{QUEESLA BIOQUIMICA? LAS RAICES DE LA BIOQUIMICA La bioguimica tuvo sv origen como campo cientfice, diferenciado a 1a Howtos del siglo XIX, con Tos trabajos pioneros d Friedrich Wohler (Figura 13). Antes de la época de Wahler, se crea at Tas sustancias exis (igure je materia viva eran cualitativamente diferentes ° aquellas de la tent en viva y no se comportaban segtin ls leyes conocilis de la fisica } ia quia, En 1828, Wahler demostré que 1a urea Uns sustancia de ori- Wieony Cdk proponen el mood LETT Los primeros bioguimicos tuvieron que superar la idea de que la materia viva y la carente de vida eran fundamentalmente diferentes. aquscon gic on los exacts Desarlle dlaloracin el DNA fo dobe nied DNA fezan que of DNA ose steal geréico es emer acionesmiteonsles tavern del irscoloelesico Levee posts que DNA es vo etic atetrnuceto repo Morn’ su elaboradres desarilan Tagoctia on Drosophila _— raseseubinioto do Tas lye cde Mend or (re d Cor von ‘achermak ye is tinge descr DUA — Wont deers ves nrentas deo geneia rauRa 1.3 Entrelazado de las tradiciones Ee la Bioquimica, la biologia celular y te Genética, Estas tres disciplinas, que Penjalmente se consideraban Muy idistintas, han pasado a estar ontrelazades pera der lugar a una Soradera biologia molecular, que es el Objeto de la bicquimica actual. Faesiads To WI. Becta 9. Deane, Tho Worl Ree ta eon Cy, CaO ee ecumings, 10) © 131 Beri ummage Fable Compery. sso10sia MOGI 2000 > Proje Genona Hunan — esrucur de incromaira var + ort een sacra da et Ciign gotion wt media son deo X sur Tp sion pr pe detehca gma caw ine ery yon el 1950 pan Morand y MeCty deren gue HONA clode a ems Sta Vorstermaio geS2 ries deste ol eta dead ceo — dry dere tacentins — sis Sumer italia rest mbdeny Meyer esciben ‘prada gcsas jean [+ ery Hors Bucher dou ‘eimetsan cn exec aes satan orale clonannci oun Wane ioe 135 F eo Pasteur relaciona Lorne setmagraniens IAF ara ce premio ne con rose espetis colrtorytncoree fg eee ichoe to soso [F rode do as inion y eho erno worms ‘Weir sta a en sro deserve 1325 - ‘ene iabortorio oe cone 1200 Se an Lesnwonosk ras ete ates s700 + ck decibel seo | so.0cia CELULAR6 ccariruto 1 fino" Cianate La biologia molecular es una fusion 7 de la bioquimica, la biologia celular y la genética. EL ALCANCE DE LA BIOQUIMICA gen biolégico, podéa sintetizarse en el Iaboratorio a partir del compuesto inorganico cianato aménico. Como decfa Wohler en una carta a un colega, ‘cdebo decirte que puedo preparar urea sin necesidad de un rifién ni de un ‘animal, sea un hombre o un perro». Esta afirmacién resultaba muy sor- prendente en esa época, puesto que rompia la barrera que se suponfa que existfa entre lo que estaba vivo y lo que no lo estaba, "Aun después de la demostracién de Wobler, una corriente de opinién persistente, denominada vitalismo, sostenfa que, si no los compuestos, al fnvenos las teacciones de Ia materia viva s6lo podjan darse en las eélulas vvivas. Segiin este punto de vista, las reacciones biolégicas se producfan por a aceién de una «fuerza vital» misteriosa en ver de mediante procesos fis cos y quimicos. El dogma vitalista quedé destruido en 1897, cuando dos hermanos alemanes, Eduard y Hans Buchner, observaron que los extractos de células de levadura desiruidas (y completamente muertas) podfan llevar ‘a cabo todo el proceso de la fermentacién del azticar hasta etanol. Este des- ubrimiento abri6 el camino al anilisis de las reacciones y los procesos bio- {quiticos in vitro (del latin, «en vidrio»), es decir, en un tubo de ensayo en Yer de in vivo, en la materia viva. En las décadas posteriores, se reproduje~ ron in vitro olras muchas reacciones metablicas y rutas de reacciones, lo cual permitiG ta identificacién de reactivos y productos de las enzimas, 0 catalizadores biolégicos, que fomentaban cada una de las reacciones bio- quiticas. ‘La naturaleza de la catélisis biol6gica fue el dltimo refugio de los vita Tistas, que Sostenfan que las estructuras de las enzimas (0 «fermentos») eran demasiado complejas para poder describirlas en términos quimicos. Sin ‘embargo, en 1926, J. B. Sumner demostré que la protefna ureasa, una enzi ‘ma de las judfas, podia cristalizarse como cualquier otro compuesto organi~ 0. Aunque las protefnas tienen unas estructuras grandes y complejas, s6lo son compuestos orgiinicos, y sus estructuras pueden determinarse con los étodos de la quimica. Este descubrimiento hizo que acabara de derrum- barse el vitalismo. Paralclamiente a los avances de la bioquimica, los bidlogos celulares han ido perfeccionando continuamente el conocimiento de la estructura celular. A partir de la primera observacién de las células, realizada por Robert Hooke en el siglo XVIF, las mejoras continuas de las técnicas microscépicas permitieron averiguar que la célula era una estructura com- partimentada y compleja (véase Figura 1.2). Los cromosomas los descubri fen 1875 Walter Flemming, y su identificacién como elementos genéticos se realiz6 en 1902. El desarrollo del microscopio electrénico, entre los aiios 1930 y 1950, aports todo un nuevo nivel de perspectiva dentro de la estructura celular. Ahora podian estudiarse organelas subcelulares como Tas mitocondrias y los cloroplastos, y se averigué que determinados pro- ‘cesos bioquimicos especificos estaban localizados en estas particulas sub- celultares. "Aunque los avanees realizados en la primera mitad del siglo XX permi- tieron establecer a grandes rasgos las estructuras quimicas de las sustancias biol6gicas, identificaron las reacciones de muchas rutas metabslicas y loc: lizaron estas reacciones en el interior de la célula, la bioquimica continua- ba siendo una ciencia incompleta, Sabfamos que las caracteristicas propias de un determinado organismo vienen dadas por la totalidad de sus reaccio- nes quimicas, Sin embargo, conocfamos poco sobre la forma en que se con- trolan estas reacciones en el tejido vivo, 0 sobre la manera en que se alma. cena la informacién que regula estas teacciones, se transmite cuando la céluta se divide y se procesa cuando Ia célula se diferencia ‘La idea del gen como unidad de informacién hereditaria, fue propuesta por primera vez a mediados del siglo XIX por Gregor Mendel. Alrededor Sel aio 1900, los bidlogos celulares se dieron cuenta de que los genes deben:0U8ES LA siogutmca? encontrarse en los eromosomas, que estén formados por proteinas y acidos nucleicos. Durante las décadas siguientes, la nueva ciencia de Ia genética aporté un conocimiento cada vez més detallado de los patrones de herenc y de desarrollo. Sin embargo, hasta mediados del siglo XX nadie habfa ais- Jado un gen, ni habia determinado su composicién quimica. Los acidos nucleicos habian sido aislados en 1869 por Friedrich Miescher, pero sus estructuras quimicas se conocfan mal y a comienzos de siglo se pensaba que cran sustancias sencillas que cumplian tan s6lo un papel estructural en la célula, La mayor parte de los bioquimicos pensaban que tan s6lo las protet- nas cran lo suficientemente complejas desde el punto de vista estructural como para ser portadoras de Ia informacién genética Esta creencia era errénea. Los experimentos realizados en los afios cua- renta y comienzos de los cincuenta demostraron de manera concluyente que el deido desoxirribonucleico (DNA) es el portador de la informacién gené- tica, Uno de los avances més importantes en la historia de la ciencia se pro- dujo en 1953, cuando James Watson y Francis Crick describieron la estruc- tura de doble hélice del DNA. Este concepto sugirié inmediatamente las formas en las que podia codificarse la informacién en la estructura de las moléculas y transmitirse inalterada de una generacién a la siguiente, En este punto, las hebras del desarrollo cientffico que se muestran en Ia Figura 1.3 (bioquimica, biologia celular y genética) pasaron a ést chamente entrelazadas, y aparecié la nueva ciencia de la biologia molecu- lar, La distincién entre biologia molecular y bioquimica no siempre esti clara, puesto que ambas disciplinas toman como campo de actuacién ta definicién completa de la vida en términos moleculares. El término biolo ‘gfa molecular se wiliza a menudo en un sentido mas limitado, para indicar el estudio de la estructura y funcién de los dcidos nucleicos y los aspectos genéticos de Ia bioquimica, un campo al que podriamos denominar con mayor exactitud genética molecular. La biologia molecular y la bioquim ca se diferencian tal vez con mayor facilidad por las orientaciones de los cientificos que se dedican a ellas, que por los problemas de investigacién que abordan. Puede afirmarse que los bioquimicos piensan como los qui- micos y que los biGlogos moleculares piensan como los bidlogos. Incluso esta distincién es en cierto modo artificial, puesto que los cientificos de Exito de ambos campos deben utilizar métodos de todas las disciplinas rele- como la quimica, la biologia y la fisica, De hecho, dos de las téen cas de investigacién més potentes que utilizan los bioguimicos fueron de- sarrolladas por fisicos: la microscopia electrénica, que ha revelado caracteristicas notables de la estructura celular (véase Herramientas de la Bioquimica 1A), y la difraceién de rayos X, que ha tevelado Ta estructura tridimensional exacta de moléculas biolégicas de gran tamaiio (véase Herramientas de la Bioquimica 4C en el Capitulo 4). estre- LA BIOQUIMICA COMO DISCIPLINA Y CIENCIA INTERDISCIPLINAR La bioquimica extrac sus principales temas de interés de muchas discipli- nas: de la quimica orgénica, que describe las propiedades de las biomolé- ceulas; de la biofisica, que aplica las técnicas de la fisica al estudio de las cstructuras de las biomoléculas; de la investigacién médica, que intenta cada vez més comprender los estados patoldgicos en términos moleculares; de la nutticién, que ha aclarado el metabolismo mediante la deseripcién de las necesidades alimentarias para el mantenimiento de la salud; de Ia micto- biologia, que ha demostrado que los organismos unicelulares y los virus son especialmente apropiados para la determinacién de muchas rutas metab6li- cas y mecanismos de regulacién; de la fisiologfa, que investiga los proce- sos de la vida a nivel tisular y del organismo; de la biologia celular, que des- cribe la divisién bioguimica del trabajo en el interior de una célula; y de ka8 canfreno Para comprender la bioquimice, es preciso estudiar antes la quimica basica. snética, que describe el mecanismo que da a una determinada célula uw Organismo su identidad bioquimica. La bioquimica adquiere su fuerza a partir de todas estas disciplinas, y las nutre también; se trata de una ciencia realmente interdisciplinar. La biogufmica cs también una disciplina diferenciada, con su propia identidad. Se distingue por su énfasis en las estructuras y las reacciones de las biomoléculas, en especial las enzimas y la catélisis biol6gica; por la determinacién de las rutas metabolicas y el control de las mismas; y por el principio de que los procesos vitales pueden comprenderse mediante las leyes de la quimica. En Ia lectura de este libro, tenga en cuenta tanto el cardcter propio de la bioquimica como disciplina diferenciada como la absoluta interdependencia de la bioquimica con otras ciencias fisicas y naturales. LA BIOQUIMICA COMO CIENCIA QUIMICA, ‘Aunque a menudo deseribimos la bioquimica como una ciencia de la vida ¥ relacionamos su avance con la historia de Ia biologfa, sigue siendo en pri- mer lugar y ante todo una ciencia quimica. Para comprender la influencia de la bioqutmica sobre la biologfa, es preciso conocer los elementos quimi- cos de la materia viva y las estructuras completas de muchos compuestos biol6gicos (aminoscidos, azticares, lipidos, nuclestidos, vitaminas y hor- ‘monas) y su comportamiento durante las reacciones metabélicas. Ser pre- ciso conocer la estequiometria y los mecanismos de un gran nimero de reacciones. Ademés, el conocimiento de los principios basicos de la termo- -glucose Un residue eee 5 de dAMP de Axccor z Taeacens, (asconiriboe | 4 Monofostato de desoxtadenosina (dAMP, uno de fos eta tipos de mondmeros que forman el ONY I 5 ‘i eee ay eK of Sw eM Un residue de trosina oN HSH emineadona Parte de una cadena polipeptidica en una protsie Parte de un écda desonirinonueteice (DNA), un polinuclestide Tirosina, uno de los 20 tpos de monémeres ® {aie forman loa peptides GURA 17 Ejemplos de polimeros. (a) Un hidrato de carbono. El hidrato de carbono celulosa es un polimero de monémeros de f.>- ‘glucosa. (b) Un dcido nucleico. Los écidos nucleicos, ONA y RNA, son polimeros de nucledtidos. Se muestra una parte de la Molécula de DNA, junto con uno de sus monémeros, ol dAMP. (e) Un polipéptido. Las cadonas proteicas, o polipéptidos, sor polimeros de aminoécidos. Se muestra una parte de un polipéptido, junto con uno de sus mondmeros, Ia tirosina.LLABIOQUIMICA COMO CIENCIA RIOLOGICA (Figura 1.7) se forman mediante las combinaciones de 20 aminosicidos diferentes, Las cadenas proteicas se denominan polipéptidos, término éste que procede del enlace peptidico que une a dos aminoicidos. Los polfmeros forman gran parte de la organizacién estructural y fun- cional de la célula. Los polisacéridos actiian como componentes estructura- Tes, como la celulosa, y como reservas de energia bioldgica, como el alm én, otto tipo de polimero de glucosa que se encuentra en las plantas. Los ficidos nucleicos, DNA y RNA, participan en el almacenamiento, transmi- sidn y expresi6n de la informacién, E] DNA 0 dcido desoxirribonucleico, sinve principalmente como almacén de Ia informacién genética, mientras que el RNA o dcido ribonucleico, de estructura similar, interviene en la lectura de la informacién almacenada en el DNA. Las protefnas, que pre~ sentan una diversidad estructural muy superior a la de los polisacdridos 0 los fcidos nucleicos, realizan un conjunto mas diverso de funciones biolé- gicas. Algunas de elias desempeian papeles estructurales, como la querati- na en el pelo y la piel y el colégeno en el tejido conjuntivo. Otras actdan como sustancias de transporte; un ejemplo destacado de las mismas es la hemoglobina, la proteina transportadora de oxfgeno de Ia sangre. Las pro: teinas pueden transmitir informacién entre partes distantes de un organis ‘mo, como lo hacen las hormonas proteicas y los receptores de.la super cie celular que reciben las sefiales de las hormonas, o pueden defender al organismo frente a Ia infeceién, como lo hacen los anticuerpos. Las mas importantes de todas, las proteinas que actéan como enzimas, catalizan las, miles de reacciones quimicas que se producen en el interior de cada célula, ‘Ademis de estas macromoléculas y las miltiples moléculas pequefias ‘que intervienen en el metabolismo y como monémeros para 1a sintesis, macromolecular, existe otra clase extraordinariamente importante de com- ponentes celulares. Los lipidas son un grupo quimicamente diverso de compuestos que se clasifican de forma agrupada debido a sus estructuras apolares, que les proporcionan una solubilidad muy baja en el medio acuo- so de la célula. Esta baja solubilidad equipa a los lipidos para una de sus funciones més importantes, la de actuar como principal clemento estructu- ral de las membranas que envuelven a las células y las dividen en varios compartimientos LA BIOQUIMICA COMO CIENCIA BIOLOGICA iin momento el hecho de que lo que aqui scomplejas y las No debemos perder de vista en ni nos ocupa es la quimica de la vida. Las sustancias quimi reacciones que hemos indicado anteriormente adquieren su importanc como partes de la matetia viva y de los procesos de la vida. Para contem- plar la bioquimica desde esta perspectiva, debemos empezar por preguntar- nos: ,qué es la vida? CARACTERISTICAS QUE DISTINGUEN A LA MATERIA VIVA Qué es lo que distingue a la materia viva de la que no lo es? El primer atri- tuto que nos viene a la mente es la gran complejidad de las criaturas vivas, incluso las mas seneillas. Pero la complejidad no es suficiente; hay muchas cosas en el universo que son complejas pero no tienen vida. Un ratén muer- to es, al menos durante un breve perfodo de tiempo, casi tan complicado ‘como un animal vivo. Tampoco podemos diferenciar la materia viva de la {que no tiene vida simplemente en funcién de la motilidad, puesto que muchas cosas que carecen por completo de motilidad (como las setas), estén bien vivas, 13 Los lipidos son los principales ‘componentes de las membranas biologicas.14 ccarfrouo 1 La vida se basa en la creaci6n y duplicacién del orden en un medio cadtico. Esta ordenacion utiliza energia, Todas las criaturas vivas estén formadas por células. Todas las células tienen aproximadamente el | mismo tamano. EL ALCANCE DELA sIoQuIbNcA La principal cualidad que diferencia a la vida es la constante renovacién de una estructura altamente ordenada, que se acompaiia a menudo de un aumento de la complejidad de esa estructura. Los organismos crean un orden molecular magnifico dentro de ellos mismos y transmiten un patrén de ese orden a sus descendientes. Esta creacién y duplicacién del orden, que ‘ce diferencia del entomo a menudo caético, es una caracteristica propia de la vida, y parece ir en contra de una de las leyes fundamentales del unive so, la segunda ley de la'termodindmica. Una forma de expresar esta segunda ley es la siguiente: la entropfa (una medida del desorden) del uni- ‘verso aumenta de manera continua. Pero la segunda ley de la termodinami- ca no exige que el desorden aumente en todos los lugares y en todos los momentos; las criaturas vivas son como pequeiios remolinos de orden den- tro de la corriente del universo. No obstante, las leyes de la termodindmica cexigen que esta creacién local de orden y complejidad en la materia sea compensada por un gasto continuo de energia, Este es el motivo por el que Tos seres vivos deben captar siempre energia de su entorno, ya sea de la luz solar, como hacen las plantas, ya sea del alimento, como hacen los anima- Jes. Para obtener encrgia, todo organismo debe interactuar con su entomno y, fen muchos casos, debe actuar sobre él, como hacemos los seres humanos. Ningtin organismo puede sobrevivir aislado de su entorno, Por diltimo, y en cierto sentido la mas importante de sus caracteristicas, la vida se autorreproduce. Se ha sugerido que los «organismos» més pri- mifivos en el origen de la vida no eran mas que moléculas gigantes que podian dirigir su propia replicacién. Fl proceso reproductor ha llegado a ser extraordinariamente complejo a lo largo de la evolucién, pero su base con- timda siendo idéntica: la informacién que describe la estructura de un orga- nismo se transmite de una generaci6n a la siguiente. Asf pues, aunque cada criatura individual deba perder finalmente su propia batalla con el caos, la vida en LA UNIDAD DE LA ORGANIZACION BIOLOGICA: LA CELULA Uno de los primeros descubrimientos principales de Ia biologfa fue Ta observaciGn de Robert Hooke (1665) de que los tejidos de las plantas (en teste caso, el corcho) estaban divididos en minisculos compartimientos, a Jos que denomin6 celiulae o eélulas. En 1840, el perfeccionamiento en la observacién de muchos tejidos llev6 a Theodor Schwann a proponer que todos los organismos consisten en células tinicas 0 agregados de células. ‘Mas de un siglo de cuidadosos estudios realizados por los cit6logos han confirmado esta hipstesis. ‘Ademés, las células de cualquier organismo son de un tamafio bastante similar. La mayor parte de las células bacterianas tienen 1-2 um de didme- tro, y la mayorfa de las células de los organisms superiores s6lo son unas 5-10 veces mayores. Existen, ciertamente, excepeiones: hay bacterias muy pequefias (0.2 zm) y existen eélulas poco comunes, como las del sistema nervioso de los vertebrados, que pueden Ilegar a tener una longitud de mas de 1m, Pero en comparacién con la gama de tamafos existentes en los organismos naturales (Figura 1.8), todos los tamafios celulares son muy parecidos. Tanto en las plantas como en los animales, el tamaiio de las células no ‘guarda relaci6n alguna con el tamafio del organismo. Un elefante y una pulga tienen células de un tamafio aproximadamente igual; Io dnico que cure es que el elefante tiene un mayor nimero de células. ;Por qué se ‘mamtiene esta uniformidad en el tamaiio celular? Podemos encontrar un pista en el hecho de que la proporcién superficie/volumen de un objeto para tuna determinada forma depende de su tamafio (Figura 1.9). Los complejos procesos quimicos que se producen en una célula y las grandes moléculas