Scribd Logo
Upload

Welcome to Scribd!

  • Bab 12 PDF

    Uploaded by

    Ianatul aliyaj
    20 views23 pages

    Original Title

    bab 12(1).pdf

    Copyright

    © © All Rights Reserved

    Available Formats

    PDF or read online from Scribd

    Did you find this document useful?

    Is this content inappropriate?

    Report this Document

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Download as PDF or read online from Scribd
    Flag for inappropriate content
    20 views23 pages

    Bab 12 PDF

    Uploaded by

    Ianatul aliyaj

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Download as PDF or read online from Scribd
    Flag for inappropriate content
    of 23
    ASAM NUKLEAT PENDAHULUAN Pada tahun 1869 Friedrick Miescher, seorang muda bangsa Si yang belaar pada Hoppe-Seyler yang terkemuka di Jerman, meng- isolasi inti dari sel darah putih dan menemukan bahwa inti mengan- dung suatu zat kaya fosfat yang sampai sekarang ini tidak diketahui yang dinamakannya nuklein, dan pada tahun 1871 secara nubuat menulis Merurut saya tampaknya seluruh famili dari zat yang mengandung- fostor ini, agak sedikit berbeda satu sama lainnya, akan timbul ‘sebagai sekelompok zat nuklein, yang kemungkinan patut mendapat pertmbangan yang cama dengan protein, Ketika nuklein ditetapkan bersifat sam, namanya diganti menjadi asam nukleat, Riset mengenai biomolekul ini pada dekade pertama dari abad ni menemukan bahwa asam nukleat, seperti protein, me- rupakan polimer. Unit monomerik dari suatu asam nukleat disebut rnukleotide; jadi, asamn nukleat juga disebut sebagai polinukleotida. Suatu nuieotida dapat dihidrolisis menjadi suatu basa nitrogenosa, suatu gula lima Karbon, dan asam fosforik. Di samping itu, terdapat dua jenis asam nukleat: asam ribonukieat (RNA) dan asam deoksiribcnukleat (ONA). Secara kimiawi, RNA berbeda dari DNA di mana RNA memiliki ribosa sebagai pentosanya dan DNA memilki 2-deoksiribosa. RNA juga memiliki basa nitrogenosa urasil, semen- tara DNA memilki timin, suatu derivat urasil yang dimetilasi. Per- bedaan terakhir ini tidak absolut sebagaimana diduga sebelumnya, arena sekarang diketahui bahwa RNAs tertentu juga mengandung timin, Peneliian berlanjut mengenai asam nukleat menemukan bah- ‘wa unitnukleotida ini terkait satu sama lain melalui ikatan fosfodiester membentuk struktur makromolekular, yang dalam kasus DNA, dapat ‘mempunyai berat molekul milyaran. Kedua jenis asam nukleat dite- ‘mukan pada semua tumbuh-tumbuhan dan hewan. Virus juga me- ‘ngandung asam nukleat; namun, tidak seperti tumbuh-tumbuhan atau hewen, suatu virus memiliki RNA ataupun DNA, tetapi tidak keduanya. ‘Walaupun kimiawi dari asam nukleat diteliti secara serius setelah Penemuannya, 75 tahun berlalu sebelum makna biologi dari makro- ‘molekul inidisadari. Saran yang diajukan oleh Avery dan rekan, pada Gamber 124 Pun Gambar 122 Pine 186 AsauNuKLEAT Caen HNC HN’ 1a Ht tea I yoo Hee, 4 aN HN Aen uanin Pose (e-aninopuee) (amino Scksipun) tahun 1944, bahwa DNA adalah bahan genetika, merupakan pe- ranan biologi spesiik pertama yang diajukan untuk suatu asam nukleat. Pengumuman ini, walaupun tertambat dinargai, meletakkan batu penjurubagi era baru dan produkt dav rset biokimia mengenai ‘asam nukleat. Mengenai RNA, baru pada tahun 1957 ditetapkan Suatufungsiselularspesifik untuk asam nukleatin (keteribatan RNA dalam sintesis protein). (Namun, perlu dicatat, bahwa RNA telah dlidentifikasi lebih din sebagai bahan genetika dari sejumlah virus.) Timbulnya biologi molekular menekankan keunggulan dari ONA maupun ANA, yang beragam spesies selulamya memilki peranan mencolok dalam sintesis protein (ckspresi gen). Pengertian akan kirniawi dan fungsi biokimiawi dari asam nukleat merupakan salah salu keberhasilan yang berart dari pengetahuan abad Keduapuluh, TINGKATAN STRUKTUR ASAM NUKLEAT. Basa nitrogenosa ‘Asam nukleat mengandung dua kelas basa nitrogen, purin dan pirimidin, Kedua purin dari RNA dan DNA adalah adenin dan guanin, yang secara kimiawi merupakan molekul purin yang disubstitusi amino- dan oksi- (Gambar 12-1). Mengenaipirimidin (Gambar 12-2), - 2 ea : ort an Stosin vast Time Pan (eoxsceomincpiiie) —(@ardoksimidn) —_(Gmet-24-dkspdmiin) cH fy eH wo NA oo Bonu erotaming Beucketo-aino Gambar 123 ua bertuk tautomerk dan sitesn. sitosin lazim untuk RNA maupun DNA, sementara urasil terdapat pada RNA, dengan timin sebagai padanan dalam DNA. Ketiga basa ‘merupakan molekul pirimidin yang disubstitusi (Gambar 12-2). Kare- na tautomerisme yang diperihatkan oleh purin dan pirimidin, maka suatu keseimbangan yang tergantung-pH terdapat antara bentuk keto (laktam) dan enol (laktim) dari basa. Kedua strukturtautomerik tuntuk sitosin digambarkan dalam Gambar 12-3. Pada pH fisiologis, bentuk keto dari basa menonjol (Gambar 12-1 dan 12-2). Lima basa nitrogenosa di atas pernah diduga merupakan penye- bab komposisi basa total asam nukleat darihewan dan tumbuh-tum- TTNGKATAN STRUKTUR ASAM NUKLEAT 187, tS ty 1 ¢. AN ayo, eee yoo set ‘A-Damettadenin Hooksann ° I 1a HCN Ye Se = ty * Motiguanin buhan. Dewasa ini diketahui bahwa basa lain, disebut basa modi- ‘ikas juga terdapat dalam struktur polinukleotida. Contohnya, RNAS transfer (tRNAs) merupakan suatu kelas asam nukleat yang me- ngandung persentase bermakna dari suatu basa modifikasi dalam strukturnya (linal Gambar 12-21). Gambar 12-4 menggambarkan be- berapa purin modifikasi yang telah diidentiikasi dalam asam nukleat. ‘Metilasi merupakan bentuk paling lazim dari modifikasi purin. Metilasi purrin (terutama adenin) dalam DNA, dewasa ini diketahui terjadi da- lam bahan genetika dari mikroorganisme dan hewan, dan diduga bahwa genom tumbuh-tumbuhan juga memiliki purin metilasi. Bebe- rapa bentuk yarg terdapat secara alamiah dati pirimidin modifikasi diperiihatkan pada Gambar 12-5. 5-Metilsitosin merupakan kompo- nen yang lazim dari DNA tumbuh-tumbuhan dan hewan; pada ke- nyataannya, hirgga 25 persen residu sitosil dari genom tumbuh- tumbuhan termetilasi. DNA bakteriotag T-genap dari Escherichia coli tidak mempunyai sitosin tetapi malah memilki 5-hidroksimefisitosin (Gambar 12-5) dan derivat glukosidanya. NH NH, 1 I o> ar Ncolad ots eh EB ae ect ie 0 H 4 ‘sMatisiosn SHidoksimetisitosin s6-Dncrovasi Gambar 12-4 Beberapa modiikasi purn Gambar 12-5 Beberapapirmicn tormocitkast Gambar 124, ‘Suatufibo dan suatu deoksinbonukloosia, Gamber 12-7 Peeudourdin. Pematkan tdakadanya suaty ikatan nukleosiak yang sebenarnya, 188 AsAMNURLEAT on ‘Acerosin Deckesimisn (2-0-Wobirnostadnin) (14-2-decke-O-bturanoetiin) ‘Dewasa ini telah didapat bukti bahwa metilasi dari DNA sperma dan oosit selama gametogenesis (produksi sperma dan ova) meru- pakan penyebab dari penanaman diferensial penting untuk keberha- silan perkembangan embrional. Suatu embrio yang diploid untuk set kromosom pria atau wanita tidak berkembang; hanya kombinasi dari suatu komplemen genetik pria dan wanita dapat menimbulkan per- kembangan embrionik. Jadi, pola metilasi tertentu dari bahan gene- tika sperma dan ova menunjukkan bahwa sumbangan genetika ayah dan ibu adalah khas, contohnya, dalam ekspresi gen, dan bahwa pada masing-masing ditanamkan ingatan akan asal orang tua di se- Panjang perkernbangan dan kehidupan suatu organisme. Karena itu, ‘skenaro ilmiah yang berkembang melibatkan basa termetilasi, yang pernah disebut basa minor, sebagai determinan utama dalam peng- aturan genetika proses kehidupan. Nukleosida ‘Nukleosida merupakan senyawa yang memiliki purin atau pirimidin yang berikatan secara kovalen dengan p-ribofuranosa (ribonukleo- sida) atau dengan 2-deoksi-D-riboturanosa (deoksiribonukleosida) dalam suatu ikatan N- B-glikosidik (Gambar 12-6). Ikatan ini melibat- kan gugusan hemiasetal C-1’ dari pentosa dan atom nitrogen N-9 dari suatu purin atau N-1 dari suatu pirimidin. Dalam nomenkiatur ki- rmiawi, atom karbon dari suatu gula dalam suatu nukleosida diiden- titikasi dengan nomor utama untuk membedakannya dari atom basa ritrogenosa. Satu nukleosida yang ditemukan dalam tRNAs yang memilki ikatan berbeda adalah pseudouridin (Gambar 12-7), yang C- 1’ ribosanya melekat langsung pada C-5 urasil. Campuran urasil ‘pada pH fisiologis memiliki satu gugusan oksi dalam bentuk keto dan yang lain dalam bentuk enol. Tabel 12-1 memberikan data nama lazim nukleosida utama dari RNA dan DNA. Timidin merupakan nama historis dari deoksiribonuk- leosida dari timin, yang telah lama diduga merupakan satu-satunya ‘nukleosida yang terdapat secara alamiah daribasa tersebut. Dewasa ini dengan telah diidentifikasinya timin dalam tRNAs, maka riboti- ridin dan deoksitimidin merupakan nama pilihan dan paling tidak membingungkan. TINGKATAN STAUKTUR ASAM NUMLEAT 189 ‘Tabel 12-1 Nama trivial dari nukleosida Basa Ribonukieosida Deoksinibonukiessida ‘Adenin ‘Adenosin Deoksiadenosin Guanin Guanosin Deoksiguanosin Urasil Usdin Deoksiundin sitosin Sitigin Deoksisitsin Tin Fibotimiain atau tin Daoksiimidin atau timidin ‘ibonukleosida Nukleotida ‘Nukieotida merupakan ester fosfat (asam fosforik) dari nukleosida. ‘Terdapat beberapa kelas nukieotida karena esterfosfat dapat berada pada karbon 2’, 3, atau 5'- dari suatu ribonukleotida atau pada kar- bon @'- atau 5'- dari suatu deoksiribonukleotida. Nukleotida yang te dapat secara alamiah lazimnya merupakan 5'-monofostat (Gambar 12-8). Tabel 12-2 memberikan data dari dua nama dan singkatan mu- dah yang digunakan untuk masing-masing 5'-nukleotida dari lima ba sa ulama RNA dan DNA; kiasifikasinya sebagai asam merupakan ‘omenklatur alternatif yang lebih tua. ‘Struktyy umum dart suatu ribo: dan deok: sinbonulleotda on Fiborueosid estat Dvosssbonuloosica stat, Derivat di- dan trifostat dari monofosfonukleosida juga terdapat secara alamiah. Nukleosida trifosfat merupakan substrat untuk sin- tesis asam nukleat (Bab 20 dan 21) dan tifostat dar ribonukleosida (ATP, GTP, CTP, dan UTP) menyediakan energi yang diperlukan un- tuk banyak reaksi biokimiawi, Adenosin 5’-mono-, di, dan trifosfat abel 122 [Nukleosida S”-monofostat dari RNA dan DNA Ribonukleosidase 5fostat, Deoksinukleosida Sfostat ‘Adenosin 6-monofosfat Deoksiadenosin 5-monotostat ‘Asam S'-aderilat, AMP ‘Asam '-deoksiadenilat, @AMP- ‘Guanosin 5-monotostat Deoksiguanosin S-monotostat ‘Asam S'-quanilat, GMP ‘Asam 5 -deoksiguanilat, (GMP ‘Sitdin '-monofostat Deoksisitdin S-monofostat ‘Asam S:-sitdlat, CMP ‘Asam S'-deoksistilat, (CMP Urigin 5-monotostat Deoksitimin 5-monofostat ‘Asam S'-uridat, UMP ‘Asam 8'-deoksitimidiat, STMP 190 Gambar 129 Benak mono, 6, dan tostorlasi dar ade ‘eambar 1210 ‘Stok AMP (au cAMP), ‘sein ots — Aaroain 5 monctosiat (AP) Asean s-atstt a0?) ‘Adonosin Stott ( ATP) (Gambar 12-9) merupakan kelompok biomolekul yang secara kritis penting, Karena peranan kunci yang dimilkinya dalam pelestarian ddan pomanfaatan energi kimiawi dalam semua sistem biologis. Se- pert dipertinatkan dalam Gambar 12-9, atom fostor dari ATP diiden- tifikasi sebagai a, 8, dan y. Ribonukleotida dari adenin, seperti dila- pporkan dalam Bab 9, juga terdapat dalam struktur koenzim tertentu, seperti FAD dan NAD". Nukleotida ain dari adenin, AMP siklik(Gam- bar 12-10), merupakan perantara intraselular dari aksifisiologi dari banyak hormon (Bab 25) dan suatu pengatur metabolik dari bebera- a proses biologis pada E. coli (Bab 21). Ribonukleotida dari basa ritrogenosa lain dan derivatnya juga digunakan untuk tujuan meta- bolik perantara, contohnya, uridin 5*difostat yang terkait dengan glukosa (UDPG) merupakan suatu donor glukosa. Jadi, sebagai satu kelas biomolekul, nukleotida digunakan untuk berbagal fungsi yang secara biologis khas. Hal ini khususnya benar untuk molekul yang mengandung adenin, karena nukleotida, seperti glukosa dan derivat- nya, teribat secara luas dalam banyak aspek dari proses kimiawi kehidupan. Penggunaan Analog Nukleosida sebagai Obat Dalam terapi medis terhadap penyakit tertentu, analog struktural dari ‘nukleosida digunakan sebagai obat. Contohnya, dalam mencari sua~ tu terapi untuk pengobatan pasien sindrom defisiensi imun yang di- dapat (AIDS), digunakan dua analog nukleosida, 3-azidodeok- sitimidin (AZT) dan 2,3 dideoksisitidin (DDC). Penyakitini disebab- kan oleh virus imunodefisiensi manusia (HIV), merupakan suatu vi- rus RNA, yang untuk replikasinya mengandalkan suatu enzim spe- Sifik, suatu DNA polimerase tergantung RNA. Jka diberikan pada pasien, maka AZT dan DDC diubah menjadi bentuktrifosfatnya, yang kemudian masing-masing dapat bersaing derigan dTTP dan dCTP, ‘sebagai substrat untuk sintesis DNA. Pada saat bergabung, analog ‘mengakhir sintesis DNA, karena tidak adanya gugusan 3-hidroksil 'mencegah permanjangan molekul DNA yang sedang disintesis. Ka- rena enzim yang mensintesis DNA dari HIV lebih besar kepekaannya terhadap AZT dan DDC dibandingkan enzim analog dari sel host, maka analog nukleosida ini (ka efek sampingnya tidak serius) TINGKATAN STRUKTUR ASAM NUKLEAT Stukurcpersingtat memberikan harapan sebagai pengobatan efektif (bukan suatu kesembuhan) terhadap AIDS. Struktur Polinukleotida Gambar 12-11 memperlihatkan struktur dari suatu fragmen tetranuk- leotida RNA yang mengandung empat basa nitrogenosa utama dari sam nukieatini. Masing-masing nukleotida dihubungkan oleh ikatan {osfodiester yang melibatkan atom karbon 3’- dan 5'- dari residu ribosil dar disebut ikatan 3-5'-fostodiester. Ikatan 3'-5’-diester yang ‘sama terjadi antara residu deoksiribosil dari DNA. Seperti protein, banyak asam nukleat, yang merupakan polimer linear, memiliki dua termini, satu disebut terminus-6’ (atau ujung-5’) dan yang lain ter- minus- 9. Seperti digambarkan pada Gambar 12-11, campuran ribo- sil pada terminus-5” memiliki C-5’ bebas (bukan ikatan fosfodies- terase) dan residu ribosil pada terminus-3' pada C-3’ bebas. Namun, tidak jarang bagi polinukleotida selular untuk memilki terminal C-5° dalam suetu ikatan ester monofosfat. Untuk enaknya, polinukleotida biasanya digambarkan atau ditulis dalam bentuk singkatan. Struktur dipersingkat dari tetranukleotida 191 Gambar 12-11 ‘Suatu fetranukleotida dengan termini hi- roksi- 3" dan 192 ASAM NUKLEAT yang digambarkan pada Gambar 12-11 diperlihatkan dalam gambar yang sama. Tetranukleotida juga dapat ditulis sebagai 5’-ApCp-GpU- 3 atau 5'-A-C-G-U-3', yaitu bentuk yang menekankan pada urutan dan kandungan dari basa nitrogenosa dari molekul. Untuk menun- jukkan suatu gugusan 5'-fosfat, tetranukleotide yang sama dapat ditulis 5”pApCpGpU-9' atau 5'-pA-C-G-U-3;; suet *p" mengikuti"U* dari tetranukleotida dapat merupakan suatu gugusan 3'-fosfat. Hingga tahun 1950-an tetranukleotida dengan empat basa yang berbeda dalam berbagai susunan, seperti salah satu yang diperihat- kan dalam Gambar 12-11, diduga merupakan unit pengulangan da- sar dari struktur RNA dan analog tetradeoksinukleotida merupakan, unit dasar DNA. Konsep bahwa DNA kromosom memiliki informasi ‘genetika dar sel tidak dipertimbangkan secara serius, karena struk- tur pengulangan tetranukleotida dari makromolekul yang membo- ssankan dianggap tidak mampu memiliki keragaman kimiawi yang di- perlukan untuk menentukan penyebab dari beribu-ribu ragam sifat herediter. Protein merupakan calon pilihan karena memiliki jumlah ragam unit monomerik (asam amino) yang lebih besar yang dapat disusun dalam suatu ragam urutan yang hampir tidak berakhir. Jadi, arena hipotesis tetranukleotida, maka sukar bagi banyak ilmuwan untuk menerima ide bahwa DNA sebagai bahan genetika ketika pertama kali diajukan oleh Avery dan rekan pada tahun 1944, Te- muan selanjutnya bahwa basa DNA bukan tersusun dalam urutan tetranuleotida berulang, tetapi terjadi dalam banyak urutan berbeda yang membantu dalam menyingkirkan keraguan mengenai fungsi biolagis dari asam amino. ‘STRUKTUR DNA Penjelasan mengenai struktur heliks ganda DNA oleh Watson dan Crick dimungkinkan melalui beberapa temuan terkait oleh ilmuwan lain, Sebagian besar DNAs memilki struktur umum dan kemungkin- an struktur berdimensi-tiga yang sama, yang diketahui melalui ke- rmiripan pola difraksi x-ray yang didapatkan oleh Maurice Wikins (Hadiah Nobel, tahun 1962) dan Rosalind Frankin pada DNA yang berasal dari beragam sumber. Temuan ini selanjutnya menunjukkan adanya suatu struktur heliks yang mengandung dua atau lebih pol- deoksiritonukleotida. Secara independen, Erwin Chargaft telah ‘memberikan observasi yang menentukan, bahwa pada DNA yang didapat dari berbagai ragam organisme, rasio molar adenin erhadap timin dan dati guanin terhadap sitosin merupakan kesatuan yang erat. Hasil menunjukan adanya hubungan yang spesifikantara kedua basa di dalam masing-masing rasio. Hasil dari penelitian tits juga ‘menunjukkan bahwa pengikatan hidrogen antara basa deoksinuk- leotida merupakan penyebab keterkaitan dari un‘aian molekul DNA ‘yang panjang. Watson dan Crick, menggunakan data yang ada ini Untuk‘ membentuk model DNA, mengajukan apa yang sekarang diperkuat sebagai struktur yang benar, model helks ganda (Gambar 12-12). Dalam struktur ini, dua untaian DNA be'sama-sama teriiit ‘mengelilingi suatu sumbu umum dalam heliks ganda bertangan ka- nan (Gambar 12-12). Spiral dari heliks merupakan residu deoksir- bosil yang dihubungkan oleh ikatan fosfodiester, dan basa dari ‘SPESIES MOLERULAR DARI RNA deoksiribonukleotida ini berproyeksi tegak lurus ke dalam pusat he- lik. Holks ganda ini dipertahankan oleh ikatan hidrogen antara basa dari dua untaian DNA. Ikatan hidrogen secara spesifik terjadi antara adenin dari suatu untaian dan timin dari untaian yang lain, dan d mmikian pula, antara guanin dan sitosin (Gambar 12-13). Dengan de- mmikian kedua untalan DNA adalah komplementerkarena setiap basa dar satu untaian dicocokkan dengan basa ikatan hidrogen komple- enter pada untaian lainnya. Kedua untaian ini juga antiparalel, yang berarti bahwa ikatan 3'-5’-difosfodiester berlawanan arah pada kedua untaian, seperti diperiinatkan dalam Gambar 12-12dan 12-15. ‘Sepert diperihatkan dalam Gambar 12-14, telah digambarkan ti ga bentuk DNA, disebut DNA-A, DNA-B dan DNA-Z Bentuk A dan B merupakan heliks bertangan kanan, dan bentuk yang paling akhir dilaporkan, DNA-Z, adalah heliks bertangan kiri. Pada bentuk A, pa- sangan basa berinkiinasisekitar 20° dengan aksis heliks, dengan pa- sangan basa yang terjadi pada setlap 2,7 A. Pada bentukB, pasang- an basa terletak agak tegak lurus (kemiringan 2°) terhadap sumbu heliks dan terjadi setiap 3,4 A. Lebar dari kedua bentuk adalah 20 A. Karena perbedaan dalam spasi pasangan basa, maka DNA-B lebih panjang dan lebih tipis daripada DNA-A. Dalam larutan, DNA meng- ambil bentuk B, dan dalam keadaan dehidrasi, mengambii bentuk A. Mengenai apakah daerah DNA-A terdapat dalam sel, masih belum dapat dipastikan. Namun, RNA beruntai ganda, contohnya, molekul RNA virus beruntai ganda, mengambil suatu struktur sepert-A kare- ‘na gugusan 2-hidroksil dari campuran ribosil RNA mencegah pem- bentukan dari bentuk B. Pembentukan DNA-2Z, yaltu bentuk ketiga, dipermudah melalui perangkaian alternans dari purin dan pirimidin, contohnya GCGCGCGC. Penspasian pasangan basa pada versi DNA berta- ngan-kiri adalah 3,7 A, dan basa berinklinasi sekitar 6° dengan sum- bu heliks. Lebar dari bentuk Z adalah 16 hingga 17 A. Metlasi dari residu sitosil dalam rangkaian CG alternans membantu untuk mewu- judkan transisi dari DNA-B menjadi DNA-Z karena gugusan metil hi drofobik yang ditambahkan menstabikan struktur DNA-Z. Hanya segmen kecil dari suatu DNA sel diduga terdapat sebagai DNA-Z, ddan fungsi dar struktur DNA tertentu ini tetap mengandung teka-toki (walaupun peranannya dalam pengontrolan ekspresi gen, yang d- dominasi oleh metilasi, telah didalikan), Sifat komplementer darikedua untaian menunjukkan adanya sua- tumodus replikasi DNA menurut Watson dan Crick. Mereka menga- jukan bahwa replikasi terjadi melalui sintesis dari untalan kom- plementer pada masing-masing dua untaian induk (Gambar 12-15) Untuk menghasilkan dua molekul ONA anak, yang masing-masing hanya memiliki satu untaian yang baru disintesis dan satu untaian induk dalam strukturnya. Usulan bagi suatu modus replikasi semi- konservatifini selanjutnya dibuktikan benar oleh Matthew Meselson ddan Franklin Stanl. SPESIES MOLEKULAR DARI RNA INA, tidak seperti DNA, memiliki beberapa spesies molekular selular yang secara khas berbeda. Tiga kelas dari RNA sitoplasmik adalah: 193, Gambar 12-12 ‘Model helks ganda dari ONA. Kedua pita ‘menggambarkan campuran fosft(P) dan de- ‘oksinbosa (0) dari dua untaian DNA.A == T ddan G:C masing-masing menggambar- kan pasangan basa adenin-timin dan gua- riostosin, Suts mayor 194 AsAUNURLEAT Gambor 12413 aa Pemasangan basa oleh ikatan hisrogen ‘iid fara adenin dan tmin dan atara guanin ic dan stosn dalam suatu ONA Metts gana ae ‘Svat pasangan adonn-bmin mom dua noes ‘tan hog dns pasangan gunn [rnb line fe sits mera ga katanrcregen is Ri A eAlac asic pre Fn tora room we oT") Peet Wey ovdan dokeosa 4 [ao Sen Lf sn Ne er cancetsbose i ° or i concettoa RNA messenger (mRNA), RNA ribosomal (rRINA), dan RINA transfer (IRINA). Sebagai suatu persentase dari kandungan RNA total suatu ssel, rRNA mencakup 75-80 persen karena adanya beribu-ribu ribo- som di dalam suatu sel, (RNAs antara 10 dan 15 persen, dan mRNA sekitar 5-10 persen. Pada eukariota, Ketiga spesies molekular teru- tama adalah sitoplasmik. Namun, sel eukariotik, juga mengandung berbagai RNAs int, banyak di antaranya merupakan molekul prekur- sor bagi spesies sitoplasmik. Ketiga FINAs sitoplasmik terlbat dalam sintesis protein. RNAs messenger, sesuai dengan namanya, bertin- dak sebagai messenger sitoplasmik dari gen dan membawa intorma- si genetika (kode genetika) untuk sintesis polipeptida. RNAS riboso- ral merupakan komponen struktural dari ribosom, merupakan orga- ‘ela di mana terjadisintesis polipeptida. RNAs transfer bertanggung jawab untuk mengangkut asam amino yang teraktivasi ke ribosom Untuk selanjutnya dimasukkan ke dalam struktur polipeptida. Sekali peranan RNA dalam sintesis protein ditemukan, masalah bagaimana ‘asam amino menjadi tergabung dalam protein, yang sebelumnya di- ‘duga merupakan suatu proses yang hanya melibatkan asam amino, dengan segera terselesaikan. PERANGKAIAN tRNAs. tRNAs merupakan yang terkecil di antara ketiga spesies RNA, me- ‘ngandung antara 70 dan 90 residu nukleotida dan memiliki berat mo- lekul sekitar 25.000. Rangkaian nukleotida pertama dari suatu asam rnukleat yang ditetapkan adalah suatu tRNA spesifik alanin dari ragi ‘Tugas ini diselesaikan oleh Robert Holley (Hadiah Nobel, 1968) dan rekan, dan sebagai usaha ilmiah, setingkat dengan penentuan pa~ tokan Sanger mengenai rangkaian asam amino insulin. Teknik yang PERANGKAIANIENAG 195 Gambar 12-18 ee stecenichalbedn ing ee aye | ' ' ' 1 1 | ' \ dambar 1218 tle tape obi edorerall a ON, oo“ Gans padat menggambarkan dua untaian induk DNA; gais putus-putus merah, meru- akan untaian yang baru drepikasi (anak), Gambar 12-16 ‘Skoma pembelanan a dan b dari asam nu: beat. a 6 hex. NST | | | 196 dikembangkan Holley untuk perangkaian tRNA pada prinsipnya ana- log dengan teknik yang digunakan untuk perangkaian protein, yaity pembelahan selekit dari makromolekul dan analisis lanjutan dari fragmen yang dinasikan. Sepert hidrolisis asam, yang membelah ‘semua katan peptida dalam suatu protein, hidroisis basamembelah semua Ikatan 3'5"fosfodiester dalam asam ribonukileat. Jacl, teknik perangkaian RNA Holley melibatkan (1) hidrolisis basa dan identif- kasi dan kuantifikasi dari nukleotida selanjutnya, (2) hidrolisis parsial (dengan enzim spesifik) dan penentuan urutan dari fragmen oligo- ‘nukleotida yang dihasilkan, dan akhimiya, (3) "overlapping" urutanol- ‘gonukleotida yang didapat untuk menarik kesimpulan rangkalan poli niukleotida yang lengkap. HIDROLISIS RNA Terdapat perbedaan penting antara hidrolisis protein dan asam ‘nukleat. Hidrolisis katan peptida dalam polipeptida selalu menghasi- kan gugusan karboksil-acdan amino-« bebas, dan seperti telah ciba- has sebelumnya, protease diklasiikasikan sebagai ekso- atau endo- peptidase, tergantungpada spesifisitas ikatan peptidanya. Dalamka- sus ikatan primer dari asam nukieat (ikatan3¥,5'-fosfodiester), kedua ikatan ester dapat dibelah melalui hidrolisis,tergantung pada meke- nisme hidrolitk dari katalis. Jaci, seperti diperiatkan pada Gambar 12-16, hidrolsis dapat menghasikan gugusan monosster 5'-ostat ddan suatu gugusan 3-hidroksil bebds (dikiasitikasikan sebagai suatu pembelahan a) atausuatu gugusan 5-hidroksil dan suatu monoester 3-fosfat bebas (suatu pembelanan 6). Karena itu, suatu nuklease (suatu enzim yang mendegradasi asam nukleat) dapat dikiasit kasikan sebagai suatu hidrolase a dan 6, baik suatu endonuklease maupun eksonukiease. Dalam suatu terminologi yang analog de- rngan suatu protease, suatu endonukiease menghidrolisisikatan fos- fodiester internal dan suatu eksonuklease mengawall hidrolisis ter- minus 3° atau 5’ dari suatu polinukleotia HIDROLISIS BASA Pada tahun 1940-an ditemukan bahwa RNAs (tetapi bukan DNAs) diidrolisis dengan cepat,jika dipanaskan dalam larutan basa, meng- hasilkan suatu campuran darimononukleotida -2" dan -3'. Pengamat- anini merupakan kunci terhadap pengertian mekanisme katalisis ion- hidroksida dari hidrolisis RNA. Seperti digambarkan pada Gambar 12-17, langkah pertama dalam hidrolisis basa adalah abstraksibasa- terkatalisis proton dari gugusan hidroksil -2’ dari setiap residu ribo- ‘nukleotiail untuk menghasilkan siklik monolostat-2,-3". Selanjutnya, hidrolisis acak dari perantara siklk fosfodiester ini menghasilkan ‘suatu campuran mononukleotida-2' dan -3'. USULAN MEKANISME KATALITIK DARI RIBONUKLEASE A. Ribonuklease A (enzim pertama yang dirangkaikan) merupakan ssuatu endonuklease pancreas dari kelas b, spesifik untuk ikatan ‘MOROUISIS 6484 197 | Pros dar ps tara 2, :sskmonototat, °. Plaaurs iemas pea * ae 5 PrawuPe on BGs A Sp “on “Bac 4 i Lota ae PratauPu 3) 2 Nuliosia 2 3th monclostt Wo-cH, ON Prat Lo. Hom-cH. ON miataueu Ho—cH, severe st 8 an OH P. sa Pe i Bamns0: ne bo 2 Mononoke FMononatseotisa Gambar 12-47 Mokanisme hidrosis basa dari ANA fosfodiesterase pada residu sisi ¥ dari pirimidin ribonukleotida. Se- perti pada kasus kimotriosin (Bab 8), data kombinasi yang didapat dari modifikasi kimiawi dan penelitian difraksi x-ray menuntun pada pengertian akan struktu: enzim dan mekanisme kataltik. Gambar 42-18 menggambarkan struktur tersier dari ribonuklease pancreas ssapi dan juga memperiinatkan pengikatan dari substrat. 198 ASAMNUKLEAT Gambar 12-18 Fibonuklease pancreas sapi dengan sub strat. Substrat (UpA) digambarkan dengan vaina mara, can ran sameng G89 Tiga residu pada tempat aki yang berpatsipasi dalam mokarisme ccadan parece hidrolisis adalah His12, Lis, dan His/ 19. katanhicrogen mengh- bungkan campuran pirimidin dari suatu residu nukleotida yang peka terhadap kantong pengikat dari enzim (analog dengan kantong hi- drofobik yang dijelaskan untuk kimotripsin). Sepert diagram pada Gambar 12-19, mekanisme kataliik melibatkan interaksi ionik dari Lis41 dengan ikatan fosfodiester yang mudah pecah (ikatan pada sisi 8 dari pirimidin nukleotida), yang bertindak meningkatkan polarisasi dari ikatan fosfor-oksigen dan dengan demikian menjadikannyalebih peka terhadap serangan nukleofilik. His12 bertindak sebagai katalis asa a al eae ae Deal eal cee SO tara His119 bertindak sebagai kafalis asam umum dan melengkapi suatu proton pada oksigen-5’ pada saat dipindahkan dari fosfor oleh ‘ukleofil yang menyerang (oksigen -2’). Jadi, suatu sikik 2','-sikk fosfat dibentuk sebagai suatu perantara, dan hasil pertama dari pembelahan rantai (dengan gugusan 5'-OH) meninggalkan tempat yang aki. Pada langkah kedua, peranan dari dua residu histidil d- balik, di mana His119 dewasa ini bertindak sebagai suatu basa kon- jugat dan Hist2 sebagai suatu asam konjugat. Dengan demikian, langkah kedua dalam hidrolisis adalah hidrolisis dlarahkan enzim Horus aass 199 darifosfat sikik-2’,9’ untuk menghasilkan fosfomonoester-3’. Karena diarahkan oleh enzim, maka pembelahan ini tidak acak (tidak seperti hidrolisis asam), dan tidak dihasilkan 2”fosfat, yaitu, protonasi ok- sigen-2' oleh His21 adalah terarah (Gambar 12-19). Gambar 12-19 Makanieme hidrlisis usulan oleh sibo- ruloase A A Produks prod petama N GH, 59 Pi a a HN (CH), — Leet i Piatau Pu On wi \p Oo oH Pe. 2 Pts peta n A We cap 0. Pi Pears era! Pi tis ox, Ne N-H In o-n — \ 2? 07H Probie NO SNH cH, 7c, Ft His 119 200 ASAMNUKLEAT ‘Gambar 12-20 'Skana pembslahan suatu oligorbonukleo {ida oleh berbagal nutdease dalam Tabel 123, Tabel 12-3 ‘Spesilstas dari beberapa nuklease Enaim ‘Kelas ‘Spesistas| Eksonuklease Fosfodiesterase bisa lar at Dimulai dar terminus-3' dari FRNA (atau DNA) Fosfodiesterase ipa bt Dirulai dar terminus-5’ dar RNA (atau DNA) Endonuklease Fibonuklease A pankreas b argkaian-s' di mana rang alan-3'bernubungan ‘dengan suatu nukdeotida primi (hanya RNA) Fibonuklease > Rargkaian-5’

    You might also like