Tema 3: ENLACE PEPTDICO.PPTIDOS.

Las protenas son polmeros lineales formados por monmeros llamados aas. Los aas
se unen entre s mediante enlace covalente de tipo amida (R-CO-NH-R) para formar
pptidos. Dicho enlace se produce entre dos aas diferentes y se libera una molcula de
H2O.

El equilibrio est ms desplazado hacia la izquierda, es decir haca la hidrlisis, por lo

que la formacin del enlace requiere energa (ATP).

Sin embargo, el enlace peptdico es cinticamente muy estable y en ausencia de un

catalizador, enzima proteasa, el tiempo de vida en disolucin acuosa es de 1000
aos. Dicha estabilidad, tambin viene determinada por la naturaleza qumica de los
enlaces.

La sntesis de protenas ocurre en el citoplasma en los ribosomas libres o en

los ribosomas unidos al retculo endoplasmtico donde se la traduccin,
por lo que el enlace se dar ah.

Cuando un aa se une con un ARNt forma un enlace peptdico creando un enlace

aminoacil-ARNt rico en energa y que aporta ATP a otro enlace peptdico, es decir, la
energa necesaria para la formacin del enlace peptdico proviene del enlace rico en
energa de la activacin del aa con el ARNt.

Caracterstica del enlace peptdico:

Pauling y Corey ente 1930-1940 al estudiar la difraccin de rayos X de
cristales de dipptidos y tripptidos observaron la estructura
tridimensional del enlace peptdico: 6 tomos implicados en el enlace
en un mismo plano, aunque se represente como enlace simple, lo cual
limita la capacidad de rotacin entorno al enlace peptdico.

Apuntes descargados de wuolah.com

Presenta un carcter parcial de doble enlace del enlace peptdico con
hibridacin sp2 del C. los electrones van a estar en resonancia de tal
forma que el enlace C=O tiene un 60% de carcter de doble enlace y el enlace C=N
tiene un 40%.

Al medir la longitud de enlace la distancia de CN es menor a lo que

verdaderamente debera de ser. Igualmente, la longitud del enlace C-O
es ms larga de lo que debera y el enlace C=O es ms corto, debido a
que tiene cierto carcter de doble enlace.

Adems, el enlace peptdico presenta un dipolo elctrico debido a que el oxgeno

carbonlico tiene carga parcial negativa y el nitrgeno amida carga parcial
positiva. Este hecho provoca que el enlace peptdico pueda participar en la
formacin de puentes de hidrgeno (enlace dbil).

La orientacin de prcticamente todos los enlaces

peptdicos de las protenas es Trans, es decir, los
tomos de C estn en lados opuestos del enlace
peptdico.

La prolina es una de las excepciones ya que utiliza

en un 10% la orientacin Cis, debido a que la Trans
produce choque entre tomos.

Los impedimentos estricos se producen de manera similar en ambas conformaciones.

Un pptido lo podemos ver como una sucesin de planos rgidos unidos unos con
otros por el C.

Los C pueden tener una hibridacin sp3 y pueden girarse alrededor de un enlace
simple C-N y C-CO permitiendo a las cadenas peptdicas
plegarse de forma diversa. Los giros se definen alrededor de

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C-N se denominan fi: O y el ngulo de giro alrededor de C-CO se llama psi: .

Por tanto, fi y psi son los ngulos de torsin. En un principio pueden adoptar cualquier
posicin entre +180 y -180, por lo que los tomos de los aas van a determinar que
tomos se pueden girar y cules no debido a los choques entre ellos. Alguno de los
choques entre los tomos del enlace peptdico son por ejemplo:

1-Si fi y psi son 0, vemos que se producen choques entre los grupos NH y CO
produciendo una estructura destabilizada.

2- Si fi y psi son 180, vemos que se producen choques.

3-Si fi=180 y psi=0 se producen choques entre NH.

Por tanto, las posibilidades de giro determinar el

plegamiento de las protenas. Para ello, tenemos el
diagrama de Ramachandran.

Dicho diagrama representa todos los valores de fi y psi.

En la grfica vemos como estudia ciertas combinaciones (verdes) posibles que suele
ser un 15% siendo todos los dems imposible debido a los impedimentos estricos.

La zona verde ms intensa estn en las

hojas por encima de 0 y por debajo
en -dextrgira.

Dicho diagrama tiene importancia, ya

que dependiendo de la estructura que
adquiera tendr una funcin. As, un
parmetro de plegamiento sera segn
el aas un giro u otro.

Definicin y clasificacin de pptidos:

-Pptido: molcula intermediaria entre aa y protena.

-Protena: molcula con ms de 100 aa.

-Polipptido: molcula con entre 10-100 aa.

-Oligopptido: molcula con n<10 aa (dipptidos, tripptidos)

Dipptido:

- Una cadena polipeptdica tiene polaridad porque sus extremos son diferentes.

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- Por convencin, el extremo amino terminal se considera el comienzo de la cadena
polipeptdica.

Tetrapptido:

Los pptidos pequeos se nombran aa a aa con la terminacin il.

- El esqueleto polipeptdico es potencialmente rico en capacidad de formar puentes de

H.

- El grupo carbonilo es un buen aceptor de H y el amino un buen dador de H (excepcin

Pro).

Propiedades de los pptidos:

-Propiedades espectrales: funcin aditiva de los R de los aminocidos. La absorbancia

ser la suma de las absorbancias de los pptidos que tenga.

-Propiedades qumicas: a-amino, a-carboxilo y grupos de R.

Los grupos NH2 y COOH terminales pueden encontrarse bloqueados, para conferir
resistencia a la degradacin de exopeptidasas:

4
 Acetilados
COOH en Amidas

Por ejemplo: Hormona liberadora de tirotropina (TRH).

Reaccin de Biuret:

Permite detectar la presencia de protenas y pptidos en mezcla.

Se debe a la presencia del enlace peptdico que producen los
pptidos y las protenas.

La reaccin se produce entre el reactivo Biuret (sulfato de cobre en

medio bsico, NaOH) y el par de electrones del grupo NH implicados
en el enlace peptdico. Produce un complejo protena-Cu (II) de color
violeta prpura que absorbe a una longitud de onda de 540 nm.

-Propiedades cido-base: a-amino, a-carboxilo y grupos de R.

En un pptido el pI es el pH en el cual la carga neta es 0, por lo que la solubilidad es

mnima.

Dependiendo de los compuestos del

aa el pI ser mayor o menos. Si el aa
es cido el pI ser menos que si es
bsico. Sin embargo, cuando est
equilibrado tenemos un pH neutro.

Ptidos de inters biolgico:

-Dentro del grupo hormonal tenemos:

Insulina: se sintetiza como una molcula que se conoce como proinsulina.
Tenemos enlaces disulfuro de residuos de cistena, que parece que cuando se
rompe la proinsulina queda unida la molcula por estos enlaces. Su funcin es
bajar los niveles de glucosa.
Glucagn: formado por 29 residuos. Su funcin es aumentar los niveles de
glucosa.
Vasopresina: pptido cilndrico formado por 9 aa. Se trata de la hormona
antidiurtica y interviene en la regulacin del equilibrio hdrico.

-Dentro del grupo de los neurotransmisores: tenemos Pptidos opioides endgenos.

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 Leu-encefalina
Met-encefalina dependiendo del ltimo aa.
b-endorfina cuando se hace ejercicio que se quiere ms.
Producen un efecto analgsico, es decir, modulan el dolor.

-Dentro del grupo de los antioxidantes:

Glutation, tripptido formado por glutmico, cistena y
glicina. Se trata de un agente reductor por el grupo SH de la
cistena.

En el organismo se puede formar perxido de hidrgeno.

La funcin del glutation es eliminarlo con su poder
reductor. As, el glutatin se oxida y quedara dos
molculas de glutatin unidas por enlaces disulfuros
generndose agua.
Una vez oxidado el glutatin se regenera por la glutatin
reductasa que lo lleva al estado reducido para que se
vuelva a utilizar en el organismo.

Contribuye a mantener el poder antioxidante de enzimas como Glutatin Peroxidasa, y

tambin de la vitamina C y la vitamina E.

-Dentro del grupo de los antibiticos:

Un ejemplo es la gramicidina S, antibitico producido por Bacillus

brevis.
D-Ala frecuente en la pared celular de bacterias Gram positivas, es
decir ionfonos.
En hongos y bacterias pueden encontrarse pptidos cclicos, en los que pueden
aparecer algunos aminocidos de la serie D.

Secuenciacin de una cadena peptdica:

Un ser humano produce entre 25000-35000 protenas diferentes Cada tipo de proteina
tiene una estructura tridimensional nica que le confiere una funcin nica.

La secuencia de aminocidos determina la estructura y, en ltimo trmino, la

funcin.

Conocer la secuencia de aminocidos es importante:

1.La secuencia determina la estructura tridimensional

2.La relacin entre secuencia y estructura tridimensional ayuda a conocer las reglas
que gobiernan el plegamiento de las protenas.

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3.La secuencia ayuda a conocer en ltimo trmino la funcin.

4.Ayuda a conocer su mecanismo de accin.

5.Las alteraciones en las secuencia pueden producir funciones anormales y provocar

enfermedades (Patologa Molecular). Por ejemplo, la enfermedad de los priones o
vacas locas, donde se cambia la estructura -hlice y la protena .

6.Nos da informacin de la historia evolutiva de la protena.

METODOS TRADICIONALES DE SECUENCIACIN:

Composicin aminoacdica de cadenas polipeptdicas. La estrategia es identificacin
consecutiva del extremo amino terminal.

Reacciones del grupo amino:

- Reaccin de Edman: Fenilisotiocianato. Absorbancia a 254nm
- Reaccin de Sanger: 1-fluoro,2,4 dinitrobenceno (FDNB). Ab. 360nm
- Reaccin con el cloruro de dansilo: compuestos fluorescentes.
- Reaccin con la ninhidrina o fluoroescamina. compuestos fluorescentes.

Identificar el residuo amino terminal

Reciclar el fragmento peptdico resultante

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 1-Se coge
una pequea
cantidad de
pptido y lo
sometemos a
una hidrlisis
cida con
clorhdrico.
De esta
forma,
destruimos
los enlaces
peptdicos,
quedando los
aas sueltos,
es decir, si el
pptido tiene
20 aas
quedaran 20
aa sueltos.

2-Los aas sueltos se pasan por cromatografa de intercambio inico para identificar
cada aa.

3-Cojo otra muestra, la someto a la reaccin de Sanger y a un medio cido. As

sabremos el amino terminal y los aas libres que no sean el amino terminal, por lo que
obtenemos el primer aa de la cadena.

4-Con otra alcuota, hacemos la degradacin de Edman, por ello, reaccionamos el

pptido con el reactivo y el amino terminal. Se necesita condiciones cidas suaves para
separar el derivado del reactivo de Edman y amino terminal.

5-Al quedar el resto de la cadena intacta, vuelvo a hacer el paso 4 cuantas veces sean
necesarias.

Polipptidos de gran tamao:

1. Romper la protena en fragmentos

por mtodos qumicos o enzimticos
2. Romper puentes disulfuros. De dos
formas:
-Reduccin: con un agente reductor
como DTT lo acetilamos para impedir
que se vuelva a formar.
-Oxidacin: con c.perfrmico

8
3. Purificar cada fragmento y secuenciarlo por Degradacin de EDMAN
4. Determinar el orden de los fragmentos y dnde se localizan, si los hay, los puentes
disulfuros.
Mtodos enzimticos para fragmentar las
cadenas polipeptdicas:

-Tirosina: rompe enlaces peptdicos, siempre que en

l participen lisina y arginina.

-Quimiotripsina: rompe enlaces peptdicos en los que

tenemos aas aromticos. Phe, Tpr y Tyr.

-Bromuro de ciangeno: rompe enlaces peptdicos

donde aparece metionina.

-Carboxipeptidasa: para separar aa carboxilo terminal.

Composicin aminoacdica:
Se puede conocer el contenido y la secuencia de aminocidos de una protena. HCl 6N
a 110C
HPLC: high pressure liquid chromatograpy (cromatografa lquida de alta presin).

Tcnicas cromatogrficas:

* Cromatografa de intercambio inico: Carga

La carga neta de las protenas vara en funcin
del pH del medio.

* Cromatografa por filtracin en gel: Tamao

* Cromatografa de afinidad: Basados en la alta

afinidad de muchas protenas por grupos
qumicos definidos

La columna con una resina se usa en el caso de intercambio inico. Para ello, pasamos
el eluyente que va cambiando progresivamente el pH. En funcin del pH dependiendo
del tipo de resina (aninico o catinico) se irn quedando o saliendo unos u otros aas
segn su signo.

METODOS ACTUALES DE SECUENCIACIN:

Hoy en da se conoce la secuencia de ms de 100.000 protenas. Bases de datos
(swissprot).

-Secuenciacin de ADN

- Espectrometra de masas

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PROBLEMA: Deducir la secuencia de un pptido cerebral de 14 aminocidos que ha
producido los siguientes resultados: -DNP-Val; aminocido C-terminal: Thr.
Fragmentos tras hidrolizar con:

*Tripsina: rompe enlaces Lys- , Arg- es decir, el fragmento acaba en ellos.

*Quimiotripsina: rompe donde hay Phe-,Trp-,Tyr.

1.Sabemos que:

- -DNP-Val es el primer aas.

- aminocido C-terminal: Thr.

Por tanto ya sabemos cmo empieza y acaba la cadena.

2.Si sabemos que Thr es el ltimo y separamos por tripsina el fragmento A sera el
ltimo.

3.Si sabemos que Val es el primer aa y separamos por tripsina tenemos el primer
fragmento, que sera B.

4.Si separamos por quimiotripsina el siguiente fragmento es el H.

Y as sucesivamente, quedara:

Val-Ser-Lys-Phe-Gly-Tyr-Arg-Ala-His-Trp-Glu-Lys-Asp-Thr

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Si lo hacemos por letras:

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