TRANSKRIPSI

Pada organisme eukariotik, gen kromosom terdiri dari DNA, terdapat

dalam nukleus sel. Sedangkan sintesis protein pada sitoplasma. DNA tidak dapat
digunakan secara langsung sebagai sintesis protein. DNA merupakan
polinukleotida unting ganda. Oleh karena itu sebagian besar gen pada nukleotida
merupakan unting ganda. Akan tetapi yang menjadi templat pada proses
transkripsi suatu gen hanyalah salah satu unting. Unting polinukleotida yang
menjadi templat pada proses transkripsi disebut unting sense. Unting sense
tersebut digunakan untuk template sintesis rantai RNA komplementer yang
disebut RNA messenger (mRNA) atau pre-messenger RNA pada proses yang
disebut transkripsi. Transkripsi adalah perubahan urutan basa molekul DNA
menjadi urutan basa molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan
proses sintesis RNA menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan
(template)nya. Pada unting sense dari dua gen yang berbeda, tepatnya adalah gen
yang berdekatan, tidak selalu pada unting yang sama. Bagaimanapun, dari gen
biasa hanya satu unting yang ditranskripsi. mRNA kemudian membawa informasi
genetik dari daerah sintesis pada nukleus ke daerah sintesis protein di ribosom di
sitoplasma. Sintesis mRNA di nukleus dan ditransport menuju sitoplasma dapat
dibuktikan dengan eksperimen label-pulsa dan autoradiography. Jika suatu sel
diarahkan pada radioaktif prekursor RNA untuk beberapa menit dan lokasi
interseluler gabungan radioaktif ditentukan oleh autoradiography, hampir semua
mulai timbul, pelabelan RNA ditemukan pada nukleus. Dilain pihak pulsa pendek
untuk prekursor RNA label diikuti oleh sebuah periode pertumbuhan pada
medium nonradioaktif sebelum autoradiography, sebagian besar radioaktif
gabungan ditransportasikan ke sitoplasma, label-pulsa terjadi dari salah satu dari
dua yaitu:
1. Sedimentasi sel dari medium radioaktif
2. Penambahan berlebihan dari prekusrsor radioaktif sehingga mencairkan
prekursor radioaktif untuk konsentrasi yang dapat diabaikan
Bukti kuat untuk sebuah RNA intermedia pada sintesis protein juga
merupakan hasil dari studi pada sel E. coli yang terinfeksi faga T2. Protein faga
akan disintesis pada ribosom sel induk untuk menginfeksi. Spesifikasinya
menentukan rantai asam amino dari polipetida tidak berada pada daerah integral
dari struktur ribosom.
DNA dan RNA polimerase terikat mengkatalis transkripsi secara
kompleks, protein multimerik. mRNA E. Coli, merupakan studi ekslusif untuk
semua RNA polimerase, mempunyai berat molekul 490000 dan terdiri dari enam
polipeptida. Dua diantaranya identik, enzim tersebut terdiri dari lima polipeptida.
Satu dari subunit tersebut, faktor sigma (σ), hanya dilibatkan pada inisiasi dari
transkripsi, tidak mempunyai fungsi katalitik. Molekul RNA polimerase kompleks
disebut holoenzim. Terdiri dari dua α-polipeptida dan sebuah polipeptida dari
setiap tipe β, β’ dan σ. Setelah inisiasi sintesis rantai RNA, faktor σ dilepaskan
dan rantai elongasi dikatalis oleh enzim inti, dengan komposisi 2α, β, β’, ω.
Fungsi dari sigma adalah untuk mengenal dan mengikat RNA polimerase untuk
daerah inisiasi yang tepat, daerah promotor pada DNA. Polimerase RNA inti
(tanpa sigma) akan mengkatalis sintesis RNA dari templat DNA in vitro, tetapi dia
menginisiasi pada daerah acak di kedua rantai DNA. Holoenzim (dengan sigma),
di lain pihak menginisiasi in vitro hanya pada derah yang digunakan in vivo.
Adapun mekanisme transkripsi secara lengkap pada Prokariotik yaitu sebagai
berikut.
1. Inisiasi

Di dalam promoternya boks TATA

diletakkan kira-kira 25 nukleotida
updtream jauhnya dari titk awal
transkripsi

Faktor transkripsi yang

mengenali boks TATA,
mengikatkan diri pada DNA
sebelum RNA polimerase
melakukan hal yang sama
Faktor transkripsi tambahan
bergabung dengan polimerase
Daerah DNA dimana RNA polimerase melekat
pada dan
DNA .mengawali
Heliks ganda DNA
membuka, dan sintesis RNA
transkripsi disebut promoter yang mencakup titika dimulai
awal transkripsi dandari untai
pada titik awal
cetakannya.
biasanya membentang beberapa lusin pasangan “upstream” dari titik
awal. Selain itu promoter juga menentukan yang mana dari kedua untai
 helix DNA yang digunakan sebagai cetakan. Pada prokariota RNA
polimerase itu sendiri secara khusus mengenali dan mengikatkan pada
promoternya, sedangkan eukariota mempunyai faktor transkripsi yang
menjadi perantara pengikatan polimerase RNA dan inisiasi transkripsi,
kemudian RNA polimerase mengikatkan diri pada promoternya. Enzim
yang mentranskripai gen pengkode protein menjadi pra-mRNA adalah
RNA polimerase.
2. Elongasi

Pada saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA terus membuka

pilinan helix ganda tersebut, memperlihatkan kira-kira 10-20 basa DNA
sekaligus untuk berpasangan dengan nuleotida RNA. Enzim ini
menambahkan nukleotida ke ujung 3’ dari molekul RNA yang sedang
tumbuh begitu enzim ini berlanjut di sepanjang helix ganda tersebut. Pada
saat sintesis RNA berlangsung, helis ganda DNA terbentuk kembali dan
molekul RNA baru akan lepas dari cetakan DNA-nya. Transkripsi akan
berlanjut pada laju kira-kira 60 nukleotida per detik pada eukariota.
Banyaknya molekul polimerase yang secara simultan mentranskripsi gen
tunggal akan meningkatkan jumlah molekul mRNA dan membantu sel
membuat protein dalam jumlah yang lebih besar.
3. Terminasi

RNA polimerase
 Transkripasi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi
urutan DNA yang disebut terminator. Pada sel prokariotik biasanya
transkripsi berhenti tepat pada akhir signal terminasi dengan rantai
5’UUUUUUA3’, menunjukkan bahwa rantai 3’-AAAAAAT-5’ pada rantai
sense DNA adalah bagian yang kurang dari rantai terminator transkripsi.
Beberapa signal terminasi transkripsi membutuhkan kehadiran sebuah
protein yang disebut rbo sedangkan yang lain tidak. Ketika polimerase
mencapai titik tersebut polimerase melepas RNA dan DNA. Pada sel
eukariota polimerase terus melewati signal terminasi, suatu urutan
AAUAAA didalam pra-mRNA. Pada titik yang lebih jauh kira-kira 10-35
nukleotida, pra-mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.
Pada eukariotik, terdapat tiga RNA polimerase yang berbeda yaitu
RNA polimerase I, II dan III. RNA polimerase I terletak di nukleus dan
mengkatalis sintesis rRNA. RNA polimerase II dan III terdapat pada
nukleoplasma (diluar nukleus). RNA polimerase III mentranskrip gen
untuk RNAs dan tRNAs nukleus kecil. Daerah ikatannya terdapat pada
gen dibanding pada 5’ atau daerah upstream dari gen.
RNA polimerase II mentranskripsi mayoritas gen struktural
nukleus. Bertanggung jawab untuk sintesis pre-mRNA. Perbandingan dari
rantai promoter atau daerah ikatan RNA polimerase II dari lebih 200 gen
eukariotik berbeda menyatakan konsensus rantai dilokasikan pada sekitar
25 dan 75 pasang nukleotida, yang bertanggung jawab sebelum daerah
start transkripsi. Rantai konsensus untuk rantai -25 (juga disebut kotak
hognes dan kotak TATA) dan rantai -5 (juga disebut kotak CAAT) adalah
TATAAAA dan GGCCAATCT.
Mekanisme dari sintesis RNA analog dengan sintesis DNA kecuali (1)
prekursor adalah trifosfat ribonukleotida (2) hanya segmen tertentu dari unting
tunggal yang di kopi dan (3) RNA komplementer dilepaskan dari templat sebagai
sintesisnya. Perpanjangan kovalen muncul, sebagai sintesis DNA dengan
pertambahan dari mononukleotida menuju akhir 3’ dari rantai, dengan pelepasan
pirofosfat.
Pertanyaan
1. Jelaskan tentang pengertian dari transkripsi!
Jawab : Transkripsi adalah perubahan urutan basa molekul DNA menjadi
urutan basa molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan
proses sintesis RNA menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai
cetakan (template)nya.
2. Jelaskan apa yang anda ketahui mengenai elongasi pada transkripsi!
Jawab : Pada saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA terus membuka
pilinan helix ganda tersebut, memperlihatkan kira-kira 10-20 basa DNA
sekaligus untuk berpasangan dengan nuleotida RNA. Enzim ini
menambahkan nukleotida ke ujung 3’ dari molekul RNA yang sedang
tumbuh begitu enzim ini berlanjut di sepanjang helix ganda tersebut. Pada
saat sintesis RNA berlangsung, helis ganda DNA terbentuk kembali dan
molekul RNA baru akan lepas dari cetakan DNA-nya. Transkripsi akan
berlanjut pada laju kira-kira 60 nukleotida per detik pada eukariota.
Banyaknya molekul polimerase yang secara simultan mentranskripsi gen
tunggal akan meningkatkan jumlah molekul mRNA dan membantu sel
membuat protein dalam jumlah yang lebih besar.
3. Sebutkan 3 macam RNA polimerase pada hewan eukariotik!
Jawab : Pada eukariotik, terdapat tiga RNA polimerase yang berbeda yaitu
RNA polimerase I, II dan III. RNA polimerase I terletak di nukleus dan
mengkatalis sintesis rRNA. RNA polimerase II dan III terdapat pada
nukleoplasma (diluar nukleus).
4. Mekanisme dari sintesis RNA analog dengan sintesis DNA, kecuali apa?
Jawab : Mekanisme dari sintesis RNA analog dengan sintesis DNA kecuali
(1) prekursor adalah trifosfat ribonukleotida (2) hanya segmen tertentu
dari unting tunggal yang di kopi dan (3) RNA komplementer dilepaskan
dari templat sebagai sintesisnya. Perpanjangan kovalen muncul, sebagai
sintesis DNA dengan pertambahan dari mononukleotida menuju akhir 3’
dari rantai, dengan pelepasan pirofosfat.