KAJIAN JURNAL

BIOTEKNOLOGI LINGKUNGAN
“Bakteri Degradasi dari Fraksi Jenuh Minyak Mentah di Daerah Arab:
Produksi Biosurfaktan dan Efek dari Nanopartikel ZnO”

Diajukan untuk memenuhi salah satu tugas pada mata kuliah Bioteknologi

Dosen : Dr. F. Maria Titin Supriyanti, M.Si.

NURISA AINULHAQ

1302776

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA

SEKOLAH PASCASARJANA

UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA

2014
 Bakteri Degradasi dari Fraksi Jenuh Minyak Mentah di Daerah Arab:
Produksi Biosurfaktan dan Efek dari Nanopartikel ZnO

I. Pendahuluan
Minyak dan produk berbahaya dapat dilepaskan ke lingkungan melalui
berbagai operasi seperti: produksi, pengolahan, dan konsumsi. Akibatnya, terjadi
pencemaran lingkungan oleh minyak bumi dan produk-produknya yang kini telah
menjadi isu-isu global. Teluk Arab adalah salah satu lingkungan perairan paling
tercemar berat di seluruh dunia, dan yang terburuk di daerah Kuwait. Selain itu,
terjadi juga pencemaran tanah yang disebabkan oleh minyak bumi dengan
terbentuknya 300 danau minyak yang menutupi sekitar 49 km2. Setelah Perang
Teluk, beberapa penelitian telah dilakukan untuk mengevaluasi bioremediasi
sebagai teknologi pembersihan di wilayah Teluk Arab. Namun, sedikit studi telah
membahas populasi mikroba yang mendegradasi minyak mentah pada tanah yang
mengalami dampak dari minyak bumi. Bakteri pendegradasi minyak mentah
menghasilkan biosurfaktan / bioemulsifier yang dapat menaikkan kelarutan dalam
larutan dan bioavailabilitas hidrokarbon minyak bumi. Akibatnya, biodegradasi
minyak mentah dapat ditingkatkan dengan produksi biosurfaktan. Namun,
kehadiran kontaminan lingkungan (seperti nanopartikel) dalam proses biodegradasi
mungkin dapat mengganggu karena beberapa nanopartikel diketahui memiliki
aktivitas antimikroba. Penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi bakteri
pendegradasi minyak mentah dari tanah tercemar yang dikumpulkan dari ladang
minyak di Bahrain dan Kuwait dan untuk menilai potensi biodegradasi mereka.
Produksi biosurfaktan oleh bakteri terisolasi juga diselidiki. Selain itu, juga
menguji efek dari nanopartikel ZnO pada biodegradasi minyak mentah.

II. Material dan Metode

Material terdiri dari bahan kimia dan reagen biologi molekuler, filter steril
(0,22 dan 0,45 μm), minyak mentah, nanopartikel ZnO (<100 nm), sampel tanah
yang tercemar minyak bumi, sampel minyak mentah bercampur air, strain I-19
untuk menilai potensi biodegradasi, genom DNA dari Bacillus Subtilis DSM 3257
digunakan sebagai kontrol positif untuk deteksi produksi biosurfaktan.
Pertumbuhan bakteri pendegradasi minyak mentah pada kultur shake-flask
dilakukan pada media garam mineral yang mengandung minyak mentah sebagai
sumber karbon tunggal. Produksi biosurfaktan diuji dalam 50 mL media garam
mineral yang mengandung 10 mM glukosa dari larutan stok penyaring-disterilisasi
sebagai sumber karbon tunggal. Isolasi dan pemurnian bakteri dilakukan dengan
teknik streak plate pada Luria-Bertani. Inokulum untuk percobaan biodegradasi
disiapkan dalam 50 mL kaldu LB. Semua kultur cair diinkubasi pada 300C dan
getaran pada 200 rpm selama 48 jam. Pertumbuhan bakteri dalam kultur dipantau
dengan mengukur densitas optik pada 580 nm (OD580) dengan Perkin Elmer lambda
EZ210 Spektrofotometer.
 Tes biodegradasi minyak mentah dilakukan secara rutin dengan metode
inokulasi dalam media yang mengandung garam mineral minyak mentah 2%
sebagai sumber karbon tunggal dan diinkubasi selama 4 minggu. Parameter yang
digunakan yaitu kekeruhan, perubahan warna, dan emulsifikasi minyak/dispersi.
Biodegradasi minyak mentah dinilai dengan GC-FID setelah ekstraksi n-heksana
dari berbagai kultur. Perubahan biomassa diukur dengan densitas optik sebagai
kontrol positif untuk mendeteksi gen biosurfaktan.
Produksi biosurfaktan dinilai dalam kultur larutan glukosa (10 mM). Media
plot tanpa inokulasi sebagai kontrol. Setelah interval waktu yang berbeda, sampel
dari kultur minyak mentah dan kultur glukosa telah ditarik dan sel-sel dihilangkan
dengan cara sentrifugasi selama 20 menit pada 3500 rpm.
supernatannya itu disaring di bawah vakum melewati filter membran 0,22 untuk
menghilangkan sel-sel sisa. Tegangan permukaan supernatan diukur dengan
tensiometer Kruss K100MK3 dilengkapi dengan pelat platinum melalui metode
plate Wilhelmy.
Pengaruh nanopartikel ZnO pada kapasitas pertumbuhan dan biodegradasi
diuji dengan metode inkubasi selama 28 hari pada suhu 300C. Pertumbuhan
dimonitor dengan OD580 setelah interval waktu dan biodegradasi minyak dinilai
dengan GC-FID. GC digunakan untuk memantau degradasi hidrokarbon jenuh
dalam fraksi terlarut n-heksana. Metode PCR dipilih untuk mengisolasi gen yang
terlibat dalam degradasi senyawa aromatik dan produksi biosurfaktan. Kemudian
amplifikasi dan sequensing nukleotida 16S rRNA dengan metode otomatis
sequensing terminator zat warna fluoresen yang dikembangkan Sanger et al.
menggunakan kit siklus terminator sekuensing DYEyeynamic dengan model ABI
310 penganalisis sekuensing genetik. Urutan yang diperoleh dianalisis dengan
aplikasi Genetix-Win MFC versi 4.0. Referensi urutan gen 16S rRNA diambil dari
database Genbank. Kemudian urutan dibandingkan dalam database genbank
dengan nukleotida-nukleotida BLAST untuk mendapatkan hubungan kekerabatan
terdekat. Multisekuensing dilakukan oleh perangkat lunak Clustal W1.83 XP dan
pohon filogenetik dibangun dengan MEGA menggunakan jarak evolusi dan metode
neighbour-joining. Urutan gen 16S rRNA yang diperoleh disimpan di Genbank
dengan nomor akses AB824289–AB824294, sedangkan hasil isolasi dan
identifikasi bakteri dari AB836753–AB836756.

III. Hasil dan Diskusi

Hasil isolasi dan identifikasi bakteri dari berbagai kultur mengungkapkan
pola yang berbeda dari perubahan warna, kekeruhan, dispersi minyak mentah dalam
satu minggu inkubasi. Perubahan tersebut menunjukkan kemampuan organisme
dalam pengayaan untuk memanfaatkan hidrokarbon minyak bumi sebagai sumber
karbon dan energi. Total ada 10 strain bakteri berbeda yang dapat diisolasi dari
piring menyebar. Berdasarkan hasil filogenetik, bakteri yang diisolasi mempunyai
pertalian dengan genus Bacillus, Pseudomonas, Achromobacter, dan
 Microbacterium. Analisis filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA penuh
untuk isolat NKCO2 dan NKCO4 (diisolasi dari ladang minyak Kuwait), NBHCO3
(diisolasi dari ladang minyak Bahrain), dan NCEOW (diisolasi dari air produksi),
sedangkan urutan parsial dipertimbangkan untuk isolat yang tersisa.
Pertumbuhan bakteri terisolasi pada minyak mentah dari setiap isolat
berbeda-beda berdasarkan parameter kekeruhan yang dinilai dengan OD580 terhadap
waktu. OD580 tertinggi selama 2 hari pertama dicapai pada kultur NBHCO4 dan
NCE3 setelah 26 jam inkubasi. Dalam beberapa kultur minyak, air dalam emulsi
minyak (chocolate mousse) yang diproduksi dalam waktu 24-72 jam inkubasi
menunjukkan tidak ada kekeruhan larutan setelah inkubasi lama (4 minggu) kecuali
kultur NBHCO2 dan NCEOW. Dalam kedua kultur, chocolate mousse
didispersikan dan larutan menjadi keruh setelah 3-4 minggu.
Biodegradasi minyak mentah oleh bakteri yang dipilih dengan menguji
degradasi hidrokarbon jenuh dalam fraksi n-heksana larut dalam minyak mentah
Arab dalam waktu 28 hari inkubasi yang ditunjukkan dengan penurunan jumlah
komponen hidrokarbon jenuh yang terdeteksi dibandingkan dengan yang tersisa
pada plot kontrol.
Pertumbuhan pada kultur yang mengandung nanopartikel lebih lambat
dibandingkan dengan kultur yang tidak mengandung nanopartikel. OD580
maksimum terdapat pada kultur yang mengandung nanopartikel 1μg/mL. GC-FID
menunjukkan degradasi fraksi minyak n-heksan larut dalam kultur yang
mengandung nanopartikel. Jumlah minyak yang dikonsumsi oleh NBHCO4 dalam
kultur yang mengandung nanopartikel berkurang.
Produksi biosurfaktan oleh bakteri terisolasi dinilai dengan mengukur
tegangan permukaan supernatan kultur setelah beberapa waktu inkubasi. Tegangan
permukaan terendah diukur dalam kultur glukosa NBHCO2 (27 mN/m) setelah 4
hari inkubasi. Sedangkan deteksi gen yang terlibat dalam degradasi hidrokarbon
aromatik menghasilkan 2,3-katekol dioksigenase pada strain NBHCO4, I-19, dan
NCEOW, serta gen lipopeptide dalam Bacillus subtilis pada strain NBHCO2.

IV. Kesimpulan
Berdasarkan hasil penelitian, dapat disimpulkan bahwa ladang minyak di
Kuwait dan Bahrain merupakan sumber yang baik untuk bakteri pendegradasi
minyak bumi. Bakteri terisolasi dapat mengadakan bioaugmentasi pada tanah yang
tercemar minyak di kawasan Teluk Arab serta memproduksi biosurfaktan.
Selanjutnya, adanya nanopartikel ZnO dapat mengganggu proses biodegradasi.

V. Daftar Pustaka
Ismail W., Alhamad NA., El-Sayed WS., El Nayal AM, Yin-Ru C, et al. (2013)
Bacterial Degradation of the the Saturated Fraction of Arabian Light Crude
Oil: Biosurfactant Production and the Effect of ZnO Nanoparticles. J Pet
Environ Biotechnol 4:163.