Professional Documents
Culture Documents
ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinuscarpio koi) DAN IKAN MAS
MAJALAYA (Cyprinuscarpio carpio) MENGGUNAKAN METODE RAPD
ABSTRAK
Penelitian bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan strain ikan Koi danikan
Mas Majalaya menggunakan metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). DNA
dari sampel ikan Koi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, danShiro), Majalaya, dan Patin diisolasi
menggunakan metode CTAB. Amplifikasi DNA menggunakan primer OPA-2 (5’-
TGCCGAGCTG -3’) dan OPA-3 (5’-AGTCAGCCAC -3’) setelah optimasi dari beberapa
primer. Hasil penelitian menunjukan kekerabatan ikan Koi dengan ikan Mas Majalaya relatif
dekat (indeks kesamaan 62%). Kekerabatan ikan Koi strain Kohaku, Tancho, Shiro menurut
indeks kesamaan berkisar 48-55% dan Strain Koi Ogon dan Asagi memliki hubungan
kekerabatan terdekat (indeks kesamaan 84%). Primer OPA-2 lebih sensitif untuk mendeteksi
hubungan kekerabatan ikan Koi dan ikan Mas Majalaya.
Kata kunci : ideks kesamaan, ikan Koi, ikan mas Majalaya, kekerabatan
ABSTRACT
Research head for identify the relationship level between Koi and Majalaya carp
using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).DNA of Koi (Kohaku, Tancho, Ogon,
Asagi, danShiro), Majalaya carp, and pangasius were isolated based on CTAB method. DNA
amplification was using two selected primer from many primer, the selected primer are OPA-
2 (5’-TGCCGAGCTG -3’) and OPA – 3 (5’-AGTCAGCCAC -3’).The result indicate genetic
relationship between Koi and Majalaya carp similarity index 62%.Kohaku, Tancho, and shiro
with low genetic relationship similarity index about 48-55%. Ogon and Asagi with higher
genetic relationship (similarity index 84%). OPA-2 primer more sesitive to identify relationship
level between Koi and Majalaya carp.
(annealing) 36oC selama 1 menit, dan tersebut ditampilkan dalam matriks biner
tahap pemanjangan (ekstensi) 72oC dan selanjutnya akan dianalisis untuk
selama 2 menit. Saat annealing, homologi mencari hubungan kekerabatan sampel
sekuens antara primer dan utas DNA turut ikan Koi.
berperan menentukan keberhasilan reaksi. Hubungan kekerabatan dapat
Tahap – tahap yang ada akan berulang diketahui dengan menghitung indeks
sebanyak 45 siklus hingga diperoleh kesamaan berdasarkan data numerik pita
sejumlah produk amplikon yang memiliki yang teramplifikasi. Perhitungan indeks
sekuens acak. kesamaan menggunakan program NTSYS
Sampel DNA yang telah pc pada komputer.
diamplifikasi divisualisasi dengan
melakukan elektroforesis menggunakan HASIL DAN PEMBAHASAN
gel agarose. Gel agarose berkonsentrasi Visualisasi DNA setelah
1,4% diperoleh dengan mencampurkan elektroforesis selesai menggunakan sinar
bubuk agarose dan larutan TBE 0,5X UV dengan panjang gelombang sebesar
(Tris-Bonate EDTA). Gel agarose 312nm. Tahap sebelumnya agarose
direndam secara sub marine dalam direndam pada larutan etidium bromida
running buffer yaitu TBE 0,5X. 8 µl DNA 0,5% selama 20 menit. Selama
hasil PCR dan penanda berat molekul perendaman berlangsung Br (bromida)
yang terdiri dari 5 µl buffer pemuat pada larutan etidium bromida akan
(loading buffer) serta 3 µl loading dye berikatan dengan DNA pada agarose,
sebagai pemberat larutan dimasukan ke sehingga pada saat terkena sinar UV DNA
dalam sumur-sumur gel. Beda potensial pada agarose akan berpendar. Setelah
yang digunakan pada proses perendaman etidium bromida selesai
elektroforesis adalah 75 volt, dengan kuat agarose direndam kembali pada aquades
arus 100 mA selama 90 menit. Tahap steril selama 15 menit bertujuan untuk
pertama dalam proses elektroforesis mencuci agarose sebelum dilakukan
adalah pembuatan gel agarose dengan visualisasi menggunakan sinar UV.
konsentrasi 1,4%. Kemunculan pita setelah dilakukan
Data kualitatif didapatkan dari pita- amplifikasi DNA menunjukkan bahwa
pita yang tervisualisasi dan tidak isolat tersebut mempunyai urutan basa
tervisualisasi. Pita yang terlihat memiliki yang sesuai dengan urutan basa primer
arti numerik satu (1) dan pita yang tidak yang diberikan. Selanjutnya dilakukan
terlihat memiliki arti numerik nol (0). Pita optimasi pada seluruh sampel yang
yang dapat dianalisis merupakan pita yang menghasilkan pita dan mengambil sampel
dapat dibedakan secara nyata dengan dengan hasil pita terbanyak. DNA genom
menggunakan bantuan komputer. Pita-pita hasil optimasi terdapat pada Gambar 1.
Terdapat tiga variasi pita DNA bp yang tidak ditemukan pada sampel ikan
yang teramplifikasi oleh primer OPA-2 Koi lainnya.. Ciri khas Pada sampel T1
pada sampel S2. Ketiga pita DNA tersebut (Tancho) adalah corak berwarna merah
tidak ditemukan pada sampel ikan Koi berbentuk lingkaran pada bagian kepala.
lainnya, ukuran pita terbesar terdapat Variasi genetik yang timbul pada sampel
pada posisi 757 bp, 547 bp, dan 402 bp. T1 tidak dapat ditentukan oleh keberadaan
Sampel S2 merupakan ikan Koi strain satu pita polimorfik tersebut, karena pita
Shiro yang mempunyai warna hitam dan tersebut bukan penentu sifat corak dan
putih dengan corak hitam tersebar merata warna pada sampel K1.
pada seluruh bagian tubuh. Variasi genetik Kemunculan pita yang
tersebut diinterpretasikan dengan teramplifikasi oleh primer OPA-3 berkisar
munculnya pita-pita berbeda. Secara antara 147 bp-2703 bp terdapat pada
morfologi sampel S2 mempunyai corak Tabel 2. Berdasarkan Tabel 2, sampel S2
dan warna sisik yang berbeda dengan (13 pita) adalah sampel yang mempunyai
sampel lainnya, namun pita-pita yang pita DNA paling banyak dibandingkan
berbeda tersebut belum tentu pita penentu sampel ikan Koi lainnya K4 (Kohaku) 3
sifat corak dan warna pada sampel S2. pita DNA, T1 (Tancho) 7 pita DNA, O3
Pada sampel T1 hanya satu variasi (Ogon) 6 pita DNA, dan A1 (Asagi) 6 pita
genetik ditemukan pada ukuran pita 256 DNA. Sebanyak lima variasi gen yang
20 Elvin Giantara Muharam, Ibnu Dwi Buwono dan Yuniar Mulyani
ditunjukan oleh pita DNA pada sampel S2 pada sampel ikan Koi strain lainnya (posisi
teramplifikasi dengan primer OPA-3. Pita- 2703 bp, 1934 bp, 1782 bp, 1434 bp, dan
pita polimorfisme tersebut tidak terdapat 618 bp).
Gambar 4. Fenogram keasaman hasil analisis UPGMA menggunakan Primer OPA-2 dan
OPA 3 (Sumber: Dokumentasi pribadi)
Sampel O dan A adalah sampel O dan A, gen pada sampel O dan A yang
yang memiliki nilai indeks kesamaan menjadikan kedua sampel ini berkerabat
paling tinggi sebesar 84 %. Nilai indeks dekat dengan indeks kesamaan tertinggi.
kesamaan yang hampir mendekati 100 % Menurut V. S. Kirpichnikov (1981)
menunjukkan bahwa sampel O dan A pembentukan pigmen warna pada ikan
memliki tingkat kekerabatan dekat. Nilai Common carp dipengaruhi oleh gen
indeks kesamaan sampel O dan A resesif dan lingkungan. Gen resesif yang
konstan pada penogram primer OPA-2, terdapat pada sampel O dan A
primer OPA-3, dan fenogram gabungan. menjadikan kedua sampel berkerabat
Nilai indeks kesamaan yang konstan pada dekat dan pita hasil amplifikasi DNA oleh
seluruh hasil fenogram menunjukkan primer OPA-2, OPA 3 dan gabungan
sampel O dan A berkerabat dekat. terdapat banyak pita monomorfik pada
Berdasarkan bentuk morfologi kedua sampel O dan A. Gen resesif pada
kedua sampel mempunyai kesamaan sampel O yang menyebabkan warna
pada bentuk tubuh, sirip, kepala, dan sampel O menjadi keemasan terdapat
warna mata. Bentuk morfologi sampel O pada sampel A yang menyebabkan warna
dan A sama seperti sampel K (Kohaku), T sampel A kebiru-biruan. Hal ini yang
(Tancho), S (Shiro), dan M (Majalaya), hal mungkin dapat menjelaskan mengapa
ini menyebabkan sampel O dan A berada sampel O dan A yang mempunyai warna
dalam kelompok besar yang sama pada berbeda, secara genetik merupakan
fenogram. Selain bentuk morfologi sampel sampel yang paling berkerabat dekat.
22 Elvin Giantara Muharam, Ibnu Dwi Buwono dan Yuniar Mulyani