Untuk menjamin berfungsinya seluruh sistem dalam SANIMAS maka sekaligus
direncanakan juga untuk pekerjaan pengoperasian dan perawatan pada tahap pasca konstruksi. Termasuk didalamnya adalah iuran penggunaan, penunjukan operator, dan jadwal perawatan. Rencana Anggaran Biaya Operasional dan Perawatan yang dikeluarkan tiap KK per bulan sebesar Rp. 4.000,00 sehingga total kontribusi yang terkumpul jika jumlah pengguna Program SANIMAS 2006 sebanyak 96 KK per bulannya sebesar Rp. 384.000,00,-. Untuk memudahkan proses pendampingan, maka salah satu strategi yang dilakukan adalah dengan melakukan pengorganisasian masyarakat sasaran, dengan cara membentuk kelompok swadaya masyarakat (KSM) yang diberi nama KSM SANIMAS “LOBSTER STAR”. Kepengurusan KSM-SANIMAS ini terdiri atas ketua, sekretaris, bendahara, sesi kontribusi, sesi logistik, dan sesi tenaga kerja. Keberadaan KSM ini bertujuan untuk memudahkan proses pendampingan dan juga sebagai wadah untuk menyatukan potensi SDM yang terdapat pada masyarakat sasaran, guna pelaksanaan rangkaian kegiatan dalam program SANIMAS. Panitia Pembangunan bertanggungjawab mulai dari persiapan sampai kontruksi selesai. Panitia Pembangunan bertugas untuk mengumpulkan iuran pembangunan dan belanja material dalam pelaksanaan konstruksi. Tugas Panitia Pembangunan akan selesai ketika pekerjaan konstruksi selesai dan bangunan sudah diserahkan. Tapi jika warga menghendaki panitia ini dapat juga melanjutkan tugasnya sebagai Badan Pengelola. Badan Pengelola bertanggungjawab pada pasca kontruksi untuk pengoperasian dan perawatan instalasi pengolah air limbah termasuk bangunan MCK Plus dengan tugas mengumpulkan iuran pengguna serta mengoperasikan dan memelihara instalasi pengolah air limbah termasuk bangunan MCK Plus.