SKRIPSI

KARAKTERISASI MOLEKULER GEN KAPSUL

Klebsiella pneumoniae YANG TERISOLASI
DARI SPESIMEN KLINIS DI INSTALASI
MIKROBIOLOGI RUMAH SAKIT UMUM PUSAT
SANGLAH TAHUN 2013

I MADE SUTHA SASKARA

NIM 1102005055

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS UDAYANA
DENPASAR

i
 Lembar Pengesahan

SKRIPIS INI TELAH DISETUJUI

TANGGAL ………………………….

Pembimbing ,

Dr. dr. NI NYOMAN SRI BUDAYANTI Sp. MK (K)

NIP 196810231998022001

Mengetahui,

Ketua Program Studi Pendidikan Dokter

Fakultas Kedokteran Universitas Udayana,

Dr. dr. Dewa Putu Gde Purwa S., Sp.S (K)

NIP. 19550321 198303 1 094

ii
 Skripsi ini telah diuji pada dan dinilai oleh panitia penguji pada

Program Studi Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran Universitas Udayana

Tanggal ……………………….

Berdasarkan SK............................

No.................................................

Tanggal.........................................

Panitia Penguji Skripsi adalah:

Ketua : Dr. dr. Ni Nyoman Sri Budayanti Sp. MK (K)

Anggota :

1. dr. Ni Nengah Dwi Fatmawati, Sp.MK.,Ph.D

iii
 KATA PENGATAR

Pertama-tama perkenankanlah penulis memanjatkan puji syukur ke hadapan Ida Sang

Hyang Widhi Wasa/ Tuhan Yang Maha esa, karena hanya atas asung wara nugraha-
Nya/kurnia-Nya, skripsi dengan judul “Karakterisasi Molekuler Gen Kapsul
Klebsiella pneumoniae Yang Terisolasi Dari Spesimen Klinis Di Instalasi
Mikrobiologi Rumah Sakit Umum Pusat Sanglah Tahun 2013” dapat
diselesaikan.
Oleh karena itu, pada kesempatan ini penulis menyampaikan rasa hormat dan ucapan
terima kasih, kepada :

1. Dr. dr. Ni Nyoman Sri Budayanti, Sp.MK (K) dan dr. Ni Nengah Dwi
Fatmawati, Sp.MK.,Ph.D sebagai dosen pembimbing atas waktu, pikiran dan
tenaga yang telah diluangkan kepada penulis untuk berkonsultasi dan bimbingan
selama proses pengerjaan skripsi,
2. Bagian Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Udayana Bali sebagai
bagian yang memfasilitasi bimbingan dalam pengerjaan proposal serta membantu
untuk pelaksanaan penelitian,
3. Orang tua, keluarga, dan teman-teman saya yang senantiasa memberikan support
baik dari segi mental maupun material.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu tulisan
ini bersifat terbuka terhadap kritik dan saran yang membangun guna penyempurnaan
dalam pelaksanaan penelitian.
.
Denpasar, November 2014

Penyusun

iv
 PERNYATAAN KEASLIAN KARYA TULIS SKRIPSI

Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya tulis yang
pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan
sepanjang pengetahuan saya tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis
atau diterbitkan orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam naskah ini dan
disebutkan dalam daftar pustaka.

Apabila kemudian hari terbukti bahwa saya melakukan tindakan menyalin atau
meniru tulisan orang lain sebagai hasil pemikiran saya sendiri, maka gelar dan ijazah
yang telah diberikan oleh universitas batal saya terima.

Denpasar, ………………..……

Yang menyatakan

Materai

Rp 6.000,-

.............................................................

v
 ABSTRAK
Karakterisasi Molekuler Gen Kapsul Klebsiella pneumoniae Yang Terisolasi
Dari Spesimen Klinis Di Instalasi Mikrobiologi Rumah Sakit Umum Pusat
Sanglah Bulan Tahun 2013
Meningkatnya trend penyakit infeksi di masyarakat menimbulkan suatu
ancaman di dunia kesehatan. Dari berbagai jenis bakteri, infeksi bakteri gram negatif
adalah salah satu jenis bakteri yang jumlah kasusnya cukup tinggi. Klebsiella
pneumoniae sebagai salah satu bakteri gram negatif merupakan bakteri yang dapat
menyebabkan derajat penyakit yang bervariasi seperti pneumonia, infeksi saluran
kemih, sepsis, dan lainnya. Derajat penyakit ini disebabkan karena beberapa faktor
virulensi yang dimiliki bakteri K. pneumoniae ini. Salah satu faktor virulensi yang
memiliki peran yang cukup besar adalah kapsul K. pneumoniae dengan fungsinya
sebagai mekanisme pertahanan bakteri dari fagositosis neutrofil dan serum manusia.
Dipandang perlu oleh peneliti untuk melaksanakan karakterisasi kapsul karena
nantinya hasil penelitian ini akan memberikan gambaran epidemis molekuler tipe
kapsul dan selanjutnya dapat dikembangkan sebagai metode diagnostik atau kandidat
vaksin.
Penelitian ini menggunakan 56 isolat klinis K. pneumoniae yang diambil
dari isolat klinik di Instalasi Mikrobiologi RSUP Sanglah pada bulan Januari-
Desember 2013. Isolat terisolasi dari darah (n=23), urine (n=17), sputum (n=1), dan
specimen lainnya (n=4). Kemudian isolat ditumbuhkan di Instalasi Mikrobiologi
RSUP Sanglah dan DNA bakteri di isolasi, selanjutnya di analisis PCR di
Laboratorium Biologi Molekuler FK Unud. Genotipe kapsul yang diidentifikasi
adalah gen K1, K2, dan K5. Tiga pita pada PCR diamati untuk memastikan jenis
kapsul, pita 1283 bp untuk kapsul K1, pita 641 bp untuk kapsul K2, dan pita 280 bp
untuk kapsul K5.
Sebanyak 12 (21,4%) isolat positif membawa gen kapsul, dimana 12 isolat (100%)
adalah gen K2. Tidak ada isolat yang ditemukan membawa gen K1 dan K5. Dua
belas isolat yang positif K2, 10 (83%) isolat terisolasi dari darah, 1 (8,3%) isolat
terisolasi dari sputum, 1 (8,3%) isolate terisolasi dari spesimen lain.
Hal ini menunjukkan bahwa bakteri K. pneumoniae yang terisolasi di Instalasi
Mikrobiologi Rumah Sakit Umum Pusat Sanglah positif membawa gen kapsul K2
sebanyak 12 (21,43%) isolat. Seperti beberapa penelitian sebelumnya, kapsul K2
memiliki virulensi yang cukup tinggi dibandingkan dengan kapsul K. pneumoniae
lainnya dan dapat menyebabkan derajat penyakit yang cukup berat. Beranjak dari
hasil penelitian ini, dipandang perlu dilaksanakan penelitian selanjutnya untuk
semakin meningkatkan pemahaman mengenai patogenitas dari kapsul ini sendiri
misalnya dalam pembuatan vaksin atau sebagai alat diagnostik.
Kata Kunci: K. pneumoniae; kapsul; PCR; genotipe.

vi
 ABSTRACT

Molecular Gen Characterization of Klebsiella pneumoniae Capsular Gene

Isolated From Clinical Specimen of Clinical Microbiology Laboratory Sanglah
General Hospital in 2013

K. pneumoniae infections become an increasing trend in worldwide. It is important to

conduct a seroepidemiology study to better understand the spread of K. pneumoniae
infections in Indonesia, especially Bali where there is no study previously conducted
to understand this. Bali as a popular tourist destination is vulnerable to become a
major cross-road of many infections spread including K. pneumoniae. This study
aimed to understand the developing trend of K. pneumoniae infections better in
community and hospital.
Samples were collected between January until Desember 2013 in Sanglah General
Hospital Clinical Microbiology Laboratory. Total of 56 samples were examined taken
from blood, urine, pus, sputum, and other sources. The growing of K. pneumoniae
bacteria conducted at Clinical Microbiology Laboratory of Sanglah General Hospital.
Meanwhile DNA isolation and PCR analysis took place in Medical Faculty of
Udayana University.
From 56 isolates [blood (n=23), urine (n=17), others specimens (n=4), sputum
(n=11), and pus (n=1)] 12 of them were positive for K2 capsule. Ten of them were
from blood, 1 from sputum, and 1 from other specimens. Three bands were observed
to determine the bacteria capsule, 1283 bp band for K1, 641 bp band for K2, and
280bp band for K5.
This result showed that K. pneumoniae isolated from Clinical Microbiology
Laboratory of Sanglah General Hospital 21,43% having K2 type capsule. K2 capsule
has high virulence compared to other capsule and can cause a significant morbidity to
those who infected, and therefore, further characteristic study of K2 capsule in Bali
will increase the understanding of pathogenicity of K2 capsule in order to treat the
infections itself.
Keywords: K.pneumoniae; capsule, PCR, genotyping.

vii
 RINGKASAN

Karakterisasi Molekuler Gen Kapsul Klebsiella pneumoniae Yang Terisolasi

Dari Spesimen Klinis Di Instalasi Mikrobiologi Rumah Sakit Umum Pusat
Sanglah Bulan Tahun 2013
Meningkatnya trend penyakit infeksi di masyarakat menimbulkan suatu ancaman di
dunia kesehatan. Dari berbagai jenis bakteri, infeksi bakteri gram negatif adalah salah
satu jenis bakteri yang jumlah kasusnya cukup tinggi. Klebsiella pneumoniae sebagai
salah satu bakteri gram negatif merupakan bakteri yang dapat menyebabkan derajat
penyakit yang bervariasi seperti pneumonia, infeksi saluran kemih, sepsis, dan
lainnya. Derajat penyakit ini disebabkan karena beberapa faktor virulensi yang
dimiliki bakteri K. pneumoniae ini. Salah satu faktor virulensi yang memiliki peran
yang cukup besar adalah kapsul K. pneumoniae dengan fungsinya sebagai mekanisme
pertahanan bakteri dari fagositosis neutrofil dan serum manusia. Dipandang perlu
oleh peneliti untuk melaksanakan karakterisasi kapsul karena nantinya hasil
penelitian ini akan memberikan gambaran epidemis molekuler tipe kapsul dan
selanjutnya dapat dikembangkan sebagai metode diagnostik atau kandidat vaksin.
Penelitian ini menggunakan 56 isolat klinis K. pneumoniae yang diambil
dari isolat klinik di Instalasi Mikrobiologi RSUP Sanglah pada bulan Januari-
Desember 2013. Isolat terisolasi dari darah (n=23), urine (n=17), sputum (n=1), dan
specimen lainnya (n=4). Genotipe kapsul yang diidentifikasi adalah gen K1, K2, dan
K5. Sebanyak 12 (21,4%) isolate positif membawa gen kapsul, dimana 12 isolat
(100%) adalah gen K2. Tidak ada isolat yang ditemukan membawa gen K1 dan K5.
Dua belas isolat yang positif K2, 10 (83%) isolat terisolasi dari darah, 1 (8,3%) isolat
terisolasi dari sputum, 1 (8,3%) isolate terisolasi dari spesimen lain.
Hal ini menunjukkan bahwa bakteri K. pneumoniae yang terisolasi di Instalasi
Mikrobiologi Rumah Sakit Umum Pusat Sanglah positif membawa gen kapsul K2
sebanyak 12 (21,43%) isolat. Seperti beberapa penelitian sebelumnya, kapsul K2
memiliki virulensi yang cukup tinggi dibandingkan dengan kapsul K. pneumoniae
lainnya dan dapat menyebabkan derajat penyakit yang cukup berat. Beranjak dari
hasil penelitian ini, dipandang perlu dilaksanakan penelitian selanjutnya untuk
semakin meningkatkan pemahaman mengenai patogenitas dari kapsul ini sendiri
misalnya dalam pembuatan vaksin atau sebagai alat diagnostik. Jumlah sampel yang
lebih besar juga diperlukan untuk semakin meningkatkan keakuratan hasil penelitian
sehingga nantinya dapat digunakan sebagai data dasar dalam pemetaan genotipe
kapsul K. pneumoniae.

viii
 DAFTAR ISI

Halaman

SAMPUL DALAM .................................................................................................. i

LEMBAR PENGESAHAN .................................................................................... ii
PENETAPAN PANITIA PENGUJI ............................................................................ iii
KATA PENGANTAR ................................................................................................... iv
PERNYATAAN KEASLIAN KARYA TULIS SKRIPSI ........................................ v
ABSTRAK ....................................................................................................................... vi
ABSTRACT ................................................................................................................... vii
RINGKASAN ............................................................................................................... viii
DAFTAR ISI .......................................................................................................... ix
DAFTAR TABEL .................................................................................................. xi
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................. xi

BAB I PENDAHULUAN ................................................................................... …1

1.1 Latar Belakang Penelitian ................................................................. …1

1.2 Identifikasi Masalah .......................................................................... …2
1.3 Tujuan Penelitian .............................................................................. …2
1.3.1 Tujuan umum ..................................................................... …2
1.3.2 Tujuan khusus .................................................................... …3
1.4 Manfaat Penelitian ............................................................................ …3
1.4.1 Manfaat akademik .............................................................. …3
1.4.2 Manfaat klinik .................................................................... …3

BAB II KAJIAN PUSTAKA .............................................................................. …4

2.1 KARAKTER BIOLOGI Klebsiella pneumoniae ............................ …4

2.2 PATOGENESIS .............................................................................. …6
2.3 EPIDEMIOLOGI............................................................................. …7
2.4 MANIFESTASI KLINIS ................................................................. …8

ix
 2.5 DIAGNOSIS…………………………………………………………8

BAB III KERANGKA BERPIKIR, KONSEP DAN HIPOTESIS……………...10

3.1 KERANGKA BERPIKIR………………………………………..…10

3.2 KERANGKA KONSEP .................................................................. ..11
3.3 HIPOTESIS ..................................................................................... ..12

BAB IV METODE PENELITIAN ………………………………...………...….13

4.1 RANCANGAN PENELTIAN ........................................................ ..13

4.2 WAKTU DAN TEMPAT PENELITIAN ...................................... ..13
4.3 POPULASI DAN SAMPEL PENELITIAN .................................. ..13
4.4 VARIABEL DAN DEFINISI OPERASIONAL ............................ ..14
4.5 KRITERIA INKLUSI DAN EKSKLUSI....................................... ..15
4.6 ALAT DAN BAHAN PENELITIAN ............................................ ..16
4.7 ALUR PENELITIAN ..................................................................... ..18
4.8 ANALISIS STATISTIK ................................................................. ..19

BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN............................................................ ..20

5.1 HASIL ............................................................................................ ..20

5.2 PEMBAHASAN ............................................................................. ..21

BAB VI SIMPULAN DAN SARAN...................................................................24

6.1 Simpulan .............................................................................................24

6.2 Saran ...................................................................................................24

DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................25

DAFTAR RIWAYAT HIDUP ...............................................................................29

x
 DAFTAR TABEL

Tabel 4.1 Primer yang Digunakan Dalam PCR……………………………………..14

Tabel 5.1 Hasil PCR K. pneumoniae yang Terisolasi dari Spesimen Klinis

di Instalasi Mikrobiologi RSUP Sanglah Tahun 2013………………...…19

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 Struktur Bakteri K. pneumoniae…………………………………………5

Gambar 5.1 Hasil Running Uniplex PCR……………………………………………23

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. CV Penulis

xi
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Penyakit infeksi sejak dahulu merupakan salah satu permasalahan di seluruh

dunia. Di beberapa negara berkembang, trend penyakit infeksi terus menunjukkan

angka yang meningkat. Penyakit infeksi dapat disebabkan oleh berbagai jenis bakteri,

salah satu nya bakteri gram negatif Klebsiella pneumonia. K. pneumonia adalah salah

satu penyebab utama di community-acquired infections, terutama di populasi lanjut

usia. Menurut studi yang dilaksanakan di Malaysia dan Jepang mengestimasi laju

insiden infeksi K. pneumonia di lansia sebesar 15-40% (Qureshi., 2013).

Sejak ditemukan oleh Carl Friedlander pada tahun 1882, Klebsiella

pneumoniae telah menjadi salah satu agen penyebab infeksi yang paling umum dan

berbahaya di manusia. Normalnya K. pneumoniae adalah bakteri yang umum di

lingkungan dan sering ditemukan sebagai bakteri komensialis di sistem pencernaan

manusia. Salah satu penyebab mengapa K. pneumonia merupakan permasalahan yang

perlu diperhatikan adalah ketika bakteri K. pneumonia beredar di sistem tubuh

manusia, bakteri ini dapat menimbulkan beragam macam penyakit yang cukup berat

seperti sepsis, infeksi saluran kemih, dan pneumonia. Infeksi K. pneumoniae dapat

menyebabkan infeksi sistemik yang cepat dan sulit untuk ditangani . Salah satu

1
 2

penyebab dari beratnya derajat infeksi K. pneumoniae adalah kapsul dari bakteri ini

yang memiliki peran dalam menangkal sistem kekebalan tubuh manusia. Kapsul ini

berperan dalam resistensi terhadap fagositosis neutrofil dan serum manusia.

Melihat trend ini, dipandang perlu untuk dilaksanakan suatu penelitian tentang

karakterisasi gen kapsul K. pneumoniae di Indonesia dan khususnya di Bali yang

belum memiliki data dasar mengenai karakterisasi gen K. pneumoniae ini. Bali

sebagai daerah sentral pariwisata dunia sangat rentan untuk menjadi pusat penyebaran

berbagai penyakit infeksi. Di penelitian ini akan diteliti 3 genotipe kapsul K.

pneumoniae, antara lain K1, K2, dan K5. Nantinya hasil dari penelitian ini akan

didapatkan data dasar karakteristik gen K. pneumoniae di Bali yang nantinya dapat

dikembangkan menjadi salah satu kandidat vaksin atau sebagai antigen untuk alat

diagnostik.

1.2 Identifikasi Masalah

Permasalahan yang akan ditinjau dalam penelitian ini adalah tipe gen kapsul

apakah yang paling dominan di isolat klinik K. pneumoniae yang terisolasi di Instalasi

Mikrobiologi RSUP Sanglah tahun 2013?

1.3 Tujuan Penelitian

1.3.1 Tujuan Umum

Tujuan umum penelitian ini adalah untuk mengetahui patogenesis dari bakteri

K. pneumoniae dari faktor virulensi kapsul yang dimiliki bakteri tersebut.

 3

1.3.2 Tujuan Khusus

Tujuan khusus penelitian ini adalah untuk mengetahui sebaran genotipe

kapsul K. pneumoniae dari isolat klinik di Instalasi Mikrobiologi RSUP Sanglah

tahun 2013.

1.4 Manfaat Penelitian

1.4.1. Manfaat akademik:

1. Mendapatkan data dasar mengenai genotipe kapsul K. pneumoniae dari isolat

klinik Instalasi Mikrobiologi RSUP Sanglah.

2. Mengetahui epidemiologi molekuler dari tipe kapsul K. pneumoniae di isolat

klinik Instalasi Mikrobiologi RSUP Sanglah.

3. Sebagai cara untuk memahami patogenesis dari berbagai macam penyakit

yang dapat ditimbulkan oleh bakteri K. pneumoniae.

1.4.2. Manfaat klinis:

1. Dengan mengetahui mekanisme dari faktor virulensi K. pneumoniae ini

nantinya dapat dikembangkan sebagai kandidat vaksin.

2. Dapat dikembangkan sebagai metode diagnostik dari infeksi K. pneumoniae.