METODE MOLEKULARNE GENETIKE

Prof. dr Ljiljana Luković

ORGANIZACIJA GENOMA ĈOVEKA

Humani genom se sastoji od ogromne koliĉine deoksiribonukleinske kiseline - DNK, koja u
svojoj strukturi sadrži genetiĉku informaciju potrebnu da odredi embriogenezu, razviće, rast,
metabolizam i reprodukciju – u suštini sve aspekte koje ljudsko biće ĉine funkcionalnim
organizmom. Genom ĉoveka, prema aktuelnim procenama sadrži oko 30 000 gena, koje u
ovom trenutku možemo jednostavno da definišemo kao jedinice genetiĉke informacije. Geni
su delovi DNK, a dugi molekuli DNK ĉine hromozome prisutne u jedru svake ćelije. Uticaj
gena i genetike na stanje zdravlja i bolesti je sveprisutan, a koreni tog uticaja su informacije
ugradjene u DNK osnovu genoma ĉoveka.
U jedru svake ćelije genom je upakovan kao hromatin, koji ĉini genomska DNK u
kompleksu sa razliĉitim klasama proteina. Jedan deo tih proteina ima ulogu u gradji
hromozoma, dok drugi imaju ulogu u regulaciji aktivnosti pojedinaĉnih gena. Izuzev u toku
ćelijske deobe, hromatin je rasporedjen po celom jedru i uglavnom je ujednaĉenog izgleda
kada se posmatra pod mikroskopom. Medjutim, kada se ćelija deli sadržaj jedra se kondenzuje
pa se pojavljuju, pod mikroskopom vidljivi, hromozomi. Hromozomi su dakle vidljivi kao
odvojene strukture jedino u ćelijama koje se dele premda, oni zadržavaju svoj integritet i
izmedju ćelijskih deoba.
Svaka vrsta ima karakteristiĉan izgled i broj hromozoma, kariotip. Geni su linearno smešteni
duž hromozoma, tako da svaki gen zauzima odredjeno mesto ili locus. Genska mapa je mapa
lokalizacije gena na hromozomima i takodje je karakteristika svake vrste.
Prouĉavanje hromozoma, njihove gradje i nasledjivanja naziva se citogenetika. Moderna
citogenetika ĉoveka zapoĉinje 1956. godine kada su Tjio i Levan razvili dovoljno dobre
tehnike za analizu hromozoma i ustanovili da je normalan broj hromozoma ĉoveka 46.

GENOM ĈOVEKA: GRADJA I FUNKCIJA GENA I HROMOZOMA

KRATAK PREGLED STRUKTURE DNK MOLEKULA

DNK je makromolekul i polimerna nukleinska kiselina sastavljena od tri tipa jedinica: šećera
od pet ugljenikovih atoma, deoksiriboze; azotne baze; i fosfatne grupe. Dva su tipa azotnih
baza, purini i pirimidini. U DNK su prisutne dva tipa purinskih baza, adenin (A) i guanin
(G), i dva pirimidinskih baza, timin (T) i citozin (C). Nukleotidi, od kojih se svaki sastoji od
baze, šećera i fosfata se polimerizuju u duge polinukleotidne lance fosfodiestarskim 5’- 3’
vezama koje se stvaraju izmedju susednih jedinica deoksiriboze. Deoksiriboze se vezuju
preko fosfatnih grupa i ĉine skeletni lanca koji je nespecifiĉan – uvek isti. Razlike u
redosledima (sekvencama) jedinica (nukleotida) su zbog razlike u prisutnoj azotnoj bazi. Iako
je samo 4 tipa nukleotida, broj varijacija u sekvencama DNK hromozoma ĉoveka je praktiĉno
neograniĉen. U genomu ĉoveka ovi polinukleotidni lanci (u obliku dvolanĉanih zavojnica –
dvostrukih heliksa) su dugi na stotine miliona nukleotida, veliĉina im je u rasponu od 50
miliona baznih parova (u najmanjem hromozomu - hromozomu 21) do 250 miliona baznih
parova (u najvećem hromozomu - hromozomu 1). Procenjuje se da je ukupna dužina DNK u
svakoj telesnoj ćeliji ĉoveka 2m.
Anatomska gradja DNK nosi hemijsku informaciju koja obezbedjuje taĉan prenos genetiĉke
informacije sa jedne ćelije na ćerke ćelije i sa jedne generacije na narednu generaciju. U isto
vreme primarna struktura DNK (redosled nukleotida) odredjuje redosled (sekvencu)
aminokiselina u polipeptidnim lancima proteina. Strukturu dvolanĉane zavojnice su 1953.
god. rasvetlili James Watson i Francis Crick. Helikoidna struktura DNK izgleda kao udesno
spiralno uvijene lestvice u kojima su dva polinukleotidna lanca suprotno usmerena, a drže se
zajedno vodoniĉnim vezama izmedju baznih parova (bp): adenin (A) u jednom lancu se
sparuje sa timinom (T) u drugom, a guanin (G) sa citozinom (C). To su komplementarni
bazni parovi (bp). Tako da poznavanje sekvence u jednom lancu automatski omogućava da
se odredi sekvenca baza u drugom lancu. Dvolanĉana struktura DNK molekula omogućava
njegovo precizno udvajanje, razdvajanjem dva lanca koje prati sinteza dva nova
komplementarna lanca. Tako da udvajanjem nastaju dva identiĉna molekula DNK od kojih
svaki sadrži po jedan stari i po jedan novosintetisani polinukleotidni lanac. Sliĉno tome, bazna
komplementarnost omogućava efikasnu i taĉnu popravku oštećenih DNK molekula. U 46
hromozoma ĉoveka procenjuje se da ima 6 000 000 000 bp (6000Mb – 1mega baza= 1 000
000bp).

DNK RNK PROTEIN

Genetiĉka informacija je sadržana u DNK hromozoma i nalazi se u jedru ćelije, ali se sinteza
proteina, u toku koje se informacija kodirana u DNK molekulima koristi, odvija u citoplazmi.
Ovo je karateristiĉno za sve Eukariote pa samim tim i za ĉoveka. Zbog odeljaka (organela) u
ćelijama Eukariota, prenos genetiĉke informacije iz jedra u citoplazmu je vrlo složen proces.
Molekularnu vezu izmedju izmedju informacije u DNK i aminokiselina proteina ĉine
ribonukleinske kiseline – RNK. Hemijska struktura RNK je sliĉna DNK, osim što svaki
nuleotid RNK sadrži šećer ribozu umesto deoksiriboze; pored toga, u RNK je umesto
pirimidina timina prisutna pirimidinska azotna baza uracil (U). Takodje, za razliku od DNK
koja je dvolanĉani molekul, RNK je najĉešće u obliku jednolanĉanih molekula. Protok
informacija je najĉešće jednosmeran (centralna dogma: DNKRNKPROTEIN) i
medjupovezan, a zapoĉinje aktivnošću, ekspresijom gena.
Inicijacija transkripcije je pod kljuĉnim uticajem promotora i drugih regulatornih elemenata,
kao i specifiĉnih proteina koje nazivamo transkripcionim faktorima koji reaguju sa
specifiĉnim sekvencama unutar pomenutih regiona. Transkripcija gena zapoĉinje na
“startnom” mestu u hromozomskoj DNK neposredno uz kodirajuće sekvence i nastavlja se
duž hromozoma bilo nekoliko stotina baznih parova ili nekoliko miliona bp, prepisujući
introne i egzone i prelazeći i sam završetak kodirajućih sekvenci. Takav primarni prepis RNK
se u jedru modifikuje na krajevima (5’ i 3’) i otklanjaju se delovi koji su prepisani sa introna,
dok se delovi prepisani sa egzona pripajaju. Nakon takve obrade RNK, nastala iRNK (ĉija
sekvenca odgovara kodirajućem delu gena) se prenosi iz jedra u citoplazmu, gde će konaĉno,
na ribozomima, biti prevedena (translacija) u sekvencu aminokiselina kodiranog polipeptida.

Struktura i organizacija gena

Prema najjednostavnijoj definiciji gen predstavlja segment DNK molekula koji sadrži šifru za
sekvencu aminokiselina u polipeptidnom lancu, kao i regulatorne sekvence koje su potrebne
za ekspresiju. Medjutim, ova definicija nije potpuna za gene ĉoveka (i većine Eukariota) jer je
vrlo mali broj gena koji se sastoje iskljuĉivo od tzv. kodirajućih sekvenci. Naprotiv, većina
gena u sebi sadrži jedan ili više tzv. nekodirajućih regiona. Ove nekodirajuće sekvence se
nazivaju introni, i prepisuju se u iRNK u jedru ali nisu prisutne u zrelim iRNK u citoplazmi.
Tako da, normalno, informacija iz intronskih sekvenci nije predstavljena u konaĉnom
proteinskom produktu. Introni alterniraju sa kodirajućim sekvencama egzonima, koji kodiraju
sekvencu aminokiselina proteina. Ipak, postoji jedan mali broj gena genoma ĉoveka koji
nemaju introne, većina ih ima bar jedan ili više introna. Iznenadjujuće je da u mnogim genima
ukupna dužina introna prevazilazi ukupnu dužinu egzona. Premda su neki geni ĉoveka dugi
svega nekoliko kilobaza (1kb=1000 baznih parova), drugi se, kao npr. gen za faktor VIII,
protežu na stotine kilobaza. Postoje i izuzetno dugi geni kao što je to gen za distrofin na X
hromozomu koji se prostire na preko 2 500 000 baznih parova (1 000 000bp= 1Mb – mega
baza), a manje od 1% ovog gena ĉine kodirajući egzoni.
Dakle gen definišemo kao sekvencu hromozomske DNK koja je potrebna za stvaranje
funkcionalnog produkta, bilo da je to protein ili funkcionalni RNK molekul. Veliku
većinu gena ĉoveka ĉine geni ĉiji su konaĉni proizvodi proteini (geni za informacione RNK –
iRNK), dok negde 3000 gena (oko 10%) ima konaĉni produkt RNK molekul (ribozomske
RNK – rRNK; transportne – tRNK; male nuklearne RNK – snRNK i dr.). Gen ukljuĉuje,
kao što je pomenuto, ne samo kodirajuće sekvence, nego takodje, i susedne sekvence
nukleotida koje su neophodne za ispravnu ekspresiju gena, što znaĉi – produkciju normalne
RNK, u ispravnoj koliĉini, na pravom mestu i u pravo vreme u toku razvitka ili u toku
ćelijskog ciklusa.
Sekvence nukleotida u blizini gena (i koje ĉine njegov sastavni deo) obezbedjuju molekularne
signale za «start» i «stop» sinteze RNK koje se prepisuju sa gena. Na 5’ kraju leži region
promotora a ukljuĉuje sekvence neophodne za ispravno zapoĉinjanje prepisivanja -
transkripcije. Tu su prisutni DNK elementi (odredjene sekvence DNK) koji su saĉuvani u
velikom broju razliĉitih gena i imaju važnu regulatornu ulogu. Postoje nekoliko razliĉitih
tipova promotora u genomu ĉoveka, sa razliĉitim regulatornim svojstvima koja odredjuju
naĉin razvića, kao i nivo ekspresije odredjenog gena u razliĉitim tkivima. Regulatorni
elementi koji moduliraju gensku aktivnost mogu biti i udaljeni od gena, najbolje prouĉena
grupa ovih elemenata u DNK su «pojaĉivaĉi» (enhanceri).
Premda je opšte prihvaćeno da regulatorne sekvence koje su smeštene u susedstvu
predstavljaju deo gena, precizne dimenzije bilo kog odredjenog gena ostaju i dalje donekle
neprecizne dok se u potpunosti ne utvrde udaljene sekvence koje imaju regulatorni uticaj.

Familije gena
Mnogi geni ĉoveka pripadaju «porodicama» ili familijama blisko srodnih DNK sekvenci,
koje se svrstavaju u porodice zbog sliĉnosti nukleotidne sekvence samih gena ili
aminokiselinske sekvence polipeptidnih produkata.
Ovakva se organizacija može ilustrovati primerom familije gena koji kodiraju polipeptidne
lance hemoglobina. Grupe gena za -globin i -globin se nalaze na hromozomima 16 i 11.
Smatra se da su ovi geni, u toku evolucije, nastali duplikacijom predaĉkog gena pre nekih 500
miliona godina. Ove dve grupe sadrže gene koji kodiraju vrlo sliĉne globinske lance koji se
eksprimiraju na razliĉitim stupnjevima razvoja, od embriona do adulta. Pojedinaĉni geni
unutar svake grupe imaju medjusobno sliĉnije sekvence, nego geni iz razliĉitih grupa. Smatra
se da je svaka grupa nastala ĉitavom serijom duplikacionih dogadjaja u proteklih 100 miliona
godina. Broj i veliĉina egzona i introna globinskih gena je vrlo oĉuvan tokom evolucije. Svaki
funkcionalni globinski gen ima dva introna na sliĉnim mestima, premda je sekvenca unutar
introna akumulirala daleko više baznih promena nego što je to sluĉaj sa kodirajućim
sekvencama.
Izvestan broj ĉlanova familije globinskih gena nema produkta – RNK ili protein i malo je
verovatno da ima bilo kakvu ulogu. Takve sekvence DNK koje su vrlo sliĉne genima ali su
nefunkcionalne (ne prepisuju se) nazivaju se pseudogenima. Pseudogeni su vrlo
rasprostranjeni u genomu ĉoveka (procenjuje se da ih ima negde 20 000) i smatra da su
nusprodukti evolucije. Oni predstavljaju gene koji su nekada bili aktivni ali su mutacijama
(greškama) u kodirajućim i regulatornim sekvencama inaktivisani.
Najveća familija gena u genomu ĉoveka je tzv. superfamilija imunoglobulina, koja ukljuĉuje
stotine gena ĉiji su produkti ukljuĉeni u procese prepoznavanja na površini ćelije u imunom i
nervnom sistemu. Takvi su geni na hromozomima 2, 14 i 22 koji kodiraju teške i lake lance
imunoglobulina; geni na hromozomu 6 koji ĉine glavni kompleks tkivne podudarnosti (MHC
– locus); geni na hromozomima 7 i 14 ĉiji produkti grade T-ćelijske receptore; i geni koji su
prvenstveno eksprimirani u nervnim tkivima a produkuju adhezione molekule itd.

GRADJA HROMOZOMA ĈOVEKA

Sadržaj gena u genomu ĉoveka, kao i determinante njihove ekspresije, odredjeni su od DNK
iz 46 hromozoma ĉoveka. Svaki hromozom se sastoji od jedne, kontinualne dvostruke
zavojnice DNK; dakle svaki hromozom u jedru je dugi, linearni dvolanĉani molekul DNK.
Medjutim hromozomi nisu gole DNK dvolanĉane zavojnice. DNK molekuli su u kompleksu
sa baznim hromozomskim proteinima – histonima i sa heterogenom grupom kiselih -
nehistonskih proteina, ĉija je uloga daleko manje prouĉena, ali izgleda da su kljuĉni za
uspostavljanje ispravnog okruženja koje obezbedjuje normalno ponašanje hromozoma i
pravilnu ekspresiju gena. Zajedno, kompleks DNK i proteina ĉine hromatin.
Postoji pet glavnih klasa histona koji imaju kljuĉnu ulogu u pravilnom pakovanju hromatinske
niti. Po dve kopije molekula histona H2A, H2B, H3 i H4 grade oktamer histonskog jezgra oko
koga se obmotava segment DNK dvostrukog heliksa, kao konac oko kalema. Približno 140
baznih parova DNK je udruženo sa jezgrom histona, stvarajući manje od dva navoja oko
oktamera. Nakon kratkog tzv. «spacer» segmenta DNK (od 20 do 60 baznih parova), stvara
se sledeći kompleks jezgro-DNK i tako dalje, dajući hromatinu izgled niski kuglica (pod
elektronskim mikroskopom). Svaki kompleks DNK sa jezgrom se naziva nukleozom, i
predstavlja osnovnu jedinicu gradje hromatina. Peti tip histona H1 se vezuje za ivicu svakog
nukleozoma, u medjunukleozomnom «spacer» regionu. Tako da se duge niske nukleozoma
dalje pakuju u sekundarnu helikoidnu strukturu koja se pod elektronskim mikroskopom vidi
kao deblja hromatinska nit preĉnika 30 nm (koja je približno tri puta deblja od nukleozomne
niti). Ova cilindriĉna «solenoidna» nit izgleda predstavlja osnovni oblik organizacije
hromatina. Sami solenoidi, hromatinske niti, se pakuju u petlje ili podruĉja (domeni) koja su
u intervalima od 100 kb vezana za nehistonsku proteinsku osnovu (scaffold – potku) ili
matriks. U interfaznom jedru, hromozomi - hromatin je sasvim dekondenzovan u odnosu na
vrlo kondenzovano stanje hromozoma u metafazi. Ipak i u interfazi hromozomi, DNK u
hromatinu je daleko kondenzovanija u odnosu na svoje nativno stanje – dvostrukog heliksa
slobodnog od proteina. U toku ćelijskog ciklusa hromozomi prolaze stanja kondenzacije i
dekondenzacije.
Tako da hromozomi kakve obiĉno vidimo pod mikroskopom i kako su ĉesto predstavljeni u
udžbenicima mogu da nas zavedu, jer se oni nalaze u svom neuobiĉajenom stanju, koje vrlo
kratko traje u ćelijskom ciklusu, tokom samo jednog dela mitoze. Dakle, nakon što su ćelije
pripremljene za ćelijsku deobu. Takvi, metafazni hromozomi i prometafazni hromozomi su
u visoko kondenzovanom stanju i imaju neuobiĉajenu dvohromatidnu gradju (imaju dva
identiĉna molekula DNK – u svakoj hromatidi po jedan) pošto je tom stadijumu prethodila
priprema za ćelijsku deobu pa je i DNK replikovana. Upravo zbog toga što su u metafazi
hromozomi gusto sabijeni (upakovani) u klubad, oni su skraćeni i zadebljali i stoga dobro
vidljivi svetlosnim mikroskopom. Medjutim, u tom stanju oni nisu dovoljno reprezentativni,
jer njihovo tako ekstremno pakovanje dovodi do iskljuĉivanja gena, pa je genetiĉki materijal
neaktivan. Dakle hromozomi su vrlo dinamiĉke strukture i tokom ćelijskog ciklusa imaju
sasvim razliĉiti izgled.
U toku dugog perioda interfaze, koja je i trajno stanje u ćelijama koje se ne dele, hromozomi
su jako izduženi i vrlo difuzni. Važno je istaći da takvi interfazni hromozomi imaju po
jednu hromatidu dakle jedan molekul DNK, i u takvom izduženom stanju moguća je
ekspresija gena.
Za normalno funkcionisanje hromozoma neophodne su samo tri klase elemenata, DNK
sekvenci: centromere, telomere i oridžini replikacije. Centromere su regioni u kojem su
spojene hromatide replikovanih hromozoma. Telomere su krajevi hromozoma, dok su tzv.
oridžini replikacije mesta zapoĉinjanja replikacije DNK. Uspešnim konstruisanjem veštaĉkih
hromozoma kvasca ovi su jednostavni zahtevi provereni: tako da se veliki fragmenti strane
DNK ponašaju kao samostalni hromozomi kada se povežu sa sekvencama karakteristiĉnim za
funkcionalne centromere, dve telomere i oridžinom replikacije. Na sliĉnim su principima
nedavno konstruisani i veštaĉki hromozomi sisara.

Ploidnost, homologi hromozomi i ćelijski ciklus

Broj razliĉitih hromozoma u svakoj ćeliji sa jedrom, set hromozoma, se oznaĉava sa n. Kod
ĉoveka je n = 23. Ćelije mogu da se razlikuju u broju kopija setova hromozoma (ploidnost).
Spermatozoidi i jajne ćelije imaju po jedan set hromozoma i kaže se da su haploidne (n
hromozoma). Medjutim, velika većina ljudskih ćelija ima dve kopije setova hromozoma i one
su diploidne (2n hromozoma). U pojedinim tkivima ĉoveka se nalaze tetraploidne (4n) ili
poliploidne (> 4n) ćelije.
Analizom hromozoma u diploidnim ćelijama, se uoĉavaju parovi sliĉnih hromozoma, kako po
svojoj veliĉini tako i po karakteristiĉnom položaju centromere. Takvi hromozomi se nazivaju
homologim hromozomima. U telesnim ćelijama ĉoveka je prisutno 23 para homologih
hromozoma. Ĉlanovi parova homologih hromozoma su razliĉitog porekla - jedan od oca i
jedan od majke. Normalno, homologi hromozomi imaju ista genska mesta i iste gene. Dok
razliĉiti hromozomi (nehomologi) imaju razliĉita genska mesta i gene. Medjutim u istim
genima na homologim hromozomima mogu postojati razlike u DNK sekvenci, pa takvi geni
ĉije se verzije razlikuju se nazivaju alelima. Uticaj tih razlika na jedinku varira od toga da
nemaju nikakvog uticaja na fenotip do smrtonosnog efekta.
Važno je istaći da su dakle, geni ĉoveka u parovima, jer postoje parovi homologih
hromozoma. U diploidnim je ćelijama normalno prisutan i oĉev i majĉin alel, oni mogu da
budu jednaki ili razliĉiti. U skladu sa tim jedna osoba može da ima najviše dva alelna oblika
nekog gena iako taj gen postoji u više oblika ( i do 200 alelnih oblika gena HLA lokusa je
otkriveno).
Jedini izuzetak od pravilnosti homologih hromozoma ĉine geni X i Y hromozoma ĉoveka,
većina ih je specifiĉna samo za X ili Y hromozom. Tako da muškarci te gene sa X i Y
hromozoma imaju samo u po jednom primerku. Dok je kod žena je ista situacija sa polnim
hromozomima (XX) kao i sa autozomima.
Diploidne ćelije našeg tela su nastale od jedne jedine ćelije, zigota, ponovljenim ciklusima
mitotiĉkih deoba ćelija. Ćelijski ciklus ukljuĉuje kratak period ćelijske deobe M fazu
(mitozu) i dugu interfazu izmedju mitoza. Interfaza može da se podeli na S fazu (sintezu
DNK), G1 fazu (period- gap izmedju M i S faze) i G2 fazu (period izmedju S i M faze). Od
anafaze mitoze pa sve do duplikacije DNK u S fazi, hromozom diploidne ćelije sadrži jedan
dvostruki heliks. G1 je normalno stanje ćelije i dugotrajno konaĉno stanje ćelija koje se ne
dele. Ćelije ulaze u S fazu jedino ako se spremaju za mitozu; ćelije koje se ne dele ostaju u
modifikovanoj G1 fazi, koja se naziva i G0 fazom. Utisak je da se svi interesantni dogadjaji
dešavaju u S i M fazi – ali to je iluzija. Ćelija provodi većinu svog života u G0 ili G1 fazi, i
upravo tu genom vrši najveći deo svog posla.

Podgrupa diploidnih telesnih ćelija su i germinativne ćelije. Od njih u ovarijumima i

testisima nastaju specijalizovane ćelije koje se dele mejozom i iz njih nastaju gameti
(spermatozoidi i jajne ćelije). Svaki gamet ĉoveka (n = 23) sadrži 22 autozoma plus jedan
polni (seks) hromozom. U jajnim ćelijama polni hromozom je uvek X; u spermatozoidima
može da bude X ili Y. Nakon oplodjenja nastali zigot je diploidan (2n) i ima hromozomsku
konstituciju 46,XX ili 46,XY. Druge telesne ćelije, pored germinativnih, se nazivaju i
somatskim ćelijama. Somatske ćelije ĉoveka su obiĉno diploidne ali nekima nedostaje jedro i
hromozomi, pa za takve ćelije kažemo da su nuliploidne dok su druge normalno poliploidne
kao rezultat više rundi replikacije bez ćelijske deobe.

ORGANIZACIJA GENOMA ĈOVEKA

Pod pojmom genom ĉoveka podrazumevano ukupnu genetiĉku informaciju (DNK sadržaj) u
ćelijama ĉoveka. Ovaj pojam ukljuĉuje dva genoma: složeni genom jedra koji predstavlja
99.9995% od ukupne genetiĉke informacije i jednostavni genom mitohondrija koga ĉini
preostalih 0.0005%. Jedarni genom ĉini DNK iz 24 razliĉita hromozoma (22 autozoma, X
i Y) koji sadrže razliĉite gene (~3200Mb). Jedarni genom obezbedjuje ogromnu većinu
genetiĉkih informacija od suštinskog znaĉaja, njihov najveći broj odredjuje sintezu
polipeptida na ribozomima u citoplazmi. Mitohondrije pak, poseduju sopstvene ribozome a
mali broj gena koji kodiraju polipeptide u mitohondrijskom genomu proizvode iRNK koje se
prevode na ribozomima mitohondrija. Medjutim, mitohondrijski genom odredjuje samo vrlo
mali deo specifiĉnih mitohondrijskih funkcija; većina mitohondrijskih proteina je kodirano
jedarnim genima i sintetisano na ribozomima citoplazme, pre nego što će biti uvezeni u
mitohondrije.

Mitohondrijski genom
Mala ali važna podgrupa gena genoma ĉoveka se nalazi u mitohondrijama u citoplazmi.
Mitohondrijski geni se prenose na potomstvo iskljuĉivo preko majke (materinski –
matroklino), što odstupa od Mendelskih pravila. Ćelije ĉoveka imaju na stotine mitohondrija i
svaka sadrži nekoliko kopija malih molekula u obliku prstena, mitohondrijskih hromozoma.
Molekul mitohondrijske DNK je dug samo 16 kb (manje od 0.03% dužine najmanjeg
hromozoma!) i kodira samo nekoliko desetina gena (ukupno 37 gena koji nemaju introne).
Takodje, mitohondrijska DNK za razliku od jedarne nije povezana sa proteinima. U skladu sa
razlikama u broju mitohondrija u razliĉitim ćelijama varira i procenat mitohondrijske DNK u
ukupnoj koliĉini DNK ćelije. Tako da, na primer, u jajnoj ćeliji mitohondrijska DNK ĉini ĉak
30% ukupne DNK.

Jedarni genom
Kao i u sluĉaju drugih složenih genoma, znaĉajnu komponentu genoma ĉoveka ĉine
nekodirajuće sekvence (preko 90%). Pored toga, genom ĉoveka je predstavnik genoma sisara
kao i drugih složenih genoma po tome što sadrži znaĉajnu koliĉinu repetitivne DNK, što
ukljuĉuje nekodirajuće repetitivne DNK kao i višestruke kopije gena i fragmenata gena.
Regioni genoma sa sliĉnim karakteristikama ili organizacijom, replikacijom i ekspresijom
nisu sluĉajno rasporedjeni već teže da se grupišu zajedno. Ova funkcionalna organizacija
genoma vrlo dobro koreliše sa njegovom strukturnom organizacijom, što se otkriva i trakama
(band-ovima) bojenim metafaznim hromozomima. Znaĉaj ove funkcionalne organizacije jeste
da hromozomi nisu sluĉajna skupina razliĉitih tipova gena i drugih sekvenci DNK. Izvesni
regioni hromozoma ili ĉak i celi hromozomi su bogati sadržajem gena, dok su drugi siromašni
genima. Izvesni tipovi sekvenci su karakteristiĉni fiziĉki markeri hromozoma ĉoveka.
Kliniĉke posledice abnormalnosti strukture genoma odražavaće specifiĉnu prirodu gena i
sekvenci koji su zahvaćeni. Tako da abnormalnosti hromozoma i hromozomskih regiona koji
su bogati genima imaju najĉešće daleko teže kliniĉke posledice nego njima sliĉni (po veliĉini)
defekti koji ukljuĉuju delove genoma koji su siromašni genima.
Rezultati Projekta Genoma Ĉoveka sve više ukazuju na daleko složeniju organizaciju DNK u
genomu ĉoveka, nego što se to pretpostavljalo. U stvari, manje od 10% DNK genoma ĉoveka
kodira gene. Samo približno jedna polovina do tri ĉetvrtine celokupne linearne dužine genoma
se sastoji od jedinstvenih ili singl kopija DNK – tj. DNK ĉija je sekvenca nukleotida
predstavljena samo jednom (ili nekoliko puta) po haploidnom genomu. Ostatak genoma se
sastoji od nekoliko klasa repetitivne DNK i ukljuĉuje DNK ĉija se sekvenca nukleotida
ponavlja, bilo da se ponavljaju identiĉne sekvence ili sa one sa malim varijacijama.
Repetitivne sekvence se ponavljaju od stotinu do više miliona puta. Dok je većina gena (ali ne
i svi), od procenjenih 30000 gena ĉoveka, u genomu predstavljena jedinstvenim kopijama,
smatra se da repetitivni deo DNK doprinosi održavanju strukture hromozoma.

Jedinstvene Sekvence DNK

Premda jedinstvene sekvence DNK ĉine većinu DNK genoma, njihova uloga, i dalje, u
najvećoj meri predstavlja misteriju, jer kao što je pomenuto, sekvence koje u stvari kodiraju
proteine (tj. kodirajući deo gena) ĉine samo mali deo od celokupne jedinstvene DNK. Dugi
delovi jedinstvenih DNK sekvenci (>25 kb) su sasvim retki u genomu. Većina singl kopija
DNK je nadjena u kratkim segmentima (nekoliko kb ili manje) a izmedju njih se prostiru
razliĉite familije repetitivnih DNK.

Familije repetitivnih DNK

Poznato je nekoliko razliĉitih kategorija repetitivne DNK. Osobina koja se koristi za njihovo
razlikovanje jeste da li su ponavljajuće sekvence («ponovci») grupisane na jednom ili na
nekoliko mesta ili su rasute u genomu i smenjuju se sa jedinstvenim sekvencama duž
hromozoma. Procenjuje se da grupisane repetitivne sekvence ĉine 10-15% genoma i stvaraju
podruĉja kratkih ponovaka koji su organizovani u tandemskim nizovima, tj. na glava rep
naĉin(). Razliĉiti tipovi takvih tandemskih ponovaka imaju jedinstveni naziv
satelitne DNK, a tako su nazvane jer su se mnoge porodice tandemskih ponovaka mogle
dobiti centrifugiranjem i izdvajanjem prema gustini od ostatka genoma kao «satelitna»
(prateća) frakcija DNK.
Familije «satelitnih» DNK se razlikuju po mestu gde se nalaze u genomu, po ukupnoj dužini
podruĉja sa sekvencama koje se ponavljaju kao i po dužini gradivnih jedinica koje se
ponavljaju (ponovaka). Delovi sa satelitnom DNK mogu da sadrže i po nekoliko miliona
baznih parova i, predstavljaju više procenata DNK nekih hromozoma ĉoveka. Mnoge satelitne
sekvence su važne za primenu molekularnih tehnika, koje su unele revoluciju u kliniĉku
citogenetiĉku analizu, zbog relativne lakoće kojom mogu da se detektuju. Neke satelitne
sekvence ĉoveka se zasnivaju na ponavljanju (sa izvesnim varijacijama) kratke sekvence
(niza) od pet nukleotida – pentanukleotida. Velika podruĉja ovakvih ponovaka su nadjena u
heterohromatiĉnim (gušće upakovanim i genima siromašnijim) regionima hromozoma 1, 9, i
16 i gotovo celog dugog kraka Y hromozoma. Druge satelitne DNK se zasnivaju na nešto
dužim osnovnim ponovcima. Na primer porodica -satelitnih DNK se sastoji od podruĉja
koja sadrže razliĉite kopije jedinica od približno 171 bp a nalaze se u centromernom regionu
svih hromozoma ĉoveka. Veruje je se da ove porodice ponovaka igraju važnu ulogu u
funkcionisanju centromere, obezbedjujući pravilno razdvajanje hromozoma u mitozi i mejozi.
Pored satelitnih DNK, još je jedna velika klasa repetivne DNK prisutna u genomu, a sastoji se
od srodnih (sliĉnih) sekvenci koje su rasute po genomu, dakle nisu grupisane. Premda mnoge
male porodice DNK odgovaraju ovom opštem opisu, dve porodice zaslužuju posebnu pažnju i
diskusiju jer zajedno one ĉine znaĉajan deo genoma ĉoveka a takodje su ukljuĉene i u
genetiĉke bolesti. Najbolje prouĉeni disperzni repetitivni elementi pripadaju tzv. Alu
porodici. Ĉlanovi ove porodice su dugi oko 300 bp i upadljivo su sliĉni, ali nemaju istovetne
sekvence. Ukupno ima 500 000 ĉlanova Alu porodice u genomu, što svakako ĉini nekoliko
procenata DNK ĉoveka. Druga velika, po genomu rasuta, repetitivna DNK se naziva L1
porodica. L1 elementi su dugi, repetitivne sekvence (duže od 6000bp) koje su nadjene u
negde 100 000 kopija po genomu. Njima su neki regioni genoma vrlo bogati dok su drugi
relativno siromašni.
LITERATURA
Human Molecular Genetics 3
Tom Strachan & Andrew P. Read, Garland Publishing 2004

Thompson & Thompson Genetics in Medicine sixth edition

Robert L. Nussbaum, Roderick R. McInnes, Huntington F. Willard, W.B. Saunders Company
2001