Plankton sebagai bioindikator merupakan suatu indikator untuk menduga kualitas perairan apakah masih jernih atau sudah tak jernih (tercemar). Komunitas plankton umumnya sangat sensitif terhadap perubahan lingkungan serta plankton merupakan biota stenofik (organisme yang toleransi terhadap kondisi fisika-kimia yang sempit) disamping umurnya yang relative singkat. Kualitas suatu perairan terutama perairan menggenang dapat ditentukan berdasarkan fluktuasi populasi plankton yang akan mempengaruhi tingkatan trofik perairan tersebut. Fluktuasi dari populasi plankton sendiri dipengaruhi terutama oleh perubahan berbagai faktor lingkungan .salah satu faktor yang dapat mempengaruhi populasi plankton adalah ketersediaan nutrisi di suatu perairan. Unsur nutrisi berupa nitrogen dan fosfor yang terakumulasi dalam suatu perairan akan menyebabkan terjadinya ledakan populasi fitoplankton dan proses ini akan menyebabkan terjadinya eutrofikasi yang dapat menurunkan kualitas suatu perairan. 3.2 Analisis Kualitas Perairan Dalam menganalisis suatu kualitas perairan dapat dilakukan dengan 2 pendekatan yaitu pendekatan analisis statistika multivariable dan pendekatan pengelolaan pesisir terpadu (ICZM/Integrated Coastal Zone Management). pendekatan analisis statistika multivariabel yang didasarkan ada Analisis Biplot dengan program SAS.Hubungan antar variabel kualitas air dari tiap-tiap stasiun dideterminasikan dengan menggunakan Begitu pula dengan analisis kuantitatif antara hewan makrobenthos dengan substrat dari tiap-tiap stasiun. pendekatan pengelolaan pesisir terpadu (ICZM/Integrated Coastal Zone Management) yang berbasis masyarakat. Peran proyek pesisir ini hanyalah membantu atau sebagai mediator dalam mengidentifikasi, memelihara keanekaragaman hayati dan mempromosikan dalam implementasi rencana pengelolaan sumberdaya wilayah pesisir terpadu. Srategi pendekatan pengelolaan pesisir yang dikembangkan 5
bersama “Stakeholders” tersebut adalah proses partisipatif dalam penilaian
sumberdaya; perencanaan terpadu; peningkatan ekonomi masyarakat pengguna pesisir; Implementasi pemanfaatan wilayah pesisir/laut yang berbasis masyarakat; pelatihan pengelolaan wilayah pesisir dan Analisa kebijakan, pemantauan serta evaluasi .
3.3 Organisme yang Hidup dengan Tingkat Pencemaran
Tingkat Cemaran Makrozoobenthos Indikator 1. Tidak tercemar Trihoptera (Sericzmatidae, Lepidosmatidae, Glossosomatidae) dan Planaria 2. Tercemar ringan Plecoptera (Perlidae, Peleolidae), Ephemroptera (Letophlebiidae, Pseudocleoeon, Ecdyonuridae), Trichopter, Odonanta, Plarycnematidae, Coleoptera. 3. Tercemar sedang Mollusca (Bivalvi), Crustacea (Gammaridae), Odonanta. 4. Tercemar Hirudinea (Glossiphonidae), Hemiptera. 5. Tercemar agak berat Oligochaeta (Ubificidae), Diptera (Chironomus thumi- Plumosus), Syrphidae 6. Sangat tercemar Tidak terdapat mikrobenthos, besar kemungkinan Dijumpai lapisan bakteri yang toleran terhadap limbah organic (Sphaerotilus) di permukaan.