You are on page 1of 9

Jurnal Perikanan dan Kelautan Vol. 3, No.

3, September 2012: 15-23


ISSN : 2088-3137

ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinuscarpio koi) DAN IKAN MAS
MAJALAYA (Cyprinuscarpio carpio) MENGGUNAKAN METODE RAPD

Elvin Giantara Muharam*, Ibnu Dwi Buwono** dan Yuniar Mulyani**

*) Alumni Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Unpad


**) Staf Dosen Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Unpad

ABSTRAK

Penelitian bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan strain ikan Koi danikan
Mas Majalaya menggunakan metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). DNA
dari sampel ikan Koi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, danShiro), Majalaya, dan Patin diisolasi
menggunakan metode CTAB. Amplifikasi DNA menggunakan primer OPA-2 (5’-
TGCCGAGCTG -3’) dan OPA-3 (5’-AGTCAGCCAC -3’) setelah optimasi dari beberapa
primer. Hasil penelitian menunjukan kekerabatan ikan Koi dengan ikan Mas Majalaya relatif
dekat (indeks kesamaan 62%). Kekerabatan ikan Koi strain Kohaku, Tancho, Shiro menurut
indeks kesamaan berkisar 48-55% dan Strain Koi Ogon dan Asagi memliki hubungan
kekerabatan terdekat (indeks kesamaan 84%). Primer OPA-2 lebih sensitif untuk mendeteksi
hubungan kekerabatan ikan Koi dan ikan Mas Majalaya.

Kata kunci : ideks kesamaan, ikan Koi, ikan mas Majalaya, kekerabatan

ABSTRACT

ANALYSIS OF GENETIC RELATIONSHIP BETWEEN KOI (Cyprinus carpio koi ) AND


MAJALAYA CARP (Cyprinus carpio carpio) USING RAPD PCR

Research head for identify the relationship level between Koi and Majalaya carp
using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).DNA of Koi (Kohaku, Tancho, Ogon,
Asagi, danShiro), Majalaya carp, and pangasius were isolated based on CTAB method. DNA
amplification was using two selected primer from many primer, the selected primer are OPA-
2 (5’-TGCCGAGCTG -3’) and OPA – 3 (5’-AGTCAGCCAC -3’).The result indicate genetic
relationship between Koi and Majalaya carp similarity index 62%.Kohaku, Tancho, and shiro
with low genetic relationship similarity index about 48-55%. Ogon and Asagi with higher
genetic relationship (similarity index 84%). OPA-2 primer more sesitive to identify relationship
level between Koi and Majalaya carp.

Keyword : genetic relationship, Koi fish, Majalaya carp, similarity index


16 Elvin Giantara Muharam, Ibnu Dwi Buwono dan Yuniar Mulyani

PENDAHULUAN masing ikan (Salam, 1994; Abdullah, et.al,


Keragaman jenis dan warna, 2004).
memang menjadi daya tarik tersendiri bagi Variasi genetik yang telah
penggemar ikan Koi. Nama ikan ini diketahui berdasarkan pita-pita DNA
bentuknya serupa ikan mas. Keduanya polimorfisme pada strain-strain ikan Koi
memang berasal dari genetik yang sama, dan ikan mas dapat memudahkan
yakni ikan karper (Cyprinus carpio carpio). pembenih (Breeder) merancang
PenamaanIkan koi di Jepangadalah persilangan yang tepat diantara kedua
nishikigoi (Cyprinus carpio Koi) strain dalam satu spesies untuk
menunjukkan ikan berwarna-warni. Istilah menghasilkan individu baru yang unggul.
tersebut sudah digunakan sejak 2.500 Persilangan juga dapat menghasilkan
tahun lalu, pada zaman pemerintahan plasma nutflah yang baik untuk
Raja Shoko dan sampai kini dipakai para pembenihan ikan mas.
peminatnya di seluruh dunia (Effendy Penelitianinibertujuanuntukmengetahuihub
1993). ungankekerabatanantara strain ikan Koi
Ikan Koi dan ikan mas konsumsi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, danShiro)
strain Majalaya adalah satu spesies yaitu danikan Mas Majalaya.
Cyprinus carpio. Suseno (2000)
mengemukakan, berdasarkan fungsinya,
METODE DAN BAHAN PENELITIAN
strain – strain ikan karper yang ada di
Sampel yang digunakan dalam
Indonesia dapat digolongkan menjadi dua
penelitian adalah sirip ekor ikan Koi
kelompok. Kelompok pertama merupakan
Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri,
strain ikan konsumsi dan kelompok kedua
Yamabuki Ogon, dan Ikan Mas Majalaya.
adalah strain ikan hias.
Sampel yang diambil pada ikan adalah
Hubungan kekerabatan pada ikan
sirip, karena tidak menyebabkan ikan mati.
mas konsumsi dan ikan mas hias perlu
Tahapan-tahapan isolasi DNA Ikan
untuk diteliti untuk mencegah terjadinya
Koi Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri,
inbreeding pada spesies ikan mas. Strain
Yamabuki Ogon, dan Ikan Mas Majalaya.
ikan Koi dapat diketahui dengan melihat
Menggunakan metode CTAB (Cationic
morfologi ikan Koi, namun pembuktian
Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide)
perbedaan strain tersebut secara jelas
(Mulyani 2003 dalam Rafsanjani 2011)
dapat dilihat dari polimorfisme ikan Koi
yang telah mengalami modifikasi.
dengan melakukan uji molekuler pada
Prinsipnya adalah memisahkan
tingkat DNA. Menurut Haymer (1994)
DNA kromosom atau DNA genom dari
hubungan kekerabatan pada organisme
komponen-komponen sel lain. DNA
dapat dianalisis dengan melihat DNA.
diambil dari sirip ekor ikan Koi. Membran
Mengetahui dan membandingkan tingkat
sel dilisis dengan menambahkan detergen
polimorfisme DNA maka dapat diketahui
untuk membebaskan organel-organel sel,
tingkat kekerabatannya. Analisis
kemudian pada ekstrak sel tersebut
polimorfisme DNA merupakan materi yang
ditambahkan protease (yang berfungsi
akurat dalam menganalisis genetik
mendegradasi protein) sehingga yang
beberapa tipe organisme.
tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak
Variasi genetik menggambarkan
tersebut dipanaskan sampai suhu 650C
adanya keragaman pada satu spesies.
untuk menginaktifasi enzim yang
Adanya keragaman terlihat dari
mendegradasi DNA (DNase). Larutan
karakteristik ikan, baik dari dalam
DNA kemudian dipresipitasi dengan etanol
(genotipe) maupun dari luar (fenotipe).
dan bisa dilarutkan lagi dengan air.
Bila dilihat secara genotipe, variasi genetik
Penelitian ini menggunakan lima
yang terdapat pada ikan hasil persilangan
macam abitrary primer berukuran 10
memiliki variasi yang berbeda-beda. Untuk
nukleotida yang diproduksi oleh Operon
melihat variasi genetik tersebut dan
Technology untuk proses amplifikasi DNA
mengetahui kekerabatannya antara
dengan menggunakan PCR. Kelima
individu satu dan individu lainnya, maka
macam primer tersebut adalah RAPD
dilakukan pendekatan molekuler yaitu
OPA-02, OPA-03, OPA-05, OPA-12, OPA-
dengan metode RAPD (Randomly
13 (Yoon dan park, 2001).
Amplified Polymhorpic DNA). Sehingga
Tahap denaturasi DNA 94oC
dapat melihat polimorfik dari masing –
selama 1 menit, tahap penempelan
Analisis Kekerabatan Ikan Mas Koi (Cyprinuscarpio koi) dan Ikan Mas Majalaya
17
(Cyprinuscarpio carpio)

(annealing) 36oC selama 1 menit, dan tersebut ditampilkan dalam matriks biner
tahap pemanjangan (ekstensi) 72oC dan selanjutnya akan dianalisis untuk
selama 2 menit. Saat annealing, homologi mencari hubungan kekerabatan sampel
sekuens antara primer dan utas DNA turut ikan Koi.
berperan menentukan keberhasilan reaksi. Hubungan kekerabatan dapat
Tahap – tahap yang ada akan berulang diketahui dengan menghitung indeks
sebanyak 45 siklus hingga diperoleh kesamaan berdasarkan data numerik pita
sejumlah produk amplikon yang memiliki yang teramplifikasi. Perhitungan indeks
sekuens acak. kesamaan menggunakan program NTSYS
Sampel DNA yang telah pc pada komputer.
diamplifikasi divisualisasi dengan
melakukan elektroforesis menggunakan HASIL DAN PEMBAHASAN
gel agarose. Gel agarose berkonsentrasi Visualisasi DNA setelah
1,4% diperoleh dengan mencampurkan elektroforesis selesai menggunakan sinar
bubuk agarose dan larutan TBE 0,5X UV dengan panjang gelombang sebesar
(Tris-Bonate EDTA). Gel agarose 312nm. Tahap sebelumnya agarose
direndam secara sub marine dalam direndam pada larutan etidium bromida
running buffer yaitu TBE 0,5X. 8 µl DNA 0,5% selama 20 menit. Selama
hasil PCR dan penanda berat molekul perendaman berlangsung Br (bromida)
yang terdiri dari 5 µl buffer pemuat pada larutan etidium bromida akan
(loading buffer) serta 3 µl loading dye berikatan dengan DNA pada agarose,
sebagai pemberat larutan dimasukan ke sehingga pada saat terkena sinar UV DNA
dalam sumur-sumur gel. Beda potensial pada agarose akan berpendar. Setelah
yang digunakan pada proses perendaman etidium bromida selesai
elektroforesis adalah 75 volt, dengan kuat agarose direndam kembali pada aquades
arus 100 mA selama 90 menit. Tahap steril selama 15 menit bertujuan untuk
pertama dalam proses elektroforesis mencuci agarose sebelum dilakukan
adalah pembuatan gel agarose dengan visualisasi menggunakan sinar UV.
konsentrasi 1,4%. Kemunculan pita setelah dilakukan
Data kualitatif didapatkan dari pita- amplifikasi DNA menunjukkan bahwa
pita yang tervisualisasi dan tidak isolat tersebut mempunyai urutan basa
tervisualisasi. Pita yang terlihat memiliki yang sesuai dengan urutan basa primer
arti numerik satu (1) dan pita yang tidak yang diberikan. Selanjutnya dilakukan
terlihat memiliki arti numerik nol (0). Pita optimasi pada seluruh sampel yang
yang dapat dianalisis merupakan pita yang menghasilkan pita dan mengambil sampel
dapat dibedakan secara nyata dengan dengan hasil pita terbanyak. DNA genom
menggunakan bantuan komputer. Pita-pita hasil optimasi terdapat pada Gambar 1.

Gambar 1. Isolat DNA Template

Keterangan : A1 : Sampel 1 Koi strain Asagi


λ : Marker Lambda EcoR1 S2 : Sampel 2 Koi strain Shiro
K4 : Sampel 4 Koi strain Kohaku M4 : Sampel 4 Mas Majalaya
T1 : sampel 1 Koi strain Tancho P1 : Sampel 1 ikan Patin
O3 : Sampel 3 Koi strain Ogon
18 Elvin Giantara Muharam, Ibnu Dwi Buwono dan Yuniar Mulyani

Amplifikasi DNA dilakukan Amplifikasi DNA dilakukan


menggunakan dua primer yaitu OPA-2 OPA menggunakan dua primer yaitu OPA OPA-2
dan OPA-3 3 yang telah dipilih dari lima dan OPA-3 3 yang telah dipilih dari lima
primer yang sebelumnya telah dipilih primer yang sebelumnya ttelah dipilih
berdasarkan kemunculan pita pada ikan berdasarkan kemunculan pita pada ikan
crusian carp (Carrasius
Carrasius carassius
carassius) (Yoon crusian carp (Carrasius
Carrasius carassius
carassius) (Yoon
danPark 2001). Lima primer yang diseleksi danPark 2001). Lima primer yang diseleksi
adalah OPA-2, OPA-3, 3, OPA-5,
OPA OPA-12, adalah OPA-2, OPA-3, 3, OPA
OPA-5, OPA-12,
dan OPA-1313 dari Operon Technology. Dua dan OPA-1313 dari Operon Technology. Dua
primer OPA-2 dan OPA-3 3 digunakan primer OPA-2 2 dan OPA
OPA-3 digunakan
dalam analisis RAPD D karena pita muncul dalam analisis RAPD karena pita muncul
pada semua sampel. Hasil amplifikasi pada semua sampel. Hasil amplifikasi
DNA template oleh OPA-2 2 dan OPAOPA-3 DNA template oleh OPA OPA-2 dan OPA-3
ditunjukkan pada Gambar 2 dan Gambar ditunjukkan pada Gambar 2 dan Gambar
3. 3.

Gambar 2. Hasil Amplifikasi DNA oleh OPA-2

Gambar 3. Hasil Amplifikasi DNA oleh OPA-3


Analisis Kekerabatan Ikan Mas Koi (Cyprinuscarpio koi) dan Ikan Mas Majalaya
19
(Cyprinuscarpio carpio)

Pola-pola pita tersebut dapat Penentuan pita polimorfik dengan


dikelompokan menjadi dua kategori yaitu melihat pita DNA pada suatu ukuran
pita polimorfik dan pita monomorfik. Pita tertentu dan tidak ditemukan pada sampel
polimorfik adalah gambaran pita DNA lain. Penentuan pita monomorfik dengan
yang muncul pada ukuran tertentu, tetapi melihat pita yang timbul pada beberapa
pada sampel lain tidak ditemukan pita sampel. Kemunculan pita yang
DNA pada ukuan tersebut. Pita teramplifikasi oleh primer OPA-2 berkisar
monomorfik adalah pita yang mempunyai antara 177-2000 bp ditunjukan oleh Tabel
satu bentuk sehingga tidak memiliki variasi 1.
(Williams dan Ronald 1990).

Terdapat tiga variasi pita DNA bp yang tidak ditemukan pada sampel ikan
yang teramplifikasi oleh primer OPA-2 Koi lainnya.. Ciri khas Pada sampel T1
pada sampel S2. Ketiga pita DNA tersebut (Tancho) adalah corak berwarna merah
tidak ditemukan pada sampel ikan Koi berbentuk lingkaran pada bagian kepala.
lainnya, ukuran pita terbesar terdapat Variasi genetik yang timbul pada sampel
pada posisi 757 bp, 547 bp, dan 402 bp. T1 tidak dapat ditentukan oleh keberadaan
Sampel S2 merupakan ikan Koi strain satu pita polimorfik tersebut, karena pita
Shiro yang mempunyai warna hitam dan tersebut bukan penentu sifat corak dan
putih dengan corak hitam tersebar merata warna pada sampel K1.
pada seluruh bagian tubuh. Variasi genetik Kemunculan pita yang
tersebut diinterpretasikan dengan teramplifikasi oleh primer OPA-3 berkisar
munculnya pita-pita berbeda. Secara antara 147 bp-2703 bp terdapat pada
morfologi sampel S2 mempunyai corak Tabel 2. Berdasarkan Tabel 2, sampel S2
dan warna sisik yang berbeda dengan (13 pita) adalah sampel yang mempunyai
sampel lainnya, namun pita-pita yang pita DNA paling banyak dibandingkan
berbeda tersebut belum tentu pita penentu sampel ikan Koi lainnya K4 (Kohaku) 3
sifat corak dan warna pada sampel S2. pita DNA, T1 (Tancho) 7 pita DNA, O3
Pada sampel T1 hanya satu variasi (Ogon) 6 pita DNA, dan A1 (Asagi) 6 pita
genetik ditemukan pada ukuran pita 256 DNA. Sebanyak lima variasi gen yang
20 Elvin Giantara Muharam, Ibnu Dwi Buwono dan Yuniar Mulyani

ditunjukan oleh pita DNA pada sampel S2 pada sampel ikan Koi strain lainnya (posisi
teramplifikasi dengan primer OPA-3. Pita- 2703 bp, 1934 bp, 1782 bp, 1434 bp, dan
pita polimorfisme tersebut tidak terdapat 618 bp).

Pada sampel T1 ditemukan satu Group Method with Arithmetic Averages).


pita DNA polimorfisme yang tidak dimiliki Metoda UPGMA dapat menggunakan
oleh sampel ikan Koi strain lainnya (posisi software computer NTSYS pc.
72 bp). Terdapat tiga fenogram yang
Fenogram dibangun untuk dihasilkan pada penelitian ini berdasarkan
menghasilkan pohon filogeni yang dapat primer OPA-2, OPA-3, dan gabungan
menggambarkanindeks kesamaan secara biner OPA-2 dan OPA-3. Gambar 4, 5 dan
umum. Nilai simple matching dibangun 6.
dengan metode UPGMA (Unweighted Pair

Gambar 4. Fenogram keasaman hasil analisis UPGMA menggunakan Primer OPA-2


(Sumber: Dokumentasi pribadi)
Analisis Kekerabatan Ikan Mas Koi (Cyprinuscarpio koi) dan Ikan Mas Majalaya
21
(Cyprinuscarpio carpio)

Gambar 5. Fenogram keasaman hasil analisis UPGMA menggunakan Primer OPA-3


(Sumber: Dokumentasi pribadi)

Gambar 4. Fenogram keasaman hasil analisis UPGMA menggunakan Primer OPA-2 dan
OPA 3 (Sumber: Dokumentasi pribadi)

Sampel O dan A adalah sampel O dan A, gen pada sampel O dan A yang
yang memiliki nilai indeks kesamaan menjadikan kedua sampel ini berkerabat
paling tinggi sebesar 84 %. Nilai indeks dekat dengan indeks kesamaan tertinggi.
kesamaan yang hampir mendekati 100 % Menurut V. S. Kirpichnikov (1981)
menunjukkan bahwa sampel O dan A pembentukan pigmen warna pada ikan
memliki tingkat kekerabatan dekat. Nilai Common carp dipengaruhi oleh gen
indeks kesamaan sampel O dan A resesif dan lingkungan. Gen resesif yang
konstan pada penogram primer OPA-2, terdapat pada sampel O dan A
primer OPA-3, dan fenogram gabungan. menjadikan kedua sampel berkerabat
Nilai indeks kesamaan yang konstan pada dekat dan pita hasil amplifikasi DNA oleh
seluruh hasil fenogram menunjukkan primer OPA-2, OPA 3 dan gabungan
sampel O dan A berkerabat dekat. terdapat banyak pita monomorfik pada
Berdasarkan bentuk morfologi kedua sampel O dan A. Gen resesif pada
kedua sampel mempunyai kesamaan sampel O yang menyebabkan warna
pada bentuk tubuh, sirip, kepala, dan sampel O menjadi keemasan terdapat
warna mata. Bentuk morfologi sampel O pada sampel A yang menyebabkan warna
dan A sama seperti sampel K (Kohaku), T sampel A kebiru-biruan. Hal ini yang
(Tancho), S (Shiro), dan M (Majalaya), hal mungkin dapat menjelaskan mengapa
ini menyebabkan sampel O dan A berada sampel O dan A yang mempunyai warna
dalam kelompok besar yang sama pada berbeda, secara genetik merupakan
fenogram. Selain bentuk morfologi sampel sampel yang paling berkerabat dekat.
22 Elvin Giantara Muharam, Ibnu Dwi Buwono dan Yuniar Mulyani

Manfaat yang dapat dipetik dari (indeks kesamaan 84%) berpotensi


hasil deteksi kekerabatan dengan besar menyebabkan inbreeding.
menggunakan penanda RAPD mencegah 3. Primer OPA-2 dapat mendeteksi
perkawinan sekerabat (inbreeding) pada hubungan kekerabatan pada setiap
setiap strain ikan Koi yang diuji. Semakin strain Koi dan mampu membedakan
tinggi nilai indeks kesamaan maka potensi kelompok ikan Koi dan ikan mas
inbreeding pada sampel tersebut semakin Majalaya, sedangkan primer OPA-3
tinggi, sedangkan semakin rendah nilai tidak mampu membedakan kelompok
indeks kesamaan maka potensi inbreeding ikan Koi dan ikan mas Majalaya.
akan semakin rendah. Berdasarkan hasil
yang didapatkan dari penelitian, potensi
terbesar inbreeding terdapat pada ikan Koi DAFTAR PUSTAKA
strain Ogon dan Asagi. Kedua strain Abdullah, H.H., Enaldy, M., Obeida, A.,
tersebut secara genetik mempunyai andItriby, H. 2004. Genetic
tingkat kesamaan yang tinggi dan konstan Diversity of Nile Tilapia Populations
pada setiap primer yang digunakan. Revealed by RAPD-PCR. Aqua
Pencegahan inbreeding dapat dilakukan research, 2(3) : 377-593.
dengan tidak melakukan persilangan
antara ikan Koi strain Ogon dan Asagi. Dunham, RA. 2004. Aquaculture and
Persilangan dapat dilakukan Fisheries Biotechnology Genetic
dengan mengawinkan strain Koi Kohaku, Approaches. Department of
Tancho, dan Shiro karena mempunyai Fisheries and Allied Aquacultures
indeks kesamaan rendah. Indeks Auburn University Alabama USA.
kesamaan yang rendah menujukan Koi
strain Kohaku, Tancho, dan Shiro memiliki Effendi, H. 1993. Mengenal Beberapa
kekerabatan yang relatif jauh dan Jenis Koi. Kanisius. Yogyakarta.
mempunyai tingkat polimorfisme tinggi.
Persilangan diantara strain Koi tersebut Erlich, H.A. 1989. PCR technology:
berpotensi menghasilkan warna dan corak principles and applications for DNA
Koi yang baru yang mempunyai amplifications using a pseudo-
heterozigositas yang tinggi. testcross: mapping strategy and
Berdasarkan fenogram dari gabungan RAPD markers. Genetics 137,
OPA-2 dan OPA-3 dapat menunjukkan 1121–1137. Stockton Press, NY.
hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya
dengan ikan Koi. Indeks kesamaan ikan Haymer, D, S. 1994. Arbitary (RAPD)
Mas Majalaya sebesar 65% menunjukkan Primer Sequences Used in Insect
kekerabatan ikan Mas Majalaya dengan Studies. Insect Mol Biol, 3 (3) :
ikan Koi relatif dekat. 191-194.

Kirpichnikov,V.S. 1981. Genetic Bases of


KESIMPULAN Fish Selection, New York:
1. Metode “Random Amplified Springer-Verlag Berlin Heidelberg.
Polymorphic DNA” dapat digunakan
untuk melihat hubungan kekerabatan Mulyani, Y. 2003. Isolasi dan Karakterisasi
sampel ikan Koi (Kohaku, Tancho, Mikrosatelit pada Mangga
Ogon, Asagi, danShiro) dan ikan mas (Mangifera indica L). Tesis. Institut
Majalaya. Hubungan kekerabatan ikan Teknologi Bandung.
Mas Majalaya dengan ikan Koi relatif
dekat (indeks kesamaan 62%). Salam, A.M.S. 1994. Keanekaragaman
2. Koi strain Kohaku, Shiro, dan genetic. Andi Offset. Yogyakarta.
Tanchomemiliki hubungan
kekerabatan yang relatif jauh (indeks Suseno D., 1994. Pengelolaan Usaha
kesamaan berkisar 48-55%) dan Pembenihan Ikan Mas. Penebar
berpotensi menghasilkan keturunan Swadaya, Bogor.
dengan heterozigositas tinggi. Koi
strain Ogon dan Asagi memliki
hubungan kekerabatan yang dekat
Analisis Kekerabatan Ikan Mas Koi (Cyprinuscarpio koi) dan Ikan Mas Majalaya
23
(Cyprinuscarpio carpio)

Williams J. G, and Ronald I.A. 1990. DNA


polymorphisms amplified by
arbitrary primers are useful as
genetic markers. Nucleic Acids
Res 18(22):6531-5.

Yoon, J.M and Park, H.Y. 2001. Genetic


Similarity and Variation In the
Cultured and Wild Crucian Carp
(Carassiun carassius) Estimated
with Random Amplified
Polymorphic DNA. Departement of
Marine Biomedical Science,
University. Kunsan Korea.

You might also like