Mikrobiologi:

merupakan ilmu yang mempelajari tentang makhluk hidup atau organisma

yang berukuran sangat kecil sehingga memerlukan alat bantu untuk
melihatnya.
Bakteri :
Bakteri Bacillus thuringiensis sebagai biopeptisida
Bakteri Rhizobium leguminosarum. sebagai biofertilizer
Bakteri Rhizobium adalah salah satu kelompok bakteri yang berkemampuan sebagai penyedia hara
bagi tanaman
Bakteri Pasteuria penetrans sangat potensial untuk dikembangkan sebagai salah satu komponen
pengendalian nematoda pada tanaman lada.
Bacillus sp = bakteri yang berfungsi nenguraikan bahan-bahan organik menjadi bahan-bahan
anorganik yang dapat langsung dimanfaatkan sebagai nutrisi oleh tanaman.
Nitrobacter = bakteri yang mampu menyusun senyawa nitrat dari amoniak yang berlangsung secara
aerob di dalam tanah.
Azotobacter chroococcum = bakteri yang mampu mengikat nitrogen bebas dari udara dan
mengubahnya menjadi suatu senyawa yang dapat diserap oleh tumbuhan.
Jamur :
Trichoderma sp mempunyai kemampuan untuk mengkolonisasi rhizosfer dengan cepat dan
melindungi akar dari serangan jamur penyakit, mempercepat pertumbuhan tanaman dan
meningkatkan hasil produksi tanaman.

Mikoriza vesikular-arbuskular (MVA) memperbaiki hasil tumbuhan dan mengurangi masukan

pupuk pada tanaman pertanian.
JAMUR Metarhizium anisopliae SEBAGAI AGENS PENGENDALI HAYATI SERANGGA
Beauveria bassiana SEBAGAI AGENS PENGENDALI HAYATI SERANGGA

Alat dan bahan

1. Preparat ulas
2. gram positif bacillus subtilis dan gram negatif Ralsonia
3. crystal violet
4. aquades
5. iugols iodine
6. ethanol 96%
7. safranin

Pengecatan gram dilakukan dalam 4 tahap yaitu :

1. Pemberian cat warna utama (cairan kristal violet) berwarna ungu.
2. Pengintesifan cat utama dengan penambahan iod.
3. Pencucian (dekolarisasi) dengan larutan alkohol 96%.
4. Pemberian cat lawan yaitu cat warna safranin.

Perbedaan dasar antara bakteri gram positif dan negatif adalah pada komponen dinding selnya.
Kompleks zat iodin terperangkap antara dinding sel dan membran sitoplasma organisme gram
positif, sedangkan penyingkiran zat lipida dari dinding sel organisme gram negatif dengan pencucian
alcohol memungkinkan hilang dari sel. Bakteri gram positif memiliki membran tunggal yang dilapisi
peptidohlikan yang tebal (25-50nm) sedangkan bakteri negative lapisan peptidoglikogennya tipis (1-3
nm).

Jamur Uniseluler (bersel 1) :

Rhizopus oryzae (Ragi Tempe), Mucor javanicus (ragi tape), Glomeromycota (Mikoriza)
Jamur Multiseluler (bersel banyak) :
Jamur benang, Auricularia polytricha (jamur kuping), Volvariella volvaceae (jamur merang)
 Dasar Pengelompokkan Fungi

Dalam klasifikasi, kingdom Fungi dikelompokkan menjadi beberapa divisi

yaitu : Zygomycota, Ascomycota, Basidiomycota dan Deuteromycota berdasarkan struktur
tubuh dan cara reproduksinya.

Zigomycota

Tubuhnya bersel banyak, dinding sel dari kitin, hifa tidak bersekat, kumpulan hifa
membentuk miselium, pembiakan aseksual ( vegetatif ) tidak membentuk zoospora, tapi
membentuk sporangium dengan banyak spora yang warnanya hitam, pembiakan seksual
dengan fusi (penggabungan) dari gametangia berinti banyak pada ujung hifa membentuk
sebuah zigospora berinti banyak, hidupnya : saprofit dan parasit

Contoh :

Rhyzopus stolonifer jamur yang membuat roti menjadi bulukan

Rhyzopus oryzaejamur untuk membuat tempe.

Ascomycota

Tubuhnya bersel satu dan bersel banyak, yang bersel banyak membentuk hifa bersekat,
kumpulan hifa membentuk miselium, pembiakan aseksual ( vegetatif ) membentuk spora
aseksuall yang disebut konidia / konidium / konidiospora dan dengan membentuk
tunas,pembiakan seksual dengan gametangia + dan gametangia membentuk spora askus
hidupnya : saprofit dan parasit

Contoh jamur Ascomycotina :

Sacharomyces cerevisae untuk pembuatan tape, minuman keras , roti, kue.

Penicillium raqueforti dan Penicillium camemberti untuk pembuatan keju

Penicillium notatum dan Penicillium chrysogenumuntuk pembuatan pinisilin (antibiotik).

Aspergillus oryzae untuk pembuatan melunakkan adonan roti .

Aspergillus niger untuk menghilangkan Oksigen dan menjernihkan sari buah.

Aspergillus wentii . untuk pembuatan sake, kecap, tauco, asam sitrat.

Aspergillus flafus menghasilkan racun berupa aflatoksin.

Aspergillus fumigatus parasit pada paru-paru burung.

Aspergillus nidulans menyebabkan penyakit pada telinga ( automikosis ).

Neurospora sitophila untuk pembuatan oncom.

Trichoderma reesei menghasilkan enzim yang dapat menguraikan cellulose, enzim sellulosa
ini dapat dipergunakan dalam produksi Protein Sel Tunggal ( PST ).

Basidiomycota

Bersifat makroskopis umumnya memiliki tubuh buah yang besar ( mudah dilihat dengan mata
telanjang ), tubuhnya bersel banyak, membentuk hifa bersekat, dengan inti satu atau
dua kumpulan hifa membentuk cabang yang membesar ( basidium ), mempunyai tubuh buah
( basidiokarp ) bentuk ada yang seperti : payung,lembaran, pembiakan aseksual ( vegetatif )
membentuk tunas,konidia dan fragmentasi miselium., fragmentasi adalah memutuskan
sebagian tubuh yang berupa benang (hifa) untuk menjadi individu baru ( jamur).pembiakan
seksual dengan konjugasi atau dengan basidiospora yang dibentuk dalam basidium

Di sekitar kita banyak ditemukan macam-macam jamur. Jamur yang sesungguhnya adalah
tumbuh dari Basidiomycotina, seperti jamur merang jamur kayu dan jamur kuping. Dari
tubuh buah dapat diamati struktur basidium dan sporanya dengan cara menyayat bagian
permukaan bawah tubuh buah yang berupa sekat atau berlubang-lubang. Penyayatan tubuh
buah dapat dipakai silet yang tajam untuk dibuat sediaan kemudiaan diamati dengan
mikroskop.

Contoh lain jamur Basidiomycota :

jamur karat (Ustilago) dan jamur api (Puccinia graminis). Ustilago maydis hidup parasit pada
tanaman jagung. Gejalanya ialah terjadinya pertumbuhan yang abnormal pada buah, daun
atau batang jagung, banyak jamur dari Basidiomycotina ini tubuh buahnya dapat dimakan
dan telah dibudidayakan seperti : Agaricus (Champgnon) dan jamur tiram (Pleurotes).

Deuteromycota

Disebut Fungi imperfecti ( jamur tidak sempurna ), Memiliki hifa yang bersekat, dapat
membentuk spora vegetatif disebut konidium, belum diketahui pembiakan generatifnya.

Contoh jamur Deuteromycotina :

Epidermophyton floocosum menyebabkan penyakit kaki pada atlit.

Epidermophyton , Microsporum dan Trighophyton menyebabkan penyakit kurap.

Chytridiomycota
Divisio Chytridiomycota sering dianggap sebagai bentuk peralihan antara divisio Protista dengan
divisio Jamur. Akan tetapi, para ahli sistematika molekuler yang membandingkan urutan protein dan
urutan asam nukleat divisio ini dengan jamur, telah menemukan bukti bahwa Chytridiomycota
termasuk golongan jamur.
Sebagian besar Chytridiomycota merupakan organisme akuatik, beberapa di antaranya bersifat
saprofitik dan parasit pada invertebrata akuatik. Ciri utama divisio ini adalah nutrisi yang absorbtif dan
dinding selnya tersusun atas senyawa chitin, memiliki hifa senositik dan bereproduksi dengan
membentuk zoospora berflagel. Contohnya Chytridium.
Tipe materi genetik virus:
Materi genetik dapat untai tunggal atau ganda:
DNA untai tunggal (ssDNA):
Parvoviruses
DNA untai ganda (dsDNA):
Herpesviruses
Adenoviruses
Poxviruses
Hepadnaviruses* (Partially double stranded)
RNA untai tunggal (ssRNA): dapat plus (+) atau minus (-) sense:
Picornaviruses (+)
Retroviruses (+)
Rhabdoviruses (-)
RNA untai ganda (dsRNA):
Reoviruses

Metode Isolasi

Menurut Hadioetomo (1993), ada dua metode yang dilakukan untuk memperoleh biakan
murni yaitu :

1. Metode cawan gores

Metode ini mempunyai dua keuntungan, yaitu menghemat bahan dan waktu. Metode
cawan gores yang dilaksanakan dengan baik kebanyakan akan menyebabkan terisolasinya
mikroorganisme yang diinginkan.

2. Metode cawan tuang

Cara lain untuk memperoleh koloni murni dari populasi campuran mikroorganisme adalah
dengan mengencerkan spesimen dalam medium agar yang telah dicairkan dan didinginkan
( 50 oC ) yang kemudian dicawankan. Karena konsentrasi sel-sel mikroba di dalam spesimen
pada umunya tidak diketahui sebelumnya, maka pengenceran perlu dilakukan beberapa tahap
sehingga sekurang-kurangnya satu di antara cawan tersebut mengandung koloni terpisah di
atas permukaan ataupun di dalam agar. Metode ini memboroskan bahan dan waktu namun
tidak memerlukan keterampilan yang tinggi.
3. Teknik Sebar (spread plate)

Teknik isolasi dan mikroba dengan cara menyebarkan mikroba pada permukaan media yang
akan digunakan (Trianda, 2011).

4. Teknik Pengenceran (dilution method)

Suatu sampel dari suatu suspensi yang berupa campuran bermacam- macam spesies
diencerkan dalam suatu tabung yang tersendiri. Dari hasil pengenceran ini kemudian di ambil
kira- kira 1 mL untuk diencerkan lebih lanjut. Jika dari pengenceran yang ketiga ini diambil
0,1 mL untuk disebarkan pada suatu medium padat, kemungkinan besar kita akan
mendapatkan beberapa koloni yang akan tumbuh dalam mdium tersebut, akan tetapi mungkin
juga kita hanya akan memperoleh satu koloni saja. Dalam hal yang demikian ini dapat kita
jadikan piaraan murni. Jika kita belum yakin, Bahwa koloni tunggal yang kita peroleh
tersebut merupakan koloni yang murni, maka kita dapat mengulang pengenceran dengan
menggunakan koloni ini sebagai sampel (Trianda, 2011)

5. Teknik Micromanipulator

Mengambil satu bakteri dengan mikropipet yang ditempatkan dalam mikro manupulator,
kemudian ditempatkan dalam mikromanupulator. Kemudian ditempatkan dalam medium
encer untuk dibiakkan ( Trianda, 2011).

1) Berdasarkan sumber makanan, bakteri dapat dikelompokkan menjadi dua, yaitu:

Karakterisasi terbagi dalam dua tahap yaitu klasifikasi dan identifikasi.

Untuk dapat mengidentifikasi dan mengkasifikasi suatu mikroorganisme, maka kita harus
mempelajari karakteristik mikroorganisme tersebut terlebih dahulu (Pelczar,
1993).Klasifikasi merupakan pengelompokan mikroba ke dalam suatu kelompoktaksonomi
tertentu. Teori identifikasi mikroba merupakan perbandingan antara yang tidak diketahui dan
yang diketahui. Tingkat keakuratan dari identifikasi bergantung pada ketelitian kerja
preparasi seperti pembuatan media, pembuatan reagen dan pewarnaan, dan ketelitian dalam
melakukan, mengamati, dan mencatat berbagai uji.

(a) Bakteri autotroph (lithotropik), yaitu bakteri yang dapat menghasilkan makanan sendiri.

Contoh jenis bakteri ini adalah bakteri nitrifikasi, bakteri denitrifikasi, bakteri

pengoksida belerang, bakteri pereduksi sulfat, dan sebagainya. Bakteri jenis ini

dibedakan lagi berdasarkan sumber energi yang diperlukan, yaitu

(a) Bakteri

photoautotroph (fotolithotropik), yaitu bakteri yang menghasilkan makanan sendiri dan

memperoleh energi dari sinar matahari,

(b) Bakteri chemoautothroph

(khemolithotropik), yaitu bakteri yang menghasikan makanan sendiri dan mendapatkan

energi dari hasil oksidasi bahan organik.

(b) Bakteri heterotroph (organotropik), yaitu bakteri yang mendapatkan makanan dari

bahan organik atau sisa-sisa dari mahluk hidup lainnya, baik fauna maupun flora, dan

baik yang makro maupun mikro. Bakteri ini dikelompokkan lagi berdasarkan sumber

makanan, yaitu

(a) Bakteri photoheterotroph (fotoorganotropik), yaitu bakteri yang

memperoleh makanan dari bahan organik atau sisa-sisa dari mahluk hidup lainnya dan

mendapatkan energi dari sinar matahari

(b) Bakteri chemoheterotroph

(khemoorganotropik), yaitu yaitu bakteri yang memperoleh makanan dari bahan organik

atau sisa-sisa dari mahluk hidup lainnya dan mendapatkan energi dari hasil oksidasi

bahan organik.

Mikrobia tanah berdasarkan sumber nutrisinya dibagi menjadi empat kategori.

Fotolithotropik: dengan sumber energi utama cahaya, dengan sumber karbon utama
karbondioksida contohnya adalah flora,algae, dan bakteri.

Fotoorganotropik dengan sumber energi utama cahaya,dengan sumber karbon utama senyawa
organik contohnya adalah algae dan bakteri.

Khemolithotrofik dengan sumber energi utama senyawa organik,sumber karbon utama

karbondioksida dengan contoh adalah bakteri.

Khemoorganotrofik dengan sumber energi utama senyawa organik,sumber karbon utama

senyawa organik dengan contoh adalah fauna,fungi,protozoa dan bakteri.

1. Difusi pasif: fenomena dimana molekul berpindah dari daerah dengan konsentrasi tinggi ke
daerah dengan konsentrasi lebih rendah karena agitasi termal random

a. Membutuhkan gradien konsentrasi besar untuk pengambilan level tertentu

b. terbatas hanya untuk sedikit molekul kecil (seperti: gliserol, H2O, O2, dan CO2)
 2. Difusi terfasilitasi: proses melibatkan molekul pembawa (permease) untuk meningkatkan
kecepatan difusi; perpindahan dari konsentrasi lebih tinggi ke daerah dengan konsentrasi
lebih rendah dapat dikendalikan

a. Membutuhkan gradien konsentrasi lebih rendah daripada difusi pasif

b. Kecepatan melambat ketika pembawa menjadi jenuh

c. Umumnya lebih penting pada eukaryota daripada prokaryota

3. Transport Aktif: proses dimana energi metabolis digunakan untuk memindahkan molekul ke
dalam sel yang memiliki konsentrasi lebih tinggi

a. Karakteristik transport aktif

1. Kecepatan pengambilan dapat jenuh

2. Membutuhkan pengeluaran energi metabolis

3. Dapat mengkonsentrasi molekul di dalam sel meski ketika konsentrasi di

dalam sel sedang lebih tinggi daripada di luar sel

Tabel Perbedaan Katabolisme dan Anabolisme

Perbedaan Katabolisme Anabolisme
Energi Membebaskan Energi Menggunakan Energi
Merombak molekul-molekul
Reaksi Merombak molekul-molekul Kompleks
Sederhana
Membangun molekul-molekul Membangun molekul-molekul
Tujuan
sedeharna kompleks
Katabolisme adalah reaksi metabolisme yang menghasilkan energi dengan merombak
molekul-molekul kompleks menjadi senyawa yang lebih sederhana.
Contoh persitiwa katabolisme adalah respirasi sel. Pada respirasi sel glukosa dan bahan
organik lainnya dirombak menjadi CO2 dan H20 dan membebaskan energi.

Reaksinya : C6H12O6+ O2 > 6CO2 + 6H2O + 688KKal.

Anabolisme adalah reaksi metabolisme yang menggunakan energi untuk membangun

molekul-molekul sederhada menjadi molekul kompleks.
Contoh peristiwa anabolisme adalah fotosintesis, sintesis protein, dan sintesis lemak.

Cahaya Matahari
Reaksinya : 6CO2 + 6H2O > C6H12O6+ O2

Mikroskop cahaya mempunyai perbesaran maksimum 1000 kali

Mikroskop stereo mempunyai perbesaran 7 hingga 30 kali.
Mikroskop elektron mempunyai perbesaran sampai 100 ribu kali
 Mikroskop elektron scanning (SEM) perbesaran 0,1 nm
Mikroskop elektron tranmisi (TEM) Perbesaran 0,01-0,02 nm.
Pendugaan mikroba:

- Persumtive Coliforom Test

- Multiple Tube Method/MPN
- Membrane Filtration Method
- Primary Health Care Technique
Spektrofotometer

plating sampel

HAEMOCYTOMETER

Metode MPN terdiri dari 3 langkah, yaitu :

- Uji Penduga (Presumtive test)
Sampel air diletakkan dalam tabung steril yang berisi Lactose Broth. Beberapa tabung
diinkubasi selama 48 jam pada suhu 35C, kemudian diperiksa terbentuknya gas, karena bakteri
akan memfermentasikan laktosa dan menghasilkan gas. Jika gas tidak terbentuk dalam 24 jam,
inkubasi diteruskan hingga 48 jam. Tes penduga dikatakan positif jika pada tabung terdapat
gas yang ditandai dengan terapungnya tabung durham. Uji ini mendeteksi sifat
fermentative coliform dalam sampel dan harus dikonfirmasi dengan tes konfirmatif untuk
menyingkirkan keberadaan organisme lain yang memberikan hasil positif pada fermentasi
laktosa.
- Uji Penegas (Confirmed test)
Tabung positif yang didapatkan dari uji penduga dilanjutkan dengan uji penegas. Sampel
positif yang menunjukkan gas diinokulasi pada media Brilian Green Lactose Broth, kemudian
inkubasi pada suhu 37C selama 48 jam. Apabila dihasilkan gas, maka uji penegas ini
dinyatakan positif (Willey, 2008).
- Uji Pelengkap (Complete test)
Uji pelengkap dilakukan dengan menginokulasikan koloni bakteri pada medium agar
dengan cara digoreskan dan diinkubasi selama 24 jam pada suhu 35C. agar yang digunakan
adalah endo agar dan Eosin Metil Blue (EMB). Pembenihan pada media agar ini
mengakibatkan media agar menjadi bewarna ungu tua dengan kemilau tembaga metalik dan
membentuk koloni dengan pusat gelap (Willey, 2008).
Perbedaan Replikasi DNA dan Transkripsi DNA

Dari pengertian dan langkah tersebut, terdapat beberapa perbedaan antara replikasi
DNA dan transkripsi DNA, diantaranya yaitu:

Jika replikasi DNA membuat 2 untai DNA identik dengan menggunakan untai asli maka
untai RNA pada transkripsi dibentuk sesuai pada urutan basa gen dari untai DNA.
Replikasi DNA melibatkan 3 enzim utama (helikase DNA, DNA polimerase, ligase DNA)
sedangkan transkripsi DNA hanya melibatkan 1 enzim yaitu enzim RNA polimerase.
Deoksiribonukleo hanya berperan dalam proses replikasi.
Jika transkripsi DNA merupakan bagian dari proses maka replikasi DNA adalah proses
secara keseluruhan

bakteri anaerbo fakultatif adalah Streptococcus, Aerobacter aerogenes, Escherichia coli,

Lactobacillus, Alcaligenesis.

bakteri aerob adalah Nitrobacter, Nitrosomonas, Methanimonas (pengoksidasi metan),

Nitrosococcus, Acetobacter, Hydrogemonas, Nocardiaasteroides (penyebab penyakit paru-
paru), Thiobacillus thiooxidans.
1. Fase Lag periode nyata inaktif dimana sel beradaptasi pada lingkungan baru dan
menyiapkan untuk pertumbuhan reproduksi, biasanya dengan mensintesis
komponen sel baru; panjang waktu bervariasi tergantung mikroorganisma dan
medium pertumbuhan.

2. Fase Exponential (log) periode dimana mikroorganisma tumbuh pada kecepatan

tertinggi

3. Fase Stationer periode dimana jumlah mikroorganisma yang hidup tetap konstan
salah satunya karena aktivitas metabolisma berhenti bereproduksi atau karena
kecepatan reproduksi seimbang dengan kecepatan kematian sel

- Populasi mikroba memasuki fase stasioner untuk beberapa alasan termasuk

keterbatasn nutrisi, akumulasi buangan (metabolit) beracun, dan kemungkinan
kepadatan sel
- Respon kondisi kelaparan merupakan praktek penting untuk mikrobiolgi medik
dan industri; respon ini termasuk perubahan morfologi dan perubahan pada
ekspresi gen dan fisiologi

4. Fase kematian periode dimana sel-sel mati dengan kecepatan eksponensial