© 2006 oleh The International Union of Biokimia dan Biologi Molekuler B IOCHEMISTRY DAN M OLECULAR B IOLOGY E ducation

Dicetak di USA Vol. 34, No 5, pp. 378-383, 2006

Latihan laboratorium

Analisis Sidik Jari DNA dari Tiga pendek Tandem Repeat (STR) Loci
untuk Biokimia dan Kursus Laboratorium Ilmu Forensik □ S

Diterima untuk publikasi, 21 November 2005, dan dalam bentuk direvisi, April 3,
2006

Kathleen McNamara-Schroeder ‡, Cheryl Olonan ‡, Simon Chu, Maria C. Montoya, Mahta Alviri,
Shannon Ginty, dan John J. Love§
Dari Departemen Kimia dan Biokimia, San Diego State University, San Diego, California 92182-1030

Kami telah merancang dan menerapkan modul DNA fingerprinting untuk laboratorium divisi sarjana atas didasarkan
pada amplifikasi dan analisis tiga dari 13 tandem pendek berulang lokus yang diperlukan oleh Biro Investigasi Federal
Gabungan Sistem Indeks DNA (FBI CODIS) basis data. Siswa pertama mengumpulkan epitel (pipi) sel manusia
menggunakan penyeka bukal steril dan kemudian memanfaatkan commer- secara resmi tersedia kit andmaterials untuk
mengekstrak DNA genom. Ini diikuti dengan amplifikasi PCR dari tiga tertentu tandem pendek berulang lokus ( yaitu
CSF1PO, TPOX, THO1). elektroforesis gel poliakrilamida digunakan untuk menyelesaikan band alel terkait dengan tiga
tandem pendek berulang lokus, dan hasilnya dianalisis secara statistik dalam konteks genetika populasi manusia. Selain
itu, DNA dikumpulkan dari keluarga, dan anak-anak alel set dibandingkan dengan orang-orang dari orang tua untuk
membantu menggambarkan ayah dan keterkaitan ibu. Modul ini memungkinkan siswa untuk menggunakan bahan dan
metode yang digunakan oleh lembaga penegak hukum yang sebenarnya dan karena itu dapat digunakan untuk latihan
laboratorium dalam kurikulum biokimia tradisional serta untuk bidang tumbuh ilmu pengetahuan dan pendidikan
forensik.

Kata kunci: DNA fingerprinting, ilmu forensik, DNA genom, PCR, pendek tandem repeat (STR) lokus, polyacryl-
amida gel elektroforesis (PAGE), pewarnaan perak.

□S Versi on-line dari artikel ini (tersedia di http: // www.

DNA fingerprinting diperkenalkan ke ilmu forensik pada Bambed.org) berisi rincian tambahan mengenai protokol dijelaskan
tahun 1980 dan sejak terbukti menjadi salah satu metode serta tokoh tambahan.
yang paling akurat membedakan bersalah dari yang tidak
bersalah dalam banyak kasus kriminal [1]. Telah digunakan
untuk membersihkan salah dituduh dan dipenjara individu dan
telah memberikan bukti hampir tak terbantahkan dalam
keyakinan banyak penjahat. Selain itu, teknik ini juga telah
dimanfaatkan secara luas dalam membangun hubungan ayah
dalam banyak kasus perdata. Metode ini sangat tepat dan
dapat bekerja pada jumlah jejak menit dari DNA diekstraksi
dari darah, air mani, urin, rambut, dan berbagai sel-sel tubuh
dan cairan ( misalnya sel pipi epitel dan air liur). Bukti seperti
yang ditemukan di TKP sering menjadi bukti kunci dalam
kasus pengadilan yang melibatkan pembunuhan dan
perkosaan, dan jenis bukti juga dapat terlibat dalam
perselisihan dukungan anak. Karena meningkatnya sidik jari
DNA memainkan peran dalam banyak bidang masyarakat,
penting bagi siswa untuk terkena prinsip-prinsip kimia teknik
ini dan untuk mempelajari keterampilan yang diperlukan
untuk melakukan analisis DNA akurat dan ketat.

Motivasi utama untuk proyek ini adalah untuk

mengembangkan modul DNA fingerprinting untuk divisi
sarjana kursus laboratorium biokimia atas. The belajar ob-

jective adalah untuk mengajar siswa prinsip-prinsip biokimia
pada akar analisis DNA fingerprinting dan untuk memberikan
penghargaan yang lebih besar dan pemahaman manfaat dan
aplikasi yang luas dalam sistem peradilan pidana saat ini.
Sebuah tujuan pembelajaran sekunder adalah untuk mengajar
siswa pentingnya teknik laboratorium yang tepat dan hati-hati
yang penting untuk keberhasilan penerapan metode ini dan
untuk analisis statistik yang benar dari data yang dihasilkan.
Kami juga percaya bahwa sebenarnya bahan, protokol, dan
standar dimanfaatkan oleh laboratorium dipekerjakan oleh
lembaga penegak hukum telah matang ke titik di mana
mereka dapat diselidiki dan diterapkan di divisi sarjana
kursus laboratorium pekerjaan atas.
‡ Kedua penulis kontribusi sama untuk pekerjaan ini. § Untuk siapa korespondensi
harus ditangani. E-mail: jlove@sciences.sdsu.edu.
penentuan identitas bervariasi antara 5 dan 21 mengulangi
tergantung pada lokus. Di Amerika Serikat, satu set dari 13
lokus inti telah distandarkan, dipilih karena alel
didistribusikan dengan baik di kalangan penduduk, dan ketika
diperkuat dengan primer spesifik, produk berkisar 150-350 bp
[8, 9]. tabel frekuensi alel untuk setiap lokus (ada yang
sampai dua di setiap situs, pembatasan mutasi dan
kontaminasi) digunakan untuk menentukan frekuensi genotip
alel individu pada setiap lokus, dan frekuensi untuk masing-
masing lokus dikalikan untuk menentukan probabilitas bahwa
sebuah diberikan pola akan cocok dengan individu tertentu
[1]. Penjelasan lebih rinci dari statistik dan probabilitas
digunakan dalam analisis forensik dapat ditemukan dalam
Bahan Tambahan (Bagian C). Di laboratorium forensik, satu
set alel ditemukan atau terkait dengan TKP dapat diajukan ke
data base CODIS, yang berisi profil genetik dari pelaku
dihukum, tersangka, dan sampel kerja kasus di mana DNA
tidak cocok dengan korban atau tersangka [10]. Basis data
dapat dicari untuk menentukan apakah kejahatan dapat
menautkan diikuti oleh analisis ulang sampel untuk
mengkonfirmasi profil yang cocok.
siswa kami memanfaatkan metode dan prosedur (pada
subset dari lokus) yang digunakan oleh laboratorium
peradilan pidana seperti FBI. Secara
khusus, latihan laboratorium ini mengajarkan siswa bagaimana
menggunakan metode steril untuk mengisolasi sel-sel pipi epitel manusia,
ekstrak DNA genom dari sel-sel, memperkuat set alel pada tiga STR lokus ( yaitu
CSF1PO, TPOX, THO1), melakukan agarose dan elektroforesis gel
poliakrilamid, dan perak-noda gel. Siswa diinstruksikan tentang bagaimana
Pendekatan kami dibangun di atas dilaporkan sebelumnya
latihan laboratorium dalam banyak protokol dapat
diselesaikan dengan kit yang tersedia secara komersial [2-6].
Dengan metode yang dilaporkan di sini, tiga dari repeat 13
tandem pendek (STR) 1
lokus yang dibutuhkan oleh basis FBI CODIS (Gabungan DNA
Indeks System) data diperkuat, dianalisis, dan diselesaikan
melalui elektroforesis gel poliakrilamid dan protokol perak
pewarnaan standar. STR adalah panjang polimorfisme ( yaitu
molekul DNA berbeda dalam panjang daripada urutan) yang
mengandung unit berulang antara 3 dan 7 bp [7]. Yang paling
berguna dari STR ini untuk genetik
378 Makalah ini tersedia on line di http://www.bambed.org
379
konsep di atas diperlukan, dan karena itu disarankan agar modul
ini disediakan untuk biologi atas divisi, biokimia, dan forensik
kursus laboratorium. Selain itu, asisten laboratorium terutama
didorong untuk memberikan bimbingan yang tepat ketika
bekerja dengan gel poliakrilamida relatif besar.
bahan
Bahan berikut diperlukan untuk analisis penuh tiga dijelaskan
STR lokus: lateks
(atau neoprene) sarung tangan, jas laboratorium, Pipetman
(nomor model yang p2,
P20, p200, dan P1000), kiat pipet steril, swab bukal (busa steril
Puritan aplikator
-tipped, katalog nomor 25-1506 1PF), 1,5 ml, dan tabung
microcentrifuge PCR, PCR
thermocycler, Unit gel kekuatan elektroforesis, piring kaca /
penjepit / kaset / spacer
untuk gel poliakrilamida besar (31.0 cm 38,5 cm 0,4 mm), Promega
DNA IQ TM
System (katalog nomor DC6701), Promega MagneSphere
teknologi magnetik pemisahan berdiri, dua posisi (nomor katalog
Z5332), Promega Multiplex untuk STR manusia berikut: CSF1PO,
TPOX, TH01 (nomor katalog DC6001); dan Promega DNA sistem
pewarnaan perak (nomor katalog Q4132). Selain itu, bahan yang
diperlukan untuk setiap langkah spesifik tercantum di bagian
Bahan Tambahan.
metode
ketat dipatuhi sehingga mencegah kontaminasi eksternal dan / atau kontaminas
statistik menganalisis hasil dalam konteks genetika populasi manusia dan

bagaimana menghitung probabilitas bahwa DNA mereka akan cocok dengan

sampel yang diperoleh dari TKP teoritis.

Tes tambahan metodologi ini mensyaratkan pengumpulan

sampel DNA genom dari sebuah keluarga di New York.
Setelah pengiriman sampel lintas negara, analisis
selanjutnya dari tiga diperkuat STR lokus memberikan bukti
eksperimental langsung dari ayah genetik dan keterkaitan
ibu dari masing-masing anggota keluarga.
Hazards- potensial Akrilamida dalam bubuk dan cair bentuk
merupakan racun saraf dan harus ditangani sesuai. Sebuah
masker wajah kedap udara harus dipakai saat menimbang
akrilamida (disarankan bahwa baik instruktur atau asisten
pengajar menangani bentuk bubuk akrilamida). Etidium bromida
adalah karsinogen yang dicurigai dan juga harus ditangani sesuai
( yaitu hati-hati dan hanya saat mengenakan sarung tangan).

PROSEDUR PERCOBAAN
Bahan pengantar

laboratorium membutuhkan waktu minimal tiga periode
laboratorium penuh untuk mencapai, dengan dua kuliah sebelum
periode laboratorium pertama dan kuliah singkat tambahan
diselingi antara kegiatan laboratorium. Karena kompleksitas dari
langkah-langkah, laboratorium dapat meregang untuk
menampung 4-5 periode laboratorium (terutama di laboratorium
yang lebih besar, untuk mengakomodasi sejumlah besar siswa
menggunakan peralatan). Kedua kuliah meliputi teori dasar dan
penerapan topik-topik berikut: gel elektroforesis menggunakan
agarose dan akrilamida (baik asli dan denaturasi gel); teori PCR,
STR, dan multiplexing; isolasi DNA menggunakan Promega DNA-
IQ kit; analisis sampel; menghindari kontaminasi sampel selama
pengumpulan bukti; 13 lokus dari sistem CODIS; pewarnaan perak
gel akrilamida; dan penentuan identitas genetik. Latar belakang
yang tepat untuk analisis statistik dari data (dengan asumsi
Hardy-Weinberg equilibrium) digambarkan dengan siswa dengan
referensi yang sesuai untuk sumber literatur.
Sebelum menerapkan modul laboratorium ini di
laboratorium divisi biokimia atas, kami ingin memastikan
kelayakannya, dan oleh karena itu kami melakukan dua
percobaan fingerprinting berjalan pada lokus tiga STR
digunakan secara eksklusif dalam proyek ini ( yaitu CSF1PO,
TPOX, THO1). Tujuan dari melakukan percobaan berjalan
adalah untuk memastikan bahwa modul dapat diselesaikan
secara tepat waktu dan bahwa semua aspek teknis yang
terkait tidak terlalu menuntut untuk laboratorium sarjana.
Dua berjalan percobaan diikuti oleh aplikasi yang sebenarnya
di lapangan laboratorium divisi biokimia atas diajarkan di sini
di San Diego State University (SDSU) (CHEM567). Dua
berjalan trial (dengan modifikasi sesuai dengan protokol) dan
aplikasi yang sebenarnya terbukti sangat sukses dalam
mencapai tujuan pembelajaran kami. Semua modifikasi
protokol yang tercantum dalam buletin teknis Promega
dijelaskan secara rinci dalam bagian Bahan Tambahan.

Untuk berhasil menyelesaikan protokol ini, siswa harus mampu

secara akurat pipet volume tertentu, memiliki latar belakang
informasi tentang struktur / muatan DNA, memahami proses PCR,
dan memiliki beberapa pengalaman dengan elektroforesis gel.
Pertama uji coba mensyaratkan pelaksanaan awal dari
Kecakapan dalam metode ini dan pengetahuan yang tepat dari
sidik jari DNA dan mengambil tempat di laboratorium Dr.
380 BAMBED, Vol. 34, No 5, pp. 378-383, 2006

T SANGGUP saya
penomoran alel untuk pola pita masing-masing individu pada setiap lokus

Angka-angka Band untuk setiap alel untuk setiap individu di tiga lokus tercantum dalam kolom masing-masing dipimpin dengan
label lokus. Kelompok etnis digunakan untuk frekuensi alel (termasuk dalam manual Promega) tercantum dalam kolom kelima. Kolom
keenam berisi kemungkinan numerik bahwa seorang individu secara acak akan mencocokkan kombinasi tertentu alel dari sampel
yang tersisa di TKP potensial.

Kolom tidak ada. CSF1PO

1 10, 11
2 10, 11
3 11, 12
4 12
5 11, 13
6 9, 12
7 11
8 12
9 10
10 10, 13
11 11, 13
12 12
13 11, 12
14 11, 12
15 10, 12
16 12
17 9, 10
Sebuahkesempatan adalah 1 / (nilai yang dihitung) bahwa seorang individu secara acak akan mencocokkan kombinasi tertentu alel dari sampel yang
tersisa di TKP potensial.

Love at SDSU. penyeka bukal steril digunakan untuk

Genetik (ayah dan ibu) keterkaitan dari dua anak perempuan
mengumpulkan sel-sel epitel dari 16 individu yang genom
untuk setiap orang tua tampak jelas setelah melihat pola pita
yang kemudian DNA-sidik jarinya untuk tiga STR lokus. 16
yang dihasilkan pada Tabel II untuk masing-masing tiga lokus.
orang dipilih dalam upaya untuk sampel keragaman etnis
Hal ini jelas bahwa sejak ayah adalah
yang luas, dan ras yang berbeda termasuk: Afrika-Amerika,
Asia (Cina, Taiwan, Filipina, Timur Tengah, India), dan
Kaukasia. Dari 16 orang sampel, tidak memiliki pola alel
banding identik di semua tiga lokus, dan semua dianalisis
menggunakan frekuensi alel (disediakan dalam Manual
Promega Teknis Nomor D004) dan analisis statistik standar.
Hasil tercantum dalam Tabel I.

Kedua uji coba berbuntut pada kumpulan sel-sel epitel dari

sebuah keluarga di New York (ayah, ibu, dan dua anak
perempuan) dan sidik jari DNA berikutnya dari genom yang
dikumpulkan di laboratorium Dr Cinta di California. Tujuan
utama dari kedua run percobaan adalah untuk menguji
kelayakan offsite (nasional) pengumpulan sampel DNA
dengan analisis yang dilakukan di SDSU dan juga untuk
menentukan kelayakan menjelajahi keterkaitan keluarga
dengan menganalisis hanya tiga STR lokus. Langkah awal
dari uji coba ini (pengumpulan sel pipi epitel) harus diulang
sebagai koleksi pertama, yang disimpan pada suhu 4 ° C
untuk 1 bulan, tidak menghasilkan produk PCR yang layak.
Kami berhipotesis bahwa bakteri atau jamur endemik mulut
manusia mungkin telah menurunkan DNA genom dari
individu-individu tes selama penyimpanan sebulan pada 4 °
C. Untuk mendapatkan DNA genom yang layak, sel-sel epitel
yang lagi dikumpulkan di New York, dikirim ke Laboratorium
Cinta semalam via FedEx, dan langsung dianalisis pada saat
diterima. Sel-sel pipi epitel segar dan DNA genom terkait
terbukti sebagai layak seperti yang dikumpulkan langsung di
SDSU dan akhirnya memunculkan produk PCR yang layak
yang dianalisis melalui HALAMAN (lihat Gambar. 2).

T SANGGUP II
penomoran alel untuk setiap anggota keluarga dan siswa
kontrol pada setiap lokus
Angka-angka Band untuk setiap alel untuk setiap individu di tiga
lokus tercantum dalam kolom masing-masing dipimpin dengan label
lokus.
hanya orang tua dengan alel CSF1PO yang memiliki 13 STR
mengulangi, putri tua warisan yang alel dari dia, dan
karena itu alel dengan 12 mengulangi harus berasal dari
structed keluarga untuk memberikan penyeka bukal untuk
semua anggota keluarga dan mengulangi untuk satu individu
tanpa menunjukkan identitas mereka. Seperti dapat segera
diamati pada Gambar. 2, tersangka diketahui adalah
diragukan lagi (setidaknya dalam kasus keluarga tertentu)
ayah sebagai pola pita nya dan ini tidak diketahui adalah
100% identik dan unik relatif terhadap semua individu
dianalisis.
Setelah berhasil memenuhi tujuan untuk dua uji DNA
fingerprinting dijelaskan di atas, kami menerapkan modul di
laboratorium divisi biokimia atas yang memiliki total 18 siswa,
kebanyakan dari mereka adalah junior dan senior dan jurusan
kimia. Meskipun seluruh protokol relatif panjang, mahasiswa
mampu menyelesaikan protokol dan benar menganalisis data
yang dihasilkan dalam tiga periode laboratorium. Periode
laboratorium pertama mensyaratkan koleksi sampel DNA,
isolasi DNA, dan PCR amplifikasi dari tiga STR lokus. Selama
periode laboratorium kedua, produk PCR divisualisasikan pada
gel agarosa (Gambar. 1 di Bahan Tambahan) diikuti oleh
persiapan dan menuangkan enam gel poliakrilamida besar oleh
kelompok siswa. Sejak sebanyak 30 sampel dapat dijalankan
per gel, Anda hanya perlu untuk menjalankan satu gel
akrilamida besar, dan oleh karena itu gel terbaik dipilih untuk
memuat semua sampel siswa. Selama periode ketiga, siswa
dimuat dan berlari sampel dalam gel besar dan melakukan
prosedur pewarnaan perak segera sesudahnya (data tidak
ditampilkan).
Untuk analisis statistik, siswa diperintahkan untuk menggunakan rumus P 2PQ Meskipun kami berhasil menggabungkan
semua elemen dari total
untuk lokus heterozigot, di mana P adalah frekuensi genotipe di lokus, p
adalah frekuensi alel dalam populasi tertentu dari set diperkuat pertama
mengulangi STR, dan q adalah frekuensi set kedua [1]. Untuk lokus
homozigot, rumus P p 2 digunakan. Alel dengan frekuensi rendah diberi
frekuensi minimal 0,002 untuk menghindari menggembungkan probabilitas
karena kehadiran alel yang langka. Untuk mendapatkan frekuensi alel
ibu. Sebaliknya, anak yang lebih muda mewarisi CSF1PO alel
nya dengan 11 mengulangi dari ibunya, dan karena itu dia
mewarisi alel lainnya ayahnya (alel dengan 12 STR
mengulangi). Analisis TPOX lokus lebih mudah karena ibu
hanya memiliki satu alel pada posisi yang (alel dengan
delapan mengulangi), dan oleh karena itu jelas bahwa ayah
menyumbangkan nya alel 11 ulangi dengan putri yang lebih
tua dan nya alel 10 berulang untuk anak muda . Akhirnya,
untuk lokus THO1, ibu hanya memiliki satu alel (9 ulangi alel),
dan ayah membagi alel di antara anak-anaknya: alel 6
berulang untuk anak yang lebih tua dan 9. 3 ulangi alel untuk
putri muda. Perbandingan ini memberikan bukti langsung
yang menganalisis hanya tiga lokus
adalah cukup untuk menunjukkan keluarga
keterkaitan.
Selain mengeksplorasi kelayakan koleksi DNA offsite, kami
ingin menjelajahi kemungkinan simulasi pengenalan pola
yang melekat pada analisis TKP DNA ( yaitu tersangka tidak
diketahui). Oleh karena itu kami di- 381
nilai-nilai dari tabel Kaukasia-Amerika untuk siswa Asia atau
kontrol. Ini tidak ada masalah konseptual besar seperti
frekuensi, di tiga kategori lomba yang disediakan, relatif
sama untuk yang sesuai alel.
DISKUSI
Secara keseluruhan, proyek ini terbukti sangat berhasil
membangun sebuah protokol laboratorium biokimia untuk
sidik jari DNA pada tingkat divisi atas sarjana. Tujuan
pembelajaran utama yang dicapai sebagai siswa yang sangat
sukses pada 1) mengisolasi DNA genom mereka dari sel pipi
epitel mereka, 2) menggunakan PCR untuk memperkuat set
alel pada lokus sasaran STR ( yaitu CSF1PO, TPOX, THO1), 3)
menyelesaikan set alel dengan elektroforesis gel poliakrilamid
dan pewarnaan perak, dan 4) belajar bagaimana untuk benar
menganalisis hasil dalam konteks genetika populasi manusia
dan bagaimana menghitung probabilitas bahwa DNA mereka
akan cocok dengan sampel yang diperoleh dari TKP teoritis.
Dari noteworthiness tertentu, siswa berkomentar bahwa
motivasi mereka meningkat mengetahui bahwa mereka
sedang melakukan protokol yang sebenarnya digunakan oleh
lembaga informan hukum dan pengadilan dalam menentukan
bersalah atau tidak dalam kasus pidana. Selain itu,
penggunaan siswa dari DNA mereka sendiri dalam protokol
peningkatan minat mereka dengan memberikan bukti
eksperimental langsung dari sifat alel gen mereka.
digunakan untuk p dan q, nomor Band untuk alel masing-masing individu
yang pertama ditentukan dengan membandingkan mereka ke tangga band
CTT pada gel akrilamida. Untuk lokus CSF1PO, jumlah terkecil mengulangi
tujuh, dan karena itu band migrasi tercepat (terendah) di tangga CTT
ditugaskan nomor tujuh. Untuk mendapatkan frekuensi alel, salah satu
mendongak frekuensi populasi untuk setiap band dalam tabel frekuensi alel
Promega yang disediakan (Jumlah Pedoman Teknis D004). Berikut
perhitungan probabilitas pada setiap lokus, aturan produk diaplikasikan untuk
menghitung probabilitas dari pertandingan di semua tiga lokus [9, 11].

Sebagai bagian dari pembahasan eksperimental, siswa

diingatkan bahwa penduduk harus diasumsikan dalam Hardy-
Weinberg keseimbangan dan dituntun untuk memahami bahwa
2PQ rumus ini berasal dari fakta bahwa ada dua cara untuk
mendapatkan alel pq: p dari ayah dan q dari ibu atau
sebaliknya. tabel frekuensi yang digunakan oleh siswa
disediakan oleh Promega, dan mahasiswa bisa memilih dari
tabel Afrika-Amerika, Kaukasia-Amerika, atau Hispanik-
Amerika. Sayangnya, pada saat itu, tidak ada set data yang
komprehensif frekuensi populasi yang tersedia untuk orang
Asia, dan karena itu kami menggunakan
382
Jika latihan selesai sesuai dengan protokol, sidik jari DNA
dapat divisualisasikan cukup jelas (Gambar. 1 dan 2). The gel
poliakrilamid menawarkan resolusi tinggi dari fragmen DNA,
dan prosedur pewarnaan perak menciptakan kontras tinggi
untuk visualisasi langsung dari band alel. Alel sesuai dengan
STR lokus yang berbeda relatif dibedakan dengan tangga CTT,
dan pola sidik jari DNA yang berbeda bisa diselesaikan (Tabel I
dan II). Penentuan penomoran untuk sebagian besar alel, pada
perbandingan dengan tangga, adalah
BAMBED, Vol. 34, No 5, pp. 378-383, 2006

F IG. 1. Resolusi HALAMAN DNA STR

dari tiga lokus: CSF1PO, TPOX, THO1.
PCR produk amplifikasi yang sesuai
dengan 16 uals individ-diselesaikan
pada 6% polyacryl- gel amida. Jalur
yang sesuai untuk setiap individu
nomor di atas, dan jalur dengan CTT
tangga alel ditandai dengan huruf L.
Dalam disi ad-, berulang STR dari
tangga alel diilustrasikan pada kiri dan

kanan oleh bar berwarna. Bar corre- sponding

untuk mengulangi CSF1PO ( paling atas)
berwarna hijau, yang untuk TPOX ( tengah)
berwarna berwarna merah muda, dan orang-
orang untuk THO1 ( bawah) berwarna

biru. alel yang diperkuat ( yaitu STR mengulangi)

dari K562 kontrol dijalankan di
jalur 17. Untuk mendapatkan nomor
Band STR ulangi untuk setiap individu,
pola pita dibandingkan dengan tangga
CTT.

F IG. 2. Resolusi HALAMAN DNA STR

dari keluarga dengan satu sampel
diketahui un-. gel ini diselesaikan produk
amplifikasi PCR yang cor-menanggapi
tiga lokus dari ayah, ibu, dua anak
perempuan, paman, kontrol mahasiswa,
dan tidak diketahui. Sampel dikenal un-
dijalankan di jalur 9, dan DNA yang
sesuai individu dapat dengan jelas
diidentifikasi di jalur 4 ( ayahnya).
Keduanya digambarkan oleh kotak
 pembatas merah. Jalur dengan CTT al tangga lelic
ditandai dengan ter let- L.
mudah, tetapi penting untuk dicatat bahwa, karena hanyut
normal di gel, harus ada tidak lebih dari empat jalur sampel
antara jalur tangga. Hal ini juga harus dicatat bahwa band
THO1 mungkin muncul sebagai doublet, tapi fakta ini tidak
mengganggu analisis sebagai perbandingan dengan CTT alel
tangga diperbolehkan untuk tugas yang relatif ambigu. Satu-
satunya alel yang ditimbulkan masalah penugasan adalah
alel 9,3 untuk lokus THO1, tapi setelah perbandingan hati
dengan alel tangga dan kontrol positif, tugas yang benar
dibuat untuk setiap individu.
Meskipun FBI menggunakan 13 lokus khusus untuk
keperluan profil tersangka, analisis dari tiga lokus yang kita
dimanfaatkan (CSF1PO, TPOX, THO1) terbukti cukup untuk
mengamati perbedaan antara sidik jari DNA dari puncak-
berbeda
putri) membuktikan bahwa itu adalah mudah untuk
membedah mana alel diwarisi dari setiap orangtua (Gbr. 2
dan Tabel II), dan dengan demikian ayah ditunjukkan (namun
tidak selalu secara statistik terbukti) dalam kasus keluarga
tertentu.
Secara keseluruhan, hasil sukses dari tiga implementasi
dan umpan balik positif berikutnya dari siswa menunjukkan
kelayakan memperkenalkan metode DNA fingerprinting dan
teknologi yang digunakan oleh lembaga penegak hukum
dalam kelas laboratorium sarjana. Pengalaman yang
diperoleh dan pengetahuan yang diperoleh akan membantu
para pelajar yang berencana untuk mengejar karir di bidang
tumbuh dari ilmu forensik serta bantuan semua siswa
menjadi individu yang lebih baik informasi ketika melakukan
tugas warga negara mereka sebagai anggota juri.
REFERENSI
[1] JM Butler (2005) Forensik DNA Mengetik Biologi, Teknologi, dan
Genetika STR Spidol, Kedua Ed., Hlm. 87-113, 465-510, Elsevier
Academic Press, Burlington, MA.
[2] L. DeLong Frost, ST Peart (2003) isolasi DNA dari darah kering
individu yang terlibat. Dari 25 individu dianalisis (satu
individu adalah umum untuk kedua gel), tidak memiliki pola
pita yang identik. Nilai-nilai yang tercantum dalam Tabel I,
kolom paling kanan, sesuai dengan probabilitas
pertandingan acak antara “TKP” sampel dan individu
tertentu. Nilai-nilai berlari dari ratusan rendah ( misalnya
termurah
1 di 160,54)
hingga puluhan ribu ( misalnya paling tinggi 1 di 60,759.79).
rentang nilai ini menunjukkan bahwa kemungkinan
memperoleh pertandingan acak antara “TKP” sampel dan
individu yang tidak terkait dalam kelas laboratorium relatif
kecil. Oleh karena itu penggunaan TKP DNA pseudo-penjahat
( misalnya DNA mahasiswa acak atau DNA profesor) tidak
akan menimbulkan masalah pada perbandingan statistik
dengan DNA siswa. Selain itu, analisis pola alel STR banding
dari keluarga (ayah, ibu, dan dua
383
sampel, pcr amplifikasi, dan populasi analisis: Membuat sebagian besar
kit tersedia secara komersial, Biochem. Mol. Biol. Educ. 31,
418-421.
[3] PE Kima, ME Rasche. (2004) penentuan seks menggunakan PCR,
Biochem. Mol. Biol. Educ. 32, 115-119. [4] KM Lounsbury (2003)
Kejahatan adegan investigasi: Latihan di
menghasilkan dan menganalisis bukti DNA, Biochem. Mol. Biol. Educ.
31, 37-41.
[5] JT Millard, AM Pilon (2003) Identifikasi
sampel forensik melalui DNA mitokondria di
laboratorium biokimia sarjana,
J. Chem. Educ. 80, 444.
[6] L. Thion, C. Vossen, B. Couderc, M. Erard, B. Clemencon (2002)
Deteksi organisme dimodifikasi secara genetik dalam makanan oleh
tion DNA pencabutan yang dan PCR amplifikasi, Biochem. Mol. Biol.
Educ. 30, 51-55. [7] PJ Lincoln, JA Thomson (1998) Forensik DNA Profiling
Protokol,
Vol. 98, pp. 105-119, 173-192, Humana Press, Totowa, NJ. [8]
B.Budowle, J. Smith, T. Moretti, J. DiZinno (2000) DNA Mengetik Pro
tocols: Biologi Molekuler dan Analisis Forensik, pp. 119-131, 135-155,
Eaton Publishing, Natick, MA. [9] N. Rudin, K. Inman (2002) Sebuah
Pengantar Analisis DNA Forensik,
pp. 50-51, 139-147, CRC Press, Boca Raton, Florida. [10] CA Spencer
(2004) Kesaksian genetik, Panduan untuk DNA Forensik
profiling, Prentice Hall, Upper Saddle River, NJ. [11] G. Sun, ST
McGarvey, R. Bayoumi, CJ Mulligan, R. Barrantes, S.
Raskin, Y. Zhong, J. Akey, R. Chakraborty, R. Deka (2003) variasi genetik
Global di sembilan singkat tandem repeat lokus dan implikasi pada genetika
forensik, Eur. J. Hum. Genet. 11, 39-49.