Primero, donde sea que tengas una estructura con alguna noción de continuidad, usualmente

tienes una topología al acecho en el fondo. No desea probar los mismos teoremas una y otra vez
en espacios métricos, variedades diferenciales, espacios vectoriales normados. Demasiados
conjuntos en cada rama de las matemáticas 'automáticamente' vienen con una topología para que
la topología sea ignorada.

En segundo lugar, la continuidad es una noción tangible si existe alguna noción matemática. ¿Qué
podría ser más importante para la vida real que las curvas y otros mapas que son realmente
continuos? En la mayoría de las situaciones tangibles, la continuidad es el primer criterio de que
una función es razonable. Considere los espacios de configuración, por ejemplo: supongamos que
tiene un péndulo (1), con otro péndulo (2) enganchado a (1) al final. El primer péndulo barre un
círculo, y dado cada punto en ese círculo, el péndulo (2) barre otro círculo de forma
independiente. El espacio de configuraciones es, por lo tanto, T × T, el producto de dos círculos
que forman un espacio topológico que se parece a un toro. Ahora, incluso antes de configurar
ecuaciones diferenciales, etc., es inmediatamente obvio que la ruta del sistema de péndulo debe
ser continua. Sorprendentemente, a menudo puede probar mucho utilizando solo la topología,
incluso antes de comenzar a usar colectores y otra estructura (como la diferenciabilidad, etc.).

La teoría de nudos ha tenido un crecimiento explosivo en las últimas décadas, particularmente

desde el descubrimiento de nuevos invariantes polinomiales en la década de 1980. Flapan ofrece
una introducción rápida a algunos de estos polinomios de nudo y muestra cómo a veces se pueden
usar para demostrar que los gráficos moleculares son quirales.

La topología es el estudio matemático de las propiedades espaciales que se conservan a través de

la deformación, torsión y estiramiento de los objetos. Las arquitecturas topológicas son comunes
en la naturaleza y pueden verse, por ejemplo, en moléculas de ADN que se condensan y se relajan
durante los eventos celulares 1 . Las nanoestructuras topológicas sintéticas, como los catenanos y
los rotaxanos, se han diseñado utilizando química supramolecular, pero la fabricación de
estructuras complejas y reconfigurables sigue siendo un desafío 2 . Aquí, mostramos que DNA
origami 3 se puede usar para ensamblar una tira de Möbius, una estructura topológica en forma de
cinta que tiene solo un lado 4 - 6. Además, mostramos que la tira de DNA Möbius se puede
reconfigurar a través del desplazamiento de hebras 7 para crear objetos topológicos como el anillo
superenrollado y las estructuras de catenano. Esta estrategia de plegado y corte de ADN, análoga
a la japonesa kirigami 8 , puede usarse para crear y reconfigurar estructuras topológicas
programables sin precedentes en ingeniería molecular.
Las técnicas topológicas son muy adecuadas para el estudio del ADN, porque las moléculas de ADN
son largas y flexibles. La estructura básica del ADN dúplex consiste en dos hebras moleculares que
están retorcidas juntas en una hélice derecha, mientras que las dos hebras están unidas por
enlaces. La Figura 7.1 ilustra cómo la estructura básica del ADN dúplex se asemeja a una cinta
trenzada.

Aquí hay algunos términos:

 Lk es el número de enlace: el número de veces que dos cadenas están
"vinculadas", donde 0 es dos cosas desconectadas y 1 es dos círculos
vinculados entre sí. Lk puede contarse contando el número total de veces que
un hilo se cruza con el otro, y luego dividiéndolo por dos. Para dsDNA, el Lk es
simplemente el número de veces que una cadena constitutiva pasa la otra. Hay
reglas sobre Lk:
1. Lk es siempre un número entero
2. Lk es topológicamente invariante. Solo puede cambiar cuando rompes un
hilo.
 Tw es la cantidad de giros. Para el ADNds de forma B, la energía se minimiza
cuando hay 1 Tw por 10.4 pb.
 Wr está retorcido. Esta es la cantidad de veces que el ADN cruza sobre sí
mismo en una supercoil.
Se puede demostrar que:
Lk = Tw + Wr
Cuando no está restringido, el ADN adopta una conformación que produce un Tw
óptimo. Las discrepancias entre Lk y el Tw óptimo dan como resultado cambios en
Wr, conocidos como superenrollamiento.
Para un plásmido circular de 3kb, por ejemplo, Tw siempre será alrededor de 300.
El incentivo energético para mantener Tw cerca de la longitud / 10.4 es tan alto
que cualquier cambio en Lk casi siempre se compensa con un cambio en Wr en
lugar de en Tw.
Considere un segundo ejemplo, un fragmento de ADN bicatenario de 400
pb fijo en ambos extremos. Comienza con Lk = 40, Tw = 40, Wr = 0. Si lo
"sobreventamos" en 3 turnos, entonces Lk = 43 y Wr se elevarán a +3. Wr = +3 se
llama supercoil positivo, que es zurdo.
Casi todos los genomas existen en un estado negativamente
superenrollado. Considere un plásmido circular de 1kb, donde el ADN helicasa
necesita relajarse 10 pb para hacerle algo. En los 990 pb restantes, será Lk = 100,
Tw = 99, Wr = +1. A medida que más y más helicasas actúan sobre el ADN, el
supercoil positivo se vuelve más y más intenso, haciendo que el trabajo de
helicase sea más difícil. En su lugar, es deseable mantener el ADN en un estado
negativo superenrrollado por defecto, de modo que la helicasa se está moviendo
enérgicamente hacia abajo cuando desenrolla el ADN, aliviando el estrés
topológico. En las bacterias, una enzima llamada girasa gasta ATP para supercoilir
negativamente el ADN escindiéndolo, girándolo y volviéndolo a ligar.
Hay dos tipos de supercoiling, llamados plectonemic y solenoidal. En este último,
el ADN se envuelve alrededor de algo (por ejemplo, un nucleosoma), pero la
topología fundamental es la misma. Los eucariotas envuelven el ADN alrededor de
los nucleosomas para introducir supercoil negativo en lugar de usar girasa.
Una envoltura solenoide para zurdos de un segmento de ADN alrededor de las
histonas resulta en un plectoname izquierdo (supercoil positivo) en el resto del
ADN, para la conservación del número de enlace. Para aliviar este estrés, se
necesitan topoisomerasas para deshacer el resto del ADN. A diferencia de las
girasolas bacterianas, las topoisomerasas no necesitan ATP; simplemente usan la
energía en el ADN superenrollado para cortar y volver a unir el ADN.
La conformación del ADN es de importancia práctica en el laboratorio. En la
electroforesis en gel de ADN, un círculo relajado y cerrado migrará más
lentamente. Un ADN lineal funcionará más rápido. Un ADN superenrollado correrá
más rápido que el ADN lineal porque su tamaño expuesto al gel es menor. Cuanto
más superenrollado, más rápido se ejecuta. El bromuro de etidio, al intercalar el
ADN, relaja la curvatura de la hélice del ADN de 34.6 ° a solo 10 °. Recuerde que
Lk se conserva en ausencia de hebras de ruptura, por lo que esto no da como
resultado una disminución en Lk. Esto en cambio disminuye Tw y aumenta Wr,
introduciendo supercoils positivos. La dirección del efecto es la misma que la de
desenrollar el ADN con una helicasa.

Muchos pequeños compuestos de unión al ADN son críticos para la investigación biomédica. Por
ejemplo, bromuro de etidio

es un colorante de tinción de ADN barato utilizado en muchos laboratorios de biología molecular

en todo el mundo. Doxorubicin es un

medicamento contra el cáncer para el tratamiento de tumores sólidos. Debido a que el ADN
normalmente está superenrollado en las células, estamos

particularmente interesado en compuestos de unión a ADN que se unen preferentemente a (-)

ADN superenrollado

la topología de ADN en la cromatina se define por el espaciamiento de nucleosomas Teoría

confirmada por electroforesis

El polimorfismo topológico observado de los conjuntos de nucleosomas

circulares proporciona una explicación simple para la topología de ADN en la
cromatina nativa con una longitud de enlazador de ADN variable. Además,

QUE ES TOPOLOGIA?

Básicamente, la topología es la versión moderna de la geometría, el estudio de

todos los diferentes tipos de espacios. Lo que distingue diferentes tipos de
geometría entre sí (incluida la topología aquí como un tipo de geometría) está en
los tipos de transformaciones que se permiten antes de que realmente consideres
algo cambiado. (Este punto de vista fue sugerido por primera vez por Felix Klein,
un famoso matemático alemán de finales de 1800 y principios de 1900).

En la geometría euclidiana ordinaria, puedes mover cosas y voltearlas, pero no

puedes estirarlas ni doblarlas. Esto se llama "congruencia" en la clase de
geometría. Dos cosas son congruentes si puedes colocar una encima de la otra de
manera que coincidan exactamente.

En la geometría proyectiva, inventada durante el Renacimiento para comprender

el dibujo en perspectiva, dos cosas se consideran iguales si ambas son vistas del
mismo objeto. Por ejemplo, observe un plato sobre una mesa directamente arriba
de la mesa, y la placa se ve redonda, como un círculo. Pero aléjese unos pies y
mírelo, y se ve mucho más ancho que largo, como una elipse, debido al ángulo en
el que se encuentra. La elipse y el círculo son proyectivamente equivalentes.

Esta es una razón por la cual es difícil aprender a dibujar. El ojo y la mente
trabajan de manera proyectiva. Miran esta placa elíptica sobre la mesa y piensan
que es un círculo, porque saben lo que sucede cuando miras las cosas en un
ángulo como ese. Para aprender a dibujar, debes aprender a dibujar una elipse
aunque tu mente diga 'círculo', para que puedas dibujar lo que realmente ves, en
lugar de 'lo que sabes que es'.

En topología, se permite cualquier cambio continuo que pueda deshacerse

continuamente. Por lo tanto, un círculo es lo mismo que un triángulo o un
cuadrado, porque simplemente "tiras" partes del círculo para hacer esquinas y
luego enderezar los lados, para convertir un círculo en un cuadrado. Luego
simplemente 'alisa' para volver a convertirlo en un círculo. Estos dos procesos
son continuos en el sentido de que durante cada uno de ellos, los puntos cercanos
al inicio todavía están cerca al final.

El círculo no es lo mismo que la figura 8, porque aunque puedes aplastar el

centro de un círculo para formar una figura 8 continuamente, cuando tratas de
deshacerlo, debes romper la conexión en el medio y es discontinuo: puntos que
están todos cerca del centro de los ocho terminan divididos en dos lotes, en lados
opuestos del círculo, muy separados.

Otro ejemplo: un plato y un tazón son los mismos topológicamente, porque

puedes simplemente aplanar el tazón en el plato. Al menos, esto es cierto si usas
arcilla que aún está blanda y no ha sido encendida todavía. Una vez que son
despedidos se vuelven euclidianos en lugar de topológicos, porque no puedes
aplanar el cuenco más sin romperlo.
La topología es casi la forma más básica de geometría que existe. Se usa en casi
todas las ramas de las matemáticas de una forma u otra. Existe una forma de
geometría aún más básica llamada teoría de homotopía, que es lo que realmente
estudio la mayor parte del tiempo. Usamos topología para describir homotopy,
pero en la teoría de la homotopía permitimos tantas transformaciones diferentes
que el resultado es más parecido al álgebra que a la topología similar. Sin
embargo, esto resulta conveniente, porque una vez que se trata de un tipo de
álgebra, puedes hacer cálculos y realmente resolver las cosas. Y,
sorprendentemente, muchas cosas dependen solo de esta estructura más básica
(tipo homotopy), más que del tipo topológico del espacio, por lo que los cálculos
resultan ser bastante útiles para resolver problemas en geometría de muchos
tipos.

Conclusiones: Los principios de la topología dan a los biólogos celulares una forma
cuantitativa, potente e invariable de medir las propiedades del ADN. Los principios de
la teoría de nudos han ayudado a dilucidar los mecanismos por los cuales las enzimas
descomponen el ADN. Además, los métodos topológicos han sido influyentes para
determinar el devanado zurdo del ADN alrededor de las histonas. La medición de los
cambios en el número de cruces también ha sido fundamental para comprender la
terminación de la replicación del ADN y el papel de las enzimas en la recombinación.

Esta pregunta puede sonar tonta. ¿Cómo es que las moléculas de ADN no están
totalmente enredadas con el tiempo en la célula? Si tomo cadenas largas en una caja
y la sacudo, eso crearía nudos, y no podría aislar fácilmente cada cuerda.

Pero durante la mitosis, los cromosomas están totalmente aislados unos de otros, de
lo contrario, el ADN flota libremente en el núcleo.

Las moléculas de ADN largas pueden enredarse en nudos. Las técnicas

experimentales para observar tales nudos de ADN (principalmente electroforesis
en gel)

Las hebras de ADN que vemos a menudo están anudadas. Sin embargo,
la estructura de los nudos siempre está cambiando. Cuando una célula
 está copiando un filamento de ADN, a menudo desenrollará y
recortará un filamento, luego lo cortará y lo anudará. Además, las
enzimas llamadas topoisomerasas a menudo se unen a un circuito
cerrado de ADN, rompen el enlace molecular y luego tuercen los dos
extremos del ADN en direcciones opuestas antes de unirse a los
extremos y alejarse flotando.

NUDOS, TOPOLOGÍA Y ADN

Desanudar un nudo puede ser difícil. Alejandro Magno lo supo muy bien cuando decidió cortar el
Nudo Gordiano. Sin embargo, vale la pena señalar que a pesar de su algoritmo de fuerza bruta para
desatar el nudo, había una cantidad sustancial de pensamiento detrás de él. Además, es por eso que
no es solo Alejandro sino Alejandro Magno. La teoría de nudos es el estudio de incrustaciones de
espacios topológicos en otros espacios topológicos. La teoría clásica del nudo se refiere a las formas
en que se puede incrustar un círculo o una unión disjunta de círculos . Para el resto de esta
publicación, llamaremos a un nudo una curva continua cerrada que no se cruza en ninguna parte. El
nudo más simple que todos conocemos es el círculo y el siguiente más simple es el trébol, que se
muestra en la siguiente figura.

Los lugares donde el nudo se cruza a sí mismo se llaman cruces y el número de cruce del
nudo es el número de dichos lugares. Teniendo dos nudos podemos definir la composición de
ellos como un nuevo nudo eliminando un pequeño arco de cada nudo y conectando los cuatro
puntos con dos nuevos arcos. Una imagen siempre ayuda:
nudo composición

Reidemeister muestra que todas las deformaciones de nudos se pueden reducir a tres tipos de
movimientos conocidos hoy como movimientos Reidemeister. Estos se muestran en la siguiente
figura. Observe las flechas dobles, lo que significa que podemos ir en cualquier dirección. Por
ejemplo, podemos agregar un giro o podemos eliminar uno si ya está allí.

Movimientos de Reidemeister

El teorema de Reidemeister: dos enlaces se pueden deformar continuamente entre sí si

cualquier diagrama de uno se puede transformar en un diagrama del otro mediante una secuencia
de movimientos de Reidemeister.

Antes de analizar el número de enlace, que es un concepto importante, debemos definir un

enlace. Llamaremos enlace a la unión de un número finito de nudos disjuntos en un espacio
tridimensional. Dos ejemplos se muestran en las figuras a continuación. El primero se conoce como
el enlace Hopf y el segundo, supongo, es conocido por todos.

Considere dos componentes en un enlace y elija una orientación en cada

componente. Luego en cada cruce contamos ya sea 1 o -1 (en el sentido xor) dependiendo de la
dirección en la que el vector tangente a la parte superior debe rotarse para coincidir con el vector
tangente al fondo. Si la rotación ocurre en sentido horario, contamos -1, de lo contrario +1. El
número de enlace entre los dos nudos se define haciendo esta operación sobre todos los cruces, es
decir,

ADN doble hélice puede ser

modelado como una cinta o

cinturón - Lk = Tw + Wr.

El ADN humano es

extremadamente largo y

empacado en núcleos celulares -

no bien herida! Me gusta

cable de pesca enredado

metido dentro de una pelota.

Cuando el ADN está retorcido,

los hilos se vuelven

más herido

superenrollamiento
La hélice de ADN está descomprimida,

y si supera el enrollamiento

se vuelve demasiado apretado, ADN

la molécula se rompe y

muere
Hay una nueva forma de fabricar estructuras químicas diminutas
anudadas e interconectadas que hasta ahora eran imposibles de fabricar
para los químicos.

Además, el creador Di Liu inventó una forma en que esos nudos podrían
usarse para filtrar rápidamente cientos de sustancias químicas para
combatir el cáncer.

Muchos productos químicos tienen nudos o enlaces como parte de su

estructura. Pero la síntesis de nuevas sustancias que se unen en nudos a
escala molecular es extraordinariamente difícil. Liu, un estudiante de
posgrado en química de la Universidad de Chicago, encontró una forma
de generar una gran variedad de pequeños nudos, de 15 a 20 nanómetros
de diámetro (más pequeños que un virus), en una pieza de ADN
monocatenario.
El ADN es una molécula larga. En las células vivas, debe enrollarse para
encajar en el núcleo de la célula, y al hacerlo se convierte en "súper
espiral", un efecto similar al anudado. Al igual que un trozo de cuerda
trenzado con demasiada fuerza, los segmentos cortos se retuercen sobre
sí mismos, se enredan y se desvían hacia el lado del cordón principal, lo
que interfiere con la capacidad del ADN para funcionar.
Cuando el ADN necesita replicarse, una enzima llamada ADN
topoisomerasa corta las super-espirales y las desenreda, relajando la
tensión en el filamento. Luego vuelve a unirse a los extremos cortados
para que el ADN pueda funcionar. Es una hazaña tan compleja que
James Wang, el descubridor de la enzima, la denominó "el mago del
mundo del ADN". También hace que la topoisomerasa sea un objetivo
principal para las drogas contra el cáncer: si la topoisomerasa en una
célula cancerosa no funciona, la la célula cancerosa morirá.

Los círculos de ADN natural están "subdosados"; sus números de enlace son
menores que sus correspondientes círculos relajados. Compensan retorciéndose y
retorciéndose (es decir, superenrollamiento). El supercoiling no es aleatorio; está
altamente regulado por la célula y, en particular, cada tipo de célula exhibe su
propia supercoil característica.

Si comienza con una pieza circular de ADN bicatenario y la deforma, sin hacer
ningún corte en los hilos, el número de enlace permanece constante, mientras que
la torsión y la torsión cambian. La relación matemática entre estas cantidades es:

Lk=T+W

y lo realmente interesante de esta relación es que una propiedad topológica es

igual a la suma de dos propiedades geométricas. Desafortunadamente, retorcer y
retorcer no son en absoluto conceptos intuitivos. En los casos especiales en los
que el eje de la doble hélice permanece en un plano o en la superficie de una
esfera, la torsión es igual al número de enlace y no se retuerce, pero todos los
demás casos son considerablemente más complejos. Para tener una mejor idea de
estas propiedades geométricas, es útil observar más de cerca nuestro modelo de
ADN y las matemáticas del supercoil.
Un modelo simple para el ADN es el de una cinta, donde cada borde de la cinta
representa una cadena principal de azúcar-fosfato, y con un borde que tiene una
"dirección" opuesta a la otra. Sin embargo, el centro de la cinta es su eje de
simetría, y cuando gira la cinta para aproximar una pieza lineal de ADN
bicatenario, el eje de simetría gira alrededor del eje de la doble hélice.

¿Cómo, entonces, se están cambiando los números de ADN en la célula? Dos

clases de enzimas están involucradas en el cambio de un número de enlace:

(1) Topoisomerasas tipo I: rompen una hebra, rotan el extremo de la hebra rota
alrededor de la hebra intacta y luego sellan los extremos. (Enzimas "que se
cierran")

(2) Tipo de topoisomerasas: rompen ambas cadenas, rotan ambos extremos 360
grados y luego vuelven a conectar los extremos respectivos. En este
caso,  L k = 2.

La topología del ADN debe ser un componente integral de los planes de estudios de
bioquímica y biología molecular por varias razones, que incluyen:

 La topología afecta prácticamente a cada proceso de ácido nucleico que requiere

que la doble hélice se abra o se mueva dentro de la célula [ 3 , 5 - 8 ]
 Las topoisomerasas, las enzimas que regulan la estructura topológica del ADN,
desempeñan papeles críticos en los procesos celulares fundamentales, que incluyen
la replicación, la transcripción, la recombinación y la mitosis [ 3 , 4 , 9 - 12 ].
 Topoisomerases son los objetivos de algunos de los más importantes medicamentos
anticancerosos y antibacterianos actualmente en uso clínico [ 10 - 14 ].
 Las rupturas de cadenas de ADN mediadas por la topoisomerasa pueden
desencadenar tipos específicos de leucemia

Las enzimas que regulan el estado topológico del material genético se conocen como
topoisomerasas [ 3 , 4, 9 - 14 , 22 - 25 ]. Topoisomerases son necesarios para la supervivencia de
todos los organismos y alterar la topología del ADN mediante la generación de cortes transitorios
en la doble hélice [ 3 , 4 , 9 - 14 , 22 - 25 ]. Una excelente demostración de cuerda que ilustra las
acciones de estas enzimas se describe en los materiales suplementarios en línea. En esta
demostración, se corta una cuerda para eliminar un nudo y luego se restaura aparentemente a su
estado original intacto y anudado a través de las acciones de una "topoisomerasa". Esta es una
poderosa visual que nunca deja de llamar la atención de la clase .

Las topoisomerasas son esenciales para la supervivencia celular. Sin embargo, debido a que
rompen el material genético, estas enzimas también tienen el potencial de fragmentar el
genoma. Esta última característica de las topoisomerasas es explotada por algunos de los fármacos
anticancerosos y antibacterianos más ampliamente prescritos actualmente en uso
clínico. Finalmente, además de curar el cáncer, la acción de la topoisomerasa también se ha
relacionado con la inducción de tipos específicos de leucemia. Esta última característica de las
topoisomerasas es explotada por algunos de los fármacos anticancerosos y antibacterianos más
ampliamente prescritos actualmente en uso clínico. Finalmente, además de curar el cáncer, la
acción de la topoisomerasa también se ha relacionado con la inducción de tipos específicos de
leucemia. Esta última característica de las topoisomerasas es explotada por algunos de los
fármacos anticancerosos y antibacterianos más ampliamente prescritos actualmente en uso
clínico. Finalmente, además de curar el cáncer, la acción de la topoisomerasa también se ha
relacionado con la inducción de tipos específicos de leucemia.

Una molécula de ADN es una doble hélice que consiste en dos cadenas
poliméricas, que consisten en unidades monoméricas, nucleótidos. Un
nucleótido consta de tres partes: un grupo fosfato, un azúcar y una base. El
grupo fosfato y el azúcar forman una cadena principal de azúcar-fosfato de
ambas cadenas, por lo que el ADN consiste en dos cadenas de azúcar-fosfato
a las que están unidas las bases. Como es bien sabido, hay cuatro bases - A,
T, G, C - y forman pares: A se empareja con T y G se empareja con C. Este
emparejamiento conduce a la formación de la doble hélice: dos hilos recocidos
por AT y GC se empareja para formar un dúplex. También es importante tener
en cuenta que cada filamento tiene una dirección química y en una doble hélice
son antiparalelas: una cadena va en una dirección, mientras que la otra cadena
va en la dirección opuesta.

Supercoil de ADN
El superenrrollamiento del ADN surge principalmente en las células
procariotas, en las bacterias, porque en los eucariotas, como los humanos y
otros organismos multicelulares, las moléculas de ADN son lineales y también
son muy largas: tienen extremos, no son circulares. Por el contrario, en
procariotas, el ADN es siempre circular, por lo que esta circularidad conduce a
muchas propiedades diferentes del ADN, conduce a la noción de topología del
ADN. Esto se debe a que cuando se tiene una molécula circular, se puede
formar superenrrollamiento y puede formar nudos, por lo que esta
circularización del ADN en las células conduce a diferentes propiedades del
ADN.
 Estructura de DNA Double Helix (wikipedia.org)
La topología, o como se puede llamar, la pseudo-topología, también juega un
papel importante en los ADN lineales. Si el ADN no es circular, sino muy largo,
en muchos aspectos se comporta como si fuera circular. Por lo tanto, los
problemas topológicos son muy importantes tanto en procariotas como en
eucariotas. Esto se enfatiza por el hecho de que hay enzimas especiales
llamadas topoisomerasas, que cambian la topología del ADN. Están presentes
en eucariotas y procariotas y si apaga o silencia los genes de las
topoisomerasas en eucariotas, todos los procesos principales, como la
replicación y la transcripción, en la célula se estancarán. Esto muestra la
importancia de las propiedades topológicas, o propiedades pseudo-
topológicas, en células eucariotas.

Topoisomerases y su función
Las topoisomerasas son necesarias para la replicación normal porque, en
cualquier proceso que implique la separación de cadenas complementarias de
ADN, surge inmediatamente el problema de la superenrrollamiento. Cuando
separas los filamentos, desenrollas el ADN. Dado que el ADN es una doble
hélice y es una hélice muy altamente enrollada, cuando se separan los hilos y
se desenrollan estos giros, este desenrollado cambia el superenrrollamiento en
ADN bicatenario por delante de la bifurcación de replicación. Entonces, si no
quita el superenrrollamiento, la replicación simplemente se detiene, no puede
continuar.Esto sucede con la replicación y también con la transcripción. Todo
esto fue muy bien estudiado, la formación de superenrollamiento positivo y
negativo y la eliminación de superenrollamiento se demostró en ambos
procesos, la replicación y la transcripción.
En el caso de eucariotas, es la misma historia. Aunque estrictamente hablando,
no es topología porque las moléculas son lineales y, en principio, pueden
relajar el superenrrollamiento, si se puede esperar el tiempo suficiente. Pero las
células tienen ADN muy largos y, para relajar todo el superenrrollamiento,
tendrás que rotar la molécula muchas veces, y esto es simplemente imposible
en un ambiente 'atestado' dentro de la célula. En realidad, aunque no existe
una noción estricta de topología para DNAs lineales (es pseudo-topología), la
relajación de superenrrollamiento no puede ocurrir en la escala de tiempo
razonable dentro de la célula. Por lo tanto, la célula acelera este proceso
utilizando topoisomerasas y trata el ADN como si fuera circular.

Dado que las topoisomerasas ya existen en la naturaleza viva, ya que son

necesarias para los procariotas, estas proteínas también fueron adoptadas por
eucariotas para resolver el problema pseudo-topológico en ADN lineales.
Si los eucariotas no usan topoisomerasas, no podrían tener genomas largos y
tener genomas largos es, por supuesto, crucial para la evolución de los
eucariontes.
Si hablamos sobre cómo se descubrió algo y no sobre cómo existen las cosas
en la naturaleza, estamos hablando principalmente de procariotas porque allí,
al menos con ADN circular, puedes estudiarlo en un tubo de ensayo, donde no
hay una situación de hacinamiento. De esta manera, resultó ser mucho más
fácil estudiar las enzimas y sus propiedades relacionadas con el ADN
circular. Para comprender los mecanismos de las acciones de las
topoisomerasas, se usaron moléculas circulares de ADN cortas. Ni siquiera es
el ADN bacteriano, que también es demasiado largo, sino moléculas circulares
cortas que se usaron para descubrir cómo funcionan las
topoisomerasas. Cuando ya sabes lo que hacen estas enzimas, puedes
eliminar los genes correspondientes y ver qué sucede. Así es como se
demostró la importancia de las topoisomerasas para las células eucariotas.

Perspectivas futuras
Por supuesto, aún quedan preguntas abiertas. El principal es cómo la topología
del ADN influye en la expresión de genes en eucariotas. Ha sido una larga
historia durante muchos años: había indicios de que existen los llamados
dominios topológicos en el ADN. También se piensa que el ADN en el
cromosoma está organizado en forma de bucles, que no son ADN circulares
sino que se comportan exactamente como el ADN circular, ya que estos bucles
están bloqueados de alguna manera por proteínas especiales. Estas proteínas
son importantes para la formación de dominios ya que no permiten que dos
partes de ADN giren una alrededor de la otra y, a este respecto, se forma un
dominio de ADN pseudo-circular. Este dominio puede ser superenrollado, las
topoisomerasas pueden trabajar en él, etc.

Estructura cromosómica eucariota (wikipedia.org)

Para muchos investigadores, parecía muy atractivo que tales dominios
pudieran ser regulados con respecto al superenrrollamiento, y dependiendo de
la superenrrollamiento, la expresión génica puede verse afectada. Este tema
ha sido mencionado muchas veces en la literatura y por diferentes autores,
pero aún no hay una respuesta clara sobre si es cierto, si tales dominios son
reales. Otro problema no resuelto es que sabemos muy poco sobre la
organización cromosómica, aparte de los nucleosomas. Los nucleosomas
proporcionan una organización muy genérica de ADN en el cromosoma, pero
es solo un primer nivel de organización del ADN dentro de los
cromosomas. Todavía no sabemos sobre niveles más altos de compactación
de ADN en los cromosomas. Es muy difícil estudiar la cromatina porque es una
entidad muy inestable y cambiante.Entonces en el futuro, podemos tener
algunos descubrimientos fantásticos a este respecto si alguien es capaz de
identificar realmente este problema de los dominios topológicos. Es una
posibilidad, pero aún no se ha probado y estudiado adecuadamente porque es
muy difícil de estudiar. Esta es una pregunta abierta y, de vez en cuando, una
nueva generación de biólogos moleculares intenta atacar este problema, pero
todavía no hay una respuesta clara.

Lk es un

propiedad topológica del ADN.

Lk se puede expresar como la suma algebraica de dos propiedades geométricas, twist (Tw) y
writhe

(Wr).

Un ADN circular cerrado covalentemente (también conocido como cccDNA) está restringido
topológicamente ya que la cantidad de veces que las cadenas se enrollan entre sí no puede
cambiar. Este cccDNA puede ser superenrollado, que es la estructura terciaria del
ADN. Supercoiling se caracteriza por el número de enlace, giro y retorcimiento. El número de
enlace (Lk) para el ADN circular se define como el número de veces que un filamento tendría
que pasar a través del otro filamento para separar completamente los dos filamentos. El
número de enlace para el ADN circular solo puede cambiarse rompiendo un enlace covalente
en una de las dos cadenas. Siempre un número entero, el número de enlace de un cccDNA es
la suma de dos componentes: giros (Tw) y writhes (Wr). [17]

Los giros son la cantidad de veces que las dos hebras de ADN se retuercen una alrededor
de la otra. Writhes es la cantidad de veces que la hélice de ADN cruza sobre sí misma. El
ADN en las células está negativamente superenrrollado y tiene la tendencia a
relajarse. Por lo tanto, la separación de hebras es más fácil en el ADN superenrollado
negativamente que en el ADN relajado. Los dos componentes del ADN superenrollado
son solenoide y plectonemico. El supercoil plectonemic se encuentra en prokaryotes,
mientras que el supercoil solenoidal se ve sobre todo en eucariotas.

Problemas topológicos
Hay tres tipos principales de topología:

 Supercoiling
 Anudamiento
 Cadena
Fuera de los procesos esenciales de replicación o transcripción, El ADN debe mantenerse lo
más compacto posible, y estos tres estados ayudan a esta causa. Sin embargo, cuando se
produce la transcripción o la replicación, el ADN debe ser libre, y estos estados dificultan
seriamente los procesos. Además, durante la replicación, el dúplex de ADN recién replicado y
el dúplex original de ADN se entrelazan y deben separarse completamente para garantizar la
integridad genómica a medida que se divide una célula. A medida que avanza la burbuja de
transcripción, el ADN que está delante de la horquilla de transcripción se sobrerrolla o se
sobrerrolla positivamente, mientras que el ADN que está detrás de la burbuja de transcripción
se enrolla o se sobrerrolla negativamente. A medida que se produce la replicación, el ADN que
está delante de la burbuja de replicación queda positivamente superenrrollado, mientras que el
ADN que está detrás de la horquilla de replicación se enreda formando precatenanes. Uno de
los problemas topológicos más esenciales ocurre al final de la replicación, cuando los
cromosomas hijos deben desenredarse completamente antes de que ocurra la mitosis. La
topoisomerasa IIA juega un papel esencial en la resolución de estos problemas topológicos.

La estructura helicoidal del ADN y la organización helicoidal de las fibras

de cromatina implican necesariamente problemas topológicos que surgen
durante los procesos vitales, como la replicación del ADN, la
transcripción, la recombinación y el empaquetamiento de la
cromatina. En las células sanas todos estos problemas se resuelven por
la acción de las enzimas nucleares ADN topoisomerasas. Estas enzimas
complejas cortan transitoriamente una o dos cadenas de ADN y permiten
que otra cadena u otra doble hélice pase a través de la ruptura transitoria
antes de volver a religarse. Dado que prácticamente todas las
transacciones de ADN dependen (al menos hasta cierto punto) de la
acción de las topoisomerasas de ADN, estas enzimas desempeñan un
papel central en el correcto funcionamiento del ADN.

Cómo se aplica el concepto de topología a la genética

¿material? Siempre que los extremos del ADN estén fijos en el espacio,

relaciones topológicas se definen como aquellas que pueden ser

alterado solo por romper uno o ambos filamentos del doble

hélice. Para todos los propósitos prácticos, siempre podemos considerar

los extremos del ADN celular a anclar yincapaz de rotar [3-6]. Esto es porque hay un alto

energía de fricción asociada con la longitud extrema de

cromosomas, plásmidos y cromosomas bacterianos a menudo

son circulares (y por lo tanto no tienen extremos) y cromosómicos

El ADN está atado a las membranas en las bacterias y

al andamiaje cromosómico en eucariotas [3-6]. Topológico

las relaciones en el ADN incluyen underwinding y

sobreenrollamiento, anudamiento y enredo.

La topología del ADN debe ser un componente integral de la bioquímica

y currículo de biología molecular para un número

de razones, incluyendo:

• La topología afecta prácticamente a cada proceso de ácido nucleico

eso requiere que se abra la doble hélice o

movido dentro de la celda [3, 5-8].

• Topoisomerases, las enzimas que regulan la topología

estructura del ADN, juega roles críticos en

procesos celulares, incluyendo replicación, transcripción,

recombinación y mitosis [3, 4, 9-12].

• Topoisomerases son los objetivos para algunos de los

medicamentos anticancerosos y antibacterianos más importantes

actualmente en uso clínico [10-14].

• Las roturas de la cadena de ADN mediada por la topoisomerasa pueden

desencadenar tipos específicos de leucemia [10, 12, 15, 1

somorgujo. La relación entre el interior y el exterior de un globo

es de naturaleza topológica A pesar de estirar y distorsionar

el globo por inflación (o incluso creando animales de globo para

el aventurero conferenciante), el interior y el exterior nunca se encuentran. A

alterar esta relación topológica, el '' sistema cerrado '' de

globo debe ser interrumpido. Esto se puede lograr en dramática

moda mediante el uso de un pin. Una vez que el sistema topológico es

abierto, el interior y el exterior del globo pueden tocar.

cruces (es decir, nodos) se les asigna un positivo o negativo

valor basado en la orientación (es decir, la destreza) de

el eje del ADN El término numérico que describe la suma

de la torcedura y la retorcida se llama el número de enlace,

que representa el enlace total dentro de una molécula de ADN.

Matemáticamente, estas propiedades del ADN pueden ser

expresado como:

Lk ¼ Tw þ Wr:

, Lk es un valor invariable que no se puede cambiar

sin abrir el sistema (es decir, romper la cadena de ADN).

Segundo, en ausencia de nudos o nudos, Tw y Wr

son (al menos matemáticamente) valores de fluidos que pueden ser

Las enzimas que regulan el estado topológico de la

el material genético se conoce como topoisomerasas [3, 4, 9-

14, 22-25]. Topoisomerases son necesarios para la supervivencia

de todos los organismos y alterar la topología del ADN generando

cortes transitorios en la doble hélice [3, 4, 9-14, 22-25].

Una excelente demostración de cuerda que ilustra el

las acciones de estas enzimas se describen en el soporte en línea

Información. En esta demostración, se corta una cuerda

para eliminar un nudo y luego parece restaurado a su

estado original intacto y anudado a través de las acciones de

una '' topoisomerasa ''. Esta es una poderosa visual que nunca

no capta la atención de la clase.

La familia de la topoisomerasa abarca una serie de

enzimas relacionadas que comparten características mecánicas fundamentales.

Aspectos de reacción que son específicos de diferentes

La topología del ADN desempeña papeles esenciales en varios procesos
biológicos fundamentales, como la replicación del ADN, la recombinación y la
transcripción. Típicamente, la electroforesis en gel de agarosa se emplea para
estudiar la topología de ADN. Dado que la electroforesis en gel requiere mucho
tiempo y es laboriosa, es deseable desarrollar otros métodos, tales como los
métodos basados en la fluorescencia, para tales estudios. En este artículo
informamos la síntesis de un tipo de moléculas de ADN únicas marcadas con
fluorescencia que se pueden utilizar para estudiar la topología de ADN y
topoisomerasas mediante transferencia de energía de resonancia de
fluorescencia (FRET). Específicamente, insertamos un 82 nt. oligómero de ADN
sintético FL905 que lleva un 42 nt. Secuencia AT con fluoresceína y dabcyl
etiquetas en una molécula de ADN con huecos para generar pAB1_FL905
relajado y superenrollado. Dado que la intensidad de fluorescencia de
pAB1_FL905 depende de su estado de superenrrollamiento, pAB1_FL905 es una
poderosa herramienta para estudiar la topología de ADN y las topoisomerasas
mediante FRET. pAB1_FL905 también se puede desarrollar en ensayos de cribado
de alto rendimiento rápidos y eficientes para identificar inhibidores que se
dirigen a diversas topoisomerasas de ADN.

Topología de ADN (Biología Molecular)

Bicatenario adquirir estructuras de ADN
topológicaspropiedades si están organizadas en
un dominio topológico, que es una región cerrada
en la que las dos cadenas están vinculadas. Los
tipos conocidos de dominios topológicos
elementales son ADN dúplex circular cerrado
(ADNc), en el que las dos cadenas son
covalentemente separadas por separado; bucles de
ADN cerrados sellados con proteína (figura 1)
(1). La gran mayoría del trabajo experimental y
teórico sobre dominios topológicos de ADN se ha
realizado con ADN circular cerrado purificado. Un
dominio topológico elemental, en el que el ADN es
topológicamente monomérico, es uno en el que el
eje del ADN no está en sí mismo vinculado al de
ningún otro ADN. Los ADN de este tipo son de
naturaleza generalizada, incluidos los plásmidos y
episomas bacterianos, el virión y las formas
replicativas de virus tanto eucarióticos como
procarióticos, ADN mitocondrial y muchos otros
(2). La nomenclatura utilizada para describir estas
moléculas deriva en parte de la química de
proteínas y es imprecisa cuando se aplica al ADN
circular cerrado. Entre los términos comúnmente
utilizados se encuentran el ADN superhelicoidal y el
ADN superenrollado. Estos no están destinados a
indicar diferentes tipos estructurales, sino que se
usan como sinónimos para indicar que el ADN en
cuestión es más compacto que su contraparte
circular circular o circular mellada relajada. Se usan
indistintamente con el ADN circular cerrado más
genérico o, como alternativa, ADN dúplex cerrado
(ADNc). pero se usan como sinónimos para indicar
que el ADN en cuestión es más compacto que su
contrapartida circular cerrada relajada o circular
afilada. Se usan indistintamente con el ADN circular
cerrado más genérico o, como alternativa, ADN
dúplex cerrado (ADNc). pero se usan como
sinónimos para indicar que el ADN en cuestión es
más compacto que su contrapartida circular cerrada
relajada o circular afilada. Se usan indistintamente
con el ADN circular cerrado más genérico o, como
alternativa, ADN dúplex cerrado (ADNc).

Figura 1. Representación de los dos tipos de dominios topológicos elementales. (a)

La estructura de un ADN dúplex cerrado (ADNc), que se muestra aquí como un
dúplex relajado (ADNrr). Ambas cadenas en este ADN son covalentemente
continuas, y el número de enlace es un número entero. Hay ocho nodos en la
proyección que se muestra aquí, y Lk = +4. (b) La estructura de un bucle de ADN. El
dominio topológico se mantiene mediante una unión fuerte a una proteína
dimérica. En el ejemplo mostrado, Lk «6. El valor exacto de Lk depende de la
ubicación precisa en la que las dos cadenas se fijan juntas mediante el sellador de
proteínas, y Lk puede consecuentemente ser un número fraccionario.

Los bucles de ADN sellados con proteína pueden ocurrir localmente en partes de
moléculas de ADN que no son necesariamente circulares cerradas. Ejemplos de
estos son el genoma de Escherichia coli, que está organizado en dominios
topológicos separados por proteínas unidas (3, 4), el represor lambda (5, 6), varios
sistemas de regulación de la transcripción procariota (7), recombinación específica
de sitio y transposición (8) y la unión de la enzima de restricción SfiI (9). Debe
observarse que los bucles de ADN sellados con proteína, en contraste con los
ADNc, se mantienen unidos por enlaces no covalentes. La integridad de este tipo
de dominio topológico es, por lo tanto, relativamente menos segura. Las
determinaciones sistemáticas de la estabilidad de los bucles de ADN como una
función del número de enlace aún no se han informado.
El ADN también se puede organizar en dominios topológicos de orden
superior (no elementales), en los que los ejes de ADN dúplex de uno o más ADN
circulares están vinculados entre sí. El ADN anudado, uno de los resultados
posibles de la recombinación específica de sitio, representa una clase en la que el
eje dúplex de un único ADN forma un nudo. El ADN catenated, en el cual los ejes
de dos o más submóléculas de ADN están vinculados, contiene uno o más
dominios topológicos de orden superior. Las submoléculas mismas pueden
contener dominios topológicos elementales individuales o no. Representaciones
esquemáticas de nudos de ADN y catenanos para algunos casos simples se
muestran en la Figura 2 (10).

Figura 2. Dos tipos de dominios topológicos de orden superior. (a) Dos ADN
circulares cerrados, pero no superenrollados, están vinculados una vez para formar
un catenano. Aquí el número de enlace de orden superior (llamado el número de
cate- nación en este caso) es 1, ya que los ejes de los dos ADN están vinculados
una vez. (b) El eje de una sola molécula de ADN se anuda en un trébol.

La formación de un dominio topológico elemental tiene una gran

importanciainfluencia en muchas propiedades de ADN y, además, crea algunas
propiedades que son completamente nuevas. Las propiedades modificadas
pueden dividirse aproximadamente en dos clases: estructura (ver Supercoiling of
DNA) y energética (ver Superhelical DNA Energetics). Las principales
características de la estructura del ADN afectada son la torsión dúplex y la
disposición en el espacio del eje del ADN. Los ADN circulares cerrados limpios
tienden a formar superhelices bastante regulares, a menudo ramificadas en
solución. Un dominio topológico tiene una energía libre específica, llamada
energía libre de dominio topológico o energía libre de formación de
superhélice. Esta cantidad generalmente aumenta con el grado de
superenrrollamiento de cualquier quiralidad. El equilibrio de todas las reacciones
de unión que implican cambios en el giro del ADN o en el retorcimiento se
modifican mediante la inclusión de este término de energía libre.
La nueva propiedad creada por la formación de un ADN circular cerrado es el
número de enlace, Lk, que es una medida de cuántas veces se entrelazan los dos
hilos dúplex. Es constante para un dominio topológico dado y puede cambiarse
solo por una o más escisiones de cadena. Esto hace posible la formación de
topoisómeros de ADN, que son ADN circulares cerrados que difieren solo en
Lk. Los topoisómeros se pueden interconvertir de forma reversible con enzimas
conocidas como topoisomerasas. Las propiedades de los topoisómeros
individuales dependen fuertemente de la magnitud del número de enlace
asociado. Los topoisómeros pueden, en condiciones apropiadas, separarse
físicamente por medio de electroforesis en gel. La Figura 3 (11) muestra dicho
fraccionamiento para un ADN circular circular representativo.

Finalmente, las dos cadenas principales de ADN cuyo entrelazado define un

dominio topológico no contienen enlaces químicos en común (a excepción de una
posible conexión indirecta a través de un sellador de proteínas).
No obstante, las dos cadenas pueden separarse solo por la rotura de un enlace
covalente. Este tipo de conexión a veces se denomina vínculo topológico.

Los aspectos topológicos de la estructura del ADN surgen principalmente

del hecho de que los dos filamentos de ADN son repetidamente

entrelazado Desenredar estos dos filamentos, lo que ocurre en

todos los principales procesos genéticos pueden resultar bastante difíciles. En

el caso más simple de un ADN lineal en solución, desenredar es

posible debido a la rotación libre de los extremos del ADN.

Sin embargo, para todos los ADN naturales, la rotación de extremo libre es cualquiera

restringido o prohibido por completo. En consecuencia, desenredar

las dos cadenas de ADN se convierten topológicamente

imposible.
Figura 1 Una molécula de ADN circular hipotética en la que dos cadenas de ADN

están vinculados solo una vez Desenredar los dos hilos es imposible, a menos que

uno de ellos está roto.

de una molécula de ADN circular donde los dos hilos son

enredado solo una vez

Un segmento de ADN restringido para que la libre rotación de

sus fines es imposible se llama un dominio topológico

(Figura 2). Un ejemplo canónico de un dominio topológico

es ADN circular, que es típico de bacterias, mitocondrias,

cloroplastos, muchos virus, etc. En este caso, hay

obviamente, ningún ADN termina en absoluto, ya que ambas cadenas de ADN son

covalentemente cerrado. Aunque los cromosomas eucarióticos son

lineales en general, consisten en grandes bucles de ADN firmemente

unido a la matriz nuclear. Estos loops representan

Topoisomerases son

esencial para la resolución de numerosos topológicos

problemas en el ADN. Tenerlos en su arsenal, las células toman

ventaja de la naturaleza restringida topológicamente de su

ADN, como se discute al final de este artículo

El parámetro topológico fundamental de un enlace covalente

el ADN circular cerrado se denomina número de enlace (Lk).

Supongamos que una cadena de ADN es el borde de un imaginario

superficie y contar el número de veces que el otro ADN

hebra cruza esta superficie (Figura 3). La suma algebraica de

Figura 3 El número de enlace representa una suma algebraica de todos los

intersecciones hechas por una cadena de ADN a través de la superficie imaginaria tallada

por otra cadena de ADN. El Lk aquí es +8.

todas las intersecciones (lo que representa un signo de cada

intersección) es el Lk. Dos características importantes de Lk

son evidentes en la Figura 3. Primero, Lk es siempre un número entero.

En segundo lugar, Lk no se puede cambiar por ninguna deformación del

Hebras de ADN, es decir, es topológicamente invariante. Lo único

forma de cambiar Lk es introducir un descanso en uno o ambos

Cadenas de ADN, rotar las dos cadenas de ADN en relación con cada uno

otro y sellar el descanso. Este es precisamente el papel del ADN

topoisomerases.

Otra característica de un ADN circular se llama giro,

o Tw. Tw es el número total de vueltas helicoidales en circular

ADN bajo condiciones dadas. Dado que el ADN es un derecho

hélice con? 10.5 pares de bases (pb) por turno, Tw es un

número positivo grande para cualquier ADN natural. Toma un planar,

ADN circular y tratar de separar localmente los dos ADN

hebras, es decir, para disminuir el Tw. Como Lk no puede cambiar, una

disminución en Tw será compensado por varios positivos

se retuerce de la doble hélice (Figura 4). Writhing (Wr) es el

tercera característica importante del ADN circular, describiendo

el paso espacial del eje de doble hélice, es decir, la forma del

Molécula de ADN como un todo Wr puede ser de cualquier signo, y

usualmente su valor absoluto es mucho más pequeño que el de Tw.

La consideración anterior puede ser formalizada por el

siguiente ecuación:

Lk = Tw + Wr [1]

Tenga en cuenta que, si Lk es un número entero, ni Tw ni Wr deberían

ser tal. Además, ni Tw niWr son invariantes topológicos

y sus valores cambian fácilmente con los cambios en el ambiente

condiciones, temperatura y durante el funcionamiento del ADN.

 El teorema del valor Intermedio puede verse como un teorema topológico

que conecta la imagen de un conjunto conectado por una función
continua.
 Cada función continua está limitada. Este es un caso especial del teorema de
topología de que la imagen de un conjunto compacto es compacta.f:[a,b]−>R

 ¿Puede haber aprendido que si una función tiene una derivada cero,
entonces es constante? En realidad, con una generalidad completa que
es falsa, la función tiene que definirse en un espacio Conectado , una
noción topológica.
 Se puede pensar que la topología resume la geometría al eliminar el
concepto de distancia. En general, las abstracciones son útiles porque le
permiten comparar dos cosas que solo difieren en las propiedades que son
irrelevantes para usted y pueden verse como equivalentes una vez que
elimina esas propiedades de la discusión. Considera, por ejemplo, una
jaula. Si su único propósito al construir una jaula es mantener algo
contenido, entonces lo que importa es si la jaula está cerrada o no, no su
forma real. Una copa (de cualquier forma) puede usarse para enjaular una
mosca; un rollo de papel higiénico no puede.
 Roller Coasters
Six Flags Magic Mountain recientemente remodelado Colossus. Parte de
esta remodelación implicó cambiar el diseño de la pista de un diseño de
carreras a un diseño de Möbius [1]. En el diseño anterior, el viaje se compone
de dos pistas separadas colocadas una al lado de la otra. En el diseño actual,
la pista que comienza en la primera estación finaliza en la segunda estación
y la pista que comienza en la segunda estación finaliza en la primera
estación, dando una pista continua en lugar de dos pistas separadas. Ahora,
no sé mucho sobre la construcción de montañas rusas en la vida real, pero
solía jugar mucho Roller Coaster Tycoon y al construir una montaña rusa de
doble vía, la mayor consideración al elegir la topología de la estación era
usar el diseño de Möbius le proporcioné un solo viaje mientras usaba pistas
separadas que le dieron dos atracciones que afectaron la cantidad oficial de
montañas rusas en su parque (que supongo que fue una gran parte de la
calificación del parque, valor del parque y algoritmos de generación de
huéspedes), la calificación de montaña rusa , pensamientos de los invitados,
etc.
 Transporte público
Al diseñar y construir sistemas de transporte público, la topología de red del
sistema se analiza por separado de la geometría. La topología proporciona la
estructura general del sistema, mientras que la geometría, es decir, la forma
exacta de las líneas de transporte, dónde ubicar las paradas, etc. trata los
 aspectos específicos (para usar una analogía, elegir la topología es como
elegir entre Mac y Windows y optimizar la geometría es como cambiar la
configuración y la apariencia para satisfacer sus necesidades). Aquí en Los
Ángeles, Metro está trabajando actualmente en un proyecto [2]eso realmente
cambiará la topología de red del sistema de trenes. La mayoría de las pistas
seguirán siendo las mismas, pero al volver a conectar las pistas (la parte
norte / sur de la línea dorada se convertirá en parte de la línea azul y la parte
este / oeste de la línea dorada pasará a formar parte de la línea Expo ), la
topología cambiará de X-forma a grilla compleja. [3]
 Computación
cuántica topológica En la computación cuántica topológica, la información
se almacena en grados topológicos de libertad. Considere, por ejemplo, el
código Toric. En el código Toric, los qubits se colocan en la superficie de un
toro (o alguna superficie topológicamente equivalente a un toro). Usando
estos qubits (que se conocen como qubits físicos), puedes obtener dos qubits
lógicos de los dos bucles topológicamente diferentes que puedes hacer
alrededor del toro (alrededor del agujero y a través del agujero). El hecho de
ser un tema académico requerirá, por supuesto, el uso de una topología real
(en el riguroso sentido matemático) cuando se estudie.
 Sin embargo, tal vez sea más interesante el concepto de anyons que son la
base de la computación cuántica topológica. En la mecánica cuántica, el
estado de un sistema se describe mediante una función de onda (usando la
función de onda, puede calcular las propiedades clásicas del sistema, como
la posición y el momento). En tres dimensiones, las partículas pueden
clasificarse en fermiones, que causan un cambio en el signo de la función de
onda cuando se intercambian (de ahí viene el principio de exclusión de
Pauli, que dice que los fermiones no pueden ocupar el mismo estado), y los
bosones, que sí no. En tres dimensiones, estas son las dos únicas
posibilidades porque el intercambio de las dos partículas dos veces
devolverá el estado a su forma original y, por lo tanto, no alterará la función
de onda. Considera ahora la siguiente imagen:


 El intercambio de dos partículas no es lo único que podemos
hacerles. También podemos rodearlos uno con otro. ¿Qué pasará con la
función de onda entonces? Bueno, en tres dimensiones, nada
 sucederá. Debido a que siempre puede levantar el bucle y moverlo en frente
de la partícula, un bucle alrededor de una partícula es topológicamente
equivalente a un bucle no alrededor de la partícula que es topológicamente
equivalente a no hacer nada (porque puede deformar ese bucle hasta un
punto) . Sin embargo, en dos dimensiones, el bucle que encierra a la
partícula derecha no se puede deformar en el bucle que no lo hace. Por lo
tanto, los dos son topológicamente inequivalentes. ¿Qué significa esto? Si
puedes construir un sistema bidimensional (y sí, es posible), entonces
pueden existir partículas que no son ni bosones ni fermiones. Cuando se
intercambia,
 En resumen, debido a que la topología y la equivalencia topológica de
diferentes formas depende de la dimensión del espacio en el que residen,
podemos cambiar la física de un sistema si de alguna manera podemos
cambiar el número de dimensiones. En el caso de los anyons, pasando de
tres a dos dimensiones, la existencia de partículas que no son ni bosones ni
fermiones se hace posible.

 * Una propiedad fundamental de la función de onda es que debe estar
normalizada, lo que significa que, pensando en ella como un vector, debe
tener una longitud de uno. Para números reales, +1 y -1 tienen un valor
absoluto de uno. Para números complejos, cualquier número de la
forma tiene un valor absoluto de uno. +1 es el caso especial para x = 0 y -1 es
el caso especial donde x = π.eix

Sí, en realidad, la topología jugó un papel importante en el "problema de

plegamiento de proteínas". No sé qué tan bien educado eres en este tema,
considerando que es de naturaleza bastante compleja, pero intentaré explicar
algunas ideas elementales que vinculan la topología con el plegamiento de
proteínas y los ácidos nucleicos. En primer lugar, debe entenderse que el ADN se
anuda, se sobrerrolla o se encadena durante la replicación, transcripción y
recombinación. En segundo lugar, es importante saber qué topología es (en
términos generales) y aquí está la mejor definición que puedo pensar: la topología
es el estudio del cambio en las cifras y cómo cambian sus propiedades geométricas
y espaciales (o permanecer constante). Finalmente, me gustaría decir que creo que
también es importante entender que el "problema" no es cosa del pasado, de hecho
es actual, y la topología todavía se está aplicando en un intento de comprender más
completamente el conductismo de las proteínas. Como nota al margen, me doy
cuenta de que definió "en el terreno de la topología" como "el uso de técnicas
matemáticas (preferiblemente analíticas) que hacen un uso intensivo de los
teoremas de topología", y en caso de que mi respuesta hasta ahora fuera vaga, la
topología que tiene Hasta ahora, se ha utilizado todo tipo de formas, pero muchas
son analíticas y dependen fuertemente de teoremas y conceptos puramente
topológicos.
Primero, donde sea que tengas una estructura con alguna noción de continuidad,
usualmente tienes una topología al acecho en el fondo. No desea probar los mismos
teoremas una y otra vez en espacios métricos, variedades diferenciales, espacios
vectoriales normados. Demasiados conjuntos en cada rama de las matemáticas
'automáticamente' vienen con una topología para que la topología sea ignorada.

En segundo lugar, la continuidad es una noción tangible si existe alguna noción

matemática. ¿Qué podría ser más importante para la vida real que las curvas y otros
mapas que son realmente continuos? En la mayoría de las situaciones tangibles, la
continuidad es el primer criterio de que una función es razonable. Considere los
espacios de configuración, por ejemplo: supongamos que tiene un péndulo (1), con otro
péndulo (2) enganchado a (1) al final. El primer péndulo barre un círculo, y dado cada
punto en ese círculo, el péndulo (2) barre otro círculo de forma independiente. El
espacio de configuraciones es por lo tanto T×TT×T, el producto de dos círculos que
forman un espacio topológico que se parece a un toro. Ahora, incluso antes de
configurar ecuaciones diferenciales, etc., es inmediatamente obvio que la ruta del
sistema de péndulo debe ser continua. Sorprendentemente, a menudo puede probar
mucho utilizando solo la topología, incluso antes de comenzar a usar colectores y otra
estructura (como la diferenciabilidad, etc.).

La compacidad es, posiblemente, la propiedad topológica más importante, tanto en la

topología en sí, como en otros campos que se basan en los resultados topológicos. La
razón es que la compacidad nos permite atribuir propiedades de conjuntos finitos a
conjuntos infinitos. Esto viene de la definición: cualquier portada abierta tiene una
subcubierta finita. En términos muy amplios, un espacio compacto debe tener un
comportamiento que en cierto sentido es limitado o limitado. Algunos ejemplos de
cuándo esto es útil son:

 El teorema del valor extremo

 Varios teoremas de punto fijo
 Las imágenes progresivas continuas de conjuntos compactos son compactas (este es un
resultado básico que es importante porque no todas las propiedades se conservan mediante
imágenes hacia adelante).
 El teorema de Arzela-Ascoli
 La compacidad implica que cada secuencia tiene una subsecuencia convergente, un
resultado importante, especialmente en el análisis.
 Construcción de medidas
Esta es solo una pequeña muestra de cuando la compacidad es útil. En mi
investigación, recientemente obtuve un resultado usando el teorema del valor
extremo. Queríamos mostrar que existe una solución para un problema determinado,
así que probamos que resolver el problema era equivalente a la existencia de un
mínimo de una función continua en un espacio compacto. La parte difícil fue mostrar
que el espacio era compacto, pero uno que hicimos, el teorema del valor extremo
garantiza que existe un minimizador, y por lo tanto hay una solución a mi problema.
La conectividad es importante porque obliga a todos los elementos de un espacio a
relacionarse entre sí de alguna manera. La conectividad tiene implicaciones
importantes como el teorema del valor intermedio, pero en mi experiencia, la
conectividad suele ser una propiedad añadida a otros teoremas para evitar situaciones
patológicas o para garantizar que la afirmación del teorema tenga sentido (más
adelante, en Munkres, lo harás). aprende sobre la teoría de la homotopía que tiene más
sentido en un espacio conectado por ruta).

Ambos conceptos son importantes para una variedad tan amplia de áreas matemáticas
que se entienden muy bien. Me parece dudoso que se realice una nueva investigación
directamente sobre compacidad o conectividad. Pero cualquier nuevo teorema que
demuestre que muestra suficiencia para una de estas propiedades en varios entornos
sería importante. Además, estas dos propiedades son consideraciones importantes
para muchos resultados en análisis, ODE, topología diferencial, topología algebraica,
análisis funcional y más.

TEORÍA DEL ADN Y NUDO

Introducción: el ADN es el material genético de todas las células, que contiene

información codificada sobre moléculas y procesos celulares. El ADN consiste
en dos hebras polinucleotídicas retorcidas una alrededor de la otra en una doble
hélice. El primer paso en la división celular es replicar el ADN para que las
copias se puedan distribuir a las células hijas. Además, el ADN participa en la
transcripción de proteínas que dirigen el crecimiento celular y las actividades. Sin
embargo, el ADN está estrechamente empaquetado en genes y cromosomas. Para
que se produzca la replicación o la transcripción, el ADN primero debe
descomprimirse para que pueda interactuar con las enzimas.

El empaquetamiento de ADN se puede visualizar como dos hebras muy largas

que se han entrelazado millones de veces, atadas a nudos y sujetas a
enrollamiento sucesivo. Sin embargo, la replicación y la transcripción son mucho
más fáciles de lograr si el ADN está bien organizado en lugar de enredado en
nudos. Las enzimas son esenciales para desempaquetar el ADN. Las enzimas
actúan para cortar los nudos individuales y volver a conectar hebras de una
manera más ordenada.

Importancia: podemos obtener información sobre el desdoblamiento del ADN

mediante el uso de principios de topología. Los topólogos estudian las
propiedades invariables de los objetos geométricos, como los nudos. El ADN
apretado en los genes debe desenredarse rápidamente para que se produzca la
replicación o la transcripción. Este es un problema topológico.
Pregunta: ¿Cómo puede la teoría de nudos ayudarnos a comprender el embalaje
de ADN? ¿Cómo podemos estimar las tasas a las que las enzimas desanudan el
ADN?

Métodos: el ADN se puede visualizar como un nudo complicado que las enzimas
deben desanudar para que se produzca la replicación o la transcripción. Quizás
no sea sorprendente entonces que se hayan descubierto las conexiones entre la
teoría matemática del nudo y la biología. Al pensar en el ADN como un nudo,
podemos usar la teoría de nudos para estimar cuán difícil es deshacer el
ADN. Esto puede ayudarnos a estimar las propiedades de las enzimas que
desenlazan el ADN.

Un nudo matemático es una curva cerrada. Esto se puede visualizar como un

bucle cerrado de cadena. Si la cuerda tuviera un nudo, sería imposible deshacer el
nudo sin cortar el nudo. Mira a las imagenes de abajo.

El primer nudo es simplemente un bucle de cuerda que ha sido retorcido, un

"nudo". Podría desanudarse fácilmente tirando de la cuerda para formar un solo
bucle. El 2º nudo, sin embargo, es claramente un nudo. La única forma de
deshacerse del nudo sería cortarlo y volver a atar la cuerda. El 3 rd nudo es aún
más complicado.

Para entender esto más rigurosamente, exploraremos algunas definiciones

topológicas. Un nudo es una curva cerrada en el espacio tridimensional. Dos
nudos se consideran iguales si uno se puede mover sin problemas a través del
espacio, sin ningún corte, de modo que sea idéntico al segundo. Los nudos
matemáticos están representados por diagramas bidimensionales que se pueden
considerar como la sombra proyectada por un nudo tridimensional.

En los puntos del diagrama, la curva se cruzará por encima o por debajo de
ella. Los puntos de cruce se llaman puntos dobles . A cada punto doble se le
asigna un signo + o -, según la orientación del punto de cruce. Si el hilo que pasa
sobre un punto doble se puede girar en el sentido de las agujas del reloj a menos
de 180 para que coincida con la dirección del hilo debajo, entonces el signo es
positivo (+); si el hilo en la parte superior debe girarse en sentido antihorario, es
negativo (-). La retorcida de un nudo es la suma de todos los signos de sus
puntos dobles. Los nudos debajo son +3 y -3, respectivamente.

Interpretación: podemos extender los principios de la topología al

ADN. El valor de este método es que brinda a los investigadores
una medida cuantitativa para el empaquetamiento del ADN, en lugar de
una descripción subjetiva. En el empaquetamiento y desempaque del
ADN, una reacción enzimática convierte las cadenas de ADN en nudos,
hebras unidas o una forma más ordenada. La teoría de nudos puede
ayudar a los científicos a descubrir los mecanismos por los cuales
funcionan estas enzimas.

El uso de métodos topológicos ayuda a los científicos a obtener

información sobre las propiedades de la replicación, la transcripción y la
recombinación del ADN. Las enzimas denominadas topoisomerasas son
importantes en el desempaque y embalaje del ADN. Además de su
estructura de doble hélice, el ADN tiene una serie de giros, ya que se
enrolla alrededor de sí mismo llamado superenrollamiento. Brown y
Cozzarelli (1979) utilizaron métodos topológicos para determinar cómo
funciona la topoisomerasa, girasa, en E. coli para supercoil DNA. Si
representamos esto como un dibujo en 2-D, podemos contar el número
de puntos dobles y determinar sus signos.

https://www.geogebra.org/m/pNMyRgXs
http://www.dimensions-math.org/Dim_CH9_PT.htm
http://math.rice.edu/~polking/cartography/cart.pdf
http://www.geom.uiuc.edu/docs/doyle/mpls/handouts/node33.html
http://axismaps.github.io/thematic-cartography/articles/projections.html
http://www.math.ubc.ca/~cass/courses/m309-01a/montero/math309project.html
http://www.ams.org/samplings/feature-column/fc-2014-02
http://math.ucr.edu/~res/math153/history07d.pdf
http://www.cut-the-knot.org/pythagoras/StereoProAndInversion.shtml
https://girlsangle.wordpress.com/2011/10/11/stereographic-projection-is-conformal/
http://torus.math.uiuc.edu/jms/java/stereop/
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