CAP{TULO Metabolismo del RNA En la expresion de la informacion genética contenida en un segmento de DNA siempre intervene la generacion de una molécula de RNA. A primera vista una cadena de RNA puede parecer muy similar a una cadena dle DNA. con la tinica diferencia del grupo hidroxilo en la posicién 2” y la sustitueién de la timing por uracilo. Tal como veremos, sin embargo, estas peque'ias diferencias le confieren al RNA el potencial para una diversidad estructural ‘mucho mayor que el DNA, una diversidad que le permite asumir varias funciones celulares. Las moléculas de RNA no s6lo son portadoras y expresan informacion genética sino que tambien actian como cataliza dores. EL RNA es la Gnica molécula conocida que tiene tanto funciones infor ‘mativas como cataliticas, lo que ha producide mucha especulacién de que podria haber sido el intermedio quimico esencial en el desarrollo de la vida sobre este planeta, El descubrimiento de los RNA cataliticos ha cambiado la misma definicion de la palabra “enzima”. Muchos RNA estan formando complejos con proteinas que constituven maquinas bioquimicas complica das con una gran variedad de funciones. Con la excepcién de los genomas de RNA de ciertos virus, todas las moléculas de RNA se forman a partir de informacién contenida permanen- temente en el DNA. En un proceso denominado transcripetén, un sistema enzimatico convierte la informacién genética de un segmento de DNA en tuna cadena de RNA con una secuencia de bases complementaria a una de las cadenas de DNA. Existen tres clases principales de RNA. El RNA mensajero (mRNA) es portador de las secuencias que codifican la se- cuencia de aminoacidos de uno 0 mas polipéptidos especificados por un gen 0 conjunto de genes en los cromosomas. EI RNA de transferencia (IRA) es un adaptador que lee la informacién codificada en el mRNA y transfiere el aminoacido adecuado a la cadena polipeptidica en crecimien- to durante la sintesis proteica. Las moléculas de RNA ribosémico (rRNA) se asocian con proteins formando la intrineada maquinaria para la sintesis de proteinas, el ribosoma. Ademas de éstos, existen muchos RNA especial zados con funciones reguladoras © cataiticas La replicacion y la transcripcién differen en un aspecto importante. Durante la teplicacién se copia e] cromosoma entero dando DNA hijo que es idéntico al DNA parental, mientras que la transcripcién es selectiva: en lun momento determinado se transcribe solo un gen determinado o un grupo de genes. Se puede regular por tanto la transcripeion del DNA de modo que sélo se transcriba la informacién genética necesitada por la Célula en un momento cualquiera. Secuencias reguladoras especificas indi can el principio y et fin de los segmentos de DNA que se han de transeribir, asi como qué cadena se ha de utilizar como molde. En la regulacién también intervienen diversas proteinas que se describen mas detalladamen- te en el Capitulo 27Capitulo 25 Metabolismo det RNA En este capitulo empezamos con la descripcién de la sintesis de RNA. sobre un molde de DNA, proceso que es similar en muchos aspectos a la sintesis de DNA. A continuaci6n pasamos a la maduracién postsintética y al recambio de las moléculas de RNA. En esta discusi6n de las reacciones ost-trascripcidn se encontraran muchas de las funciones especializadas del RNA. De hecho, los sustratos de los enzimas de RNA son generalmente otras moléculas de RNA. Concluimos el capitulo con un examen de los sistemas en los que el RNA actiia de molde en lugar del DNA para la transferencia de informacién genética. Aqui las rutas de informacién se ‘expanden y cierran un circulo completo revelindose la sintesis de acidos rnucleicos dirigida por un molde como un proceso con reglas estandar independientemente de si el molde 0 el producto es RNA o DNA. La interconversiGn biologica de DNA y RNA como portadores de informacion lleva finalmente a una discusién sobre el origen de la informacién biol6- gica. Sintesis de RNA dependiente de DNA La forma mas itil de iniciar nuestra discusién sobre la sintesis de RNA es comparéndola con la replicacién del DNA tal como se describi6 en el Capitulo 24. La transcripcidn es muy similar a la replicacion en términos de recanismo quimico, polaridad (direccién de sintesis) y utilizacién de un olde. Los dos procesos difieren, sin embargo, en que la transcripeién no requiere un cebador, s6lo afecta generalmente @ cortos segmentos de una molécula de DNA y, dentro de estos segmentos, solo una de las dos cadenas de DNA acta como molde. Empezaremos nuestra discusion intro- duciendo los enzimas tesponsables de la transcripcion EI RNA es sintetizado por RNA polimerasas El descubrimiento de la DNA polimerasa y su dependencia de un molde de DNA animé a una bisqueda de un enzima que sintetizase una cadena de RNA complementaria a un molde de DNA. Tal enzima, capaz de formar un polimero de RNA a partir de ribonucledsido 3-trifosfatos, se aisl6 a partir de extractos bacterianos en 1959 por cuatro grupos de investigacion independientes. Este enzima, la RNA polimerasa dirigida por DNA, requiere, ademas de un molde de DNA, los cuatro ribonucledsidos 5° trilostatos (ATP, GTP, UTP y CTP) como precursores de las unidades nucleotidicas del RNA, asi como Mg. El enzima purificado también conte ne Zn**. La quimica fundamental de la sintesis del RNA tiene mucho en comtin con la de la sintesis de DNA. La RNA polimerasa elonga una cadena de RNA por adicion de unidades de ribonucledtido al extremo 3'-hidroxilo de la cadena de RNA, por lo que construye cadenas de RNA en la direcci6n 5°» 3". El grupo 3"hidroxilo actiia como nucleéfilo atacando el fosfato a del ribonucledsido trfosfato entrante (fal como se ilusira para la sintesis del DNA en la Fig. 24-5) y liberando pirofosfato. La reaccién glabal es (NMP), + NTP ——> (NMP),.; + PP, 5-1) RNA RNA alargeda La RNA polimerasa requiere DNA para su actividad siendo més activa con un molde de DNA bicatenario. S6lo se utiliza una de las dos hebras de DNA como molde, copiada en la direccidn 3° -» 5° (antiparalela a la nueva cadena de RNA) al igual que en la replicacién de DNA. Cada nucledtido en el RNA recién formado se selecciona segiin las interacciones de aparea- miento de bases de Watson-Crick; Ios residuos de uridilato (U) se insertan fen el RNA opuesto a residuos adenilato en el DNA molde. Los residuos 887858 Parte IV Las rutas de la informactén Figura 25-1 Transcripci6n por la RNA polimerasa fen E coll. Para sintetizar una hebra de RNA complementaria de una de las dos hebras de DNA, el DNA se desenollatransitoriamente. En la Tabla 25-1 se resumen las denominaciones de las hebras, {@) En todo momento estén desenrollados unos 17 pares de bases. En la regién desenrollada se ‘encuentra un hibrido RNA-DNA corto (unos 12 pares de bases). La burbula de transeripeién se desplaza tal como se mvestra de izquierda a derecha, manteniendo el ritmo con la sintesis de RNA. EL DNA se desenrolla por delante y se vuelve a enrellar por detrés a medida que se transcribe el RNA. Las flechas indican la dizeecién en la que han de rotar e1 DNA y el hibrido RNA-DNA para permitir este proceso, A medida que el DNA se vuelve a enrollar, se desplaza el hibrido RNA-DNA y se expulsa la hebra de RNA. (b) Superentollamiento del DNA provocado por la transcripci6n, Se forman supethélices posiivas por delante de la burbuja de transcripeién y superhélices negativas por detrés, ela misma, Superhlices negatvas guanilato y citidilato especitican citidilato y guanilato, respectivamente, en Ja nueva cadena de RNA. ‘A diferencia de la DNA polimerasa, la RNA polimerasa no requiere un ‘cebador para iniciar la sintesis. Sin embargo, el inicio de la sintesis de RNA. slo tiene lugar en secuencias especificas llamadas promotores (descritos, més adelante). La sintesis del RNA empieza normalmente con un residuo GTP 0 ATP, cuyo grupo 5’-tifosfato no es cortado para liberar PP, sino que se mantiene intacto durante toda la transcripcién. Durante la transcripcién la nueva cadena de RNA forma temporalmente apareamiento de bases con €l DNA molde formando una doble hélice de un hibrido RNA-DNA corto ‘que es esencial para la lectura correcta de la hebra de DNA (Fig. 25-1). El RNA en este daplex hibrido se “despega” poco despues de su formacién, Para permitir que la RNA polimerasa sintetice una cadena de RNA complementaria a una de las dos hebras de DNA, el diplex de DNA se ha de desenroliar en una corta distancia formando una “burbuja" de transcrip: cién, Durante la transcripeién la RNA polimerasa de E. coli mantiene generalmente unos 17 pares de bases desenrollados, desenrollando el DNA por delante y enrollandolo por detrs. Debido a que el DNA es una hélice, este proceso requiere una rotacién considerable de las moléculas de &cido nucleico (Fig. 25-14). La rotacién esté restringida en muchos DNA por proteinas fijadoras de DNA y otras barreras estructurales, por lo que el desplazamiento de una RNA polimerasa genera ondas de superenrollamien- tos positivos por delante y negativos por detrés del punto en el que se esta Produciendo la transcripci6n (Fig, 25-1b). Este superenrollamiento del DNA impulsado por le transeripcion se ha observado in vitro y en las bacterias también in vivo. En la célula, la accién de topoisomerasas alivia los problemas topolégicos causados por la transcripci6n. Una vez iniciada, Direccidn de transerpcion| &Capitulo 25 Metabolismo del RNA 859 “ransertos de RNA age —_> sr — Bex 10 po co lo transeripei6n en E. coli discurre a una velocidad de unos 50 nuclestidos por segundo, Las secuencias de dos cadenas de DNA complementarias son diferentes xy ambas cadenas realizan también funciones diferentes en la transcripcion. Se utilizan diversas designaciones para distinguir las dos cadenas (Tabla 25-1), La hebra que sirve de molde para la sintesis de RNA se denomina hebra molde o hebra menos (-). En todo cromosoma, genes diferentes pueden utilizar hebras diferentes como molde (Fig. 25-2). La hebra de DNA ‘complementaria al molde se denomina hebra no molde o hebra mas (+). Es idéntica en secuencia de bases al RNA transcrito del gen con T en lugar de U (Fig. 25:3). La hebra no molde se la denomina a veces hebra codificante aun cuando no tiene una funcion directa ni en la transeripeién ni en la sintesis de proteinas. Las secuencias reguladoras necesarias para la transcripcion (descritas mas adelante en este capitulo) se dan, por conven cién, como secuencias de la hebra no molde (0 codificante o +). @)CecTATAGCETTTE) (@) GCGATATCGCAAAG) Hebra no molde de DNA ) Hebra molde de DNA (2) ‘Transerito de RNA E.coli tiene una Gnica RNA polimerasa dirigida por DNA que sintetiza todos los tipos de RNA. Es un enzima complejo y grande (M, 390.000) que contiene cinco subunidades nicleo y una sexta subunidad, denominada 6 0 0” (M, 70,000), que se une transitoriamente al ndcleo y dirige el enzima hacia sitios especificos de inicio en el DNA (descrto seguidamente). Es- tas seis subunidades constituyen el holoenzima de la RNA polimerasa Fig. 25-4). La RNA polimerasa, tanto si es de E. coli como de otros ‘organismos, carece de actividad exonucleasa 3° — 5° correctora de pruebas ‘como la que se encuentra en muchas DNA polimerasas. La consecuencia es {que durante la transcripeién se produce un error cada 10" a 10° ribonucle6: tidos incorporados en el RNA. Dado que de un solo gen se producen muchas copias de RNA y que todos los RNA son finalmente degradados y reemplazados, un error de vez en cuando en una moiécula de RNA tiene menos consecuencias para la célula que un error en la informacién perma nente almacenada en el DNA. Figura 25-4 Estructura de subunidades de la RNA polimerasa de E.coli Las subunidades a (de la que hay dos), B, B. y 6 tienen masas moleculares relativas de 36.500, 151.000, 155.000, 11.000 y 70,000, respectivamente. La subunidad también se enomina a, Se cree que el sitio catalitico para la sSintesis de RNA se encuentra en la subunidad B. Figura 25-2 La informacién de los adenovius ests cotifeada en una moléeula de DNA bihebra (36,000 pares de bases), ela que ambas hebras contenen Codificacion de proteinas. La informacion para la mayor parte de protena esta codifieada en la hebra superior (transrita de iquierda a derecha), pero parte esté codificada en la hebra inferior y se transcribe en la direccibn opuesta La sinesis de los mRNA en los adenovirus es de becho mucho més ‘compleja de lo que se muestra aqut. Muchos de os ‘RNA que se mvestvan para la hebra superior se Shtetizaninciamente en forma de un transcrto largo que proviene de mas de dos tercios de la longitu del DNA. El anscrto se modifica ‘extensamente para produc los mRNA de la mayoria de productos génicos indviduales. Los adenovins provocan algutos tipos de inecciones del tracto Fespiratorio Superior en algunos vertebrados. Figura 25-3 Las dos cadenas complementarias de! DNA se definen por su funci6n en la transcripei6n, El transcrito de RNA se sintetiza sobre la hebra molde complementatia (~) siendo idéntica en secuencia (con U en lugar de T) a la hebra codificante no moide (+). Subunidad Enzima nicleo860 Parte IV Las rutas de la informactén Figura 25-8 Secuencias de cinco promotores de E.coli Entre ellos se encuentran promotores de ‘genes Implicados en el metabolismo de tritétano, Taciosa y arebinosa. Las secuencias varian de un promotor a otro pero la comparacion de muchos promotores pone de manifiesto similtudes en las regiones ~10 y ~35. En la parte inferior se muestran las secuencias consenso de las regiones ~10 y ~35. Ala regi6n ~10 se la denomina a menudo caja de Pribnow, en honor de David Pribnow, investigador {que la reconocié por primera vez en! 1975. Todas las secuencias mostradas son las de la hebra codificante (no molde) y se leen 5°» 3° de iaqulerda a derecha {al como es convencidn en representaciones de este tipo, Las regiones espaciadoras contienen un nimero variable de nucledtides (N), Sélo se muestra l primer nucleotido que codifica et transenito de RNA (en la posicién +1). La sintesis del RNA se inicia en promotores. El inicio de la sintesis de RNA en puntos al azar de la molécula de DNA constituria un proceso extraordinariamente malgastador. En lugar de ello la RNA polimerasa se une a secuencias especificas del DNA denominadas promotores, que dirigen la transcripcién de segmentos adyacentes de DNA (genes). Las secuencias adyacentes a los genes en donde se han de fijar las RNA polimerasas pueden ser muy variadas y muchas investiga- ciones se han centrado en la identificacion de las secuenclas que son criticas para la funeién promotora. El andliss y la comparacién de secuen- cias en muchos promotores bacterianos diferentes han puesto de manifies- to similitudes en dos secuencias cortas localizadas a unos 10 y 35 pares de bases de los puntos en donde se inicia la sintesis de RNA (Fig. 25:5). Por convencién se da el niimero +1 al par de bases que empieza una molécula de RNA, por lo que las secuencias se denominan normalmente regiones =10 y “85. Las secuencias no son idénticas en todos los promotores bacterianos pero cierlos nucleétidos se encuentran con mucha mas fre- cuencia que otros en cada posicién. Los nucleétidos mas frecuentes forrian lo que se denomina una secuencia consenso (recuerde las secuencias cconsenso de oriCen el cromosoma de E. col, ver Fig. 24-10). En la mayoria de promotores de E. colly bacterias relacionadas, la secuencia consenso de la region —10 (también denominada caja de Pribnow) es (S‘)TATAAT(’) mientras que la secuencia consenso en la region ~35 es (S)ITGACAG). roca, [ 2.40 RRR ERT Secuencia Existen muchas pruebas obtenidas de manera independiente que atesti guan la importancia funcional de estas secuencias, Las mutaciones que afectan a la funcién de un promotor determinado afectan normalmente a tno de los pares de bases de las regiones ~35 0 ~10. Variaciones naturales fn la secuencia consenso también afectan la eficiencia de la fijaci6n de la RNA polimerasa y el inicio de la transcripci6n, Diferencias en unas pocas bases pueden disminuir la velocidad de inicio en varios 6rdenes de magni- tud proporcionando un medio por el que E. coli puede modular la expre- sién de diferentes genes. Ademas, se ha demostrado directamente in vitro la uni6n especifica de la RNA polimerasa a estas secuencias (Recuadro 25-1),Capitulo 25. Metabolismo del RNA 861 Recuadro 25-1 La RNA polimerasa deja su huella en un promotor . : La técnica de la huella o de protecelén proviene arena iS 9° INCH re oe ON ce de los principios usados en la secuenciacién de : i DNA (ver Fig. 12-35) y se utiliza para identifica las ————e secuencias de DNA especificas alas que se une una proteina determinada. Se aisla y marca radiactiva- ‘mente en un extremo de una de las cadenas un i. os fragmento de DNA del que se cree que contiene las a ratat con DNasa Se ssecutencias reconocidas por la proteina fijadora de ‘que cada hebra se conta DNA (Fig. 1). El corte quimico 0 enzimatico intro- tng sola vez (en promedo) duce roturas al azar en el fragmento de DNA (en No se pueden progucie promedio una por molécula). La separacién de los SE ak productos de corte radiactivos (fragmentos rotos est unida la RNA de distintas longitudes) mediante electroforesis de alta resolucin pone de manifiesto una *escalera” de bandas radiactivas. En un tubo separado se repite e] procedimiento de corte sobre el fragmen palimerasa Sitio de cone or la DNs 4 to de DNA original al que esta unido la proteina. La protefna imide el corte del DNA en la region en la de corte se somete a electroforesis paralela ala de | los productos de la reaccién original. En la “escale ‘que esta unida, E] segundo conjunto de productos ss 4 o turlizat. Bn el paso siguiente fetecan las eras mareadas Separar los fragmentos mediante electoforesis ie pollacrlamida y visualzar las bandas mageadas sobre uta peicula de rayps X Figura 1 Analisis de proteccién del sitio de fjacién Migracton de la RNA polimerasa a un fragmento de DNA. Se eel DNA llevan a cabo experimentos separados en presencia (Gy ausencia (=) de RNA polimerasa, Fragmnento de DNA — Las bandas ausentes indican el lugar en donde estaba | ‘una la polimerasa al DNA | WOU CUCU CHA Comtinia en ta pégina siguiente962 Parte IV Las rutas de la Informectén a Hebra codifcante =~ 4c Reglones fdas por - FW RNA potmerasa 1 ra" de bandas radiactivas obtenidas de la muestra ‘que contiene la proteina se observa un agujero 0 “huella” (pisada). El agujero es debido a la protec: ciGn del DNA por la proteina fijadora y define las secuencias reconocidas por la proteina. Se puede determinar la localizaci6n precisa de este sitio de fijacién por secuenciacién directa (ver Fig. 12-38) del fragmento original de DNA incluyendo los ca- rriles de secuenciacion (no mostrados en esta fig: ra) en el mismo gel que la “huella*. En la Figura 2 se muestran los resultados de un experimento de proteccién en la fiacién de la RNA polimerasa a un fragmento de DNA que contiene un promotor. La polimerasa cubre de 50 a 60 pares de bases; la proteccion por parte del enzima se concentra en. Tas regiones ~10 y ~35. Figura 2 Resullados de proteccin de la fijacién de la RNA polimerasa al promotor fac (ver Fig, 25:5) En este experimento se marco radiactivamente el ‘extremo 5° de la hebra codifcante. El carl C es un ‘control en el que los fragmentos de DNA marcados se cortan con un reactivo quimico que produce un patron de bandas mas untforme, La RNA polimerasa se une al promotor en al menos dos pasos separa dos (Fig. 25-6). El holoenzima sé fija primeramente al DNA y migra a la regién ~35 formando lo que se denomina “complejo cerrado". A continua- ‘cin se desenrolla el DNA en unos 17 pares de bases empezando en la regién ~10, con lo que queda al descubierto la hebra molde en el sitio de iniciacién, La RNA polimerasa se fija mas fuertemente a esta regién desen- rollada formando un “complejo abierto” (el nombre refleja el estado del DNA). Seguidamente empieza la sintesis de RNA. La unién de la RNA polimerasa a los promotores esté facilitada por el superenrollamiento del DNA, lo que puede constituir una de las razones por las que el DNA celular se mantiene en un estado superenrollado positivo 0 negativo. La subunidad 6 es necesaria para asegurar el reconocimiento especitico del promotor por la’ RNA polimerasa. Una vez formados unos cuantos enlaces fosfodiéster se disocia la subunidad ¢ dejando que la polimerasa ndcleo complete la sintesis de la molécula de RNA. Algunos promotores de E. coli difieren en gran medida de los promoto- res estandar antes descritos. El reconocimiento de estos promotores estCapitulo 25 Metabolismo del RNA 863 Figura 25-6 Pasos en el inicio de la transeripcién por la RNA polimerasa de E.coli La fijacion de la RNA polimerasa a un promotor requiere dos pasos: formacién de los compiejos cerrado y abierto. La sintesis del RNA mensajero se inicia casi siempre ‘con un nucleétido purinico (Pu). N representa un nucledside cualquiera. mediado por diferentes factores o. Un ejemplo de ello tiene lugar con un. conjunto de genes denominados genes de choque térmico que se inducen, Gus productos génicos se forman en concentraciones superiores) cuando Ta célula se encuentra bajo la tensi6n que acompafa una agresion como un salto brusco de temperatura. La RNA polimerasa se une a estos promotores cuando su subunidad @ normal (éesignada 6” porque tiene una masa molecular de 70.000 Da) es reemplazada por una subunidad o diferente que es especifica para las promotores de choque térmico (ver Fig. 27-3). Esta subunidad o distinta tiene una masa molecular de 82.000 Da, por lo que se denomina 6". La utilizacién de diferentes factores o permite que la célula exprese de manera coordinada conjuntos de genes implicados en cambios importantes de la fisiologte celular. El inicio de la transcripcién esta regulado En ciertas condiciones y en diferentes fases del desarrollo pueden variar grandemente las necesidades celulares respecto a un gen dado. Para suministrar protefnas a la célula en las proporciones requeridas la transcrip- ln de cada gen esté regulada cuidadosamente. La variacién en la afinidad de la RNA polimerasa por los promotores debida a diferencias en la secuencia de éstos, tal como se ha discutido anteriormente, constituye solamente un nivel de control. Existen diversas proteinas que se unen a secuencias dentro y alrededor del promotor que activan la transcripci6n al facilitar la unién de la RNA polimerasa o que reprimen la transeripei6n al bloquear la actividad de la polimerasa, En E, coli, un ejemplo de proteina que activa la transcripcidn es la proteina activadora del gen por catabo- lito (CAP), que incrementa la transcripcién de genes que codifican los ‘enzimas que metabolizan aziicares diferentes de la glucosa cuando las células se cultivan en ausencia de ésta. Los represores, tipificados por el represor Lac, son proteinas que bloquean la siitesis de RNA en genes especificos. En el caso del represor Lac, la sintesis de RNA’ esta bloqueada en los genes de los erizimas que intervienen en el metabolismo de la lactosa cuando no hay lactosa disponible. Debido a que la transcripcién es el primer paso de una ruta complicada y energéticamente cara que lleva a la sintesis de proteinas, gran parte de la regulacin de los niveles de proteina, tanto en células bacterianas como eucaridticas, se dirige al inicio de la transcripcion. En el Capitulo 27 se describen muchos mecanismos para lograr este objetivo. Las cél eucarigticas tienen tres tipos de RNA polimeras: La maquinaria para la transcripcion en el nicleo de una célula eucaridtica es mucho mas compleja que la de las bacterias. Los eucariotas tienes tres RNA polimerasas diferentes, designadas 1, Il y Ill. Cada una tiene una funcién especifica y se fija a diferentes secuencias promotoras. La RNA polimerasa I (Pol I) es responsable dle la sintesis de un solo tipo de RNA, un holoenaima de la RNA polimerasa se fia al DNA migra hata el promotor. NA polimerass _Promot La polimerasa forma un complejo cerado cen la region 35. 1a polimerese migra Ja region 10. EIDNA se desenrllaformando complejo abierto. Webra molde Empieza la snes «el mRNA La subunida se Niberaeuando Ia pelimeraso prosigue Pr, Ings alls det @ promoter.864 Parte IV “Las rutas de la informactén Figura 25-7 Secuencias consenso de algunos elementos comunes en promotores utlizados por la RNA polimerasa Il eucaridtica, obtenidas a partir de ‘una comparacién entre 100 promotores de este tipo. Un factor de transeripei6n CTFIID) se une a la secuencia rica en A=T denominada caja TATA, Jo que facilta la fijacton de la polimerasa Esta secuenicia se encuentra normalmente unos 25 pares de bases antes del sitio de inicio del RNA. 8 ‘veces también estan presentes otros dos elementos ‘que se encuentran entre 110 y ~40: las cajas CCAAT y GC son sitios de fijacion de otros factores Ge transeripeion que afectan a la tuncion de la polimerass. La transcripcién también puede quedar afectada por otras secuencias, algunas a gran Cisiancia en el DNA (Capitulo 27). Los promotores ‘eucariéticas son mas variables que sus ccontrapartidas bacterianas y hasta algunos promotores de la RNA polimerasa Il carecen de todas las secuencias indicadas. Al igual que en la Fig. 255, las secuencias son las de la hebia codificante (oo molde), 110 40 4 eceaanor} —[acacaa} —frataaas |—fino arm - cae can cette ee om transcrito de RNA prerribos6mico que contiene el precursor de los rRNA 185, 5,88 y 285 (ver Fig. 26-12). La secuencia de su promotor varia mucho de una especie a otra. La RNA polimerasa Il (Po! ID) tiene la funcién central de sintetizar mRNA asi como algin RNA de funcidn especial. Este enzima ha de reconocer miles de promotores, muchos de los cuales comparten algunas similitudes en secuencias clave en la mayoria de eucariotas (Fig 25-7). Estas secuencias son, generalmente, sitios de unién de proteinas, enominadas factores de transcripeién, que modulan la fijacion de la RNA polimerasa al promotor. La RNA polimerasa Ill (Pol II) produce RNA, IRNA 5S y algunos RNA pequetios especializados. El promotor reconocido por la RNA polimerasa Ill esta bien caracterizado. Es interesante observar que algunas de las secuencias requeridas para el inicio regulado de la transeripcién por la RNA polimerasa II] estan localizadas centro del propio gen, mientras que otras se encuentran en localizaciones més conven les antes del sitio de inicio del RNA (Capitulo 27). Secuencias especificas seftalan la terminacién de la sintesis de RNA La sintesis de RNA transcurre hasta que la RNA potimerasa encuentra una secuiencia que provoca su disociacién. Este proceso no se conoce bien en los eucariotas por lo que nos centraremos de nuevo en las bacterias. En E. coli hay al menos dos clases de tales sefiales de terminacién o termina- dores. Una clase acta mediante una factor proteico denominado p (rho) mientras que la otra es independiente de p. La clase independiente de p tiene dos rasgos distintivos (Fig. 25-8). El primero es una regin que se transcribe en secuencias autocomplementa- rias, que permiten la formacién de una estructura en horquilla (ver Fig. 12-21) centrada 15 a 20 nuclestidos antes del final del RNA. El segundo rasgo es una serie de adenilatos en la hebra molde que se transcriben como Uridilatos al final del RNA. Se cree que la formacion de la horquilla destruye parte del hibrido RNA-DNA en el complejo de transcripci6n. El doplex hibrido restante (oligorribo-U-oligodesoxi-A) contiene una combinacion de bases especialmente inestable, con lo que simplemente se disocia el com- plejo entero. Los terminadores dependientes de p carecen de la secuencia de adeni- latos repetidos en ef molde pero normalmente tienen una secuencia corta Que se transcribe formando una horquilla. La RNA polimerasa se detiene en estas secuencias y se cisocia si esté presente la proteina p. La proteina p tiene una actividad RNA-DNA helicasa dependiente de ATP y destruye probablemente el hibrido RNA-DNA formado durante la transcripeién. El ATP es hidtolizado por la proteina p durante el proceso de terminacién pero no se conoce con detalle el mecanismo de actuacion de la proteina. La RNA polimerasa dirigida por el DNA se puede inhibir de manera selectiva 1 alargamiento de las cacenas de RNA por la RNA polimerasa tanto en bacterias como en eucariotas es inhibido espectficamente por el antibisico actinomicina D (Fig. 25-9). La porcién plana de esta molécula se intercalaCapitulo 25 Metabolismo det RNA RN cok AAAAAAAG oT 1, (yGaerecaecGaaTTa’ rGTET Ts’ EEE EEE DELL ()CCCAGCOOGCCTAAT g . ACAAAAG Ge cerrrrrrre | AAAAA AAT en ‘engeorcacccaaarracrecccecst | Tertrrs) TEEPE EEE PE eT TTT (s) CCCAGCCEECCTAATCAGCOGGE: | "repre ACAAAAG) a") |rEEETCEGECGoATTACTCGCCCOAAAAAAAACTTGTTT TG © if i (§) CCCAGCCCGCCTAATGAGCGGGCTTTTTTTTGAACAAAAG?) enel DNA de doble hélice entre pares de bases G=C sucesivos, deforman- do el DNA. Esta alteracién local impide el movimiento de la polimerasa a lo largo del molde. En efecto, la actinomicina D bloquea la cremallera. Debido a que la actinomicina D inhibe la elongacion del RNA en células intactas, asi como en extractos celulares, es muy til para identificar procesos celulares que dependen de la sintesis de RNA. La acridina inhibe la sintesis de RNA en una forma similar (Fig. 25-9). La rifampicina es un antibiético inhibidor de ia sintesis de RNA que se une especificamente @ la subunidad B de las RNA polimerasas bacterianas (ver Fig. 25-4), impidiendo el inicio de la transcripcién. Un inhibidor especifico de la sintesis de RNA en las células animales es la d-amanitina, componente t6xico de la seta venenosa Amanita phalloides. Bloquea la sintesis de mRNA por la RNA polimerasa Il y, a concentraciones elevadas, por la RNA polimerasa Ill. No afecta la sintesis de RNA en bacterias. Este hhongo ha desarrollado un mecanismo de defensa muy efectivo: una sustan- cia que inhibe la formacién de mRNA en organismos que podrian intentar comerlo pero que es evidentemente inofensiva para el mecanismo de transeripeién del propio hongo. Figura 25-8 Modelo de fa terminacién de la transenipeion independiente de p en E.coli (@) La region polU) es Sntetizade por la RNA polimeraa @) £1 apareamiento invamolecular de seevencias complementarias en el RNA forma una horqulla que estruye parte del hibrido RNA-DNA. La region hibrida AU restante es telativamenie inestable y (©) AL RNA se cisocia completamente Acricina Figura 25-9 structuras de la actinomicina D y de la actidina, inhibidores de la transeripeién del DNA. La porcisn sombreada de la actinomicina D es plana y se intercala entre dos pares de bases sucesivos C=C fen el DNA duplex. Las dos esiructuras peptidicas ciclicas de la molécula de la actinomicina D se unen al surco menor de la doble helice. La sarcosina (Gar) es la N-metiglicina; meVal representa ‘metilvalina, Las uniones entre satcosina, Lprolina y Devalina son enlaces peptidicos. La acridina tambiéa acta por intercalacion en el DNA.366, Parte IV Las rutas de Ia informacion Figura 25-10 Forinacién del transcrito primatio y su modificacion durante la maduracion del mRNA en luna célula eucaridtica. Bl casquete 5° Cen rojo) se afiade antes de que se complete la sintesis del transcrito primario. En naranja se muestran las secuencias no codificantes detras del dltimo exon. El corte y empalme puede tener lugar antes o después de las etapas de corte y poliadenilacién. “Todos los procesos aqut representados tienen lugar cen el nGcleo. Maduracién del RNA Gran parte de las moléculas de RNA en bacterias y virtualmente todas las, moléculas de RNA de los eucariotas son modificadas en cierto grado ‘después de su sintesis, Muchos de los mecanismos moleculares més intere- santes en el metabolismo del RNA se encuentran entre estas reacciones postsintéticas. El estudio de estos procesos ha puesto de manifiesto que algunos son catalizados por enzimas constituidos por RNA en lugar de proteina, El descubrimiento de los RNA cataliticos ha revolucionado el pensamiento sobre la funcion del RNA y el origen de la vida. Una molécula de RNA recién sintetizada se denomina transerito pri- mario, Quizas la maduracién més extensa de los transcritos primarios tiene lugar en los mRNA de eucariotas y en los tRNA tanto de bacterias como de ‘eucariotas. Un transcrito primario de un mRNA eucatiético contiene, mente, secuencias que abarcan un gen. Sin embargo, las secuencias que codifican el polipéptido normalmente no son contiguas. En lugar de ello, en la mayoria de casos la secuencia codificante esta interrumpida por trechos no codificantes llamados intrones; los segmentos codificantes se denominan exones (ver la discusién de intrones y exones en el DNA, p. 798). En un proceso denominado corte y empalme (splicing), sc celiminan los intrones del transcrito primario y se juntan los exones para formar una secuencia contigua que especifica un polipéptido funcional. Los mRNA eucaridticos también se modifican en los dos extremos. Se afade una estructura denominada casquete en el extremo 5° y un polimero que ccontiene de 20 a 250 residuos adenilato, poli(A), al extremo 3'. Estos procesos se esquematizan en la Fig. 25-10 y se describen mas adelante Los transcritos primarios de la mayoria de tRNA (en todos los organis- mos) también se modifican mediante eliminacién de secuencias de cada exiremo (corte) y a veces por la eliminacién de intrones (corte y empalme). En el tRNA también hay muchas bases modificadas: los tRNA maduros estin llenos de bases infrecuentes ausentes en otros &cidos nucleicos. La ltima reaccién de modificacién postsintética es la degradacién completa del RNA. Todos los RNA llegan finalmente a este destino siendo reemplazados por RNA recién sintetizado. La velocidad de recambio de los RNA es critica para determinar su grado de estado estacionario y la Velocidad a la que las células han de desconectar la expresi6n de un gen cuyo producto ya no es necesario. Transeripcion y adicion fel easqueteen 5 oe RNA polimerasa Finalzacién de leanseito primaro Transeo primarie 5 5 cone, ia roladeniacony potiadenaciny sae aka maduro 5 AAAI), (8DCapitulo 25. Metabolismo del RNA 867 Los intrones transcritos en el RNA se han de eliminar por corte y empalme En las bacterias, una cadena polipeptidica esté codificada generalmente en tuna secuencia de DNA que es colineal con la secuencia de aminoacids, siendo continua a lo largo del molde de DNA sin interrupcién hasta que se ha completado la informacién necesaria para especificar el polipéplido, La nocién de que todos los genes son continuos se vio que era falsa cuando en. 1977 se descubrié inesperadamente que, en eucariotas, los genes de los polipéptidos estén a menudo interrumpidos por las secuencias no codifi- (NMP). +P, Polinueledtido slargace La polinucleétido fosforilasa fue el primer enzima sintetizador de acido nucleico descubierto (el descubrimiento de la DNA polimerasa por Arthur Kornberg siguié al poco tiempo). La reaccién catalizada por la polinuclesti= do fosforilasa difiere fundamentalmente de las otras actividades polimeri- zantes discutidas hasta el momento en que no esta dirigida por un molde. E) enaima requiere los 5'-difosfatos de los ribonucledsidos no pudiendo actuar sobre los 5'-trifostatos homdlogos 0 sobre los desoxirribonucledsides 5 difostatos. El polimero de RNA formado por la polinucledtido fosforilasa contiene enlaces 3'5'-fosfodiéster normales que pueden ser hidtolizados por la ribonucleasa. La teaccion es facilmente reversible y puede ser impulsada en la direcci6n de rotura del polinucledtido al incrementar laCapitulo 25 Metabolismo det RNA 881 concentracién de fosfato. La funcién probable de este enzima en la célula es la degradacién de mRNA para formar nucledsidos difostatos, Debido a que la reaccién de la polinuclestido fosforilasa no utiliza un molde no forma un polimera con una secuencia de bases especifica, La reacci6n transcurre tanto con un solo nucledsido difosfato como con los cuatro. La composicién de bases del polimero del enzima refleja las concentraciones relativas de los sustratos 5'-difosfato en el medio. La polinuclestido fostorilasa se puede utilizar en el laboratorio para la preparacién de muchos tipos diferentes de polimeros RNA con diferentes secuencias y frecuencias de bases. Polimeros de RNA de este tipo hicieron posible deducir e! c6digo genético de los aminoacidos (Capitulo 26). Sintesis de RNA y DNA dependientes de RNA En nuestra discusi6n sobre la sintesis de DNA y de RNA hasta este momen- to, el papel de hebra molde se ha reservado al DNA. No obstante, los cenzimas que utilizan un molde de RNA en la sintesis de cidos nucleicos estén distribuidos de una manera sorprendentemente amplia. Con una excepci6n muy importante, estos enzimas s6lo juegan un papel modesto en las rutas de informacion. La excepcién son los virus que contienen un Renoma de RNA, Estos virus son la fuente de la mayor parte de polimerasas dependientes de RNA caracterizadas hasta el momento. La existencia de replicacion del RNA requiere una elaboraclon de las rutas informativas descritas en la introduceién de la Parte IV de esta obra (p.790) (Fig. 25-28). Las rutas adicionales son importantes, no s6lo porque los enzimas que intervienen en ellas son muy tiles en la tecnologia del DNA recombinante (Capitulo 28), sino porque tienen profundas implicacio- nes para cualquier discusién sobre la naturaleza de las moléculas autorre- plicantes que pudiesen haber existido en épocas prebidticas. La transcriptasa inversa produce DNA a partir de RNA virico Ciertos virus RNA de tejidos animales contienen dentro de la particula virica una DNA polimerasa de caracteristicas Unicas dirigida por RNA y denomi- nada transcriptasa inversa. Durante la infeccion el RNA monohebra que constituye el genoma virico (~ 10.000 nucleétidos de longitud) y el enaima entran en la célula huésped en la que la transcriptasa inversa cataliza la sintesis de una cadena de DNA complementaria al RNA virico (Fig. 25-29). EL mismo enzima degrada la cadena de RNA en el hibrido RNA-DNA resultante teemplazéndalo por DNA. El DNA diplex asi formado a menudo queda incorporado en el genoma de la célula huésped eucaridtica. En algunas condiciones estos genes vticos integrados (y en estado durmiente) se activan y transcriben generando nuevos virus. Figura 25-29 Infeccin retrovirica de una eélula de mamifero e integracién del retrovirus en et cromosoma huésped. La integracién tiene muchas. ccaracteristicas de la insercion de transposones en bacterias (Fig, 24-40). Por ejemplo, se duplican unos ‘cuantos pares de bases del DNA huesped en el sitio de integraciéin formando repeticiones cortas (4 a 6 pares de bases) a cada extremo (no mostrado). Obsérvese que en la infeccidn de Ia célula huésped tambien entran, con la paricula vtiea, transcriptasa Jnversa y un IRNA apareado al RNA virco, La funcion de este tRNA se describied en el texto. DNA Thmcpsn ( ao Prottina Figura 25-28 Ampliacion del dogma central que incluye la sintesis de RNA y DNA dependiente de RNA. (Genoma de RNA882 Parte IV. Las rutas de Ia fnformacién La existencia de transcriptasas inversas en virus fue predicha por Ho- ward Temin en 1962 demostrandose finalmente la existencia de esos ‘enzimas en tales virus por Temin e, independientemente, por Baltimore en 1970. Su descubrimiento despert6 mucha atencién, especialmente porque constitula la prueba molecular de que la informacion genética puede a veces flu “hacia atras" desde el RNA al DNA. Los virus RNA que contienen transcriptasa inversa también se conocen como retrovirus, Los retrovirus tienen tipicamente tres genes: gag (que proviene de la historica designacién “group associated antigen"), poly env (Fig. 25-30). El gen gag codifica una “poliproteina” que se corta dando tres 0 cuatro proteinas que constituyen e! niicleo interior de la estructura de la particula virica. La proteasa que cataliza este corte forma parte de la propia polipro- tena en muchos retrovirus. El gen pol codifica la transcriptasa inversa. La transcriptasa inversa tiene a menudo dos subunidades, a y B; el gen pol codifica la subunidad B (M, 90.000) mientras que la subunidad a CM, 65.000) es simplemente un fragmento proteoltico de la subunidad B. El producto del gen po/es también una poliproteina que incluye la transeripta- ‘a inversa y una integrasa separada necesaria para insertar el DNA virico en el genoma del huésped. La integrasa se separa de la transcriptasa inversa por la proteasa antes descrita. El gen env especifica otra poliproteina de la que proceden las proteinas de la cubierta virica, A cada extremo de los David Baltimore RNA lineales existen repeticiones terminales largas (LTR) que son secuen- cias de unos cuantos centenares de nucledtidos. Contienen secuencias requeridas para la integracion en el DNA del huésped y para la regulacion de la expresi6n génica del virus Howard Temin Lure NA dela cevianiisped MME 7 Tse Figura 25-30 Esirictura general de un genoma “os hessPed integrado de retrovirus. Las repeticiones terminales largas (LTR) tienen secuencias que se necesitan para ia regulacin y el inicio de la wansevipeion. La seeuencia matcada y es necesaia para el éempaguetamiento de los RNA retrovireos en paniculas vricas maduras. Y poliproteina con poliproteina que Torna las transerptasa forma las proteins del liversa e poteinas deta sncleo del virus. Imegras, ‘eublera dol rus Las transcriptasas inversas viricas contienen Zn**, al igual que todas las DNA y RNA polimerasas, Presentan la maxima actividad con RNA de su propio tipo de virus pero pueden utilizarse experimentalmente para produ cit DNA complementario a muchos RNA. Las transcriptasas inversas catali zan tres reacclones diferentes: (1) sintesis de DNA dirigida por RNA, (2) degradacién de RNA y (8) sintesis de DNA dirigida por DNA. Las transcriptasas inversas requieren un cebador para su sintesis inicial de DNA. El cebador es un tRNA incluido dentro de la panticula virica (obtenido durante una infeccién anterior), apareado en su extremo 3' con una secuen- cia complementaria en el RNA virico. La nueva cadena de DNA se sintetiza en la direccién 5'-» 3° al igual que en todas las reacciones de RNA y DNA polimerasas. Las transcriptasas inversas, lo mismo que las RNA polimerasas, carecen de actividad exonucleasa 3° -» 5° correctora de pruebas. General- mente tienen una tasa de error de aproximadamente uno por cada 20.000 nucleétidos.aftadidos, similar a la fidelidad esperada en funcién de la selecci6n de base. El resultado es que la transcripcién inversa presenta una tasa de error relativamente elevada siendo éste un rasgo de la mayoria de enzimas que replican genomas de RNA de estos y otros virus RNA. UnaCapitulo 25 Metabolismo det RNA 883 consecuencia probable es una velocidad de evolucién mas elevada, lo que puede ser un factor en la aparici6n frecuente de nuevas cepas de virus pato- genos. Las transcriptasas inversas se han convertido en reactivos importantes en el estudio de las relaciones DNA-RNA y en el clonado de DNA. Permiten la sintesis en el laboratorio de un DNA complementario en secuencia de bases a cualquier molde de RNA, sea mRNA, tRNA o rRNA. Un DNA (CDNA). Mas adelante veremos de qué manera se utiliza este proceso para clonar genes celulares (Capitulo 28). Algunos retrovirus producen céncer 0 SIDA. Los retrovirus han jugado un papel importante en avances recientes del conocimiento molecular sobre el cancer. La mayoria de retrovirus no matan sus células huésped. Permanecen integrados en el DNA celular y se replican con el mismo. Algunos retrovirus, sin embargo, tienen un gen adicional que puede hacer que la célula se vuelva cancerosa (es decir, crezca anormal- mente) clasificéndose estos virus como virus tumorales RNA. El primer virus de este tipo estudiado fue el virus del sarcoma de Rous (también llamado virus del sarcoma de las aves; Fig. 25-31), nombrado en honor de Peyton Rous que estudié tumores de gallinas que en la actualidad se sabe que estan provocados por virus. El gen causante del céncer en este y otros virus tumorales se denomina oneogén, Desde el descubrimiento original de los oncogenes por Harold Varmus y Michael Bishop, se han encontrado mas de 40 de estos genes en retrovirus. LR, LR El cncer es el resultado de una disfunciOn en los mecanismos celulares normales que regulan la division celular. Un tumor canceroso esta formado por células que crecen fuera de control debido a este malfuncionamiento (ver Fig. 6-18). Los oncogenes de los retrovirus provienen de genes celula- res normales denominados proto-oncogenes, incorporados en el genoma virico por mecanismos raros de recombinacién. Los proto-oncogenes gene. ralmente codifican proteinas que intervienen en la division celular, erect miento y desarrollo normales. Sin embargo, los oncogenes tienden a diferir ligeramente en secuencia de los proto-oncogenes y de ahf que la actividad de sus productos proteicos pueda diferir de la de sus anslogos celulares. Entre los oncogenes conocidos se cuentan genes de tirosina quinasas, factores de crecimiento, receptores de factores de crecimiento y proteinas G, todos los cuales se sabe que participan en la sefalizacion del control de! crecimiento normal (Capitulo 22). Algunos oncogenes codifican proteinas rnucleares que intervienen en la egulacién génica. La sobreexpresidn de las proteinas codificadas por oncogenes por el retrovirus integrado contribuye a un desequlibrio que hace que las células crezcan fuera de control. El cancer se puede inducir sin la participacion de un virus, mediante mutacio- nes en los proto-oncogenes celulares de los que derivan los oncogenes. EL estudio de estos genes esta proporcionando conocimientos sobre los meca- nismos que controlan el crecimiento y desarrollo normales, asi como las ‘modificaciones en estos mecanismos que pueden conducir al céncer. El virus de la inmunodeficiencia humana (HIV), el agente causal del sindrome de inmunodeficiencia adquirida (SIDA), ¢s también un retrovirus. Figura 25-31 Genoma de! virus del sarcoma de Rous, El gen src codifica una proteina quinasa ‘specifica de tirosina, una clase de enzimas de funeién conocida en sistemas que alectan a la division celular, interacciones intercelulares y ‘comunicacion intercelular, El mismo gen se encuentra en el DNA de pollos normales y en el genoma de muchos eucariotas entre ellos et hombre. Cuando se asocia con el virus este oncogén se expresa en concentraciones anormalmente clevadas con lo que contribuye a la division cellar no regulada y al cancer.Recuadro 25-2 Figura 1 3° Arido-2'3°- proteina -» DNA en su forma més sencilla, Se han de sintetizar precursores y el salto desde L-19 IVS a una RNA polimerasa dependiente de un molde verdadero es realmente grande. Los enaimas proteicos aparecieron probablemente a través de una serie ‘compleja de pasos evolutivos que coincidieron con el desarrollo de un cOdigo genético y que permitieron que se reprodujesen secuencias protei cas especificas que tenian propiedades iiiles. A medida que se desartolla-Figura 25-36 Ejemplos de mezela de exones durante la evolucién. Los exones que codifican dliversos dominios proteicos se indican por ccuadrados coloreados (el tamaio del recuadro 0 €s representativo del tamaiio del ex6n y no se muestra la variaci6n en el tamafio de los intrones interpuestos). Los exones mas a la izquierda codifican dominios cerca del extremo amino-terminal de la proteina. Un dominio proteico ‘denominado repeticidn del EGF (factor de ‘crecimiento epidérmico) contiene unos 40 minoacidos y seis residuos Cys (tes enlaces disulluro), Elexén que codifica la repeticion EGF (rojo) corresponde a 8 de los 24 exones del gen de la proteina precursora del EGF. Un exon muy similar aparece tres veces (de 18 exones) en el gen del receptor de la LDL, dos en el gen del factor IX de la coagulacién sangufnea y una vez en el gen de la proteina tisular actvadora del plasmmin6geno. Los genes del receptor de la LDL y del precursor del EGE comparten una region de homologia mas larga tal como se puede observar. Ciertos exones del gen del receptor de LDL (cuadrados verdes) ccorresponden a un dominio que también aparece tuna vez en un componente proteico del sistema jnmune denorinado factor del complemento C9, En 1 gen del receptor de la LDL, esta secuencia repetida aparece siete veces; Cuatro de éstas se ‘encuentran en exones separados y tres en el mismo ‘ex6n. Durante la evolucidn se perdieron probablemente dos intrones ({lechas) que separaban las repeticiones en este citimo ex6n. En total, 13 de los 18 exones encontrados en el gen del receptor de la LDL se encuentran también en genes de otras proteinas. Proteina precursora el EGF Parte IV. Las rutas de la informaciin ron rutas (y enzimas) para la conversion de RNA en DNA, DNA en DNA y. DNA en RNA, la superior estabilidad del DNA habria conducido graduai- mente a su adopcién como polimero de almacenamiento a largo plazo de Ja informacion. La RNA replicasa y la transcriptasa inversa pueden ser versiones modemas de enzimas que en cierto momento jugaron papeles importantes en la transici6n al sistema modemo basado en el DNA. Una vez aparecidas las proteinas, se constituyeron en el foco de la seleccién natural ya que las células requerian una bateria de catalizadores y componentes estructurales cada vez mayor. Los intrones proporcionaron una clave importante de uno de los mecanismos mediante el que probable- mente evolucionaron las proteinas. Los intrones podrian tener dos origenes evolutivos: 0 bien (1) estaban presentes en los primeros genes perdiéndose sgradvalmente de las bacterias 0 (2) se insertaron en genes (principalmente eucariticos) de forma gradual durante el tiempo evolutivo. Las pruebas de que se dispone actualmente favorecen la primera ruta evolutiva. Por ejem- plo, los intrones se encuentran en las mismas posiciones en algunos genes ‘en organismos tan dispares como la levadura y e! hombre aparte de que la ‘maquinatia de corte y empalme de los mRNA de mamifero corta y empalma los genes de levadura. Es probable que los intrones estuviesen presentes, junto con un mecanismo de corte y empalme, en las primeras células Segin esta vision, los intrones ayudaron a formar los primeros genes a panir de piezas variadas perdiéndose gradualmente en las bacterias y en ciertas especies de levadura a medida que sus genes se perfeccionaron de cara a una division celular rida. Las bacterias, que producen una 0 mas generaciones nuevas cada hora, evolucionan mucho mas répidamente que €] hombre Los intrones separan a menudo regiones de DNA (exones) que codifi- can distintos dominios de plegamiento de un polipéptido. En la evolucin, la separacién de estos exones permitiria su recombinacién o mezcla para crear nuevas proteinas consttuidas por dominios de estabilidad comproba: da. Los intrones proporcionan una region amplia de DNA en donde puede tener lugar la recombinacion con pocas probabilidades de que sea perjudl- cial para la informacion codificada en los genes. Se han encontrado varios ejemplos notables de dominios completos codificados dentro de un solo ex6n asi como ejemplos claros de mezela de estos dominios durante la evolucién, Quizés el mejor ejemplo es un exdn que codifica un dominio pequefio (~ 40 aminodcidos) en la protefna precursora de 1.217 aminosci- dos de la que proviene la hormona peptidiea factor de crecimiento epidér- mico (EGF) (Fig. 25-36). Este dominio también se encuentra en otras proteinas como el receptor de la lipoproteina de baja densidad (LDL) y las proteinas coaguladoras de la sangre factor IK, factor X y proteina C. El receptor de la LDL ¢s, a su vez, un mosaico de dominios derivados de otras “WHI Regiones homologas Receptor de LDL mame -CHO}CHIHEAEHO-O- en cee OOO THM aHHHH-Capitulo 25 Metabolismo del RNA. 889 proteinas. De sus 18 exones, 13 codifiean dominios homélogos a los encontrados en otras protefnas. Esta claro que muchas proteinas proviene de la mezcla de exones durante la evolucién. Walter Gilbert y colaborado- res han sugerido que todas las proteinas actuales pueden haberse formado a partir de s6lo 1,000 a 7.000 exones primitivos que codificaban pequetios polipéptidos de 30 a 50 aminoacidos cada uno. El origen de la vida supone ain un reto intelectual de gran magnitud. Aunque no podemos volver atrés miles de millones de afios y observar los, hechos directamente muchas pistas de! rompecabezas se hallan en la quimica fundamental de las células vivas. Walter Gilbert Resumen La transetipei6n esti calalizada por la RNA polimera: sa dirgida por DNA, complejo enzimatico que sintet za RNA complementario a un segmento de una hebra la hebra molde) de DNA diplex, a partir de ribonu: ledsidos 5tifoslatos. Para iniiar la transcripcién, la NA polimerasa se fja a un sitio del DNA denominado promotor. La RNA polimerasa bacteriana requiete una subunidad especial para reconocer el promotor. Sien- do la primera etapa comprometida en la transcripcion, la fijaci6n de la RNA polimerasa a los promotores esta sujeta_a muchas formas de regulacion. Las células eucarioticas tienen tres tipos diferentes de RNA poli ‘merasas. La transeripcién finaliza en secuencias espe ciffeas denominadas terminadoras. A parti de un solo en se puede trancribir simulténeamente muchas co- pias de una cadena de RNA. Las RNA ribosdmicos y los RNA dle transferencia se fabrican a partir de RNA precursores més largos que se recortan por nucleasas al tiempo que se modifiean enzimaticamente algunas bases para dar los RNA ma: dutos. En los eucariotas los RNA mensajeros también se forman a partir de precursores més largos. Los luanscritos primarios de RNA a menudo contienen regiones no codificantes denominadas intrones, que se eliminan por corte. Los intrones del grupo I se encuentran en tRNA y su eliminacion requiere un cofactor de guanosina. Algunos intrones de los gru pos Ly Il son eapaces de autacorte y empalme: no se Fequieren enzimas proteicos, Los precursores nuclea: res del mRNA tienen una tercera clase de intrones que se cortan y empaiman con la ayuda ce complejos RNA-protesna denominados snRNP. La cuarta clase de intrones, que se encuentra en algunos tRNA, son los Sinieos conocidos que se cortan y empalman con la colaborecién de enzimas proteicos. Los RNA mensaje tos también se modifican mediante la adieién de un residuo T-metilguanosina en el extremo 5’ asi como por el corte y poliadenilaci6n posterior en el extremo 3° que forma una larga cola de poli(A. Los intrones que se autocortan y el componente RNA de la RNasa P (el enzima que corta el extremo 5 de los precursores de los 1RNA) forman una nueva Clase de catalizadores biologicos denominados riboz: mas. Tienen las propiedades de enzimas verdaderos al. tiempo que son cataizadores efectivos. Promueven dos tipos de reaccién, rotura hidrolitca y transesteri cacién, uilizando RNA como sustrato. El intron conta do del rRNA, del grupo I, obtenido de Tetrakymena, Induce una combinacion de estas reacciones que da lugar a un tipo de reaccién de polimerizacion del RNA. El estudio de estas reacciones asi como de los ppropios intrones ha proporcionado nuevos conoci mientos sobre posibles rutas de la evolucién biogul: a polinuclestido fostorilasa puede formar revers bblemente polimeros tigo RNA a parti de ribonucle6si- dos 5°-difosfatos, afadiento o eliminando ribonucles- tidos del extremo 3'-hidroxilo del polimero, Actia in vivo degradando el RNA. Las DNA polimerasas dirigidas por RNA, también denominadas transcriprasas inversas, se producen en cBlulas animales infectadas por virus RNA denomina- dos retrovirus, Estos enzimas transcriben el RNA virico 4 DNA. Este proceso puede utiizarse experimental- mente para formar DNA complementario, Muchos lransposones eucaridticos estén relacionados con los retrovirus incluyendo su mecanisma de transposicién un intermedi RNA. El enzima que sintetiza los teli- meros, denominado telomerasa, es una transeriptasa inversa especializada que contiene un molde intemno de RNA, Las RNA polimerasas diigidas por RNA, o replica: sas, se encuentran en células bacterianas infectadas or ciertos virus RNA. Presentan una especificidad de molde hacia el RNA vitico. La existencia de RNA catallticos y de rutas para la Interconversién de RNA y DNA ha conducido a la especulacion de que los seres vivos més primitivos estaban consttuidos enteramente, o en una gran pat- te, por moléculas de RNA que actuaban tanto en el almacenamiento de informacién como en la catlisis de la replicacion,Bibliografia Parte IV. Las rutas de la informactén General Darnell, JAE, Jr. (1985) RNA. 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Cel! 68, 531-533, Discusién sobre las condiciones que se cree existian ‘en la tierra cuando aparecis la vida. Perlman, PS. & Butow, R.A. (1989) Mobile introns and intron-encoded proteins. Science 246, 1106-1108. Este articulo describe una clase de. interés ‘capaces de colonizar genes homélogos que carecen de iturones. 1. RNA polimerasa ;Cusnto tardaria la RNA polimera ‘sa de E. coli en sintetizar el transctito primario de los IRNA de E. coli (6.500 bases)? 2. Coreccidn de errores por las RNA polimerasas Las DNA polimerasas pueden corregir errores, pero las RNA polimerasas no parecen tener esta capacidad. Dado que un solo error en una base tanto en la replicaci6n como en la transeripcién puede conducir a un error en la sintesis de proteinas, gpuede dar una explicacion biol6gica posible de esta notable diteren- 3. Velocidad de transcripcisn A pani de lo que sabe sobre la velocidad a la que la RNA polimerasa de E.colisintetiza RNA, prediga qué longitud recorrerd la “burbuja” de transcripcién formada por la RNA poli- merasa a lo largo del DNA durante 10 s. 4. Maduracién post-ranscripcién de! RNA Prediga los ‘efectos probables de una mutacién en la secuencia GDAAUIAAA en un transcrito de mRNA eucaritico, 3. Hebra codificante frente © hebra mold EL genoma ide RNA del fago QB es la hebra no molde o (+) que ‘cuando se introduce en la célula funciona como mRNA. Suponga que la RNA replicasa del fago QB sinttiza principalmente la hebra (~) de RNA incorpo: randola a las particulas viricas a diferencia de las hebras C+). :Cual serfa el destino de la hebras (-) al Temin, HLM. (1976) The DNA provirus hypothesis the establishment and implications of RNA-directed DNA synthesis. Science 192, 1075-1080 Discusién de la propuesta original de la transcripcion inversa en fos retrovirus Varmus, H. (1987) Reverse transcription. Sei. Am. 257 (septiembre), 56-54. Varmus, H.E. (1989) Reverse transcription in bacte- ria. Cell 56, 721-724 entrar en una nueva célula? {Qué enzima necestaria incluir en la particula vriea una de estas hebras (=) para invadir con éxito una célula huésped? 6. Quimica de ia biosintesis de dcidos nucleicos Des- criba tres propiedades comunes a las reacciones cals lizadas por la DNA polimerasa, RNA polimerasa,trans- ‘riptasa inversa y RNA replicasa, 7. Corte y empaime de RNA {Cuil es el nimero mini- mo de reacciones de transesterficacion necesarias para cortar y empalmar un intrén de un transcrito de mRNA? {Por qué? 8, Telomerasa Suponiendo que el componente RNA de la telomerasa esté fijado dentro de la estructura proteica gen qué aspecto podria diferir el sitio activo de este enzima del sitio activo de las transcriptasas Inversas, RNA polimerasas y DNA polimerasas? (Suge- rencia: los tres ltimess enzimas adicionan nuclestidos de uno en uno.) 9. Genomas RNA Los virus RNA tienen genomas rela tivamente pequetios. Por ejemplo, los RNA monohe- bra de los retrovirus tienen unos 10.000 nucledtidos y eI RNA del QB sélo tiene 4,220 nuclestidos. Dadas las propiedades de la transcriptasa inversa y de la RNA replicasa descritas en este capitulo gpuede sugerir una az6n para que estos genomas viticos sean tan pe: quetios?