioni de fier in singe Transporta ioni de cupru in sange Transportori de electroni Proteina plasmatica, transporta loni, Vitamine, hormoni Filamente groase in miofibrile Pilamente subtiri in miofibrile Anticorpi care fixeaza gi imobilizeaza agentii bacterieni Precursor al fibrinci in coagularea sangelui Participa in procesul de coagulare a sdngelui Hormon hipoglicemiant Regleaza sinteza hormonilor corticosteroizi Stimuleaz& cresterea oaselor gi biomasei musculareTabela 1.1 (continuare) 17 G - Proteine structurale ~ Colagenul - w Keratina ~ Elastina - Histone - Glicoproteide Proteoglicani H - Toxine - Toxina difteriei - Veninul de sarpe, scorpion ~ Ricinul Toxina din Clostridium Principala proteina a tesuturilor conjunctive (tendoane, cartilaje) Unghii, par Tesut conjunctiv elastic (tendoane) Proteind nuclear asociaté cu ADN Anvelisul si peretele celular Secretii mucoase, lichid sinovial Toxina bacteriana Contine enzime care hidrolizeaza fosfolipidele-fosfolipaze Proteina toxica (seminte de ricin) Produce intoxicatii alimentare bacteriene botulinum 1.2 Aminoacizii 1.2.1 Caracteristici generale, Clasificare. Prin hidroliza acida, alcalini sau enzimatica a proteinelor, rezult’ aminoacizii componenti, care reprezintA unititile chimice de baz ale macromoleculelor proteice. Se cunose aproximativ 200 de aminoacizi, dar organismele utilizea7’ pentru edificiul structural al proteinelor proprii 20 - 22 aminoacizi. Toti cci 22 de a aminoacizi au o serie de caracteristici structurale comune: gruparea lor amino este in pozitia a cu doud exceptii - prolina si oxiprolina | ® gruparea aminica este indreptata spre stanga - sunt deci L - minoacizi. Forma D a aminoacizilor se gaseste in polipeptide de prigine microbiana; # cuo singura exceptic (glicocolul), tofi aminoacizii conjin cel putin un atom de carbon asimetric, avand deci activitate optica; @ prezenta simultand a celor doua grupari, carboxilica si amino, invecinate spatial, fae posibild formarea Jegaturii peptidice caracteristice moleculelor cu semnificatic biologic’ - proteinele; In functie de caracterul polar sau nepolar al radicalului R exisid 4 categorii de aminoacizi: # aminoacizi cu grupari nepolare sau hidrofobe Rb; # aminoacizi cu grupari polare neincdrcate electric Rp ionizate partial la pH - ul fiziologic; @ aminoacizi cu -— HN—C—H COOH srupiiri polare inciircate electronegativ, avand deci un caracter avid Rpa;18 @ aminoacizi cu grupari polare incarcate electropozitiv, avand deci un caracter bazic Rpb Caracterul polar sau nepolar al aminoacizilor este de o mare importanti pentru a prevedea proprietatile fizico - chimice si biologice ale proteinelor studiate. Protcinele care sunt bogate in aminoacizi polari sunt solubile in apa, in timp cc proteinele care au un continut ridicat in aminoacizi nepolari sunt insolubile in apa. Radicalul R constituie catena laterali a ficcdrui aminoacid, in timp ce catena principala reprezinta component’ structurala comuna. Particulari e structurale ale radicalului R (aciclic sau ciclic) si prezenta altor grupari chimice functionale réprezinti criteriile care stau la baza clasificarii aminoacizilor. Monoaminomonocarboxilici. - Monoaminomonocarboxilici cu grupari hidroxil Aciclici_ 4 (hidroxiaminozeizi). Monoaminomonocarboxilici cu sulf (Lioaminoaci7i) AMINOACIZI Monoaminodicarboxilici Diaminomonocarboxilici. - Homeociclici. Ciclici ~ Ileterociclici Acizii organici de la care deriva aminoacizii cu structurd alifaticd au in catena lor (2 -6) atomi de carbon: acidul acetic, propionic, butiric, valerianic, izovalerianic, caproic, izocaproic Aminoacizii homeociclici $i heterociclici confin in structura lor urmatoarele upuri de nuclee: benzenic, fenolic, imidazolic, indolic si pirolidonic. In catena laterald gruparea NH, poate ocupa si alte pozitii decat alfa: B (beta), y (gama), 4 (delta), © (epsilon). In tabela 1.2 sunt prezentati aminoacizii care participa in structura proteinelor gi principalcle lor caracteristici. Rh = radical hidrofob; Rp = radical polar nedncareat electric; Rpa ~ radical polar eu caracter acid; Rpb = radical polar cu caracter bavic.ARE | SIMBOL CU | ere mask _ | OuTeRa | MP-CAL | OLECULARA ay GRUI PA I - Amino cial menoamino monocarboxilici | _ = ae eee a | | Acid ; _ | | _. | Glicecol | amino | Gly i G Rho 15) | | | acetic | | | {oo eee | | | Acid Alanina | o amino Ala A Rh 89 | | Propionic | aa al > 1 — i, | | Acid iy | |3 Valina |. ao amino | Val | V Rh WL? | {4 zevalerianic | | | co ' — + - | 1 Acid | | | \4 | Leuciaa a amino | eu | L Rh 131 if | izocaproic | | pot j | Acid | | | [5 CHy CHC ~G-COOH ' Feeteucina «=p metil | He | I Rh 131 CH; NH) valerianic 61GRUPA [Ef - Aminoacizi cu grupiri hidroxil ( hidroxiaminoacizi ) L 2 a 4 a Se 4 | Acid a amino i | 4,C —C—COGH | Serni |). : cal Ser | 8 Rp | 105 ro | | P hidroxi propionic | | OH NH) | | | i . | . | Acid ¢ sans 7 7 ot oe | ; - CHS CH— C—~COOH freonina | {slo & Amie Thr : Rp | 119 3 Ls ses | . § hidrexi butiric t i P GRUPA II] - Aminoacizi cu sulf ( tieaminoacizi) 5 T T | | - dona | eaomy | Acido amino | | eng c — COOH Cisteina Btio propionic Cys | c Rp 121 SH NH | | | . 4 | | < ; | toning, Acid m amino | S—CH—-CH.— C—-C Aetior i : ce | NM RA 149 } ij CH=CH; : OOH | Medtionina | ymetil butiric | Met A | cH Nk> | | | 0z‘mito: monoaminodicarboxilicl si amidele lor Acid | Acid «amino | aspartic succinic t | < fect =H | Asparagina Acid @ amino Zi f amido succinic aon glutamic glutaric | Acid | Acid jamino | ' | | | ~ . | Acid @ amino | Ghatamina ¥ amidoglutaric Gin Q Rp | 146 si ~ ! a ! ee GRUPA V - Aminoacizi diamino monocarboxilici - = ey a wcateans | Acid camino mG R 4 Arginina 5 ouanidovalerianic| ““® Rpb | 174 semesters, pe wis keen aor sci ade | | | | | Timd | Acidaediamine | Lys | K Rpb | 146 | caproic | | | | | ——-— ~ 7 | 5 Hidroxi | Acid «e diamino | | Rpb | 162 | i Ho-Lys Lizina | 3oxi caproic IzGRUPA VI -. czi homeociclici 2 3 4 ra hop = 4 i 6 7 rR eld a 1 U/ SS, rn | a wr Acid Camino | | 7. € Sch,-c-coor | F mule cramming | 5 ; <> 4 ; . Fenlaianine B fenil propionic | Phe i F Rh af Me — _ __ { | 7 a | Acid & amino | | of \ 2 cape | , i *| ea 18 HOY YC G ~COOH | Tirozina 6 para hidroxi | Tyr Y¥ Rp | | = NH | | fenil propionic | ' — ee 3 | GRUPA VI - Aminoacizi heterociclici ' | cu a Oct i | Acid amino lio | PtH, C-COCH | | send — er] NaN Aa, | Histidind | imidozol propionic | His | H Rp i | . | | | | | 1 _ — 1 1 i — r —T . . mae + + . pr CH,-¢—cooH | |. Acid o amino » | | 20) e: SH, | Triptofan | ( indolil propionic | Ty w Rh | 4 | I i E peer dene | | perce = i | | 21) Protina | ACd pirolidon | pro P Rh | | 2 carboxilic | i 4 lo Hid | Hi | | 3 idroxi \cid 4 Hidroxi “8 | | 22 i roxd | Ack Hox? | | Prolina pirolidon 2 carvoxilic ooure xe | \ _ _ I | i}23 1.2.2 Aminoacizi care nu participa in structura proteinelor in afara celor 22 de aminoacizi care intra in structura proteinelor, in natura se gasesc » serie de aminoacizi care sunt constituents aj altor biomolecule sau produgi intermediari in rite procese biochimice (vezi tabela 1.3). Tabela 1.3. Aminoacizi neproteinogeni +1 CH, Formula Denumire Rol biologic COOH | ~ Component a CH, 8 Alanina dipeptidelor I carnozina gi anserind CH, - NH, - Component’ a acidului pantotenic si coenzimei A COOH | CH, Acid y amino | - Transmiterea impulsului | buticic nervos CH, GABA - Agent de blocare a 1 sinapsclor CH, - NIL, H.C - COOH | Sarcozina - Utilizard in wratamentul | HEN - ch, cancerului ILC - COOH Betaina - Rol lipolitic NH, ILC - SH | Cisteamina Component al coenzimei H.C - NH, Asi PTA H.C - SO,H Taurina - Component al acizilor H,C - NH, biliari (HC), - NH, | HC - COOH | Omitina = Intermediar al ciclului ureogenetic24 Tahela 1.3 (continuare) dees NH, | NH-C=0O H ~ Citrulina ~ Intermediar al ciclului ureogenetic (CH,), - C - COOH | Ni, 1.2.3 Proprietati fizico - chimice gi biologice ale aminoacizilor Aminoacizii sunt subsianje solide, albe, cristalizate, solubile in apa cu doud except tirozina si cisteina. Datorit acestei insolubilititi, cisteina in anumite condifii formeazd o calculoza renal - cisteinuri Cu exceptia glicocolului, amincacizii au un atom de carbon asimetri au 2 alumi de carbon asimetrici: treonina, izoleucina, hidroxilizina gi hidroxiprolina, 2, iar 4 aminoacizi 1.2.3.1 Aminoacizi esentiali Biosinteza proteinelor proprii specifice organismului este direct corelata cu aportul de aminoacizi exogeni proveni{i pe cule alimentara. Sinteza tuturor acestor biomolecule fundamentale nu poate fi efectual decat de catre plante si de unele specii de microorganisme. Organismul uman si animal in cursul evolutiei lor au pierdut capacitatea de sintez: a 8 aminoacizi pe care nu ii poate obtine decat prin aport exogen din proteinele de natura vegetala Aminoacizii care sunt absolut necesari pentru cresterea si dezvoliarea organismului uman si animal furnizati prin alimentatie au fost denumiti aminoacizi esentiali (indispensabili). Lipsa acestor aminoacizi din alimentatie, (tabela 1.4), determina o serie de tulburari foarte grave . Doi aminoacizi: histidina si arginina, sunt indispensabili organismelor in cregtere, sinteza lor endogena nu este suficienté pentru a acoperi nevoile mai mari din perioada de crestere (aminoacizi semiesentiali). Ceilalti aminoacizi pot fi sintetizati in organism prinu-o serie de reactii care au ca Tabela 1.4 Aminoacizi esentiali, semiesentiali gi neesentiali Esentiali Semicsentiali Neesentiali Valin Arginina Glicocol Leucina Histidind Alanina Izoleucina Serina Lreonina Cisteina Metionina Acid aspartic Lizina Acid glutamic Fenilalanina ‘Tirozina Triptofan Prolina Oxiprolina25 puncte de plecare diversi metaboliji; ei sunt aminoacizi neesentiali (dispensabili) si, prin urmare, pot lipsi din hrana. Carenta in anumiti aminoacizi prin aport alimentar insuficient se manifesia printr-o simptomatologie complexa: @ carenta in lisinad - determina incetinirea cresterii; @ carenta in triptofan - determina tulburiiri vasculare $i modificarea tabloului leucocitar; carenta in tirozin’ —_- determina atrofia tiroidei si hipofizei; © carenta in tioaminoacizi - determina atrofia testiculelor, degenerarea ovarclor si sterilitate. 1.2.3.2 Proprietatile ionice ale aminoacizilor Aminoacizii datorita prezentei simultane in structura lor a cel pujin unci grupari amino sia cel putin unei grupari carboxilice, se vor comporta in mod diferit in funcie de pH - ul » Solutici. Intr-o solutie apoasd coexisté 4 forme intr-un raport cantitativ dependent de natura ediului, dar in care forma nedisociaté este prezenta intr-o cantitate minima. _R—CH—COOH a | N NH> oN EY R- oa COOH NH3 AK “SR-cH-coo® # 3 Speciile ionizate nu se gasesc ca entitafi individuale, ci numai in prezenfa unui alt ion cu sarcina opusa: acid + H,O ==? H,O* + baza baza + H,O &= acid + HO7 sau evidentiind in mod separat gruparile carboxil, respectiv amino ale aminoacizilor: R- COOH + H,O€* R - COO-+ H,O7 R-NH, + H,0==R- NH; + HOM26 Disocierea acida sau bazica va fi dependenta de cate o constanté Ka sau Kb care conform legii actiunii maselor, va fi egala cu: ~ [R-c00 J.oj [re -Nu,'][E0; Ka = : Ree [R - NHJH.0] f G 3 Jeet : =~ Fr A ]= 3 I Pack [R= COO}=|R- COOH] si |R- NI, [r NH} a 7 [R - COOKH.O } Ka=[H"] sideci tog ka =-og{i"]; pk = pH Asadar, pentru a caracteriza aciditatea sau bazicilaltea aminoacizilor se folosesc cxponenfii de aciditate pK. Funcjia carboxil este caracterizata prin pK, - COOH, iar functia aminica prinu-un pK, - NH); la unii aminoacizi se adauga si a treia marime pK, corespunzatoare functiei acide aditionale (vezi tabela 1.5). Tabela 1.5. Valorile pK gi pl ale aminoacizilor (dupi Lebninger 1989) Aminoacid pK,-COOH | pK,-NH,* | pK, | pl (25°C) (25°C) 1. Glicocol 2,34 9,60 5,97 2. Alanina 2,35 9,69 6,02 3. Valina 2,32 9,62 5,97 4. Leucina 2,36 9,60 5,98 5. Tzoleucina 2,36 9,68 6,02 6.Fenilalaning 1,33 9,13 5,98 7. Prolind 1,99 10,69 6,10 8. Lriptofan 2,38 9,38 5,88 | 9. Serina 2,21 9,15 5,68 10, Treonina 2,63 10,43 6,53 LL. Tirozina 2,20 9,11 10,07 | 5,65 12. Cisteina 1,71 10,78 8,33 | 5,02 13. Metionina 2,28 21 5,75 14. Asparagina 2,02 8,80 5,41 15. Glutamin& 2,17 9,13 5,65 L6. Acid aspartic 2,09 9,82 3,86 | 2,97 17. Acid glutamic 2,19 9,67 4,25 | 3,22 18. Histidina 1,82 9,17 6,00 | 7,58 19. Lizinit 2,18 8,95 10,53 | 9,74 20. Arginina 2,17 9,04 12,48 | 10,76 Un numar de 5 aminoacizi din cei 20 cuprind in radicalul R de la Co grupari acide saul bazice: acidul aspartic, acidul glutamic, lizina, arginina si histidina. Funciile fenol din tirozina si tioalcool din cisteina sunt acizi foarte slabi care la pH - ul fiziologic se ionizeazi intr-o masura neglijabila. La acesti aminoacizi se adaug’ o constanta pK suplimentara (pK).27 La un pH egal cu semisuma valorilor pK, sarcina neta a aminoacidului este nula, in solutie existand practic numai ioni bipolari. Acest pH este denumit pH izoelectric (pl) si reprezinta o constanté dependenta de numarul de grupari amino sau carboxil pe care le contin aminoacizii respectivi. La punctul izoelectric (pl) aminoacizii se afl disociati ca anioni $i cationi in proportii egale din care cauz& nu vor migra in camp electric; solubilitatea lor este minima datorita atractillor electrostatice dintre anionii i cationii existen{i. In figura 1. este prezentata curba de titrare a alaninei, a neutralizarii functiilor ~COOH ‘si -NHG cu o solutic de NaOH Ints-o solujie cu pH diferit de pI atat aminoacizii cat gi proteinele vor avca o anumita incarcare elccirica, pozitiva sau negativa, ceea ce face sa migreze intr-un camp electric spre anod sau spre catod, find posibild separarea lor dintr-un mediu care confine mai multi aminoacizi, respectiv mai multe proteine. | 12: [H,N—cH—coo’] = [H.N-cH—co0'] CH3 CH; | [H,N-CH-COOH] CH: [HsN—CH—Co0"] CHs 1 | Echivalenti HO” Fig. 1.1 Curba de titrare a alaninei 1.2.3.3 Proprietatile chimice ale aminoacizilor Reactivitatea chimica a aminoacizilor este deierminatd de prezenya gruparii -COOH, a gruparii NH, sau de prezenja simullani a ambelor grupari. A. Propricti{ile chimice datorate gruparii carboxil @ Hormarea de amide constituie un proces de mare important’ biologica gi care are28 loc th mod eontinuu in organism. NH; Acid glutamic + Glutamini NH, Acid aspartic —- —_—» Asparagina Aminoucizii se pot decarboxila, formandu-se aminele respective. Reactiile de decarboxilare ale aminoacizilor sunt catalizate de enzime denumite aminoacid decarboxilaze care apartin clasei liazelor si care au drept coenzima piridoxal fosfatul (PALPO). R R \ | H—— fe —— H,C——NH, + CO, COOH Aminele se pot incadra in trei grupe dupa actiunea sau rolul Jor metabolic: amine biogene, structurale sau toxice. Tabela 1.6 Exemple de amine biogene Aminoacidul, | Demumire |” Formula Rol biologi de origine Acid 7 Transmiterea Acid glutamic | amino HOOC.(CIT,),-NF,, impulsului nervos butiric Cisteina Cisteamini | HS-CH,-CH,-NI, Component al coensimei A gi PTA Serink Colamini | HO-CH;-CH, NH, Component al fosfolipidelor Tirozing Tiramin’ | HO-C,H.(CH,),NU, | Tipertensiv Contractia uterului Lisin’ Cadaverint | H,N-(CH,) NH, Diamin’ torica Omnitina Putresceint | HyN-(CH,)-NU, ‘Diamina toxict Hipertensiv B. Reactii datorate grup @ Alchilarea Atat in laborator, cat si in organismul viu gruparea amino se poate metila, formandu-se derivatii metilati respectivi. In laborator "in vitro" reactia are loc in prezenta iodurii sau sulfatului de metil (CH,),SO, In vivo reactia are loc sub actiunea metilanté a unei substante specializata pentru aceast reactie: metionina activaté sau $ - Adenozil Metionini (SAM). SAM H,C - COOH ——> H, COOH | | CH NH, [Glicocol] N°SCHs [Betaina] CH,oF Betaina se adminisireaza in insuficienta hepatica. @ Dezaminarea Prin dezaminarea aminoacizilor se formeaza in organism cetoacizi intermediari metabolici de mare importanta si concomitent se formeaza si amoniac. NAD* NADH + H* R - CH - COOH S 2 nA R-C - COOH R - C- COOH ll HOH, |l NU, > NH NH, O Reactia Sanger Sub actiunea 1-fluor-2,4-dinitrobenzenului se formeaza derivatii dinitrofenilati ai aminoacizilor respectivi, compusi de culoare galbena care. pot fi separati cromatografic. Accasta relatic prezinia deoscbit interes din punct de vedere analitic,c&ci serveste ta separarea si recunoasterea aminoacizilor N-terminali din structura polipeptidelor. NO, NO» HR HE ‘ i 0.N ES HLN-CH—cooH + 0,N N=CH oot Reactia a fost uiilizati de Sanger pentru stabilirea structurii insulinei (1950). @ Reactia Edman Fenilizotiocianatul se condenseaza in mediu alcalin cu gruparea - -NH, a @ aminoacizilor sau a aminoacidului N- terminal din structura peptidelor. COOH $ COOH H Nee + N—CH N=C-N-CH 1 ot HR R [Fenit Izotiocianat] [Aminoacid] [Acid Feniltiohidantoic } Prin incalzire in mediu acid se ciclizeara formandu-se feniltiohidantoina (PTH) aminoacidului corespunzator30 i s c N7 NH gee a \ . [HOI-C—CH — (H'; Nitrometan ) 6 3 tol oR [Acid Feniltiohidantoic] [Feniltiohidantoina ] Pe peptida ramasa cu un aminoacid in minus fala de cea inijiala, se aplica in mod repelat acelayi procedeu. PTH - aminoacizii objinuti in fiecare etapa, sc identificd cromatografic, obtinandu-se secven{a tuturor aminoacizilor componenti ai peptidei luate in studiu. @ Reactia cu clorura de dansyl este de asemenea utilizata pentru identificarea aminoacidului N-terminal din structura peptidelor, prin formarea unor derivati sulfoamidici fluorescenti. IH BOGEN S03 . 2 COO! ZS cH COOH CHa Ne oN CH3 CHa {Cloruré de Dansy! ] Dezavantajul acestei_metode este acela c& permite numai determinarca primului aminoacid si reactia nu se mai poate repeta 1.3. Peptide 1.3.1 Caracterizare:generala Datoritd preventei simultane a grupirilor -COOH si -NH, a fost posibild formarea legaiturii peptidice specifica peptidelor, polipeptidelor si proteinelor. Peplidele sunt substante naturale si sintetice constituite dintr-un numar restrans de aminoacizi 2 -50 care se condenseaz intermolecular la nivelul gruparii carboxil a unui aminoacid si gruparca « amino a altei molecule de aminoacid. Constituirea moleculclor de peptide se hazeazi pe capacitatea aminoacizilor de a se lega covalent unul de altul.