Poin Pembahasan Acara I. Mikrobiologi Tanah.

1. Jelaskan singkat Isolasi bakteri (pengertian, metode, etc).

Pengertian
Secara alami, mikroba di alam ditemukan dalam populasi campuran. Untuk memperoleh
biakan murni dapat dilakukan isolasi yang diawali dengan pengenceran bertingkat. Proses
isolasi mikroba adalah memisahkan mikroba satu dengan mikroba lain yang berasal dari
campuran berbagai mikroba untuk dapat mempelajari sifat biakan, morfologi dan sifat
mikroba lainnya (Puspitasari dkk., 2012).
Metode
Menurut Tauro dkk. (2004), terdapat beberapa metode dalam islasi bakteri yang dijelaskan sebagai
berikut:
 Teknik pencairan bertingkat: kultur bakteri dimurnika dengan pengencern berseri terhadap
sampel kultur campuran didalam medium cair yang steril, dimana pada pengenceran final
akan mengandung satu atau tanpa mikroorganisme. Pertumbuhan bakteri (growth) yang
ditemui pada tabung terakhir dapat dianggap berasal dari satu sel.
 Teknik pour plate: melibatkan plating terhadap kultur bakteri yang telah diencerkan dimana
dicampur dengan medium agar cair. Inokulum ditambahkan pada medium agar pada 40 –
45oC dalam petridisk steril. Setelah medium memadat, selanjutnya dilakukan inkubasi.
Metode ini akan memperliatkan pertumbuhan di permukaan maupun dibawah permukaan.
Meski metode ini tidak ideal untuk mengisolasi kultur murni, namun cocok untuk
mengisolasi dan memurnikan bakteri anaerob.
 Streak plate dan spread plate: dalam metode streak plate, sampel (yang terencerkan)
berjumlah kecil ditransfer ke permukaan medium padat yang sesuai dengan bantuan wire
loop (jarum ose) dan dilakukan streak (penggoresan) pada arah yang tepat. Growtth akan
berkuran di sepanjang goresan dan pada akhirnya hanya koloni-koloni terisolasi yang muncul.
Pada metode spread plate, beberapa (aliquot) sampel yang diencerkan, ditransfer ke
permukaan agar dan disebar secara seragam dengan logam bengkok atau batang gelas
(trigaski) yang steril. Coloni-koloni akan tuuh pada permukaan medium setelah beberapa
lama periode inkubasi. Dalam kedua metode, koloni-koloni terseebut dapat dianggap berasal
dari sel tunggal dan oeh karenanya, dapat dipertimbangkan sebagai kultur murni. Namun,
adalah perlu unuk dilakukan streak / spread ulang beberapa kali hingga semua koloni yang
dikembangkan bersifat identik secara morfologi.
 Micromanipulation: beberapa tahun belakangan ini, berbagai ahli mikromanipulator telah
mengembangkan suatu teknik sehingga dapat digunkan untuk mengisolasi kultur murni.
Dalam teknik ini, suspensi yang telah diencerkan kemudian di apuskan (smeared) diatas
permukaan medium agar dan sel tunggal kemudian diisolasi dengan dimanipulasi dibawah
 mikroskop kemudian ditumbuhkan. Setelah koloni terlihat, maka dilakukan pemurnian
(purifikasi). Teknik ini bersifat praktis dan berguna dalam pemisahan bakteri berukuran besar
dari bakteri-bakteri lain yang lebih kecil.

2. Jelaskan mengenai sample tanah yang dibawa (struktur tanah, tentang

mikroorganisme yang ada pada tanah kolam, sawah, got).
Sawah
Menurut Rajamuddin (2009), ciri utama tanah sawah adalah identik dengan genangan air
dalam waktu yang lama sehingga terjadinya perubahan sifat kimia, fisika dan biologi tanah.
Tanah persawahan memiliki struktur granular dimana menurut Novizan (2005), struktur ini
berbentuk bulat / bulat telur dengan sisi yang tidak kasar. Menurut Watanabe (1979), pada
lahan sawah yang tergenang air terdapat lebih dari 20 jenis bakteri fiksasi N2 dari udara yang
hidup secara bebas. Mikroba lain berfungsi sebagai perombak bahan organik (dekomposer),
nitrifikasi, denitrifikasi, pelarut fosfat, dan lain-lain.
Kolam
Tanah dasar kolam memiliki tekstrur yang beragam mulai dari lempung berpasir hingga
lmpung geluhan sedangkan ada juga karakteristik pH dari tanah ini bersifat masam yaitu 4,5
– 6,5. Karakteristik tanah kolam berbeda-beda sebab penambahan material organik di dalam
kolam termasuk pakan yang tidak dimakan, fases, alga yang mati, pupuk dan lain sebagainya
dapat mempengaruhi sifat-sifat dari tanah kolam itu sendiri (Boyd, 1995). Adapun menurut
Djarijah (2011), tekstur dan struktur tanah kolam adalah tanah liat berpasir yang memiliki sifat kedap
air dan tidak masam.
Komponen biotik yang terdapat dikolam dapat terdiridari mikrobia probiotik (merombak bahan
organik menjadi bahan yang dibutuhkan ikan dan menguraikan senyaw beracun). Selain probiotik,
terdapat juga mikrobia alami yang bersifat patogen (Afrianto dkk., 2015). Adapun perifiton (semua
mikroorganisme “seperti tumbuhan” atau mikroflora) yang memiliki peran sebagai pakan alami bagi
ikan jika dalam kolam terdapat benda keras seperti bambu dan paralon (Yuhana dkk., 2011).
Got
Tanah got / gorong-gorong cenderung tidak subur karena banyak akumulasi logam berat serta
sampah yang terbuang bersama aliran air. Struktur tanah ini mulai dari granular, lempeng dan
kubus bergantung pada aliran air dan sedimentasi. Sedimentasi pada tanah gorong-gorong
membuat tanahnya menjadi berlempung serta terdapat banyak konsentrasi mikroorganisme
pendegradasi. Contoh mikroorganisme yg ada di tanah got yaitu alga dan protozoa (Boyd,
1995).

3. Jelaskan mengenai bakteri Bacillus thuringiensis (habitat, karakteristik dan

morfologi koloni atau sel, kegunaannya atau manfaatnya).
Anggota bacillus thuringiensis punya karakteristik berbentuk rod (batang) dengan lebar sekitar 1 –
1,2 dan panjang 3 – 5 mikron, gram positif, aaerob fakultatif dimana lebih suka menggunakan
karbohidrat sebagai sumber energi utamanya. Secara historis, Bacillus thuringiensis telah diisolasi
dari lingkungan yang berhubungan dengan popuasi serangga dan/atau material tumbuhan.
Contohnya pada ulat sutra dimana bakteri ini pertama kali ditemukan atau pada fasilitas pemrosesan
gandum. Berbagai studi menunjuan bahwa B. thuringiensis secara normal menempati (berhabitat)
tumbuhan berdaun namun, habiat tanah telah menjadi sumber primer dalam isolasi bakteri ini
(Campinera, 2008).q
Jika ditumbuhkan pada medium padat, koloni Bacillus thuringiensis berbentuk bulat dengan
tepian berkerut, memiliki diameter 5-10 mm, berwarna putih, elevasi timbul pada permukaan
koloni kasar (Bucher, 1981). Menurut Khudra (2011), tepian koloni Bt sedikit berkerut atau
bergelombang. Dalam bentuk spora dorman, bakteri ini menghasilkan kristal protein δ-
endotoksin, bersifat lethal jika dimakan oleh serangga sehingga dapat dipakai sebagai
bioinsektisida oleh petani di berbagai negara. Dengan kemajuan teknologi, gen insektisidal Bt
dapat diisolasi sehingga dapat diintroduksikan ke dalam tanaman (Bahagiawati, 2002).

4. Faktor yang mempengaruhi keberadaan bakteri Bacillus thuringiensis di tanah.

Bakteri ini dapat ditemukan di beberapa habitat seperti tanah, pepohonan, pakan ternak, dan
serangga mati (Zeigler, 1999). Menurut Khudra (2011), hasil isolasi tanah didapatkan 453
koloni bakteri seperti genus Bacillus namun hanya 2 isolat memiliki ciri koloni dan
mikroskopis mirip Bt. Rendahnya perolehan bakteri hasil isolasi kemungkinan besar
dipengaruhi oleh banyak faktor antara lain hujan, tingkat kelembaban dan pencemaran tanah
oleh polusi udara. Dapat juga saat pengambilan sampel ditemukan bakteri entomopatogenik
(contoh Bt) di suatu tempat namun tidak dapat ditemukan lagi dilain waktu dan sebaliknya.

5. Jelaskan bahan dan fungsi perlakuan (tujuan, alasan, fungsi), kaitkan dengan teori).
6. Pembahasan hasil (kaitkan dengan teori).

Semangat !! 

Dafpust
Afrianto, E., Liviawaty, E., Jamaris, Z dan Hendri. 2015. Penyakit Ikan. Penebar Swadaya,
Jakarta.
Bahagiawati. 2002. Penggunaan Bacillus thuringiensis sebagai bioinsektisida. Jurnal AgroBio
5 (1): 21 – 28.
Boyd, C.E. 1995. Bottom Soils, Sediment, and Pond Aquaculture. Chapman and Hall, New
Bucher, G. E. 1981. Identification of Bacteria Found in Insect. Academic Press, London.
Campinera, J. 2008. Encyclopedia of Entomology Second Edition. Springer Science and
Business Media, Leipzig.
Djarijah, A. S. 2011. Pembenihan Ikan Mas. Penerbit Kanisius, Yogyakarta.
Khudra, I. A. 2011. Isolasi bakteri Bacillus thuringiensis dari tanah dan pengujian
toksisitasnya terhadap ulat grayak (Spodoptera litura). Naskas Skripsi S1. Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Novizan. 2005. Petunjuk Pemupukan yang Efektif. AgroMedia Pustaka, Jakarta.
Puspitasari, F. D., Shovitri, M dan Kuswytasari, N. D. 2012. Isolasi dan karakterisasi bakteri
aerob proteolitik dari tangki septik. Jurnal Sains Dan Seni ITS 1 (1): 1 – 4.
Rajamuddin, U. A. 2009. Kajian tingkat perkembangan tanah pada lahan persawahan di desa
kaluku tinggu kabupaten donggala sulawesi tengah. Jurnal Agroland 16 (1) : 45 – 52.
Tauro, P., Kapoor, K. K dan Yadav, K. S. 2004. An Introduction to Microbiology. New Age
International Ltd, New Delhi.
Watanabe, I. 1979. Biological Nitrogen Fixation in Rice Soils. IRRI, Los Banos.
York.
Yuhana, N., Irianto, A dan Hendro Pramono. Rekayasa mikroorganisme inisiator perifiton
pada kolam budidaya Ikan tilapia dengan pemberian konsorsia mikroorganisme
unggul. Jurnal Perikanan 8 (1): 13-21.
Zeigler, D. R. 1999. Bacillus Genetic Stock Center of Strains, Part 2:Bacillus thuringiensis
dan Bacillus Cereus. The Ohio State University Press. Columbus.