Tugas Resume Matakuliah Genetika I

Kelompok 11/Offering C/2015

Nama : Iqbal Bilgrami B (150341606676)

Nurul Ma’rifah (150341601660)

Semiconservative Replication of DNA

Proses paling penting untuk reproduksi adalah replikasi DNA karena materi genetik yang
diwariskan ke keturunannya tersimpan dalam DNA. Terdapat beberapa model replikasi pada DNA
model helixganda:
1. Replikasi semikonservatif: Untai induk akan terpisah dan masing-masing untai dari induk akan
bereplikasi membentuk untai baru.
2. Replikasi konservatif: DNA induk utuh dan langsung bereplikasi membuat untai DNA keturunan
yang baru.
3. Replikasi Dispersif: replikasi dimana segmen DNA induk dan keturunan akan berselingan melalui
proses fragmentasi, sintesis dan penyatuan kembali.
The “Meselson-Stahl” Experiment
Pada tahun 1958, Meselson-Stahl mendukung teori Watson-
Crick bahwa DNA (yang berada pada kromosom) dari E. coli
bereplikasi secara semikonservatif.
E. coli dibiakkan selama beberapa generasi pada medium 15N
(DNA berat). Medium 15N dan 14N memiliki pengaruh densitas
DNA yang berbeda pada bakteri. Perbedaan densitas dapat
diketahui dan dipisah melalui teknik sentrifugasi gradient
keseimbangan densitas.
1. Beberapa sel pada medium 15N yang memiliki DNA berat dipindah ke medium 14N (density
transfer experiment).
2. Setelah itu, dianalisis keturunannya (F1) dengan mengekstrak DNA dan dianalisis dalam
keseimbangan gradien densitas CsCl.
3. Hasil eksperimennya semua DNA F1 atau generasi pertama memiliki densitas DNA
intermediet/hybrid. Setelah dua generasi dari sel yang ditumbuhkan dalam medium yang
mengandung 14N, setengah dari DNA dengan densitas hibrid dan setengah lagi dengan densitas
ringan.
4. Disimpulkan bahwa replikasi terjadi secara semikonservatif karena apabila terjadi secara
konsevatif maka keturunannya akan memiliki densitas DNA berat dan densitas DNA ringan,
sedangkan bila replikasi terjadi secara dispersif, Meselson dan Stahl akan mengamati pergeseran
dari DNA dari ke arah densitas ringan dalam setiap generasi (yaitu, "setengah berat" atau hybrid
setelah satu generasi, "kuartal berat" setelah dua generasi, dan sebagainya sebagainya).
Kemungkinan- kemungkinan ini jelas tidak konsisten dengan hasil Meselson dan percobaan Stahl.
Autodiography of Replicating Bacterial Chromosomes
Autoradiografi adalah metode untuk mendeteksi dan
melokalisasi isotop radioaktif dalam persiapan sitologi atau
makromolekul oleh paparan emulsi fotografi yang sensitif
terhadap radiasi rendah energi. DNA akan seara khusus
terlabel dengan membiakkan sel dalam [3H] Thymidine.
Cairns pada tahun 1963 menggunakan metode ini untuk
memvisualisasi replikasi kromosom pada E. coli. Sel
dilisiskan secara hati-hari lalu diletakkan di emulsi fotografi
selama beberapa waktu dan diamati dibawah mikroskop
elektron. Beberapa poin dari percobaan ini adalah: (1) DNA
E. coli memiliki bentuk melingkar, (2) DNA direplikasi tetap
menjaga integritas lingkaran. Artinya, lingkaran tidak muncul
untuk istirahat selama proses replikasi DNA; perantara bentuk
struktur theta (topologi mirip dalam bentuk dengan huruf
theta Yunani,). (3) Replikasi DNA tampaknya terjadi pada
satu atau dua bergerak Y-persimpangan dalam lingkaran, yang
lebih mendukung Replikasi konservatif.

Phage ɸX174 and “Rolling Circle” Replication

Phage ɸX174 merupakan perwakilan dari kelompok virus
penginfeksi bakteri (bacteriophage) yang memiliki DNA
untai tunggal, sehingga proses replikasinya pun memilikiyr
mekanisme lain.
1. Pembentukan molekul Induk RF (Duplex Replicative Form): sintesis untai komplementer
(negative) dari untai DNA bacteriophage (positif) RNA primer oleh priming proteins, RNA
dipanjangkan oleh DNA polymerase I membentuk fragmen okazaki, untai negative disintesis
secara diskontinu. Pengeluaran RNA primer dan pengisian gap dikatalis oleh DNA polymerase I
dan penutupan kovalen oeh DNA ligase.
2. Pembentukan turunan RF: Untai (+) induk RF dipotong pada tempat tertentu oleh aktivitas
endonuklease spesifik berupa gene A protein (gpA). Dan memotong RF induk hanya pada satu
tempat tertentu menghasilkan ujung 3 -OH dan 5-P04 pada untai (+) sedangkan untai negatif
masih dalam bentuk lingkaran. Selama proses pemotongan tersebut, gpA melekat secara kovalen
pada 5-gugus P04 di untai (+). Protein ini masih berikatan dengan ujung 5' hingga untai (+)
progeni selesai disintesis. Lingkaran untai (+) mengelilingi untai (-). Rotasi untai (+) terhadap
 untai (-) inilah yang disebut sebagai rolling circle. Selanjutnya ujung 5' untai (+) dilepaskan dari
untai negatif. DNA polymerrase III kemudian menambahkan nukleotida-nukleotida pada ujung 3-
OH yang bebas ketika lingkaran untai (+) mengelilingi untai (-). Penambahan nukleotida baru
menggunakan untaian (-) sebagai cetakan. gpA tetap berikatan dengan garpu replikasi saat
mengelilingi untai (-). Ketika satu untai positif baru telah selesai disintesis, gpA memotong origin
(asal) untai (+) baru dan secara simultan meligasi ujung 3' dan 5‘ menyambung untaian DNA (+)
yang terlepas dengan membentuk ikatan fosfodiester menghasilkan untai (+) induk yang
melingkar. Selanjutnya ujung untaian DNA (+) induk akan terdesak, akhirnya lepas dan
mcnggulung atau melingkar tertutup. Selanjutnya pada untai (+) yang baru ini terjadi lagi
pembentukan untai (-) atau pembentukan RF baru secara diskontinu. Fragmen Okazaki juga
disintesis oleh RNA primer. Induk RF yang terlepas itu akan digunakan lagi sebagai cetakan untuk
membentuk untaian DNA (-) seperti yang dilakukan pada tahap 1.
3. Pembentukan turunan untai positif dari turunan RF: Replikasi rolling circle dari turunan RF terjadi
pada saat bersamaan dengan replikasi induk RF pada tahap 2, hanya bedanya adalah tidak
dibentuk untai (-). Tahapan ini dilakukan untuk membentuk untaian (+) saja dengan menggunakan
untaian (-) sebagai cetakan dengan mekanisme replikasi lingkaran berputar. Protein gpA yang
masih melekat pada dupleks kembali memotong pada untaian DNA (+). Enzim DNA helikase
selanjutnya terikat pada untaian DNA (-) pada daerah potongan tersebut. Bersama-sama dengan
primosom dan protein SSB, helikase membuka DNA pada waktu primosom melakukan sintesis
primer yang dimulai pada ujung 3' untaian DNA (-). DNA polymerase III kemudian melakukan
polimerisasi molekul primer. Untaian DNA (+) yang lama pada dupleks kemudian didesak keluar
dengan mekanisme lingkaran berputar. Secara simultan, protein selubung virus, yang dihasilkan
dengan menggunakan system sintesis protein sel inang, dilekatkan pada molekul DNA yang
terlepas tersebut sehingga untaian DNA (+) yang terlepas tersebut tiak dapat digunakan lagi
sebagai cetakan untuk sintesis untaian DNA (1). Akhirnya protein gpA memotong untaian DNA
yang terlepas tersebut pada titik awal replikasi. Kemudian dilakukan penutupan lingkaran DNA
dengan membuat ikatan fosfodiester. Pada tahapan akhir ini ditambahkan lebih banyak lagi protein
selubung pada untaian DNA (+) sehingga terbentuk partikel virus baru.
Retroviruses and Retrotransposons
Pada genom eukariot berisi
transposable elements yang dapat
melakukan transkripsi berbalik (Reverse
Transcription) yang pada awalnya adalah
RNA akan menjadi DNA, elemen
tersebut dinamakan sebagai
retrotransposons. Reverse transcription
juga berperan penting dalam siklus hidup
beberapa virus (retrovirus) yang
memiliki genom satu untai RNA, tetapi
ketika telah menginfeksi sel inang akan
berubah menjadi dua untai DNA.
Pada tahun 1970 David Baltimore,
Howard Temin, and Satoshi Mizutani
menemukan enzim DNA polimerase
(reverse transcriptase) pada untai tunggal
RNA yang membuat RNA disalin menjadi DNA. Banyak jenis retrovirus yang telah diisolasi dan
diidentifikasi, contohnya adalah HIV (Human Immunodeficiency Virus) yang menyebabkan
sindrom defisiensi imun atau AIDS (Acquired Immune Deficiency Syndrome) dan termasuk
sebagai penyakit serius yang menyerang sistem kekebalan tubuh, dimana seseorang akan
kehilangan kemampuan untuk melawan infeksi dari bermacam-macam patogen, termasuk
organisme yang biasanya tidak berbahaya, tanpa pengobatan yang intensif seseorang yang
terinfeksi pada akhirnya akan mengalami kematian,
Pada saat virus menginfeksi sel inang, membran lipid dan mantel protein yang mengelilingi virus
akan di degradasi dan materi genetik dalam inti virus dilepaskan menuju sitoplasma sel inang. Inti
virus HIV terdapat dua molekul identik pada untai tunggal RNA-nya yang memfasilitasi replikasi
genom. RNA virus berperan sebagai tamplate
untuk membuat salinan DNA, untai tunggal
salinan DNA tersebut akan membuat salinan
kembali sehingga mengasilkan dua untai DNA
yang akan menyisip ke dalam kromosom inti
sel inang. Genom virus HIV, mengandung
beberapa gen, antara lain :
(1) gag, yang mengkodekan pembuatan
protein plasmid dari partikel-partikel virus.
(2) pol, yang mengkodekan reverse
transcriptase dan enzim lain (integrase) yang
mengkatalisis penyisipan bentuk DNA dari
genom HIV menuju ke dalam kromosom sel
inang.
(3) env, yang mengkodekan glikoprotein
sebagai bahan penyusun pembungkus
(envelope) virus.

Pertanyaan :
1. Sebutkan macam-macam tipe replikasi DNA/RNA? dan jelaskan secara rinci contoh
organisme yang melakukan replikasi “Rolling Circle”!
Jawab :
Tipe replikasi DNA/RNA antara lain:
a. Tipe θ shape b. Tipe Y shape

Rolling circle merupakan jenis replikasi yang terjadi pada banyak virus untuk
menduplikasi genom, pada beberapa bakteri yang berkonjugasi dan pada amphibia untuk
memperkuat ekstrakromosom DNAs yang membawa kumpulan RNA ribosom selama proses
oogenesis
2. Pada saat RNA virus disalin menjadi DNA, RNA virus akan di degradasi setelahnya, lalu
bagaimanakah tubuh virus disusun kembali sehingga dapat dilepaskan dari sel inang?,
mengingat materi genetiknya telah hilang. Jelaskan!
Jawab :
RNA virus memang telah didegradasi sesaat setelah membuat salinan DNA, DNA
(Proviral DNA) hasil salinan tersebut akan bergabung dengan DNA sel inang, kemudian
didalam inti, DNA proviral akan mentranskripsi RNA sel inang (Viral RNA) yang akan
ditranslasi disitoplasma, kemudian akan menjadi genom RNA sebagai materi genetik virus
dan mengkode protein, glikoprotein sebagai bahan baku envelope dan kapsid.