Professional Documents
Culture Documents
'Bagian
Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta
'Bagian
Kesehatan Masyarakat Veteriner, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Gadjah Mada,
Yogyakarta
Email: mhwibowo@u gm.ac.id.
ABSTRACT
The aim of this study was to find out the plasmid profile of the antibiotic resistant E. coli, to ampicillin,
streptomycinand enrofloxacin.Eight ofE coli isolateshavebeenidentified and fuither assessed for sensitivity
to theseantibiotics,which then were isolatedtheir plasmids.TheantibioticsresitantE. coli were cultured on
lactosebroth, incubated in a shakerincubatorat 370C overnight.Cell collectionhasbeendoneby centrifugation
at 12.000rpm for 5 minutestwo times.Plasmidisolationwas carriedout by lysesalkali method,using solutionI,
II, andIII. Plasmidprecipitationwas doneby addedof 3 M Na acetateand ethanolabsolute.Plasmidprofile was
performed on I%oagaroseon electrophoreticanalysisusing plasmid marker. The result indicated thatthe E. coli
resistantantibioticshave one to three of plamids and it's profile appearsas flourescentpita upon ultraviolet
radiation,which indicatedasamegaplasmidonthe4268bp,4973 bp,5l48 bp, andbetween5148bp -2l226bp.
EachE. coli isolateshowed1 to 3 DNApitas ofplasmids.
Keywords: Escherichiacoli,resistance,plasmidprofile
ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil plasmid E.coli yang resisten terhadap ampisilin,
streptomisindan enrofloksasin.DelapanisolatE.coliyangtelahdiidentifikasidan diuji sensitivitasnyaterhadap
ketiga antibiotik tersebut,selanjutnyadiisolasi plasmidnyas.Isolat E. coli dipupuk pada kaldu laktosadiinkubasi
dalamshakerincubator padasuhu370C semalam.Sel dipanendengansentrifugasi12.000rpm, selama5 menit
sebanyakdua kali. Isolasiplasmid dilakukandenganmetodelisis alkali menggunakanlarutanlisis I, II, dan III.
Presipitasiplasmid dilakukan dengan3 M Na asetatdan ethanolabsolut.Profil plasmid dibacapada agarosaloh,
setelahdilakukan elektroforesis menggunakanmarker plasmid. Hasil penelitian menunjukkan profil plasmid
DNAE coli tersebutteramati sebagaipita-pita DNA yang berpendaroleh pendedahansinar ultraviolet. Plasmid
yang terisolasi mempunyai ukuran yang sangat besaratau mega plasmid yaitu terletak pada4268 bp, 4873 bp,
5l48bpdanterletak diantara5l4Sbp dan 2l.226bp.Masing-masingisolatE.colimemilikijumlahplasmid
yang bervariasiantar 1 sampai3 plasmid DNA.
43
J. Sain Vet.Vol.29 No. I Th. 20ll
44
Michael Haryadi Wibowo. Profil Plasmid Escherichia coli ResistenTerhadapBeberapaAntibiotika yang Diisolasi ...
dalam satu genus. Mekanisme resistensi yang ditransfer ke bakteri lain yang compatible sehingga
berhubungan dengan permeabilitas membran dapatmembahayakanekologi bakteri di linglcungan.
(termasuk membran luar) dikode secara Menunrt Black (1999), transfer plasmid R terjadi
kromosomal(Cookey,1991). tidak hanya dalam satu spesiestetapi dapat terjadi
untuk ditumnkan dan bereplikasi secaraindependen Shigella, Yersinia. Transfer plasmid R menjadi
penting karena meningkatkan populasi resistensi
dari kromosom bakteri. Plasmid mempunyai berat
molekul dari 1 MDa sampai ratusan MDa (Black, bakteri di alam dan mengurangi efektifitas
pengobatan.
1999; Nicklin dkk., 1999; Timoney dkk., 1991).
Menurut Nicklin dkk., (1999) ulcuan plasmid
bervariasi,dari2,l kb atau berat 1, 8 MDa sampai MATERI DAN METODB
213 kb atau berat 142 MDa. Black (1999) maupun
Nicklin dkk., (1999) menjelaskanbahwa adanya Bahan utama yang digunakandalam penelitian
plasmid baru terlihat apabila gen yang ini adalah:delapanisolat bakteri E.coli positif congo
dikandungnya memberikan sifat-sifat baru pada red koleksi Lab. Mikrobiologi, FKH, UGM, (Tabel
inang. Umumnya plasmid tersebut dinamai sesuai 1), kaldu laktosa dan larutan kimia, yaitu: larutan
sifat plasmidtersebut,misalnya:plasmidresistensi, lisis I (50 mM glukosa, 25 mM Tris-ce (pH 8,0),
plasmid vinrlensi, plasmid degradatif, seks- 10mM EDTA); lanrtanlisis II (0,2 N NaOH danl %o
plasmid dan Kol-plasmid. Sel bakteri dapat SDS), larutan lisis III (3 M Kalium asetatpH 4,8);
mempunyai sahr jenis atau lebih DNA ekstra lanrtanTris-EDTA (TE): 0,12 g tris, 0,0379EDTA,
kromosomal atau plasmid. Secara Llmum plasmid dalam aquades100 mL; larutan TEB: l0 mM Tris-
membawa gen yang penting bagi bakteri tetapi HCI + 1 ml Na EDTA, RNase (10 mg/ml): 10 mg
bukan gen yang esensial untuk pertumbuhan dan RNase + 1 mL Buffer B ( lOmM Trs-HCl+IO mM
pembelahan sel bakteri. Di samping itu diketahui EDTA+ 10mM NaCl, pH 7,4); larutan pewarnabinr
ada plasmid bakteri yang tidak mempunyai fungsi bromfenolterdiri atas:Ficoll3 %, EDTA 1mM, biru
yang disebut dengancryp t i cp Iasmid. bromfenol 0,025yo dan etidium bromida 5 !g/ml),
Escherichia coli yang diisolasi dari kasus chloroform isoamyl alkohol (CIAA), natrium asetat
kolibasilosis dari sejumlah ayam komersial di 3 mol dan 70%oetanol dingin; serta agarosa 1olo
Daerah Istimewa Yogyakarta dan Jawa Tengah (FMC bioproduct). Plasmit marker Lambda
menunjukkan reaksi positif pada media congo red DNA/EcoRI+HindIII.z
danpathogenterhadapembrio ayam (Nugroho dkk., Peralatanutama yang digunakan adalah: shaker
2002). Isolat-isolat tersebut juga menunjukkan inkubator, vorteks, ultrasentrifugasi, tabung
reaksiresistenterhadapbeberapaantibiotika tertentu ependorf (sigma), mikro pipet, perangkat
yang banyak digunakan di lapangan (|.Iugroho dan elektroforesis, perangkat deteksi pita DNA yang
Wibowo, 2005).Apabila sifat resistensi(R) tersebut dilengkapi sinar ultraviolet , kamerapollaroid model
disandioleh plasmid, adakekhawatiran sifat tersebut MP-4(Sigma).
45
J. Snin Vet. Vol. 29 No, I Th, 20II
Setiap sampel sebanyak 300 pl dibiakkkan diinkubasikan 37'C selama 1 jam, ditambahkan
dalam 5 mL media kaldu laktosa dan diinkubasi phenol, divortex selama 1 menit dan disentrifugasi
dalam shacker inkubator pada suhu 37'C, 24 jam. pada kecepatanputar 12000 rpm selama 5 menit.
Sel yang dipanen dengan tabung tabung eppendorf Larutan plasmid diambil dan dimasukkan tabung
1,5 ml, disentrifugasipada kecepatan1200 rpm 5 eppendorfbaru ditambah 3 M Na asetat(l/10 vol.
menit, diulangi sebanyak dua kali dan selanjutnya supernatan) dan ditambah etanol absolut (l:1),
diisolasi plasmidnya. Pelet hasil sentrifugasi diinkubasikan-70'C selama1 jam. Larutanplasmid
diresuspensidengan200 pl larutan lisis I. Setelah selanjutnyadisentrifus 12000 rpm selama5 menit.
dibiarkan 30 menit, ke dalam suspensi tersebut Supernatandibuang dan endapan (plasmid) dicuci
ditambahklan larutan lisis II sebanyak500 pL dan dengan etanol 70 % kemudian disentrifus kembali.
dibiarkan selama 5 menit. Larutan lisis III Endapan plasmid dikeringkan. Setelah kering
ditambahkanke dalam suspensitersebutdan setelah ditambahkan TE buffer dan disimpan dalam suhu
didiamkanselama30 menit, suspensidisentrifugasi 4'C sebelumdielektroforesis.
dengan kecepatan 12.000 rpm selama 5 menit. Plasmid yang diperoleh diperiksa dengan
Supernatanyang diperoleh dipindahkan ke dalam elektroforesisgel agarosa.Konsentrasi agarosayang
tabung eppendorfbaru, ditambah phenol CIAA ( 1: I dipakai adalah 1% (FMC bioproduct) dan DNAyang
denganvolume supernatan),sertadi vortex selamaI dielektroforesissebanyak15 pL. Plasmid diwarnai
menit kemudiandisentrifuslagi 12000rpm selama5 denganpewarnabiru bromfenol, sebagaipempitaing
menit. Plasmid dalam supernatan dipindahkan ke dipakai penanda berat molekul DNA (marker)
tabungeppendorfbaru. produksi Sigma. Elektroforesis dengan larutan
Sebelumdipresipitasipada suhu -80'C selama penyangga Tris-TBE pH 8,0 dijalankan dengan
30 - 60 menit, larutan plasmid ditambah 3 M Na. potensi listrik 110 V selama60 menit sampaitanda
asetat(1/10 volume supernatan)dan etanol absolut warna biru bromfenol mencapai tanda garis akhir
(1:1). Laruran plasmid dicuci dengan cara gel. Plasmid diwarnai dengan cara direndam dalam
disentrifugasi 12000 rpm selama 5 menit, dan etidium bromida 5 pllml selama 10 menit. Plasmid
dikeringkan. Plasmid (endapan)ditambahTE buffer. yang terwarnai akan terlihat sebagaipita DNAyang
Pemurnian plasmid dilakukan dengan berpendar berwarna orange fluoresence oleh sinar
menambahkan 10 pL Rnase (10 mg/lt), ultra violet. Pita-pita DNA tersebut didokumentasi
46
Michael Haryadi Wibowo, Profil Plasmid Escherichia coli Resisten Terhadap Beberapa Antibiotika yang Diisolasi ...
denganmenggunakan
kamerafoto pollaroidmodel penotip tersebuttelah diuji sensitivitasnyaterhadap
no. 34-40 MP-4 sistemkamera,f/rm C.276671. antibiotika tertentu yang banyak digunakan di
Profil plasmiddianalisissecaradeskriptif. peternakanayam) yaitu : ampisilin, streptomisin,dan
enrofloksasin. Hasil sensitivitas terhadap 8 isolat
HASIL DAN PEMBAHASAN bakteri terhadap ketiga jenis antibiotik tersebut
menunjukkan sifat resisten (Nugroho dan Wibowo,
Isolat E.coli dalam penelitian ini merupakan 2005).
isolat ayam yang patogen yaitu yang mampu Hasil isolasi plasmid dan profil elektroforesis
mengikat zat wama merah kongo serta patogenik plasmid DNA terhadap 8 isolat E coli dalam
pada embrio ayam (Berhoff dan Mnal, 1986; penelitian ini, dapatdilihat padaGambar 1.
Nugroho dkk., 2002). Baktei E.coli dengankarakter
Plasmid DNA bakteri E.coli isolat 21.266bp dan satuplasmid sedikit diatas5148 bp.
Ec/Ksg/Broll12002;EclSwn/Brol612002;
dan Isolat Ec/SmglBrol712002memiliki 2 plasmid yang
EclSdy/Brol3l2002masing-masingteramati terletak di 4973 bp dan di 4268 bp. Isolat
mempunyai2 jenisplasmid.Satuplasmidberukuran Ec/Rosa/Layl512002dan EclKls/Brol8l2002
di antara5148 bp sampaidengan21.226bp dan masing-masing hanya memiliki 1 plasmid yang
plasmid lain berukuran 5148 bp. Isolat terletak pada 5148 bp. Secaraumum dapat dilihat
EclWnolLayl2lzll2 teramatimemiliki 3 plasmid, bahwa plasmid yang berhasil diisolasi tersebut
yaii;: 2 plasmidterletakpadaposisi antara5.148 termasuk ke dalam mega plasmid mengingat
sampaidengan21.266bp dan 5.148 bp. Isolat ukurannya yang cukup besar.Hasil isolasi plasmid
EcllVlgl/Brol4lzUUzmemiliki 3 plasmid,yaitu: 2 tersebut ditemukan 1 atau lebih plasmid, kondisi
plasmidterletakpadaposisidi antara5.148 dengan tersebut sesuai dengan pemyataan Nicklin dkk.,
47
f
(1999) bahwa sel bakteri dapat memiliki satujenis dilakukan peneliti tersebut plasmid pBPl secara
atau lebih plasmid DNA.dengan ukuran yang umum merupakan adapted plasmid yang secara
bervariasidari ukuran kecil sampaiberukuransangat ekologi tersebarluas di dunia. Disamping itu juga
besarataudisebutmegaplasmid. Menurut Cz aczulin dilaporkanplasmid R yang lain, yaitu RSF 10 I 0 yang
dkk. (1999), plasmid bakteri avian enteroagregatif identik dengan gen yang mampu merubah
E.coli (AEAC) mengkodefimbriaAAberukuran 60- mekanisme resistensi, meskipun tidak banyak
66 MDa. Menurut Elsava dkk., yang disitasi dilaporkan sebagimanaplasmid pBPl. Di sisi lain
Czaczulin dkk. (1999) sekuen plasmid yang resistensi E. coli terhadap antibiotik kelompok
mengkode enterotoksinpada AEAC mempunyai aminopenisilin, yaitu: ampisilin, amoksisilin dan
berat 104KDa. Islam dkk., (2008)dapatmengisolasi cephalosporin dikarenakan memperoleh plasmid
plasmid resistensigandapada 10 isolat E. coli asal yang mengkode B- laktamase, seperti: TEM-I,
unggas di Bangladeshmenunjukkan profil plasmid TEM-2 atau SHV-I yang berperandalam hidrolisa
yang berbeda-beda.Tujuh diantaranyamempunyai dan inaktivasi antibiotika tersebut (Tenover,2006).
plasmid dengan berat molekul (BM) tinggi, 3 Menurut Cirz dkk. (2005) resistensi antibiotika
sisanya BM rendah, namun demikian tidak golongan kuinolon lebih didasarkan adanya
disebutkansecarapasti BM plasmid tersebut.Pada peningkatanmutasi yang terjadi akibat rekombinasi
elektroforesistersebutjuga teramatibahwamasing- gen yang dapatmengakibatkanperbaikankerusakan
masing isolat yang diteliti hanya mempunyai satu DNA bakteri, akibat kerja antibiotika tersebut.
jenis plasmid.Penelitiansejenisyang dilakukanAl- Sejauh ini perbaikan kerusakan DNA akibat kerja
Bahry (2006) terhadap 47 isolat yang diperiksa antibiotika golongan kuinolon dapat dilakukan
teramati 100% mempunyai plasmid R, dan bakteri, melalui nekanisme nucleotide excision
mempunyaiBM yangbervariasiyaitu:2,9 sampai66 rep ai r danhomoIogous recombi nat ion. Berdasarkan
kilo base pair (kbp). Sebanyak15 strain (31,9%) analisis tersebuttidak semuagene resistensibakteri
mempunyai satu plasmid, 13 strain (27,7o/o) berlokasi pada plasmid, tetapi mutasi gen yang
mempunyai2 plasmid,8 strain(17%) mempunyai4 terdapatpadakromosom bakteri (Wiedemann, I 983;
plasmid,dan 2 strain(4,3%) mempunyai5 plasmid. Cirz dkk., 2005;Tenover,2006).
Menurut data penelitian tersebut bakteri resisten Profil plasmid DNA kelompok bakteri
terhadap satu jenis antibiotika mempunyai satu enterobakter yang pernah dilaporkan, yaitu
plasmid, meskipunjuga ditemukanbakteri resisten Salmonella yang menunjukkan sifat resistensi
tetrasiklin mempunyai2 plasmid. terhadap beberapa antibiotika. Menurut Al-Bahry
Data molekuler yang mendasarisifat resistensi (2000) Salmonella tersebut mempunyai plasmid
E. coli pada manusia terhadap streptomisin adalah denganukuranyang bervariasi,yaitu 3,1 sampai32
plasmid pBPl Wiedemann (1983). Isolasi dan kbp. Data penelitian tersebut menunjukkan bahwa
analisis restriksi terhadapplasmid tersebut dapat Salmonella yang memperlihatkan sifat resistensi
diketahui mapping genetik untuk mengetahui terhadap antibiotika tertentu (dapat lebih dari satu
penyebaranplasmidtersebut.Menurut analisisyang jenis resistensi)terisolasi plasmid dengan ukuran
48
Michael Haryadi Wibowo. Profil Plasmid Escherichia coli ResistenTerhadapBeberapaAntibiotika yang Diisolasi ...
Beberapa penelitian yang mengkaji transfer penelitian ini dapat ditarik kesimpulan, bahwa E.
plasmid resisten afltata lain dilakukan oleh Levy coli yang menunjukkan resistensi terhadap
et.al. yang disitasi Bogaard dkk., (1999) berhasil ampisilin, streptomisin dan enrofloksasin yang
Menumt penelitian Oeniyi yang juga disitasi menunjukkan profil plasmid DNA E. coli yang
Bogaard dkk. (1999) dapat diketahui terjadinya teramati sebagai pita DNA yang berpendar oleh
terhadapastreptomisin, sulfonamid, dan tetrasiklin yang terisolasi mempunyai ukuran yang sangat
ke lokasi peternakandi Nigeria. 4873 bp,5 148 bp dan terletak di antara5 I 48 bp dan
Data yang diperoleh dari pengamatan di 21.226 bp. Masing-masing isolat E.coli tersebut
lapangan pada kasus E.coli dalam penelitian ini memiliki jumlah plasmidbervariasi antar 1 sampai3
tuntas atau penggunakansub- dosis sering teramati Penelitian Dasar pada tahun 2004 dengan Nomor
di lapangan. Kondisi tersebut dapat memicu kontrak 7 1/P2 1PTIDPPM IPIDI ltl I 2004.
49
J. Sain Vet,Vol.29 No. I Th. 2011
Cirz, R.T., Chin, J.K., Andes, D.R., Crecy-Lagard, Meyer,E., Lunke, C., Kist, M., Schwab,F.,Frank,U.
V., Craig, W.A., Romesberg, F.E. 2005. 2007. Antimicrobial Resistancein Escherichia
Inhibition of Mutation and Combating the coli Strains Isolated from Food, Animals and
Evolution of Antibiotic Resistance.PLoS Biol. Human in Germany.Infect. 36 ( I ): 59-6l .
3(6):r76.
Nicklin, J., Cook, K.G., Paget,T., Killington, R.A.
Cookey, R.C. i991 Mechanism of Resistanceto 1999. Instant Notes in Mycrobiology. Bios,
Antimicrobial Agents. 1n: Manual of Clinical Scientific Publisher,UK. :122-128.
Microbiology, Edited by Ballows, A., W.L
Hausler,K.L. Herrmann, H.J. Shadomy(Eds). Nugroho, W.S., Wibowo, M.H., Asmara, W.2002.
American Society for Microbiology, PatogenisitasEscherichia coli Positif Congo
Washington, D.C.: 1099-I 103. Red padaTelurAyam Berembrio Umur lZhari,
J. Sain Vet.20 (1): 25-29.
Czeczulin, J.R., Whittam, T.S., Henderson, I.R.,
Garcia, F.N., Nataro, J.P. 1999. Phylogenetic Nugroho, W.S., Wibowo, M.H. 2005. Uji
Analysis of Enteroaggregative and Diffusely SensitivitasEscherichia coli Isolat Ayam yang
Adherent Escherichia coli. J. of Infec. and Positif Congo Red dan Resisten Terhadap
Immun.67 (6): 2692-2699. Ampisilin, Streptomisin dan Enrofloksasin. .L
Sain.Vet.,20 (l): 19-23.
Gan, V.H.S. 1983. Antimikrobia. Dalam Sulistia
Gan (Ed) Farmakologi dan Terapi, Bagian Prescott, J.F. 2000. Antimicrobioal Drug
Farmakologi Fakultas Kedokteran Universitas Resisteance and Its Epidemiology. In:
Indonesia,Jakarta:443-449. Antimicrobial Therapy in VeterinaryMedicine,
Prescott,J.F.; J.D. Baggot, R.D. Waljer (eds)
Goodman, L.S., Gilman, A. 1970. The Third Edition. Iowa State Universitv
PharmacologicalBasic of Therapeutic.Fourth Press/Amess.:27 -49.
edition, The Macmillan Company, London,
Toronto:llTl-1215. Timoney,J.F.,Gillespie,J.H., Scott,F.W.,Barlough,
J.E. 1991.HaganandBruner'smicrobiologyand
Islam, M.J., Sultana, S., Das, K.K., Sharmin, N., Infectious Diseasesof Domestic Aimals. 8'"ed.
Hasan. M.N. 2008. Isolation of Plasmid- Comstock Publishing Associates A Division
mediated Multidrug Resistant Escherichia coli Cornell Universitv Press.Ithaca and London.:
from Poultry.Int. J. Sttstain.Crop. Prod.3 (5): 24-30.
46-50.
Tenover,F.C. 2006. Mechanismsof Antimicrobial
Knobl, T., Gomes,T.A.T., Vieira, M.A.M., Bottino, Resistancein Bacteria. TheAmerican J. of Med.
J.A., Ferreira,J.P.2006. OccuranceofAdhesin- 119(64):S3-S10.
encodingOperonsin Escherichia coli Isolated
from Breeder with Salpingitis and Chick with Wiedemann, B. 1983. Mechanisms of Antibiotic
Omphalitis.Braz.J. Microbiol. 37. Resistance and Their Dissemination of
ResistanceGenes in the Hospital Environment.
Infect. Control.6 (4):444-447.
50