Kode UGM/PHB/XVII/2009/1

Bidang IImu Pertanian

Tipe Penelitian'" Inovatif inventif

LAPORAN AKHIR HASIL PENELITIAN

HIBAH BERSAING (TAHUN PERTAMA)
UNIVERSITAS GADJAH MADA
TAHUN ANGGARAN 2009

Mekanisme ketahanan terhadap infeksi jamur patogen

akar Phellinus noxius pada tanaman model Arabidopsis
thaliana

Tim Peneliti :
Dr. Ha~ono S. Hut., M. Si.
Prof. Dr. Ir. S. M. Widyastuti, M. Sc.
Prof. Dr. Ir. Christanti Sumardiyono

FAKULTAS KEHUTANAN
UNIVERSITAS GADJAH MADA
2009

1Kesehatan, Hukum, Sosial, Pertanian, MIPA, Pendidikan, Rekayasa. Ekonomi. Keolahragaan, Agama. Sastra
dan Filsafat, Psikologi, Seni.
2 Aplikatif Kolaboratif, Inovatif Inventif, Pengabdian
 Summary

Disease caused by fungal pathogens is one of the principal factors

negativelyaffecting productivityof plantationforests.Two pathosystemswere studied
in this research, namely Arabidopsis thaliana - Phellinus noxius and Pinus merkusii -
Fusarium sp. Arabidopsis thaliana is a model plant of which the genome has already
been completely sequenced. Mutants which are connected to the plant's resistance to
infection by the pathogen were also studied. These factors made A. thaliana an ideal
candidate to study the interaction of plants and fungal pathogens. Pinus merkusii is one
of the principal products of Indonesian forestry. Damping-off disease of seedlings, with
is caused by Fusarium sp. causes extensive damage to this as it causes the death of
the seedlings. Because Fusarium sp attacks P. merkusii in the seedling phase, this
interaction is ideal for study, as the seedling tissue is still soft. Apart from this, the life
cycle of the pathogen on the host is relatively short, so that experiments can be
repeated in a short space of time.
With the P. merkusii - Fusarium sp pathosystem, the role of biocontrol
agents was also studied. Trichoderma harzianum was inserted with green fluorescent
protein (GFP). This approach needed to be taken because up until now, the interaction
had been observed with fixed tissue. With GFP, the interaction could be studied with
living tissue in real time.
Arabidopsis thaliana wild type and its mutants were grown in various growth
conditions. Only one growth of A. thaliana from seedling to adult phase was not
consistent, so inoculation of P. noxius could not be performed. For the P. merkusii -
Fusarium sp. pathosystem, there were no obstacles throughout the research. The
results of isolation and identification show that Fusarium subglutans is the cause of
damping off disease of seedlings for P. merkusii. Also in this research the sequence of
infection by F. subglutinans of P. merkusii was studied. Apart from this, it was
discovered that T. harzianum can inhibit the development of colonies of F. subglutinans
by up to 80% in vitro. This inhibition is probably caused by a mechanism of competition
for space and nutrition.

11l
 Ringkasan

Penyakit yang disebabkan oleh jamur patogen menjadi salah satu faktor
pengambatutama produktivitastanamankehutanan.Duapathosystemdipelajaripada
penelitian ini, yaitu Arabidopsis thaliana - Phellinus noxius serta Pinus merkusii -
Fusarium sp. Arabidopsis adalah tanaman model yang genomnya telah disekuensing
secara lengkap. Mutan-mutan yang berkaitan dengan respon ketahanan tanaman
terhadap infeksi patogen juga telah diketahui. Hal ini menjadikan A. thaliana
merupakan kandidat ideal untuk mempelajari interaksi tanaman dan jamur patogen.
Pinus merkusii merupakan salah satu komoditas utama Kehutanan di Indonesia.
Penyakit rebah semai yang disebabkan oleh Fusarium sp. sangat merugikan karena
menimbulkan kematian semai. Karena Fusarium sp. menyerang P. merkusii pada fase
semai. interaksi ini menjadi ideal untuk dipelajari karena jaringan semai masih lunak.
Selain itu, siklus hidup patogen pada inang relatif pendek, sehingga percobaan dapat
diulang dalam waktu singkat.
Pada pathosystem P. merkusii - Fusarium sp., juga diteliti peran agen
pengendali hayati Trichoderma harzianum yang telah disisipi gen green fluorescent
protein (GFP). Pendekatan ini perlu dilakukankarena selama ini interaksi diamati pada
jaringan yang sudah difiksasi. Dengan GFP, interaksi dapat diamati pada jaringan yang
masih hidup secara langsung (real time).
Arabidopsis thaliana wild type dan mutan ditumbuhkan pada berbagai macam
kondisi tempat tumbuh. Hanya saja, pertumbuhan A. thaliana dari semai ke fase
dewasa tidak konsisten, sehingga inokulasi P. noxius tidak dapat dilakukan. Pada
pathosystem P. merkusii - Fusarium sp., tidak ditemukan hambatan selama penelitian.
Hasil isolasi dan identifikasi menunjukkan bahwa Fusarium subglutinans menjadi
penyebab penyakit rebah semai pada P. merkusii. Pada penelitian ini juga diketahui
diketahui urutan proses infeksi F. subglutinans pada P. merkusii. Selain itu, diketahui
bahwa pada kondisi in vitro T. harzianum mampu menghambat perkembangan koloni
F. subglutinans sampai 80%. Penghambatan diduga te~adi melalui mekanisme
kompetisi ruang dan nutrisi.

IV
1. PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Interaksi antara patogen dan tanaman merupakan salah satu fenomena
yang menarik untuk dikaji, terutama apabila berkaitan dengan komoditas yang
mempunyai nilai ekonomi tinggi. Kerugian yang ditimbulkan oleh patogen
merupakan alasan kuat untuk mempelajari interaksi tersebut. Jamur patogenik
menjadi penyebab kerusakan utama pada komoditas tanaman kehutanan.
Untuk mengembangkan teknik pengendalian yang tepat, diperlukan informasi
mengenai interaksi antara patogen dengan tanaman inang. Penyakit busuk
akar cokelat yang disebabkan oleh Phellinus noxius dan p~nyakit rebah semai
(damping-off) yang disebabkan oleh Fusarium spp. merupakan dua di antara
beberapa penyakit penting yang menjadi penyebab kerusakan utama pada
tanaman kehutanan dan perkebunan.
Phellinus noxius menjadi salah satu penyebab kerusakan Hutan
Tanaman Industri (HTI) Acacia di Sumatera dan Kalimantan. Teknik-teknik
pengendalian yang saat ini diaplikasikan belum mampu menekan penyakit di
bawah batas kerugian ekonomis. Salah satu alternatif pengendalian yang
menjanjikan adalah pemanfaatan tanaman tahan. Hanya saja informasi
mengenai respon dan mekanisme ketahanan Acacia terhadap P. noxius dari
aspek molekuler belum tersedia. Lamanya daur hidup, kompleksnya sistem
fisiologis pohon serta sulitnya deteksi proses infeksi yang terjadi di bawah
permukaan tanah membuat analisis respon dan mekanisme ketahanan sangat
sulit untuk dilakukan.

Arabidopsis thaliana telah digunakan sebagai model untuk mempelajari

interaksi antara tanaman dengan berbagai jenis jamur patogen. Bank A.
thaliana mutan disertai identifikasi setiap gen yang telah dimutasi telah
tersedia, menjadikan A. thaliana sebagai alat bantu analisis respon dan
mekanisme ketahanan yang sangat berguna. Dengan memanfaatkan
kelebihan A. thaliana tersebut, diharapkan akan diperoleh informasi awal

1
 mengenai respon dan mekanisme ketahanan tanaman yang berperan dalam
ketahanan terhadap infeksi P. noxius. Struktur akar A. thaliana yang lebih
sederhana dan kemudahan untuk ditanam pada kultur axenic akan
memudahkanstudi infeksi pada akar secara lebih detail. Pada tahun kedua
akan dilakukan studi untuk mengetahui apakah gen-gen ketahanan yang
diekspresikan oleh A. thaliana juga ditemukan di Acacia.
Seperti telah disebutkan pada paragraf sebelumnya, penyakit rebah
semai yang disebabkan oleh Fusarium spp. adalah salah satu penyebab
kematian semai tusam (Pinus merkusii). Penyakit ini pada umumnya muncul
pada saat kondisi lingkungan yang telalu lembab. Ironisnya, persemaian P.
merkusii di Pulau Jawa banyak dibangun di daerah dingin (dataran tinggi)
dengan kelembaban yang tinggi. Interaksi antara Fusarium spp. dan semai P.
merkusii di Indonesia dari aspek sitologi dan molekuler belum banyak dikaji.
Proses infeksi yang relatif cepat (hari) menjadikan pathosystem Fusarium-P.
merkusii menjadi ideal untuk mempelajari respon ketahanan tanaman inang.
Praktek pengendalian Fusarium spp. yang masih sering dilakukan oleh
pengelola persemaian tusam adalah dengan aplikasi fungisida. Mengingat
fungisida tidak ramah lingkungan serta mahal, alternatif pengendalian yang
sekarang sedang diperkenalkan adalah penggunaan agen pengendali hayati
Trichoderma spp. Kajian interaksi Fusarium spp. dan Trichoderma spp. dari
aspek sitologi diperlukan untuk pengembangan pengendalian hayati.
Keuntungan penggunaan semai P. merkusii sebagai tanaman uji adalah
(1) merupakan inang alami patogen, (2) semai menunjukkan gejala serangan
tiga hari setelah inokulasi, (3) jaringan semai lunak, sehingga proses fiksasi dan
mikroskopi relatif mudah. Keuntungan penggunaan jamur patogen Fusarium sp
adalah: (1) secara alami merupakan penyebab penyakit pada P. merkusii, (2)
mudah diperbanyak di kultur buatan, (3) menghasilkan konidiospora dalam
. waktu singkat dan dalam jumlah banyak, sehingga mempermudah proses
inokulasi.

2
r

1.2. Tujuan
Tujuan khusus dari proposal tahun pertama adalah untuk mengetahui
respon ketahanan tanaman inang tehadap infeksi jamur patogen. Pada
penelitian ini digunakan dua pathosystem.
a) Arabidospsis thaliana - P. noxius. Informasigen-genketahanan
yang berperan selama proses infeksi diperoleh dengan
membandingkan respon wild type dan mutan A. thaliana. Penelitian
ini juga akan mengkaji urutan waktu (time frame) perkembangan
patogen pada akar.
b) Pinus merkusii - Fusarium sp. Tujuan khusus mempelajari
pathosystem ini adalah untuk mendapatkan detail proses infeksi
berdasarkan urutan waktu (time course) serta interaksi patogen
dengan agen pengendali hayati Trichoderma harzianum.

1.4. Manfaat

Penelitian ini merupakan salah satu bagian untuk mempelajari

pathosystem P. noxius pada Acacia spp, dengan menggunakan A. thaliana
sebagai batu loncatan serta pathosystem Fusarium sp. pada semai P.
merkusii. Aspek sitologi proses infeksi patogen dipelajari pada tahun pertama
(Gambar 1). Interaksi patogen dengan agen pengendali hayati Trichoderma
spp. Secara juga dipelajari menggunakan isolat T.harzianum yang telah disisipi
oleh gen green fluorescent protein (GFP).
Pada tahun kedua akan dipelajari aspek respon ketahanan tanaman
inang masing-masing jamur. Interaksi in planta antara T. harzianum dan
Fusarium sp. juga dipelajari pada tahun kedua. Informasi yang diperoleh dari
penelitian ini dalam panjang diharapkan akan dapat digunakan sebagai salah
satu dasar teknik pengendalian patogen yang tepat.